qiime2安装

裸机mac版（2018.4）

一些常用软件需要安装，已经安装的检查版本后，可以忽略；

1 安装

1.1 打开终端

主界面下屏幕右上角的🔍，点击打开；

输入“Terminal”即可找到；

以下命令都是在终端执行；

1.2 brew安装

Homebrew是Mac OSX上的软件包管理工具，能在Mac中方便的安装软件或者卸载软件，相当于linux下的apt-get、yum神器；Homebre可以在Mac上安装一些OS X没有的UNIX工具，Homebrew将这些工具统统安装到了 /usr/local/Cellar 目录中，并在 /usr/local/bin 中创建符号链接¹

 ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

1.3 wget安装

brew install wget

1.4 从qiime2官网中下载yml文件²

wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2018.4-py35-osx-conda.yml

1.5 conda安装

Conda是一个开源包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 它适用于Linux，OS X和Windows，是为Python程序创建的，但可以打包和分发任何软件。

Conda包括在Anaconda和Miniconda。 Conda也包括在Anaconda的Continuum订阅中，它为Python，R，Node.js，Java和其他应用程序堆栈提供现场企业包和环境管理。 Conda在pypi中也是可用的，虽然这种方法可能不是最新的³。

安装教程

sh Anaconda3-5.1.0-MacOSX-x86_64.sh

1.6 qiime2 安装

# 这里的路径是我电脑的路径
/Users/shuchengren/anaconda3/bin/conda  env create -n qiime2-2018.4 --file qiime2-2018.4-py35-osx-conda.yml

安装速度取决于网速，我安装大约一个小时；

1.7 启动conda-qiime2环境

source activate qiime2-2018.4

1.8 测试是否安装成功

qiime --help

1.9 退出qiime2环境

source deactivate

1.10 安装不成功处置

conda env remove -n qiime2-2018.4 #1.删除错误环境

conda clean -y --all #2.清除本地安装

/Users/shuchengren/anaconda3/bin/conda  env create -n qiime2-2018.4 --file qiime2-2018.4-py35-osx-conda.yml #3.重新安装

网速原因安装失败，重新执行3即可

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~The end~
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1. 简书↩

2. yml简介↩

3. 简书↩