1. Préface

2. Bases sur Markdown

3. R code chunks

4. Diffusion

5. Avantages & inconvénients

6. Sweave & Knitr

7. Atelier pratique

• Un outil pratique qui génère des documents reproductibles.
• Markdown :
  • Du code HTML sans les balises pour plus de simplicité
  • Insertion de code HTML tout de même possible
• R Markdown : Markdown + insertion de code chunks R

Pourquoi R Markdown :

• Gestion de code, de sorties, de graphiques et de commentaires en UN SEUL DOCUMENT !
• Facile à utiliser

• Version 1 : basée sur les packages knitr et Markdown

• Version 2 : basée sur knitr et la fonction pandoc : le tout intégré dans Rstudio

R Markdown génère des documents aux formats :

• HTML
• Adobe PDF
• Office Word

Cela permet également de créer des présentations :

• ioslides
• Slidy
• Beamer

• Fonction du package knitr
• Conçue pour convertir aux différents formats
• Idée de minimiser les appels de commande en une fonction unique :

• Automatiquement prise en charge par Rstudio (exécution en arrière-plan) : aucun souci

Aide de la fonction pandoc du package knitr ==> Conversion d'un fichier Markdown aux différents formats : HTML, PDF

Présentations : Beamer (PDF) et Slidy (HTML)

Pour la couleur : Couleur

• Des tableaux :

• Des images :

![nom image](/Users/...

• Des liens hypertexte : Julie Josse

[nom lien](http://...)

• Des équations avec le symbole et le language LaTeX : $$ equation$$

\[\bar{\mu} = \frac{1}{n} \sum_{i=1}^{n} x_{i}\]

\[\Delta y = f'(x) \cdot \delta x\]

\[ \left ( \begin{array}{ccc} 1 & 0 & 0 \\ 0 & 1 & 0 \\ 0 & 0 & 1 \\ \end{array} \right ) \]

Lien utile pour LaTeX : latex

2 types de blocks de code :

• Simple avec une largeur fixe et non exécuté par R :

• Avec une spécification du language dans lequel codé (ici R) et donc exécuté :

eau <- read.csv("~/Desktop/eau.csv", sep=";")
dim(eau)

## [1] 512  24

• echo=TRUE : inclure ou pas le code R dans le document
• eval=TRUE : exécuter ou pas le code R
• message=TRUE : éviter d'être "spoilé" par les messages d'alertes de R
• include=TRUE : aucune sortie n'est générée mais le code est toujours évalué et les graphiques tracés
• warning=TRUE : enlever les messages warningsde R.

• Sauver vos sorties d'analyse R
• Insertions des sorties à un rapport
• Publication ou diffusion du rapport

utilisation d'un échantillon des données ou refaire l'analyse avec une autre variable…

• Possibilité de régénération du rapport si on change les données ou le code
• Synthaxe simple et accessible
• Publication d'un contenu dynamique et intéractif

• Utile pour présenter des résultats de manière propre et claire
• Modification simple du contenu
• utilisation simple et accessible à tous

• Limites dans l'édition de documents (arguments de slides, etc.)
• Editeur de fonction pas aussi complet que sur LaTeX
• Parfois pas les mêmes commandes entre Beamer, iosslids, etc…
• Peu de documentation

• Ancêtre de Knitr by Yihui Xie (Software Engineer at Rstudio) : knitr

• Package de R :
  • Création de documents PDF
  • Language LaTeX
  • Language R : insertion de chunks
  • Language HTML (package R2HTML)

• Bonnes bases de LaTeX et de HTML nécéssaires… : coût d'entrée élevé

• Un même fichier : données, codes et commentaires

• Le tout enrobé d'une mise en page épurée automatisée.

• Etude de satisfaction réalisée à UCLA (2014) : UCLA

• Echelle de Likert : -2(disagree) / +2(strongly agree)
• Scores élevés ==> en faveur de R markdown
• Questions 5 à 10 : Rôle de R dans le workflow d'analyse de données

• Etudiants favorables à l'utilisation de R et Rmd en fin de semestre (0.35 => 0.84)
• Etudiants ont plus envie d'être lus
• R rend plus facile la compilation de résutats
• Un bénéfice pour eux et l'auditoir
• R frustration diminue…