Nesta prática vamos testar se o hábito recifal alterou as taxas de evolução morfológica em peixes. Primeiro vamos abrir o pacote e os dados. (É necessário baixar os arquivos “tree.nex” e “dados_grunts.txt” e colocá-los no diretório de trabalho pra executar as funções. Não esqueçam de tirar o “#” antes de executá-las)
library(phytools)## Loading required package: ape## Loading required package: maps#gruntrs<-read.simmap("tree.nex", format="nexus")
#dat<-read.table("dados_grunts.txt")O formato da árvore é um pouco modificado do formato nexus comum. Aos que estiverem morrendo de curiosidade, basta abrir em um bloco de textos e tentar descobrir a lógica do formato.
Podemos visualizar a filogenia com a evolução do hábito de peixe recifal. Plotaremos as espécies recifais em azul.
#cols<-c("black", "blue"); names(cols)<-c("0", "1")
#plotSimmap(gruntrs, cols)Temos um conjunto de 3 características fenotípicas. Podemos dar uma olhada nestes dados usando o comando head. Depois disso, separaremos os dados em 3 objetos
#head(dat)
#trait1<-dat[1]
#trait2<-dat[2]
#trait3<-dat[3]Precisamos fazer alguns comandos para assegurar que a lista dos caracteres é a mesma das espécies na filogenia.
#trait<-list()
#trait[[1]]<- trait1[gruntrs$tip.label,]
#trait[[2]]<- trait2[gruntrs$tip.label,]
#trait[[3]]<- trait3[gruntrs$tip.label,]
#names(trait[[1]])<-gruntrs$tip.label
#names(trait[[2]])<-gruntrs$tip.label
#names(trait[[3]])<-gruntrs$tip.labelFinalmente, usamos o brownie para testar a hipótese inicial separadamente para cada um dos três caracteres.
#brownie.lite(gruntrs,trait[[1]], test="chisq")
#brownie.lite(gruntrs,trait[[2]], test="chisq")
#brownie.lite(gruntrs,trait[[3]], test="chisq")