setwd("/media/juanchi/DATA/Dropbox/MyR/Análise otros/vachi_R")
dat<-read.csv("scores.csv", dec=",",sep="\t", header=TRUE, na.strings=".")

-Reorganizando os dados para fazer os graficos com lattice

# Transpose dados
tdat <- melt(dat, id.vars = c("trt", "anim"))

#Eliminando filas vazias
tdat=tdat[complete.cases(tdat),] 

# Acrescentar uma coluna com diarreia: sem (0) ou com (1)
tdat$diarr <- c(0,0,1,1,1)[match(tdat$value, c(1,2,3,4,5))]

# Referencias das notas das avaliacoes
tdat$symb <- c("0= Sem diarreia","1= Diarreia incipiente","2= Diarreia leve", "3= Diarreia severa","4= Diarreia avanzada")[match(tdat$value, c(1,2,3,4,5))]

tdat$color <- c("green", "greenyellow", "yellow", "orange", "red")[match(tdat$symb, c("0= Sem diarreia","1= Diarreia incipiente","2= Diarreia leve", "3= Diarreia severa","4= Diarreia avanzada"))]

head(tdat); str(tdat)
##   trt anim variable value diarr                   symb       color
## 1   1   23       d1     2     0 1= Diarreia incipiente greenyellow
## 2   1   24       d1     1     0        0= Sem diarreia       green
## 3   1   27       d1     1     0        0= Sem diarreia       green
## 4   1   28       d1     1     0        0= Sem diarreia       green
## 5   1   29       d1     2     0 1= Diarreia incipiente greenyellow
## 6   1   34       d1     1     0        0= Sem diarreia       green
## 'data.frame':    2154 obs. of  7 variables:
##  $ trt     : int  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
##  $ anim    : int  23 24 27 28 29 34 44 45 48 49 ...
##  $ variable: Factor w/ 57 levels "d1","d2","d3",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
##  $ value   : int  2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 ...
##  $ diarr   : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##  $ symb    : chr  "1= Diarreia incipiente" "0= Sem diarreia" "0= Sem diarreia" "0= Sem diarreia" ...
##  $ color   : chr  "greenyellow" "green" "green" "green" ...
names(tdat)= c("trat","anim", "dia","nota","diarr", "symb","dcolor")
tdat$trat=as.factor(tdat$trat)
tdat$dia<-as.numeric(tdat$dia)
tdat=tdat[with(tdat, order(trat,anim,dia)), ]
head(tdat)
##     trat anim dia nota diarr                   symb      dcolor
## 1      1   23   1    2     0 1= Diarreia incipiente greenyellow
## 41     1   23   2    2     0 1= Diarreia incipiente greenyellow
## 81     1   23   3    2     0 1= Diarreia incipiente greenyellow
## 121    1   23   4    2     0 1= Diarreia incipiente greenyellow
## 161    1   23   5    2     0 1= Diarreia incipiente greenyellow
## 201    1   23   6    4     1     3= Diarreia severa      orange

Gráfico exploratorio