Allmän selektering: För samtliga sammanställningar (utom för antalet inrapporterade blanketter) har data begränsats till de fall där diagnosdatum ligger fr o m 2011-01-01 t o m 2011-12-31.
Samt där ICD10-kod avser “C52.9 - Vagina”
Denna information kommer inte att upprepas invid respektive frågeställning nedan.
Observera att det inte gjorts någon selektering på region, vilket kan ha betydelse då vi tittar på data från kirurgiblanketten!
OBS! För varje numrerat önskemål finns en rubrik och en kort refrens til vilken uppgift som avses. Den korta referensen innebär alltså inte att önskemålet i sig har förenklats (vilket det i vissa fall skulle kunna tolkas som)!
Vi tittar på varje blankett (alltså egentligen “registerpost”“, ej "originalhandling”, vilket kan vara flera) separat.
Observera att det i teorin kan finnas fler än en kirurgblankett per patient, detsamma för recidiv.
Selektion:
Antal per region
## ----------------------------------------------------------------------------------
## --------------------------------Region---------------------------------
## Diagnosår Region Region Region Region Region Region Total
## Norr Sthlm/Gotland Syd Sydöstra Uppsala/Örebro Väst
## ----------------------------------------------------------------------------------
## 2011 1 3 0 1 6 5 16
## 2012 3 0 2 1 6 3 15
##
## Total 4 3 2 2 12 8 31
## ----------------------------------------------------------------------------------
Selektion:
Antal och andelar per region
## -------------------------------------------
## -------------Region-------------
## Diagnosår Region Region Total
## Uppsala/Örebro Väst
## -------------------------------------------
## 2011 1 3 4
## 2012 0 1 1
##
## Total 1 4 5
## -------------------------------------------
Selektion:
Antal och andelar per region
## ------------------------------------------------------------
## ---------------------Region----------------------
## Diagnosår Region Region Region Region Total
## Norr Sydöstra Uppsala/Örebro Väst
## ------------------------------------------------------------
## 2011 1 1 2 5 9
## 2012 1 0 0 1 2
##
## Total 2 1 2 6 11
## ------------------------------------------------------------
Selektion:
Finns ännu inga registrerade!
Selektion:
Antal och andelar per region
## ------------------------------------------------------------
## ---------------------Region----------------------
## Diagnosår Region Region Region Region Total
## Norr Sydöstra Uppsala/Örebro Väst
## ------------------------------------------------------------
## 2011 1 1 4 4 10
## 2012 2 0 0 1 3
##
## Total 3 1 4 5 13
## ------------------------------------------------------------
Hanteras separat.
Jag slänger in några deskriptiva mått också:
min/max = yngsta/äldsta pat
median = median
mean = medelvärde
1st/3rd Qu = första och tredje kvartil, dvs 25 resp 75 % av pat yngre (eller lika med) dessa åldrar
NA's = antal patienter för vilka åldersangivelse av ngn anledning saknas
## Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. NA's
## 46.0 66.5 75.0 72.7 82.5 92.0 1
Den bakomliggande processen är här att inrapportören anger “diagnosen” i klartext. Denna klartext tas inte med i redovisningen eftersom den kan skilja sig map tavfel [Sic! :-)] etc. Monitor översätter sedan denna beskrivning till en SNOMED-kod. Denna kod skrivs ut i tabellen före kolon. Sedan lägger jag på en beskrivande text hämtad från en officiell kodnyckel som används i cancerregistret i åtm region Väst (förmodligen är den nationell via SoS men jag vet faktiskt inte). I bästa fall bör den ursprungligt inmatade fritexten något så när överrensstämma med den officiella beskrivningen.
## ---------------------------------------------
## SNOMED antal andel
## ---------------------------------------------
## 80703: Skivepitelcancer 11 68.8
## 81403: Adenocarcinom UNS 2 12.5
## 84603: Seropapillär cancer 1 6.2
## 85603: Adenoskvamös cancer 1 6.2
## 91203: Hemangiosarkom 1 6.2
##
## Total 16 100.0
## ---------------------------------------------
Detta är fördelningen för FIGO-stadium så som den den inrapporterats.
## ------------------------
## FIGO antal andel
## ------------------------
## I 4 25.0
## IIA1 2 12.5
## IIA2 2 12.5
## IIB 1 6.2
## III 3 18.8
## IIIA 1 6.2
## IVA 1 6.2
## X 2 12.5
##
## Total 16 100.0
## ------------------------
Samma uppgifter men nu grupperade i grövre stadium:
## ---------------------------
## FIGO antal andel
## ---------------------------
## I 4 25.0
## II 5 31.2
## III 4 25.0
## IV 1 6.2
## saknas/X 2 12.5
##
## Total 16 100.0
## ---------------------------
Eftersom aktuell variabel fångar samtliga sekvenser (inkl första) redovisar jag den i sin helhet (men rent empiriskt verkar det ändå inte vara fler sekvnse än den första som markerats, så utfallet blir här ändå detsamma).
Tom rad inebär att svaret är tomt (den första raden med 7 fall), dvs att frågan inte har besvarats (vilket kan tyda på att det i huvuda taget inte finns ngn primärbehandlingsblankett registrerad. Man skulle förstås kunna göra ett urval på detta och bara redovisa svar för befintliga blanketter. Jag resonerar dock somså att vi är intresserade av patienterna som hel grupp och att det då kan vara intressant även att redovisa hur många av dessa där variabeln helt saknas (men det är väl en smaksak).
## --------------------------------------------------
## Kirurgi antal andel
## --------------------------------------------------
## 7 43.8
## 1 - första behandling i sekvens 5 31.2
## Ej använd 4 25.0
##
## Total 16 100.0
## --------------------------------------------------
Vi såg redan i föregående tabell att all kirurgi som givits har givits redan i första sekvensen. Vi kan därmed konstatera att brachy inte kan ha givits i tidigare sekvens.
Vi kan dock i följande tabell se att det de tycks ha givits parallellt (i första sekvensen) i ett fall.
## --------------------------------------------------
## Kirurgi antal andel
## --------------------------------------------------
## 7 43.8
## 1 - första behandling i sekvens 1 6.2
## 2 - andra behandling i sekvens 1 6.2
## Ej använd 7 43.8
##
## Total 16 100.0
## --------------------------------------------------
Selektion:
Denna fråga blir lite mer komplicerad eftersom det handlar om kombinerad information från två variabler men jag klassar utfallet enligt:
## --------------------------------------
## Kirurgi antal andel
## --------------------------------------
## KT eller KRT 2 50.0
## Varken KT eller KRT 2 50.0
##
## Total 4 100.0
## --------------------------------------
OBS! frågan avser brachy men jag kan inte se att det finns några frågor om indikation för brachy i blanketten!?
Jag utgår därför enbart från extern RT!
Selektion:
RT given i sekvens 3 (jag inkluderar sekvens 2-7 men den enda som finns var i sekvens 3)
Det finns bara ett enda fall som uppfyller dessa krav!
Därför känner jag det inte motiverat att göra ngn snygg tabell utan jag kollar bara direkt på vilka alternativ som finns angivna för denna person:
## cervix_lymfkortelmet cervix_tumorresekt cervix_snavamarginal p_rtsnavmarginalbred cervix_karlinvaxt cervix_aggresivhist p_rtindstr23 cervix_stroma cervix_figostadium p_rtindts cervix_annatind
## 220 NA True
Här ser vi att variabeln som heter “cervix_figostadium” har markerats med “True” samt att detta är enda variabeln med denna markering. Detta betyder i klartext att endast indikationen “FIGO-stadium” har bockats för i formuläret för den nu relevanta personen.