Deuxième partie

R Markdown pour la crétion de rapports

Voici le premier document R Markdown. Markdown est une syntaxe de formatage simple pour créer des documents HTML, PDF et MS Word. Pour plus de détails sur l’utilisation de R Markdown voir http://rmarkdown.rstudio.com.

Lorsque vous cliquez sur le bouton Knit, un document contenant le contenu et la sortie de tous les fragments de code R incorporés dans le document est généré. Vous pouvez intégrer un bloc de code R comme ceci:

R Markdown pour un rapport intéractif (Shiny)

Voir exemple en classe.

R Markdown pour une présentation

Voir exemple en classe.

Quelques commandes pratiques

Pour mettre un titre (prendre notre aussi que l’on est dans une liste)
```
# Titre
## Titre (taille 2)
### Titre (taille 3)
...
```
Pour mettre du texte en italique ou en gras
```
*italic*   **bold**
_italic_   __bold__
```
Un exemple de texte en italique et bold

Pour mettre des exposants
```
superscript^2^
subscript~2~
```
Un exemple: superscript² ou subscript₂

Pour passer à une autre ligne, on doit avoir au moins deux espaces à la fin de la ligne
Insertion d’équations (en LaTeX, voir le site) avec les signes de $
```
  $Y=\sum \sqrt[n]{a}\frac{n!}{r!(n-r)!}$
```
Exemple: $Y=\sum \sqrt[n]{a}\frac{n!}{r!(n-r)!}$

Tables

First Header  | Second Header
------------- | -------------
A             | B
D             | C

First Header	Second Header
A	B
D	C

Mettre des liens vers des pages web
```
[Un lien web](http://google.com)
```
Exemple: Un lien web
Mettre du code en R (Données d’Iris)

7.1 Sommaire des données

summary(iris)

##   Sepal.Length    Sepal.Width     Petal.Length    Petal.Width   
##  Min.   :4.300   Min.   :2.000   Min.   :1.000   Min.   :0.100  
##  1st Qu.:5.100   1st Qu.:2.800   1st Qu.:1.600   1st Qu.:0.300  
##  Median :5.800   Median :3.000   Median :4.350   Median :1.300  
##  Mean   :5.843   Mean   :3.057   Mean   :3.758   Mean   :1.199  
##  3rd Qu.:6.400   3rd Qu.:3.300   3rd Qu.:5.100   3rd Qu.:1.800  
##  Max.   :7.900   Max.   :4.400   Max.   :6.900   Max.   :2.500  
##        Species  
##  setosa    :50  
##  versicolor:50  
##  virginica :50  
##                 
##                 
##

length(iris)

## [1] 5

7.2 Introduction aux graphiques et Visualisation

pairs(iris)

Hexbin

8 Autres fonctions graphiques intéressantes

Hexbin

la documention de la librairie Hexbin

library(hexbin)

## Warning: package 'hexbin' was built under R version 3.2.5

set.seed(101)
mydata=data.frame(rnorm(10000),rnorm(10000))
names(mydata)<-c("x","y")
with(mydata, {
                bin <- hexbin(x, y,xbins=50) #Introduction du mot clé "with"
                plot(bin) 
              })

N.B. si on ajoute le paramètre echo = FALSE, le code ne sera pas montré.

Publish Utilisation de la commande Publish de RStudio

Exemple: http://rpubs.com/Nadia_Tahiri/BIF7105

atelier_2_echantillonnage

Nadia Tahiri

November 28, 2017

Première partie

Télchargement de Packages

Install Packages

Libraries