Circlize绘制染色体圈图

昨天刚学了circlize包，今天要模仿这样的图，属于最简单的了。

STEP1 初始化并载入数据。

library(circlize)
circos.initializeWithIdeogram(plotType = NULL)

circos.clear()

plottype默认值是绘制三项
- labels
- axis
- ideogram。

• 如果设定为NULL，则自动载入数据但不绘制任何元素。

当然circos.initializeWithIdeogram()函数还能设定species
- 如人类的代码是“hg19”
- 小鼠是“mm10”

STEP2 绘制外圈的文本内容

circos.initializeWithIdeogram(plotType = NULL)
circos.trackPlotRegion(ylim = c(0,1) , bg.border= NA, panel.fun = function(x,y){
  circos.text(CELL_META$xcenter,CELL_META$ycenter, CELL_META$sector.index, cex = 0.8,font = 2, facing = "clockwise", niceFacing = TRUE)
})

circos.clear()

• circos.track 和 circos.trackPlotRegion是同名函数。
• 必填项为ylim或者y， 如果只填这一项，函数会默认创建一个track，根据categories分割好，并且背景无色，边框黑色。
• 这里的绘制思路是先在外圈创建一个track，设定边框和背景为NULL（背景默认为NULL），然后用panel.fun函数嵌套 circos.text 函数绘制外圈的文字。

STEP3 绘制内圈格子

circos.initializeWithIdeogram(plotType = NULL)
circos.trackPlotRegion(ylim = c(0,1) , bg.border= NA, panel.fun = function(x,y){
  circos.text(CELL_META$xcenter,CELL_META$ycenter, CELL_META$sector.index, cex = 0.8,font = 2, facing = "clockwise", niceFacing = TRUE)
})

circos.track(ylim = c(0,1), bg.col = rainbow(24),bg.border = NA)

circos.clear()

这步很简单，只要画个圈，函数自动分割好cell给你，设定需要的track高度，以及边框颜色，背景颜色即可。

sessionInfo()

R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936  LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936   
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936 LC_NUMERIC=C                              
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] circlize_0.4.4

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.17        digest_0.6.15       rprojroot_1.3-2     grid_3.5.1          jsonlite_1.5       
 [6] backports_1.1.2     magrittr_1.5        evaluate_0.10.1     stringi_1.1.7       GlobalOptions_0.1.0
[11] rmarkdown_1.10      tools_3.5.1         stringr_1.3.1       yaml_2.1.19         compiler_3.5.1     
[16] colorspace_1.3-2    base64enc_0.1-3     shape_1.4.4         htmltools_0.3.6     knitr_1.20