PCA for DTI Data
Load Datasets & Packages
##
## Attaching package: 'psych'
## The following object is masked from 'package:Hmisc':
##
## describe
## The following objects are masked from 'package:ggplot2':
##
## %+%, alpha
## The following object is masked from 'package:car':
##
## logit
All factors - No Rotation
DTIPCA<-principal(DTI,nfactors=34,rotate="none")
principal(r=DTI,nfactors=34,rotate="none")
## Principal Components Analysis
## Call: principal(r = DTI, nfactors = 34, rotate = "none")
## Standardized loadings (pattern matrix) based upon correlation matrix
## PC1 PC2 PC3 PC4 PC5 PC6 PC7 PC8 PC9 PC10
## SCP_L_FA 0.64 0.00 0.52 -0.11 0.25 0.24 0.24 0.07 0.05 0.00
## SCP_R_FA 0.52 0.05 0.55 -0.12 0.24 0.33 0.37 -0.01 0.02 0.08
## PTR_L_FA 0.68 -0.04 -0.06 -0.13 0.43 -0.19 -0.18 0.17 0.21 0.00
## PTR_R_FA 0.74 -0.05 -0.10 -0.02 0.34 -0.06 -0.18 0.20 0.10 -0.17
## RLIC_L_FA 0.76 0.10 -0.30 0.11 0.07 0.20 -0.06 0.05 -0.15 0.19
## RLIC_R_FA 0.69 0.17 -0.29 0.20 0.18 0.29 -0.10 0.02 -0.15 -0.11
## SS_L_FA 0.74 -0.08 -0.22 0.22 0.15 0.08 0.03 0.17 -0.13 0.15
## SS_R_FA 0.74 -0.03 -0.22 0.19 0.12 0.15 -0.03 -0.02 0.02 -0.21
## ALIC_R 0.77 -0.01 0.19 -0.08 -0.23 0.02 -0.17 0.13 0.07 -0.16
## PLIC_R 0.67 0.47 0.19 -0.13 -0.14 0.25 -0.23 -0.05 -0.06 -0.10
## ALIC_L 0.73 0.01 0.23 -0.02 -0.15 0.07 -0.38 0.06 0.03 0.16
## PLIC_L 0.68 0.42 0.17 -0.08 -0.11 0.20 -0.24 -0.01 -0.15 0.12
## SCR_L_FA 0.60 0.50 -0.20 -0.36 -0.19 0.00 0.12 -0.06 0.05 0.14
## PCR_L_FA 0.60 0.43 -0.31 -0.23 -0.04 -0.18 0.26 -0.04 0.04 0.00
## CGC_L_FA 0.69 0.11 0.01 0.27 -0.30 -0.08 0.23 0.33 0.02 -0.05
## CGH_L_FA 0.60 -0.23 -0.33 0.13 0.08 0.18 0.20 -0.19 0.31 -0.01
## Fx.ST_L_FA 0.66 -0.48 -0.15 -0.13 -0.04 0.10 0.01 0.17 0.25 0.22
## SLF_L_FA 0.64 0.38 0.03 0.25 0.15 -0.26 0.06 0.03 -0.01 0.23
## SCR_R_FA 0.66 0.49 -0.14 -0.36 -0.08 -0.04 0.06 -0.03 0.04 0.02
## PCR_R_FA 0.64 0.46 -0.24 -0.17 0.07 -0.17 0.08 -0.02 -0.02 -0.14
## CGC_R_FA 0.63 0.05 0.11 0.35 -0.33 -0.06 0.20 0.37 -0.10 -0.11
## CGH_R_FA 0.66 -0.08 -0.25 0.24 -0.19 0.32 0.07 -0.27 0.03 -0.17
## Fx.ST_R_FA 0.64 -0.44 -0.20 -0.17 -0.18 0.07 -0.06 0.15 0.16 0.10
## SLF_R_FA 0.67 0.37 0.13 0.20 0.31 -0.17 -0.02 -0.03 -0.08 -0.06
## EC_R_FA 0.67 0.15 0.30 0.14 -0.12 -0.15 -0.09 -0.11 0.35 -0.31
## EC_L_FA 0.73 0.08 0.12 0.15 -0.12 -0.06 -0.08 -0.17 0.28 0.24
## IFO_L_FA 0.70 -0.12 0.05 0.41 -0.03 -0.17 -0.06 -0.20 -0.12 0.18
## IFO_R_FA 0.70 -0.11 0.21 0.27 -0.04 -0.21 0.08 -0.24 0.02 0.08
## GCC_R_FA 0.85 -0.24 0.07 -0.13 0.02 -0.09 -0.01 -0.07 -0.12 -0.01
## BCC_R_FA 0.79 -0.38 0.07 -0.25 -0.06 -0.11 0.09 -0.02 -0.16 -0.02
## SCC_R_FA 0.84 -0.32 0.00 -0.09 -0.02 -0.09 0.04 -0.10 -0.17 -0.10
## GCC_L_FA 0.86 -0.30 0.07 -0.12 0.01 -0.07 -0.07 -0.06 -0.10 -0.01
## BCC_L_FA 0.80 -0.39 0.05 -0.24 -0.04 -0.12 0.01 -0.06 -0.14 -0.03
## SCC_L_FA 0.80 -0.38 -0.02 -0.13 0.00 -0.07 0.03 -0.10 -0.17 -0.12
## PC11 PC12 PC13 PC14 PC15 PC16 PC17 PC18 PC19 PC20
## SCP_L_FA 0.10 -0.04 0.04 -0.03 -0.02 0.01 0.03 0.01 -0.05 -0.03
## SCP_R_FA 0.09 0.07 -0.03 0.00 0.03 0.06 0.00 -0.02 0.10 0.02
## PTR_L_FA -0.11 0.21 0.05 -0.12 0.02 -0.18 -0.04 0.02 0.09 -0.06
## PTR_R_FA -0.06 0.10 -0.03 -0.07 0.13 0.14 0.26 -0.08 0.00 -0.05
## RLIC_L_FA 0.13 0.13 0.09 -0.01 -0.04 -0.13 -0.16 -0.02 -0.01 0.08
## RLIC_R_FA 0.14 0.10 0.11 -0.12 0.01 0.05 -0.24 -0.09 -0.16 -0.07
## SS_L_FA -0.01 -0.08 -0.18 -0.10 -0.24 -0.12 0.11 0.14 0.11 0.13
## SS_R_FA -0.01 -0.28 -0.23 -0.18 -0.09 0.20 0.03 0.07 -0.04 -0.03
## ALIC_R 0.16 -0.04 0.20 0.04 -0.30 -0.02 -0.01 0.04 0.09 0.01
## PLIC_R -0.09 -0.05 -0.11 0.04 0.10 -0.05 0.04 0.07 0.01 -0.01
## ALIC_L 0.06 0.05 0.20 0.08 -0.09 0.21 0.11 -0.06 0.00 -0.10
## PLIC_L -0.16 0.12 -0.12 0.09 0.07 -0.14 0.10 0.12 -0.06 0.08
## SCR_L_FA -0.11 -0.08 0.02 -0.19 0.01 0.09 0.05 -0.02 -0.09 -0.01
## PCR_L_FA 0.23 0.15 0.02 -0.03 -0.13 0.00 0.17 -0.04 -0.09 0.00
## CGC_L_FA -0.17 0.09 -0.05 0.04 -0.03 -0.01 -0.10 0.09 0.13 -0.24
## CGH_L_FA -0.28 0.09 0.20 0.21 -0.10 0.09 0.03 0.10 -0.05 0.11
## Fx.ST_L_FA 0.06 -0.13 -0.01 0.11 0.12 -0.03 -0.04 0.06 -0.11 0.02
## SLF_L_FA 0.08 -0.23 -0.04 0.22 -0.10 -0.12 0.10 -0.12 -0.13 -0.13
## SCR_R_FA -0.11 -0.12 0.13 -0.08 0.02 0.09 -0.14 0.12 0.08 -0.07
## PCR_R_FA 0.19 0.07 -0.07 0.17 0.17 0.04 -0.01 0.01 0.19 0.14
## CGC_R_FA -0.09 0.08 0.07 -0.05 0.16 0.05 0.05 -0.11 -0.13 0.19
## CGH_R_FA 0.00 -0.03 0.05 0.04 0.07 -0.20 0.16 -0.21 0.17 -0.12
## Fx.ST_R_FA 0.22 -0.19 -0.06 0.03 0.25 -0.03 -0.04 0.01 0.08 -0.01
## SLF_R_FA -0.14 -0.24 0.10 0.19 0.10 0.03 -0.15 -0.05 0.05 0.03
## EC_R_FA 0.15 -0.01 -0.09 -0.02 -0.08 -0.12 -0.10 0.05 -0.10 0.14
## EC_L_FA -0.09 0.17 -0.31 -0.05 -0.04 0.08 -0.15 -0.20 0.01 0.00
## IFO_L_FA 0.14 0.07 0.04 -0.02 0.06 0.26 0.03 0.12 0.15 0.07
## IFO_R_FA 0.04 -0.01 0.18 -0.31 0.18 -0.15 0.06 0.15 -0.04 -0.08
## GCC_R_FA -0.10 -0.11 0.09 -0.03 -0.03 -0.09 0.01 -0.03 0.03 0.07
## BCC_R_FA -0.08 0.02 -0.06 -0.06 -0.12 -0.01 -0.10 -0.12 0.09 0.02
## SCC_R_FA 0.03 0.13 -0.11 0.16 0.00 0.02 -0.02 0.13 -0.10 -0.12
## GCC_L_FA -0.10 -0.11 0.08 -0.01 0.03 -0.03 0.02 -0.07 -0.07 0.11
## BCC_L_FA -0.09 -0.02 -0.03 -0.05 -0.05 0.03 -0.02 -0.17 0.02 0.04
## SCC_L_FA 0.04 0.12 -0.11 0.15 0.04 0.01 -0.01 0.11 -0.14 -0.11
## PC21 PC22 PC23 PC24 PC25 PC26 PC27 PC28 PC29 PC30
## SCP_L_FA -0.12 -0.03 0.00 -0.19 -0.04 -0.10 0.00 0.15 -0.11 0.04
## SCP_R_FA 0.07 0.04 -0.02 0.17 0.03 0.08 -0.03 -0.10 0.10 -0.02
## PTR_L_FA 0.12 0.08 -0.15 -0.07 0.01 0.01 -0.06 0.00 0.04 0.08
## PTR_R_FA -0.16 0.07 0.15 0.08 -0.01 -0.01 0.06 -0.02 -0.02 -0.08
## RLIC_L_FA -0.22 0.05 0.05 0.01 -0.19 0.10 -0.03 -0.09 -0.06 0.04
## RLIC_R_FA 0.10 -0.04 0.00 0.06 0.13 -0.06 0.08 0.10 0.05 -0.04
## SS_L_FA 0.11 -0.05 0.10 0.07 0.11 -0.10 -0.05 0.00 -0.08 0.01
## SS_R_FA 0.01 -0.07 -0.11 -0.08 -0.12 0.12 -0.03 -0.03 0.07 0.03
## ALIC_R 0.03 0.09 -0.01 -0.05 -0.11 -0.13 0.01 -0.03 0.10 -0.11
## PLIC_R 0.08 0.06 -0.06 0.04 -0.04 -0.07 0.21 -0.10 -0.10 0.07
## ALIC_L 0.08 -0.20 0.02 0.05 0.02 0.08 -0.09 -0.02 -0.05 0.08
## PLIC_L -0.01 -0.01 0.00 -0.09 0.03 0.14 -0.03 0.12 0.09 -0.10
## SCR_L_FA -0.06 0.08 0.07 0.06 -0.03 -0.08 -0.10 0.03 0.06 0.01
## PCR_L_FA 0.04 -0.05 -0.12 -0.09 0.09 0.10 0.06 -0.07 -0.09 -0.07
## CGC_L_FA -0.13 -0.10 0.00 0.04 0.03 0.06 0.05 0.05 0.00 0.01
## CGH_L_FA 0.07 0.01 -0.02 0.06 -0.08 0.01 0.05 0.06 -0.03 -0.01
## Fx.ST_L_FA -0.02 -0.06 0.12 -0.15 0.11 0.00 0.09 -0.11 0.10 0.02
## SLF_L_FA 0.03 0.10 -0.02 0.08 -0.06 0.00 0.06 0.06 0.07 0.06
## SCR_R_FA 0.00 0.10 0.04 -0.02 0.08 0.00 -0.04 -0.02 -0.03 0.04
## PCR_R_FA 0.02 -0.21 0.05 0.00 -0.09 -0.08 0.01 0.06 0.08 0.06
## CGC_R_FA 0.10 0.06 -0.05 -0.04 -0.03 -0.04 -0.05 -0.04 0.00 0.03
## CGH_R_FA -0.01 0.04 0.03 -0.08 0.08 -0.01 -0.08 -0.02 0.02 0.03
## Fx.ST_R_FA 0.07 0.08 -0.11 0.11 -0.04 0.04 -0.04 0.11 -0.10 -0.09
## SLF_R_FA 0.06 -0.02 0.05 -0.07 0.03 0.03 -0.08 -0.08 -0.08 -0.12
## EC_R_FA -0.08 0.04 0.09 0.09 0.10 0.10 -0.03 0.03 -0.03 0.05
## EC_L_FA -0.01 -0.05 -0.04 -0.03 -0.04 -0.12 -0.02 -0.04 -0.02 -0.07
## IFO_L_FA -0.08 0.19 -0.05 -0.07 0.10 0.01 0.06 0.04 0.02 0.04
## IFO_R_FA 0.10 -0.13 0.07 0.02 -0.11 0.00 0.04 -0.02 0.01 -0.05
## GCC_R_FA -0.21 -0.12 -0.17 0.09 0.07 -0.04 0.04 -0.03 0.04 -0.03
## BCC_R_FA 0.06 0.02 0.07 -0.04 -0.03 0.10 0.10 0.02 -0.02 -0.02
## SCC_R_FA 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 -0.06 -0.09 -0.02 -0.02 -0.04
## GCC_L_FA -0.10 -0.07 -0.10 0.05 0.07 -0.05 -0.03 0.01 0.01 0.04
## BCC_L_FA 0.12 0.04 0.12 -0.02 -0.04 0.08 0.04 0.07 0.00 0.05
## SCC_L_FA 0.03 0.06 0.01 0.01 -0.02 -0.05 -0.08 -0.05 0.01 0.04
## PC31 PC32 PC33 PC34 h2 u2 com
## SCP_L_FA 0.00 0.02 0.01 0.00 1 4.4e-16 3.9
## SCP_R_FA 0.01 -0.02 0.00 -0.01 1 -8.2e-15 4.9
## PTR_L_FA 0.04 0.03 -0.02 0.00 1 2.0e-15 3.8
## PTR_R_FA -0.04 -0.02 0.00 0.00 1 2.2e-16 3.1
## RLIC_L_FA 0.01 -0.01 0.00 -0.01 1 1.9e-15 2.9
## RLIC_R_FA 0.00 0.01 0.00 0.00 1 5.6e-16 4.0
## SS_L_FA -0.01 0.00 0.01 0.00 1 -2.2e-16 3.1
## SS_R_FA -0.01 0.00 -0.01 0.00 1 6.7e-16 3.1
## ALIC_R 0.02 -0.03 0.01 0.00 1 -6.7e-16 2.7
## PLIC_R 0.05 0.01 -0.01 -0.01 1 1.0e-15 3.9
## ALIC_L -0.01 0.03 0.00 0.01 1 2.2e-16 3.1
## PLIC_L -0.02 -0.01 0.01 0.00 1 2.2e-16 4.0
## SCR_L_FA 0.14 0.08 -0.02 0.02 1 7.8e-16 4.6
## PCR_L_FA 0.03 -0.02 0.01 -0.01 1 1.8e-15 5.3
## CGC_L_FA 0.08 -0.03 0.01 0.00 1 5.6e-16 3.8
## CGH_L_FA -0.01 0.01 0.00 0.00 1 -6.7e-16 5.8
## Fx.ST_L_FA 0.01 0.01 -0.01 -0.01 1 1.7e-15 4.0
## SLF_L_FA -0.06 0.00 -0.01 0.00 1 0.0e+00 4.8
## SCR_R_FA -0.19 -0.06 0.01 -0.01 1 3.3e-16 3.7
## PCR_R_FA -0.01 0.00 -0.01 0.00 1 1.3e-15 4.5
## CGC_R_FA -0.07 0.02 0.00 0.00 1 -4.4e-16 4.7
## CGH_R_FA -0.01 0.01 -0.01 0.00 1 7.8e-16 4.4
## Fx.ST_R_FA 0.01 0.01 0.01 0.00 1 1.8e-15 4.5
## SLF_R_FA 0.09 0.03 0.01 0.01 1 4.4e-16 4.2
## EC_R_FA 0.01 0.02 0.00 0.00 1 -2.0e-15 4.2
## EC_L_FA -0.04 -0.03 0.02 0.00 1 -6.7e-16 3.3
## IFO_L_FA 0.04 0.02 0.00 0.00 1 1.2e-15 3.6
## IFO_R_FA -0.02 -0.02 0.00 0.00 1 4.4e-16 3.8
## GCC_R_FA -0.07 0.11 0.05 -0.03 1 4.4e-16 1.9
## BCC_R_FA -0.05 0.06 -0.07 0.09 1 4.4e-16 2.4
## SCC_R_FA -0.03 0.04 -0.11 -0.07 1 2.2e-16 2.0
## GCC_L_FA 0.07 -0.17 -0.06 0.03 1 -6.7e-16 1.8
## BCC_L_FA 0.06 -0.03 0.06 -0.10 1 0.0e+00 2.3
## SCC_L_FA 0.01 -0.01 0.11 0.07 1 6.7e-16 2.3
##
## PC1 PC2 PC3 PC4 PC5 PC6 PC7 PC8 PC9 PC10
## SS loadings 16.86 2.86 1.66 1.42 1.09 0.94 0.84 0.72 0.70 0.64
## Proportion Var 0.50 0.08 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02
## Cumulative Var 0.50 0.58 0.63 0.67 0.70 0.73 0.75 0.78 0.80 0.82
## Proportion Explained 0.50 0.08 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02
## Cumulative Proportion 0.50 0.58 0.63 0.67 0.70 0.73 0.75 0.78 0.80 0.82
## PC11 PC12 PC13 PC14 PC15 PC16 PC17 PC18 PC19 PC20
## SS loadings 0.53 0.51 0.49 0.47 0.45 0.41 0.37 0.33 0.31 0.30
## Proportion Var 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
## Cumulative Var 0.83 0.85 0.86 0.87 0.89 0.90 0.91 0.92 0.93 0.94
## Proportion Explained 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
## Cumulative Proportion 0.83 0.85 0.86 0.87 0.89 0.90 0.91 0.92 0.93 0.94
## PC21 PC22 PC23 PC24 PC25 PC26 PC27 PC28 PC29 PC30
## SS loadings 0.28 0.26 0.21 0.20 0.20 0.18 0.15 0.14 0.13 0.11
## Proportion Var 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
## Cumulative Var 0.95 0.95 0.96 0.97 0.97 0.98 0.98 0.99 0.99 0.99
## Proportion Explained 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
## Cumulative Proportion 0.95 0.95 0.96 0.97 0.97 0.98 0.98 0.99 0.99 0.99
## PC31 PC32 PC33 PC34
## SS loadings 0.1 0.07 0.04 0.03
## Proportion Var 0.0 0.00 0.00 0.00
## Cumulative Var 1.0 1.00 1.00 1.00
## Proportion Explained 0.0 0.00 0.00 0.00
## Cumulative Proportion 1.0 1.00 1.00 1.00
##
## Mean item complexity = 3.7
## Test of the hypothesis that 34 components are sufficient.
##
## The root mean square of the residuals (RMSR) is 0
## with the empirical chi square 0 with prob < NA
##
## Fit based upon off diagonal values = 1
Eigen Values
ev <- eigen(cor(DTI))
ev$values
## [1] 16.85954240793 2.86325109264 1.65809604997 1.42105320580
## [5] 1.08699423142 0.93804897162 0.83973712254 0.71675063572
## [9] 0.70071433845 0.64448455168 0.52728946974 0.51447143204
## [13] 0.48743649524 0.47157880997 0.44718473171 0.40803499235
## [17] 0.36700948990 0.32957655374 0.31237310412 0.29890869523
## [21] 0.28482897678 0.25831124343 0.20829607102 0.20355726575
## [25] 0.19540124802 0.18278799341 0.15415449693 0.14235141860
## [29] 0.12832101236 0.11038478593 0.10305290014 0.06613615000
## [33] 0.04023182973 0.02964822607
Rotation to Final Solution: 5 Factors
DTIPCA.r<-principal(DTI,nfactors=5,rotate="promax",scores=T)
principal(r=DTI,nfactors=5,rotate="promax",scores=T)
## Principal Components Analysis
## Call: principal(r = DTI, nfactors = 5, rotate = "promax", scores = T)
## Standardized loadings (pattern matrix) based upon correlation matrix
## RC1 RC4 RC5 RC2 RC3 h2 u2 com
## SCP_L_FA 0.21 -0.03 0.03 -0.10 0.82 0.76 0.24 1.2
## SCP_R_FA 0.12 -0.05 -0.03 -0.09 0.83 0.65 0.35 1.1
## PTR_L_FA 0.30 -0.42 0.60 0.06 0.37 0.67 0.33 3.1
## PTR_R_FA 0.27 -0.23 0.62 0.03 0.25 0.68 0.32 2.1
## RLIC_L_FA 0.11 0.14 0.58 0.23 -0.16 0.69 0.31 1.7
## RLIC_R_FA -0.08 0.11 0.74 0.14 -0.09 0.66 0.34 1.2
## SS_L_FA 0.17 0.19 0.64 -0.08 -0.05 0.68 0.32 1.4
## SS_R_FA 0.14 0.19 0.61 -0.01 -0.06 0.65 0.35 1.3
## ALIC_R 0.40 0.42 -0.20 0.22 0.15 0.69 0.31 3.3
## PLIC_R -0.09 0.29 -0.10 0.58 0.25 0.73 0.27 2.0
## ALIC_L 0.30 0.40 -0.11 0.13 0.24 0.61 0.39 3.0
## PLIC_L -0.08 0.30 -0.03 0.51 0.23 0.68 0.32 2.2
## SCR_L_FA 0.10 -0.03 -0.06 0.98 -0.15 0.82 0.18 1.1
## PCR_L_FA 0.04 -0.10 0.24 0.81 -0.18 0.70 0.30 1.3
## CGC_L_FA 0.01 0.78 0.06 0.10 -0.15 0.65 0.35 1.1
## CGH_L_FA 0.36 0.08 0.53 -0.08 -0.23 0.55 0.45 2.3
## Fx.ST_L_FA 0.84 -0.02 0.10 -0.06 -0.09 0.70 0.30 1.1
## SLF_L_FA -0.38 0.32 0.54 0.13 0.20 0.64 0.36 3.0
## SCR_R_FA 0.10 -0.11 0.03 0.91 0.01 0.83 0.17 1.1
## PCR_R_FA -0.06 -0.11 0.37 0.70 -0.03 0.71 0.29 1.6
## CGC_R_FA -0.01 0.91 -0.02 -0.06 -0.10 0.65 0.35 1.0
## CGH_R_FA 0.21 0.52 0.30 0.04 -0.35 0.60 0.40 2.9
## Fx.ST_R_FA 0.87 0.07 -0.05 0.08 -0.23 0.71 0.29 1.2
## SLF_R_FA -0.37 0.14 0.62 0.07 0.44 0.75 0.25 2.7
## EC_R_FA -0.01 0.56 -0.03 0.05 0.29 0.59 0.41 1.5
## EC_L_FA 0.09 0.51 0.11 0.07 0.12 0.59 0.41 1.3
## IFO_L_FA 0.05 0.64 0.38 -0.32 0.04 0.67 0.33 2.2
## IFO_R_FA 0.14 0.55 0.18 -0.26 0.22 0.62 0.38 2.2
## GCC_R_FA 0.65 0.06 0.10 0.06 0.21 0.80 0.20 1.3
## BCC_R_FA 0.88 -0.01 -0.10 0.07 0.17 0.84 0.16 1.1
## SCC_R_FA 0.70 0.11 0.12 0.00 0.10 0.81 0.19 1.2
## GCC_L_FA 0.70 0.08 0.09 0.00 0.20 0.85 0.15 1.2
## BCC_L_FA 0.88 -0.02 -0.06 0.05 0.16 0.85 0.15 1.1
## SCC_L_FA 0.78 0.02 0.10 -0.03 0.10 0.81 0.19 1.1
##
## RC1 RC4 RC5 RC2 RC3
## SS loadings 6.90 4.73 5.04 4.19 3.02
## Proportion Var 0.20 0.14 0.15 0.12 0.09
## Cumulative Var 0.20 0.34 0.49 0.61 0.70
## Proportion Explained 0.29 0.20 0.21 0.18 0.13
## Cumulative Proportion 0.29 0.49 0.70 0.87 1.00
##
## With component correlations of
## RC1 RC4 RC5 RC2 RC3
## RC1 1.00 0.59 0.61 0.37 0.40
## RC4 0.59 1.00 0.63 0.57 0.56
## RC5 0.61 0.63 1.00 0.54 0.42
## RC2 0.37 0.57 0.54 1.00 0.51
## RC3 0.40 0.56 0.42 0.51 1.00
##
## Mean item complexity = 1.7
## Test of the hypothesis that 5 components are sufficient.
##
## The root mean square of the residuals (RMSR) is 0.04
## with the empirical chi square 496.1 with prob < 0.00082
##
## Fit based upon off diagonal values = 0.99
Rotation to Final Solution: 4 Factors
DTIPCA.r<-principal(DTI,nfactors=4,rotate="promax",scores=T)
principal(r=DTI,nfactors=4,rotate="promax",scores=T)
## Principal Components Analysis
## Call: principal(r = DTI, nfactors = 4, rotate = "promax", scores = T)
## Standardized loadings (pattern matrix) based upon correlation matrix
## RC4 RC1 RC2 RC3 h2 u2 com
## SCP_L_FA -0.11 0.26 -0.04 0.79 0.69 0.31 1.3
## SCP_R_FA -0.18 0.16 -0.03 0.81 0.59 0.41 1.2
## PTR_L_FA 0.10 0.42 0.25 0.10 0.49 0.51 1.9
## PTR_R_FA 0.29 0.37 0.18 0.04 0.56 0.44 2.4
## RLIC_L_FA 0.60 0.15 0.30 -0.20 0.69 0.31 1.9
## RLIC_R_FA 0.72 -0.01 0.26 -0.21 0.63 0.37 1.4
## SS_L_FA 0.71 0.22 0.00 -0.14 0.65 0.35 1.3
## SS_R_FA 0.67 0.19 0.07 -0.13 0.63 0.37 1.3
## ALIC_R 0.11 0.34 0.12 0.41 0.64 0.36 2.3
## PLIC_R 0.05 -0.13 0.54 0.46 0.72 0.28 2.1
## ALIC_L 0.17 0.26 0.06 0.45 0.59 0.41 2.0
## PLIC_L 0.12 -0.11 0.48 0.43 0.67 0.33 2.2
## SCR_L_FA -0.17 0.05 0.96 0.02 0.78 0.22 1.1
## PCR_L_FA 0.05 0.04 0.85 -0.14 0.70 0.30 1.1
## CGC_L_FA 0.70 -0.05 0.00 0.14 0.57 0.43 1.1
## CGH_L_FA 0.55 0.40 -0.02 -0.31 0.54 0.46 2.5
## Fx.ST_L_FA 0.07 0.85 -0.07 -0.08 0.70 0.30 1.0
## SLF_L_FA 0.68 -0.33 0.22 0.19 0.62 0.38 1.9
## SCR_R_FA -0.18 0.08 0.93 0.11 0.82 0.18 1.1
## PCR_R_FA 0.15 -0.04 0.78 -0.05 0.70 0.30 1.1
## CGC_R_FA 0.75 -0.09 -0.19 0.23 0.54 0.46 1.4
## CGH_R_FA 0.72 0.19 -0.01 -0.20 0.57 0.43 1.3
## Fx.ST_R_FA 0.02 0.85 0.02 -0.13 0.67 0.33 1.0
## SLF_R_FA 0.57 -0.29 0.21 0.33 0.65 0.35 2.5
## EC_R_FA 0.38 -0.04 -0.01 0.51 0.58 0.42 1.9
## EC_L_FA 0.48 0.06 0.02 0.30 0.58 0.42 1.7
## IFO_L_FA 0.87 0.06 -0.34 0.14 0.67 0.33 1.4
## IFO_R_FA 0.60 0.13 -0.29 0.35 0.61 0.39 2.3
## GCC_R_FA 0.08 0.66 0.06 0.26 0.80 0.20 1.3
## BCC_R_FA -0.15 0.87 0.03 0.25 0.84 0.16 1.2
## SCC_R_FA 0.16 0.71 -0.01 0.16 0.81 0.19 1.2
## GCC_L_FA 0.10 0.72 0.00 0.25 0.85 0.15 1.3
## BCC_L_FA -0.12 0.88 0.03 0.23 0.85 0.15 1.2
## SCC_L_FA 0.08 0.80 -0.03 0.12 0.81 0.19 1.1
##
## RC4 RC1 RC2 RC3
## SS loadings 7.08 7.09 4.48 4.15
## Proportion Var 0.21 0.21 0.13 0.12
## Cumulative Var 0.21 0.42 0.55 0.67
## Proportion Explained 0.31 0.31 0.20 0.18
## Cumulative Proportion 0.31 0.62 0.82 1.00
##
## With component correlations of
## RC4 RC1 RC2 RC3
## RC4 1.00 0.66 0.64 0.57
## RC1 0.66 1.00 0.42 0.41
## RC2 0.64 0.42 1.00 0.49
## RC3 0.57 0.41 0.49 1.00
##
## Mean item complexity = 1.6
## Test of the hypothesis that 4 components are sufficient.
##
## The root mean square of the residuals (RMSR) is 0.05
## with the empirical chi square 595.72 with prob < 2.3e-07
##
## Fit based upon off diagonal values = 0.99
Rotation to Final Solution: 6 Factors
DTIPCA.r<-principal(DTI,nfactors=6,rotate="promax",scores=T)
principal(r=DTI,nfactors=6,rotate="promax",scores=T)
## Principal Components Analysis
## Call: principal(r = DTI, nfactors = 6, rotate = "promax", scores = T)
## Standardized loadings (pattern matrix) based upon correlation matrix
## RC1 RC4 RC2 RC6 RC3 RC5 h2 u2 com
## SCP_L_FA 0.15 -0.09 -0.16 0.00 0.89 0.16 0.82 0.18 1.2
## SCP_R_FA 0.03 -0.17 -0.17 0.04 0.98 0.10 0.76 0.24 1.1
## PTR_L_FA 0.40 -0.22 0.11 0.03 0.11 0.59 0.71 0.29 2.2
## PTR_R_FA 0.31 -0.13 0.05 0.25 0.12 0.46 0.68 0.32 2.8
## RLIC_L_FA 0.00 -0.01 0.20 0.68 0.01 0.09 0.73 0.27 1.2
## RLIC_R_FA -0.23 -0.06 0.10 0.84 0.13 0.16 0.74 0.26 1.3
## SS_L_FA 0.11 0.15 -0.09 0.58 -0.02 0.21 0.68 0.32 1.6
## SS_R_FA 0.05 0.09 -0.03 0.63 0.04 0.15 0.67 0.33 1.2
## ALIC_R 0.40 0.38 0.20 -0.07 0.16 -0.13 0.69 0.31 3.2
## PLIC_R -0.18 0.12 0.52 0.13 0.45 -0.12 0.80 0.20 2.6
## ALIC_L 0.28 0.34 0.10 0.00 0.27 -0.08 0.62 0.38 3.2
## PLIC_L -0.15 0.17 0.46 0.13 0.39 -0.06 0.72 0.28 2.7
## SCR_L_FA 0.09 -0.09 0.98 0.00 -0.09 -0.06 0.82 0.18 1.1
## PCR_L_FA 0.11 -0.02 0.85 0.01 -0.30 0.20 0.73 0.27 1.4
## CGC_L_FA 0.02 0.78 0.10 0.13 -0.19 -0.08 0.66 0.34 1.2
## CGH_L_FA 0.25 -0.06 -0.10 0.68 -0.07 0.03 0.58 0.42 1.4
## Fx.ST_L_FA 0.78 -0.12 -0.08 0.28 -0.01 -0.11 0.71 0.29 1.4
## SLF_L_FA -0.26 0.54 0.18 0.02 -0.08 0.51 0.71 0.29 2.7
## SCR_R_FA 0.12 -0.12 0.92 -0.04 0.00 0.08 0.83 0.17 1.1
## PCR_R_FA 0.01 -0.01 0.74 0.05 -0.17 0.32 0.74 0.26 1.5
## CGC_R_FA 0.00 0.91 -0.06 0.09 -0.13 -0.13 0.65 0.35 1.1
## CGH_R_FA 0.03 0.25 -0.02 0.76 -0.03 -0.26 0.71 0.29 1.5
## Fx.ST_R_FA 0.82 -0.04 0.07 0.22 -0.13 -0.24 0.71 0.29 1.4
## SLF_R_FA -0.27 0.33 0.10 0.07 0.19 0.60 0.77 0.23 2.4
## EC_R_FA 0.08 0.67 0.07 -0.21 0.12 0.12 0.62 0.38 1.4
## EC_L_FA 0.11 0.55 0.07 0.05 0.05 0.07 0.59 0.41 1.2
## IFO_L_FA 0.11 0.76 -0.30 0.17 -0.14 0.21 0.70 0.30 1.7
## IFO_R_FA 0.23 0.72 -0.23 -0.08 -0.01 0.21 0.66 0.34 1.7
## GCC_R_FA 0.70 0.13 0.07 -0.05 0.09 0.13 0.81 0.19 1.2
## BCC_R_FA 0.93 0.05 0.08 -0.18 0.04 0.01 0.85 0.15 1.1
## SCC_R_FA 0.74 0.16 0.01 0.03 0.00 0.08 0.82 0.18 1.1
## GCC_L_FA 0.74 0.14 0.01 -0.01 0.10 0.10 0.86 0.14 1.1
## BCC_L_FA 0.94 0.04 0.07 -0.15 0.03 0.04 0.87 0.13 1.1
## SCC_L_FA 0.81 0.06 -0.01 0.03 0.01 0.07 0.82 0.18 1.0
##
## RC1 RC4 RC2 RC6 RC3 RC5
## SS loadings 6.94 4.81 4.16 3.91 2.54 2.47
## Proportion Var 0.20 0.14 0.12 0.11 0.07 0.07
## Cumulative Var 0.20 0.35 0.47 0.58 0.66 0.73
## Proportion Explained 0.28 0.19 0.17 0.16 0.10 0.10
## Cumulative Proportion 0.28 0.47 0.64 0.80 0.90 1.00
##
## With component correlations of
## RC1 RC4 RC2 RC6 RC3 RC5
## RC1 1.00 0.59 0.38 0.65 0.47 0.41
## RC4 0.59 1.00 0.60 0.61 0.63 0.43
## RC2 0.38 0.60 1.00 0.51 0.53 0.39
## RC6 0.65 0.61 0.51 1.00 0.39 0.44
## RC3 0.47 0.63 0.53 0.39 1.00 0.32
## RC5 0.41 0.43 0.39 0.44 0.32 1.00
##
## Mean item complexity = 1.6
## Test of the hypothesis that 6 components are sufficient.
##
## The root mean square of the residuals (RMSR) is 0.04
## with the empirical chi square 414.94 with prob < 0.062
##
## Fit based upon off diagonal values = 0.99