病變積分計算表

一、積分計算

1 組織病變積分 (所有臟器)

不分豬隻同居及攻毒

Challenge	Group	n	Mean	SD	SE
N	F	12	30.17	2.82	0.81
N	G	9	25.44	4.45	1.48
N	H	12	26.08	0.79	0.23
N	J	27	20.59	5.98	1.15
Y	E	12	35.33	4.08	1.18
Y	F	12	29.08	1.73	0.50
Y	G	12	25.33	2.77	0.80
Y	H	12	29.42	2.94	0.85
Y	I	12	30.75	4.29	1.24

依照豬隻同居區分

Cohabitation	Group	n	Mean	SD	SE
EFGH	E	12	35.33	4.08	1.18
EFGH	F	12	30.17	2.82	0.81
EFGH	G	9	25.44	4.45	1.48
EFGH	H	12	26.08	0.79	0.23
FJ	F	12	29.08	1.73	0.50
FJ	J	9	21.67	3.71	1.24
GJ	G	12	25.33	2.77	0.80
GJ	J	9	25.11	5.93	1.98
HJ	H	12	29.42	2.94	0.85
HJ	J	9	15.00	2.83	0.94
I	I	12	30.75	4.29	1.24

Cohabitation 中 J 組病變分數 (總合所有臟器病變分數)

單獨比較 FJ、GJ、HJ 同居組中，各別 J 組的結果 (總合成果)

Cohabitation	n	Mean	SD	SE
FJ	9	21.67	3.71	1.24
GJ	9	25.11	5.93	1.98
HJ	9	15.00	2.83	0.94

順便做個統計，計算 J 組在不同同居組別中，病變分數是否有差異？

	Df	Sum Sq	Mean Sq	F value	Pr(>F)
Cohabitation	2	475.6	237.81	12.55	0.000186***
Residuals	24	454.9	18.95

Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘’ 1

post hoc test pairwise comparisons

	FJ	GJ
GJ	0.31877	-
HJ	0.01025*	0.00015*

結果就是和 H組同居的 J組未免疫豬隻，有顯著較低的病變

2 比較淋巴組織

(脾臟，四大淋巴結，Tonsil, ileocecal valve)

Cohabitation	Group	n	Mean	SD	SE
EFGH	E	12	18.50	2.15	0.62
EFGH	F	12	15.83	1.95	0.56
EFGH	G	9	13.44	2.13	0.71
EFGH	H	12	13.33	2.06	0.59
FJ	F	12	15.33	1.56	0.45
FJ	J	9	13.11	2.42	0.81
GJ	G	12	12.42	1.93	0.56
GJ	J	9	14.00	3.84	1.28
HJ	H	12	14.25	2.26	0.65
HJ	J	9	5.78	2.39	0.80
I	I	12	15.17	2.33	0.67

3 比較神經組織

(大腦、小腦)

Cohabitation	Group	n	Mean	SD	SE
EFGH	E	12	10.50	1.09	0.31
EFGH	F	12	8.33	0.49	0.14
EFGH	G	9	6.89	0.93	0.31
EFGH	H	12	7.42	1.56	0.45
FJ	F	12	7.92	0.29	0.08
FJ	J	9	4.67	1.50	0.50
GJ	G	12	6.83	0.83	0.24
GJ	J	9	5.78	1.92	0.64
HJ	H	12	8.83	1.19	0.34
HJ	J	9	4.89	2.03	0.68
I	I	12	8.67	1.15	0.33

二、統計分析

評比總合病變積分 (依照同居組別區分)

未免疫攻毒豬隻，與免疫豬隻同居 (測試受排毒豬隻影響)

-EFGH 所有臟器評分 ANOVA 結果 (p value)

	Df	Sum Sq	Mean Sq	F value	Pr(>F)
Group	3	701.8	233.92	22.02	1.18e-08***
Residuals	41	435.5	10.62

Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘’ 1

-EFGH 所有臟器評分 post hoc test 結果 (p value)

	E	F	G
F	0.0022	-	-
G	1.5e-07	0.0125	-
H	1.2e-07	0.0228	1.0000

P value adjustment method: bonferroni

免疫豬隻攻毒，與未免疫豬隻同居 (測試免疫豬隻受感染時，排毒的影響)

FJ 組 (F 免疫+攻毒 / J 未免疫)

FJ 同居組別 t-test 檢測結果，p-value = 0.0001926，達統計學上顯著差異

GJ 組 (G 免疫+攻毒 / J 未免疫)

GJ 同居組別 t-test 檢測結果，p-value = 0.9189，未達統計學上顯著差異

HJ 組 (H 免疫+攻毒 / J 未免疫)

HJ 同居組別 t-test 檢測結果，p-value = 1.417e-09，達統計學上顯著差異

評比淋巴組織

[淋巴組織]未免疫攻毒豬隻，與免疫豬隻同居 (測試受排毒豬隻影響)

-EFGH 淋巴臟器評分 ANOVA 結果

	Df	Sum Sq	Mean Sq	F value	Pr(>F)
Group	3	203.2	67.75	15.82	5.53e-07***
Residuals	41	175.6	4.28

Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘’ 1

-EFGH 淋巴臟器評分 post hoc test 結果 (p value)

	E	F	G
F	0.018	-	-
G	1.2e-05	0.074	-
H	1.8e-06	0.031	1.0000

P value adjustment method: bonferroni

[淋巴組織] 免疫豬隻攻毒，與未免疫豬隻同居 (測試免疫豬隻受感染時，排毒的影響)

[淋巴組織] FJ 組 (F 免疫+攻毒 / J 未免疫)

FJ 同居組別淋巴組織病變 t-test 檢測結果，p-value = 0.03196，達統計學上顯著差異

[淋巴組織] GJ 組 (G 免疫+攻毒 / J 未免疫)

GJ 同居組別淋巴組織病變 t-test 檢測結果，p-value = 0.2808，未達統計學上顯著差異

[淋巴組織] HJ 組 (H 免疫+攻毒 / J 未免疫)

HJ 同居組別淋巴組織病變 t-test 檢測結果，p-value = 2.628e-07，達統計學上顯著差異

[淋巴組織] 分析 FGHJ 同居中，不同欄位 J 組的淋巴組織病變程度

Cohabitation	n	Mean	SD	SE
FJ	9	13.11	2.42	0.81
GJ	9	14.00	3.84	1.28
HJ	9	5.78	2.39	0.80

[淋巴組織] 計算不同同居組別間，J 組淋巴組織病變統計學差異

J組淋巴組織病變程度 ANOVA 結果

	Df	Sum Sq	Mean Sq	F value	Pr(>F)
Cohabitation	2	366.5	183.26	20.9	5.54e-06***
Residuals	24	210.4	8.77

Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘’ 1

post hoc test pairwise comparisons

	FJ	GJ
GJ	1	-
HJ	6.6e-05*	1.3e-05*

結果：與 H 組同居的J組未免疫豬隻，有較低的病變程度，並達統計學上顯著差異

評比神經組織

[神經組織] 未免疫攻毒豬隻，與免疫豬隻同居 (測試受排毒豬隻影響)

-EFGH 神經組織評分 ANOVA 結果

	Df	Sum Sq	Mean Sq	F value	Pr(>F)
Group	3	85.11	28.369	23.51	5.16e-09***
Residuals	41	49.47	1.207

Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘’ 1

-EFGH 神經組織評分 post hoc test 結果 (p value)

	E	F	G
F	0.00012*	-	-
G	2.3e-08*	0.02881*	-
H	1.5e-07*	0.28443	1.0000

P value adjustment method: bonferroni

[神經組織] 免疫豬隻攻毒，與未免疫豬隻同居 (測試免疫豬隻受感染時，排毒的影響)

[神經組織] FJ 組 (F 免疫+攻毒 / J 未免疫)

FJ 同居組別神經組織病變 t-test 檢測結果，p-value = 0.0001633，達統計學上顯著差異

[神經組織] GJ 組 (G 免疫+攻毒 / J 未免疫)

GJ 同居組別神經組織病變 t-test 檢測結果，p-value = 0.1533，未達統計學上顯著差異

[神經組織]HJ 組 (H 免疫+攻毒 / J 未免疫)

HJ 同居組別神經組織病變 t-test 檢測結果，p-value = 0.0002159，達統計學上顯著差異

[神經組織] 計算不同同居組別間，J 組神經組織病變統計學差異

Cohabitation	n	Mean	SD	SE
FJ	9	4.67	1.50	0.50
GJ	9	5.78	1.92	0.64
HJ	9	4.89	2.03	0.68

進行統計分析，不同同居組別中，J 組神經組織病變程度有無統計學上差異

J組神經組織病變程度 ANOVA 結果

	Df	Sum Sq	Mean Sq	F value	Pr(>F)
Cohabitation	2	6.22	3.111	0.928	0.409
Residuals	24	80.44	3.352

結果顯示，未免疫豬隻 J 組，在不同同居組別中，神經組織病變程度，未達統計學上顯著差異。

三、小結

總合各組積分，免疫兩次的組別，都有較低的病變分數，推測代表提供較好的保護效力 (兩種疫苗都是)
與未免疫而攻毒豬隻 (E組) 同居試驗中，G組及H組在所有臟器病變評分上無顯著差異(淋巴臟器及神經組織結果相同)，並優於F組 (免疫一次)。
而在免疫豬隻攻毒 - 與未免疫豬隻(J組，分三組同居)同居感染試驗中，在總合積分及淋巴病變上與 H 組同居的 J 組豬隻顯著有較輕微的病變，神經病變方面則無差異。
比較 F、G、H 三組病變分數，H組雖然有較高的病變分數，但是與其相同居的未免疫豬隻則有較輕微的病變，推測 H組豬隻體內免疫反應較強烈，能有效抑制攻毒的病毒排毒！

預先做 IHC 的豬隻資料

Group	EarTag	MeanScore	SDScore	MeanLN	SDLN	MeanNerve	SDNerve
E	1	39.00	1.00	20.00	0.00	10.33	0.58
E	2	38.33	0.58	19.33	0.58	12.00	0.00
E	3	34.67	1.15	19.67	0.58	10.00	1.00
E	4	29.33	0.58	15.00	0.00	9.67	0.58
H	201	32.00	1.00	15.00	1.73	8.00	0.00
H	202	29.33	4.04	14.00	3.46	9.00	1.00
H	203	26.00	1.00	12.00	0.00	8.00	1.00
H	204	30.33	0.58	16.00	0.00	10.33	0.58

MicroScore

Lazyworm

2018/1/31

病變積分計算表

一、積分計算

1 組織病變積分 (所有臟器)

不分豬隻同居及攻毒

依照豬隻同居區分

Cohabitation 中 J 組病變分數 (總合所有臟器病變分數)

2 比較淋巴組織

3 比較神經組織

二、統計分析

評比總合病變積分 (依照同居組別區分)

未免疫攻毒豬隻，與免疫豬隻同居 (測試受排毒豬隻影響)

免疫豬隻攻毒，與未免疫豬隻同居 (測試免疫豬隻受感染時，排毒的影響)

FJ 組 (F 免疫+攻毒 / J 未免疫)

GJ 組 (G 免疫+攻毒 / J 未免疫)

HJ 組 (H 免疫+攻毒 / J 未免疫)

評比淋巴組織

[淋巴組織]未免疫攻毒豬隻，與免疫豬隻同居 (測試受排毒豬隻影響)

[淋巴組織] 免疫豬隻攻毒，與未免疫豬隻同居 (測試免疫豬隻受感染時，排毒的影響)

[淋巴組織] FJ 組 (F 免疫+攻毒 / J 未免疫)

[淋巴組織] GJ 組 (G 免疫+攻毒 / J 未免疫)

[淋巴組織] HJ 組 (H 免疫+攻毒 / J 未免疫)

[淋巴組織] 分析 FGHJ 同居中，不同欄位 J 組的淋巴組織病變程度

[淋巴組織] 計算不同同居組別間，J 組淋巴組織病變統計學差異

評比神經組織

[神經組織] 未免疫攻毒豬隻，與免疫豬隻同居 (測試受排毒豬隻影響)

[神經組織] 免疫豬隻攻毒，與未免疫豬隻同居 (測試免疫豬隻受感染時，排毒的影響)

[神經組織] FJ 組 (F 免疫+攻毒 / J 未免疫)

[神經組織] GJ 組 (G 免疫+攻毒 / J 未免疫)

[神經組織]HJ 組 (H 免疫+攻毒 / J 未免疫)

[神經組織] 計算不同同居組別間，J 組神經組織病變統計學差異

三、小結

預先做 IHC 的豬隻資料