Corpusdata

Allmän selektering: För samtliga sammanställningar (utom för antalet inrapporterade blanketter) har data begränsats till de fall där diagnosdatum ligger fr o m 2010-01-01 t o m 2011-12-31.

Denna information kommer inte att upprepas invid respektive frågeställning nedan.
Observera att det inte gjorts någon selektering på region, vilket kan ha betydelse då vi tittar på data från kirurgiblanketten!

OBS! För varje numrerat önskemål finns en rubrik och en kort refrens til vilken uppgift som avses. Den korta referensen innebär alltså inte att önskemålet i sig har förenklats (vilket det i vissa fall skulle kunna tolkas som)!

Önskemål nr 1 – Antal inrapporterade blanketter per region och år

Vi tittar på varje blankett separat.
Även om registret startade nationellt 2010 finns regioner som startade tidigare.
Observera att region väst började registrera fr o m september 2006 (2006 är alltså inget follständigt år).
Observera att det kan finnas fler än en kirurgblankett per patient, detsamma för recidiv.

a) Anmälningsblanketten - blk 1

Selektion:

Antal per region

##  ---------------------------------------------------------------------------------- 
##             --------------------------------Region--------------------------------- 
##  Diagnosår    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                 Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------- 
##  2006              0             0       0        0              0      92      92  
##  2007              0             0       0        0              0     232     232  
##  2008              0             1       1        0              0     236     238  
##  2009              0            55       6        7              0     273     341  
##  2010            151           295     227      172            316     272    1433  
##  2011            172           232     119      160            345     312    1340  
##  2012            110            23     111      147            235     238     864  
##                                                                                     
##  Total           433           606     464      488            896    1667    4554  
##  ----------------------------------------------------------------------------------

b) Kirurgiblanketten - blk 2

Selektion:

Antal och andelar per region

##  ---------------------------------------------------------------------------------- 
##             --------------------------------Region--------------------------------- 
##  Diagnosår    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                 Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------- 
##  2007              0             0       0        0              0       1       1  
##  2008              0             1       0        0              0       0       1  
##  2009              0            13       2        1              0      39      55  
##  2010              8           152      34        0            155     243     592  
##  2011             12           191      45        0            116     289     653  
##  2012              2             2      18        0             24     215     261  
##                                                                                     
##  Total            22           359      99        1            295     787    1563  
##  ----------------------------------------------------------------------------------

c) Avslutad primärbehandling - blk 3

Selektion:

Antal och andelar per region

##  ---------------------------------------------------------------------------------- 
##             --------------------------------Region--------------------------------- 
##  Diagnosår    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                 Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------- 
##  2006              0             0       0        0              0      90      90  
##  2007              0             0       0        0              0     226     226  
##  2008              0             0       0        0              0     228     228  
##  2009              0            50       4        7              0     272     333  
##  2010            148           276     188      153            276     272    1313  
##  2011            158            58      58      137            205     309     925  
##  2012             27             5      30      107             90     159     418  
##                                                                                     
##  Total           333           389     281      416            571    1568    3558  
##  ----------------------------------------------------------------------------------

d) Recidivblanketter - blk 4

Selektion:

Antal och andelar per region

##  ---------------------------------------------------------------------------------- 
##             --------------------------------Region--------------------------------- 
##  Diagnosår    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                 Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------- 
##  2006              0             0       0        0              0       1       1  
##  2007              0             0       0        0              0       3       3  
##  2008              0             0       0        0              0       1       1  
##  2009              0             5       0        1              0       3       9  
##  2010              2            14       2        4             15       5      42  
##  2011              1             4       0        3              4       3      15  
##  2012              0             0       0        1              0       0       1  
##                                                                                     
##  Total             3            23       2        9             19      16      72  
##  ----------------------------------------------------------------------------------

e) Uppföljningsblanketter - blk 5

Selektion:

Antal och andelar per region

##  ---------------------------------------------------------------------------------- 
##             --------------------------------Region--------------------------------- 
##  Diagnosår    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                 Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------- 
##  2006              0             0       0        0              0      91      91  
##  2007              0             0       0        0              0     230     230  
##  2008              0             0       1        0              0     234     235  
##  2009              0            25       0        7              0     243     275  
##  2010            141           141      75      148            251     228     984  
##  2011            160            56      75      125            204     235     855  
##  2012             47             3      29       56             41      65     241  
##                                                                                     
##  Total           349           226     183      350            496    1339    2943  
##  ----------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 2 – Täckningsgrad

Hanteras separat.

Önskemål nr 3 – Histoogiska diagnoser

a) ICD-10-koder

Först vill jag redovisa fördelningen av olika ICD10-koder.

Totalt hela riket

 ##  ------------------------------------------ 
 ##  ICD                         antal   andel  
 ##  ------------------------------------------ 
 ##                                  1     0.0  
 ##  C54.9 Adenosarcom              44     1.6  
 ##  C54.9 Annan morfologi          52     1.9  
 ##  C54.9 Carcinom               2476    89.3  
 ##  C54.9 Carcinosarcom           125     4.5  
 ##  C54.9 Leiomyosarcom            50     1.8  
 ##  C54.9 Stromacellssarcom        25     0.9  
 ##                                             
 ##  Total                        2773   100.0  
 ##  ------------------------------------------

Per region (med riket i marginalen)

 ##  ------------------------------------------------------------------------------------------------ 
 ##                           --------------------------------Region--------------------------------- 
 ##  ICD                        Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
 ##                               Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
 ##  ------------------------------------------------------------------------------------------------ 
 ##                                  0             0       0        0              0       1       1  
 ##                                0.0           0.0     0.0      0.0            0.0     0.2     0.0  
 ##                                                                                                   
 ##  C54.9 Adenosarcom               7             3       8       11             12       3      44  
 ##                                2.2           0.6     2.3      3.3            1.8     0.5     1.6  
 ##                                                                                                   
 ##  C54.9 Annan morfologi           5            13      10        0             23       1      52  
 ##                                1.5           2.5     2.9      0.0            3.5     0.2     1.9  
 ##                                                                                                   
 ##  C54.9 Carcinom                280           480     301      301            580     534    2476  
 ##                               86.7          91.1    87.0     90.7           87.7    91.4    89.3  
 ##                                                                                                   
 ##  C54.9 Carcinosarcom            21            20      16       10             27      31     125  
 ##                                6.5           3.8     4.6      3.0            4.1     5.3     4.5  
 ##                                                                                                   
 ##  C54.9 Leiomyosarcom             6             9       8        7             12       8      50  
 ##                                1.9           1.7     2.3      2.1            1.8     1.4     1.8  
 ##                                                                                                   
 ##  C54.9 Stromacellssarcom         4             2       3        3              7       6      25  
 ##                                1.2           0.4     0.9      0.9            1.1     1.0     0.9  
 ##                                                                                                   
 ##                                                                                                   
 ##  Total                         323           527     346      332            661     584    2773  
 ##                              100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
 ##  ------------------------------------------------------------------------------------------------

b) SNOMED-koder

Den bakomliggande processen är här att inrapportören anger klartext som sedan monitor omtolkar till en SNOMED-kod. Denna kod har jag nu ersatt tillbaka till klartext via en officiell kodnyckel.

Först visar jag fördelning av samtliga inrapporterade koder (med översättning till klartext). NA = Non available, vilket betyder att en ogiltig SNOMED-kod angivits:

##  ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- 
##  SNOMED                                                                                      antal   andel  
##  ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- 
##  641: NA                                                                                         1     0.0  
##  80001: Ospecifierad malign/benign tumör                                                         1     0.0  
##  80003: Malign tumör ospecificerad                                                               1     0.0  
##  80103: Carcinom, malign epitelial tumör                                                         5     0.2  
##  80203: Odifferentierat carcinom eller cancer                                                   19     0.7  
##  80213: Anaplastisk cancer UNS                                                                   1     0.0  
##  80703: Skivepitelcancer                                                                         1     0.0  
##  81401: Misstänkt adenocarcinom UNS                                                              3     0.1  
##  81402: Adenocarcinom in situ                                                                    2     0.1  
##  81403541: NA                                                                                    2     0.1  
##  81403: Adenocarcinom UNS                                                                     2238    80.7  
##  82463: Neuroendokrina tumörer (oberoende av malignitetsangivelse)                               1     0.0  
##  82603: Papillärt adenocarcinom, UNS                                                             3     0.1  
##  82803: NA                                                                                       1     0.0  
##  83103: Klarcellig cancer                                                                       51     1.8  
##  83801: Misstänkt endometrioid cancer                                                            1     0.0  
##  83803: Endometrioid cancer                                                                     35     1.3  
##  84103: Talgkörtelcancer                                                                         1     0.0  
##  84303: Mukoepidermoid cancer                                                                    1     0.0  
##  84413: Kystadenocarcinom, seröst                                                               22     0.8  
##  84603: Seropapillär cancer                                                                    127     4.6  
##  84613: Seropap adenoca peritoneum                                                               1     0.0  
##  84803: Mucinös (slembildande) cancer                                                            5     0.2  
##  85603: Adenoskvamös cancer                                                                      5     0.2  
##  85703: Adenoakantom                                                                             1     0.0  
##  88003: Odifferentierat sarkom, mesynkymal tumör                                                14     0.5  
##  88013: Spolcelligt sarkom                                                                       1     0.0  
##  88023: Jättecellssarkom                                                                         1     0.0  
##  88903: Leiomyosarkom                                                                           46     1.7  
##  89003: Rhabdomyosarkom                                                                          2     0.1  
##  89303: Endometrialt stromacellssarkom                                                          17     0.6  
##  89313: Endometrialt stromacellssarkom, låggradigt (endolymfatisk stromamyos, endometrie         7     0.3  
##  89333: Adenosarkom                                                                              4     0.1  
##  89503: Müllersk blandtumör                                                                     40     1.4  
##  89513: Mesodermal blandtumör                                                                    1     0.0  
##  89803: Carcinosarkom                                                                           77     2.8  
##  95813: Alveolärt mjukdelssarkom                                                                 1     0.0  
##  : NA                                                                                           33     1.2  
##                                                                                                             
##  Total                                                                                        2773   100.0  
##  ----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Sedan fanns önskemål om begränsning till enbart vissa koder:
Endometroida, klarcelliga, serösa.
Utifrån tabellen ovan (och med hjälp från Britt-Marie, som i sin tur rådfrågat Håkan Andersson) grupperar jag enligt följande:

##  ------------------------------------------------------------------------------------- 
##                --------------------------------Region--------------------------------- 
##  SNOMED          Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                    Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ------------------------------------------------------------------------------------- 
##  Endometroida       268           451     287      271            519     477    2273  
##                    83.0          85.6    82.9     81.6           78.5    81.7    82.0  
##                                                                                        
##  Klarcelliga          3            10       2        4             15      17      51  
##                     0.9           1.9     0.6      1.2            2.3     2.9     1.8  
##                                                                                        
##  Serösa               6            25       3       11             51      31     127  
##                     1.9           4.7     0.9      3.3            7.7     5.3     4.6  
##                                                                                        
##  Övriga              46            41      54       46             76      59     322  
##                    14.2           7.8    15.6     13.9           11.5    10.1    11.6  
##                                                                                        
##                                                                                        
##  Total              323           527     346      332            661     584    2773  
##                   100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  -------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 4 – Endometroida efter differentieringsgrad

Selektion:

Eftersom det är väldigt små tal så skippar jag andelar eftersom jag upplever att det gör tabellen mer svåröverblickad men i detta fall inte ger så mkt

##  ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 
##                               --------------------------------Region--------------------------------- 
##  SNOMED                         Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                                   Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 
##  Ej angiven                          3             1       7        2             11       7      31  
##                                    1.2           0.3     3.4      0.8            2.8     1.5     1.7  
##                                                                                                       
##  Ej tillämpligt                      5             0      10        9              2       2      28  
##                                    2.0           0.0     4.8      3.8            0.5     0.4     1.5  
##                                                                                                       
##  Grad 1                            104           118     108       99            198     155     782  
##                                   40.9          41.3    51.9     41.6           50.1    32.8    42.2  
##                                                                                                       
##  Grad 2                             93           101      62       78            125     240     699  
##                                   36.6          35.3    29.8     32.8           31.6    50.7    37.7  
##                                                                                                       
##  Grad 3                             47            65      20       49             52      69     302  
##                                   18.5          22.7     9.6     20.6           13.2    14.6    16.3  
##                                                                                                       
##  Odifferentierad/anaplastisk         2             1       1        1              7       0      12  
##                                    0.8           0.3     0.5      0.4            1.8     0.0     0.6  
##                                                                                                       
##                                                                                                       
##  Total                             254           286     208      238            395     473    1854  
##                                  100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  ----------------------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 5 – Andel där operationsdatum finns men datum för end. biop. el frak. abr. saknas

Selektion:

Detta är en tabell över om datum för Fraktionerad abratio inns eller inte finns för de fall där diagnosdatum och operationsdatum sammanfaller (med en differens på max en dag).

##  ------------------------------------------------------------------------------------ 
##                        ----------------------------Region---------------------------- 
##  Fraktionerad_abratio          Region  Region         Region  Region  Region   Total  
##                         Sthlm/Gotland    Väst Uppsala/Örebro    Norr     Syd          
##  ------------------------------------------------------------------------------------ 
##  Datum finns                        2      16              6       0       1      25  
##                                   1.7    18.6           26.1     0.0    10.0    10.3  
##                                                                                       
##  Datum saknas                     115      70             17       7       9     218  
##                                  98.3    81.4           73.9   100.0    90.0    89.7  
##                                                                                       
##                                                                                       
##  Total                            117      86             23       7      10     243  
##                                 100.0   100.0          100.0   100.0   100.0   100.0  
##  ------------------------------------------------------------------------------------

Detta är en tabell över om datum för endometribiopsi inns eller inte finns för de fall där diagnosdatum och operationsdatum sammanfaller (med en differens på max en dag).

##  ------------------------------------------------------------------------------- 
##                   ----------------------------Region---------------------------- 
##  Endometribiopsi          Region  Region         Region  Region  Region   Total  
##                    Sthlm/Gotland    Väst Uppsala/Örebro    Norr     Syd          
##  ------------------------------------------------------------------------------- 
##  Datum finns                   7      14              6       0       5      32  
##                              6.0    16.3           26.1     0.0    50.0    13.2  
##                                                                                  
##  Datum saknas                110      72             17       7       5     211  
##                             94.0    83.7           73.9   100.0    50.0    86.8  
##                                                                                  
##                                                                                  
##  Total                       117      86             23       7      10     243  
##                            100.0   100.0          100.0   100.0   100.0   100.0  
##  -------------------------------------------------------------------------------

Här kommer också en tabell om huruvida minst ett (men inte nödvändigtvis båda) av datumen ovan finns.

##  ------------------------------------------------------------------------------- 
##                   ----------------------------Region---------------------------- 
##  Endometribiopsi          Region  Region         Region  Region  Region   Total  
##                    Sthlm/Gotland    Väst Uppsala/Örebro    Norr     Syd          
##  ------------------------------------------------------------------------------- 
##  Båda saknas                 108      59             11       7       4     189  
##                             92.3    68.6           47.8   100.0    40.0    77.8  
##                                                                                  
##  Minst ett finns               9      27             12       0       6      54  
##                              7.7    31.4           52.2     0.0    60.0    22.2  
##                                                                                  
##                                                                                  
##  Total                       117      86             23       7      10     243  
##                            100.0   100.0          100.0   100.0   100.0   100.0  
##  -------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 6 – Ledtid från diagnos till primärop

Selektion:

Kummulativ ledtidsgraf per region

plot of chunk unnamed-chunk-17

Önskemål nr 7 – Ledtid från diagnos till först inträffade datum för KT/RT/BT/ET

OBS! Här skrev vi även brachy men jag kan inte hitta detta i registret, varför jag bara utgår från första datum av KT/RT/ET

Selektion:

Kummulativ ledtidsgraf per region

plot of chunk unnamed-chunk-19

Önskemål nr 8 – Ledtid från diagnos till “Datum för information till patienten om behandlingsbeslut för onkologisk behandling”

Selektion:

Kummulativ ledtidsgraf per region

plot of chunk unnamed-chunk-21

Önskemål nr 9 – Datum för brachy

Kan faktiskt inte hitta några Brachy-variabler, varken i variabelförteckning eller i blanketterna (vet att det finns i andra register men inte just för corpus verkar det som)!

Önskemål nr 10 – Åldersfördelning

Histogram för åldersfördelning, för hela riket samt därefter uppdelat per region.

plot of chunk unnamed-chunk-22 plot of chunk unnamed-chunk-22

Här också en tabell som anger uppgifter per region:

##             region_namn Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
## 1           Region Norr   37    61.0     69 69.2      79   95
## 2  Region Sthlm/Gotland   30    62.5     70 69.4      78   95
## 3            Region Syd   39    63.0     70 70.3      78   95
## 4       Region Sydöstra   31    62.0     71 70.2      78   96
## 5 Region Uppsala/Örebro   26    62.0     69 69.6      77   99
## 6           Region Väst   32    62.0     69 69.2      77   95

Önskemål nr 11 – FIGO-fördelning

a) Typ av FIGO

Selektion:

FIGO finns angivet antingen som kirurgiskt eller kliniskt.
Här kommer först fördelningen mellan de två:

##  ---------------------------------------------------------------------------------- 
##             --------------------------------Region--------------------------------- 
##  FIGO_typ     Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                 Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------- 
##                    3             0       0        0              0       0       3  
##                  0.9           0.0     0.0      0.0            0.0     0.0     0.1  
##                                                                                     
##  Kirurgisk       306           482     319      216            562     525    2410  
##                 94.7          91.5    92.2     65.1           85.0    89.9    86.9  
##                                                                                     
##  Klinisk          14            45      27      116             99      59     360  
##                  4.3           8.5     7.8     34.9           15.0    10.1    13.0  
##                                                                                     
##                                                                                     
##  Total           323           527     346      332            661     584    2773  
##                100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  ----------------------------------------------------------------------------------

b) Kirurgiskt stadium

Detta är fördelningen för kirurgiskt FIGO-stadium.
Tabellen blir väldigt stor och svår att överblicka om andelar inkluderas, därav enbart antal.

##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##                   --------------------------------Region--------------------------------- 
##  FIGO_kirurgiskt    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                       Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##                         16            45      27      116             99      59     362  
##  IA                    164           292     169       87            248     326    1286  
##  IB                     70            90      68       66            157      86     537  
##  IC                      2             1       2        1              5       1      12  
##  II                     23            44      15       14             57      30     183  
##  IIA                     0             0       1        0              1       0       2  
##  IIB                     1             0       2        2              2       0       7  
##  IIIA                   13            18      11        9             27      16      94  
##  IIIB                    5            12       8        6              7      22      60  
##  IIIC                    0             0       2        0              4       0       6  
##  IIIC1                   3             4      10        5              7      14      43  
##  IIIC2                   2             1      11        6              9       5      34  
##  IIICX                   1             1       1        4              3       1      11  
##  IIIX                    0             0       1        0              1       0       2  
##  IVA                     4             0       1        0              2       2       9  
##  IVB                    11            14      13       14             23      22      97  
##  IVX                     1             1       1        1              1       0       5  
##  IX                      1             0       0        1              2       0       4  
##  X                       6             4       3        0              6       0      19  
##                                                                                           
##  Total                 323           527     346      332            661     584    2773  
##  ----------------------------------------------------------------------------------------

Samma uppgifter men nu grupperade i grövre stadium:

##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##                   --------------------------------Region--------------------------------- 
##  FIGO_kirurgiskt    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                       Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##  I                     237           383     239      155            412     413    1839  
##                       73.4          72.7    69.1     46.7           62.3    70.7    66.3  
##                                                                                           
##  II                     24            44      18       16             60      30     192  
##                        7.4           8.3     5.2      4.8            9.1     5.1     6.9  
##                                                                                           
##  III                    24            36      44       30             58      58     250  
##                        7.4           6.8    12.7      9.0            8.8     9.9     9.0  
##                                                                                           
##  IV                     16            15      15       15             26      24     111  
##                        5.0           2.8     4.3      4.5            3.9     4.1     4.0  
##                                                                                           
##  saknas/X               22            49      30      116            105      59     381  
##                        6.8           9.3     8.7     34.9           15.9    10.1    13.7  
##                                                                                           
##                                                                                           
##  Total                 323           527     346      332            661     584    2773  
##                      100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  ----------------------------------------------------------------------------------------

b) Kliniskt stadium

Detta är fördelningen för kliniskt FIGO-stadium.
Denna tabell skulle vara lättare att överblicka med andelar än för kirurgisk do men då antalen är så små känns det ändå naturligare med bara antal.

##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##                   --------------------------------Region--------------------------------- 
##  FIGO_kirurgiskt    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                       Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##                        296           467     324      224            563     526    2400  
##  IA                     12            23      10       36             35      14     130  
##  IB                      4            13       0       20             14       9      60  
##  II                      4             2       3       13              5       3      30  
##  III                     2             6       1        0             13      15      37  
##  IVA                     1             0       1        1              3       1       7  
##  IVB                     1             5       3        6             13      15      43  
##  IVX                     0             0       0        0              2       0       2  
##  IX                      0             0       2       32             12       0      46  
##  X                       3            11       2        0              1       1      18  
##                                                                                           
##  Total                 323           527     346      332            661     584    2773  
##  ----------------------------------------------------------------------------------------

Samma uppgifter men nu grupperade i grövre stadium:

##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##                   --------------------------------Region--------------------------------- 
##  FIGO_kirurgiskt    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                       Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##  I                      16            36      12       88             61      23     236  
##                        5.0           6.8     3.5     26.5            9.2     3.9     8.5  
##                                                                                           
##  II                      4             2       3       13              5       3      30  
##                        1.2           0.4     0.9      3.9            0.8     0.5     1.1  
##                                                                                           
##  III                     2             6       1        0             13      15      37  
##                        0.6           1.1     0.3      0.0            2.0     2.6     1.3  
##                                                                                           
##  IV                      2             5       4        7             18      16      52  
##                        0.6           0.9     1.2      2.1            2.7     2.7     1.9  
##                                                                                           
##  saknas/X              299           478     326      224            564     527    2418  
##                       92.6          90.7    94.2     67.5           85.3    90.2    87.2  
##                                                                                           
##                                                                                           
##  Total                 323           527     346      332            661     584    2773  
##                      100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  ----------------------------------------------------------------------------------------

b) “Sammantaget” stadium

Här avses i första hand kirurgiskt stadium men i fall detta saknas har det ersatts av kliniskt stadium ist.

##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##                   --------------------------------Region--------------------------------- 
##  FIGO_kirurgiskt    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                       Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##                          6            10       5        9              5       5      40  
##  IA                    170           302     179      123            279     338    1391  
##  IB                     71            99      68       86            171      93     588  
##  IC                      2             1       2        1              5       1      12  
##  II                     24            46      18       27             62      33     210  
##  IIA                     0             0       1        0              1       0       2  
##  IIB                     1             0       2        2              2       0       7  
##  III                     0             4       1        0             13      15      33  
##  IIIA                   13            18      11        9             27      16      94  
##  IIIB                    5            12       8        6              7      22      60  
##  IIIC                    0             0       2        0              4       0       6  
##  IIIC1                   3             4      10        5              7      14      43  
##  IIIC2                   2             1      11        6              9       5      34  
##  IIICX                   1             1       1        4              3       1      11  
##  IIIX                    0             0       1        0              1       0       2  
##  IVA                     5             0       2        1              5       3      16  
##  IVB                    12            19      16       20             36      37     140  
##  IVX                     1             1       1        1              3       0       7  
##  IX                      1             0       2       32             14       0      49  
##  X                       6             9       5        0              7       1      28  
##                                                                                           
##  Total                 323           527     346      332            661     584    2773  
##  ----------------------------------------------------------------------------------------

Samma uppgifter men nu grupperade i grövre stadium:

##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##                   --------------------------------Region--------------------------------- 
##  FIGO_kirurgiskt    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                       Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##  I                     237           383     239      155            412     413    1839  
##                       73.4          72.7    69.1     46.7           62.3    70.7    66.3  
##                                                                                           
##  II                     24            44      18       16             60      30     192  
##                        7.4           8.3     5.2      4.8            9.1     5.1     6.9  
##                                                                                           
##  III                    24            36      44       30             58      58     250  
##                        7.4           6.8    12.7      9.0            8.8     9.9     9.0  
##                                                                                           
##  IV                     16            15      15       15             26      24     111  
##                        5.0           2.8     4.3      4.5            3.9     4.1     4.0  
##                                                                                           
##  saknas/X               22            49      30      116            105      59     381  
##                        6.8           9.3     8.7     34.9           15.9    10.1    13.7  
##                                                                                           
##                                                                                           
##  Total                 323           527     346      332            661     584    2773  
##                      100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  ----------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 12 – Primäropererade

Selektion:

Jag tar denna information från variabeln i början av blk 3 som frågar om “Primär terapeutisk kirurgi”

##  -------------------------------------------------------------------------------------- 
##                 --------------------------------Region--------------------------------- 
##  Primärkirurgi    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                     Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  -------------------------------------------------------------------------------------- 
##                       18           193     100       44            181       3     539  
##                      5.6          36.6    28.9     13.3           27.4     0.5    19.4  
##                                                                                         
##  Ja                  280           312     227      257            426     524    2026  
##                     86.7          59.2    65.6     77.4           64.4    89.7    73.1  
##                                                                                         
##  Nej                  25            22      19       31             54      57     208  
##                      7.7           4.2     5.5      9.3            8.2     9.8     7.5  
##                                                                                         
##                                                                                         
##  Total               323           527     346      332            661     584    2773  
##                    100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  --------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 13 – Postoperativ behandling

Selektion:

Jag tar denna information från variabeln i början av blk 3 som frågar om “Primär terapeutisk kirurgi”.

Först en tabell som visar samtliga val av behandling

##  ----------------------------------------------------------------------------------------------------------- 
##                                      --------------------------------Region--------------------------------- 
##  Primärkirurgi                         Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                                          Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ----------------------------------------------------------------------------------------------------------- 
##                                             0             1       0        0              0       0       1  
##  Adjuvant hormonell behandling              0             1       4        0              1       1       7  
##  Annan behandling                           0             1       2        0              2       2       7  
##  Behandling ej indicerad                    0             0      18        1             20       1      40  
##  Ej behandl pga dåligt AT                   6             0       5        0              2       0      13  
##  Ej behandl pga pats önskan                 1             0       6        0              1       0       8  
##  Kirurgi + kemoterapi                      38            11      44       36             44      31     204  
##  Kirurgi + kemoterapi + radioterapi        31            49       5       19             32      99     235  
##  Kirurgi + radioterapi                     43           104       2        6             52     170     377  
##  Kirurgi + radioterapi + kemoterapi        25             2       0        3             38      25      93  
##  Kirurgi enbart (blanketten klar)         135           143     140      191            234     185    1028  
##  Preoperativ radioterapi + kirurgi          0             0       0        0              0       1       1  
##  Radioterapi enbart                         1             0       1        1              0       9      12  
##                                                                                                              
##  Total                                    280           312     227      257            426     524    2026  
##  -----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Men här också det som verkligen efterfrågas.
Med postoperativ behandlig menar vi nu ngt av följande:

##  ------------------------------------------------------------------------------------------------ 
##                           --------------------------------Region--------------------------------- 
##  Primärkirurgi              Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                               Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ------------------------------------------------------------------------------------------------ 
##  Enbart kirurgi                136           144     141      192            235     185    1033  
##                               49.1          46.3    73.4     74.4           58.5    36.2    52.9  
##                                                                                                   
##  Postoperativ behandling       141           167      51       66            167     326     918  
##                               50.9          53.7    26.6     25.6           41.5    63.8    47.1  
##                                                                                                   
##                                                                                                   
##  Total                         277           311     192      258            402     511    1951  
##                              100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  ------------------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 14 – Enbart endokrin beh – 85+

Selektion:

##  -------------------------------------------------------------------------------------- 
##                 --------------------------------Region--------------------------------- 
##  Primärkirurgi    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                     Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  -------------------------------------------------------------------------------------- 
##  Ej enbart ET         25            50      29       32             58      48     242  
##                     86.2          94.3    85.3     88.9           87.9    92.3    89.6  
##                                                                                         
##  Enbart ET             4             3       5        4              8       4      28  
##                     13.8           5.7    14.7     11.1           12.1     7.7    10.4  
##                                                                                         
##                                                                                         
##  Total                29            53      34       36             66      52     270  
##                    100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  --------------------------------------------------------------------------------------

För sakens skull kommer här motsvarande tabell men inkluderar nu enbart de fall där blk 3 finns (tabell ovan utgick från samtliga anmälningar).

##  -------------------------------------------------------------------------------------- 
##                 --------------------------------Region--------------------------------- 
##  Primärkirurgi    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                     Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  -------------------------------------------------------------------------------------- 
##  Ej enbart ET         23            29      23       25             36      48     184  
##                     85.2          90.6    82.1     86.2           81.8    92.3    86.8  
##                                                                                         
##  Enbart ET             4             3       5        4              8       4      28  
##                     14.8           9.4    17.9     13.8           18.2     7.7    13.2  
##                                                                                         
##                                                                                         
##  Total                27            32      28       29             44      52     212  
##                    100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  --------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 15-17 – Postoperativ RT/KT/RT+KT

Selektion:
Selektionsvilkoret är lite komplicerat men uttrycks formellt så här (“&”“ = och, ”|“” = eller):

a_alder >= 85
  & a_kirurfigostad_beskrivning == "IB"
  & 
  ( ( snomed_klartext_grupp == "Endometroida" & p_diffgradfigo_beskrivning == "Grad 3")
    | snomed_klartext_grupp == "Klarcelliga"
    | snomed_klartext_grupp == "Serösa"
  )

“låg diffgrad” har alltså tolkats (efter kontakt med Håkan Andersson) som Grad 3.

Det visar sig vara enbart 7 registrerade kvinnor som uppfyller dessa urvalsvillkor.
Jag bedömmer därmed att det blir svårt att redovisa andelar, utan gör ist en tabell som visar antal per behandling och jag tar med samtliga givna behandlingar (vari de efterfrågade ingår)

##  ------------------------------------------------------------------------------------------ 
##                                      ------------------------Region------------------------ 
##  Post_RT                               Region        Region         Region  Region   Total  
##                                          Norr Sthlm/Gotland Uppsala/Örebro    Väst          
##  ------------------------------------------------------------------------------------------ 
##                                             0             0              2       0       2  
##  Kirurgi + kemoterapi                       1             0              0       0       1  
##  Kirurgi + radioterapi                      0             1              0       0       1  
##  Kirurgi + radioterapi + kemoterapi         0             0              0       1       1  
##  Kirurgi enbart (blanketten klar)           0             0              1       0       1  
##  Radioterapi enbart                         0             0              0       1       1  
##                                                                                             
##  Total                                      1             1              3       2       7  
##  ------------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 18 – Överlevnad

Efter kontakt med Enayat Mavadati (INCA-förvaltare) har jag förstått att uppdaterade dödsdatum ännu ej införts i INCA (det kommer men fortfarande lite oklart exakt när).
Vi utgår därför från dödsdatum angivna i uppföljningsblanketten.

Då det är relativt få i underlaget blev grafen väldigt otydlig uppdelad per region, varför jag tog hela landet samlat.

Selektion:

Tidpunkten för 3 månader (90 dagar) och 6 månader (180 dagar) har markerats i grafen med lodräta streckade linjer.

Kumulativa ledtider

Andel som fortfarande lever x antal dagar efter diagnos (absoluta tal, ej relativt normalpopulation).

plot of chunk unnamed-chunk-38

Önskemål nr 19 – Uppfyller minst två kriterium

Selektion:

##  -------------------------------------------------------------------------------------------- 
##                       --------------------------------Region--------------------------------- 
##  Uppfyller_minst_två    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                           Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  -------------------------------------------------------------------------------------------- 
##  Ja                         30            81      28       29             56      81     305  
##                           10.7          26.0    12.3     11.3           13.1    15.5    15.1  
##                                                                                               
##  Nej                       250           231     199      228            370     443    1721  
##                           89.3          74.0    87.7     88.7           86.9    84.5    84.9  
##                                                                                               
##                                                                                               
##  Total                     280           312     227      257            426     524    2026  
##                          100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  --------------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 20 – Körtelutrymning

Selektion:

##  ---------------------------------------------------------------------------------------------- 
##                         --------------------------------Region--------------------------------- 
##  Körtelutrymning          Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                             Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------------------- 
##  Ej lymförtelutrymning         1             1       0        1              0       1       4  
##                              2.0           1.3     0.0      2.1            0.0     1.0     1.1  
##                                                                                                 
##  Körtelutrymning               3            12      13       33             40      34     135  
##                              5.9          15.2    72.2     68.8           50.0    35.1    36.2  
##                                                                                                 
##  Uppgift saknas               47            66       5       14             40      62     234  
##                             92.2          83.5    27.8     29.2           50.0    63.9    62.7  
##                                                                                                 
##                                                                                                 
##  Total                        51            79      18       48             80      97     373  
##                            100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  ----------------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 21 – KT med “Ja, annan”

Selektion:

Antal och andelar per region

##  --------------------------------------------------------------------------------------------------- 
##                              --------------------------------Region--------------------------------- 
##  KT_behandling                 Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                                  Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  --------------------------------------------------------------------------------------------------- 
##  Ja, paklitaxel/karboplatin        81            57      43       59            103     139     482  
##                                  77.1          86.4    78.2     83.1           82.4    79.4    80.7  
##                                                                                                      
##  Ja, övrigt                        24             9      12       12             22      36     115  
##                                  22.9          13.6    21.8     16.9           17.6    20.6    19.3  
##                                                                                                      
##                                                                                                      
##  Total                            105            66      55       71            125     175     597  
##                                 100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  ---------------------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 22 – Operationsteknik

Selektion:

Jag är nu lite osäker på ifall dessa svarsalternativ skulle grupperas men jag tar med allt. Då blir det dock lite oöverskådligt med procentandelar också varför jag tar enbart antal.

##  ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 
##                                                      ----------------------------Region---------------------------- 
##  Kirurgiteknik                                         Region        Region  Region         Region  Region   Total  
##                                                          Norr Sthlm/Gotland     Syd Uppsala/Örebro    Väst          
##  ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 
##                                                             0             1       0              0       0       1  
##  Kombinerad vaginal och laparoskopisk kirurgi               0            12       2             32      34      80  
##  Konvertering från laparoskopisk till öppen kirurgi         0             3       1              2       6      12  
##  Konvertering från vaginal till öppen kirurgi               0             0       0              1       1       2  
##  Laparoskopisk kirurgi enbart                               0             4       2              1       6      13  
##  Robotassisterad laparoskopisk kirurgi                      0           102       0              0     118     220  
##  Vaginal kirurgi enbart                                     0             1       0              5       9      15  
##  Öppen kirurgi                                             20           209      70            208     323     830  
##                                                                                                                     
##  Total                                                     20           332      75            249     497    1173  
##  ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------