Genellikle makalelerde figurlerin birden cok paneli olur (A,B,C gibi). Cok iyi R kullananlar dahil, bu tarz figurleri her paneli tek tek R’da urettikten sonra Illustrator, Inkscape gibi programlarda birlestirme yoluna gidiyor. Ancak bu tekrarlanabilir calisma adina kotu olmakla birlikte, ufak hatalar sonucu veri ile oynama bile getirebilecek bir yontem. Bu yuzden simdi bu yola hic basvurmadan, butun figurlerimizi sadece R kodu kullanarak nasil uretebiliriz, buna bir bakalim ve cok panelli figur olusturarak baslayalim! Bunu yapabileceginiz bir cok paket var R’da (orn, gridExtra paketinden grid.arrange() fonksiyonu) ancak ben bu yazida ggpubr paketinden bir ornek gostermek istiyorum. Digerlerine gore daha esnek bu sayede bir paneliniz diger panelden buyuk olabiliyor ve direkt olarak A,B,C gibi panel isimleri ile etiketleyebiliyorsunuz, ve baska yayina hazir figur uretme amacli kullanacaginiz fonksiyonlari da mevcut (figurlere kolayca p degeri eklemek, marginal histogram eklemek gibi..)

library(ggplot2)
library(ggpubr)
## Loading required package: magrittr
## 
## Attaching package: 'magrittr'
## The following object is masked from 'package:purrr':
## 
##     set_names
## The following object is masked from 'package:tidyr':
## 
##     extract

Ornek icin mtcars verisini kullanacagim.

data("mtcars")
mtcars$name <- rownames(mtcars)
mtcars$cyl <- as.factor(mtcars$cyl)
head(mtcars)
##                    mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
## Mazda RX4         21.0   6  160 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
## Mazda RX4 Wag     21.0   6  160 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
## Datsun 710        22.8   4  108  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
## Hornet 4 Drive    21.4   6  258 110 3.08 3.215 19.44  1  0    3    1
## Hornet Sportabout 18.7   8  360 175 3.15 3.440 17.02  0  0    3    2
## Valiant           18.1   6  225 105 2.76 3.460 20.22  1  0    3    1
##                                name
## Mazda RX4                 Mazda RX4
## Mazda RX4 Wag         Mazda RX4 Wag
## Datsun 710               Datsun 710
## Hornet 4 Drive       Hornet 4 Drive
## Hornet Sportabout Hornet Sportabout
## Valiant                     Valiant

Bir kac figur uretmekle baslayalim. Ilk olarak wt (agirlik) ve mpg (miles per gallon) arasindaki iliskiyi gosteren bir dagilim grafigi cizelim. Bu grafigi ggscatter fonksiyonu ile de cizebilirsiniz (ozellikle ggplot syntaxine aliskin degilseniz tavsiye ederim), ancak ben ggplot kullanacagim. Figur uzerine korelasyon katsayilari bilgisini de ggpubr paketinden stat_cor() fonksiyonu ile kolayca ekleyecegim.

p1=ggplot(mtcars,aes(x=wt,y=mpg,color=cyl,fill=cyl,shape=cyl))+
  geom_point(size=2)+
  geom_smooth(method='lm')+
  scale_color_gdocs()+
  scale_fill_gdocs()+
  xlab('Weight (1000 lbs)')+ ylab ('Miles per gallon')+
  stat_cor(aes(color = cyl),method = 'spearman',label.y=c(17,15,13))+
  theme_pubr()
p1

Simdi de bir boxplot cizelim.

p2=ggplot(mtcars,aes(x=cyl,y=qsec,color=cyl))+
  geom_boxplot()+
  scale_color_gdocs()+
  xlab('Number of cylinders')+ ylab('1/4 mile time')+
  stat_compare_means(comparisons = list(c('4','6'),c('6','8'),c('4','8')),method='wilcox.test',label = "p.signif")+ # Add pairwise comparisons p-value
  stat_compare_means(label.y = 15,method='kruskal.test')+     # Add global p-value
  theme_pubr()
p2

Simdi de bir barplot. Ancak bu sefer bir ggpubr fonksiyonu kullanacagim, bu sayede degerleri grup icinde artan / azalan sirada siralayabilecegiz.

p3=ggbarplot(mtcars, x = "name", y = "mpg",
          fill = "cyl",               # change fill color by cyl
          sort.val = "asc",           # Sort the value in ascending order
          sort.by.groups = T,
          color='white',
          x.text.angle=90)+
  scale_fill_gdocs()+xlab('')+ylab('Miles per gallon')
p3

Simdi uc panelden olusan bir figur yapalim!

ggarrange(p1, p2, p3, 
          labels = letters[1:3],
          ncol = 2, nrow = 2)

Kotu degil, ancak daha fazla esneklik istiyoruz!

ggarrange(p3,
          ggarrange(p1,p2,ncol=2,labels=c('b','c')),
          ncol=1,nrow=2,labels='a')

Cok daha iyi. Biraz daha gelistirebilir miyiz, bakalim. Ornegin, b ve c panelleri icin tek bir legend yeter. Bunun icin ‘common.legend=T’ argumanini kullanabiliriz. Biraz da figure yazi eklememiz gerektigini hayal edelim.

figure1=ggarrange(p3,
          ggarrange(p1,p2,ncol=2,labels=c('b','c'),common.legend = T),
          ncol=1,nrow=2,labels='a')
annotate_figure(figure1,
                top = text_grob("Blablabla", color = "red", face = "bold", size = 14),
                bottom = text_grob("Data source: mtcars data set", color = "gray50",
                                   hjust = 1, x = 1, face = "italic", size = 10),
                right = text_grob("Figure arranged using ggpubr package",size=10,rot=270,color='gray50'),
                fig.lab = "Figure 1", fig.lab.face = "bold",fig.lab.size = 14)

Bu sekilde Illustrator / Inkscape gibi grafik duzenleyiciler kullanarak hem datayi bozma tehlikesini yasamiyoruz hem de calismamizin tekrarlanabilirligini sagliyoruz. Geriye kalan tek sey kodu yeterli miktarda aciklayip GitHub’a eklemek!!