cas 5-rmarkdown
Amra
juli 02, 2018
R Markdown
This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see http://rmarkdown.rstudio.com.
When you click the Knit button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:
summary podataka
U chunk se kucaju kodovi. cars je integrisana baza u R/u
summary(cars)## speed dist
## Min. : 4.0 Min. : 2.00
## 1st Qu.:12.0 1st Qu.: 26.00
## Median :15.0 Median : 36.00
## Mean :15.4 Mean : 42.98
## 3rd Qu.:19.0 3rd Qu.: 56.00
## Max. :25.0 Max. :120.00grafovi
Baza pressure je integrisana u R/u. Ako u chunku kliknete crtl+enter kod ce se rezultat koda ce se izlistati ispod chunk/a. A ako zelimo citav dokument onda kliknete Knit. Ako kod ima gresku, onda Knit ne funkcionise, i R nam kaze u kojem redu je primjecena greska.
plot(pressure)
Note that the echo = FALSE parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.
jednostavni primjer tabele (na pocetku trebaju da su 4 space-a pa onda linija)
First Header | Second Header
------------- | -------------
Content Cell | Content Cell
Content Cell | Content CellAko zelimo da importujemo sliku:
Prvo provjerimo u kojem smo direktoriju
getwd()## [1] "C:/Users/PC/Documents/Academy 387_teaching R/BankaClasses/Kurs rmarkdown i funkcije u registrovana auta"Nakon toga kucamo kod, ali ne u chunk.
Slika1
Druga, opcija je importovanje slike.
Kod za sliku da mi odredimo dimenzije: <img src="kucni-majstor.jpg" width="200">
#nekoliko bitnih stvari kod importovanja slike. prvo naziv samo jedna rijec bez spacea, slika treba da se nalazi u istom direktoriju odakle se povlaci i ne kuca se u chunc-ovima
#slika ispod je kada zelimo da setujemo dimenzije slike. Mozemo i visinu sa height. treba stajati `<img src=` to je kod pod navodnicima je naziv slike i mora biti u direktoriju u kojem je rmarkdown dokument i pod navodinike. Novi red
dobijemo kada nakon zadnje recenice pritisnemo dva puta space pa enter, a ako cemo novi pasos onda dva puta space i dva puta enter.
----- 4 ili vise crtica sluzi za linju page break. bitno je da poslije toga kliknemo na dva spacea i 2 x enter pa onda paragraf. Ako to ne uradimo nego odmah počnemo kucati ispod ove cetri linije i tekst bi bio stubic
## ovo su headings, u zavisnosti koliko ima taraba ili hashtag to je toliki heading
` ` sluzi za kod dakle izmedju upisujete kod i nakon knitr on u dokumentu bude drugog formata.
Imamo nekoliko opcija, sto se tice kodova, mozemo da namu knit dokumentu, kod bude vidiljiv ili nevidljiv, ili da rezultat bude vidljiv i nevidljiv. U zavisnosti od toga u viticastim zagradama pisemo include ili eval. Druga opcija u novim veryijama je da se klikne na “modify chunks” u chunku (krugic).
Ako zelimo bold ili italic, koristimo *.
Ako zelimo hiperlink onda http://rstudio.com tj. u zagradama <> kucamao sa http:… adresu.
kada necemo rezultat ni kod
onda pored r u chunk stavimo include=FALSE. Recimo to mogu da stavljam za cas ako ocjenim da neka lekcija je preteska onda stavim include = FALSE, a bude mi zadrzana u moj. Rmd:
kad hocemo i rezultat i kod
onda pored r, upisujemo eval=TRUE u viticastoj zagradi
x<-3
2+x## [1] 5kad hocemo samo kod
onda pored r, upisujemo eval=FALSE u viticastoj zagradi
x<-3
2+xkad hocemo samo rezultat bez koda
onda nakon r, u viticastoj zagradi ukucamo echo = FALSE
## [1] 5page brake za html
U tekst prije page brake ukucamo:
<P style="page-break-before: always">
Tabele: srednji nivo
library (knitr)
library(knitr)
kable (pressure[1:7,1:2])| temperature | pressure |
|---|---|
| 0 | 0.0002 |
| 20 | 0.0012 |
| 40 | 0.0060 |
| 60 | 0.0300 |
| 80 | 0.0900 |
| 100 | 0.2700 |
| 120 | 0.7500 |
library (pander)
n <- 100
x <- rnorm(n)
y <- 2*x + rnorm(n)
out <- lm(y ~ x)
library(pander)
panderOptions("digits", 2)
pander(out)| Estimate | Std. Error | t value | Pr(>|t|) | |
|---|---|---|---|---|
| (Intercept) | -0.072 | 0.091 | -0.79 | 0.43 |
| x | 1.8 | 0.094 | 19 | 2.1e-34 |
library (xtable)
n <- 100
x <- rnorm(n)
y <- 2*x + rnorm(n)
out <- lm(y ~ x)
library(xtable)
tab <- xtable(summary(out)$coef, digits=c(0, 2, 2, 1, 2))
print(tab, type="html")| Estimate | Std. Error | t value | Pr(>|t|) | |
|---|---|---|---|---|
| (Intercept) | 0.05 | 0.10 | 0.5 | 0.62 |
| x | 2.16 | 0.10 | 22.1 | 0.00 |
kable (tab, digits = 3)| Estimate | Std. Error | t value | Pr(>|t|) | |
|---|---|---|---|---|
| (Intercept) | 0.048 | 0.097 | 0.493 | 0.623 |
| x | 2.162 | 0.098 | 22.135 | 0.000 |
Za kraj korisni site-ovi i blogovi pitanja i odgovori:
Kako update-ovati zadnju verziju R studija:
http://datasciencesource.com/how-to-update-r-and-rstudio-on-windows/Ako manipulisete sa velikim bazama podatkaa npr. 1 milion observacija kako importovati data.frame i kako manipulisati sa njim, koristan blog:
http://www.r-bloggers.com/solve-common-r-problems-efficiently-with-data-table/Za formiranje tabela po zelji. Za FlexTable potrebna je Java novija od vs 1.6.
https://davidgohel.github.io/ReporteRs/FlexTable.htmlZa formiranje tabela za koje vam ne treba Java:
xtable ()paket (Swinton i drugi). Ovaj paket sluzi za kreiranje LaTeX outputa i html.
https://cran.r-project.org/web/packages/xtable/vignettes/xtableGallery.pdfKako kreirati i voditi projekat u R-u
https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200526207-Using-Projects
xtable and Rmarkdown:
library(xtable)
options (xtable.foating=FALSE)
options (xtable.timestamp = "")
data(tli)
x<-xtable (tli[1:10,])
print(x, type="html")| grade | sex | disadvg | ethnicty | tlimth | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 6 | M | YES | HISPANIC | 43 |
| 2 | 7 | M | NO | BLACK | 88 |
| 3 | 5 | F | YES | HISPANIC | 34 |
| 4 | 3 | M | YES | HISPANIC | 65 |
| 5 | 8 | M | YES | WHITE | 75 |
| 6 | 5 | M | NO | BLACK | 74 |
| 7 | 8 | F | YES | HISPANIC | 72 |
| 8 | 4 | M | YES | BLACK | 79 |
| 9 | 6 | M | NO | WHITE | 88 |
| 10 | 7 | M | YES | HISPANIC | 87 |
y<- xtable(aov(tlimth~sex+ethnicty+grade+disadvg, data = tli))
print(y, type= "html") #pored html moze biti i "latex"| Df | Sum Sq | Mean Sq | F value | Pr(>F) | |
|---|---|---|---|---|---|
| sex | 1 | 75.37 | 75.37 | 0.38 | 0.5417 |
| ethnicty | 3 | 2572.15 | 857.38 | 4.27 | 0.0072 |
| grade | 1 | 36.31 | 36.31 | 0.18 | 0.6717 |
| disadvg | 1 | 59.30 | 59.30 | 0.30 | 0.5882 |
| Residuals | 93 | 18682.87 | 200.89 |
kable (y)| Df | Sum Sq | Mean Sq | F value | Pr(>F) | |
|---|---|---|---|---|---|
| sex | 1 | 75.37255 | 75.37255 | 0.3751912 | 0.5416830 |
| ethnicty | 3 | 2572.14918 | 857.38306 | 4.2679008 | 0.0071831 |
| grade | 1 | 36.30740 | 36.30740 | 0.1807318 | 0.6717271 |
| disadvg | 1 | 59.30338 | 59.30338 | 0.2952017 | 0.5882062 |
| Residuals | 93 | 18682.86749 | 200.89105 | NA | NA |
Da bi funkcionisalo, moramo upisati type=“html” i results=“asis” uz {r} tj {r results=“asis”}
Oceigledno da je bolje primjenjhivati kable () nego print (nazivxtable, type=“html”) ###Korisni sajtovi
Lista korisnih web stranica:
. http://r-project.org
. http://rstudio.com
. http://r-bloggers.com
. http://kaggle.com
. http://quick-r.com
. http://datacamp.com
. http://rpubs.com
. http://stackoverflow.com
Uvezivanje dokumenta
Dokument mozemo uvezati u html, word i pdf. Ako zelimo u pdf potrebno nam je da instalramo Miktex ili odgovarajuci tex (u zavisnosti da li koristmo Microsoft ili Mac).
Objavljivanje dokumenta
Kada zelimo da ga publikujemo moramo da instaliramo paket rsconnect.