ML_project.R

rm(list = ls(all.names  = TRUE))
seed  = 123456789
set.seed(seed)
percent = 1
library(GeneViability)
library(car)

## Loading required package: carData

library(uwot)

## Loading required package: Matrix

library('ggRandomForests')

## Warning: package 'ggRandomForests' was built under R version 3.5.1

## Loading required package: randomForestSRC

## 
##  randomForestSRC 2.6.1 
##  
##  Type rfsrc.news() to see new features, changes, and bug fixes. 
## 

## 
## Attaching package: 'ggRandomForests'

## The following object is masked from 'package:randomForestSRC':
## 
##     partial.rfsrc

removeDuplicated = function(x, id = 'MGI id') {
    dplt = duplicated(x[, id])
    dpll = duplicated(x[, id], fromLast = TRUE)
    message('Duplicated: ', length(unique(x[, id][dplt])))
    return(x[!(dplt | dpll), ])
}
message('Machine name: ', paste(Sys.info()[1:5], collapse = ' | '))

## Machine name: Windows | 10 x64 | build 17134 | HAMED-W10L | x86-64

# http://rpubs.com/hamedhm/368692  <-- human+DMDD
# http://rpubs.com/hamedhm/372453  <-- human+DMDD+SHet - Before revising duplicates
# http://rpubs.com/hamedhm/374473  <-- human+DMDD+SHet - After revising duplicates
# http://rpubs.com/hamedhm/425419  <-- human+dmdd+Shet+436lines+GTEX+PLI - First version on 3/10/2018

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
# Loading data
# 1
load(file = 'All_Human_Cells_data.Rdata')
load(file = '436_lines_Human.Rdata')
load(file = 'DMDD.RData')
load(file = 'GTEX.Rdata')
load(file = 'PLI.Rdata')
load(file = 'Human shet scores from CASSA.Rdata')
load(file = 'DR7_viability.Rdata')
load(file = 'viabi_DR8.Rdata')

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
#### #### #### #### #### #### ####
# 1.1 removing unnecessary columns from the data
RemoveUnncessaryColumns = function(x, cnames) {
    unnc = !grepl0(pattern = cnames,
                                 x = colnames(x),
                                 fixed = TRUE)
    y = as.data.frame(x[, unnc])
    return(y)
}
###########
overall_human_cell_lines = RemoveUnncessaryColumns(
    x = overall_human_cell_lines,
    cnames = c(
        'Hart_A375_GeCKo_BF',
        'Hart_HCT116_shRNA_BF',
        "HGNC ID"      ,
        "Gene_symbol_Wang"      ,
        "Gene_symbol_Hart",
        "Gene_symbol_Blomen" ,
        "ENSEMBL_ID_Blomen" ,
        "HGNC_id_source_Wang+Hart",
        "HGNC_id_source_Blomen"      ,
        "Reference"     ,
        "Match type",
        "Approved symbol"        ,
        "Approved symbol: unique/conflicting" ,
        "Location",
        "human_entrez_gene",
        "human_ensembl_gene"      ,
        "hgnc_id"         ,
        "human_name",
        "human_symbol"             ,
        "human_chr"                 ,
        "human_assert_ids",
        "mouse_entrez_gene"      ,
        "mouse_ensembl_gene",
        "mouse_name"   ,
        "mouse_symbol"    ,
        "mouse_chr",
        "mouse_assert_ids"     ,
        "score"      ,
        "support",
        "Result_merge"
    )
)


#### #### #### #### #### #### ####
DMDD_test = RemoveUnncessaryColumns(
    DMDD_test,
    c(
        "Gene ID"       ,
        "Gene Name"      ,
        "Matching by ENSMUSG ID" ,
        "Matching by GeneSymbol" ,
        "Updated Gene ID" ,
        "Updated GeneSymbol" ,
        "Matched_by_MGI_ID"     ,
        "Gene"     ,
        "corrected_Viability"  ,
        "Primary_species"  ,
        "Ortholog_species" ,
        "Primary_symbol"     ,
        "Ortholog_symbol"    ,
        "Primary_species_DBID" ,
        "Ortholog_species_DBID" ,
        "Primary_Ensembl_ID" ,
        "Ortholog_Ensembl_ID"  ,
        "Primary_NCBI_Gene_ID"  ,
        "Ortholog_NCBI_Gene_ID" ,
        "Score_Violeta"   ,
        "Assertion_source(s)"
    )
)

#### #### #### #### #### #### ####
shet = RemoveUnncessaryColumns(
    shet,
    c(
        "HGNC ID",
        "Input_Cassa",
        "Match type",
        "Approved symbol",
        "Approved name",
        "Location",
        "human_entrez_gene",
        "human_ensembl_gene",
        "hgnc_id",
        "human_name",
        "human_symbol",
        "human_chr",
        "human_assert_ids",
        "mouse_entrez_gene",
        "mouse_ensembl_gene",
        "mouse_name",
        "mouse_symbol",
        "mouse_chr",
        "mouse_assert_ids",
        "score",
        "support",
        "Result_merge"
    )
)

#### #### #### #### #### #### ####
human_cells_436 = RemoveUnncessaryColumns(
    human_cells_436,
    c(
        'Gene',
        'HGNC_ID',
        'Approved_symbol',
        'support_count',
        'mouse_symbol',
        'mouse_ensembl_gene',
        'duplicate_flag',
        'support_count'
    )
)

# Human scores black list (outliers) by Violeta
human_cells_436 = human_cells_436[!human_cells_436$`MGI id` %in% c(
    'MGI:1916008',
    'MGI:1277162',
    'MGI:1913882',
    'MGI:1929520',
    'MGI:1917761',
    'MGI:1919669',
    'MGI:2663979',
    'MGI:107953',
    'MGI:97753',
    'MGI:1096367',
    'MGI:1929092',
    'MGI:1343044',
    'MGI:98038',
    'MGI:2655401',
    'MGI:1913462',
    'MGI:1351663',
    'MGI:1342294'
), ]

#### #### #### #### #### #### ####
DR7_viability = RemoveUnncessaryColumns(
    DR7_viability,
    c(
        "mouse_symbol",
        "mouse_chr" ,
        "homozygosity",
        "hgnc_id",
        "human_symbol",
        "score"
    )
)
#### #### #### #### #### #### ####
PLI = RemoveUnncessaryColumns(
    PLI,
    c(
        "Approved_symbol",
        "HGNC_ID"  ,
        "mouse_symbol" ,
        "mouse_chr"  ,
        "support_count" ,
        "duplicate_flag"
    )
)

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
# Removing duplicated
overall_human_cell_lines = removeDuplicated(overall_human_cell_lines)

## Duplicated: 250

human_cells_436          = removeDuplicated(human_cells_436)

## Duplicated: 0

DMDD_test = removeDuplicated(DMDD_test)

## Duplicated: 13

GTEX      = removeDuplicated(GTEX)

## Duplicated: 231

shet = removeDuplicated(shet)

## Duplicated: 138

PLI  = removeDuplicated(PLI)

## Duplicated: 0

DR7_viability = removeDuplicated(DR7_viability)

## Duplicated: 0

viabi_DR8     = removeDuplicated(viabi_DR8)

## Duplicated: 149

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
# Exclusive dimension reduction (PCA or UMAP (TSNE))
pcaUmap0 = function(x,
                                        main = 'PCA',
                                        active = TRUE,
                                        cname = 'V',
                                        umap = TRUE,
                                        ncomp = 10,
                                        ...) {
    if (active) {
        x2 = x
        num.cols = sapply(x, is.numeric)
        if (umap) {
            message('Umap in progress ...')
            newx = umap(X = x[, num.cols], n_components = ncomp , ...)
        } else{
            message('pca in progress ...')
            pca = prcomp(x[, num.cols], ...)
            plot(pca, main = main)
            abline(
                v = ncomp,
                lwd = 2,
                lty = 2,
                col = 4
            )
            newx = pca$x
        }
        newx = data.frame(newx[, 1:ncomp])
        names(newx) = paste0(cname, 1:ncomp)
        x2 = data.frame(x[, !num.cols], newx, check.names = FALSE)
    } else{
        x2 = x
    }
    return(x2)
}
#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
# 2. Preprocess and dimension reduction
#### 2.1 DMDD
aM = initialization(data = DMDD_test,
                                        speed = TRUE,
                                        seed = seed)

## 
##  Response is not found and then set to NULL

## 
## 
## Input dataset : rows = 27640 | columns = 29

## 
## 
## Variable names (29): 
## MGI id|4-somite stage|5-somite stage|6-somite stage|7-somite stage|8-somite stage|9-somite stage|10-somite stage|11-somite stage|12-somite stage|13-somite stage|14-somite stage|15-somite stage|16-somite stage|17-somite stage|18-somite stage|19-somite stage|20-somite stage|21-somite stage|22-somite stage|23-somite stage|24-somite stage|25-somite stage|26-somite stage|27-somite stage|28-somite stage|34-somite stage|35-somite stage|36-somite stage

## No duplicate found!

## 
## 
## 
##  Response is not included!

## 
## 
## 
##  Missing data more than 60 percent in rows (5911=21%) [removed]: MGI:88058|MGI:96573|MGI:96975|MGI:98943|MGI:97243|MGI:1929914|MGI:1346088|MGI:104579|MGI:99255|MGI:98260|MGI:1338915|MGI:1276558|MGI:108012|MGI:107181|MGI:88479|MGI:102949|MGI:96562|MGI:96540|MGI:107361|MGI:95710|MGI:2388707|MGI:96885|MGI:109294|MGI:106912|MGI:1928953|MGI:2137300|MGI:99215|MGI:98295|MGI:1335092|MGI:1355317|MGI:1341787|MGI:98881|MGI:103285|MGI:3041178|MGI:96618|MGI:104336|MGI:1934960|MGI:2651811|MGI:1861379|MGI:1351335|MGI:1347247|MGI:1298372|MGI:2685642|MGI:2444087|MGI:1918486|MGI:1921719|MGI:1933237|MGI:1925884|MGI:1922687|MGI:107678|MGI:1918881|MGI:1922806|MGI:1918491|MGI:2144215|MGI:3615324|MGI:2685352|MGI:1916397|MGI:1921812|MGI:1921304|MGI:1925354|MGI:1917114|MGI:1914681|MGI:107504|MGI:87894|MGI:88574|MGI:88339|MGI:1917258|MGI:109267|MGI:109254|MGI:1345193|MGI:1933397|MGI:1334419|MGI:1345185|MGI:103562|MGI:95914|MGI:1915071|MGI:1930125|MGI:96537|MGI:2684870|MGI:106332|MGI:97753|MGI:1339999|MGI:1353604|MGI:1922776|MGI:1351649|MGI:2445041|MGI:1920884|MGI:95748|MGI:103189|MGI:1923022|MGI:1274790|MGI:3650286|MGI:98261|MGI:1353451|MGI:2685324|MGI:1195273|MGI:98933|MGI:1922372|MGI:1351338|MGI:3650439|MGI:1914819|MGI:1202398|MGI:3605069|MGI:1923054|MGI:1923820|MGI:2679229|MGI:1916536|MGI:1927848|MGI:2685722|MGI:1920356|MGI:96541|MGI:96621|MGI:96565|MGI:1923639|MGI:1920830|MGI:108018|MGI:3045351|MGI:1918131|MGI:1918453|MGI:3652048|MGI:1924827|MGI:2183449|MGI:1931130|MGI:97883|MGI:96687|MGI:1922956|MGI:1922516|MGI:1921186|MGI:105045|MGI:1921178|MGI:3704398|MGI:3588215|MGI:1890220|MGI:1350928|MGI:103209|MGI:97619|MGI:1861438|MGI:894669|MGI:1321404|MGI:1860262|MGI:1349470|MGI:1924416|MGI:94862|MGI:1921406|MGI:3809201|MGI:1298223|MGI:2685471|MGI:96273|MGI:1351599|MGI:109518|MGI:1922538|MGI:1922269|MGI:108031|MGI:97166|MGI:88392|MGI:1920632|MGI:1915168|MGI:107247|MGI:1917650|MGI:1920773|MGI:109517|MGI:1922114|MGI:109265|MGI:88233|MGI:96941|MGI:96938|MGI:2153040|MGI:1923027|MGI:1922142|MGI:1923016|MGI:1928679|MGI:2386403|MGI:2442682|MGI:1922902|MGI:1921424|MGI:1343050|MGI:109440|MGI:109441|MGI:3712069|MGI:1891725|MGI:1934368|MGI:102969|MGI:94925|MGI:1337040|MGI:3644957|MGI:1923628|MGI:1197523|MGI:1890221|MGI:2146636|MGI:1861446|MGI:101773|MGI:1270150|MGI:1923500|MGI:2685699|MGI:1920564|MGI:1916921|MGI:1919006|MGI:88335|MGI:1316745|MGI:1861231|MGI:2681162|MGI:96963|MGI:98815|MGI:102928|MGI:98640|MGI:102791|MGI:1913150|MGI:1917276|MGI:88135|MGI:2155445|MGI:88515|MGI:1921806|MGI:1353645|MGI:2149951|MGI:3650081|MGI:3045325|MGI:1914895|MGI:88421|MGI:88591|MGI:102523|MGI:95833|MGI:2685803|MGI:1270845|MGI:98919|MGI:1918846|MGI:1927656|MGI:1917024|MGI:1916024|MGI:2158468|MGI:1202394|MGI:1928492|MGI:103073|MGI:1914967|MGI:1923913|MGI:1920970|MGI:98257|MGI:1918648|MGI:1922895|MGI:1915951|MGI:88344|MGI:2384805|MGI:1314633|MGI:1918914|MGI:2153465|MGI:1916537|MGI:105958|MGI:1916634|MGI:96559|MGI:3646469|MGI:104618|MGI:2156391|MGI:1312922|MGI:96544|MGI:1341105|MGI:1918346|MGI:3647181|MGI:3647976|MGI:88523|MGI:88327|MGI:98427|MGI:105383|MGI:1341818|MGI:1095415|MGI:1329031|MGI:1920484|MGI:1329033|MGI:104879|MGI:109246|MGI:1354694|MGI:2450548|MGI:97810|MGI:88229|MGI:1927803|MGI:103080|MGI:2135548|MGI:1923070|MGI:1347083|MGI:98229|MGI:1891158|MGI:98280|MGI:1341292|MGI:1202878|MGI:1915777|MGI:1100496|MGI:1202864|MGI:1922505|MGI:1918087|MGI:1918231|MGI:2183535|MGI:2150150|MGI:96547|MGI:1859325|MGI:1859324|MGI:1351619|MGI:2442798|MGI:103294|MGI:103150|MGI:1914061|MGI:97453|MGI:96543|MGI:1925859|MGI:2139434|MGI:2137431|MGI:97501|MGI:1927449|MGI:1917315|MGI:95709|MGI:1890474|MGI:96548|MGI:96539|MGI:2685260|MGI:1921684|MGI:107170|MGI:105931|MGI:1921612|MGI:1921936|MGI:1918575|MGI:1891259|MGI:1929259|MGI:1920612|MGI:1915231|MGI:1913448|MGI:1095414|MGI:1924415|MGI:1931471|MGI:1922721|MGI:88390|MGI:107171|MGI:1915524|MGI:97445|MGI:1353616|MGI:1916780|MGI:1918656|MGI:1923061|MGI:2385197|MGI:1925359|MGI:95284|MGI:1196627|MGI:1098624|MGI:95622|MGI:1920722|MGI:1922831|MGI:1922684|MGI:1202403|MGI:2136282|MGI:98431|MGI:1926341|MGI:94910|MGI:1923000|MGI:1339941|MGI:107508|MGI:88068|MGI:3037818|MGI:1930915|MGI:96213|MGI:97525|MGI:1923908|MGI:1341902|MGI:3616076|MGI:3612701|MGI:97401|MGI:88236|MGI:1923042|MGI:109165|MGI:1926160|MGI:108011|MGI:1917011|MGI:97374|MGI:107917|MGI:1914623|MGI:1914940|MGI:1345151|MGI:1916138|MGI:1355294|MGI:1196250|MGI:3028921|MGI:88343|MGI:1918433|MGI:2442838|MGI:1196275|MGI:1935037|MGI:95821|MGI:1203730|MGI:1351899|MGI:2385254|MGI:1100508|MGI:107538|MGI:1330292|MGI:1920340|MGI:97454|MGI:1919681|MGI:88598|MGI:1890505|MGI:1918255|MGI:2151254|MGI:1890475|MGI:1924897|MGI:96609|MGI:5439443|MGI:1861377|MGI:1349436|MGI:1919080|MGI:2664387|MGI:88337|MGI:97448|MGI:1929885|MGI:1336189|MGI:2143561|MGI:1922314|MGI:88005|MGI:95836|MGI:1346343|MGI:1916104|MGI:1916549|MGI:2154240|MGI:1933244|MGI:1926039|MGI:1913751|MGI:106212|MGI:1922778|MGI:1916531|MGI:105986|MGI:102518|MGI:1328308|MGI:1919081|MGI:99481|MGI:2687279|MGI:1914937|MGI:102524|MGI:1923777|MGI:99692|MGI:108114|MGI:1329039|MGI:104522|MGI:1923655|MGI:5804826|MGI:1919611|MGI:2443170|MGI:1919104|MGI:1916575|MGI:2685355|MGI:88559|MGI:87963|MGI:1920897|MGI:1922719|MGI:102565|MGI:105086|MGI:1860140|MGI:1913904|MGI:88331|MGI:1926230|MGI:1930790|MGI:109430|MGI:1330841|MGI:1919327|MGI:88587|MGI:1346317|MGI:1929209|MGI:105983|MGI:96837|MGI:1916282|MGI:1915803|MGI:2140770|MGI:1915493|MGI:2180852|MGI:2653833|MGI:1889073|MGI:1914593|MGI:1196464|MGI:2182079|MGI:1099787|MGI:1270851|MGI:2145528|MGI:1918484|MGI:1915710|MGI:1914733|MGI:1339710|MGI:1349391|MGI:98217|MGI:2685450|MGI:2153816|MGI:1298216|MGI:2152200|MGI:107700|MGI:2136446|MGI:1919073|MGI:3045213|MGI:1349461|MGI:3663793|MGI:3611575|MGI:2149952|MGI:2685917|MGI:2442179|MGI:2444386|MGI:2674085|MGI:1923487|MGI:3649629|MGI:3524930|MGI:2148974|MGI:2140804|MGI:1918287|MGI:2442358|MGI:1923185|MGI:1890518|MGI:94896|MGI:1914846|MGI:2657115|MGI:2387006|MGI:3045307|MGI:108482|MGI:2668347|MGI:98262|MGI:2149590|MGI:3588238|MGI:108224|MGI:99512|MGI:3026877|MGI:98327|MGI:3625331|MGI:104616|MGI:1919246|MGI:1194903|MGI:3606573|MGI:1919138|MGI:1918060|MGI:1349479|MGI:1928820|MGI:2686003|MGI:1917059|MGI:2442474|MGI:2443098|MGI:96557|MGI:105064|MGI:1924242|MGI:1888530|MGI:1921536|MGI:1918089|MGI:1921441|MGI:2135945|MGI:1916978|MGI:1922717|MGI:1919113|MGI:107692|MGI:1915109|MGI:2156389|MGI:3521816|MGI:1917613|MGI:1355553|MGI:3655979|MGI:88223|MGI:88225|MGI:2429764|MGI:102756|MGI:1916050|MGI:1924155|MGI:1920551|MGI:2681210|MGI:2685564|MGI:97551|MGI:2684961|MGI:2429635|MGI:1203527|MGI:3036260|MGI:3527454|MGI:3641869|MGI:2142121|MGI:2653900|MGI:88121|MGI:1923902|MGI:97794|MGI:96923|MGI:1349472|MGI:1925500|MGI:1919477|MGI:2685292|MGI:2384570|MGI:2442120|MGI:88512|MGI:104697|MGI:97766|MGI:2685289|MGI:3045319|MGI:107755|MGI:95688|MGI:1916967|MGI:894671|MGI:2138647|MGI:1914837|MGI:96929|MGI:2140313|MGI:2181366|MGI:2384785|MGI:107341|MGI:1276123|MGI:1195976|MGI:2683461|MGI:98824|MGI:3588271|MGI:2141165|MGI:2153470|MGI:2655401|MGI:2136691|MGI:2681107|MGI:2177284|MGI:3704352|MGI:97443|MGI:1921925|MGI:2682321|MGI:2183450|MGI:1918112|MGI:1918206|MGI:1919295|MGI:94927|MGI:88445|MGI:3042287|MGI:3505689|MGI:2388820|MGI:2384781|MGI:1921731|MGI:105090|MGI:2665114|MGI:1921637|MGI:96428|MGI:98224|MGI:1860266|MGI:2685053|MGI:1917311|MGI:1920594|MGI:109253|MGI:96561|MGI:2159680|MGI:109503|MGI:1918772|MGI:2176887|MGI:2139743|MGI:1342279|MGI:102567|MGI:3646735|MGI:3605623|MGI:1330860|MGI:1927643|MGI:2685627|MGI:1922337|MGI:2655198|MGI:2385729|MGI:1914570|MGI:3607710|MGI:1920662|MGI:2441659|MGI:1922525|MGI:1924846|MGI:96281|MGI:2182839|MGI:105046|MGI:1921319|MGI:107817|MGI:2444889|MGI:1933847|MGI:2138890|MGI:1891372|MGI:96382|MGI:1916319|MGI:1930003|MGI:1890541|MGI:2180849|MGI:1099055|MGI:1917111|MGI:1913652|MGI:1918312|MGI:1201402|MGI:2176207|MGI:1913416|MGI:2685641|MGI:2149746|MGI:3607720|MGI:1918498|MGI:104965|MGI:2685128|MGI:96661|MGI:2183434|MGI:2442156|MGI:2683287|MGI:98785|MGI:3646964|MGI:1933846|MGI:2444054|MGI:2685410|MGI:2157548|MGI:3031176|MGI:3030101|MGI:1924193|MGI:2443628|MGI:3026970|MGI:1921682|MGI:97010|MGI:3643585|MGI:2441738|MGI:1916384|MGI:2685789|MGI:2444259|MGI:2137415|MGI:2177477|MGI:1920399|MGI:2676649|MGI:3030378|MGI:2443965|MGI:3030525|MGI:3045260|MGI:2676278|MGI:2136749|MGI:2384077|MGI:1915604|MGI:3704496|MGI:1918293|MGI:1915759|MGI:96700|MGI:3630173|MGI:3607714|MGI:1915498|MGI:1916761|MGI:2684079|MGI:2444651|MGI:2442643|MGI:1332242|MGI:2445145|MGI:3045340|MGI:2153249|MGI:2685969|MGI:3607787|MGI:2685786|MGI:2135956|MGI:2663923|MGI:2444178|MGI:2442298|MGI:2664636|MGI:3645435|MGI:1913983|MGI:1932389|MGI:2443535|MGI:2685766|MGI:2667156|MGI:3604190|MGI:3030867|MGI:1930787|MGI:1924785|MGI:1933383|MGI:107443|MGI:3646920|MGI:2444069|MGI:2136745|MGI:2443498|MGI:2136742|MGI:1918458|MGI:5313162|MGI:3704387|MGI:2441697|MGI:2141314|MGI:2444378|MGI:3608341|MGI:97722|MGI:1915594|MGI:1931024|MGI:3045359|MGI:1919495|MGI:1914793|MGI:1922602|MGI:1330348|MGI:1920177|MGI:4359686|MGI:1918251|MGI:1919326|MGI:1914766|MGI:2685815|MGI:2681310|MGI:1915618|MGI:3027917|MGI:1916707|MGI:2685837|MGI:1915564|MGI:1913962|MGI:2155249|MGI:1919082|MGI:3039605|MGI:1918932|MGI:2136750|MGI:2443398|MGI:1923650|MGI:1923890|MGI:2443323|MGI:3605764|MGI:2136748|MGI:1891125|MGI:109269|MGI:1919079|MGI:88514|MGI:3045358|MGI:97533|MGI:2441734|MGI:1922439|MGI:2442806|MGI:2685264|MGI:2136752|MGI:1914888|MGI:2685863|MGI:3045295|MGI:3031183|MGI:2442707|MGI:2442268|MGI:1333764|MGI:2445162|MGI:3031251|MGI:2679447|MGI:105374|MGI:2685108|MGI:1934582|MGI:1916611|MGI:3644989|MGI:3647255|MGI:1920776|MGI:3648747|MGI:2685414|MGI:3652173|MGI:1914615|MGI:1309993|MGI:1917064|MGI:1922521|MGI:2142823|MGI:2685865|MGI:3030819|MGI:106185|MGI:2443552|MGI:88232|MGI:2145969|MGI:2179296|MGI:1922348|MGI:2441671|MGI:1935162|MGI:3645576|MGI:2151136|MGI:2685095|MGI:3645344|MGI:1921273|MGI:1925424|MGI:3643536|MGI:1921143|MGI:3646230|MGI:3584453|MGI:1351342|MGI:3642995|MGI:107730|MGI:2685064|MGI:106586|MGI:2385852|MGI:1921531|MGI:109612|MGI:1914016|MGI:1923929|MGI:2182926|MGI:1923367|MGI:1922177|MGI:99953|MGI:2445284|MGI:3043522|MGI:1343166|MGI:2442043|MGI:1923903|MGI:1918103|MGI:2679716|MGI:2149837|MGI:2388365|MGI:1919144|MGI:1860079|MGI:3030524|MGI:3033145|MGI:106660|MGI:2180140|MGI:1933533|MGI:1917529|MGI:3046414|MGI:3045320|MGI:1340026|MGI:1330349|MGI:2385955|MGI:2384311|MGI:2450123|MGI:3647835|MGI:99842|MGI:3030253|MGI:1914942|MGI:2142022|MGI:2682312|MGI:2445361|MGI:2443841|MGI:2441906|MGI:2668412|MGI:1917499|MGI:2136744|MGI:2136449|MGI:2441731|MGI:1914659|MGI:1934133|MGI:2136746|MGI:2443256|MGI:3030258|MGI:3644685|MGI:1203481|MGI:1917079|MGI:3045370|MGI:96696|MGI:2136740|MGI:3809036|MGI:1922578|MGI:3643653|MGI:1915471|MGI:1861586|MGI:1916392|MGI:2685849|MGI:2685897|MGI:1921465|MGI:3708720|MGI:3648418|MGI:1916141|MGI:2683040|MGI:1922768|MGI:2682948|MGI:2687319|MGI:3057273|MGI:3708538|MGI:103572|MGI:3641832|MGI:1921698|MGI:2442750|MGI:4821256|MGI:2686146|MGI:3650667|MGI:3606604|MGI:3045315|MGI:88608|MGI:88347|MGI:1916367|MGI:3040968|MGI:2672983|MGI:3648499|MGI:99212|MGI:3030046|MGI:3643580|MGI:1922165|MGI:3648918|MGI:1925155|MGI:891990|MGI:1915489|MGI:1921426|MGI:2672976|MGI:2672966|MGI:3642228|MGI:2180855|MGI:2685213|MGI:3641738|MGI:3582052|MGI:3606484|MGI:88346|MGI:3642400|MGI:2179988|MGI:3698880|MGI:2678390|MGI:3641747|MGI:3045356|MGI:95959|MGI:1929785|MGI:101847|MGI:1917250|MGI:1347246|MGI:3643134|MGI:3642739|MGI:2137698|MGI:3041166|MGI:3641872|MGI:1918873|MGI:106196|MGI:2155700|MGI:1921321|MGI:2443135|MGI:3617848|MGI:2685508|MGI:3642444|MGI:3030254|MGI:3642695|MGI:104524|MGI:1917037|MGI:1914995|MGI:2652834|MGI:2447533|MGI:87926|MGI:1913997|MGI:3642146|MGI:3645767|MGI:3026922|MGI:3642509|MGI:3648078|MGI:2442837|MGI:106025|MGI:108034|MGI:105492|MGI:2445125|MGI:98542|MGI:2142491|MGI:3646364|MGI:1933247|MGI:3648528|MGI:3580656|MGI:2684945|MGI:3045238|MGI:1917461|MGI:3642361|MGI:1926003|MGI:2681302|MGI:1925680|MGI:2146102|MGI:1339711|MGI:2148258|MGI:2681414|MGI:2677064|MGI:102537|MGI:3026615|MGI:2177473|MGI:3641968|MGI:3645721|MGI:3041182|MGI:1351344|MGI:3704138|MGI:1917253|MGI:3809114|MGI:2138169|MGI:1922735|MGI:2686227|MGI:3805556|MGI:3644570|MGI:95420|MGI:3646420|MGI:2148239|MGI:1919684|MGI:108054|MGI:3643753|MGI:1860403|MGI:3035181|MGI:2148516|MGI:3045242|MGI:1309991|MGI:1919260|MGI:3642901|MGI:95863|MGI:4937963|MGI:1915185|MGI:3646222|MGI:1919157|MGI:3651568|MGI:1100845|MGI:3645381|MGI:1932036|MGI:3648310|MGI:3034577|MGI:3644512|MGI:3645691|MGI:2148527|MGI:3643463|MGI:2685251|MGI:1922694|MGI:3704493|MGI:3841250|MGI:3647504|MGI:3705453|MGI:2179523|MGI:3644695|MGI:3644227|MGI:3641967|MGI:109255|MGI:3646221|MGI:2447811|MGI:3607786|MGI:1934134|MGI:3645663|MGI:3802109|MGI:3528583|MGI:96701|MGI:1922759|MGI:3031227|MGI:3030794|MGI:99837|MGI:1859664|MGI:1339967|MGI:3644691|MGI:2444345|MGI:105055|MGI:104972|MGI:3646853|MGI:3027157|MGI:3647985|MGI:2675377|MGI:3030560|MGI:2685151|MGI:3646431|MGI:2385878|MGI:2656551|MGI:3643084|MGI:1925728|MGI:3809877|MGI:1920792|MGI:3651407|MGI:1351609|MGI:3031254|MGI:102663|MGI:3030754|MGI:1888504|MGI:4937940|MGI:3650930|MGI:1918244|MGI:97848|MGI:3650740|MGI:3648529|MGI:97444|MGI:2685622|MGI:1913596|MGI:3648994|MGI:3648713|MGI:2388054|MGI:1195269|MGI:87931|MGI:2385905|MGI:3646782|MGI:2140794|MGI:97424|MGI:2664357|MGI:95432|MGI:3712484|MGI:3646227|MGI:3647627|MGI:2388708|MGI:2685948|MGI:2387617|MGI:3650865|MGI:3036289|MGI:1890463|MGI:1920626|MGI:1097157|MGI:3644960|MGI:3646659|MGI:894672|MGI:97609|MGI:3647516|MGI:2442791|MGI:96235|MGI:2429506|MGI:3647512|MGI:3698419|MGI:3642340|MGI:3643509|MGI:102701|MGI:1932027|MGI:1915481|MGI:2687054|MGI:2660935|MGI:98839|MGI:1333759|MGI:3645765|MGI:3780108|MGI:3031344|MGI:3041185|MGI:3643792|MGI:2685099|MGI:3704427|MGI:3645563|MGI:2384767|MGI:2685907|MGI:1920568|MGI:3647509|MGI:3647768|MGI:3645437|MGI:1919633|MGI:1921811|MGI:2147502|MGI:2448314|MGI:892021|MGI:3645391|MGI:3031345|MGI:107366|MGI:1913572|MGI:3040680|MGI:3648534|MGI:2442722|MGI:3045302|MGI:3588208|MGI:3642994|MGI:3630383|MGI:3044668|MGI:3645266|MGI:1095737|MGI:2443415|MGI:1925850|MGI:102482|MGI:102484|MGI:102480|MGI:102470|MGI:102481|MGI:102473|MGI:4421885|MGI:5452025|MGI:5455365|MGI:5456002|MGI:5453184|MGI:5451838|MGI:5451840|MGI:4421944|MGI:4421945|MGI:5456217|MGI:5453390|MGI:5453392|MGI:5454399|MGI:5453922|MGI:5453921|MGI:5453920|MGI:5454912|MGI:5454908|MGI:5452077|MGI:5452076|MGI:5455676|MGI:5455412|MGI:5452080|MGI:5452081|MGI:5452082|MGI:5454919|MGI:5453079|MGI:5453942|MGI:5455906|MGI:5453943|MGI:5453984|MGI:5453985|MGI:5455707|MGI:5455633|MGI:5455629|MGI:5455631|MGI:5452831|MGI:5454482|MGI:5456105|MGI:5455252|MGI:5453294|MGI:4421874|MGI:5454132|MGI:1931502|MGI:5455703|MGI:5455980|MGI:4421760|MGI:5455181|MGI:5455178|MGI:5451820|MGI:107304|MGI:5453018|MGI:4421886|MGI:5454183|MGI:5454924|MGI:5454182|MGI:5453287|MGI:3510328|MGI:4422024|MGI:5453823|MGI:4422061|MGI:5456274|MGI:4422070|MGI:5455909|MGI:4421936|MGI:5454234|MGI:2673990|MGI:5455260|MGI:5455259|MGI:5454390|MGI:5454392|MGI:5456042|MGI:1351324|MGI:5455571|MGI:5455567|MGI:5452750|MGI:5452074|MGI:5455899|MGI:5452915|MGI:5455842|MGI:5455841|MGI:5451835|MGI:5451831|MGI:5455356|MGI:5455354|MGI:5454189|MGI:5452876|MGI:2676913|MGI:3619321|MGI:2676823|MGI:3619333|MGI:2676793|MGI:3619066|MGI:2676845|MGI:3619336|MGI:3619045|MGI:2676883|MGI:3619375|MGI:2676800|MGI:2676902|MGI:2676839|MGI:2676882|MGI:2676834|MGI:2676868|MGI:2676908|MGI:3619399|MGI:3618737|MGI:2676816|MGI:3618739|MGI:2676909|MGI:2676835|MGI:3619386|MGI:3619394|MGI:2676804|MGI:2676833|MGI:2676900|MGI:3629888|MGI:3619332|MGI:3619441|MGI:2676838|MGI:3619129|MGI:3619331|MGI:2676886|MGI:3618696|MGI:2676795|MGI:3618734|MGI:3619374|MGI:3619059|MGI:3619359|MGI:3619407|MGI:3619341|MGI:3618736|MGI:2676842|MGI:2676830|MGI:3619354|MGI:3619352|MGI:3618751|MGI:3619437|MGI:2676897|MGI:2676836|MGI:3619334|MGI:5454029|MGI:5455674|MGI:5455673|MGI:5455750|MGI:5452882|MGI:5455114|MGI:4422025|MGI:5452355|MGI:5452353|MGI:5454035|MGI:5454036|MGI:5454038|MGI:5453508|MGI:5453511|MGI:4421925|MGI:5455187|MGI:5455188|MGI:5452603|MGI:5454269|MGI:5453123|MGI:5455292|MGI:5455295|MGI:5455294|MGI:5452819|MGI:5452814|MGI:5456093|MGI:5456094|MGI:5453279|MGI:5454963|MGI:5454966|MGI:5452129|MGI:5452130|MGI:5452131|MGI:5453808|MGI:97977|MGI:5452642|MGI:5454222|MGI:5453571|MGI:3705222|MGI:3651300|MGI:3650864|MGI:1921430|MGI:3651363|MGI:1859165|MGI:2685341|MGI:3642344|MGI:3609260|MGI:2182835|MGI:3642884|MGI:1922720|MGI:3649160|MGI:2686319|MGI:3703084|MGI:2450532|MGI:3650232|MGI:3708755|MGI:3643433|MGI:3644422|MGI:2685049|MGI:97429|MGI:3642236|MGI:102716|MGI:4360871|MGI:2151053|MGI:3664583|MGI:3030553|MGI:3648860|MGI:3646377|MGI:1917138|MGI:1919553|MGI:3642365|MGI:88524|MGI:3643448|MGI:3617853|MGI:2685520|MGI:3588209|MGI:3629975|MGI:3045268|MGI:3583618|MGI:3530275|MGI:109362|MGI:1928858|MGI:1929977|MGI:2685887|MGI:3645135|MGI:3582777|MGI:2676610|MGI:1350981|MGI:3710618|MGI:2686466|MGI:3641636|MGI:3026882|MGI:3646305|MGI:1328322|MGI:3643198|MGI:3649147|MGI:3647788|MGI:2684965|MGI:3650730|MGI:3577767|MGI:1919004|MGI:3704468|MGI:87966|MGI:1298217|MGI:2676295|MGI:96550|MGI:3643105|MGI:3030295|MGI:3648261|MGI:1353426|MGI:3644767|MGI:3030559|MGI:3036280|MGI:3648704|MGI:3648769|MGI:3618290|MGI:1341831|MGI:1334209|MGI:3644053|MGI:3641838|MGI:3641931|MGI:1927653|MGI:3704211|MGI:1861444|MGI:3710645|MGI:3643681|MGI:3645809|MGI:3650737|MGI:2149738|MGI:3651161|MGI:1921238|MGI:1919098|MGI:3041173|MGI:3525200|MGI:3643649|MGI:3607717|MGI:3704311|MGI:1923364|MGI:3619421|MGI:3629651|MGI:3629955|MGI:3629907|MGI:3619450|MGI:3629950|MGI:3619426|MGI:5453940|MGI:5452835|MGI:4421747|MGI:4421878|MGI:3576664|MGI:2448587|MGI:3651706|MGI:5439444|MGI:3578624|MGI:3582959|MGI:5313081|MGI:3030492|MGI:3030392|MGI:3641638|MGI:3589281|MGI:1922414|MGI:3642770|MGI:3616889|MGI:2685540|MGI:3648382|MGI:1914075|MGI:3650100|MGI:1923342|MGI:3643623|MGI:3576103|MGI:1918851|MGI:2140259|MGI:3708485|MGI:3651767|MGI:3652166|MGI:3646201|MGI:3704234|MGI:3701985|MGI:1343053|MGI:2685269|MGI:3641941|MGI:3643270|MGI:2685640|MGI:3642852|MGI:2685018|MGI:3642503|MGI:3704363|MGI:3809062|MGI:97478|MGI:95813|MGI:3588256|MGI:2685134|MGI:3647087|MGI:102966|MGI:106198|MGI:3643569|MGI:3704456|MGI:3613390|MGI:3580237|MGI:2389174|MGI:3647929|MGI:3642306|MGI:2682320|MGI:3648194|MGI:3645594|MGI:3641762|MGI:3644000|MGI:3574109|MGI:3801865|MGI:108020|MGI:3704377|MGI:1196315|MGI:3646825|MGI:3648937|MGI:3647179|MGI:3588244|MGI:2686525|MGI:3708553|MGI:3642823|MGI:1924956|MGI:3619429|MGI:3642569|MGI:3647375|MGI:2685222|MGI:2685621|MGI:3644382|MGI:3642165|MGI:2685092|MGI:3588243|MGI:3651524|MGI:2442094|MGI:5579960|MGI:2685619|MGI:3641689|MGI:3641976|MGI:3642001|MGI:2147968|MGI:2685172|MGI:1924170|MGI:3646212|MGI:88228|MGI:1932037|MGI:2138302|MGI:3622649|MGI:3588261|MGI:3646549|MGI:3642511|MGI:3643572|MGI:3647540|MGI:3642696|MGI:3642083|MGI:3642906|MGI:88522|MGI:3704240|MGI:2156377|MGI:3642427|MGI:3614952|MGI:3588230|MGI:3642232|MGI:3708695|MGI:3651424|MGI:3651778|MGI:3645703|MGI:3801997|MGI:3713752|MGI:3704096|MGI:3584360|MGI:3030526|MGI:4821258|MGI:3030466|MGI:3039603|MGI:6096143|MGI:3708793|MGI:3708756|MGI:3648679|MGI:1925709|MGI:2441687|MGI:3612191|MGI:1922954|MGI:3704339|MGI:3643218|MGI:1928282|MGI:88596|MGI:87878|MGI:1925885|MGI:3027124|MGI:2451355|MGI:2685613|MGI:96945|MGI:3845028|MGI:3796981|MGI:88157|MGI:3642794|MGI:3642383|MGI:2684968|MGI:3651470|MGI:1920547|MGI:3583955|MGI:3698881|MGI:2685852|MGI:3651158|MGI:3644405|MGI:1355307|MGI:3652039|MGI:2442090|MGI:3641996|MGI:3034641|MGI:2685201|MGI:2678025|MGI:2139444|MGI:3796554|MGI:2685119|MGI:3652167|MGI:3045363|MGI:3649546|MGI:3642860|MGI:2147706|MGI:3641657|MGI:3584519|MGI:3641755|MGI:3045383|MGI:3708660|MGI:3605624|MGI:3645498|MGI:3822538|MGI:3030889|MGI:2687041|MGI:3805955|MGI:3588247|MGI:3584525|MGI:1915412|MGI:5434131|MGI:3584518|MGI:3650778|MGI:3642916|MGI:1914034|MGI:3721937|MGI:1928271|MGI:3641819|MGI:3644701|MGI:3649352|MGI:3650260|MGI:2444371|MGI:3034723|MGI:5453468|MGI:5453469|MGI:5451782|MGI:5453717|MGI:3619381|MGI:5451914|MGI:3629953|MGI:3629672|MGI:3629916|MGI:3619428|MGI:5456161|MGI:3629686|MGI:3629899|MGI:3629943|MGI:3629658|MGI:5453033|MGI:3629951|MGI:3629632|MGI:3629678|MGI:3619424|MGI:3619432|MGI:3619326|MGI:3629901|MGI:5454050|MGI:5452839|MGI:3629896|MGI:3629894|MGI:5456117|MGI:5456115|MGI:3629629|MGI:3709847|MGI:5453826|MGI:5452146|MGI:5452147|MGI:5452970|MGI:5455769|MGI:3629904|MGI:1891061|MGI:3691604|MGI:98608|MGI:3645235|MGI:96495|MGI:2686979|MGI:96448|MGI:4887419|MGI:5453028|MGI:3718547|MGI:5454318|MGI:4834318|MGI:3718454|MGI:5454359|MGI:5455535|MGI:5453728|MGI:3819549|MGI:5455857|MGI:5454206|MGI:5452558|MGI:5452563|MGI:5455540|MGI:5453950|MGI:5454448|MGI:5456063|MGI:5453260|MGI:5452434|MGI:5452433|MGI:5454114|MGI:5454115|MGI:4421930|MGI:5454059|MGI:5454058|MGI:5452368|MGI:4422043|MGI:5452903|MGI:5452904|MGI:5455695|MGI:5456196|MGI:5456197|MGI:5455699|MGI:5454566|MGI:5454010|MGI:5455156|MGI:5455283|MGI:5451795|MGI:5454384|MGI:3819504|MGI:5455790|MGI:5455791|MGI:5452449|MGI:5455580|MGI:5455274|MGI:5453611|MGI:5454766|MGI:5453099|MGI:5455921|MGI:5455924|MGI:5454245|MGI:5452276|MGI:5455123|MGI:5453385|MGI:5453938|MGI:5453687|MGI:4421871|MGI:5455338|MGI:4421897|MGI:5454180|MGI:5452008|MGI:5452009|MGI:5453689|MGI:5454334|MGI:3711328|MGI:3718565|MGI:3711327|MGI:3718564|MGI:3718556|MGI:5456078|MGI:3718464|MGI:3711326|MGI:3711325|MGI:3641813|MGI:2145650|MGI:3780348|MGI:2686183|MGI:3780567|MGI:2441689|MGI:1930020|MGI:3779550|MGI:4937008|MGI:3641811|MGI:3809041|MGI:3650445|MGI:1920598|MGI:3649941|MGI:3649925|MGI:4937895|MGI:1916719|MGI:3779169|MGI:4821257|MGI:3649399|MGI:1920530|MGI:95607|MGI:2685861|MGI:1330350|MGI:3779185|MGI:1924164|MGI:3651059|MGI:3647699|MGI:1889810|MGI:3649811|MGI:3702417|MGI:3779224|MGI:3702430|MGI:96241|MGI:3644472|MGI:3613655|MGI:3779248|MGI:1925401|MGI:104526|MGI:3649276|MGI:3649271|MGI:1918723|MGI:3782158|MGI:3702173|MGI:3781082|MGI:2151164|MGI:2142877|MGI:3645903|MGI:3779275|MGI:3705219|MGI:3782945|MGI:3643383|MGI:3647159|MGI:3644430|MGI:107539|MGI:2181676|MGI:3779337|MGI:3781652|MGI:3779794|MGI:3781420|MGI:3648017|MGI:3779520|MGI:2385644|MGI:1344417|MGI:2444058|MGI:3783179|MGI:1916299|MGI:3779382|MGI:3707435|MGI:3645575|MGI:3645826|MGI:3645126|MGI:3779400|MGI:3529596|MGI:1928099|MGI:3646280|MGI:3613394|MGI:3613388|MGI:3613386|MGI:3580240|MGI:2685956|MGI:2686532|MGI:2685313|MGI:3705234|MGI:3036233|MGI:3644030|MGI:3700744|MGI:3650315|MGI:3649676|MGI:3708095|MGI:3649527|MGI:3783031|MGI:3649326|MGI:3651698|MGI:3709610|MGI:3802100|MGI:3650581|MGI:5451882|MGI:5453431|MGI:3783366|MGI:5454608|MGI:3783368|MGI:5451848|MGI:5453659|MGI:5455317|MGI:5455318|MGI:5452487|MGI:5452486|MGI:5452492|MGI:3783363|MGI:3783386|MGI:5451928|MGI:5452453|MGI:3783387|MGI:3783373|MGI:3783370|MGI:3801723|MGI:3650320|MGI:3650466|MGI:3645536|MGI:3782981|MGI:3652207|MGI:3651493|MGI:3650953|MGI:3651515|MGI:3030468|MGI:3783058|MGI:3783021|MGI:3649152|MGI:3650080|MGI:3652228|MGI:3644537|MGI:3705398|MGI:3651309|MGI:3652193|MGI:3643470|MGI:3650065|MGI:1890540|MGI:3647271|MGI:3650665|MGI:3708090|MGI:3645161|MGI:3651544|MGI:96905|MGI:3650862|MGI:3652298|MGI:3649905|MGI:3783142|MGI:3650094|MGI:3650909|MGI:3783187|MGI:3652258|MGI:1321401|MGI:3705732|MGI:3648820|MGI:3780384|MGI:3649639|MGI:3707318|MGI:3651383|MGI:3801988|MGI:3650734|MGI:3646097|MGI:3650289|MGI:3801948|MGI:3801920|MGI:3643998|MGI:3649682|MGI:3647545|MGI:3649645|MGI:3646660|MGI:3650911|MGI:3705877|MGI:3651092|MGI:3649539|MGI:3031231|MGI:3652241|MGI:3783208|MGI:3646602|MGI:3650545|MGI:3649313|MGI:3649396|MGI:3651461|MGI:3651479|MGI:3651215|MGI:2448357|MGI:3650072|MGI:3649213|MGI:3650464|MGI:3652153|MGI:3779916|MGI:3652206|MGI:3650220|MGI:3647658|MGI:3801755|MGI:3650666|MGI:3651452|MGI:3644558|MGI:3643216|MGI:3651065|MGI:3651107|MGI:3649428|MGI:3649264|MGI:3651061|MGI:3652020|MGI:3650819|MGI:3647758|MGI:3649458|MGI:3650380|MGI:3802130|MGI:3649750|MGI:3649681|MGI:3648847|MGI:3650811|MGI:3651147|MGI:3644958|MGI:3708116|MGI:3709612|MGI:3801884|MGI:3652230|MGI:3652222|MGI:3801924|MGI:3783161|MGI:3783003|MGI:3650637|MGI:3801840|MGI:3645616|MGI:3651447|MGI:3705713|MGI:3783170|MGI:3651366|MGI:3645367|MGI:5011044|MGI:3716318|MGI:3650182|MGI:3801908|MGI:3650710|MGI:3650191|MGI:3652226|MGI:3649706|MGI:3705605|MGI:3645602|MGI:3650319|MGI:3705644|MGI:3783228|MGI:3651717|MGI:3649349|MGI:3647395|MGI:3649322|MGI:3705845|MGI:3783125|MGI:3648833|MGI:3650166|MGI:3650813|MGI:3708102|MGI:3705606|MGI:3650492|MGI:3650547|MGI:3705386|MGI:3652266|MGI:2445366|MGI:3645264|MGI:3782053|MGI:3643104|MGI:3649506|MGI:3705647|MGI:3705628|MGI:3650269|MGI:3644655|MGI:3650256|MGI:3649899|MGI:3644818|MGI:3652217|MGI:3649767|MGI:3649535|MGI:3651359|MGI:3652278|MGI:3801788|MGI:3801928|MGI:3651095|MGI:3705607|MGI:3651122|MGI:3650117|MGI:3649592|MGI:3644977|MGI:3801911|MGI:3705393|MGI:3649496|MGI:3650090|MGI:3651535|MGI:3705388|MGI:3705552|MGI:3649570|MGI:3802077|MGI:3705509|MGI:3648844|MGI:3645035|MGI:3802080|MGI:3648599|MGI:3651645|MGI:3651775|MGI:3782978|MGI:3705491|MGI:3650833|MGI:3650940|MGI:103029|MGI:3649444|MGI:3705640|MGI:3650872|MGI:3802013|MGI:3649442|MGI:3650550|MGI:3647132|MGI:3649459|MGI:3647364|MGI:3651077|MGI:3705504|MGI:96246|MGI:3782941|MGI:3651942|MGI:3768537|MGI:3650107|MGI:3783074|MGI:3649718|MGI:3650815|MGI:3650088|MGI:3707455|MGI:3643802|MGI:3644961|MGI:3783046|MGI:1917800|MGI:3645694|MGI:3644504|MGI:3651374|MGI:2674156|MGI:3705711|MGI:3649930|MGI:3652209|MGI:3649517|MGI:3707338|MGI:3651174|MGI:3651719|MGI:3650684|MGI:3651938|MGI:3783237|MGI:3649890|MGI:3651578|MGI:3651600|MGI:3705342|MGI:3650705|MGI:3783022|MGI:3644830|MGI:3652281|MGI:3704298|MGI:3641971|MGI:3705328|MGI:3650004|MGI:3705402|MGI:3651287|MGI:3644457|MGI:3650288|MGI:3705440|MGI:3651496|MGI:3650523|MGI:3650496|MGI:3651561|MGI:3652261|MGI:3648067|MGI:3708101|MGI:3649465|MGI:3649217|MGI:3650947|MGI:3647518|MGI:3650810|MGI:3651709|MGI:3649809|MGI:3652028|MGI:3645746|MGI:3650794|MGI:3650194|MGI:3801776|MGI:1859621|MGI:3649291|MGI:95590|MGI:3643636|MGI:3783227|MGI:3649251|MGI:3651749|MGI:3651371|MGI:3650376|MGI:3651430|MGI:3649463|MGI:3651218|MGI:3652317|MGI:3651216|MGI:3783164|MGI:3801828|MGI:3649301|MGI:3651313|MGI:3705819|MGI:3802098|MGI:3651925|MGI:3650867|MGI:3651243|MGI:3650880|MGI:3650029|MGI:3651601|MGI:3651131|MGI:3649746|MGI:3650848|MGI:3651580|MGI:3651867|MGI:3705771|MGI:3652156|MGI:3705735|MGI:3783205|MGI:3783080|MGI:3651168|MGI:3650372|MGI:2686247|MGI:3650497|MGI:3705703|MGI:3645107|MGI:3783217|MGI:3646324|MGI:3648806|MGI:3801963|MGI:3650656|MGI:3641909|MGI:3650177|MGI:3647718|MGI:3650207|MGI:3649665|MGI:3649408|MGI:3648046|MGI:3649956|MGI:3652210|MGI:4360990|MGI:3649237|MGI:3646866|MGI:3649275|MGI:96760|MGI:3650448|MGI:3649545|MGI:3645838|MGI:3705589|MGI:3650599|MGI:99439|MGI:3644132|MGI:3649568|MGI:3652293|MGI:3649780|MGI:3651642|MGI:3649542|MGI:3652323|MGI:3652252|MGI:3705424|MGI:3651859|MGI:2663191|MGI:3705685|MGI:3705406|MGI:3802069|MGI:3783066|MGI:3705567|MGI:3649786|MGI:3705775|MGI:3650503|MGI:3649209|MGI:3651089|MGI:1321403|MGI:3650253|MGI:3651368|MGI:2148171|MGI:3651571|MGI:3783207|MGI:3646634|MGI:3801751|MGI:3705353|MGI:3650044|MGI:3649743|MGI:3650246|MGI:3651879|MGI:3651351|MGI:3650441|MGI:3652239|MGI:3649966|MGI:3649957|MGI:3651093|MGI:3649871|MGI:3650409|MGI:3651607|MGI:3705714|MGI:3783028|MGI:3652312|MGI:3650694|MGI:3650465|MGI:3651508|MGI:3649504|MGI:3649678|MGI:3651744|MGI:1859622|MGI:3802165|MGI:3650602|MGI:3801979|MGI:3783221|MGI:3801942|MGI:103018|MGI:3782963|MGI:3651166|MGI:3705665|MGI:3650787|MGI:3652276|MGI:3651540|MGI:3650723|MGI:3783061|MGI:3649751|MGI:3030824|MGI:3648477|MGI:3702407|MGI:3707362|MGI:3652004|MGI:3780110|MGI:1920674|MGI:3708125|MGI:3647437|MGI:3649726|MGI:3701980|MGI:3651497|MGI:3705590|MGI:103164|MGI:3783222|MGI:3651681|MGI:3652123|MGI:3650726|MGI:3650634|MGI:3705658|MGI:3651485|MGI:3650225|MGI:3651150|MGI:3649586|MGI:1891387|MGI:3708093|MGI:3649803|MGI:3650020|MGI:3648580|MGI:2449817|MGI:3649689|MGI:3708690|MGI:3648527|MGI:3802036|MGI:3709648|MGI:3649620|MGI:3705541|MGI:3650073|MGI:3650996|MGI:3651669|MGI:3650009|MGI:3648913|MGI:3651078|MGI:3649881|MGI:3649253|MGI:3650588|MGI:3651584|MGI:3649719|MGI:3650447|MGI:3651066|MGI:3650878|MGI:3782979|MGI:3648725|MGI:3651032|MGI:3647388|MGI:3705421|MGI:3649362|MGI:3651711|MGI:3649413|MGI:4439044|MGI:3649815|MGI:3651559|MGI:106813|MGI:3651756|MGI:3649544|MGI:3783019|MGI:3645866|MGI:1925312|MGI:3650552|MGI:3651332|MGI:3650746|MGI:3650290|MGI:3705472|MGI:3652001|MGI:3705486|MGI:3642944|MGI:3649375|MGI:3650877|MGI:3783017|MGI:3802170|MGI:3650381|MGI:3801793|MGI:3650270|MGI:3651096|MGI:3651801|MGI:3705599|MGI:3649812|MGI:3649580|MGI:3651142|MGI:3644309|MGI:3651677|MGI:3646407|MGI:3649475|MGI:3651715|MGI:3651551|MGI:3651442|MGI:3650062|MGI:3651918|MGI:3645394|MGI:3649715|MGI:3650486|MGI:3652310|MGI:3650106|MGI:3646270|MGI:3702435|MGI:3705886|MGI:3705463|MGI:3801976|MGI:3650150|MGI:3649236|MGI:3650417|MGI:3652027|MGI:3705447|MGI:3650268|MGI:3705887|MGI:3649457|MGI:3652196|MGI:3651522|MGI:3651455|MGI:3650139|MGI:3802045|MGI:3646389|MGI:3649673|MGI:3647900|MGI:3651599|MGI:3651490|MGI:3650609|MGI:3651577|MGI:3801753|MGI:3705423|MGI:3647834|MGI:3705403|MGI:3801989|MGI:3705489|MGI:3649205|MGI:3644875|MGI:3652201|MGI:3782977|MGI:3783018|MGI:3783049|MGI:3651094|MGI:3651741|MGI:3647646|MGI:3651807|MGI:3649494|MGI:3650849|MGI:3649649|MGI:3705516|MGI:3650802|MGI:3651473|MGI:3705413|MGI:3644644|MGI:3649865|MGI:3650453|MGI:3651023|MGI:3652057|MGI:1203519|MGI:3705794|MGI:3649448|MGI:3644215|MGI:3705562|MGI:3801756|MGI:3652338|MGI:3649486|MGI:3651018|MGI:3652274|MGI:3643525|MGI:3649989|MGI:3651010|MGI:3651513|MGI:3782000|MGI:3649024|MGI:3650690|MGI:3648526|MGI:3705535|MGI:1310005|MGI:3783154|MGI:3650890|MGI:3651713|MGI:3652026|MGI:3649800|MGI:3651876|MGI:3574105|MGI:3649722|MGI:3651520|MGI:3651275|MGI:3643474|MGI:3651085|MGI:3649798|MGI:3651606|MGI:3783143|MGI:3801843|MGI:3643813|MGI:3650093|MGI:3782007|MGI:3643043|MGI:3710628|MGI:3649526|MGI:3708092|MGI:109293|MGI:3652237|MGI:3649782|MGI:3650777|MGI:3802033|MGI:3650263|MGI:3651542|MGI:3652267|MGI:3649224|MGI:3650597|MGI:3643148|MGI:3650134|MGI:3649806|MGI:3650934|MGI:3802031|MGI:3645369|MGI:3649280|MGI:3651845|MGI:3649528|MGI:3705753|MGI:3650745|MGI:3651653|MGI:3783224|MGI:3649525|MGI:3644548|MGI:3650627|MGI:3650167|MGI:3649303|MGI:3651953|MGI:3650346|MGI:3649733|MGI:3650686|MGI:3801722|MGI:3648061|MGI:3650179|MGI:3645364|MGI:3650164|MGI:3651854|MGI:3783088|MGI:3783024|MGI:1915666|MGI:3649638|MGI:3651480|MGI:3652316|MGI:3650284|MGI:3649258|MGI:3651637|MGI:3646383|MGI:3652233|MGI:1935166|MGI:3644272|MGI:3650057|MGI:2142174|MGI:3707454|MGI:3649548|MGI:3651446|MGI:3651598|MGI:3705595|MGI:3651247|MGI:3648230|MGI:3651099|MGI:3646718|MGI:3651178|MGI:3705445|MGI:3650328|MGI:3645402|MGI:3705649|MGI:3782102|MGI:3651640|MGI:3802052|MGI:3705697|MGI:1917660|MGI:3651115|MGI:3651875|MGI:3651628|MGI:3781446|MGI:3783200|MGI:3783108|MGI:3649593|MGI:3649692|MGI:5452052|MGI:4421877|MGI:4422072|MGI:5456028|MGI:5454373|MGI:5454369|MGI:3811422|MGI:4421892|MGI:5452737|MGI:5455560|MGI:5455558|MGI:5455557|MGI:5456202|MGI:5456201|MGI:5453564|MGI:5451883|MGI:5455100|MGI:5453569|MGI:5455622|MGI:4421932|MGI:5452961|MGI:5452960|MGI:5454617|MGI:5456256|MGI:4422066|MGI:5453434|MGI:5453433|MGI:5454954|MGI:4421879|MGI:5451982|MGI:5454148|MGI:5451850|MGI:5455321|MGI:5452390|MGI:5454889|MGI:5453664|MGI:5453666|MGI:4421755|MGI:5454156|MGI:5454155|MGI:3811419|MGI:5452497|MGI:4422056|MGI:5455804|MGI:5455797|MGI:5454669|MGI:4421935|MGI:5452764|MGI:5454406|MGI:5454404|MGI:5454407|MGI:5454409|MGI:5455586|MGI:5451844|MGI:5455065|MGI:3650618|MGI:1922571|MGI:3651102|MGI:3649328|MGI:4439665|MGI:3705181|MGI:3705320|MGI:3650037|MGI:3705092|MGI:1920813|MGI:3705117|MGI:1920826|MGI:3650297|MGI:3802014|MGI:3528181|MGI:3649554|MGI:3649850|MGI:3649947|MGI:1915556|MGI:1921551|MGI:3704461|MGI:3651729|MGI:3649218|MGI:3782955|MGI:3801737|MGI:3780149|MGI:3649602|MGI:3783167|MGI:3649858|MGI:1924868|MGI:3650884|MGI:1925475|MGI:3705214|MGI:3652041|MGI:3686876|MGI:2142438|MGI:3652322|MGI:3652181|MGI:2685127|MGI:3705173|MGI:2139494|MGI:3647735|MGI:3652178|MGI:1924895|MGI:3028036|MGI:3705293|MGI:3650830|MGI:3801892|MGI:2685676|MGI:3801894|MGI:1925395|MGI:3783041|MGI:1920711|MGI:3801773|MGI:1918259|MGI:3782950|MGI:1920068|MGI:3711946|MGI:3650272|MGI:3650998|MGI:3650495|MGI:3650641|MGI:3826596|MGI:3650835|MGI:3651781|MGI:1918599|MGI:1915623|MGI:3650612|MGI:3650411|MGI:1918907|MGI:3651042|MGI:3651058|MGI:3649272|MGI:1925721|MGI:3782985|MGI:3651241|MGI:3650640|MGI:3783075|MGI:1924667|MGI:2138477|MGI:1917415|MGI:2443051|MGI:3783079|MGI:3650887|MGI:3651931|MGI:3801866|MGI:3705102|MGI:3651615|MGI:3780904|MGI:1917808|MGI:3650371|MGI:2442533|MGI:3651779|MGI:3651913|MGI:2446636|MGI:3649410|MGI:3649394|MGI:3650300|MGI:3646746|MGI:3782969|MGI:3649572|MGI:3826521|MGI:3705298|MGI:3650945|MGI:3651946|MGI:3651140|MGI:1920859|MGI:3705174|MGI:3783065|MGI:3651411|MGI:3649647|MGI:3649228|MGI:3650633|MGI:3652247|MGI:3652283|MGI:3652139|MGI:1926055|MGI:3652110|MGI:3705137|MGI:3651350|MGI:4439757|MGI:1920878|MGI:3702169|MGI:3649724|MGI:3801826|MGI:3651097|MGI:3801760|MGI:3705315|MGI:3705103|MGI:3801947|MGI:3041236|MGI:4439675|MGI:3649683|MGI:3702171|MGI:3651331|MGI:1917218|MGI:3652159|MGI:3652087|MGI:3801956|MGI:1922481|MGI:3782304|MGI:3780212|MGI:3826519|MGI:3802067|MGI:1922511|MGI:3650561|MGI:1918228|MGI:3651159|MGI:3615375|MGI:3649450|MGI:3783145|MGI:3651616|MGI:1922226|MGI:3652086|MGI:3783177|MGI:1923468|MGI:3651421|MGI:1923854|MGI:3705308|MGI:1924591|MGI:3650832|MGI:3782967|MGI:5623499|MGI:3705254|MGI:3650798|MGI:3802096|MGI:3705126|MGI:1918408|MGI:4439610|MGI:3649704|MGI:3650266|MGI:1925448|MGI:4439720|MGI:1921952|MGI:3801786|MGI:3783155|MGI:3650242|MGI:3650828|MGI:3651772|MGI:3650549|MGI:3840139|MGI:1925450|MGI:3651307|MGI:3802163|MGI:1925099|MGI:3650216|MGI:3783010|MGI:3702049|MGI:3650620|MGI:3651699|MGI:3783101|MGI:3697433|MGI:1917426|MGI:3783165|MGI:3705269|MGI:1925593|MGI:3826560|MGI:1922792|MGI:3705150|MGI:3645282|MGI:3651632|MGI:3650098|MGI:3650854|MGI:3705241|MGI:1922218|MGI:3651324|MGI:3649841|MGI:3650719|MGI:3802050|MGI:1923086|MGI:3704357|MGI:5594361|MGI:3801886|MGI:3650976|MGI:3651941|MGI:1918826|MGI:1924124|MGI:3705091|MGI:3650807|MGI:3649345|MGI:4439646|MGI:3801955|MGI:3652008|MGI:3651064|MGI:3705261|MGI:3649903|MGI:3650675|MGI:1926012|MGI:3648234|MGI:3801763|MGI:3651047|MGI:3782456|MGI:3801842|MGI:3651924|MGI:3649826|MGI:3649263|MGI:3705100|MGI:3801744|MGI:3652064|MGI:3651119|MGI:2141339|MGI:3041224|MGI:3783084|MGI:3649487|MGI:1914010|MGI:3648153|MGI:3705307|MGI:3647921|MGI:3826549|MGI:3802066|MGI:3783032|MGI:1920946|MGI:3783082|MGI:2443867|MGI:3651959|MGI:3801730|MGI:1921911|MGI:3783044|MGI:3705140|MGI:1926008|MGI:3650023|MGI:3705317|MGI:3801916|MGI:3045389|MGI:3802004|MGI:3643955|MGI:3651357|MGI:3651101|MGI:3649923|MGI:3782020|MGI:3705188|MGI:3651891|MGI:3708108|MGI:3650413|MGI:3705158|MGI:3649600|MGI:3649779|MGI:3649736|MGI:3649455|MGI:3643169|MGI:3649505|MGI:3650596|MGI:3651870|MGI:3652304|MGI:1918485|MGI:3649948|MGI:1922401|MGI:3651566|MGI:1921172|MGI:3649537|MGI:3782942|MGI:3801803|MGI:3652224|MGI:3651410|MGI:4439655|MGI:3651768|MGI:3643359|MGI:3648637|MGI:1923146|MGI:3705106|MGI:3802133|MGI:3701958|MGI:3651547|MGI:3783209|MGI:1921309|MGI:3651181|MGI:3649716|MGI:3652160|MGI:2685671|MGI:1914774|MGI:3650972|MGI:1921122|MGI:3651236|MGI:1918760|MGI:3649443|MGI:2149332|MGI:3649241|MGI:3650531|MGI:3651156|MGI:3802005|MGI:3783246|MGI:3802083|MGI:3702047|MGI:3840145|MGI:3651516|MGI:3651244|MGI:3650783|MGI:3705206|MGI:3651539|MGI:3801772|MGI:1918493|MGI:3705287|MGI:3840138|MGI:3651764|MGI:3705247|MGI:3646016|MGI:3705280|MGI:3651299|MGI:3705148|MGI:3650646|MGI:4439523|MGI:1921188|MGI:3650128|MGI:3645695|MGI:3650844|MGI:3650294|MGI:1924246|MGI:3604110|MGI:3645212|MGI:3805548|MGI:3802173|MGI:3652305|MGI:1923253|MGI:3781939|MGI:1925085|MGI:3650573|MGI:3039570|MGI:1925891|MGI:1922618|MGI:3783078|MGI:3783128|MGI:3705255|MGI:3801965|MGI:4439857|MGI:3649215|MGI:3650747|MGI:3651697|MGI:3650383|MGI:3705096|MGI:3802082|MGI:2151103|MGI:3650195|MGI:3651177|MGI:3650125|MGI:3699632|MGI:1922758|MGI:3651624|MGI:3801724|MGI:3647277|MGI:1925310|MGI:2442924|MGI:3650695|MGI:1920735|MGI:3649277|MGI:3650982|MGI:3650875|MGI:1922529|MGI:3652332|MGI:3801750|MGI:3651467|MGI:3650585|MGI:3647567|MGI:2443559|MGI:3705286|MGI:3705141|MGI:1922513|MGI:2441857|MGI:1922698|MGI:3649637|MGI:3705253|MGI:3802142|MGI:3651428|MGI:3651548|MGI:1925474|MGI:3826571|MGI:3651836|MGI:1924423|MGI:2444126|MGI:3705291|MGI:3649284|MGI:3650262|MGI:3650649|MGI:3801959|MGI:3801964|MGI:1922639|MGI:3650197|MGI:3652259|MGI:1924950|MGI:3702093|MGI:3649783|MGI:3650382|MGI:3801888|MGI:1922195|MGI:3649797|MGI:3651696|MGI:3650043|MGI:1925865|MGI:3649869|MGI:3802103|MGI:3650642|MGI:1925439|MGI:3651500|MGI:3649762|MGI:3650462|MGI:3651521|MGI:3802172|MGI:3709388|MGI:3650942|MGI:3650643|MGI:4414968|MGI:1922289|MGI:3826580|MGI:3649477|MGI:3650265|MGI:3651464|MGI:3801718|MGI:3650069|MGI:3801721|MGI:3650358|MGI:3801800|MGI:3650323|MGI:3649387|MGI:1918547|MGI:2686486|MGI:3650450|MGI:1918863|MGI:3650210|MGI:3651968|MGI:3035071|MGI:3651272|MGI:3650267|MGI:3045237|MGI:3705152|MGI:3783000|MGI:3650370|MGI:3802105|MGI:3758174|MGI:3802054|MGI:3783025|MGI:3826536|MGI:2140270|MGI:1925096|MGI:3650598|MGI:3782946|MGI:1918238|MGI:3783037|MGI:3643003|MGI:3647032|MGI:1925741|MGI:3651602|MGI:3650008|MGI:3652256|MGI:3801757|MGI:1920738|MGI:1913597|MGI:3649785|MGI:3802102|MGI:5663291|MGI:3650697|MGI:4439650|MGI:1916389|MGI:3041161|MGI:1921921|MGI:1922133|MGI:3783027|MGI:3705289|MGI:3702115|MGI:3650058|MGI:3783123|MGI:3651180|MGI:3649479|MGI:3651057|MGI:3651305|MGI:3649666|MGI:3782992|MGI:3705195|MGI:3649784|MGI:3651286|MGI:3649274|MGI:3651070|MGI:3802140|MGI:1918566|MGI:3649427|MGI:1917026|MGI:3650943|MGI:3783198|MGI:3651189|MGI:1921959|MGI:3643254|MGI:3651323|MGI:5440235|MGI:1918404|MGI:3780104|MGI:3045381|MGI:3782974|MGI:1920616|MGI:3649247|MGI:1914033|MGI:1923196|MGI:3801731|MGI:1921937|MGI:3705292|MGI:1918570|MGI:3650954|MGI:3651382|MGI:3651626|MGI:3802081|MGI:3649787|MGI:3802076|MGI:1920553|MGI:3705288|MGI:2675468|MGI:3650529|MGI:3801882|MGI:3041209|MGI:3651440|MGI:3650729|MGI:3039588|MGI:1920268|MGI:1920808|MGI:3642975|MGI:3649392|MGI:3651365|MGI:3650941|MGI:3650426|MGI:3650628|MGI:3801821|MGI:3649248|MGI:3650983|MGI:3651257|MGI:2685744|MGI:3651933|MGI:3649902|MGI:3650414|MGI:3705184|MGI:3651949|MGI:3705263|MGI:3650866|MGI:1923137|MGI:3651157|MGI:3649239|MGI:3802061|MGI:3649365|MGI:3648443|MGI:3802058|MGI:3649960|MGI:2685232|MGI:3705107|MGI:3783127|MGI:3651964|MGI:3840146|MGI:3705170|MGI:3650390|MGI:3650707|MGI:3705201|MGI:3651937|MGI:1920734|MGI:1925372|MGI:3645259|MGI:3705277|MGI:1925104|MGI:3651228|MGI:1914833|MGI:3649269|MGI:3647391|MGI:3647731|MGI:3647125|MGI:3649698|MGI:3802132|MGI:1921549|MGI:1923981|MGI:3801993|MGI:3705209|MGI:3651378|MGI:3705229|MGI:3651445|MGI:3650784|MGI:2148639|MGI:1914798|MGI:3801874|MGI:3651041|MGI:3651929|MGI:3650683|MGI:1923066|MGI:3649344|MGI:3801930|MGI:3650929|MGI:2145435|MGI:1922644|MGI:1916659|MGI:3783071|MGI:3826579|MGI:3650533|MGI:1921933|MGI:3705257|MGI:3650374|MGI:1920902|MGI:3783007|MGI:3783081|MGI:3651507|MGI:3649817|MGI:3649624|MGI:3705306|MGI:3651700|MGI:1926091|MGI:3649854|MGI:1921434|MGI:3702655|MGI:3650027|MGI:3826604|MGI:3646320|MGI:3651905|MGI:3045377|MGI:3651209|MGI:2442269|MGI:3802121|MGI:3650051|MGI:3651586|MGI:1917058|MGI:3650825|MGI:3650120|MGI:1918304|MGI:3783099|MGI:3783140|MGI:3802084|MGI:3651674|MGI:2685217|MGI:3649476|MGI:3782982|MGI:3783053|MGI:3840137|MGI:3650905|MGI:3702167|MGI:3650295|MGI:3705278|MGI:3650087|MGI:3705138|MGI:3801857|MGI:3705179|MGI:3650161|MGI:5446771|MGI:3652140|MGI:1922134|MGI:3802131|MGI:3651364|MGI:3801758|MGI:3649848|MGI:3652257|MGI:3650700|MGI:1921124|MGI:3651504|MGI:3649561|MGI:3648617|MGI:3782960|MGI:3705098|MGI:3650795|MGI:3705245|MGI:3649604|MGI:4439688|MGI:3649222|MGI:3651828|MGI:3026946|MGI:3649729|MGI:3650123|MGI:1925866|MGI:3651277|MGI:3705187|MGI:3649651|MGI:3652138|MGI:3801759|MGI:3702680|MGI:3783094|MGI:3705122|MGI:5455605|MGI:5455604|MGI:5456054|MGI:5454427|MGI:5454426|MGI:5454423|MGI:5454929|MGI:5454930|MGI:5454931|MGI:5453760|MGI:5452944|MGI:5452946|MGI:5452949|MGI:5455745|MGI:5455336|MGI:5454893|MGI:5452056|MGI:5452054|MGI:5452567|MGI:5454217|MGI:5454219|MGI:5453376|MGI:5453375|MGI:5453218|MGI:5451816|MGI:5453007|MGI:5453008|MGI:5453009|MGI:5453010|MGI:5453452|MGI:5455826|MGI:5453453|MGI:5454022|MGI:5452335|MGI:5455167|MGI:5454832|MGI:5455270|MGI:5452660|MGI:5454564|MGI:3836969|MGI:5453607|MGI:5453167|MGI:5451923|MGI:5454768|MGI:5454770|MGI:5454769|MGI:3837215|MGI:5454039|MGI:5453030|MGI:5452595|MGI:5452591|MGI:5455118|MGI:5453445|MGI:5452155|MGI:5453838|MGI:5455847|MGI:5454493|MGI:5455414|MGI:5456128|MGI:5452875|MGI:5452883|MGI:5451990|MGI:5453531|MGI:5453169|MGI:5451859|MGI:5452378|MGI:5455183|MGI:5455204|MGI:5455205|MGI:5455207|MGI:5455690|MGI:5455688|MGI:3837216|MGI:5454067|MGI:5452900|MGI:5452898|MGI:5456188|MGI:5456192|MGI:5451945|MGI:5453159|MGI:5455445|MGI:5455438|MGI:5452620|MGI:5452112|MGI:5453787|MGI:5453788|MGI:5453786|MGI:5453277|MGI:5454957|MGI:5452658|MGI:3837040|MGI:5454960|MGI:5454962|MGI:5456085|MGI:5455666|MGI:5455664|MGI:5455662|MGI:5455659|MGI:5454017|MGI:3837213|MGI:5455163|MGI:5453332|MGI:5453330|MGI:5453334|MGI:5453336|MGI:5455483|MGI:5456149|MGI:3837218|MGI:5452862|MGI:3837217|MGI:5452854|MGI:5453417|MGI:3837034|MGI:5454176|MGI:5452431|MGI:5454213|MGI:5452821|MGI:5454216|MGI:5454736|MGI:5451875|MGI:5453556|MGI:5453559|MGI:5453560|MGI:5454314|MGI:5452742|MGI:5453968|MGI:5453963|MGI:5453093|MGI:5452808|MGI:5452088|MGI:3837036|MGI:5456260|MGI:5454622|MGI:5455111|MGI:5455106|MGI:5453440|MGI:5452580|MGI:5453772|MGI:5453777|MGI:5452111|MGI:5452105|MGI:5455326|MGI:5455335|MGI:5452506|MGI:5452510|MGI:5451988|MGI:5453671|MGI:5452999|MGI:5453000|MGI:5454677|MGI:5454168|MGI:5455814|MGI:5455816|MGI:5455150|MGI:5455148|MGI:5452318|MGI:5452317|MGI:5452165|MGI:5455001|MGI:5456134|MGI:5456132|MGI:5456130|MGI:5454507|MGI:5454501|MGI:3837018|MGI:5452845|MGI:5455639|MGI:5453988|MGI:5452388|MGI:5453035|MGI:5454708|MGI:5454716|MGI:5454722|MGI:5451867|MGI:5451866|MGI:5451862|MGI:5455377|MGI:5452543|MGI:5454656|MGI:5454773|MGI:5454791|MGI:5455947|MGI:5453127|MGI:5452617|MGI:5453594|MGI:5453780|MGI:5453779|MGI:5454637|MGI:5452891|MGI:5455684|MGI:5455682|MGI:5455042|MGI:5452059|MGI:5453359|MGI:5453360|MGI:5452207|MGI:5452212|MGI:5452205|MGI:5452724|MGI:5452717|MGI:5452725|MGI:5452719|MGI:5455549|MGI:5453165|MGI:3836967|MGI:5454825|MGI:5451852|MGI:5454820|MGI:5451983|MGI:5453833|MGI:5453827|MGI:5455490|MGI:5455489|MGI:3837039|MGI:5452667|MGI:3837206|MGI:5454327|MGI:5452984|MGI:5454413|MGI:5452959|MGI:5452300|MGI:3836973|MGI:5454124|MGI:5452444|MGI:5452442|MGI:5452440|MGI:5453600|MGI:5453596|MGI:3836976|MGI:5451913|MGI:5454455|MGI:5452800|MGI:5454655|MGI:5451791|MGI:5455781|MGI:5452973|MGI:3837211|MGI:5452309|MGI:5454001|MGI:5455146|MGI:5456138|MGI:5456137|MGI:5456136|MGI:5453256|MGI:5453252|MGI:5453250|MGI:5454652|MGI:5452104|MGI:5454940|MGI:5455614|MGI:5455608|MGI:3836970|MGI:5455125|MGI:5455935|MGI:5452277|MGI:5452485|MGI:5453281|MGI:5455222|MGI:3644831|MGI:4414979|MGI:3826534|MGI:3801844|MGI:4415005|MGI:3781646|MGI:4415001|MGI:2146052|MGI:3783166|MGI:3646937|MGI:4414989|MGI:3801748|MGI:3802110|MGI:4414988|MGI:1924353|MGI:3802042|MGI:3801994|MGI:4414984|MGI:1916558|MGI:3704303|MGI:3648643|MGI:1916312|MGI:3781690|MGI:1922520|MGI:3783126|MGI:3783199|MGI:3645403|MGI:3801887|MGI:3801973|MGI:4414995|MGI:3801926|MGI:3801820|MGI:3704203|MGI:4414990|MGI:2443755|MGI:3801879|MGI:3783202|MGI:4414962|MGI:4414982|MGI:3782676|MGI:3802155|MGI:3801880|MGI:3783011|MGI:1923108|MGI:1925332|MGI:1922122|MGI:1921121|MGI:3651370|MGI:3709621|MGI:3783106|MGI:4414983|MGI:4414978|MGI:3783176|MGI:1278326|MGI:3801939|MGI:1925262|MGI:3801797|MGI:3783186|MGI:3802010|MGI:3826557|MGI:98898|MGI:3801868|MGI:3780557|MGI:3649156|MGI:1917131|MGI:106627|MGI:3801733|MGI:3840155|MGI:3783158|MGI:3586838|MGI:3780128|MGI:3801853|MGI:3802000|MGI:3826590|MGI:3041214|MGI:3801972|MGI:3801859|MGI:3802049|MGI:3643352|MGI:1920464|MGI:1916281|MGI:3644183|MGI:3826569|MGI:3802034|MGI:3801831|MGI:3801896|MGI:99686|MGI:3802160|MGI:3781253|MGI:3802047|MGI:2685460|MGI:3647055|MGI:3802089|MGI:3580642|MGI:3576049|MGI:3708796|MGI:3042847|MGI:3826556|MGI:3782970|MGI:3802108|MGI:3801714|MGI:1922264|MGI:2146536|MGI:3801837|MGI:3783100|MGI:4414969|MGI:1923177|MGI:3801975|MGI:4414974|MGI:3826551|MGI:3802156|MGI:3826592|MGI:4820558|MGI:3781465|MGI:3801982|MGI:3584270|MGI:1913987|MGI:4938053|MGI:3780953|MGI:3647186|MGI:1918999|MGI:4936958|MGI:4938026|MGI:4937976|MGI:4937908|MGI:4937975|MGI:4937904|MGI:3781221|MGI:4937883|MGI:3644948|MGI:4937036|MGI:4936905|MGI:4937285|MGI:3647029|MGI:3782796|MGI:3646756|MGI:3645422|MGI:4937985|MGI:4938034|MGI:3041158|MGI:4938007|MGI:4937205|MGI:4937887|MGI:3779798|MGI:3030290|MGI:3646861|MGI:2685120|MGI:95633|MGI:2685611|MGI:3644982|MGI:3645508|MGI:3645954|MGI:4937054|MGI:4938040|MGI:4937129|MGI:3781303|MGI:3647803|MGI:4937011|MGI:3644593|MGI:3782634|MGI:3643799|MGI:4938046|MGI:4937901|MGI:5529083|MGI:1917112|MGI:4938039|MGI:3588218|MGI:3644434|MGI:4938033|MGI:4938024|MGI:3645798|MGI:3644192|MGI:3643245|MGI:3644176|MGI:3780148|MGI:3646642|MGI:3642786|MGI:4938045|MGI:4937932|MGI:3782719|MGI:2686053|MGI:3612244|MGI:4936938|MGI:3647641|MGI:4937179|MGI:4937947|MGI:3782940|MGI:4937886|MGI:3781456|MGI:4936886|MGI:3646219|MGI:3645556|MGI:4938061|MGI:4937064|MGI:4937878|MGI:3648581|MGI:4938041|MGI:4937984|MGI:3648134|MGI:4937962|MGI:3646590|MGI:3646506|MGI:4937867|MGI:1917788|MGI:3782395|MGI:3645130|MGI:3781073|MGI:4938055|MGI:4936971|MGI:4937915|MGI:4937021|MGI:4937998|MGI:3704382|MGI:4937852|MGI:3781447|MGI:2684890|MGI:3781628|MGI:3761695|MGI:3645984|MGI:2144426|MGI:2143891|MGI:4937206|MGI:3648804|MGI:2182837|MGI:3705243|MGI:3643253|MGI:3646976|MGI:1916456|MGI:4937873|MGI:3781801|MGI:2444600|MGI:3781931|MGI:3645789|MGI:3648212|MGI:4936993|MGI:1925426|MGI:3648758|MGI:4938016|MGI:4937953|MGI:4937175|MGI:4937925|MGI:1201688|MGI:3646368|MGI:4937968|MGI:4938004|MGI:3704483|MGI:4938015|MGI:3645370|MGI:3782023|MGI:3646283|MGI:3781208|MGI:4937043|MGI:3708691|MGI:3647495|MGI:3030255|MGI:2685386|MGI:3040681|MGI:4937899|MGI:3782652|MGI:3646307|MGI:4937990|MGI:3642744|MGI:4937162|MGI:2685287|MGI:3039596|MGI:5141967|MGI:1921851|MGI:3779650|MGI:5141897|MGI:5141872|MGI:5141881|MGI:5141936|MGI:2148500|MGI:1925048|MGI:5011530|MGI:3757998|MGI:5141994|MGI:5011992|MGI:5141980|MGI:5141891|MGI:5141920|MGI:3780479|MGI:5141965|MGI:5141930|MGI:1925889|MGI:3647539|MGI:3648914|MGI:3649086|MGI:1922706|MGI:1922330|MGI:3779618|MGI:3034340|MGI:5141857|MGI:5141941|MGI:5009946|MGI:2444190|MGI:5141927|MGI:5141978|MGI:5141871|MGI:5011143|MGI:5010918|MGI:5141921|MGI:3646857|MGI:5141860|MGI:5141996|MGI:5141885|MGI:5141870|MGI:5011431|MGI:5010528|MGI:3782328|MGI:2145128|MGI:1916731|MGI:5012504|MGI:3642963|MGI:5141940|MGI:1922221|MGI:5141955|MGI:5141973|MGI:3647318|MGI:1914241|MGI:3781830|MGI:4834323|MGI:4834240|MGI:5455039|MGI:4950426|MGI:4834306|MGI:5454292|MGI:5452637|MGI:5452636|MGI:5455455|MGI:4950420|MGI:4950460|MGI:4834253|MGI:5454803|MGI:4950445|MGI:4834230|MGI:4834329|MGI:5452467|MGI:5455704|MGI:2676865|MGI:5453415|MGI:5530743|MGI:5454601|MGI:5454107|MGI:5454105|MGI:5452426|MGI:5455418|MGI:5455513|MGI:5455508|MGI:5453861|MGI:5454338|MGI:5452681|MGI:5455997|MGI:5455996|MGI:4950453|MGI:5454848|MGI:4834307|MGI:5453698|MGI:5453934|MGI:2676841|MGI:5452237|MGI:4950428|MGI:5455080|MGI:5455078|MGI:5455918|MGI:4834328|MGI:4834254|MGI:5454590|MGI:5454593|MGI:4950415|MGI:5452929|MGI:5452933|MGI:5455726|MGI:4834248|MGI:5454100|MGI:4950390|MGI:5454098|MGI:4834303|MGI:5452419|MGI:4950411|MGI:4834320|MGI:4834256|MGI:4441441|MGI:5454142|MGI:5455775|MGI:5455776|MGI:4950385|MGI:5453146|MGI:5454812|MGI:4834249|MGI:5451961|MGI:4834252|MGI:3718513|MGI:5455023|MGI:5455029|MGI:5455527|MGI:4834231|MGI:5453888|MGI:5453885|MGI:3619443|MGI:5453883|MGI:4834327|MGI:5452710|MGI:4950459|MGI:5456014|MGI:4834310|MGI:5454748|MGI:5454747|MGI:4950427|MGI:5451895|MGI:3837035|MGI:5455893|MGI:1923906|MGI:5318559|MGI:5452432|MGI:5454968|MGI:5012083|MGI:5313149|MGI:3852486|MGI:5313129|MGI:1921227|MGI:5453144|MGI:5455219|MGI:5313138|MGI:5313074|MGI:5451818|MGI:3648532|MGI:5452341|MGI:5313060|MGI:2685767|MGI:5313152|MGI:5452867|MGI:5454533|MGI:5313057|MGI:3605633|MGI:5453349|MGI:5313140|MGI:5453462|MGI:3648385|MGI:5313064|MGI:1922757|MGI:5531239|MGI:5313084|MGI:5453643|MGI:5313133|MGI:3782069|MGI:2139767|MGI:5010602|MGI:5313122|MGI:5454198|MGI:5313163|MGI:5455845|MGI:5455368|MGI:5010540|MGI:3852490|MGI:5313095|MGI:5452172|MGI:3645308|MGI:3645052|MGI:5012152|MGI:3647603|MGI:1925409|MGI:5454316|MGI:3781211|MGI:3781439|MGI:3781805|MGI:3823028|MGI:4441435|MGI:5451943|MGI:2685225|MGI:3030297|MGI:5455303|MGI:3761374|MGI:3643118|MGI:3588210|MGI:5453249|MGI:3644409|MGI:3807545|MGI:5453769|MGI:3801933|MGI:3648176|MGI:3644181|MGI:3648731|MGI:5434011|MGI:3643775|MGI:3647882|MGI:3650991|MGI:5454700|MGI:5454701|MGI:2684908|MGI:3649942|MGI:3779142|MGI:3642251|MGI:3643292|MGI:5454184|MGI:3781961|MGI:2685779|MGI:5453394|MGI:5439438|MGI:3779586|MGI:1924608|MGI:5434915|MGI:5454084|MGI:3646467|MGI:3781346|MGI:3649879|MGI:3704424|MGI:5455650|MGI:2442999|MGI:3701966|MGI:3809197|MGI:5439441|MGI:5455137|MGI:1349183|MGI:3642676|MGI:3028035|MGI:4421948|MGI:4937872|MGI:3710532|MGI:5454752|MGI:5434458|MGI:5453582|MGI:5453580|MGI:5434010|MGI:3642045|MGI:3761373|MGI:1195963|MGI:5452064|MGI:3644226|MGI:3779933|MGI:3646563|MGI:5456062|MGI:3781514|MGI:3031347|MGI:5452629|MGI:2686543|MGI:3645339|MGI:5453435|MGI:3701981|MGI:5455808|MGI:3646519|MGI:5012254|MGI:5456152|MGI:5434057|MGI:2685427|MGI:5531016|MGI:5452326|MGI:3644742|MGI:5455157|MGI:5455241|MGI:5454744|MGI:3781190|MGI:5434023|MGI:2177474|MGI:5455394|MGI:3651951|MGI:5439456|MGI:5434027|MGI:3641964|MGI:5452223|MGI:3643798|MGI:3704266|MGI:3819491|MGI:5455061|MGI:5439452|MGI:5141939|MGI:5454082|MGI:5454080|MGI:3779867|MGI:5456021|MGI:1924020|MGI:5452728|MGI:5456242|MGI:5434674|MGI:5455090|MGI:5452251|MGI:3770275|MGI:5453959|MGI:5434537|MGI:3644639|MGI:3031124|MGI:3648307|MGI:3645219|MGI:5452393|MGI:2157900|MGI:5454572|MGI:5439432|MGI:3588235|MGI:1920548|MGI:97972|MGI:5453290|MGI:4937875|MGI:5453198|MGI:4938001|MGI:5454201|MGI:2685891|MGI:3603579|MGI:5453458|MGI:3704375|MGI:5454242|MGI:2686470|MGI:3629909|MGI:3642261|MGI:3588236|MGI:5455595|MGI:3645172|MGI:3782645|MGI:5433925|MGI:3643219|MGI:1922055|MGI:5451845|MGI:5455189|MGI:5452360|MGI:5454042|MGI:3644652|MGI:5453064|MGI:5439445|MGI:3779591|MGI:5452664|MGI:5455484|MGI:3648910|MGI:3650771|MGI:3648114|MGI:5011853|MGI:5454756|MGI:5434255|MGI:3761375|MGI:5455917|MGI:105949|MGI:3710610|MGI:3648520|MGI:5455012|MGI:3642295|MGI:5453344|MGI:3779938|MGI:5452695|MGI:5434050|MGI:3036279|MGI:3646892|MGI:2685750|MGI:5455766|MGI:5579079|MGI:5453570|MGI:3708707|MGI:5456008|MGI:4834311|MGI:3781636|MGI:3704412|MGI:88604|MGI:2448469|MGI:3780828|MGI:5453347|MGI:5455022|MGI:3781207|MGI:5477316|MGI:4936942|MGI:5477152|MGI:3781687|MGI:5477040|MGI:5477217|MGI:5477067|MGI:2442126|MGI:3704350|MGI:5010521|MGI:1922470|MGI:5477345|MGI:5477285|MGI:2152336|MGI:5477355|MGI:5477366|MGI:5477157|MGI:2443180|MGI:5477312|MGI:103115|MGI:5477253|MGI:5477237|MGI:1921852|MGI:1918571|MGI:3647232|MGI:5477372|MGI:5477219|MGI:2443112|MGI:5477073|MGI:3648456|MGI:3779636|MGI:5477075|MGI:5477083|MGI:2442825|MGI:3588223|MGI:5477120|MGI:3782387|MGI:5477274|MGI:5477006|MGI:3641830|MGI:2443762|MGI:5477159|MGI:5504106|MGI:5477194|MGI:5477193|MGI:5477192|MGI:5477044|MGI:5477092|MGI:5477348|MGI:4936884|MGI:3643223|MGI:3648658|MGI:5477297|MGI:5477299|MGI:3643983|MGI:5477179|MGI:5477178|MGI:1917134|MGI:96114|MGI:5477329|MGI:2146194|MGI:5477365|MGI:5477364|MGI:1918184|MGI:5477165|MGI:5477112|MGI:5477225|MGI:1923682|MGI:5477156|MGI:1922495|MGI:5477211|MGI:2444519|MGI:5477369|MGI:5477368|MGI:3643204|MGI:1922620|MGI:3781379|MGI:5477050|MGI:5477326|MGI:1919509|MGI:4439882|MGI:5477389|MGI:4439543|MGI:5477079|MGI:5477078|MGI:5477145|MGI:5477146|MGI:5477031|MGI:5477190|MGI:5477189|MGI:1923059|MGI:5477340|MGI:5477339|MGI:5477086|MGI:2685651|MGI:5477244|MGI:5477132|MGI:5504080|MGI:3649057|MGI:5477170|MGI:1923933|MGI:2144233|MGI:5477003|MGI:3779456|MGI:1921946|MGI:5477322|MGI:1924844|MGI:1922001|MGI:1914024|MGI:5477359|MGI:5477356|MGI:1924761|MGI:1922129|MGI:5477255|MGI:5477103|MGI:5477106|MGI:5477105|MGI:5477138|MGI:5477140|MGI:5477141|MGI:1922150|MGI:4937142|MGI:5477236|MGI:1916843|MGI:3641671|MGI:1916682|MGI:1914589|MGI:5477343|MGI:5477082|MGI:2443529|MGI:2442421|MGI:5477181|MGI:1925437|MGI:5477129|MGI:1917773|MGI:5477270|MGI:1921149|MGI:5477240|MGI:3780284|MGI:3647136|MGI:4937107|MGI:5477048|MGI:5477306|MGI:5477149|MGI:5477406|MGI:3646538|MGI:2444135|MGI:5477249|MGI:5477353|MGI:3697434|MGI:3642713|MGI:2685664|MGI:3781826|MGI:5477294|MGI:4439818|MGI:3643616|MGI:3647443|MGI:1914768|MGI:3648147|MGI:3649108|MGI:5009986|MGI:5504067|MGI:3645941|MGI:5504033|MGI:3647692|MGI:3779751|MGI:5504086|MGI:5009950|MGI:3642442|MGI:3648032|MGI:3646641|MGI:3647637|MGI:5504141|MGI:5504163|MGI:5504142|MGI:3644126|MGI:5434897|MGI:3780714|MGI:5504129|MGI:3647096|MGI:5504040|MGI:5434113|MGI:5504095|MGI:5504094|MGI:5011007|MGI:3644864|MGI:5504148|MGI:3649005|MGI:3648260|MGI:5504058|MGI:3645643|MGI:5504110|MGI:5295681|MGI:3779827|MGI:1923912|MGI:5009828|MGI:3643201|MGI:3780634|MGI:3647098|MGI:5504122|MGI:5504123|MGI:5504075|MGI:3782847|MGI:5504155|MGI:5009983|MGI:3644454|MGI:3645932|MGI:3643248|MGI:5504052|MGI:5504051|MGI:3780363|MGI:5504138|MGI:3646648|MGI:5504090|MGI:5504093|MGI:3642518|MGI:3644379|MGI:5504077|MGI:3041255|MGI:3643920|MGI:5504098|MGI:5504099|MGI:1918869|MGI:3643135|MGI:3647439|MGI:3646694|MGI:3781847|MGI:3782758|MGI:5530711|MGI:5530994|MGI:5530993|MGI:5531211|MGI:5530955|MGI:5531090|MGI:5531350|MGI:5547775|MGI:1922817|MGI:5531164|MGI:5531336|MGI:5531335|MGI:5531337|MGI:1923332|MGI:5530656|MGI:5530655|MGI:5531305|MGI:5521096|MGI:5531231|MGI:5531091|MGI:5531093|MGI:5530933|MGI:5530882|MGI:5530792|MGI:3647802|MGI:5531109|MGI:5531376|MGI:5454726|MGI:5440479|MGI:5531189|MGI:5530692|MGI:5530732|MGI:5521029|MGI:3779804|MGI:5521046|MGI:5530645|MGI:5530663|MGI:5530768|MGI:5531070|MGI:5531049|MGI:5521009|MGI:5521055|MGI:5530745|MGI:5530747|MGI:5530748|MGI:5531254|MGI:5521010|MGI:5531247|MGI:5530916|MGI:5530918|MGI:5530661|MGI:5531146|MGI:5531273|MGI:5531141|MGI:5530828|MGI:5530830|MGI:2685959|MGI:5531180|MGI:5530677|MGI:5530991|MGI:3642737|MGI:5530685|MGI:5530683|MGI:5531123|MGI:5531125|MGI:3649357|MGI:5521044|MGI:5531060|MGI:1915766|MGI:5530963|MGI:5530970|MGI:5530968|MGI:5531204|MGI:5531195|MGI:5521089|MGI:5531201|MGI:5530699|MGI:5547777|MGI:5531001|MGI:5530909|MGI:5530905|MGI:5531413|MGI:5531416|MGI:5547789|MGI:5530716|MGI:5531214|MGI:5531215|MGI:5520994|MGI:5521015|MGI:5531035|MGI:5531034|MGI:1924369|MGI:5531036|MGI:5011006|MGI:5530821|MGI:5547780|MGI:5530958|MGI:5530784|MGI:5521006|MGI:5521087|MGI:5530850|MGI:3619323|MGI:5531205|MGI:5530781|MGI:3644125|MGI:5012296|MGI:3619391|MGI:5530939|MGI:5531290|MGI:5521083|MGI:3645880|MGI:5521054|MGI:5531347|MGI:5530813|MGI:5531133|MGI:5531313|MGI:5530809|MGI:5530807|MGI:5531020|MGI:5531019|MGI:5530731|MGI:5531237|MGI:5531225|MGI:5521039|MGI:5531386|MGI:5531385|MGI:5530978|MGI:5531038|MGI:5531039|MGI:5010161|MGI:5530739|MGI:5530740|MGI:5521070|MGI:5521097|MGI:97950|MGI:5521005|MGI:5531311|MGI:5530869|MGI:5531312|MGI:5531310|MGI:5530673|MGI:5530674|MGI:5531175|MGI:5531242|MGI:5531244|MGI:5530950|MGI:5531302|MGI:5531280|MGI:5531147|MGI:5530751|MGI:5530787|MGI:4938017|MGI:5530706|MGI:5530704|MGI:5530702|MGI:5530987|MGI:1915942|MGI:5530863|MGI:1915619|MGI:5531286|MGI:5531187|MGI:5531186|MGI:5531182|MGI:5531096|MGI:5521011|MGI:5531097|MGI:5531367|MGI:5531362|MGI:5531263|MGI:5521031|MGI:5530755|MGI:5530756|MGI:5531068|MGI:5530758|MGI:5530759|MGI:5530761|MGI:5521023|MGI:5530924|MGI:5530647|MGI:5530648|MGI:5531153|MGI:5530835|MGI:5531373|MGI:5531369|MGI:3651045|MGI:5530804|MGI:5530801|MGI:5011612|MGI:5531393|MGI:5530885|MGI:5580054|MGI:5579542|MGI:5011852|MGI:5010488|MGI:2686122|MGI:5579081|MGI:5578878|MGI:1917251|MGI:3645257|MGI:5579773|MGI:5578861|MGI:5011034|MGI:5010960|MGI:1922261|MGI:1922427|MGI:5579409|MGI:5579959|MGI:1920898|MGI:5580028|MGI:5580001|MGI:5579219|MGI:5010367|MGI:1925770|MGI:5010154|MGI:2441690|MGI:5579894|MGI:5580031|MGI:5580168|MGI:1921530|MGI:5580166|MGI:5580316|MGI:3649116|MGI:3780254|MGI:5579508|MGI:3779481|MGI:3035348|MGI:5579590|MGI:5579231|MGI:1920881|MGI:5579569|MGI:5010850|MGI:5580215|MGI:5579221|MGI:5580080|MGI:5580164|MGI:5580034|MGI:5433906|MGI:3623820|MGI:3647974|MGI:5579951|MGI:5579722|MGI:5579026|MGI:5010168|MGI:5579573|MGI:5579578|MGI:5579830|MGI:5578818|MGI:5579666|MGI:5578993|MGI:1922886|MGI:1916683|MGI:3646051|MGI:3647473|MGI:5579809|MGI:5579905|MGI:1920875|MGI:5578806|MGI:5579298|MGI:1919897|MGI:2685399|MGI:1921710|MGI:5579085|MGI:5579758|MGI:1925232|MGI:5579425|MGI:1919526|MGI:5579292|MGI:1916280|MGI:5580267|MGI:3779575|MGI:5579344|MGI:1923633|MGI:1920707|MGI:3649087|MGI:5580037|MGI:5579803|MGI:99594|MGI:1917107|MGI:5580093|MGI:5578774|MGI:5579029|MGI:3644836|MGI:5439413|MGI:1919566|MGI:5580184|MGI:3037691|MGI:5580042|MGI:5579630|MGI:1889581|MGI:5578777|MGI:5579211|MGI:5580207|MGI:5579322|MGI:5579750|MGI:3643085|MGI:5578992|MGI:2685662|MGI:5580189|MGI:5011688|MGI:5579725|MGI:5009832|MGI:3648321|MGI:1920727|MGI:5580208|MGI:5579949|MGI:3779492|MGI:5580301|MGI:5578983|MGI:1919117|MGI:5579365|MGI:5579513|MGI:3644198|MGI:3643355|MGI:5579028|MGI:5579110|MGI:5579484|MGI:5579316|MGI:3782503|MGI:3645596|MGI:3648530|MGI:1921564|MGI:3512682|MGI:3646018|MGI:1919354|MGI:5009928|MGI:3782209|MGI:5579172|MGI:5010439|MGI:5579998|MGI:5580187|MGI:5579646|MGI:5579914|MGI:5578869|MGI:5011774|MGI:5580227|MGI:5579789|MGI:5579818|MGI:3613364|MGI:1921223|MGI:5011166|MGI:1920705|MGI:1919927|MGI:5011014|MGI:3645038|MGI:5578770|MGI:5580165|MGI:5580235|MGI:3648037|MGI:5579839|MGI:5579078|MGI:5580053|MGI:2686473|MGI:5580148|MGI:1925975|MGI:5580145|MGI:3646440|MGI:2159660|MGI:5579870|MGI:5579697|MGI:5579953|MGI:3642693|MGI:5579760|MGI:5579820|MGI:5477222|MGI:5579598|MGI:5580161|MGI:3648452|MGI:5012487|MGI:1923133|MGI:5579025|MGI:3644839|MGI:5579805|MGI:1919381|MGI:5578872|MGI:5578886|MGI:5579014|MGI:5579920|MGI:1918636|MGI:5579893|MGI:3642608|MGI:1916710|MGI:5579889|MGI:5580052|MGI:3644590|MGI:3643932|MGI:5579869|MGI:5579906|MGI:5578817|MGI:5580191|MGI:3039597|MGI:5580147|MGI:3648211|MGI:5580160|MGI:2685182|MGI:5580276|MGI:5579589|MGI:1919458|MGI:3649121|MGI:3781839|MGI:3647131|MGI:5580347|MGI:5580089|MGI:5580277|MGI:5579171|MGI:5010537|MGI:5580336|MGI:3646159|MGI:3648954|MGI:5434109|MGI:5579742|MGI:5580101|MGI:5578888|MGI:1922636|MGI:3645109|MGI:5579967|MGI:5580266|MGI:5579013|MGI:5580094|MGI:3648439|MGI:5579205|MGI:1314637|MGI:5579934|MGI:1922819|MGI:1914773|MGI:5580065|MGI:1922316|MGI:5579121|MGI:5804899|MGI:5579831|MGI:5009982|MGI:5439420|MGI:5580041|MGI:3031226|MGI:5580213|MGI:5580194|MGI:3826364|MGI:1919615|MGI:5579701|MGI:3045285|MGI:5579125|MGI:5579392|MGI:3644438|MGI:5579000|MGI:5579452|MGI:5579939|MGI:3648170|MGI:3646477|MGI:3646499|MGI:5579687|MGI:5580133|MGI:1914590|MGI:5579427|MGI:5580082|MGI:5011270|MGI:5012310|MGI:1921653|MGI:5579620|MGI:1923860|MGI:1917216|MGI:1913686|MGI:3612406|MGI:5579093|MGI:3782239|MGI:3642196|MGI:5579936|MGI:1916584|MGI:3779457|MGI:5580344|MGI:1925412|MGI:5009998|MGI:3045290|MGI:1916816|MGI:3782500|MGI:3642402|MGI:5610335|MGI:3781837|MGI:5610337|MGI:5611286|MGI:1921105|MGI:5611283|MGI:5611287|MGI:5610700|MGI:5610697|MGI:5610698|MGI:5610173|MGI:5610175|MGI:3644547|MGI:5610420|MGI:2149700|MGI:5595728|MGI:5611397|MGI:5611399|MGI:5611398|MGI:5611401|MGI:3642672|MGI:2444267|MGI:3780631|MGI:3644763|MGI:5011220|MGI:5611113|MGI:5610946|MGI:5610942|MGI:5589439|MGI:5611488|MGI:5610877|MGI:1924641|MGI:3645001|MGI:1925821|MGI:2443458|MGI:5610769|MGI:5610771|MGI:5592866|MGI:5610767|MGI:5593265|MGI:5611419|MGI:2447313|MGI:5610857|MGI:5611020|MGI:3641824|MGI:5011516|MGI:5611574|MGI:1923853|MGI:5611576|MGI:5610273|MGI:2663985|MGI:1924590|MGI:3030092|MGI:1925079|MGI:5611202|MGI:5611368|MGI:5611370|MGI:5610806|MGI:5610801|MGI:5611092|MGI:5611415|MGI:5611091|MGI:2442864|MGI:5611090|MGI:1923107|MGI:5610163|MGI:5610165|MGI:1918416|MGI:5610168|MGI:5610692|MGI:5610691|MGI:5589015|MGI:5611277|MGI:5611260|MGI:3647848|MGI:5610329|MGI:5610883|MGI:5611570|MGI:5611580|MGI:5611428|MGI:1917549|MGI:5610474|MGI:5611154|MGI:5611152|MGI:5011630|MGI:5610600|MGI:5610598|MGI:1920499|MGI:5611313|MGI:5611567|MGI:5611011|MGI:5610452|MGI:5610458|MGI:5610457|MGI:5611362|MGI:5611365|MGI:5610797|MGI:5610799|MGI:5610267|MGI:5610923|MGI:5610263|MGI:5610264|MGI:5610469|MGI:5611193|MGI:5610672|MGI:5611076|MGI:5610903|MGI:5010738|MGI:5611451|MGI:2443520|MGI:5011879|MGI:5610308|MGI:5611605|MGI:1924793|MGI:5610450|MGI:5610602|MGI:5610447|MGI:5610446|MGI:5611541|MGI:3647903|MGI:5611536|MGI:5610846|MGI:5611162|MGI:5591603|MGI:5610570|MGI:5611490|MGI:5610571|MGI:2444780|MGI:5610830|MGI:5610826|MGI:3642170|MGI:5610411|MGI:3644588|MGI:5611391|MGI:5611389|MGI:5611392|MGI:5611479|MGI:3780614|MGI:5611480|MGI:5611483|MGI:5610940|MGI:5610938|MGI:5611041|MGI:5611045|MGI:5610218|MGI:5610240|MGI:3780102|MGI:5610611|MGI:5611264|MGI:5610312|MGI:5610868|MGI:5610365|MGI:5610364|MGI:5610363|MGI:5610510|MGI:3647116|MGI:1923259|MGI:5611039|MGI:5611491|MGI:5611493|MGI:5611492|MGI:5593335|MGI:5590887|MGI:5594743|MGI:5611344|MGI:5610780|MGI:5610778|MGI:5611111|MGI:5610246|MGI:5610444|MGI:5611173|MGI:5611549|MGI:5593886|MGI:5611546|MGI:1924441|MGI:5611303|MGI:1925574|MGI:5313137|MGI:5610732|MGI:3648010|MGI:5610776|MGI:5610777|MGI:5610734|MGI:5610733|MGI:5590485|MGI:3704186|MGI:3780888|MGI:5610539|MGI:5611501|MGI:5611496|MGI:5010371|MGI:5610197|MGI:5611337|MGI:5595466|MGI:2444775|MGI:5610783|MGI:1298371|MGI:5610786|MGI:5610275|MGI:1922399|MGI:5610619|MGI:5610618|MGI:3641876|MGI:5611205|MGI:5611209|MGI:5610970|MGI:3645533|MGI:5611375|MGI:5611374|MGI:5610398|MGI:5610317|MGI:5610874|MGI:5610871|MGI:5610872|MGI:5610870|MGI:5610876|MGI:5611367|MGI:3648243|MGI:5611514|MGI:5610476|MGI:5610958|MGI:5010155|MGI:5610388|MGI:5610387|MGI:5611317|MGI:5593926|MGI:5611319|MGI:5610747|MGI:1891442|MGI:5610875|MGI:1917703|MGI:3644273|MGI:3780221|MGI:5610207|MGI:1920491|MGI:5611463|MGI:5611032|MGI:5011520|MGI:1298370|MGI:5611586|MGI:1918282|MGI:5610630|MGI:5610634|MGI:5662629|MGI:5611223|MGI:5588930|MGI:3704315|MGI:5610280|MGI:5610281|MGI:5596047|MGI:3780316|MGI:3643373|MGI:5610821|MGI:5611384|MGI:5610409|MGI:5610408|MGI:5610404|MGI:5610984|MGI:5611529|MGI:5611530|MGI:5611532|MGI:5611535|MGI:5611158|MGI:5610567|MGI:5610224|MGI:2444677|MGI:3780442|MGI:5610220|MGI:5610359|MGI:1922713|MGI:5611326|MGI:5611325|MGI:5611228|MGI:5611229|MGI:5610640|MGI:5610638|MGI:5610637|MGI:5610635|MGI:5610660|MGI:1924651|MGI:5610490|MGI:5610489|MGI:1917693|MGI:3030123|MGI:5610896|MGI:5611445|MGI:5611446|MGI:5594226|MGI:5610342|MGI:2443717|MGI:5611553|MGI:5611281|MGI:2444685|MGI:5610582|MGI:5610584|MGI:5010137|MGI:5611175|MGI:5610423|MGI:1916641|MGI:5611179|MGI:5610587|MGI:1920438|MGI:5590565|MGI:5610935|MGI:5610433|MGI:5610429|MGI:1925652|MGI:1920203|MGI:5610300|MGI:2444046|MGI:5610759|MGI:5010062|MGI:3708672|MGI:5592381|MGI:3780305|MGI:5611266|MGI:5594458|MGI:5610323|MGI:5610325|MGI:5610879|MGI:5610881|MGI:5611469|MGI:5611464|MGI:5610511|MGI:3648115|MGI:5610516|MGI:5611088|MGI:5611086|MGI:5611084|MGI:2447322|MGI:5610162|MGI:5610161|MGI:5610160|MGI:1920155|MGI:5610158|MGI:5610159|MGI:5610752|MGI:5610750|MGI:5610754|MGI:5610753|MGI:3781920|MGI:5610291|MGI:5610289|MGI:5611233|MGI:3645908|MGI:5611237|MGI:5610836|MGI:5610838|MGI:5610841|MGI:5590425|MGI:5611037|MGI:5610478|MGI:2442787|MGI:5610648|MGI:5610234|MGI:5610725|MGI:5610730|MGI:5611124|MGI:5611123|MGI:5611122|MGI:3642594|MGI:5611120|MGI:5610192|MGI:3525150|MGI:3646603|MGI:5588877|MGI:5610948|MGI:5595547|MGI:3644362|MGI:5589332|MGI:1917165|MGI:5610907|MGI:5610694|MGI:5012490|MGI:5611259|MGI:5611257|MGI:1921007|MGI:5611254|MGI:5611563|MGI:5610592|MGI:5610443|MGI:3649088|MGI:5610440|MGI:5610439|MGI:5611001|MGI:1920357|MGI:5611000|MGI:5610794|MGI:5611353|MGI:5611360|MGI:5611358|MGI:3646099|MGI:5611184|MGI:5611183|MGI:5610424|MGI:1922147|MGI:5610254|MGI:5610255|MGI:5610251|MGI:5610252|MGI:5611506|MGI:3646388|MGI:5588898|MGI:5611503|MGI:1925848|MGI:2443553|MGI:3641917|MGI:5611107|MGI:5610525|MGI:5610526|MGI:5610712|MGI:5610710|MGI:5610716|MGI:5610714|MGI:5610180|MGI:5610368|MGI:5610370|MGI:2681880|MGI:5611333|MGI:5012274|MGI:5610930|MGI:5611048|MGI:5610627|MGI:1925283|MGI:5611212|MGI:5611215|MGI:1923142|MGI:2447824|MGI:5610817|MGI:5610815|MGI:5610816|MGI:5611382|MGI:5012357|MGI:5610975|MGI:5010714|MGI:3647094|MGI:5610685|MGI:5611268|MGI:5610203|MGI:5610200|MGI:5611140|MGI:1298369|MGI:5610549|MGI:5610551|MGI:5611511|MGI:3642357|MGI:3646806|MGI:5611309|MGI:5610738|MGI:5611187|MGI:5611192|MGI:5611238|MGI:5434106|MGI:5611240|MGI:5611239|MGI:5610295|MGI:1920315|MGI:1925171|MGI:5611596|MGI:5610654|MGI:5610483|MGI:5610889|MGI:5010883|MGI:5610891|MGI:5611438|MGI:5611439|MGI:3642542|MGI:5592301|MGI:5611294|MGI:5611290|MGI:5011737|MGI:5610339|MGI:3642807|MGI:5610965|MGI:5610963|MGI:5593153|MGI:5610391|MGI:5610389|MGI:5610564|MGI:5610561|MGI:1920600|MGI:3779614|MGI:5663279|MGI:3782793|MGI:5562763|MGI:5663392|MGI:5663147|MGI:3642056|MGI:5662757|MGI:5662838|MGI:1918174|MGI:1925506|MGI:5663298|MGI:5663282|MGI:4887388|MGI:5662916|MGI:2685413|MGI:1924248|MGI:5662678|MGI:5663911|MGI:5649069|MGI:5663076|MGI:5663246|MGI:5663951|MGI:5663738|MGI:3781382|MGI:5621296|MGI:3645990|MGI:5662914|MGI:5663513|MGI:3646905|MGI:5663036|MGI:5589182|MGI:5663083|MGI:1921047|MGI:5662621|MGI:2140937|MGI:5663210|MGI:3639287|MGI:5690700|MGI:5439414|MGI:6096119|MGI:5621297|MGI:5663828|MGI:5012028|MGI:5011333|MGI:5690746|MGI:5663245|MGI:5663002|MGI:5662756|MGI:1922320|MGI:5662618|MGI:5663035|MGI:3648206|MGI:5663157|MGI:2444788|MGI:2442445|MGI:3645184|MGI:5663865|MGI:3642120|MGI:5662681|MGI:5663524|MGI:5663534|MGI:5662788|MGI:5663848|MGI:5663295|MGI:1919269|MGI:5663644|MGI:1925479|MGI:5663844|MGI:5663855|MGI:5663142|MGI:1924178|MGI:5663160|MGI:5562779|MGI:5663139|MGI:1919710|MGI:5663045|MGI:5594874|MGI:5011289|MGI:1916674|MGI:1922635|MGI:5663573|MGI:5012116|MGI:1917213|MGI:5663126|MGI:1922233|MGI:6096115|MGI:5663789|MGI:3644419|MGI:5663683|MGI:5663684|MGI:1922739|MGI:5663813|MGI:5662813|MGI:5690847|MGI:5662623|MGI:5662619|MGI:5662942|MGI:5623075|MGI:5663250|MGI:5595070|MGI:5663502|MGI:5663343|MGI:5594666|MGI:5663866|MGI:5662824|MGI:97986|MGI:5562754|MGI:5663902|MGI:5662607|MGI:5011751|MGI:5663378|MGI:3781322|MGI:2444617|MGI:5011351|MGI:5663490|MGI:5453154|MGI:3646277|MGI:5663721|MGI:1918479|MGI:5663875|MGI:3779442|MGI:5621298|MGI:5625090|MGI:1925070|MGI:5663286|MGI:5662570|MGI:5663228|MGI:5663581|MGI:5690850|MGI:5663088|MGI:5648986|MGI:5622925|MGI:5663470|MGI:5663118|MGI:5663620|MGI:5663665|MGI:5662980|MGI:1920712|MGI:3642767|MGI:5589772|MGI:5663833|MGI:6096147|MGI:5663888|MGI:1924319|MGI:5589024|MGI:5663453|MGI:1920829|MGI:5663954|MGI:5663381|MGI:5663693|MGI:5623002|MGI:5662740|MGI:5662784|MGI:3643358|MGI:5663611|MGI:5662688|MGI:5595694|MGI:5663285|MGI:5662652|MGI:5562728|MGI:5663538|MGI:4950384|MGI:5452674|MGI:5662944|MGI:5663905|MGI:6096185|MGI:3647070|MGI:5663438|MGI:5662777|MGI:5662751|MGI:5663109|MGI:5662742|MGI:3646382|MGI:5663882|MGI:5663337|MGI:5662808|MGI:3645661|MGI:5662726|MGI:5663161|MGI:5621447|MGI:5663132|MGI:5662728|MGI:5662673|MGI:5663119|MGI:2429943|MGI:5690801|MGI:5662573|MGI:2444377|MGI:5662974|MGI:5663627|MGI:5663656|MGI:3779890|MGI:5662572|MGI:3647044|MGI:5593407|MGI:5690869|MGI:1922633|MGI:3648119|MGI:3647155|MGI:5662881|MGI:5663424|MGI:5690800|MGI:5663108|MGI:5662819|MGI:5663799|MGI:5663388|MGI:5662725|MGI:5663501|MGI:5663323|MGI:5592155|MGI:5663075|MGI:5590207|MGI:5662752|MGI:5663409|MGI:5591317|MGI:5662617|MGI:5663271|MGI:5663642|MGI:5663026|MGI:1923648|MGI:5663154|MGI:1922357|MGI:5663112|MGI:5662934|MGI:5590465|MGI:3779561|MGI:5663257|MGI:5663374|MGI:5591040|MGI:5662724|MGI:5662860|MGI:5662735|MGI:5663659|MGI:5662577|MGI:5662580|MGI:3643936|MGI:5662956|MGI:1924313|MGI:5663110|MGI:1914904|MGI:1918422|MGI:5662593|MGI:5562785|MGI:3647478|MGI:5663267|MGI:5662562|MGI:5663744|MGI:4358947|MGI:1922619|MGI:5663143|MGI:3642597|MGI:3647442|MGI:5594224|MGI:5010141|MGI:5011167|MGI:5011170|MGI:3028058|MGI:5663663|MGI:5662763|MGI:5663393|MGI:5663106|MGI:5663603|MGI:5663978|MGI:5690848|MGI:5011624|MGI:5662820|MGI:3781037|MGI:5663645|MGI:3642756|MGI:5593303|MGI:3648302|MGI:5662654|MGI:1925396|MGI:5663284|MGI:5663655|MGI:5662616|MGI:5452590|MGI:5662917|MGI:2443043|MGI:5010132|MGI:5593492|MGI:5663676|MGI:3647344|MGI:5662906|MGI:5663397|MGI:5663681|MGI:5662930|MGI:1925823|MGI:2441710|MGI:5663018|MGI:5662746|MGI:5663548|MGI:5662734|MGI:5663130|MGI:1920587|MGI:5663356|MGI:3780383|MGI:5663528|MGI:5579857|MGI:5010136|MGI:3643020|MGI:6096195|MGI:5690714|MGI:2444172|MGI:3647327|MGI:5663105|MGI:5663133|MGI:5690854|MGI:5662581|MGI:5663156|MGI:5663760|MGI:5663697|MGI:1924718|MGI:5663963|MGI:5663029|MGI:5662941|MGI:3605803|MGI:3643978|MGI:5663841|MGI:5663209|MGI:5662859|MGI:3782710|MGI:5011015|MGI:5662834|MGI:5662775|MGI:1925434|MGI:1925432|MGI:5690753|MGI:5010122|MGI:5663872|MGI:5562782|MGI:5663567|MGI:5690743|MGI:5663814|MGI:5663621|MGI:5663124|MGI:6096165|MGI:3644940|MGI:5663764|MGI:5663070|MGI:1922593|MGI:5562784|MGI:5663706|MGI:5690732|MGI:5663864|MGI:5434364|MGI:5663231|MGI:5662979|MGI:5663249|MGI:5663563|MGI:5663425|MGI:1925898|MGI:5663960|MGI:5663701|MGI:5663601|MGI:5588970|MGI:5592506|MGI:3649091|MGI:5663857|MGI:3629628|MGI:5663044|MGI:5593245|MGI:5592209|MGI:5662627|MGI:3780458|MGI:5663711|MGI:3643731|MGI:5662655|MGI:1918288|MGI:5690770|MGI:5663129|MGI:5663811|MGI:5663569|MGI:5663114|MGI:3642648|MGI:1923034|MGI:5662615|MGI:5663467|MGI:5562727|MGI:1923204|MGI:5663863|MGI:5662575|MGI:3648644|MGI:3643011|MGI:5663131|MGI:5663492|MGI:1925995|MGI:5593298|MGI:5690692|MGI:5663080|MGI:5663128|MGI:3644057|MGI:5663699|MGI:5662576|MGI:5562787|MGI:5662765|MGI:5594025|MGI:5663396|MGI:5663155|MGI:5663071|MGI:3643077|MGI:5434111|MGI:5663862|MGI:5623233|MGI:6096129|MGI:5595710|MGI:3624349|MGI:1917958|MGI:3642065|MGI:5663420|MGI:5662583|MGI:5663332|MGI:5662677|MGI:1918440|MGI:5663658|MGI:5662578|MGI:5662832|MGI:5010636|MGI:5589460|MGI:5663383|MGI:5663783|MGI:1925148|MGI:3780646|MGI:5662579|MGI:3643001|MGI:5663817|MGI:6096151|MGI:2444463|MGI:1918432|MGI:5662908|MGI:5562772|MGI:5562771|MGI:5645797|MGI:1918897|MGI:6096137|MGI:5662959|MGI:5663669|MGI:5562729|MGI:5690757|MGI:5663315|MGI:5663240|MGI:5663887|MGI:3644601|MGI:3648967|MGI:5663472|MGI:5663481|MGI:5623040|MGI:5663559|MGI:5663541|MGI:5662745|MGI:3619322|MGI:3780791|MGI:6096171|MGI:5595707|MGI:5625046|MGI:5662976 
## 

## 
## 
## 
##  [if possible] Missing imputation in progress ... 
## Threshold: 0.6

## Cluster size 21729 broken into 348 21381 
## Done cluster 348 
## Cluster size 21381 broken into 19239 2142 
## Cluster size 19239 broken into 4124 15115 
## Cluster size 4124 broken into 1498 2626 
## Done cluster 1498 
## Cluster size 2626 broken into 1189 1437 
## Done cluster 1189 
## Done cluster 1437 
## Done cluster 2626 
## Done cluster 4124 
## Cluster size 15115 broken into 11519 3596 
## Cluster size 11519 broken into 2755 8764 
## Cluster size 2755 broken into 1540 1215 
## Cluster size 1540 broken into 1066 474 
## Done cluster 1066 
## Done cluster 474 
## Done cluster 1540 
## Done cluster 1215 
## Done cluster 2755 
## Cluster size 8764 broken into 6405 2359 
## Cluster size 6405 broken into 2196 4209 
## Cluster size 2196 broken into 479 1717 
## Done cluster 479 
## Cluster size 1717 broken into 409 1308 
## Done cluster 409 
## Done cluster 1308 
## Done cluster 1717 
## Done cluster 2196 
## Cluster size 4209 broken into 1582 2627 
## Cluster size 1582 broken into 283 1299 
## Done cluster 283 
## Done cluster 1299 
## Done cluster 1582 
## Cluster size 2627 broken into 846 1781 
## Done cluster 846 
## Cluster size 1781 broken into 547 1234 
## Done cluster 547 
## Done cluster 1234 
## Done cluster 1781 
## Done cluster 2627 
## Done cluster 4209 
## Done cluster 6405 
## Cluster size 2359 broken into 689 1670 
## Done cluster 689 
## Cluster size 1670 broken into 1186 484 
## Done cluster 1186 
## Done cluster 484 
## Done cluster 1670 
## Done cluster 2359 
## Done cluster 8764 
## Done cluster 11519 
## Cluster size 3596 broken into 1621 1975 
## Cluster size 1621 broken into 1172 449 
## Done cluster 1172 
## Done cluster 449 
## Done cluster 1621 
## Cluster size 1975 broken into 1073 902 
## Done cluster 1073 
## Done cluster 902 
## Done cluster 1975 
## Done cluster 3596 
## Done cluster 15115 
## Done cluster 19239 
## Cluster size 2142 broken into 1607 535 
## Cluster size 1607 broken into 606 1001 
## Done cluster 606 
## Done cluster 1001 
## Done cluster 1607 
## Done cluster 535 
## Done cluster 2142 
## Done cluster 21381

## 
## 
## 
##  Final dataset : rows = 21729 | columns = 28

## 
## 
## 
##  Variable names : 
##  length = 28
## 
## 
##  list: 4-somite stage|5-somite stage|6-somite stage|7-somite stage|8-somite stage|9-somite stage|10-somite stage|11-somite stage|12-somite stage|13-somite stage|14-somite stage|15-somite stage|16-somite stage|17-somite stage|18-somite stage|19-somite stage|20-somite stage|21-somite stage|22-somite stage|23-somite stage|24-somite stage|25-somite stage|26-somite stage|27-somite stage|28-somite stage|34-somite stage|35-somite stage|36-somite stage

# plot00(DR7_viability = DR7_viability,
#            data = aM,
#            main = 'DMDD')
bM = tranSamp(
    object = aM,
    percent = percent,
    FUN = function(x) {
        r = apply(x, 1, function(y) {
            # Scaling has no meaning here
            y2 = log(log(y + 1))
            y = c(0, diff(y2))

        })
        return(r)
    },
    speed = TRUE,
    seed  = seed
)

## 
## Total observations: 21729. Selected samples: 21729 [Shuffled] 
## 

##########
bM$rdata = bM$rdata[, -1] # Remove the column of zero HAMED (diff consequence)
# PCA orUMAP
bM$rdata = pcaUmap0(
    bM$rdata,
    main = 'DMDD',
    active = FALSE,
    cname = 'DMDD',
    ncomp = ncol(bM$rdata)
)
##########

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
### 2.2 SHET
aS = initialization(data = shet,
                                        speed = TRUE,
                                        seed = seed)

## 
##  Response is not found and then set to NULL

## 
## 
## Input dataset : rows = 14160 | columns = 2

## 
## 
## Variable names (2): 
## s_het|MGI id

## No duplicate found!

## 
## 
## 
##  Response is not included!

## 
## 
## 
##  [if possible] missing data removed!

## 
## 
## 
##  Final dataset : rows = 14160 | columns = 1

## 
## 
## 
##  Variable names : 
##  length = 1
## 
## 
##  list: s_het

# plot00(DR7_viability = DR7_viability,
#            data = aS,
#            main = 'S-HET')
bS = tranSamp(
    object = aS,
    percent = percent,
    speed = TRUE,
    FUN = function(y) {
        r = scale(y, center = min(y), scale = max(y) - min(y))
        return(r)
    },
    seed = seed
)

## 
## Total observations: 14160. Selected samples: 14160 [Shuffled] 
## 

hist(bS$rdata$s_het, main = 'Shet')

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
### 2.3 Humn scores
aH = initialization(
    data = overall_human_cell_lines,
    response = NULL,
    speed = TRUE,
    seed  = seed
)

## 
##  Response is not found and then set to NULL

## 
## 
## Input dataset : rows = 16641 | columns = 12

## 
## 
## Variable names (12): 
## Wang_KBM7_CS|Wang_K562_CS|Wang_Jiyoye_CS|Wang_Raji_CS|Hart_HCT116_BF|Hart_HeLa_BF|Hart_GBM_BF|Hart_RPE1_BF|Hart_DLD1_BF|Blomen_HAP1_Qval|Blomen_KBM7_Qval|MGI id

## No duplicate found!

## 
## 
## 
##  Response is not included!

## 
## 
## 
##  Missing data more than 60 percent in rows (611=4%) [removed]: MGI:3032636|MGI:3649436|MGI:1921304|MGI:1914897|MGI:2448283|MGI:3645096|MGI:5141896|MGI:5141924|MGI:3845075|MGI:1922386|MGI:3031127|MGI:2447313|MGI:2681879|MGI:1935216|MGI:1935218|MGI:1935170|MGI:1935173|MGI:106660|MGI:3030006|MGI:3031084|MGI:3030578|MGI:2179203|MGI:2681304|MGI:3652059|MGI:3031137|MGI:1196223|MGI:5141967|MGI:5011982|MGI:3030025|MGI:95317|MGI:3045308|MGI:3612701|MGI:1919091|MGI:5510732|MGI:3030287|MGI:2150982|MGI:2681880|MGI:1298371|MGI:1298369|MGI:1935226|MGI:1935169|MGI:894324|MGI:104812|MGI:3030138|MGI:2151908|MGI:1333748|MGI:1913518|MGI:2441753|MGI:1915273|MGI:3608324|MGI:3030015|MGI:3783006|MGI:1914913|MGI:3648770|MGI:3643379|MGI:3030548|MGI:1333751|MGI:109315|MGI:3030210|MGI:3030269|MGI:1298406|MGI:97891|MGI:2448270|MGI:98821|MGI:98898|MGI:2148931|MGI:3031094|MGI:3030336|MGI:3030866|MGI:3030933|MGI:3030509|MGI:3030390|MGI:3030386|MGI:3030492|MGI:3030827|MGI:3030566|MGI:109565|MGI:2443220|MGI:2385905|MGI:1345162|MGI:88543|MGI:5516029|MGI:3030648|MGI:1923993|MGI:3712484|MGI:1924672|MGI:98484|MGI:96103|MGI:5604098|MGI:1923364|MGI:97279|MGI:3030990|MGI:1915443|MGI:1914498|MGI:98105|MGI:101766|MGI:98239|MGI:1919558|MGI:109626|MGI:98970|MGI:1095403|MGI:1352750|MGI:1333820|MGI:3030547|MGI:3031258|MGI:1891697|MGI:1917264|MGI:1925507|MGI:1923429|MGI:2678374|MGI:88501|MGI:2389572|MGI:1277959|MGI:3039592|MGI:3031090|MGI:3030624|MGI:1329027|MGI:1925719|MGI:99502|MGI:3030271|MGI:3031303|MGI:3030007|MGI:97520|MGI:1915851|MGI:103291|MGI:1195456|MGI:1347520|MGI:1347521|MGI:1929455|MGI:98085|MGI:1351628|MGI:98280|MGI:1917233|MGI:1315203|MGI:1315205|MGI:109242|MGI:1927450|MGI:2152345|MGI:2155445|MGI:95484|MGI:101835|MGI:105044|MGI:1347077|MGI:3031089|MGI:3031027|MGI:3030927|MGI:2146430|MGI:104562|MGI:2441980|MGI:1335089|MGI:1344360|MGI:3647180|MGI:1335073|MGI:1098266|MGI:1914546|MGI:2443657|MGI:2651811|MGI:2386853|MGI:88437|MGI:1916465|MGI:2442566|MGI:1919402|MGI:2685834|MGI:1918190|MGI:94865|MGI:108519|MGI:1341168|MGI:3057108|MGI:1915364|MGI:1919837|MGI:109173|MGI:1931466|MGI:3030029|MGI:3030616|MGI:101833|MGI:95752|MGI:1929713|MGI:95815|MGI:1921547|MGI:99909|MGI:96828|MGI:1101355|MGI:109452|MGI:96912|MGI:1343489|MGI:96080|MGI:102699|MGI:87853|MGI:3712328|MGI:97402|MGI:105368|MGI:2177473|MGI:1313142|MGI:1339975|MGI:1277958|MGI:98090|MGI:88121|MGI:97584|MGI:109585|MGI:97631|MGI:2387203|MGI:108295|MGI:97898|MGI:1338824|MGI:97914|MGI:1341105|MGI:1277953|MGI:1339939|MGI:1278340|MGI:1336189|MGI:98233|MGI:1932339|MGI:1891831|MGI:1097164|MGI:1859682|MGI:105090|MGI:1315202|MGI:108075|MGI:109490|MGI:105370|MGI:102690|MGI:1098658|MGI:1928487|MGI:1916333|MGI:1196624|MGI:98779|MGI:98848|MGI:1921362|MGI:1353665|MGI:106922|MGI:98933|MGI:1926479|MGI:1918846|MGI:1927657|MGI:1890646|MGI:88235|MGI:1917912|MGI:1888978|MGI:2155888|MGI:108176|MGI:1920230|MGI:1916969|MGI:1930948|MGI:2137224|MGI:3030568|MGI:1098236|MGI:3030945|MGI:107824|MGI:1354708|MGI:2385255|MGI:894320|MGI:1913903|MGI:1929093|MGI:88354|MGI:88356|MGI:1927340|MGI:2176375|MGI:109632|MGI:1203500|MGI:2441996|MGI:1194499|MGI:1918984|MGI:1915110|MGI:1923772|MGI:3057273|MGI:1336194|MGI:1349470|MGI:1927753|MGI:1915956|MGI:107265|MGI:1919006|MGI:2673307|MGI:1098622|MGI:1914008|MGI:1921462|MGI:99946|MGI:88512|MGI:1346052|MGI:107461|MGI:2685830|MGI:1920970|MGI:1353448|MGI:2682306|MGI:2139628|MGI:1914870|MGI:1925500|MGI:1919100|MGI:3576487|MGI:94859|MGI:94866|MGI:1346328|MGI:104773|MGI:1924555|MGI:94896|MGI:1922863|MGI:1354949|MGI:107231|MGI:1344351|MGI:94910|MGI:2442366|MGI:1201387|MGI:1888902|MGI:1914688|MGI:103221|MGI:1329037|MGI:95301|MGI:101762|MGI:87963|MGI:1916789|MGI:109637|MGI:108050|MGI:1097695|MGI:99481|MGI:88381|MGI:109609|MGI:101790|MGI:95482|MGI:109622|MGI:2670976|MGI:95516|MGI:1298387|MGI:87991|MGI:108476|MGI:1349449|MGI:95678|MGI:107504|MGI:1347344|MGI:98483|MGI:95791|MGI:1096320|MGI:1922762|MGI:1261831|MGI:1918041|MGI:96067|MGI:96062|MGI:96108|MGI:2146636|MGI:104853|MGI:1345142|MGI:1916510|MGI:88054|MGI:1343166|MGI:99916|MGI:96789|MGI:2442252|MGI:97175|MGI:97043|MGI:96969|MGI:104532|MGI:88075|MGI:97052|MGI:105941|MGI:1858257|MGI:88321|MGI:101786|MGI:1100535|MGI:104563|MGI:109201|MGI:97298|MGI:109349|MGI:97355|MGI:97360|MGI:97362|MGI:97372|MGI:97373|MGI:1098765|MGI:1332235|MGI:1100492|MGI:1921393|MGI:1328337|MGI:1339656|MGI:97475|MGI:1341793|MGI:1926119|MGI:108028|MGI:1098283|MGI:97552|MGI:1099818|MGI:2155399|MGI:1858200|MGI:109182|MGI:97783|MGI:1097152|MGI:97845|MGI:2180784|MGI:97912|MGI:1924705|MGI:1915525|MGI:105922|MGI:98084|MGI:98227|MGI:102809|MGI:98254|MGI:98310|MGI:104295|MGI:2443098|MGI:1341903|MGI:1919649|MGI:103241|MGI:1933174|MGI:98344|MGI:98384|MGI:1202875|MGI:98389|MGI:1922646|MGI:103078|MGI:102760|MGI:98510|MGI:98506|MGI:109573|MGI:105992|MGI:109587|MGI:98813|MGI:87881|MGI:894652|MGI:104710|MGI:1922708|MGI:1917076|MGI:88233|MGI:2386681|MGI:1336193|MGI:103032|MGI:1351318|MGI:2151886|MGI:2664387|MGI:1931787|MGI:2182269|MGI:1913480|MGI:1927138|MGI:1934943|MGI:3030569|MGI:1919680|MGI:2183559|MGI:1931457|MGI:1341902|MGI:2389142|MGI:1915265|MGI:3036258|MGI:1349450|MGI:1339969|MGI:1917851|MGI:3045348|MGI:2388804|MGI:1860835|MGI:1927185|MGI:1346069|MGI:2442792|MGI:1921846|MGI:1097716|MGI:2384914|MGI:1201414|MGI:2686922|MGI:1921303|MGI:1342293|MGI:1861901|MGI:2182965|MGI:2384409|MGI:2445289|MGI:1921385|MGI:1289172|MGI:1915092|MGI:1914502|MGI:1913787|MGI:2442836|MGI:1859284|MGI:1270128|MGI:1922664|MGI:107812|MGI:1921677|MGI:106038|MGI:1915690|MGI:1926004|MGI:1916987|MGI:104615|MGI:104650|MGI:2141165|MGI:1344385|MGI:88479|MGI:2146616|MGI:2135874|MGI:891996|MGI:1934028|MGI:99675|MGI:1202878|MGI:2443882|MGI:1926193|MGI:2385269|MGI:2151071|MGI:88541|MGI:1261768|MGI:2148149|MGI:1339968|MGI:1917030|MGI:1925764|MGI:1929538|MGI:1921276|MGI:3603816|MGI:1914209|MGI:95612|MGI:1888986|MGI:105393|MGI:1925139|MGI:1919782|MGI:893587|MGI:1914858|MGI:1921701|MGI:1914736|MGI:1913411|MGI:1913305|MGI:1914974|MGI:2656976|MGI:2144271|MGI:1343297|MGI:1917535|MGI:1194993|MGI:1925808|MGI:95321|MGI:105120|MGI:2152297|MGI:106572|MGI:1914273|MGI:1891435|MGI:107822|MGI:1098684|MGI:107180|MGI:95407|MGI:2443139|MGI:95491|MGI:2137612|MGI:1350921|MGI:95554|MGI:1916776|MGI:108088|MGI:95611|MGI:1270854|MGI:1096345|MGI:99844|MGI:1202394|MGI:95718|MGI:95797|MGI:2441758|MGI:95819|MGI:95833|MGI:95852|MGI:106590|MGI:2680765|MGI:96079|MGI:1315197|MGI:2670962|MGI:1336200|MGI:107619|MGI:108482|MGI:1330808|MGI:96397|MGI:102851|MGI:1346336|MGI:1891066|MGI:88064|MGI:88067|MGI:894762|MGI:895068|MGI:101789|MGI:88070|MGI:1929940|MGI:2444672|MGI:892970|MGI:1306776|MGI:99436|MGI:96925|MGI:105380|MGI:2147351|MGI:96973|MGI:2384966|MGI:96982|MGI:96990|MGI:1353466|MGI:95495|MGI:106926|MGI:106612|MGI:1351625|MGI:1298366|MGI:1915289|MGI:97361|MGI:109185|MGI:1344424|MGI:104749|MGI:1914328|MGI:99462|MGI:1891457|MGI:1349767|MGI:97744|MGI:1100846|MGI:2685870|MGI:104968|MGI:894680|MGI:1270863|MGI:103294|MGI:1206586|MGI:1347006|MGI:97821|MGI:99425|MGI:1316678|MGI:1913929|MGI:97847|MGI:97876|MGI:97877|MGI:97879|MGI:1929473|MGI:2180585|MGI:98270|MGI:1203522 
## 

## 
## 
## 
##  [if possible] Missing imputation in progress ... 
## Threshold: 0.6

## Cluster size 16030 broken into 14692 1338 
## Cluster size 14692 broken into 7860 6832 
## Cluster size 7860 broken into 4569 3291 
## Cluster size 4569 broken into 1546 3023 
## Cluster size 1546 broken into 713 833 
## Done cluster 713 
## Done cluster 833 
## Done cluster 1546 
## Cluster size 3023 broken into 1709 1314 
## Cluster size 1709 broken into 896 813 
## Done cluster 896 
## Done cluster 813 
## Done cluster 1709 
## Done cluster 1314 
## Done cluster 3023 
## Done cluster 4569 
## Cluster size 3291 broken into 2163 1128 
## Cluster size 2163 broken into 1262 901 
## Done cluster 1262 
## Done cluster 901 
## Done cluster 2163 
## Done cluster 1128 
## Done cluster 3291 
## Done cluster 7860 
## Cluster size 6832 broken into 4224 2608 
## Cluster size 4224 broken into 2462 1762 
## Cluster size 2462 broken into 1084 1378 
## Done cluster 1084 
## Done cluster 1378 
## Done cluster 2462 
## Cluster size 1762 broken into 962 800 
## Done cluster 962 
## Done cluster 800 
## Done cluster 1762 
## Done cluster 4224 
## Cluster size 2608 broken into 1704 904 
## Cluster size 1704 broken into 1434 270 
## Done cluster 1434 
## Done cluster 270 
## Done cluster 1704 
## Done cluster 904 
## Done cluster 2608 
## Done cluster 6832 
## Done cluster 14692 
## Done cluster 1338

## 
## 
## 
##  Final dataset : rows = 16030 | columns = 11

## 
## 
## 
##  Variable names : 
##  length = 11
## 
## 
##  list: Wang_KBM7_CS|Wang_K562_CS|Wang_Jiyoye_CS|Wang_Raji_CS|Hart_HCT116_BF|Hart_HeLa_BF|Hart_GBM_BF|Hart_RPE1_BF|Hart_DLD1_BF|Blomen_HAP1_Qval|Blomen_KBM7_Qval

# plot00(DR7_viability = DR7_viability,
#            data = aH,
#            main = 'Human scores')
bH = tranSamp(
    object = aH,
    percent = percent,
    FUN = function(x) {
        r = apply(x, 2, function(y) {
            scale(y, center = min(y), scale = max(y) - min(y))
        })
        return(r)
    },
    speed = TRUE,
    seed  = seed
)

## 
## Total observations: 16030. Selected samples: 16030 [Shuffled] 
## 

# Umap or PCA
bH$rdata = pcaUmap0(
    bH$rdata,
    main = 'Hscores',
    cname = 'HScore',
    umap = FALSE,
    ncomp = 6
)

## pca in progress ...

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
### 436 human cell lines
aH436 = initialization(
    data = human_cells_436,
    response = NULL,
    speed = TRUE,
    seed  = seed
)

## 
##  Response is not found and then set to NULL

## 
## 
## Input dataset : rows = 15753 | columns = 437

## 
## 
## Variable names (437): 
## MGI id|127399_SOFT_TISSUE|143B_BONE|253J_URINARY_TRACT|42MGBA_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|5637_URINARY_TRACT|59M_OVARY|639V_URINARY_TRACT|647V_URINARY_TRACT|697_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|769P_KIDNEY|786O_KIDNEY|8305C_THYROID|8MGBA_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|A2058_SKIN|A2780_OVARY|A3KAW_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|A549_LUNG|ABC1_LUNG|AGS_STOMACH|ASPC1_PANCREAS|AU565_BREAST|BC3C_URINARY_TRACT|BFTC905_URINARY_TRACT|BFTC909_KIDNEY|BHY_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|BICR16_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|BICR22_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|BICR31_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|BICR56_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|BICR6_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|BIN67_OVARY|BT549_BREAST|C2BBE1_LARGE_INTESTINE|C32_SKIN|CAKI1_KIDNEY|CAKI2_KIDNEY|CAL27_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|CAL29_URINARY_TRACT|CAL33_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|CAL51_BREAST|CAL78_BONE|CALU6_LUNG|CAMA1_BREAST|CAOV3_OVARY|CAS1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|CCFSTTG1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|CCK81_LARGE_INTESTINE|CFPAC1_PANCREAS|CH157MN_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|CHAGOK1_LUNG|CHLA15_AUTONOMIC_GANGLIA|CHLA266_SOFT_TISSUE|CHP212_AUTONOMIC_GANGLIA|CJM_SKIN|CL40_LARGE_INTESTINE|CME1_SOFT_TISSUE|COGAR359_SOFT_TISSUE|COGE352_BONE|COGN278_AUTONOMIC_GANGLIA|COGN305_AUTONOMIC_GANGLIA|COLO201_LARGE_INTESTINE|COLO678_LARGE_INTESTINE|COLO679_SKIN|COLO792_SKIN|COLO800_SKIN|CORL279_LUNG|CORL47_LUNG|COV318_OVARY|COV362_OVARY|COV434_OVARY|COV504_OVARY|COV644_OVARY|CW9019_SOFT_TISSUE|D283MED_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|D341MED_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|D425_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|D458_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|DANG_PANCREAS|DAOY_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|DB_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|DETROIT562_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|DKMG_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|DLD1_LARGE_INTESTINE|DU4475_BREAST|EFE184_ENDOMETRIUM|EFM19_BREAST|EFO21_OVARY|EFO27_OVARY|EJM_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|EKVX_LUNG|EN_ENDOMETRIUM|EPLC272H_LUNG|ES2_OVARY|ESS1_ENDOMETRIUM|F5_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|FADU_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|FU97_STOMACH|G292CLONEA141B1_BONE|GAMG_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|GB1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|GCIY_STOMACH|GCT_SOFT_TISSUE|GI1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|GSS_STOMACH|GSU_STOMACH|H4_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|HARA_LUNG|HCC1143_BREAST|HCC1359_LUNG|HCC1395_BREAST|HCC1419_BREAST|HCC1428_BREAST|HCC15_LUNG|HCC1806_BREAST|HCC1937_BREAST|HCC1954_BREAST|HCC202_BREAST|HCC56_LARGE_INTESTINE|HCC827_LUNG|HCC95_LUNG|HEC151_ENDOMETRIUM|HEC1A_ENDOMETRIUM|HEC1B_ENDOMETRIUM|HEC251_ENDOMETRIUM|HEC50B_ENDOMETRIUM|HEC59_ENDOMETRIUM|HEC6_ENDOMETRIUM|HEYA8_OVARY|HGC27_STOMACH|HLF_LIVER|HMC18_BREAST|HOP62_LUNG|HS578T_BREAST|HS683_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|HS695T_SKIN|HS729_SOFT_TISSUE|HS766T_PANCREAS|HS944T_SKIN|HSC2_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|HSC3_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|HT1080_SOFT_TISSUE|HT115_LARGE_INTESTINE|HT1197_URINARY_TRACT|HT1376_URINARY_TRACT|HT144_SKIN|HT29_LARGE_INTESTINE|HT55_LARGE_INTESTINE|HUH1_LIVER|HUH6_LIVER|HUH7_LIVER|HUPT3_PANCREAS|IGR1_SKIN|IGR39_SKIN|IMR32_AUTONOMIC_GANGLIA|INA6_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|IPC298_SKIN|ISTMES1_PLEURA|ISTMES2_PLEURA|JHH1_LIVER|JHH4_LIVER|JHH5_LIVER|JHH7_LIVER|JHOC5_OVARY|JHOM1_OVARY|JHOS2_OVARY|JHOS4_OVARY|JHUEM1_ENDOMETRIUM|JIMT1_BREAST|JJN3_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|JMSU1_URINARY_TRACT|JR_SOFT_TISSUE|K029AX_SKIN|KALS1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|KARPAS299_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KARPAS422_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KE39_STOMACH|KELLY_AUTONOMIC_GANGLIA|KIJK_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KLE_ENDOMETRIUM|KM12_LARGE_INTESTINE|KMBC2_URINARY_TRACT|KMRC1_KIDNEY|KMRC20_KIDNEY|KMS11_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KMS20_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KMS26_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KMS27_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KMS34_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KNS42_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|KNS60_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|KNS62_LUNG|KNS81_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|KP2_PANCREAS|KP3_PANCREAS|KP4_PANCREAS|KPL1_BREAST|KPNYN_AUTONOMIC_GANGLIA|KS1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|KU1919_URINARY_TRACT|KURAMOCHI_OVARY|KYSE180_OESOPHAGUS|KYSE270_OESOPHAGUS|KYSE30_OESOPHAGUS|KYSE410_OESOPHAGUS|KYSE450_OESOPHAGUS|KYSE510_OESOPHAGUS|KYSE70_OESOPHAGUS|L82_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|LCLC103H_LUNG|LI7_LIVER|LK2_LUNG|LMSU_STOMACH|LN18_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|LN235_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|LN319_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|LN382_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|LN443_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|LNZ308_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|LOVO_LARGE_INTESTINE|LP1_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|LS1034_LARGE_INTESTINE|LS180_LARGE_INTESTINE|LS513_LARGE_INTESTINE|LU99_LUNG|LUDLU1_LUNG|LXF289_LUNG|M059K_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|MAC2A_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|MALME3M_SKIN|MCAS_OVARY|MDAMB157_BREAST|MDAMB231_BREAST|MDAMB415_BREAST|MDAMB435S_SKIN|MDAMB436_BREAST|MDAMB453_BREAST|MDAMB468_BREAST|MDST8_LARGE_INTESTINE|MELHO_SKIN|MELJUSO_SKIN|MFE319_ENDOMETRIUM|MHHNB11_AUTONOMIC_GANGLIA|MIAPACA2_PANCREAS|MKN45_STOMACH|MM1S_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|MOLM13_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|MORCPR_LUNG|MPP89_PLEURA|MSTO211H_PLEURA|MV411_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|MYLA_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|NALM6_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|NB1_AUTONOMIC_GANGLIA|NB4_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|NCIH1299_LUNG|NCIH1437_LUNG|NCIH1568_LUNG|NCIH1573_LUNG|NCIH1581_LUNG|NCIH1648_LUNG|NCIH1650_LUNG|NCIH1666_LUNG|NCIH1693_LUNG|NCIH1703_LUNG|NCIH1792_LUNG|NCIH1944_LUNG|NCIH2023_LUNG|NCIH2030_LUNG|NCIH2052_PLEURA|NCIH2087_LUNG|NCIH2110_LUNG|NCIH2122_LUNG|NCIH2126_LUNG|NCIH2170_LUNG|NCIH2172_LUNG|NCIH2291_LUNG|NCIH23_LUNG|NCIH2452_PLEURA|NCIH322_LUNG|NCIH441_LUNG|NCIH460_LUNG|NCIH520_LUNG|NCIH716_LARGE_INTESTINE|NCIH747_LARGE_INTESTINE|NCIH838_LUNG|NCIN87_STOMACH|NH6_AUTONOMIC_GANGLIA|NOMO1_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|NUGC3_STOMACH|OAW28_OVARY|OCIAML2_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|OCIAML3_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|OE21_OESOPHAGUS|OE33_OESOPHAGUS|ONCODG1_OVARY|ONS76_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|OSRC2_KIDNEY|OUMS23_LARGE_INTESTINE|OV7_OVARY|OV90_OVARY|OVCAR5_OVARY|OVCAR8_OVARY|OVISE_OVARY|OVK18_OVARY|OVMANA_OVARY|OVTOKO_OVARY|P31FUJ_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|PANC0203_PANCREAS|PANC0403_PANCREAS|PANC1005_PANCREAS|PATU8988S_PANCREAS|PC14_LUNG|PECAPJ34CLONEC12_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|PECAPJ41CLONED2_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|PEDS005TPFAD_KIDNEY|PEDS015T_SOFT_TISSUE|PF382_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|PK1_PANCREAS|PK45H_PANCREAS|PLCPRF5_LIVER|PSN1_PANCREAS|RCC10RGB_KIDNEY|RD_SOFT_TISSUE|REH_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|RERFLCAD1_LUNG|RERFLCAI_LUNG|RH30_SOFT_TISSUE|RKN_SOFT_TISSUE|RKO_LARGE_INTESTINE|RMUGS_OVARY|RPMI7951_SKIN|RPMI8226_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|RT11284_URINARY_TRACT|RT112_URINARY_TRACT|RT4_URINARY_TRACT|RVH421_SKIN|S117_SOFT_TISSUE|SAOS2_BONE|SCABER_URINARY_TRACT|SCS214_SOFT_TISSUE|SEM_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|SF172_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|SF295_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|SF767_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|SH10TC_STOMACH|SIHA_CERVIX|SIMA_AUTONOMIC_GANGLIA|SJSA1_BONE|SKBR3_BREAST|SKHEP1_LIVER|SKMEL24_SKIN|SKMEL30_SKIN|SKMES1_LUNG|SKNAS_AUTONOMIC_GANGLIA|SKNBE2_AUTONOMIC_GANGLIA|SKNDZ_AUTONOMIC_GANGLIA|SKNFI_AUTONOMIC_GANGLIA|SKNMC_BONE|SKOV3_OVARY|SLR20_KIDNEY|SLR23_KIDNEY|SLR26_KIDNEY|SMSCTR_SOFT_TISSUE|SMZ1_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|SNGM_ENDOMETRIUM|SNU1105_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|SNU182_LIVER|SNU1_STOMACH|SNU201_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|SNU213_PANCREAS|SNU349_KIDNEY|SNU398_LIVER|SNU410_PANCREAS|SNU449_LIVER|SNU503_LARGE_INTESTINE|SNU685_ENDOMETRIUM|SNU840_OVARY|SNU8_OVARY|SR786_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|SUIT2_PANCREAS|SUPM2_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|SUPT1_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|SW1463_LARGE_INTESTINE|SW403_LARGE_INTESTINE|SW48_LARGE_INTESTINE|SW620_LARGE_INTESTINE|SW837_LARGE_INTESTINE|SW982_SOFT_TISSUE|SYO1_SOFT_TISSUE|T24_URINARY_TRACT|T3M4_PANCREAS|T84_LARGE_INTESTINE|T98G_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|TC106_BONE|TC138_BONE|TC205_BONE|TCCPAN2_PANCREAS|TCCSUP_URINARY_TRACT|TE1_OESOPHAGUS|TE4_OESOPHAGUS|TE5_OESOPHAGUS|TE6_OESOPHAGUS|TE8_OESOPHAGUS|TEN_ENDOMETRIUM|TF1_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|THP1_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|TOV21G_OVARY|TUHR10TKB_KIDNEY|TUHR14TKB_KIDNEY|TUHR4TKB_KIDNEY|U118MG_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|U178_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|U251MG_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|U2OS_BONE|U343_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|U87MG_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|U937_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|UACC257_SKIN|UACC62_SKIN|UMUC1_URINARY_TRACT|UMUC3_URINARY_TRACT|UOK101_KIDNEY|UPCISCC152_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|UW228_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|VMCUB1_URINARY_TRACT|VMRCRCW_KIDNEY|WM115_SKIN|WM1799_SKIN|WM2664_SKIN|WM793_SKIN|WM983B_SKIN|YAPC_PANCREAS|YD38_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|YH13_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|YKG1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|ZR751_BREAST

## No duplicate found!

## 
## 
## 
##  Response is not included!

## Cluster size 15753 broken into 14049 1704 
## Cluster size 14049 broken into 8375 5674 
## Cluster size 8375 broken into 2442 5933 
## Cluster size 2442 broken into 1770 672 
## Cluster size 1770 broken into 898 872 
## Done cluster 898 
## Done cluster 872 
## Done cluster 1770 
## Done cluster 672 
## Done cluster 2442 
## Cluster size 5933 broken into 3103 2830 
## Cluster size 3103 broken into 1729 1374 
## Cluster size 1729 broken into 875 854 
## Done cluster 875 
## Done cluster 854 
## Done cluster 1729 
## Done cluster 1374 
## Done cluster 3103 
## Cluster size 2830 broken into 1367 1463 
## Done cluster 1367 
## Done cluster 1463 
## Done cluster 2830 
## Done cluster 5933 
## Done cluster 8375 
## Cluster size 5674 broken into 1666 4008 
## Cluster size 1666 broken into 638 1028 
## Done cluster 638 
## Done cluster 1028 
## Done cluster 1666 
## Cluster size 4008 broken into 1717 2291 
## Cluster size 1717 broken into 794 923 
## Done cluster 794 
## Done cluster 923 
## Done cluster 1717 
## Cluster size 2291 broken into 1498 793 
## Done cluster 1498 
## Done cluster 793 
## Done cluster 2291 
## Done cluster 4008 
## Done cluster 5674 
## Done cluster 14049 
## Cluster size 1704 broken into 620 1084 
## Done cluster 620 
## Done cluster 1084 
## Done cluster 1704

## 
## 
## 
##  Final dataset : rows = 15753 | columns = 436

## 
## 
## 
##  Variable names : 
##  length = 436
## 
## 
##  list: 127399_SOFT_TISSUE|143B_BONE|253J_URINARY_TRACT|42MGBA_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|5637_URINARY_TRACT|59M_OVARY|639V_URINARY_TRACT|647V_URINARY_TRACT|697_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|769P_KIDNEY|786O_KIDNEY|8305C_THYROID|8MGBA_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|A2058_SKIN|A2780_OVARY|A3KAW_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|A549_LUNG|ABC1_LUNG|AGS_STOMACH|ASPC1_PANCREAS|AU565_BREAST|BC3C_URINARY_TRACT|BFTC905_URINARY_TRACT|BFTC909_KIDNEY|BHY_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|BICR16_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|BICR22_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|BICR31_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|BICR56_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|BICR6_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|BIN67_OVARY|BT549_BREAST|C2BBE1_LARGE_INTESTINE|C32_SKIN|CAKI1_KIDNEY|CAKI2_KIDNEY|CAL27_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|CAL29_URINARY_TRACT|CAL33_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|CAL51_BREAST|CAL78_BONE|CALU6_LUNG|CAMA1_BREAST|CAOV3_OVARY|CAS1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|CCFSTTG1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|CCK81_LARGE_INTESTINE|CFPAC1_PANCREAS|CH157MN_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|CHAGOK1_LUNG|CHLA15_AUTONOMIC_GANGLIA|CHLA266_SOFT_TISSUE|CHP212_AUTONOMIC_GANGLIA|CJM_SKIN|CL40_LARGE_INTESTINE|CME1_SOFT_TISSUE|COGAR359_SOFT_TISSUE|COGE352_BONE|COGN278_AUTONOMIC_GANGLIA|COGN305_AUTONOMIC_GANGLIA|COLO201_LARGE_INTESTINE|COLO678_LARGE_INTESTINE|COLO679_SKIN|COLO792_SKIN|COLO800_SKIN|CORL279_LUNG|CORL47_LUNG|COV318_OVARY|COV362_OVARY|COV434_OVARY|COV504_OVARY|COV644_OVARY|CW9019_SOFT_TISSUE|D283MED_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|D341MED_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|D425_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|D458_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|DANG_PANCREAS|DAOY_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|DB_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|DETROIT562_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|DKMG_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|DLD1_LARGE_INTESTINE|DU4475_BREAST|EFE184_ENDOMETRIUM|EFM19_BREAST|EFO21_OVARY|EFO27_OVARY|EJM_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|EKVX_LUNG|EN_ENDOMETRIUM|EPLC272H_LUNG|ES2_OVARY|ESS1_ENDOMETRIUM|F5_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|FADU_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|FU97_STOMACH|G292CLONEA141B1_BONE|GAMG_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|GB1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|GCIY_STOMACH|GCT_SOFT_TISSUE|GI1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|GSS_STOMACH|GSU_STOMACH|H4_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|HARA_LUNG|HCC1143_BREAST|HCC1359_LUNG|HCC1395_BREAST|HCC1419_BREAST|HCC1428_BREAST|HCC15_LUNG|HCC1806_BREAST|HCC1937_BREAST|HCC1954_BREAST|HCC202_BREAST|HCC56_LARGE_INTESTINE|HCC827_LUNG|HCC95_LUNG|HEC151_ENDOMETRIUM|HEC1A_ENDOMETRIUM|HEC1B_ENDOMETRIUM|HEC251_ENDOMETRIUM|HEC50B_ENDOMETRIUM|HEC59_ENDOMETRIUM|HEC6_ENDOMETRIUM|HEYA8_OVARY|HGC27_STOMACH|HLF_LIVER|HMC18_BREAST|HOP62_LUNG|HS578T_BREAST|HS683_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|HS695T_SKIN|HS729_SOFT_TISSUE|HS766T_PANCREAS|HS944T_SKIN|HSC2_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|HSC3_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|HT1080_SOFT_TISSUE|HT115_LARGE_INTESTINE|HT1197_URINARY_TRACT|HT1376_URINARY_TRACT|HT144_SKIN|HT29_LARGE_INTESTINE|HT55_LARGE_INTESTINE|HUH1_LIVER|HUH6_LIVER|HUH7_LIVER|HUPT3_PANCREAS|IGR1_SKIN|IGR39_SKIN|IMR32_AUTONOMIC_GANGLIA|INA6_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|IPC298_SKIN|ISTMES1_PLEURA|ISTMES2_PLEURA|JHH1_LIVER|JHH4_LIVER|JHH5_LIVER|JHH7_LIVER|JHOC5_OVARY|JHOM1_OVARY|JHOS2_OVARY|JHOS4_OVARY|JHUEM1_ENDOMETRIUM|JIMT1_BREAST|JJN3_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|JMSU1_URINARY_TRACT|JR_SOFT_TISSUE|K029AX_SKIN|KALS1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|KARPAS299_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KARPAS422_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KE39_STOMACH|KELLY_AUTONOMIC_GANGLIA|KIJK_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KLE_ENDOMETRIUM|KM12_LARGE_INTESTINE|KMBC2_URINARY_TRACT|KMRC1_KIDNEY|KMRC20_KIDNEY|KMS11_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KMS20_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KMS26_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KMS27_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KMS34_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|KNS42_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|KNS60_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|KNS62_LUNG|KNS81_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|KP2_PANCREAS|KP3_PANCREAS|KP4_PANCREAS|KPL1_BREAST|KPNYN_AUTONOMIC_GANGLIA|KS1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|KU1919_URINARY_TRACT|KURAMOCHI_OVARY|KYSE180_OESOPHAGUS|KYSE270_OESOPHAGUS|KYSE30_OESOPHAGUS|KYSE410_OESOPHAGUS|KYSE450_OESOPHAGUS|KYSE510_OESOPHAGUS|KYSE70_OESOPHAGUS|L82_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|LCLC103H_LUNG|LI7_LIVER|LK2_LUNG|LMSU_STOMACH|LN18_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|LN235_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|LN319_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|LN382_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|LN443_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|LNZ308_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|LOVO_LARGE_INTESTINE|LP1_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|LS1034_LARGE_INTESTINE|LS180_LARGE_INTESTINE|LS513_LARGE_INTESTINE|LU99_LUNG|LUDLU1_LUNG|LXF289_LUNG|M059K_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|MAC2A_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|MALME3M_SKIN|MCAS_OVARY|MDAMB157_BREAST|MDAMB231_BREAST|MDAMB415_BREAST|MDAMB435S_SKIN|MDAMB436_BREAST|MDAMB453_BREAST|MDAMB468_BREAST|MDST8_LARGE_INTESTINE|MELHO_SKIN|MELJUSO_SKIN|MFE319_ENDOMETRIUM|MHHNB11_AUTONOMIC_GANGLIA|MIAPACA2_PANCREAS|MKN45_STOMACH|MM1S_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|MOLM13_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|MORCPR_LUNG|MPP89_PLEURA|MSTO211H_PLEURA|MV411_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|MYLA_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|NALM6_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|NB1_AUTONOMIC_GANGLIA|NB4_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|NCIH1299_LUNG|NCIH1437_LUNG|NCIH1568_LUNG|NCIH1573_LUNG|NCIH1581_LUNG|NCIH1648_LUNG|NCIH1650_LUNG|NCIH1666_LUNG|NCIH1693_LUNG|NCIH1703_LUNG|NCIH1792_LUNG|NCIH1944_LUNG|NCIH2023_LUNG|NCIH2030_LUNG|NCIH2052_PLEURA|NCIH2087_LUNG|NCIH2110_LUNG|NCIH2122_LUNG|NCIH2126_LUNG|NCIH2170_LUNG|NCIH2172_LUNG|NCIH2291_LUNG|NCIH23_LUNG|NCIH2452_PLEURA|NCIH322_LUNG|NCIH441_LUNG|NCIH460_LUNG|NCIH520_LUNG|NCIH716_LARGE_INTESTINE|NCIH747_LARGE_INTESTINE|NCIH838_LUNG|NCIN87_STOMACH|NH6_AUTONOMIC_GANGLIA|NOMO1_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|NUGC3_STOMACH|OAW28_OVARY|OCIAML2_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|OCIAML3_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|OE21_OESOPHAGUS|OE33_OESOPHAGUS|ONCODG1_OVARY|ONS76_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|OSRC2_KIDNEY|OUMS23_LARGE_INTESTINE|OV7_OVARY|OV90_OVARY|OVCAR5_OVARY|OVCAR8_OVARY|OVISE_OVARY|OVK18_OVARY|OVMANA_OVARY|OVTOKO_OVARY|P31FUJ_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|PANC0203_PANCREAS|PANC0403_PANCREAS|PANC1005_PANCREAS|PATU8988S_PANCREAS|PC14_LUNG|PECAPJ34CLONEC12_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|PECAPJ41CLONED2_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|PEDS005TPFAD_KIDNEY|PEDS015T_SOFT_TISSUE|PF382_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|PK1_PANCREAS|PK45H_PANCREAS|PLCPRF5_LIVER|PSN1_PANCREAS|RCC10RGB_KIDNEY|RD_SOFT_TISSUE|REH_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|RERFLCAD1_LUNG|RERFLCAI_LUNG|RH30_SOFT_TISSUE|RKN_SOFT_TISSUE|RKO_LARGE_INTESTINE|RMUGS_OVARY|RPMI7951_SKIN|RPMI8226_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|RT11284_URINARY_TRACT|RT112_URINARY_TRACT|RT4_URINARY_TRACT|RVH421_SKIN|S117_SOFT_TISSUE|SAOS2_BONE|SCABER_URINARY_TRACT|SCS214_SOFT_TISSUE|SEM_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|SF172_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|SF295_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|SF767_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|SH10TC_STOMACH|SIHA_CERVIX|SIMA_AUTONOMIC_GANGLIA|SJSA1_BONE|SKBR3_BREAST|SKHEP1_LIVER|SKMEL24_SKIN|SKMEL30_SKIN|SKMES1_LUNG|SKNAS_AUTONOMIC_GANGLIA|SKNBE2_AUTONOMIC_GANGLIA|SKNDZ_AUTONOMIC_GANGLIA|SKNFI_AUTONOMIC_GANGLIA|SKNMC_BONE|SKOV3_OVARY|SLR20_KIDNEY|SLR23_KIDNEY|SLR26_KIDNEY|SMSCTR_SOFT_TISSUE|SMZ1_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|SNGM_ENDOMETRIUM|SNU1105_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|SNU182_LIVER|SNU1_STOMACH|SNU201_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|SNU213_PANCREAS|SNU349_KIDNEY|SNU398_LIVER|SNU410_PANCREAS|SNU449_LIVER|SNU503_LARGE_INTESTINE|SNU685_ENDOMETRIUM|SNU840_OVARY|SNU8_OVARY|SR786_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|SUIT2_PANCREAS|SUPM2_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|SUPT1_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|SW1463_LARGE_INTESTINE|SW403_LARGE_INTESTINE|SW48_LARGE_INTESTINE|SW620_LARGE_INTESTINE|SW837_LARGE_INTESTINE|SW982_SOFT_TISSUE|SYO1_SOFT_TISSUE|T24_URINARY_TRACT|T3M4_PANCREAS|T84_LARGE_INTESTINE|T98G_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|TC106_BONE|TC138_BONE|TC205_BONE|TCCPAN2_PANCREAS|TCCSUP_URINARY_TRACT|TE1_OESOPHAGUS|TE4_OESOPHAGUS|TE5_OESOPHAGUS|TE6_OESOPHAGUS|TE8_OESOPHAGUS|TEN_ENDOMETRIUM|TF1_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|THP1_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|TOV21G_OVARY|TUHR10TKB_KIDNEY|TUHR14TKB_KIDNEY|TUHR4TKB_KIDNEY|U118MG_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|U178_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|U251MG_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|U2OS_BONE|U343_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|U87MG_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|U937_HAEMATOPOIETIC_AND_LYMPHOID_TISSUE|UACC257_SKIN|UACC62_SKIN|UMUC1_URINARY_TRACT|UMUC3_URINARY_TRACT|UOK101_KIDNEY|UPCISCC152_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|UW228_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|VMCUB1_URINARY_TRACT|VMRCRCW_KIDNEY|WM115_SKIN|WM1799_SKIN|WM2664_SKIN|WM793_SKIN|WM983B_SKIN|YAPC_PANCREAS|YD38_UPPER_AERODIGESTIVE_TRACT|YH13_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|YKG1_CENTRAL_NERVOUS_SYSTEM|ZR751_BREAST

# plot00(DR7_viability = DR7_viability,
#            data = aH436,
#            main = '436 Human scores')
bH436 = tranSamp(
    object = aH436,
    percent = percent,
    FUN = function(x) {
        r = apply(x, 2, function(y) {
            y
        })
        return(r)
    },
    speed = TRUE,
    seed  = seed
)

## 
## Total observations: 15753. Selected samples: 15753 [Shuffled] 
## 

# PCA or UMAP
bH436$rdata = pcaUmap0(
    bH436$rdata,
    main = 'H436',
    cname = 'H436',
    umap = FALSE,
    ncomp = 3
)

## pca in progress ...

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
### 2.4 GTEX
aG = initialization(
    data = GTEX[, !names(GTEX) %in% c('human_ensembl_gene')],
    response = NULL,
    speed = TRUE,
    seed  = seed
)

## 
##  Response is not found and then set to NULL

## 
## 
## Input dataset : rows = 16403 | columns = 54

## 
## 
## Variable names (54): 
## Adipose_Subcutaneous|Adipose_Visceral_(Omentum)|Adrenal_Gland|Artery_Aorta|Artery_Coronary|Artery_Tibial|Bladder|Brain_Amygdala|Brain_Anterior_cingulate_cortex_(BA24)|Brain_Caudate_(basal_ganglia)|Brain_Cerebellar_Hemisphere|Brain_Cerebellum|Brain_Cortex|Brain_Frontal_Cortex_(BA9)|Brain_Hippocampus|Brain_Hypothalamus|Brain_Nucleus_accumbens_(basal_ganglia)|Brain_Putamen_(basal_ganglia)|Brain_Spinal_cord_(cervical_c-1)|Brain_Substantia_nigra|Breast_Mammary_Tissue|Cells_EBV-transformed_lymphocytes|Cells_Transformed_fibroblasts|Cervix_Ectocervix|Cervix_Endocervix|Colon_Sigmoid|Colon_Transverse|Esophagus_Gastroesophageal_Junction|Esophagus_Mucosa|Esophagus_Muscularis|Fallopian_Tube|Heart_Atrial_Appendage|Heart_Left_Ventricle|Kidney_Cortex|Liver|Lung|Minor_Salivary_Gland|Muscle_Skeletal|Nerve_Tibial|Ovary|Pancreas|Pituitary|Prostate|Skin_Not_Sun_Exposed_(Suprapubic)|Skin_Sun_Exposed_(Lower_leg)|Small_Intestine_Terminal_Ileum|Spleen|Stomach|Testis|Thyroid|Uterus|Vagina|Whole_Blood|MGI id

## No duplicate found!

## 
## 
## 
##  Response is not included!

## Cluster size 16403 broken into 334 16069 
## Done cluster 334 
## Cluster size 16069 broken into 13966 2103 
## Cluster size 13966 broken into 9404 4562 
## Cluster size 9404 broken into 3365 6039 
## Cluster size 3365 broken into 2058 1307 
## Cluster size 2058 broken into 15 2043 
## Done cluster 15 
## Cluster size 2043 broken into 1216 827 
## Done cluster 1216 
## Done cluster 827 
## Done cluster 2043 
## Done cluster 2058 
## Done cluster 1307 
## Done cluster 3365 
## Cluster size 6039 broken into 5580 459 
## Cluster size 5580 broken into 761 4819 
## Done cluster 761 
## Cluster size 4819 broken into 1464 3355 
## Done cluster 1464 
## Cluster size 3355 broken into 2954 401 
## Cluster size 2954 broken into 2926 28 
## Cluster size 2926 broken into 1007 1919 
## Done cluster 1007 
## Cluster size 1919 broken into 272 1647 
## Done cluster 272 
## Cluster size 1647 broken into 237 1410 
## Done cluster 237 
## Done cluster 1410 
## Done cluster 1647 
## Done cluster 1919 
## Done cluster 2926 
## Done cluster 28 
## Done cluster 2954 
## Done cluster 401 
## Done cluster 3355 
## Done cluster 4819 
## Done cluster 5580 
## Done cluster 459 
## Done cluster 6039 
## Done cluster 9404 
## Cluster size 4562 broken into 950 3612 
## Done cluster 950 
## Cluster size 3612 broken into 1124 2488 
## Done cluster 1124 
## Cluster size 2488 broken into 1625 863 
## Cluster size 1625 broken into 461 1164 
## Done cluster 461 
## Done cluster 1164 
## Done cluster 1625 
## Done cluster 863 
## Done cluster 2488 
## Done cluster 3612 
## Done cluster 4562 
## Done cluster 13966 
## Cluster size 2103 broken into 410 1693 
## Done cluster 410 
## Cluster size 1693 broken into 50 1643 
## Done cluster 50 
## Cluster size 1643 broken into 1376 267 
## Done cluster 1376 
## Done cluster 267 
## Done cluster 1643 
## Done cluster 1693 
## Done cluster 2103 
## Done cluster 16069

## 
## 
## 
##  Final dataset : rows = 16403 | columns = 53

## 
## 
## 
##  Variable names : 
##  length = 53
## 
## 
##  list: Adipose_Subcutaneous|Adipose_Visceral_(Omentum)|Adrenal_Gland|Artery_Aorta|Artery_Coronary|Artery_Tibial|Bladder|Brain_Amygdala|Brain_Anterior_cingulate_cortex_(BA24)|Brain_Caudate_(basal_ganglia)|Brain_Cerebellar_Hemisphere|Brain_Cerebellum|Brain_Cortex|Brain_Frontal_Cortex_(BA9)|Brain_Hippocampus|Brain_Hypothalamus|Brain_Nucleus_accumbens_(basal_ganglia)|Brain_Putamen_(basal_ganglia)|Brain_Spinal_cord_(cervical_c-1)|Brain_Substantia_nigra|Breast_Mammary_Tissue|Cells_EBV-transformed_lymphocytes|Cells_Transformed_fibroblasts|Cervix_Ectocervix|Cervix_Endocervix|Colon_Sigmoid|Colon_Transverse|Esophagus_Gastroesophageal_Junction|Esophagus_Mucosa|Esophagus_Muscularis|Fallopian_Tube|Heart_Atrial_Appendage|Heart_Left_Ventricle|Kidney_Cortex|Liver|Lung|Minor_Salivary_Gland|Muscle_Skeletal|Nerve_Tibial|Ovary|Pancreas|Pituitary|Prostate|Skin_Not_Sun_Exposed_(Suprapubic)|Skin_Sun_Exposed_(Lower_leg)|Small_Intestine_Terminal_Ileum|Spleen|Stomach|Testis|Thyroid|Uterus|Vagina|Whole_Blood

# plot00(DR7_viability = DR7_viability,
#            data = aG,
#            main = 'GTEX')
bG = tranSamp(
    object = aG,
    percent = percent,
    FUN = function(x) {
        r = apply(x, 2, function(y) {
            # Scaling has no meaning here # HAMED
            y2 = log(log(y + 1) + 1)
        })
        return(r)
    },
    speed = TRUE,
    seed  = seed
)

## 
## Total observations: 16403. Selected samples: 16403 [Shuffled] 
## 

# PCA or UMAP
bG$rdata = pcaUmap0(
    bG$rdata,
    main = 'GTEX',
    cname = 'GTEX',
    umap = FALSE,
    ncomp = 3
)

## pca in progress ...

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
### PLI
aP = initialization(
    data = PLI,
    response = NULL,
    speed = TRUE,
    seed  = seed
)

## 
##  Response is not found and then set to NULL

## 
## 
## Input dataset : rows = 16044 | columns = 2

## 
## 
## Variable names (2): 
## MGI id|pLI

## No duplicate found!

## 
## 
## 
##  Response is not included!

## 
## 
## 
##  [if possible] missing data removed!

## 
## 
## 
##  Final dataset : rows = 16044 | columns = 1

## 
## 
## 
##  Variable names : 
##  length = 1
## 
## 
##  list: pLI

# plot00(DR7_viability = DR7_viability,
#            data = aP,
#            main = 'PLI')
bP = tranSamp(
    object = aP,
    percent = percent,
    FUN = function(x) {
        r = apply(x, 2, function(y) {
            (scale(y, min(y), max(y) - min(y)) - .5) * 2
        })
        return(r)
    },
    speed = TRUE,
    seed  = seed
)

## 
## Total observations: 16044. Selected samples: 16044 [Shuffled] 
## 

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
pie2(c(
    rep('Gtex', dim(bG$rdata)[1]),
    rep('DMDD', dim(bM$rdata)[1]),
    rep('SHET', dim(bS$rdata)[1]),
    rep('PLI', dim(bP$rdata)[1]),
    rep('H436', dim(bH436$rdata)[1]),
    rep('Human Crisper lines', dim(bH$rdata)[1])
),
col = 1:6,
#density=0,
main = 'Datasets contribution')

####################
# Components
# a/bM    ===> DMDD
# a/bS    ===> SHet
# a/bH    ===> Humans scores
# a/bG    ===> Gtex
# a/bP    ===> PLI
# a/bH436 ===> 436 cell lines
####################
#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
# 3. Merging the entire datasets from the previous datasets [key = MGI id]
f0 =
    merge(
        merge(
            merge(
                data.frame(
                    'MGI id' = rownames(bP$rdata),
                    bP$rdata  ,
                    check.names = FALSE
                ),
                merge(
                    data.frame(
                        'MGI id' = rownames(bM$rdata),
                        bM$rdata  ,
                        check.names = FALSE
                    ),
                    merge(
                        data.frame(
                            bH436$rdata,
                            'MGI id' = rownames(bH436$rdata),
                            check.names = FALSE
                        ),
                        data.frame(
                            bG$rdata,
                            'MGI id' = rownames(bG$rdata),
                            check.names = FALSE
                        ),
                        by = 'MGI id',
                        all = TRUE
                    ),
                    by = 'MGI id',
                    all = TRUE
                ),
                by = 'MGI id',
                all = TRUE
            ),
            data.frame(
                bS$rdata,
                'MGI id' = rownames(bS$rdata),
                check.names = FALSE
            ),
            by = 'MGI id',
            all = TRUE
        ),
        data.frame(
            bH$rdata,
            'MGI id' = rownames(bH$rdata),
            check.names = FALSE
        ),
        by = 'MGI id',
        all = TRUE
    )


# Do you want remove any dataset?
# DMDD GTEK 436HGenes Shet PLI
#f0 = f0[, !colnames(f0) %in% colnames(bH436$rdata)]
#f0 = f0[, !colnames(f0) %in% colnames(bP$rdata)]
#f0 = f0[, !colnames(f0) %in% colnames(bS$rdata)]
#f0 = f0[, !colnames(f0) %in% colnames(bM$rdata)]
#f0 = f0[, !colnames(f0) %in% colnames(bG$rdata)]
#f0 = f0[, !colnames(f0) %in% colnames(bH$rdata)]

message('Final dataset: \n\t ', paste(c('Rows = ', 'columns = '), dim(f0), collapse = ' | '))

## Final dataset: 
##   Rows =  23739 | columns =  42

message(
    'Variables: \n\t length = ',
    length(colnames(f0)),
    '\n\t list: ',
    paste(colnames(f0), collapse = ', ')
)

## Variables: 
##   length = 42
##   list: MGI id, pLI, 5-somite stage, 6-somite stage, 7-somite stage, 8-somite stage, 9-somite stage, 10-somite stage, 11-somite stage, 12-somite stage, 13-somite stage, 14-somite stage, 15-somite stage, 16-somite stage, 17-somite stage, 18-somite stage, 19-somite stage, 20-somite stage, 21-somite stage, 22-somite stage, 23-somite stage, 24-somite stage, 25-somite stage, 26-somite stage, 27-somite stage, 28-somite stage, 34-somite stage, 35-somite stage, 36-somite stage, H4361, H4362, H4363, GTEX1, GTEX2, GTEX3, s_het, HScore1, HScore2, HScore3, HScore4, HScore5, HScore6

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
# 4.
# 4.1 add viability labels
final_data = f0
final_data = merge(DR7_viability, final_data, by = 'MGI id', all.y =  TRUE)

final_data = final_data[complete.cases(final_data[, -c(1:2)]),]
#Just for me (rename the viability column)
names(final_data)[which(names(final_data) %in% 'Viability')] = 'viability'
levels(final_data$viability)

## [1] "Conflicting" "Lethal"      "Subviable"   "Viable"

# 4.2 ready to NA ---> unknown
final_data$viability = addNA(final_data$viability)
levels(final_data$viability)

## [1] "Conflicting" "Lethal"      "Subviable"   "Viable"      NA

levels(final_data$viability)[which(is.na(levels(final_data$viability)))] = 'unknown'
addmargins(table(final_data$viability, useNA = 'always'))

## 
## Conflicting      Lethal   Subviable      Viable     unknown        <NA> 
##          23         868         326        1809        8881           0 
##         Sum 
##       11907

# ready for processing data
rownames(final_data) = final_data[, 'MGI id']
final_data = forg = final_data[, -which(colnames(final_data) %in% 'MGI id')]

pie2(
    x = final_data$viability,
    col = 1:nlevels(final_data$viability),
    main = 'Final input file',
    cex = .85
)

# 4.3 shuffling data ...
nshuffle = function(x, n = 0, seed) {
    set.seed(seed)
    message('\n', n, 'x Shuffling the final dataset ... \n')
    if (n > 0) {
        for (i in 1:n) {
            message('Shuffle id: ', i)
            x = x[sample(nrow(x)), ]
        }
    }
    return(x)
}
f00 = final_data
f00 = nshuffle(x = f00, n = 10, seed = seed)

## 
## 10x Shuffling the final dataset ...

## Shuffle id: 1

## Shuffle id: 2

## Shuffle id: 3

## Shuffle id: 4

## Shuffle id: 5

## Shuffle id: 6

## Shuffle id: 7

## Shuffle id: 8

## Shuffle id: 9

## Shuffle id: 10

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
# 4.4 Merge SubViables and Conflictings into unknown
f00.with.conf = f00
levels(f00$viability)[which(levels(f00$viability) %in% c('Conflicting', 'Subviable', ''))] =
    'unknown'
f00 = droplevels(f00)
addmargins(table(f00.with.conf$viability))

## 
## Conflicting      Lethal   Subviable      Viable     unknown         Sum 
##          23         868         326        1809        8881       11907

addmargins(table(f00$viability))

## 
## unknown  Lethal  Viable     Sum 
##    9230     868    1809   11907

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
# Enrichment using clustering
# 6. initial clustering and [if possible] assigning unknowns to a class (_p)
mergOrg = mergeClust(
    f00,
    seed = seed,
    sub = 'Enrichment',
    method = 'hkmeans',
    cl = 110,
    minin  = 20,
    thresh = 30
)

## 
## [h]kmeans in progress ....

## *info : nstart is not defined for hkmeans method.

## N:22, Ratio: Inf; Cluster 10 unknown assigned to -> Lethal; Details: unknown:66; Lethal:22; Viable:0

## N:35, Ratio: 34; Cluster 58 unknown assigned to -> Viable; Details: unknown:126; Lethal:1; Viable:34

## N:22, Ratio: Inf; Cluster 68 unknown assigned to -> Lethal; Details: unknown:64; Lethal:22; Viable:0

## 
##   Lethal Lethal_p  unknown   Viable Viable_p 
##      868      130     8974     1809      126

## 
##  Total clusters: 110. Min points in clusters [including unknown]: 10. Min information required in each cluster : 20 Points.

### Second plot
tplot = table(mergOrg$out$clusters,
                            mergOrg$out$viability,
                            dnn = c('Cluster', 'Viability'))
print(tplot)

##        Viability
## Cluster unknown Lethal Viable
##     1       170      5     39
##     2        58      3     11
##     3       134      3     29
##     4        99      4     23
##     5       193     14     47
##     6       179      8     54
##     7       119      2     28
##     8        73      2     16
##     9       148      8     40
##     10       66     22      0
##     11      113     15     14
##     12       49      5      0
##     13       64      5     10
##     14      108      4     36
##     15      138     11     34
##     16       51     19      0
##     17       93      3     18
##     18       88      3     16
##     19      172      5     39
##     20      115      6     23
##     21       85      4     27
##     22       97     11     13
##     23       92      6     32
##     24        8      2      3
##     25       30     17      0
##     26      124     12     29
##     27       76      2     13
##     28      128     12     23
##     29      106      4     19
##     30      160      6     41
##     31      174     19     38
##     32       92      4     17
##     33      171     24     26
##     34       59      1     17
##     35       37      7      0
##     36       93      2     21
##     37       82      5     26
##     38      196     11     51
##     39       80     17      5
##     40      104      8     16
##     41      162      9     46
##     42      116      1     28
##     43       67      6     11
##     44       74      3     27
##     45      151     11     35
##     46       69      4     21
##     47       49     15      0
##     48       43     15      0
##     49       66     10      9
##     50      139     12     42
##     51       96      8     25
##     52      172      9     33
##     53       65      1     18
##     54       75     20      5
##     55       17      9      0
##     56      130      3     46
##     57      189     18     49
##     58      126      1     34
##     59       49     10      3
##     60       63      4      8
##     61       66      4      8
##     62       41     17      0
##     63       35     11      0
##     64      131      5     31
##     65       91      1     19
##     66       50     19      0
##     67       47     18      2
##     68       64     22      0
##     69      222      8     53
##     70       43      3      8
##     71      116      6     32
##     72       41      2     15
##     73       48     14      0
##     74       39     15      0
##     75       21      4      3
##     76      118      7     31
##     77       35     12      0
##     78      102     11      7
##     79       17      4      0
##     80       73      0     10
##     81      104      9     30
##     82       42     13      0
##     83       52      1      8
##     84       43     13      3
##     85      130      5     28
##     86       93      4     32
##     87       63      1     12
##     88       50      2     21
##     89       55     15     11
##     90       64      8      0
##     91      125      8     16
##     92       52      3      7
##     93       26      5      0
##     94       51      5      0
##     95      220      8     47
##     96       34     17      3
##     97       32      9      0
##     98       12      3      1
##     99       14      4      0
##     100      54     11      0
##     101      13      2      0
##     102      46     13      0
##     103      76      2     14
##     104      36      4      0
##     105      53      2      9
##     106      39     16      0
##     107      49      0     14
##     108      13      4      0
##     109      38      7      0
##     110       9      1      0

Plotlabs = t(tplot)
plotlabelsCol = sign(table(mergOrg$out$merged.clu, mergOrg$out$clusters)[2, , drop =
                                                                                                                                                    FALSE])
a = barplot(
    (Plotlabs),
    las = 3,
    col = 3:5,
    #Plotlabs + 2,
    xlab = ' Cluster [blue = merged]',
    ylab = 'Points in cluster',
    xaxt = 'n'
)
legend(
    'top',
    legend = rownames(Plotlabs),
    fill  = 3:5,
    #Plotlabs + 2,
    xpd = TRUE,
    horiz = TRUE,
    inset = -.081
)
mtext(
    side = 1,
    at = a,
    #adj = 0,
    text = 1:length(a),
    col = plotlabelsCol * 3 + 1,
    las = 2,
    xpd = TRUE,
    cex = .6
)

###


# 7.
pie2(
    x = mergOrg$out$assigned.viability,
    col = 1:nlevels(mergOrg$out$assigned.viability),
    main = 'Enrichment (_p)',
    cex = .75
)

table(mergOrg$out$assigned.viability)

## 
##   Lethal Lethal_p  unknown   Viable Viable_p 
##      868      130     8974     1809      126

# merge predictions (_p) to the original data
### evaluate clustering predictions using DR8
mergedTwo = merge(
    data.frame(
        'MGI id' = rownames(mergOrg$out),
        mergOrg$out,
        check.names = FALSE
    ),
    viabi_DR8,
    by = 'MGI id',
    all.y = TRUE,
    all.x = FALSE
)
t2a = droplevels(subset(
    mergedTwo,
    !(assigned.viability %in% 'unknown') &
        !(viability.dr8 %in% 'Subviable')
))
table(t2a$assigned.viability,
            t2a$viability.dr8,
            dnn = c('Predicted', 'TRUE'))

##           TRUE
## Predicted  Lethal Viable
##   Lethal      844      0
##   Lethal_p      1      0
##   Viable        0   1746
##   Viable_p      0      1

# Preparing to add enrichment results to the raw data
newdata = f00
newdata$viability[mergOrg$out$assigned.viability %in% 'Lethal_p'] = 'Lethal'
newdata$viability[mergOrg$out$assigned.viability %in% 'Viable_p'] = 'Viable'
addmargins(table(newdata$viability, useNA = 'always'))

## 
## unknown  Lethal  Viable    <NA>     Sum 
##    8974     998    1935       0   11907

addmargins(table(newdata$viability, f00$viability, useNA = 'always'))

##          
##           unknown Lethal Viable  <NA>   Sum
##   unknown    8974      0      0     0  8974
##   Lethal      130    868      0     0   998
##   Viable      126      0   1809     0  1935
##   <NA>          0      0      0     0     0
##   Sum        9230    868   1809     0 11907

pie2(
    x = newdata$viability,
    col = 1:nlevels(newdata$viability),
    main = 'Final data after enrichment'
)

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
# 8. Final preparations before feeding to ML
###########################
f2 = f20 = fbackup = newdata
###########################
f20$viability[f20$viability %in% c('unknown', 'Subviable', 'Conflicting')]        = NA
f20 = droplevels(data.frame  (f20, check.names     = FALSE))
f20 = f20.backup = f20[!is.na(f20$viability),]
addmargins(table(f2$viability , useNA = 'always'))

## 
## unknown  Lethal  Viable    <NA>     Sum 
##    8974     998    1935       0   11907

addmargins(table(f20$viability, useNA = 'always'))

## 
## Lethal Viable   <NA>    Sum 
##    998   1935      0   2933

#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
# # 8.0.1 suspesion data removal
# f010 = suspectRemove(replica = 1500,data = f2,seed = seed,nree = 150,formula = viability~.)
# f011 = rownames(f010$all.sus)
# message( 'The number of removed Genes :', sum(rownames(f20 ) %in% rownames(f010$all.sus)))
# f2   = f2 [!rownames(f2 ) %in% rownames(f010$all.sus),]
# f20  = f20[!rownames(f20) %in% rownames(f010$all.sus),]
#
#
# table( f2$viability)
# table(f20$viability)
###########################


#### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### #### ####
# ML starts here
library(randomForestSRC)
f000 = f2
#### Prediction after removing th suspecious cases
levels(f000$viability)[which(levels(f000$viability) %in% c('Subviable', 'Conflicting', 'unknown'))] = 'unknown'

# Separate Lethals and Viables for the downsampling
nx3 =  droplevels(f000[which(!f000$viability %in% c('unknown')), ])
nxLethal = subset(nx3, viability %in% 'Lethal')
nxViable = subset(nx3, viability %in% 'Viable')

lnxl = nrow(nxLethal)
lnxV = nrow(nxViable)

# Down sampling
set.seed(seed)
if (lnxl < lnxV) {
    nx3 = rbind(nxLethal, nxViable[sample(1:lnxV, size = lnxl, replace = FALSE), ])
} else{
    nx3 = rbind(nxViable, nxLethal[sample(1:lnxl, size = lnxV, replace = FALSE), ])
}
#######
# Specify train and test set
n   =  nrow(nx3)
x    = sample(1:n, size = .60 * n)
train = (nx3[x ,])
test  = (nx3[-x,])

##### Random forest
rf = rfsrc(
    formula = viability ~ .,
    data = droplevels(train),
    ntree = 1500,
    importance = TRUE,
    proximity = 'oob',
    seed = seed

)
plot(rf, plots.one.page = FALSE)

## 
##                      all    Lethal    Viable
## HScore1           0.0718    0.0535    0.0930
## H4361             0.0649    0.0482    0.0799
## pLI               0.0133    0.0092    0.0167
## s_het             0.0129    0.0088    0.0201
## GTEX1             0.0105    0.0086    0.0120
## H4363             0.0097   -0.0011    0.0238
## HScore3           0.0092    0.0007    0.0193
## HScore2           0.0052   -0.0020    0.0088
## GTEX2             0.0051    0.0095    0.0027
## HScore5           0.0036   -0.0010    0.0065
## 9-somite stage    0.0036    0.0041    0.0043
## GTEX3             0.0035    0.0088   -0.0013
## 5-somite stage    0.0033    0.0032    0.0028
## 6-somite stage    0.0032    0.0053    0.0050
## 26-somite stage   0.0029    0.0037    0.0038
## HScore6           0.0029   -0.0016    0.0059
## 19-somite stage   0.0029    0.0031    0.0039
## 13-somite stage   0.0027    0.0028    0.0036
## 36-somite stage   0.0027    0.0037    0.0040
## 7-somite stage    0.0024    0.0031    0.0028
## HScore4           0.0023    0.0006    0.0070
## 15-somite stage   0.0019    0.0023    0.0025
## 24-somite stage   0.0018    0.0021    0.0022
## 34-somite stage   0.0016    0.0037    0.0035
## 18-somite stage   0.0016    0.0019    0.0015
## 11-somite stage   0.0016    0.0004    0.0012

##########
rf

##                          Sample size: 1197
##            Frequency of class labels: 595, 602
##                      Number of trees: 1500
##            Forest terminal node size: 1
##        Average no. of terminal nodes: 124.234
## No. of variables tried at each split: 7
##               Total no. of variables: 41
##                             Analysis: RF-C
##                               Family: class
##                       Splitting rule: gini
##               Normalized Brier score: 56.95 
##                           Error rate: 0.2, 0.3, 0.1
## 
## Confusion matrix:
## 
##           predicted
##   observed Lethal Viable class.error
##     Lethal    415    180      0.3025
##     Viable     58    544      0.0963
## 
##  Overall error rate: 19.88%

########## Validate on the Test set
prTest = predict(rf, newdata = test[, -1])
pr2T = prTest$predicted[, 1]
th = .420
pr2T [pr2T > th] = 'Lethal'
pr2T [pr2T <= th] = 'Viable'
prop.table(table(test$viability, pr2T), 2)

##         pr2T
##             Lethal    Viable
##   Lethal 0.7976190 0.1794195
##   Viable 0.2023810 0.8205805

##### Prediction on the entire data
pr = predict(rf, newdata = f000[, -1])
pr2 = pr$predicted[, 1]
pr2 [pr2 > th] = 'Lethal'
pr2 [pr2 <= th] = 'Viable'
f21 = cbind('MGI id' = rownames(f000), f000, pred = pr2)
prop.table(table(f21$viability, f21$pred))

##          
##                Lethal      Viable
##   unknown 0.311329470 0.442344839
##   Lethal  0.078105316 0.005710926
##   Viable  0.023431595 0.139077853

########



# ROC plot ...
plot(rf$predicted, col = rf$yvar, pch = as.integer(rf$yvar) + 1)
abline(
    v = th,
    h = 1 - th,
    lwd = 3,
    lty = 3,
    col = 3
)

f01 = function(x, y, ...) {
    lines(x, y, lwd = 3)
    th = th
    abline(
        v = th,
        col = 2,
        lty = 3,
        lwd = 3
    )
}
f01 = function(x, y, ...) {
    lines(x, y, lwd = 3)
    th = th
    abline(
        v = th,
        col = 2,
        lty = 3,
        lwd = 3
    )
}
plot(
    calc_roc.rfsrc(
        rf,
        yvar = rf$yvar,
        which.outcome = 1,
        oob = TRUE
    ),
    lower.panel = NULL,
    upper.panel = f01,
    labels = c('Sensitivity', 'Specificity', 'Pct')
)

#plot(gg_roc(rf, which.outcome = 1, oob = TRUE))


# 10.7 predict and evaluate using DR8
mergedTwo = merge(f21,
                                    viabi_DR8,
                                    by = 'MGI id',
                                    all.y = TRUE,
                                    all.x = FALSE)

# 10.7.1
library(caret)

## Warning: package 'caret' was built under R version 3.5.1

## Loading required package: lattice

## Loading required package: ggplot2

## Warning: package 'ggplot2' was built under R version 3.5.1

############# On the entire data
mergedTwo01 = droplevels(subset(mergedTwo, !(viability.dr8 %in% 'Subviable')))
t1 = table(
    (mergedTwo01$pred),
    (mergedTwo01$viability.dr8),
    dnn = c('Predicted', 'From Dr8'),
    useNA = 'no'
)

# 10.7.2
############# on the new data only
mergedTwo02 = droplevels(subset(
    mergedTwo,
    (!viability.dr8 %in% 'Subviable') &
        (`viability` %in% 'unknown') &
        !is.na(viability.dr8)
))
t2 = table(
    trimws(mergedTwo02$pred),
    trimws(mergedTwo02$viability.dr8)
    ,
    dnn = c('Predicted', 'From Dr8')
)
# Performance on the entire DR 8
caret:::confusionMatrix(t1, mode = 'everything')

## Confusion Matrix and Statistics
## 
##          From Dr8
## Predicted Lethal Viable
##    Lethal    804    282
##    Viable     70   1560
##                                           
##                Accuracy : 0.8704          
##                  95% CI : (0.8572, 0.8828)
##     No Information Rate : 0.6782          
##     P-Value [Acc > NIR] : < 2.2e-16       
##                                           
##                   Kappa : 0.7209          
##  Mcnemar's Test P-Value : < 2.2e-16       
##                                           
##             Sensitivity : 0.9199          
##             Specificity : 0.8469          
##          Pos Pred Value : 0.7403          
##          Neg Pred Value : 0.9571          
##               Precision : 0.7403          
##                  Recall : 0.9199          
##                      F1 : 0.8204          
##              Prevalence : 0.3218          
##          Detection Rate : 0.2960          
##    Detection Prevalence : 0.3999          
##       Balanced Accuracy : 0.8834          
##                                           
##        'Positive' Class : Lethal          
## 

# Performance only on new genes
caret:::confusionMatrix(t2, mode = 'everything')

## Confusion Matrix and Statistics
## 
##          From Dr8
## Predicted Lethal Viable
##    Lethal     25     18
##    Viable      4     77
##                                           
##                Accuracy : 0.8226          
##                  95% CI : (0.7438, 0.8853)
##     No Information Rate : 0.7661          
##     P-Value [Acc > NIR] : 0.080916        
##                                           
##                   Kappa : 0.576           
##  Mcnemar's Test P-Value : 0.005578        
##                                           
##             Sensitivity : 0.8621          
##             Specificity : 0.8105          
##          Pos Pred Value : 0.5814          
##          Neg Pred Value : 0.9506          
##               Precision : 0.5814          
##                  Recall : 0.8621          
##                      F1 : 0.6944          
##              Prevalence : 0.2339          
##          Detection Rate : 0.2016          
##    Detection Prevalence : 0.3468          
##       Balanced Accuracy : 0.8363          
##                                           
##        'Positive' Class : Lethal          
## 

############# Output data
output =
    data.frame(
        'MGI id'                          = rownames(f00),
        enrichment.clust                  = mergOrg$out$clusters,
        enrichment.merged                 = mergOrg$out$merged.clu,
        enrichment.assigned.viability     = mergOrg$out$assigned.viability,
        threshold                         = th,
        Viab.Inc.Conf.sviable             = f00.with.conf$viability,
        prediction                        = f21$pred,
        Lethal.probility                  = pr$predicted[, 1],
        Viable.probability                = pr$predicted[, 2],
        dimensions                        = f2[, -1],
        check.names                       = FALSE
    )



# 11 store the outputs
write.csv(output,
                    file = paste('All data and predictions_', Sys.Date(), '.csv', sep = ''))
save.image(paste(Sys.Date() ,
                                 'Total workspace.Rdata',
                                 sep = '_'))
# Release memory and END.
gc()

##            used (Mb) gc trigger   (Mb)  max used   (Mb)
## Ncells  2714665  145    4060767  216.9   4060767  216.9
## Vcells 31980391  244  183451335 1399.7 283487828 2162.9