Objetivo
Describir detalladamente los primeros pasos para organizar, gestionar y realizar algunos análisis preliminares empleando el programa Wild.ID. Para ejemplificar, se emplean una base de datos de foto-trampeo obtenidos en una localidad de la Reserva de Biósfera Tehuacán-Cuicatlán.
Programa
Wild.ID por TEAM Network (2009).
Página oficial en:
Introducción
Wild.ID es una aplicación de software desarrollada en el San Diego Supercomputer Center en el contexto de la Red de Evaluación y Monitoreo de Ecología Tropical (TEAM - http://www.teamnetwork.org), una red global que monitorea a los vertebrados terrestres para abordar estos temas. Wild.ID puede administrar y procesar grandes cantidades de datos de captura de cámara digital y ponerlos a disposición de la comunidad de captura de cámaras. Se puede ejecutar localmente en un ordenador portátil o de escritorio, sin necesidad de una conexión a Internet, así como la capacidad de ejecutar en múltiples sistemas operativos.
De acuerdo a los propios desarrolladores, las principales características Wild.ID son:
una intuitiva interfaz de navegación con múltiples niveles de detalle que permite a los usuarios administrar fácilmente cientos o miles de imágenes;
capacidad para extraer automáticamente información de metadatos
EXIFy personalizado de imágenes digitales para aumentar la estandarización;disponibilidad de listas taxonómicas incrustadas para permitir a los usuarios etiquetar fácilmente las imágenes con identidades de especies; y
la capacidad de exportar paquetes de datos consistentes en datos, metadatos e imágenes en formatos estandarizados para que puedan ser transferidos a almacenes de datos en línea para facilitar el archivo y la difusión.
Instalación de Wild.ID
Para instalar el programa visite: http://www.teamnetwork.org:8080/Wild.ID/download.jsp
Vista general del sitio y detalle del archivo Wild.ID-win.zip para instalar si se usa Windows o Wild.ID-mac.zip para Mac OS versión 0.9.24.
Una vez que se baja el archivo .zip se ejecuta el .exe y se siguen las instrucciones hasta concluir.
La primera vez se tiene que registrar en la ventana:
Se abre el programa que tendrá el ícono con la jirafa como logo:
Luego actualizar la última versión:
Posteriormente instalar el Team Plugin:
Por último, se abre la ventana de preferencias y se especifican las deseadas:
Instrucciones generales para usar Wild.ID
Para mayor detalle se sugiere visitar la página: http://www.teamnetwork.org:8080/Wild.ID/help.jsp
Wild.ID es un programa muy amigable y sencillo de emplear. Tiene pocas ventanas:
De manera general, Wild.ID constanta de tres pasos: |
| 1. Crear un proyecto, |
| 2. Subir y etiquetar las fotos, y |
3. Exportar como archivo .csv o Excel para posterior análisis en otros programas y paquetes R. |
Primer paso: crear un proyecto
Para ejemplificar, en la siguiente imagen se muestra uno de mis proyectos nombrado Monitoreo Reserva de Biósfera Tehuacán-Cuicatlán:
Para mayores detalles del proyecto, se invita a visitar el blog en: http://venadosrbtc.blogspot.com 
En este mismo paso se introduce otra información como por ejemplo:
- la institución de adscripción,
- el o los nombres de los principales contribuyentes en el proyecto indicando sus actividades;
- detalles de la marca y tipo de cámaras-trampas empleadas,
- se define el arreglo de las trampas en campo, y
- los evententos de muestreo.
En consecuencia, est primer paso es muy importante y se sugiere se medite con detenimiento la estructura que tendrá el proyecto en particular.
La siguiente imagen muestra la estructura general de uno de mis proyectos:
En este ejemplo se muestra un proyecto (Monitoreo Reserva de Biósfera-Tehuacán) en el cual se muestrearon 4 localidades (Casa Blanca, Chicozapotes, Cuicatlán y Los Cues). En cada localidad se colocó un número diferente de cámaras-trampa; por ejemplo, en la imagen se muestran las cámaras LC1 a LC8 de una de las localidades. El periodo de muestreo abarco del 2011 al 2014.
Un aspecto relevante es introducir las coordenadas geográficas de cada una de las cámaras. Una opción es hacerlo una por una directamente en la pantalla. Otra más práctica es emplear un archivo .csv donde previamente se ha puesto la información de cada una de las cámaras y luego se lee directamente en Wild.ID como:
Para obtener este archivo y considerando que habitualmente en las cámaras-trampa se guardan automáticamente las coordenadas UTMs del sitio donde se colocó cada cámara. Sin embargo, Wild.ID requiere que se proporcione los datos en coordenadas geográficas (Latitud y Longitud). La transformación de UTMs a Lat-Long se puede hacer con diferentes herramientas. Por ejemplo, en R empleando el siguiente código:
library(rgdal)
datos <- read.csv("camarasRBTC.csv", header = T)
# se prepara matriz con datos:
utmcoor <- SpatialPoints(cbind(datos$X, datos$Y),
proj4string=CRS("+proj=utm +zone=14"))
# se transforman:
longlatcoor <- spTransform(utmcoor,CRS("+proj=longlat"))
coordenadas <- as.data.frame(longlatcoor)
coordenadas <- data.frame(coordenadas$coords.x2,
coordenadas$coords.x1)
colnames(coordenadas) <- c("Latitude", "Longitude")
write.csv(coordenadas, "coordenadas_camarasRBTC.csv")
Luego se carga el archivo .csv en Bulk Upload Camera Traps from CSV File como se muestra con la lupa:
Se pueden crear tantos proyectos como el usuario lo desee. Además, se puede editar un proyecto ya creado ingresando a la pestaña de Edit / Edit project / y seleccionar el deseado si se tienen ya varios proyectos.
Segundo paso: capturar fotos y poner nombres científicos
En este paso se ingresarán primero las fotografías de cada cámara y luego se etiquetarán las fotos poniéndoles el nombre científico de la especie.
Para esto se debe ingresar en la pestaña File / Annotate Images / y seleccionar el proyecto, como:
En la nueva ventana aparecerán nuevamente los datos del proyecto, pero en este caso se observarán las cámaras y se irán subiendo las fotos de cada una de ellas. Además de ingresar otra serie de datos. Para esto se debe seleccionar el archivo dentro de la carpeta donde se tengan las fotos de cada una de las cámaras, como se resalta con la lupa en la siguiente imagen:
Una vez que se cargan las fotos de cada cámara, en la ventana izquierda aparecerán las fotos de cada cámara presedidas por un punto gris el cual indica que aun no se ha etiquetado esa foto, como:
Al seleccionar el primer punto (foto) inmediatamente se abrirá una nueva ventana en la cual se observará la foto del animal, como:
Esta nueva ventana contiene información importante:la foto seleccionada, los metadatos en la pestaña EXIF y la pestaña Group.
Se muestran los metadatos:
Se muestran las fotos asociadas o agrupadas. En este punto es relevante indicar que frecuentemente las cámaras se programan para disparar una serie de fotos a intervalos de pocos segundos. Por ejemplo, en nuestro proyecto las programamos para obtener tres fotos:
Sin embargo, el número de fotos del grupo tambi´én dependerá del intervalo que al inicio en la pestañana de Preferences / se determinó. Por ejemplo, yo defino un intervalo de 60 minutos de manera tal que que me agrupa todas las fotos obtenidas en una cámara durante una hora. Si en ese intervalo aparece fotos de otra especie, puedo removerlas seleccionándolas y en seguida empleando la pestaña Remove selected images from group.
Una vez elegido el grupo de fotos de la misma especie, se procede a etiquetarlas poniéndo el nombre latino de las mismas. Para este fin, Wild.ID emplea la nomenclatura aceptada por la IUCN. Es decir, si la persona o lider del proyecto no está de acuerdo en la asignación de nombre científico, por el momento eso no puede modificarse.
Para etiquetar en la parte derecha del mismo panel aparece la ventana donde se ingresarán los datos, específicamente como:
Esta es la ventana principal para ingresar los datos de la especie. Varios aspectos relevantes son que Wild.ID permite ingresar más de una especie cuando en la misma foto aparecen varias; ingresando solo las primeras tres letras del nombre del género y especie de inmediato aparecen las diferentes opciones a seleccionar en caso de que exista más de un género y/o especie con iniciales similares. Esto facilita enormemente el trabajo. Por ejemplo, si en la foto identificamos una zorra gris, entonces:
Además, en los casos en los que se observa más de un individuo de la misma especie en la misma foto, es posible ingresar ese dato. El grado de certidumbre en la asignación de la especie puede incluirse, además de observaciones adicionales.
Finalmente, desde el inicio de un proyecto se incluye el o los nombres de las diferentes personas que participan en diferentes aspectos y tareas en los proyectos. Estos nombres pueden colocarse en este ventana como por ejemplo, para conocer quien identifica a la especie.
En todo momento se puede observar un resumen de la información que se va ingresando, entrando a la ventana View:
Luego se pueden visualizar los metadatos, por ejemplo de la cámara CU1 en la imagen siguiente:
El proceso de importación de las imágenes y de etiquetarlas poniendo el nombre de la especie correspondiente, sigue los mismos pasos hasta terminar de capturar la última cámara. En todo momento se puede guardar lo capturado lo que ´Wild.ID´ hace de forma automática. Se puede cerrar y continuar en una sesión/día posterior.
Tercer paso: crear informe en formatos Excel y/o .csv
Una vez capturada la información, Wild.ID permite de manera muy sencilla generar una tabla de salida en formato .csv y .xls para su posterior importación en Excel o en otros programas y paquetes R. Para este fin lo único que se debe hacer es abrir la ventana:
Se puede guardar en un archivo nuevo e incluir o no las imágenes de ese proyecto. Por ejemplo, si se guardo en formato Excel se puede posteriormente visualizar en ese programa. En la siguiente imagen se muestran los metadatos capturados solo de la primera cámara, pero en este archivo se pueden tener miles de renglones con los datos específicos de las especies capturadas en cada foto, día, hora, sitio, etc.
Con esta información se puede proceder a realizar diferentes análisis, ya sea en mismo Excel, o importando los datos a programas y paquetes R para objetivos específicos. Tema que se aborda en capítulos subsecuentes.
Ejemplos de aplicación:
Rovero, F. and F. Zimmermann. (Eds.). 2016. Camera trapping for wildlife research. Pelagic Publishing Ltd. UK. 320pp.
El libro de Rovero y Zimmermann (2016) contiene una serie de capítulos muy ilustrativos en el que se hace una breve revisión del tema, se preparan los datos organizados desde Wild.ID y se procesan en diferentes paquetes R para contestar objetivos como:
Introducir el empleo de las cámaras-trampa y diferentes características (Cap.1 al 3)
Gestionar las fotos empleando el software
Wild.IDAnalizar la presencia/ausencia e inventario de especies (Cap.5)
Analizar la ocupación a nivel de especies (Cap.6)
Estimar la densidad empleando métodos de captura-recaptura (Cap.7)
Analizar los patrones de actividad y otras conductas (Cap.8)
Analizar la ocupación a nivel de comunidades (Cap.9)
Monitorear a nivel nacional y global empleando cámaras-trampa (Cap.10).
Una revisión de este libro se puede consultar en:
Para un ejemplo de aplicación del Capítulo 5 de este libro, se invita a visitar la siguiente página:
http://rpubs.com/SMR8810/inventario_especies
Visite el proyecto TEAM en:
Bibliografía y otros recursos útiles:
Ahumada, J.A., C. E. Silva, K. Gajapersad, C. Hallam, J. Hurtado, E. Martin and D. Sheil. 2011. Community structure and diversity of tropical forest mammals: data from a global camera trap network. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences 366:2703-2711.
- Fegraus, E.H., K. Lin, J.A. Ahumada, C. Baru, S. Chandra and C. Youn. 2011. Data acquisition and management software for camera trap data: A case study from the TEAM Network. Ecological Informatics 6:345–353.
TEAM Network. 2009. Terrestrial Vertebrate Protocol Implementation Manual, v. 3.1. Arlington: Tropical Ecology Assessment and Monitoring Network, Conservation International. 69pp.
El presente documento fue generado con RMarkdown desde RStudio. Si desea una versión PDF de este documento: