Mapa interactivo de los Anfibios Amenazados de la Cordillera Oriental de Colombia

Aldemar A. Acevedo
31 de octubre de 2017

Objetivos

Mostrar de forma interactiva la información sobre los anfibios amenazados.
Facilitar la interpretación de los resultados obtenidos en una publicación científica.
Incentivar a la incorporación y actualización de la información.

plot of chunk unnamed-chunk-1

¿Cómo fusionar la información y hacerla interactiva?

plot of chunk unnamed-chunk-2

leaflet:

Permite crear y personalizar mapas interactivos usando la biblioteca de JavaScript 'Leaflet' y el paquete 'htmlwidgets'.

Estos mapas se pueden usar directamente desde la consola R, desde 'RStudio', en aplicaciones Shiny y en documentos R Markdown.

Graul, Christian (2016): leafletR: Interactive Web-Maps Based on the Leaflet JavaScript Library. R package version 0.4-0.

Código primera parte

Anfi2 <- read_csv("https://xxxxxxxxxxxxxx26/Anfibios2.csv")


saveRDS(Anfi2, "Anfi2.rds")

Anfi2 <- readRDS("Anfi2.rds")

plot of chunk unnamed-chunk-4

Código primera parte

Los mapas abierto para R se pueden encontrar en la siguiente dirección: Leaflet-providers.

plot of chunk unnamed-chunk-5

Código primera parte

Parques <- 
  geojsonio::geojson_read("https://xxxxxxx/PAS5.json", what = "sp")

plot of chunk unnamed-chunk-7

Código segunda parte

leaflet(data = Anfi2) %>% addProviderTiles("Stamen.Terrain") %>% addPolygons(data = Parques, popup=Parques$NOMBRE)%>% setView(-72, 6, zoom = 6)

plot of chunk unnamed-chunk-9

Código segunda parte

%>% addCircleMarkers(~longitude, ~latitude, popup = paste("Species:", Anfi2$name,"<br>","Red List Status:", Anfi2$Categoria, "<br>","Land cover:",Anfi2$Coberturavegetal, "<br>", "PAs:", Anfi2$Area, "<br>", "Date established as PA:", Anfi2$Aode.creacion, "<br>","IUCN protected area category:",  Anfi2$CaIUCN, "<br>", "YOD-LYO:", Anfi2$YearD, "-", Anfi2$YearL, "<br>")

plot of chunk unnamed-chunk-11

Código segunda parte

pal1 <- colorFactor(heat.colors(3), Anfi2$Categoria)

label = ~as.character(name), fillOpacity = 0.5, radius = 7, weight=15, fillColor = "black", color = ~pal1(Categoria), group = ~Categoria) %>% addLayersControl(
overlayGroups = ~Categoria, c("CR","EN","VU"),
    options = layersControlOptions(collapsed = FALSE))

plot of chunk unnamed-chunk-13

Código final

Anfi2 <- read_csv("https://xxxxxxxxxxxxxx26/Anfibios2.csv")

saveRDS(Anfi2, "Anfi2.rds")

Anfi2 <- readRDS("Anfi2.rds")

Parques <- geojsonio::geojson_read("https://xxxxxx/PAS5.json", what = "sp")


pal1 <- colorFactor(heat.colors(3), Anfi2$Categoria)

leaflet(data = Anfi2) %>% addProviderTiles("Stamen.Terrain") %>% addPolygons(data = Parques, popup=Parques$NOMBRE)%>% setView(-72, 6, zoom = 6) %>% addCircleMarkers(~longitude, ~latitude, popup = paste("Species:", Anfi2$name,"<br>","Red List Status:", Anfi2$Categoria, "<br>","Land cover:",Anfi2$Coberturavegetal, "<br>", "PAs:", Anfi2$Area, "<br>", "Date established as PA:", Anfi2$Aode.creacion, "<br>","IUCN protected area category:",  Anfi2$CaIUCN, "<br>", "YOD-LYO:", Anfi2$YearD, "-", Anfi2$YearL, "<br>"), label = ~as.character(name), fillOpacity = 0.5, radius = 7, weight=15, fillColor = "black", color = ~pal1(Categoria), group = ~Categoria) %>% addLayersControl(
overlayGroups = ~Categoria, c("CR","EN","VU"),
    options = layersControlOptions(collapsed = FALSE))

Resultados

plot of chunk pressure

http://rpubs.com/bioaldemar/amphibians_Colombia

RPubs.

Número de especies VU: 22
Número de especies EN: 16
Número de especies CR: 14