Selección 14 AE, Cluster
Eddy Herrera Daza
19 de noviembre de 2017
Aceites Esenciales (muestra de 24)
datos<- read.table("C:/Users/lenovo/Desktop/aceites1.txt",header=TRUE)
datos## Especie Rep Con Fum Crep Mcot Mfu Rep.1
## 1 Xdiscreta 1 1 1 5 86.7 66.0 83.3
## 2 Acumanensis 1 1 0 4 100.0 0.0 76.7
## 3 Csempervirens 1 1 1 4 36.7 56.0 80.0
## 4 Hmexicanum 1 0 1 5 0.0 94.0 88.9
## 5 Hmyricariifo 1 1 1 5 36.7 56.0 96.7
## 6 Iverum 1 1 0 3 100.0 0.0 60.0
## 7 Rofficinalis 1 1 1 5 90.0 90.2 92.2
## 8 Lstoechas 1 1 1 5 100.0 86.0 91.1
## 9 Sviminea 1 1 1 4 100.0 34.0 73.3
## 10 Mseptentrio 1 1 1 4 100.0 80.0 72.2
## 11 Obasilicum 1 1 0 4 100.0 0.0 64.4
## 12 Eucalyptussp 1 1 1 4 96.7 87.8 75.6
## 13 Pel-metanum 1 1 1 4 43.3 46.0 77.8
## 14 Pnubigenum 1 1 0 4 100.0 4.0 75.6
## 15 Paduncum 1 1 0 5 100.0 6.0 88.9
## 16 Pasperiusculum 1 1 0 2 90.0 2.0 24.4
## 17 Ppertoment 1 1 0 5 80.0 0.0 92.2
## 18 Cnardus 1 1 0 5 100.0 6.0 90.0
## 19 Ccitratus 1 1 0 4 96.7 8.0 68.9
## 20 Ocoteasp 1 1 1 5 100.0 26.0 97.8
## 21 Citrussp 1 1 1 5 73.3 82.0 88.9
## 22 Calbum 1 1 1 4 66.7 34.0 74.4
## 23 Lalba 1 1 1 3 100.0 95.9 45.6
## 24 Lippiasp 1 1 0 4 100.0 6.0 80.0Analisis
summary(datos[-1])## Rep Con Fum Crep
## Min. :1 Min. :0.0000 Min. :0.0000 Min. :2.00
## 1st Qu.:1 1st Qu.:1.0000 1st Qu.:0.0000 1st Qu.:4.00
## Median :1 Median :1.0000 Median :1.0000 Median :4.00
## Mean :1 Mean :0.9583 Mean :0.5833 Mean :4.25
## 3rd Qu.:1 3rd Qu.:1.0000 3rd Qu.:1.0000 3rd Qu.:5.00
## Max. :1 Max. :1.0000 Max. :1.0000 Max. :5.00
## Mcot Mfu Rep.1
## Min. : 0.00 Min. : 0.00 Min. :24.40
## 1st Qu.: 78.33 1st Qu.: 5.50 1st Qu.:73.03
## Median : 98.35 Median :34.00 Median :78.90
## Mean : 83.20 Mean :40.25 Mean :77.45
## 3rd Qu.:100.00 3rd Qu.:80.50 3rd Qu.:89.17
## Max. :100.00 Max. :95.90 Max. :97.80Analisis Estadístico Descriptivo de los 24 Aceites Esenciales En promedio de letalidad por contcato es 0.83 En promedio de letalidad por acción fumigante es 0.4 En promedio el porcentanje de muerte por Repelencia es 0.77
## Loading required package: ggplot2## Welcome! Related Books: `Practical Guide To Cluster Analysis in R` at https://goo.gl/13EFCZdatos<- read.table("C:/Users/lenovo/Desktop/aceites1.txt",header=TRUE)
datos## Especie Rep Con Fum Crep Mcot Mfu Rep.1
## 1 Xdiscreta 1 1 1 5 86.7 66.0 83.3
## 2 Acumanensis 1 1 0 4 100.0 0.0 76.7
## 3 Csempervirens 1 1 1 4 36.7 56.0 80.0
## 4 Hmexicanum 1 0 1 5 0.0 94.0 88.9
## 5 Hmyricariifo 1 1 1 5 36.7 56.0 96.7
## 6 Iverum 1 1 0 3 100.0 0.0 60.0
## 7 Rofficinalis 1 1 1 5 90.0 90.2 92.2
## 8 Lstoechas 1 1 1 5 100.0 86.0 91.1
## 9 Sviminea 1 1 1 4 100.0 34.0 73.3
## 10 Mseptentrio 1 1 1 4 100.0 80.0 72.2
## 11 Obasilicum 1 1 0 4 100.0 0.0 64.4
## 12 Eucalyptussp 1 1 1 4 96.7 87.8 75.6
## 13 Pel-metanum 1 1 1 4 43.3 46.0 77.8
## 14 Pnubigenum 1 1 0 4 100.0 4.0 75.6
## 15 Paduncum 1 1 0 5 100.0 6.0 88.9
## 16 Pasperiusculum 1 1 0 2 90.0 2.0 24.4
## 17 Ppertoment 1 1 0 5 80.0 0.0 92.2
## 18 Cnardus 1 1 0 5 100.0 6.0 90.0
## 19 Ccitratus 1 1 0 4 96.7 8.0 68.9
## 20 Ocoteasp 1 1 1 5 100.0 26.0 97.8
## 21 Citrussp 1 1 1 5 73.3 82.0 88.9
## 22 Calbum 1 1 1 4 66.7 34.0 74.4
## 23 Lalba 1 1 1 3 100.0 95.9 45.6
## 24 Lippiasp 1 1 0 4 100.0 6.0 80.0k.means.fit <- kmeans(datos[-1], 2)
k.means.fit## K-means clustering with 2 clusters of sizes 13, 11
##
## Cluster means:
## Rep Con Fum Crep Mcot Mfu Rep.1
## 1 1 1.0000000 0.2307692 4.076923 94.87692 9.692308 74.35385
## 2 1 0.9090909 1.0000000 4.454545 69.40000 76.354545 81.11818
##
## Clustering vector:
## [1] 2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1
##
## Within cluster sum of squares by cluster:
## [1] 7443.475 16921.420
## (between_SS / total_SS = 55.7 %)
##
## Available components:
##
## [1] "cluster" "centers" "totss" "withinss"
## [5] "tot.withinss" "betweenss" "size" "iter"
## [9] "ifault"attributes(k.means.fit)## $names
## [1] "cluster" "centers" "totss" "withinss"
## [5] "tot.withinss" "betweenss" "size" "iter"
## [9] "ifault"
##
## $class
## [1] "kmeans"library(cluster)
k.means.fit$cluster## [1] 2 1 2 2 2 1 2 2 1 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1cluster Como podemos ver los cluster se formaron: ClusterI : Acumanensis,Iverum;Sviminea;Obasilicum;Pnubigenum;Paduncum; Pasperiusculum;Ppertoment,Cnardus;Ccitratus;Ocoteasp;Calbum;Lippiasp ClusterII: Xdiscreta;Csempervirens;Hmexicanum,Hmyricariifo;Rofficinalis; Lstoechas;Mseptentrio;Eucalyptussp,Pel-metanum;Citrussp;Lalba
Teniendo en cuenta el anterior resultado, de los 14 que seleccionarón hay 11 que estan el grupo marcado con II, pero de los 14 quedoron tres por fuera de este grupo, esto puede ser debido a que estos tienen un alto puntaje en la calificación repelente y cumplen mayoritariamente la accion por contacto y segundo lugar por repelente
Sviminea 1 1 1 4 100.0 34.0 73.3 Ocoteasp 1 1 1 5 100.0 26.0 97.8 Calbum 1 1 1 4 66.7 34.0 74.4
clusplot(datos[-2], k.means.fit$cluster, main='Cluster Aceites Esenciales',
color=TRUE, shade=TRUE, labels=2, lines=0)
Como se puede ver en el diagrama de cluster, esta agrupación explica aproximadamente el 63% de la variabilidad total de la letalidad(fumigante) Además el aceite Sviminea(9) y Calbum(22)estan en la zona en común entre el grupo I y II(muestra final de los 14) lo que esta indicando que son prioritariamente por contacto. Por el contrario el Calbum(22) es un aceite que su actividad por repelencia es un poco mayor que la por contacto
distancias3<-dist(datos[-2],method="euclidean")## Warning in dist(datos[-2], method = "euclidean"): NAs introducidos por
## coercióncluster3<-hclust(distancias3)
plot(cluster3,main="Distancia euclídea")
paso3<-pam(distancias3,2)
plot(paso3)
Muestra final (14 AE) ADICIONALMENTE: es que los diez que quedarón por fuera todos reportarón NEGATIVO por actividad Fumigante
ae<- read.table("C:/Users/lenovo/Desktop/aceite_final.txt",header=TRUE)
ae## Especie Crep Mcot Mfu Rep
## 1 Xdiscreta 5 86.7 66.0 83.3
## 2 Csempervirens 4 36.7 56.0 80.0
## 3 Hmexicanum 5 0.0 94.0 88.9
## 4 Hmyricariifo 5 36.7 56.0 96.7
## 5 Rofficinalis 5 90.0 90.2 92.2
## 6 Lstoechas 5 100.0 86.0 91.1
## 7 Sviminea 4 100.0 34.0 73.3
## 8 Mseptentrio 4 100.0 80.0 72.2
## 9 Eucalyptussp 4 96.7 87.8 75.6
## 10 Pel-metanum 4 43.3 46.0 77.8
## 11 Ocoteasp 5 100.0 26.0 97.8
## 12 Citrussp 5 73.3 82.0 88.9
## 13 Calbum 4 66.7 34.0 74.4
## 14 Lalba 3 100.0 95.9 45.6summary(ae[-1])## Crep Mcot Mfu Rep
## Min. :3.000 Min. : 0.00 Min. :26.00 Min. :45.60
## 1st Qu.:4.000 1st Qu.: 49.15 1st Qu.:48.50 1st Qu.:74.70
## Median :4.500 Median : 88.35 Median :73.00 Median :81.65
## Mean :4.429 Mean : 73.58 Mean :66.71 Mean :81.27
## 3rd Qu.:5.000 3rd Qu.:100.00 3rd Qu.:87.35 3rd Qu.:90.55
## Max. :5.000 Max. :100.00 Max. :95.90 Max. :97.80table(ae$Mcot,ae$Mfu)##
## 26 34 46 56 66 80 82 86 87.8 90.2 94 95.9
## 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
## 36.7 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0
## 43.3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
## 66.7 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
## 73.3 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
## 86.7 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
## 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
## 96.7 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
## 100 1 1 0 0 0 1 0 1 0 0 0 1boxplot(ae[-(1:2)])
Como se puede ver esta muestra compuesta por 14 aceites es en terminos de la actividad fumigante y la actividad de repelecia, homogenea. En cuanto, a la actividad por contacto tiene una asimetria a la izquierdad donde la mayor parte de ellos tiene un bajo porcentaje de letalidad por contacto (lo cuál es recomendable para este estudio)
Analisis de Aceites NO seleccionados
aeNO<- read.table("C:/Users/lenovo/Desktop/aceites_noselecionados.txt",header=TRUE)
aeNO## Especie Crep Mcont Mfum Rep
## 1 Acumanensis 5 100.0 0 76.7
## 2 Iverum 3 100.0 0 60.0
## 3 Obasilicum 4 100.0 0 64.4
## 4 Pnubigenum 4 100.0 4 75.6
## 5 Paduncum 5 100.0 6 88.9
## 6 Pcfasper 2 90.0 2 24.4
## 7 Ppert 5 80.0 0 92.2
## 8 Cnardus 5 100.0 6 90.0
## 9 Ccitratus 4 96.7 8 68.9
## 10 Lippiasp 4 100.0 6 80.0summary(aeNO)## Especie Crep Mcont Mfum
## Acumanensis:1 Min. :2.0 Min. : 80.00 Min. :0.0
## Ccitratus :1 1st Qu.:4.0 1st Qu.: 97.53 1st Qu.:0.0
## Cnardus :1 Median :4.0 Median :100.00 Median :3.0
## Iverum :1 Mean :4.1 Mean : 96.67 Mean :3.2
## Lippiasp :1 3rd Qu.:5.0 3rd Qu.:100.00 3rd Qu.:6.0
## Obasilicum :1 Max. :5.0 Max. :100.00 Max. :8.0
## (Other) :4
## Rep
## Min. :24.40
## 1st Qu.:65.53
## Median :76.15
## Mean :72.11
## 3rd Qu.:86.67
## Max. :92.20
## Como podemos observar, la actividad fumigante en promedio de este grupo es mucho menor que la actividad fumigante del grupo seleccionado
boxplot(ae$Mfu,aeNO$Mfum)
Este diagrama, claramente muestra la diferencia entre los dos grupos