Radiations in At-chromosome-1 orthogroups
Richard Smith-Unna
30 September 2014
Raw duplication counts are correlated with species sampling depth
## Using duplications as value column: use value.var to override.
## Scale for 'x' is already present. Adding another scale for 'x', which will replace the existing scale.
Controlling for sampling depth gives normalised duplication count
Unbalanced radiations can be detected by all-vs-all enrichment ratios
This is the full set of orthogroups that have at least twice as many duplications in any single clade as in all the remaining clades put togther:
## Conifers Eudicots Ferns Liverworts Lycophytes Magnoliids Monocots
## 1 0.00000 0.139057 0.00000 0.00000 0.00000 2.50726 0.194803
## 2 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.052632
## 3 0.00000 0.187192 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 5.342105
## 4 0.00000 0.272293 0.14750 0.00000 0.29510 0.62763 0.045996
## 5 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 6 0.00000 2.433498 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.410931
## 7 0.00000 0.000000 0.03846 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 8 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 9 0.00000 0.008210 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 10 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 11 0.00000 0.935961 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.068421
## 12 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 13 0.00000 0.128079 7.80769 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 14 1.48286 0.125871 0.41036 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 15 0.00000 0.499179 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 2.003289
## 16 0.00000 2.620690 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.381579
## 17 0.00000 0.029557 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 18 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.18182 0.00000 0.000000
## 19 0.00000 1.684729 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.593567
## 20 0.14046 0.140195 0.00000 0.00000 0.74052 0.00000 0.489036
## 21 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 22 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.842105
## 23 0.00000 2.620690 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.381579
## 24 0.14046 0.140195 0.00000 0.00000 0.74052 0.00000 0.489036
## 25 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 26 0.00000 0.159901 0.21861 0.77704 0.00000 0.00000 0.325352
## 27 0.34504 0.028214 0.21734 0.00000 0.00000 0.00000 1.162125
## 28 0.00000 0.035821 0.13086 0.00000 0.25808 1.37297 0.070640
## 29 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 30 0.00000 0.160153 0.00000 0.00000 1.20218 0.00000 0.462096
## 31 0.00000 0.092803 0.00000 0.00000 0.00000 1.96775 0.336960
## 32 0.11192 0.025770 0.64554 0.00000 0.53308 0.00000 0.155010
## 33 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.035088
## 34 0.00000 0.561576 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.780702
## 35 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 36 0.00000 1.310345 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.763158
## 37 0.00000 0.655172 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.526316
## 38 0.00000 0.026273 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 39 0.11192 0.025770 0.64554 0.00000 0.53308 0.00000 0.155010
## 40 0.00000 0.032841 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 41 0.60767 0.049505 0.00000 0.81440 0.00000 0.00000 0.144157
## 42 0.00000 0.748768 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.335526
## 43 0.00000 0.561576 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.780702
## 44 0.00000 0.310742 0.22714 0.82209 0.00000 0.00000 0.145012
## 45 0.00000 0.561576 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.780702
## 46 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.017544
## 47 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 48 0.00000 0.233990 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 4.273684
## 49 0.00000 0.023975 0.00000 0.00000 0.00000 10.63413 0.066712
## 50 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.087719
## 51 0.00000 0.280788 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 3.561404
## 52 0.00000 0.024631 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 53 0.00000 0.024631 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 54 0.04068 0.030153 0.03960 0.00000 0.37003 1.33285 0.054988
## 55 0.00000 0.256158 3.90385 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 56 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 57 0.00000 0.836515 0.47777 0.00000 0.00000 0.00000 0.284038
## 58 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 59 0.00000 0.013136 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 60 0.00000 0.374384 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 2.671053
## 61 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.017544
## 62 0.14046 0.140195 0.00000 0.00000 0.74052 0.00000 0.489036
## 63 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 64 0.00000 0.013136 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 65 5.05394 0.026742 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.161624
## 66 0.00000 0.013136 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 67 0.00000 0.088579 0.61601 0.00000 0.81983 0.00000 0.095216
## 68 0.00000 0.187192 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 5.342105
## 69 0.04787 0.035416 0.09772 0.12170 1.71176 0.00000 0.100550
## 70 0.00000 0.137724 0.34728 0.00000 0.43808 0.34728 0.062460
## 71 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 72 0.34216 0.050113 0.06621 0.00000 0.28233 0.59386 0.044374
## 73 0.00000 0.014778 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 74 0.00000 0.076047 1.23109 0.00000 0.00000 0.00000 0.606527
## 75 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 76 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.07692 0.000000
## 77 0.00000 0.013136 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 78 0.00000 0.083423 0.00000 0.00000 0.36321 0.82114 0.258923
## 79 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 80 8.01316 0.124795 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 81 0.14441 0.459742 0.14019 0.00000 0.77279 0.00000 0.000000
## 82 0.00000 0.029557 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 83 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 84 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.15385 0.000000
## 85 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 86 0.00000 0.108155 0.61554 0.00000 0.00000 0.00000 1.089370
## 87 0.00000 0.130324 0.00000 0.00000 1.76495 0.00000 0.326916
## 88 0.00000 0.868290 0.00000 0.00000 0.00000 0.16718 0.644772
## 89 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 4.38462 0.228070
## 90 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.061404
## 91 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.078947
## 92 0.00000 0.561576 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.780702
## 93 0.00000 0.382407 0.00000 0.00000 0.00000 1.43330 0.155190
## 94 0.00000 0.000000 0.03846 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 95 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 96 0.00000 0.592775 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.686981
## 97 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 98 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 99 0.00000 0.042693 23.42308 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 100 0.00000 0.141726 0.00000 0.00000 0.75294 0.57096 0.090383
## 101 0.00000 0.374384 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 2.671053
## 102 0.11094 0.158863 0.10779 0.00000 0.00000 0.00000 1.991773
## 103 1.23279 0.811166 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 104 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 105 0.00000 0.561576 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.780702
## 106 0.00000 0.935961 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.068421
## 107 0.00000 0.014778 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 108 0.00000 0.045977 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 109 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 110 0.75000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.333333
## 111 0.34081 0.285422 0.00000 0.00000 0.78267 0.00000 0.092571
## 112 0.34081 0.285422 0.00000 0.00000 0.78267 0.00000 0.092571
## 113 0.00000 0.640394 1.56154 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 114 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 115 0.07144 0.013493 0.04056 0.28486 0.16037 0.87890 0.056348
## 116 0.15138 0.000000 0.14693 0.45404 0.00000 0.62423 0.045835
## 117 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 118 0.00000 0.019704 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 119 0.09802 0.216913 0.21060 0.00000 0.00000 0.35308 0.423630
## 120 0.00000 0.272293 0.14750 0.00000 0.29510 0.62763 0.045996
## 121 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 122 0.00000 0.022989 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 123 0.00000 0.022989 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 124 0.00000 0.022989 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 125 0.00000 0.022989 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 126 0.00000 0.022989 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 127 0.00000 0.320197 3.12308 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 128 0.00000 0.304187 0.83575 0.00000 0.00000 0.00000 0.452426
## 129 0.87313 0.000000 0.05315 0.00000 0.00000 0.00000 0.935733
## 130 0.00000 0.561576 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.780702
## 131 0.00000 0.208586 0.00000 0.00000 0.00000 2.06514 0.181562
## 132 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 13.15385 0.076023
## 133 0.00000 0.004926 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 134 0.25325 0.000000 0.10920 0.00000 0.00000 0.41912 0.678261
## 135 0.25325 0.000000 0.10920 0.00000 0.00000 0.41912 0.678261
## 136 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 137 0.07350 0.158364 0.87616 0.00000 0.30981 0.00000 0.100464
## 138 0.38740 0.534835 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.593134
## 139 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 140 0.00000 0.035821 0.13086 0.00000 0.25808 1.37297 0.070640
## 141 0.00000 1.123153 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.890351
## 142 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 143 0.00000 0.004926 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 144 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.421053
## 145 0.00000 1.497537 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.667763
## 146 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.15385 0.000000
## 147 0.00000 0.097906 0.17835 0.07967 0.12023 0.83176 0.141909
## 148 0.00000 0.019704 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 149 0.00000 0.013136 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 150 0.00000 0.000000 0.02564 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 151 0.00000 0.039409 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 152 0.00000 0.036125 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 153 0.00000 0.272293 0.14750 0.00000 0.29510 0.62763 0.045996
## 154 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 155 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.017544
## 156 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 157 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 158 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 159 0.68421 0.000000 0.24675 0.00000 0.00000 0.65517 0.000000
## 160 0.35752 0.000000 0.09354 0.71525 0.00000 0.00000 0.305658
## 161 0.00000 0.072642 0.35939 0.00000 0.00000 0.65718 0.372372
## 162 0.00000 0.062377 0.07008 0.00000 2.29559 0.00000 0.218372
## 163 0.00000 3.743842 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.267105
## 164 0.00000 0.000000 0.00000 0.12500 0.00000 0.00000 0.000000
## 165 0.00000 0.499179 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 2.003289
## 166 0.00000 0.499179 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 2.003289
## 167 0.00000 0.499179 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 2.003289
## 168 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.017544
## 169 0.00000 0.021346 0.00000 0.00000 0.00000 46.84615 0.000000
## 170 0.00000 0.000000 0.16667 0.00000 0.00000 6.00000 0.000000
## 171 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.035088
## 172 0.00000 0.062397 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 16.026316
## 173 0.00000 0.013136 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 174 0.00000 0.278114 0.00000 0.00000 0.00000 1.75558 0.170006
## 175 1.02632 0.000000 0.97436 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 176 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.30769 0.000000
## 177 0.20098 0.215830 0.00000 0.24801 0.40658 0.00000 0.200984
## 178 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 179 0.02798 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 21.04615 0.018479
## 180 0.00000 0.219864 0.39168 0.00000 0.33238 0.00000 0.406179
## 181 0.00000 1.684729 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.593567
## 182 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 183 0.14441 0.459742 0.14019 0.00000 0.77279 0.00000 0.000000
## 184 0.00000 0.245380 0.10638 0.30610 0.51719 0.00000 0.151504
## 185 0.00000 0.042693 23.42308 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 186 0.00000 0.419569 0.29999 0.00000 0.00000 0.00000 0.899966
## 187 0.00000 0.016420 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 188 0.00000 0.019704 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 189 0.00000 0.152094 1.06341 0.00000 0.00000 0.00000 0.544685
## 190 0.00000 0.036125 0.00000 0.00000 27.68182 0.00000 0.000000
## 191 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.09091 0.00000 0.000000
## 192 0.00000 1.536946 0.65064 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 193 1.26349 0.074877 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.592701
## 194 0.00000 1.123153 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.890351
## 195 0.00000 0.061679 0.43347 0.00000 1.15546 0.00000 0.115387
## 196 0.00000 0.108500 0.22243 0.00000 0.00000 1.20201 0.211086
## 197 0.16844 0.246714 0.16341 0.00000 0.00000 0.72826 0.106323
## 198 0.00000 0.019704 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 199 0.06757 0.005674 0.05581 0.00000 0.00000 6.82344 0.006064
## 200 0.00000 0.022989 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 201 0.00000 0.032841 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 202 0.00000 0.019704 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 203 0.00000 0.187192 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 5.342105
## 204 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 205 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 206 0.00000 0.013136 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 207 0.00000 0.000000 0.02564 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 208 0.00000 0.000000 0.02564 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 209 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 210 0.08553 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 11.69231 0.000000
## 211 0.00000 0.019704 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 212 0.05372 0.113321 0.17510 0.00000 1.12001 0.00000 0.204707
## 213 0.11640 0.100206 0.25498 0.32912 0.21964 0.00000 0.210317
## 214 0.11640 0.100206 0.25498 0.32912 0.21964 0.00000 0.210317
## 215 1.02632 0.000000 0.97436 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 216 0.00000 0.033030 0.11981 0.00000 0.33848 1.15030 0.078985
## 217 0.07684 0.271819 0.38526 0.00000 0.32716 0.00000 0.235010
## 218 0.00000 1.684729 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.593567
## 219 0.02632 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 220 0.00000 0.640394 1.56154 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 221 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.76923 0.000000
## 222 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 223 0.00000 0.019704 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 224 4.00658 0.249589 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 225 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 226 0.00000 0.119904 0.26420 0.00000 0.58849 0.45662 0.000000
## 227 0.00000 0.205648 0.28528 0.00000 0.00000 0.00000 1.547574
## 228 0.00000 0.039409 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 229 0.10970 0.094517 0.00000 0.00000 2.15445 0.00000 0.151814
## 230 0.00000 0.512315 1.95192 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 231 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 232 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 233 0.00000 0.032841 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 234 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 235 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.026316
## 236 0.00000 0.748768 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.335526
## 237 0.00000 0.032841 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 238 0.00000 0.032841 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 239 0.00000 0.100350 0.21656 0.00000 0.00000 0.00000 2.714555
## 240 0.00000 0.187192 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 5.342105
## 241 0.00000 0.187192 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 5.342105
## 242 0.00000 0.256158 3.90385 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 243 0.34504 0.028214 0.21734 0.00000 0.00000 0.00000 1.162125
## 244 0.00000 0.187192 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 5.342105
## 245 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.017544
## 246 0.00000 0.200931 0.00000 0.00000 0.00000 0.77130 0.659050
## 247 0.00000 0.187192 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 5.342105
## 248 0.00000 1.123153 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.890351
## 249 0.00000 0.019704 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 250 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 251 0.00000 0.075534 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 252 0.00000 1.123153 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.890351
## 253 0.00000 1.310345 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.763158
## 254 0.00000 1.310345 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.763158
## 255 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 256 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.105263
## 257 0.00000 0.655172 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.526316
## 258 0.00000 1.497537 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.667763
## 259 0.00000 0.199467 0.63805 0.00000 0.00000 0.00000 0.799164
## 260 0.00000 0.004926 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 261 0.00000 0.374384 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 2.671053
## 262 0.00000 0.000000 0.08333 0.00000 0.00000 12.00000 0.000000
## 263 0.00000 0.004926 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 264 0.14046 0.140195 0.00000 0.00000 0.74052 0.00000 0.489036
## 265 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.23077 0.000000
## 266 0.00000 0.013136 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 267 0.00000 0.013136 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 268 0.00000 0.512315 0.00000 0.00000 0.00000 1.95192 0.000000
## 269 0.00000 0.512315 0.00000 0.00000 0.00000 1.95192 0.000000
## 270 0.28087 0.070292 0.34479 0.45449 0.00000 0.00000 0.171215
## 271 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 272 0.00000 0.033030 0.11981 0.00000 0.33848 1.15030 0.078985
## 273 0.00000 0.000000 0.28205 0.00000 3.54545 0.00000 0.000000
## 274 0.00000 0.026273 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 275 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 276 0.00000 0.029557 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 277 0.00000 0.187192 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 5.342105
## 278 0.00000 0.748768 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.335526
## 279 0.00000 0.024631 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 280 0.00000 1.403941 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.712281
## 281 0.00000 1.123153 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.890351
## 282 0.00000 0.748768 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.335526
## 283 0.00000 0.013136 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 284 0.00000 0.059113 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 285 0.00000 1.310345 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.763158
## 286 0.00000 0.084532 0.25447 0.00000 2.56131 0.00000 0.000000
## 287 0.16862 0.219605 0.16359 0.52133 0.00000 0.00000 0.238210
## 288 0.00000 1.536946 0.65064 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 289 0.00000 0.272530 0.00000 0.00000 1.93011 0.00000 0.145634
## 290 1.48286 0.125871 0.41036 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 291 0.00000 0.000000 0.02564 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 292 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 293 0.00000 0.108155 0.61554 0.00000 0.00000 0.00000 1.089370
## 294 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.07692 0.000000
## 295 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 296 0.27791 0.157000 0.26886 0.00000 0.00000 0.00000 0.769724
## 297 0.00000 1.310345 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.763158
## 298 0.00000 1.497537 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.667763
## 299 0.00000 0.324466 0.46797 0.00000 0.00000 0.00000 0.773787
## 300 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.043860
## 301 0.00000 0.327586 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 3.052632
## 302 0.00000 0.320197 3.12308 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 303 0.00000 0.374384 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 2.671053
## 304 0.00000 0.190948 0.00000 0.30671 0.51839 0.00000 0.357852
## 305 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.052632
## 306 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.035088
## 307 0.00000 0.009852 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 308 0.00000 0.187192 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 5.342105
## 309 0.00000 0.123085 0.00000 2.28135 0.00000 0.00000 0.242479
## 310 0.00000 0.477156 1.01781 0.00000 0.00000 0.00000 0.208551
## 311 0.00000 0.013136 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 312 0.00000 0.024255 0.00000 0.12698 0.00000 4.95318 0.032660
## 313 0.00000 0.083423 0.00000 0.00000 0.36321 0.82114 0.258923
## 314 0.00000 0.013136 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 315 0.00000 0.039409 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 316 0.11094 0.158863 0.10779 0.00000 0.00000 0.00000 1.991773
## 317 0.00000 0.029557 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 318 12.31579 0.000000 0.08120 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 319 0.00000 0.022989 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 320 0.24941 0.268633 0.63668 0.00000 0.00000 0.00000 0.249409
## 321 0.00000 0.139057 0.00000 0.00000 0.00000 2.50726 0.194803
## 322 0.00000 0.072250 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 323 0.00000 0.004926 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 324 0.00000 0.019704 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 325 1.07987 0.033482 0.00000 0.00000 0.81291 0.00000 0.000000
## 326 0.00000 0.561576 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.780702
## 327 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.017544
## 328 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 329 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 330 0.00000 0.249589 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 4.006579
## 331 0.00000 0.456281 0.68838 0.00000 0.00000 0.00000 0.386893
## 332 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.09091 0.00000 0.000000
## 333 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.017544
## 334 0.00000 1.123153 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.890351
## 335 0.00000 0.020938 0.11951 0.14956 0.23340 0.92444 0.078793
## 336 0.18822 0.134571 1.61355 0.00000 0.00000 0.00000 0.118073
## 337 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.69231 0.000000
## 338 0.00000 0.115451 0.67801 0.97022 0.00000 0.00000 0.000000
## 339 0.36665 0.397783 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.808765
## 340 0.36665 0.397783 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.808765
## 341 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 342 0.00000 0.034764 0.00000 0.00000 0.00000 3.69327 0.218732
## 343 0.00000 0.374384 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 2.671053
## 344 0.00000 0.006568 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 345 0.00000 0.088491 0.26836 0.00000 0.00000 1.73778 0.078031
## 346 0.07922 0.009245 0.27317 0.00000 1.02897 0.00000 0.243376
## 347 0.00000 0.320197 3.12308 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 348 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.017544
## 349 0.00000 0.000000 0.00000 0.37500 0.00000 0.00000 0.000000
## 350 0.00000 0.219864 0.39168 0.00000 0.33238 0.00000 0.406179
## 351 0.00000 0.432622 0.41788 0.00000 0.00000 0.00000 0.675887
## 352 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 353 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 354 0.00000 0.374384 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 2.671053
## 355 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 1.15385 0.000000
## 356 0.00000 0.170772 0.00000 0.00000 0.00000 5.85577 0.000000
## 357 0.00000 0.013136 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 358 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 359 0.00000 1.536946 0.65064 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## 360 0.00000 0.003284 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000
## agi dupeclade
## 1 AT1G01060 Magnoliids
## 2 AT1G01110 Monocots
## 3 AT1G01200 Monocots
## 4 AT1G01340 Magnoliids
## 5 AT1G01700 Eudicots
## 6 AT1G01720 Eudicots
## 7 AT1G01950 Ferns
## 8 AT1G01980 Eudicots
## 9 AT1G02120 Eudicots
## 10 AT1G02335 Eudicots
## 11 AT1G02390 Monocots
## 12 AT1G02790 Eudicots
## 13 AT1G02860 Ferns
## 14 AT1G03380 Conifers
## 15 AT1G03770 Monocots
## 16 AT1G03930 Eudicots
## 17 AT1G03970 Eudicots
## 18 AT1G04010 Lycophytes
## 19 AT1G04050 Eudicots
## 20 AT1G04160 Lycophytes
## 21 AT1G04180 Eudicots
## 22 AT1G04240 Monocots
## 23 AT1G04440 Eudicots
## 24 AT1G04600 Lycophytes
## 25 AT1G04610 Eudicots
## 26 AT1G04920 Liverworts
## 27 AT1G05200 Monocots
## 28 AT1G05230 Magnoliids
## 29 AT1G05460 Eudicots
## 30 AT1G05470 Lycophytes
## 31 AT1G05560 Magnoliids
## 32 AT1G05570 Ferns
## 33 AT1G05590 Monocots
## 34 AT1G05630 Monocots
## 35 AT1G05680 Eudicots
## 36 AT1G05890 Eudicots
## 37 AT1G06130 Monocots
## 38 AT1G06400 Eudicots
## 39 AT1G06490 Ferns
## 40 AT1G06780 Eudicots
## 41 AT1G06800 Liverworts
## 42 AT1G06850 Monocots
## 43 AT1G07000 Monocots
## 44 AT1G07090 Liverworts
## 45 AT1G07110 Monocots
## 46 AT1G07250 Monocots
## 47 AT1G07260 Eudicots
## 48 AT1G07540 Monocots
## 49 AT1G07570 Magnoliids
## 50 AT1G07720 Monocots
## 51 AT1G07810 Monocots
## 52 AT1G08000 Eudicots
## 53 AT1G08010 Eudicots
## 54 AT1G08030 Magnoliids
## 55 AT1G08090 Ferns
## 56 AT1G08320 Eudicots
## 57 AT1G08420 Eudicots
## 58 AT1G08620 Eudicots
## 59 AT1G08650 Eudicots
## 60 AT1G08680 Monocots
## 61 AT1G08720 Monocots
## 62 AT1G08730 Lycophytes
## 63 AT1G08810 Eudicots
## 64 AT1G08920 Eudicots
## 65 AT1G09000 Conifers
## 66 AT1G09155 Eudicots
## 67 AT1G09530 Lycophytes
## 68 AT1G09540 Monocots
## 69 AT1G09560 Lycophytes
## 70 AT1G09570 Lycophytes
## 71 AT1G09770 Eudicots
## 72 AT1G09930 Magnoliids
## 73 AT1G09950 Eudicots
## 74 AT1G10010 Ferns
## 75 AT1G10155 Eudicots
## 76 AT1G10170 Magnoliids
## 77 AT1G10200 Eudicots
## 78 AT1G10210 Magnoliids
## 79 AT1G10240 Eudicots
## 80 AT1G10270 Conifers
## 81 AT1G10450 Lycophytes
## 82 AT1G10470 Eudicots
## 83 AT1G10550 Eudicots
## 84 AT1G10600 Magnoliids
## 85 AT1G10760 Eudicots
## 86 AT1G10870 Monocots
## 87 AT1G10970 Lycophytes
## 88 AT1G11350 Eudicots
## 89 AT1G11580 Magnoliids
## 90 AT1G11720 Monocots
## 91 AT1G12210 Monocots
## 92 AT1G12360 Monocots
## 93 AT1G12420 Magnoliids
## 94 AT1G12430 Ferns
## 95 AT1G12680 Eudicots
## 96 AT1G12710 Monocots
## 97 AT1G13090 Eudicots
## 98 AT1G13110 Eudicots
## 99 AT1G13140 Ferns
## 100 AT1G13170 Lycophytes
## 101 AT1G13180 Monocots
## 102 AT1G13210 Monocots
## 103 AT1G13260 Conifers
## 104 AT1G13690 Eudicots
## 105 AT1G14370 Monocots
## 106 AT1G14420 Monocots
## 107 AT1G14510 Eudicots
## 108 AT1G14530 Eudicots
## 109 AT1G14660 Eudicots
## 110 AT1G14790 Monocots
## 111 AT1G14870 Lycophytes
## 112 AT1G14880 Lycophytes
## 113 AT1G15020 Ferns
## 114 AT1G15080 Conifers
## 115 AT1G15210 Magnoliids
## 116 AT1G15550 Magnoliids
## 117 AT1G15570 Eudicots
## 118 AT1G15720 Eudicots
## 119 AT1G15750 Monocots
## 120 AT1G15990 Magnoliids
## 121 AT1G16060 Eudicots
## 122 AT1G16110 Eudicots
## 123 AT1G16120 Eudicots
## 124 AT1G16130 Eudicots
## 125 AT1G16150 Eudicots
## 126 AT1G16160 Eudicots
## 127 AT1G16710 Ferns
## 128 AT1G16980 Ferns
## 129 AT1G17020 Monocots
## 130 AT1G17120 Monocots
## 131 AT1G17140 Magnoliids
## 132 AT1G17210 Magnoliids
## 133 AT1G17220 Eudicots
## 134 AT1G17240 Monocots
## 135 AT1G17250 Monocots
## 136 AT1G17440 Eudicots
## 137 AT1G17550 Ferns
## 138 AT1G17800 Monocots
## 139 AT1G17810 Conifers
## 140 AT1G17920 Magnoliids
## 141 AT1G17980 Eudicots
## 142 AT1G18330 Eudicots
## 143 AT1G18450 Eudicots
## 144 AT1G18650 Monocots
## 145 AT1G18670 Eudicots
## 146 AT1G18870 Magnoliids
## 147 AT1G18890 Magnoliids
## 148 AT1G19050 Eudicots
## 149 AT1G19220 Eudicots
## 150 AT1G19250 Ferns
## 151 AT1G19300 Eudicots
## 152 AT1G19350 Eudicots
## 153 AT1G19780 Magnoliids
## 154 AT1G19850 Eudicots
## 155 AT1G19870 Monocots
## 156 AT1G20000 Eudicots
## 157 AT1G20440 Eudicots
## 158 AT1G20450 Eudicots
## 159 AT1G20510 Conifers
## 160 AT1G20560 Liverworts
## 161 AT1G20780 Magnoliids
## 162 AT1G20840 Lycophytes
## 163 AT1G20850 Eudicots
## 164 AT1G21170 Liverworts
## 165 AT1G21240 Monocots
## 166 AT1G21250 Monocots
## 167 AT1G21270 Monocots
## 168 AT1G21360 Monocots
## 169 AT1G21430 Magnoliids
## 170 AT1G21640 Magnoliids
## 171 AT1G21700 Monocots
## 172 AT1G21870 Monocots
## 173 AT1G22090 Eudicots
## 174 AT1G22770 Magnoliids
## 175 AT1G23010 Conifers
## 176 AT1G23020 Magnoliids
## 177 AT1G23090 Lycophytes
## 178 AT1G23380 Eudicots
## 179 AT1G23760 Magnoliids
## 180 AT1G23870 Monocots
## 181 AT1G23900 Eudicots
## 182 AT1G24150 Eudicots
## 183 AT1G24190 Lycophytes
## 184 AT1G24400 Lycophytes
## 185 AT1G24540 Ferns
## 186 AT1G24764 Monocots
## 187 AT1G26150 Eudicots
## 188 AT1G26355 Eudicots
## 189 AT1G26560 Ferns
## 190 AT1G26700 Lycophytes
## 191 AT1G26760 Lycophytes
## 192 AT1G26830 Eudicots
## 193 AT1G27080 Conifers
## 194 AT1G27380 Eudicots
## 195 AT1G27680 Lycophytes
## 196 AT1G27770 Magnoliids
## 197 AT1G27910 Magnoliids
## 198 AT1G27950 Eudicots
## 199 AT1G28220 Magnoliids
## 200 AT1G28330 Eudicots
## 201 AT1G28470 Eudicots
## 202 AT1G28480 Eudicots
## 203 AT1G28670 Monocots
## 204 AT1G29170 Eudicots
## 205 AT1G29280 Eudicots
## 206 AT1G29340 Eudicots
## 207 AT1G29910 Ferns
## 208 AT1G29930 Ferns
## 209 AT1G30000 Conifers
## 210 AT1G30100 Magnoliids
## 211 AT1G30135 Eudicots
## 212 AT1G30330 Lycophytes
## 213 AT1G30400 Liverworts
## 214 AT1G30420 Liverworts
## 215 AT1G30460 Conifers
## 216 AT1G30490 Magnoliids
## 217 AT1G30570 Ferns
## 218 AT1G31230 Eudicots
## 219 AT1G31280 Conifers
## 220 AT1G31350 Ferns
## 221 AT1G31470 Magnoliids
## 222 AT1G31480 Eudicots
## 223 AT1G31650 Eudicots
## 224 AT1G31770 Conifers
## 225 AT1G31880 Eudicots
## 226 AT1G31930 Lycophytes
## 227 AT1G32170 Monocots
## 228 AT1G32240 Eudicots
## 229 AT1G32330 Lycophytes
## 230 AT1G32450 Ferns
## 231 AT1G32540 Eudicots
## 232 AT1G32770 Eudicots
## 233 AT1G33060 Eudicots
## 234 AT1G33520 Eudicots
## 235 AT1G33980 Monocots
## 236 AT1G34120 Monocots
## 237 AT1G34180 Eudicots
## 238 AT1G34190 Eudicots
## 239 AT1G34260 Monocots
## 240 AT1G36160 Monocots
## 241 AT1G36180 Monocots
## 242 AT1G37130 Ferns
## 243 AT1G42540 Monocots
## 244 AT1G42550 Monocots
## 245 AT1G42990 Monocots
## 246 AT1G43850 Magnoliids
## 247 AT1G44750 Monocots
## 248 AT1G45976 Eudicots
## 249 AT1G46264 Eudicots
## 250 AT1G46480 Eudicots
## 251 AT1G46768 Eudicots
## 252 AT1G47200 Eudicots
## 253 AT1G47210 Eudicots
## 254 AT1G47230 Eudicots
## 255 AT1G47510 Conifers
## 256 AT1G47550 Monocots
## 257 AT1G47620 Monocots
## 258 AT1G47890 Eudicots
## 259 AT1G48480 Monocots
## 260 AT1G48790 Eudicots
## 261 AT1G48880 Monocots
## 262 AT1G49780 Magnoliids
## 263 AT1G50300 Eudicots
## 264 AT1G50360 Lycophytes
## 265 AT1G50460 Magnoliids
## 266 AT1G50500 Eudicots
## 267 AT1G51700 Eudicots
## 268 AT1G51760 Magnoliids
## 269 AT1G51780 Magnoliids
## 270 AT1G51880 Liverworts
## 271 AT1G52040 Eudicots
## 272 AT1G52150 Magnoliids
## 273 AT1G52160 Lycophytes
## 274 AT1G52230 Eudicots
## 275 AT1G52340 Eudicots
## 276 AT1G52520 Eudicots
## 277 AT1G52920 Monocots
## 278 AT1G53090 Monocots
## 279 AT1G53165 Eudicots
## 280 AT1G53310_PEPC Eudicots
## 281 AT1G53470 Eudicots
## 282 AT1G53590 Monocots
## 283 AT1G53840 Eudicots
## 284 AT1G54030 Eudicots
## 285 AT1G54080 Eudicots
## 286 AT1G54115 Lycophytes
## 287 AT1G54130 Liverworts
## 288 AT1G54170 Eudicots
## 289 AT1G54490 Lycophytes
## 290 AT1G54710 Conifers
## 291 AT1G55250 Ferns
## 292 AT1G55310 Eudicots
## 293 AT1G55320 Monocots
## 294 AT1G55370 Magnoliids
## 295 AT1G55420 Eudicots
## 296 AT1G55490 Monocots
## 297 AT1G55560 Eudicots
## 298 AT1G55570 Eudicots
## 299 AT1G55610 Monocots
## 300 AT1G55620 Monocots
## 301 AT1G55730 Monocots
## 302 AT1G55970 Ferns
## 303 AT1G57800 Monocots
## 304 AT1G58030 Lycophytes
## 305 AT1G58190 Monocots
## 306 AT1G58210 Monocots
## 307 AT1G58330 Eudicots
## 308 AT1G58350 Monocots
## 309 AT1G58370 Liverworts
## 310 AT1G58380 Ferns
## 311 AT1G58470 Eudicots
## 312 AT1G59500 Magnoliids
## 313 AT1G59580 Magnoliids
## 314 AT1G59590 Eudicots
## 315 AT1G59620 Eudicots
## 316 AT1G59820 Monocots
## 317 AT1G59940 Eudicots
## 318 AT1G61560 Conifers
## 319 AT1G61680 Eudicots
## 320 AT1G61820 Ferns
## 321 AT1G61870 Magnoliids
## 322 AT1G62180 Eudicots
## 323 AT1G62280 Eudicots
## 324 AT1G62300 Eudicots
## 325 AT1G62360 Conifers
## 326 AT1G62670 Monocots
## 327 AT1G62710 Monocots
## 328 AT1G62830 Conifers
## 329 AT1G62990 Eudicots
## 330 AT1G63120 Monocots
## 331 AT1G63440 Ferns
## 332 AT1G63450 Lycophytes
## 333 AT1G63680 Monocots
## 334 AT1G63700 Eudicots
## 335 AT1G64060 Magnoliids
## 336 AT1G64170 Ferns
## 337 AT1G64660 Magnoliids
## 338 AT1G64780 Liverworts
## 339 AT1G64900 Monocots
## 340 AT1G64950 Monocots
## 341 AT1G65480 Eudicots
## 342 AT1G65590 Magnoliids
## 343 AT1G66040 Monocots
## 344 AT1G66230 Eudicots
## 345 AT1G66340 Magnoliids
## 346 AT1G67110 Lycophytes
## 347 AT1G67220 Ferns
## 348 AT1G67440 Monocots
## 349 AT1G67490 Liverworts
## 350 AT1G68020 Monocots
## 351 AT1G68050 Monocots
## 352 AT1G68795 Eudicots
## 353 AT1G68910 Eudicots
## 354 AT1G69010 Monocots
## 355 AT1G69120 Magnoliids
## 356 AT1G69260 Magnoliids
## 357 AT1G69490 Eudicots
## 358 AT1G69588 Eudicots
## 359 AT1G69670 Eudicots
## 360 AT1G69700 EudicotsCount of clade-specific radiations per clade:
