Cervixdata

Allmän selektering: För samtliga sammanställningar har data begränsats till de fall där diagnosdatum ligger fr o m 2011-01-01 t o m 2011-12-31.
ICD10-koden är dessutom begränsad till C53.x (där x = 0, 1, eller 9).

Denna information kommer inte att upprepas invid respektive frågeställning nedan.
Observera att det inte gjors någon selektering på region, vilket kan ha betydelse då vi tittar på data från kirurgiblanketten!

Önskemål nr 1 – Antal fall

Tabell som visar antal fall per region, dvs antalet registrerade anmälningsblanketter. Antalet av övrigablanketter kan tas från rapportmall i INCA.

##  ---------------------------------------- 
##  Region                    antal   andel  
##  ---------------------------------------- 
##  Region Norr                  33    10.0  
##  Region Sthlm/Gotland         59    17.9  
##  Region Syd                   47    14.2  
##  Region Sydöstra              40    12.1  
##  Region Uppsala/Örebro       105    31.8  
##  Region Väst                  46    13.9  
##                                           
##  Total                       330   100.0  
##  ----------------------------------------

Tabell som visar antal och andelar per ICD10-kod och region i hela riket

##  ------------------------------------------------------------------------------------------------- 
##                            --------------------------------Region--------------------------------- 
##  ICD10                       Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                                Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ------------------------------------------------------------------------------------------------- 
##  C53.0 - Endocervix               1             1       1        2              4       2      11  
##                                 3.0           1.7     2.1      5.0            3.8     4.3     3.3  
##                                                                                                    
##  C53.1 - Exocervix/portio         1             4       2       22              5       2      36  
##                                 3.0           6.8     4.3     55.0            4.8     4.3    10.9  
##                                                                                                    
##  C53.9 - Livmoderhals UNS        31            54      44       16             96      42     283  
##                                93.9          91.5    93.6     40.0           91.4    91.3    85.8  
##                                                                                                    
##                                                                                                    
##  Total                           33            59      47       40            105      46     330  
##                               100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  -------------------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 2 – Täckningsgrad

Täckningsgrad hanteras separat!

Önskemål nr 3 – Åldersfördelning

c) Åldersfördelning per ICD-10-kod

plot of chunk unnamed-chunk-4 plot of chunk unnamed-chunk-4 plot of chunk unnamed-chunk-4

Önskemål nr 4 – Fördelning av histologi

Denna uppgift korrigerad till fördelning av SNOMED. /2013-01-25
Tabellen blir svår att öv erblicka med andelar varför jag enbart tar med antalet fall.

En del texter var väldigt långa, varför jag har tvingats klippa av en del men samtliga texter visas i sin helhet i den nedre tabellen.

##  ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 
##                                                   --------------------------------region--------------------------------- 
##  Diagnosgrund                                       Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                                                       Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 
##  80103: Carcinom, malign epitelial tumör                 0             0       0        0              0       1       1  
##  80203: Odifferentierat carcinom eller cancer            1             0       1        0              1       0       3  
##  80413: Småcellig cancer                                 0             0       0        0              1       0       1  
##  80702: Skivepitelcancer in situ                         0             0       0        2              0       0       2  
##  80703: Skivepitelcancer                                15            38      25       20             61      33     192  
##  80763: Skivepitelcarcinom med mikroinvasion             5             4       2        6             10       0      27  
##  80772: AIN III anal intraepitelial neoplasi gra         0             0       0        0              1       0       1  
##  81403: Adenocarcinom UNS                                8            10      15        6             22      10      71  
##  82463: Neuroendokrina tumörer (oberoende av mal         0             0       0        2              2       0       4  
##  83103: Klarcellig cancer                                0             0       0        1              1       0       2  
##  83803: Endometrioid cancer                              0             0       0        1              0       0       1  
##  84413: Kystadenocarcinom, seröst                        0             0       1        1              0       0       2  
##  85603: Adenoskvamös cancer                              1             6       1        0              5       1      14  
##  87203: Malignt melanom UNS                              0             1       0        0              1       0       2  
##  89333: Adenosarkom                                      0             0       0        0              0       1       1  
##  89503: Müllersk blandtumör                              1             0       0        0              0       0       1  
##  89803: Carcinosarkom                                    1             0       0        0              0       0       1  
##  NA: NA                                                  1             0       2        1              0       0       4  
##                                                                                                                           
##  Total                                                  33            59      47       40            105      46     330  
##  ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Utan regionsuppdelning och med hela den beskrivande texten. I detta format blir det också enklare att ta med andelsangivelser.

##  ------------------------------------------------------------------------------------ 
##  Diagnosgrund                                                          antal   andel  
##  ------------------------------------------------------------------------------------ 
##  80103: Carcinom, malign epitelial tumör                                   1     0.3  
##  80203: Odifferentierat carcinom eller cancer                              3     0.9  
##  80413: Småcellig cancer                                                   1     0.3  
##  80702: Skivepitelcancer in situ                                           2     0.6  
##  80703: Skivepitelcancer                                                 192    58.2  
##  80763: Skivepitelcarcinom med mikroinvasion                              27     8.2  
##  80772: AIN III anal intraepitelial neoplasi grad III (skivepitel)         1     0.3  
##  81403: Adenocarcinom UNS                                                 71    21.5  
##  82463: Neuroendokrina tumörer (oberoende av malignitetsangivelse)         4     1.2  
##  83103: Klarcellig cancer                                                  2     0.6  
##  83803: Endometrioid cancer                                                1     0.3  
##  84413: Kystadenocarcinom, seröst                                          2     0.6  
##  85603: Adenoskvamös cancer                                               14     4.2  
##  87203: Malignt melanom UNS                                                2     0.6  
##  89333: Adenosarkom                                                        1     0.3  
##  89503: Müllersk blandtumör                                                1     0.3  
##  89803: Carcinosarkom                                                      1     0.3  
##  NA: NA                                                                    4     1.2  
##                                                                                       
##  Total                                                                   330   100.0  
##  ------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 5 – FIGO-fördelning

Fördelning såsom det verkligen inrapporterats

##  ------------------------------------------------------------------------------ 
##         --------------------------------region--------------------------------- 
##  FIGO     Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##             Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ------------------------------------------------------------------------------ 
##                0             0       1        0              0       0       1  
##              0.0           0.0     2.1      0.0            0.0     0.0     0.3  
##                                                                                 
##  IA1           6             5       8       13             16       8      56  
##             18.2           8.5    17.0     32.5           15.2    17.4    17.0  
##                                                                                 
##  IA2           2             4       3        3              4       1      17  
##              6.1           6.8     6.4      7.5            3.8     2.2     5.2  
##                                                                                 
##  IB1           7            21      15       12             31      15     101  
##             21.2          35.6    31.9     30.0           29.5    32.6    30.6  
##                                                                                 
##  IB2           3             4       3        2             11       3      26  
##              9.1           6.8     6.4      5.0           10.5     6.5     7.9  
##                                                                                 
##  IIA1          2             2       1        2              5       0      12  
##              6.1           3.4     2.1      5.0            4.8     0.0     3.6  
##                                                                                 
##  IIA2          1             0       3        1              1       1       7  
##              3.0           0.0     6.4      2.5            1.0     2.2     2.1  
##                                                                                 
##  IIB           2             9       3        3             13       3      33  
##              6.1          15.3     6.4      7.5           12.4     6.5    10.0  
##                                                                                 
##  IIIA          1             1       0        0              3       1       6  
##              3.0           1.7     0.0      0.0            2.9     2.2     1.8  
##                                                                                 
##  IIIB          6             4       3        2             11      12      38  
##             18.2           6.8     6.4      5.0           10.5    26.1    11.5  
##                                                                                 
##  IVA           2             3       2        0              3       0      10  
##              6.1           5.1     4.3      0.0            2.9     0.0     3.0  
##                                                                                 
##  IVB           1             1       0        2              3       1       8  
##              3.0           1.7     0.0      5.0            2.9     2.2     2.4  
##                                                                                 
##  X             0             5       5        0              4       1      15  
##              0.0           8.5    10.6      0.0            3.8     2.2     4.5  
##                                                                                 
##                                                                                 
##  Total        33            59      47       40            105      46     330  
##            100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  ------------------------------------------------------------------------------

Samma variabel men nu grupperat utan subbklassifikation

##  ----------------------------------------------------------------------------------- 
##              --------------------------------region--------------------------------- 
##  FIGO          Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                  Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ----------------------------------------------------------------------------------- 
##  I                 18            34      29       30             62      27     200  
##                  54.5          57.6    61.7     75.0           59.0    58.7    60.6  
##                                                                                      
##  II                 5            11       7        6             19       4      52  
##                  15.2          18.6    14.9     15.0           18.1     8.7    15.8  
##                                                                                      
##  III                7             5       3        2             14      13      44  
##                  21.2           8.5     6.4      5.0           13.3    28.3    13.3  
##                                                                                      
##  IV                 3             4       2        2              6       1      18  
##                   9.1           6.8     4.3      5.0            5.7     2.2     5.5  
##                                                                                      
##  saknas/0/X         0             5       6        0              4       1      16  
##                   0.0           8.5    12.8      0.0            3.8     2.2     4.8  
##                                                                                      
##                                                                                      
##  Total             33            59      47       40            105      46     330  
##                 100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  -----------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 6 – Hur stor andel har genomgått PET/CT

Selektering:

Tabell som visar antal och andelar per region

##  ------------------------------------------------------------------------------------ 
##               --------------------------------region--------------------------------- 
##  Provtagning    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                   Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ------------------------------------------------------------------------------------ 
##  Ja                 24             8       4       24             51      39     150  
##                   85.7         100.0    80.0     80.0           79.7    84.8    82.9  
##                                                                                       
##  Nej                 4             0       1        6             13       7      31  
##                   14.3           0.0    20.0     20.0           20.3    15.2    17.1  
##                                                                                       
##                                                                                       
##  Total              28             8       5       30             64      46     181  
##                  100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  ------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 7 – Laparaskopi

Selektion::

Med laparaskopi avses följande svar på operationsteknik:

Med icke laparaskopisk avses:

Tabell som visar antal och andelar per region

##  ------------------------------------------------------------------------------------------- 
##                      --------------------------------region--------------------------------- 
##  Provtagning           Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                          Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ------------------------------------------------------------------------------------------- 
##  Icke laparoskopisk         1            11       4        1             19      11      47  
##                         100.0          45.8   100.0    100.0          100.0    50.0    66.2  
##                                                                                              
##  Laparoskopisk              0            13       0        0              0      11      24  
##                           0.0          54.2     0.0      0.0            0.0    50.0    33.8  
##                                                                                              
##                                                                                              
##  Total                      1            24       4        1             19      22      71  
##                         100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  -------------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 8 – Ledtider

a) Tid från diagnos till operation

Selektion:

Kummulativ ledtidsgraf per region

plot of chunk unnamed-chunk-13

b) Tid från diagnos till start av radikal strålbehandling

Med strålbehandling avses “Extern strålbehandling”

Selektion:

Kummulativ ledtidsgraf per region – men tycker nog inte det är så meningsfullt att verkligen redovisa detta per region när det är så få!
Det ser också lite lustigt ut att visa linjer börjar uppe i luften. För tex region norr finns bara två personer i underlaget. En persons ledtid är 21 dagar och den andra personens 92 dagar. Efter 21 dagar är det alltså hälften av patienterna som nått ledtidens slut. Dessförinnan borde linjen ha legat på 0 men det gör den inte.

plot of chunk unnamed-chunk-15

… hela riket sammanslaget
plot of chunk unnamed-chunk-16

c) Tid från operation till start adjuvant behandling

Med strålbehandling avses “Extern strålbehandling”

Selektion:

Kummulativ ledtidsgraf per region – men tydligen är det bara region väst som har data för detta!

plot of chunk unnamed-chunk-18

Önskemål nr 9 – Hur behandlas stadium IA2?

Selektion:

Denna tabell känns kanske inte så meningsfull???
Skulle man int istället kunna titta på samtliga FIGO-stadier men att sedan bara nämna att av just IA12 får alla enbart kirurgi (13 st)?

##                        Region Norr Region Sthlm/Gotland Region Syd Region Sydöstra Region Uppsala/Örebro Region Väst
## Extern radioterapi               0                    0          0               0                     0           0
## Radiokemoterapi                  0                    0          0               0                     0           0
## Neoadjuvant kemoterapi           0                    0          0               0                     0           0
## Kirurgi                          0                    0          0               3                     2           1
## Annan kemoterapi                 0                    0          0               0                     0           0
## Brachyterapi                     0                    0          0               0                     0           0
## Annan behandling                 0                    0          0               0                     0           0

Önskemål nr 10 – Andel “små” tumörer med lymfkörtelmetastaser

Tumörstorlek anges bara då makroskopiskt radikal operation besvarats med nej … vilket faktiskt inte har skett. Den variabeln besvaras så här (första raden utan beskrivning är antalet saknade svar, )

##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##                   --------------------------------region--------------------------------- 
##  Funktionsstatus    Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                       Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------------------------------- 
##                         32            38      43       39             86      23     261  
##                       97.0          61.3    91.5     97.5           81.9    50.0    78.4  
##                                                                                           
##  Ej bedömt               0             0       0        0              0       1       1  
##                        0.0           0.0     0.0      0.0            0.0     2.2     0.3  
##                                                                                           
##  Ja                      1            24       4        1             18      22      70  
##                        3.0          38.7     8.5      2.5           17.1    47.8    21.0  
##                                                                                           
##  Kan ej bedömas          0             0       0        0              1       0       1  
##                        0.0           0.0     0.0      0.0            1.0     0.0     0.3  
##                                                                                           
##                                                                                           
##  Total                  33            62      47       40            105      46     333  
##                      100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  ----------------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 11 – Andel “stora” tumörer med lymfkörtelmetastaser

Som föregående!

Önskemål nr 12 – Orsak till ej given icke kirurgisk primärbehandling

Selektion:

a) Neoadjuvant kemoterapi

Ej aktuellt, ingen som angett “nej” på “planerad regim ej fullföljd”

b) Kemoterapi samtidigt som radioterapi

##  --------------------------------------------------------------------- 
##                ------------------------Region------------------------- 
##  Orsak           Region        Region   Region         Region  Region  
##                    Norr Sthlm/Gotland Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst  
##  --------------------------------------------------------------------- 
##  Biverkningar         3             1        3              3       4  
##  ---------------------------------------------------------------------

c) Annan kemoterapi

##  ----------------------- 
##                -Region-- 
##  Orsak           Region  
##                    Norr  
##  ----------------------- 
##  Biverkningar         1  
##  -----------------------

d) Brachyterapi

Finns endast en som inte fullföljt. Den kommer från väst och har orsaken “Bristande respons/progress”

e) Extern radioterapi

##  ------------------------------------------------------------------ 
##                              ----------------Region---------------- 
##  Orsak                         Region        Region         Region  
##                                  Norr Sthlm/Gotland Uppsala/Örebro  
##  ------------------------------------------------------------------ 
##  Annan orsak                        1             0              0  
##  Biverkningar                       0             0              1  
##  Bristande respons/progress         0             1              0  
##  ------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 13 – Om neoadjuvant behandling

Endast en patient har fått neoadjuvant behandling (ganska säker på att jag skrev 2 i tidigare anteckning men nu hittar jag bara en …)

Det blir inte meningsullt att göra “statistik” på enbart denna patient utan jag skickar ist själva formuläret för denna individ per post (avidentifierad).

##  ------------------------------------------------------------------------------------------------ 
##                                   ----------------------------Region----------------------------- 
##  Orsak                              Region        Region  Region   Region         Region  Region  
##                                       Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst  
##  ------------------------------------------------------------------------------------------------ 
##                                          8            51      42       11             49       0  
##  1 - första behandling i sekvens         0             0       0        0              1       0  
##  Ej använd                              25             8       5       29             55      46  
##  ------------------------------------------------------------------------------------------------

Preparat för neoadjuvant:

Önskemål nr 14 – Radiologiska metoder

Selektion:

##  ------------------------------------------------------------------------------- 
##          --------------------------------Region--------------------------------- 
##  Orsak     Region        Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##              Norr Sthlm/Gotland     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ------------------------------------------------------------------------------- 
##  CT             2             3       2        3             10      11      31  
##              12.5         100.0   100.0     50.0           43.5    42.3    40.8  
##                                                                                  
##  MR            13             0       0        0             13      15      41  
##              81.2           0.0     0.0      0.0           56.5    57.7    53.9  
##                                                                                  
##  PET/CT         1             0       0        3              0       0       4  
##               6.2           0.0     0.0     50.0            0.0     0.0     5.3  
##                                                                                  
##                                                                                  
##  Total         16             3       2        6             23      26      76  
##             100.0         100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  -------------------------------------------------------------------------------

Önskemål nr 15 – Teknik för extern strålbehandling

Selektion:

Antal som givits av respektive teknik.
Då flera alternativ tillåts kan vi inte ge några andelar.

##               Region Norr Region Sthlm/Gotland Region Syd Region Sydöstra Region Uppsala/Örebro Region Väst
## fotoner                16                    3          2               6                    23          26
## protoner               16                    3          2               6                    23          26
## stereotaktisk           0                    0          0               0                     0           0
## tomoterapi             16                    3          2               6                    23          26
## imrt                   16                    3          2               6                    23          26
## intraoperativ           0                    0          0               0                     0           0

Önskemål nr 16 – Andel strålbehandlade som fullföljt inom 50 dagar

Selektion:

Kummulativ ledtidsgraf per region.
Vilken andel i resp region som fullföljt inom 50 dagar avläses på y-axeln då x-axeln anger 50.

plot of chunk unnamed-chunk-28

Önskemål nr 17 – Andel strålbehandlade som fullföljt inom 50 dagar

Se 12 e ovan.

Önskemål nr 18 – Brachyterapi

a) Dosrat

Selektion:

##  ---------------------------------------------------------------- 
##         -------------------------Region-------------------------- 
##  Makro    Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##             Norr     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ---------------------------------------------------------------- 
##  HDR           0       2        7             19      11      39  
##              0.0   100.0    100.0          100.0   100.0    90.7  
##                                                                   
##  PDR           4       0        0              0       0       4  
##            100.0     0.0      0.0            0.0     0.0     9.3  
##                                                                   
##                                                                   
##  Total         4       2        7             19      11      43  
##            100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  ----------------------------------------------------------------

b) Dosplan baserad på

Selektion:

##  ----------------------------------------------------------------------------------------------- 
##                                        -------------------------Region-------------------------- 
##  Makro                                   Region  Region   Region         Region  Region   Total  
##                                            Norr     Syd Sydöstra Uppsala/Örebro    Väst          
##  ----------------------------------------------------------------------------------------------- 
##  CT med applicerade applikatorer              1       0        0              0       0       1  
##                                            25.0     0.0      0.0            0.0     0.0     2.3  
##                                                                                                  
##  CT utan applikatorer                         0       0        1              1       0       2  
##                                             0.0     0.0     14.3            5.3     0.0     4.7  
##                                                                                                  
##  MR med applikatorer                          2       0        0             18       0      20  
##                                            50.0     0.0      0.0           94.7     0.0    46.5  
##                                                                                                  
##  MR utan applikatorer                         1       0        5              0       0       6  
##                                            25.0     0.0     71.4            0.0     0.0    14.0  
##                                                                                                  
##  Röntgen med C-båge med applikatorer          0       2        0              0      10      12  
##                                             0.0   100.0      0.0            0.0    90.9    27.9  
##                                                                                                  
##  Röntgen med C-båge utan applikatorer         0       0        0              0       1       1  
##                                             0.0     0.0      0.0            0.0     9.1     2.3  
##                                                                                                  
##  Ultraljud utan applikatorer                  0       0        1              0       0       1  
##                                             0.0     0.0     14.3            0.0     0.0     2.3  
##                                                                                                  
##                                                                                                  
##  Total                                        4       2        7             19      11      43  
##                                           100.0   100.0    100.0          100.0   100.0   100.0  
##  -----------------------------------------------------------------------------------------------