「ドキュメント・プレゼンテーション生成」( http://www.amazon.co.jp/dp/4320123727 / http://kohske.github.io/R/useful_r_09/ ) では、 knitrでのアニメーション埋め込みにscianimetorをおすすめしてました。 これは、デフォルトのビデオフォーマットoggの再生環境があまり整っていない感じがしたことが理由です。

knitrの最新バージョン(2014年10月13日現在、github上なのでdevtools::install_github("yihui/knitr")します)ではアニメーションのデフォルトがWebM形式になっていて、多くの環境で再生できるんじゃないかと思います。

ffmpegにはlibvpxが必要です。手元の環境ではhomebrewで以下のオプションでインストールしてます。

brew install ffmpeg --with-libvorbis --with-libvpx   --with-theora

ムービー例です。データは奥村先生の放射線データから ( https://oku.edu.mie-u.ac.jp/rad/ )。 チャンクヘッダはこんなかんじです。

{r rad, fig.show="animate", echo=FALSE, interval=0.2, fig.width=8, fig.height=4, aniopts='controls,loop,autoplay', echo=TRUE}
quartzFonts(mei = quartzFont(rep("Meiryo", 4)))
par(family="mei")
load("tokyog2.Rda") # データ読み込み
library(ggplot2)
library(scales)

tts <- sort(unique(d$t))
for (ts in tts[rev(seq(length(tts), 1, by = -12))][-1]) {
  p <- ggplot(subset(d, t <= ts), aes(t, av, colour = N)) + geom_line() +
    scale_x_datetime(limits = range(d$t),  labels = date_format("%m月%d日")) +
    ylim(0, max(d$av*1.05)) +
    theme_bw(base_family = "mei") +
    labs(x = "", y = "Radiation (uGy/h)", colour = "計測地") +
    geom_point(aes(size = av), data = subset(d, t==ts), show_guide = F)
  print(p)
  }

超簡単です。Enjoy!!