Riqueza de especies y morfologia en peces cartilaginosos
Daniela Moraga
8 de sep de 2018
Introduccion
Entender como ha ocurrido la evolucion en los tamaños corporales a traves de los linajes del phylum Animalia , es uno de los mayores objetivos de la ecologia y biologia evolutiva.
Metodos
A partir de los promedios por genero de:
- Tamaño corporal
- Longitud total
- Tiempo de divergencia (mya)
se obtuvo el modelo que mejor explica la Riqueza de especies en los peces cartilaginosos.
-Sin embargo, los valores del tiempo de divergencia (mya). se obtuvieron a partir de una filogenia previamente reconstruida para el grupo.
Metodos
Se utilizaron las siguientes bases de datos para los analisis.
arbolgenera <- read.tree("arbolgenera")
bodysize <- read.csv("C:/Users/Daniela Moraga/Desktop/Clases R/Taller/Taller1/bodysize.csv", sep=";")
bodysize_1 <-read.csv("C:/Users/Daniela Moraga/Desktop/Clases R/Taller/Taller1/bodysize_1.csv", sep=";")
Resultados
Figura 1 Filogenia de peces cartilaginosos.
Resultados
Se utilizo una base de datos, con valores promedio por genero de la Riqueza de especies, longitud total y tamaño corporal para las especies de peces cartilaginosos, y el tiempo de divergencia obtenido a partir del árbol filogenetico
kable(Tabla.1)
| Genero | Divergencia del genero(mya) | log(Tamaño corporal) | log(Longitud total) | Riqueza de especies | log(Riqueza de especies) |
|---|---|---|---|---|---|
| Aetobatus | 370.00 | 7.176943 | 5.029130 | 4 | 1.3862944 |
| Alopias | 60.20 | 6.505762 | 6.276643 | 3 | 1.0986123 |
| Asymbolus | 0.33 | NA | 4.001864 | 9 | 2.1972246 |
| Atelomycterus | 110.00 | NA | 3.957952 | 6 | 1.7917595 |
| Aulohalaelurus | 118.00 | NA | 4.290459 | 2 | 0.6931472 |
| Brachaelurus | 293.00 | NA | 4.595120 | 2 | 0.6931472 |
| Carcharhinus | 1.20 | 6.457230 | 5.443716 | 35 | 3.5553481 |
| Carcharodon | 108.50 | NA | 6.293419 | 1 | 0.0000000 |
| Cetorhinus | 52.10 | 8.399410 | 6.802395 | 1 | 0.0000000 |
| Cephaloscyllium | 240.00 | NA | 4.483341 | 17 | 2.8332133 |
| Eridacnis | 185.82 | NA | 4.465908 | 3 | 1.0986123 |
| Eucrossorhinus | 293.00 | NA | 5.902633 | 1 | 0.0000000 |
| Figaro boardmani | 0.33 | NA | 4.110874 | 2 | 0.6931472 |
| Furgaleus macki | 2.54 | 4.389809 | 5.075174 | 1 | 0.0000000 |
| Galeocerdo | 1.13 | 6.981501 | 6.620073 | 1 | 0.0000000 |
| Galeorhinus | 22.00 | 5.444367 | 5.262690 | 1 | 0.0000000 |
| Galeus | 0.99 | 3.320593 | 3.901973 | 18 | 2.8903718 |
| Glyphis | 0.25 | NA | 4.880527 | 5 | 1.6094379 |
| Gollum | 173.00 | NA | 4.672829 | 2 | 0.6931472 |
| Halaelurus | 0.64 | NA | 3.813307 | 7 | 1.9459101 |
| Haploblepharus | 0.64 | NA | 4.077537 | 4 | 1.3862944 |
| Hemigaleus | 0.62 | NA | 4.718499 | 2 | 0.6931472 |
| Hemipristis | 0.92 | NA | 5.480639 | 2 | 0.6931472 |
| Hemitriakis | 2.54 | NA | 4.559126 | 6 | 1.7917595 |
| Holohalaelurus | 0.93 | NA | 4.234107 | 5 | 1.6094379 |
| Hypogaleus | 22.00 | NA | 4.630838 | 1 | 0.0000000 |
| Iago | 133.00 | NA | 4.025352 | 2 | 0.6931472 |
| Isogomphodon | 0.39 | NA | 5.075174 | 1 | 0.0000000 |
| Isurus | 108.55 | 7.121326 | 6.012492 | 2 | 0.6931472 |
| Lamiopsis | 0.25 | NA | 5.004617 | 2 | 0.6931472 |
| Lamna | 251.85 | 6.427007 | 5.791488 | 2 | 0.6931472 |
| Leptocharias | 1.13 | NA | 4.343805 | 1 | 0.0000000 |
| Loxodon | 0.36 | NA | 4.584968 | 1 | 0.0000000 |
| Mustelus | 0.17 | 4.633235 | 4.872905 | 28 | 3.3322045 |
| Myliobatis | 393.00 | 6.095296 | 4.744932 | 12 | 2.4849067 |
| Nasolamia | 0.22 | NA | 5.010635 | 1 | 0.0000000 |
| Negaprion | 0.37 | 6.234955 | 5.886104 | 2 | 0.6931472 |
| Odontaspis | 10.70 | 6.561690 | 6.012492 | 2 | 0.6931472 |
| Orectolobus | 246.00 | NA | 5.007965 | 10 | 2.3025851 |
| Paragaleus | 0.62 | NA | 4.624973 | 6 | 1.7917595 |
| Parmaturus | 0.19 | NA | 3.951244 | 9 | 2.1972246 |
| Poroderma | 240.00 | NA | 4.527209 | 2 | 0.6931472 |
| Prionace | 0.17 | 6.243827 | 5.991465 | 1 | 0.0000000 |
| Proscyllium | 13.24 | NA | 4.007333 | 3 | 1.0986123 |
| Pseudocarcharias | 10.70 | NA | 4.700480 | 1 | 0.0000000 |
| Pseudotriakis | 173.00 | NA | 5.594711 | 1 | 0.0000000 |
| Rhizoprionodon | 0.78 | NA | 4.743366 | 7 | 1.9459101 |
| Schroederichthys | 118.00 | NA | 4.248495 | 5 | 1.6094379 |
| Scoliodon | 0.36 | NA | 4.404277 | 2 | 0.6931472 |
| Scyliorhinus | 246.00 | NA | 4.584968 | 17 | 2.8332133 |
| Sphyrna | 2.70 | NA | 5.687450 | 9 | 2.1972246 |
| Triaenodon | 0.98 | NA | 5.361292 | 1 | 0.0000000 |
| Triakis | 3.73 | NA | 5.093750 | 5 | 1.6094379 |
Resultados
A partir de la siguiente base de datos, se definió cual era el modelo explicaba mejor la Riqueza de especies en cada uno de los generos, a partir de las siguientes variables:
Modelo 1. La riqueza de especies explicada por el tiempo de divergencia (mya).
Modelo 2. la riqueza de especies explicada por la variación del tamaño morfológico.
Modelo 3. La riqueza de especies explicada por la tamaño morfológico y el tiempo de divergencia (mya).
Resultados
Modelo 1.
library(broom)
mod1<- lm( Species_richness ~ Log_body_size, data=bodysize_1)
Resultados
Modelo 1. (AIC: 2517 BIC: 2528)
glance(mod1)
# A tibble: 1 x 11
r.squared adj.r.squared sigma statistic p.value df logLik AIC BIC
* <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <int> <dbl> <dbl> <dbl>
1 0.0111 0.00783 14.9 3.40 0.0663 2 -1256. 2517. 2528.
# ... with 2 more variables: deviance <dbl>, df.residual <int>
Resultados
Modelo 2.
mod2<- lm(Species_richness ~ Genera_timediv, data=bodysize_1)
Resultados
Modelo 2. (AIC: 1463 BIC: 1473)
glance(mod2)
# A tibble: 1 x 11
r.squared adj.r.squared sigma statistic p.value df logLik AIC BIC
* <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <int> <dbl> <dbl> <dbl>
1 0.0425 0.0374 11.7 8.26 0.00451 2 -728. 1463. 1473.
# ... with 2 more variables: deviance <dbl>, df.residual <int>
Resultados
Modelo 3
Mod3<- lm(Species_richness ~ Genera_timediv + Log_body_size, data=bodysize_1)
Resultados
Modelo 3.(AIC: 638 BIC: 648)
glance(Mod3)
# A tibble: 1 x 11
r.squared adj.r.squared sigma statistic p.value df logLik AIC BIC
* <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <int> <dbl> <dbl> <dbl>
1 0.230 0.210 11.5 11.8 3.35e-5 3 -315. 638. 648.
# ... with 2 more variables: deviance <dbl>, df.residual <int>
Resultados
Figura 2. En la siguiente grafica se observa la relacion entre la riqueza de especies y la divergencia para cada genero en peces cartilaginosos. Se podria asumir que los mayores tamaños estuvieron hace aprox. 340-400 mya.
Resultados
Figura 3. La tendencia del tamaño corporal es proporcional al tiempo de divergencia para cada genero de peces cartilaginosos.
Conclusión
- A partir del criterio AIC , El modelo que mejor se ajusta a los datos, corresponde al Modelo 3. (i.g., La Riqueza de especies es explicada por el tamaño corporal y el tiempo de divergencia del genero).
- Es posible que el tamaño corporal hubiera sido mayor hace aproximadamente 150 mya.