Queilitis

Paquetes

library(tidyverse)
library(stringr)

Dataset

df <- read_csv("queilits.csv")

Parsed with column specification:
cols(
  .default = col_character(),
  Fototipo = col_integer()
)
See spec(...) for full column specifications.

Primero cambio los si-no a presente/ausente

df <- df %>%  # creo un nuevo df sobre el df original
  select(`Sequedad Labial`:`Presencia de Queilitis Actinica`, `Nombre de Pcte.`, `Edad Pcte.`, `Sexo Pcte.` ) %>%  # selecciono solo las columnas que voy a utilizar
  gather(`Sequedad Labial`:`Atrofia de labio`, 
         key = "Signo", value = "Presencia o ausencia") # ahora reuno las columnas de Sequedad a Atrofia, las junto en una columa (key=) y los valores los agrego a value. Ahora me quedan 3 columnas
glimpse(df)

Observations: 1,356
Variables: 6
$ Presencia de Queilitis Actinica <chr> "Presente", "Presente", "Ausente", "Presente", "Ausente", "Presente", "Presente", "Au...
$ Nombre de Pcte.                 <chr> "Paillalef Millahual Mario Esteban", "Guala Carrasco Pedro", "Saldivia Barria Ana", "...
$ Edad Pcte.                      <chr> "35", "59", "66", "52 años", "26", "67 años", "62", "72", "63", "55 años", "50", "53"...
$ Sexo Pcte.                      <chr> "Masculino", "Masculino", "Femenino", "Masculino", "Masculino", "Masculino", "Masculi...
$ Signo                           <chr> "Sequedad Labial", "Sequedad Labial", "Sequedad Labial", "Sequedad Labial", "Sequedad...
$ Presencia o ausencia            <chr> "Presente", "Presente", "Ausente", "Presente", "Presente", "Presente", "Presente", "A...

Voy a hacer una tabla para ver

table(df$Signo, df$`Presencia o ausencia`)

                                          
                                           ausente Ausente  No  NO presente Presente  Si  SI
  Ardor o Prurito                                0     107   0   0        0        6   0   0
  Atrofia de labio                               0       0 102   0        0        0   0  11
  Edema                                          0      98   0   0        0       15   0   0
  Eritema                                       28       0   0   0       85        0   0   0
  Esfumación del Borde Bermellón del labio       0       0  60   0        0        0  53   0
  Línea Muco-Cutánea                             0      31   0   0        0       69   0   0
  Pliegues labiales marcados                     0       0   0  57        0        0  56   0
  Presencia de Costra                            0     104   0   0        0        9   0   0
  Presencia de lesión Escamosa                   0     105   0   0        0        8   0   0
  Presencia de Mancha o Placa Blanca             0       0   0  74        0        0  39   0
  Sequedad Labial                                0      21   0   0        0       92   0   0
  Ulceración/fisuración del Labio                0      85   0   0       28        0   0   0

OK, todo siempre puede ser peor. No solo hay “ausente” y “presente”, sino que también “Ausente”, “Presente” y por supuesto los “si” y “no”

Paso todo a minúsculas

df$`Presencia o ausencia` <- str_to_lower(df$`Presencia o ausencia`)

Ahora quedan cuatro categorías. Paso todas las no a ausente y si a presente

df$`Presencia o ausencia` <- str_replace(df$`Presencia o ausencia`, 
                                         "no", 
                                         "ausente")
df$`Presencia o ausencia` <- str_replace(df$`Presencia o ausencia`, 
                                         "si", 
                                         "presente")
# cambio la edad, le saco "años"
df$`Edad Pcte.` <- str_replace(df$`Edad Pcte.`, 
                               " años", 
                               "") # que locura el ingreso de datos...
df$`Edad Pcte.` <- as.numeric(df$`Edad Pcte.`) #cambio de chr a num

Cambio los presente o ausente de queilitis a con queilits y sin queilitis para no confundirme

df$`Presencia de Queilitis Actinica` <- str_replace(df$`Presencia de Queilitis Actinica`, 
                                                    "Presente", 
                                                    "con queilitis")
df$`Presencia de Queilitis Actinica` <- str_replace(df$`Presencia de Queilitis Actinica`, 
                                                    "Ausente", 
                                                    "sin queilitis")
glimpse(df)

Observations: 1,356
Variables: 6
$ Presencia de Queilitis Actinica <chr> "con queilitis", "con queilitis", "sin queilitis", "con queilitis", "sin queilitis", ...
$ Nombre de Pcte.                 <chr> "Paillalef Millahual Mario Esteban", "Guala Carrasco Pedro", "Saldivia Barria Ana", "...
$ Edad Pcte.                      <dbl> 35, 59, 66, 52, 26, 67, 62, 72, 63, 55, 50, 53, 45, 45, 56, 68, 38, 52, 54, 24, 36, 3...
$ Sexo Pcte.                      <chr> "Masculino", "Masculino", "Femenino", "Masculino", "Masculino", "Masculino", "Masculi...
$ Signo                           <chr> "Sequedad Labial", "Sequedad Labial", "Sequedad Labial", "Sequedad Labial", "Sequedad...
$ Presencia o ausencia            <chr> "presente", "presente", "ausente", "presente", "presente", "presente", "presente", "a...

Vamos a ver ahora

table(df$Signo, df$`Presencia o ausencia`)

Ahora si…

Otro estilo de tabla:

Vamos a ver si se puede graficar

df %>%  # tomo el df
  filter(`Presencia o ausencia` == "presente") %>% #filtro  
  ggplot(aes(x = Signo)) + # grafico, el eje x es signo
  geom_bar() # en forma de barras

Bien, pero sale todo junto, cambio los ejes

df %>% 
  filter(`Presencia o ausencia` == "presente") %>% 
  ggplot(aes(x = Signo)) +
  geom_bar() +
  coord_flip() # con esto roto los ejes

todo muy bien, pero son variables nominales, perfectamente las puedo ordenar de mayor a menor sin perder información

Necesito 1. hacer una tabla 2. ordernarla, y 3 graficarla

df %>% 
  filter(`Presencia o ausencia` == "presente") %>% 
  ggplot(aes(x = Signo)) +
  geom_bar() +
  coord_flip()

Tareas:

Ordenar por recuento de categoria Hacer facet por si tiene o no quelitis hacer análisis Mantel-Haenzel

table(df$Signo, df$`Presencia o ausencia`, df$`Presencia de Queilitis Actinica`)

, ,  = con queilitis

                                          
                                           ausente presente
  Ardor o Prurito                               33        4
  Atrofia de labio                              26       11
  Edema                                         25       12
  Eritema                                        2       35
  Esfumación del Borde Bermellón del labio       5       32
  Línea Muco-Cutánea                            28        2
  Pliegues labiales marcados                     6       31
  Presencia de Costra                           30        7
  Presencia de lesión Escamosa                  30        7
  Presencia de Mancha o Placa Blanca            11       26
  Sequedad Labial                                3       34
  Ulceración/fisuración del Labio               18       19

, ,  = sin queilitis

                                          
                                           ausente presente
  Ardor o Prurito                               74        2
  Atrofia de labio                              76        0
  Edema                                         73        3
  Eritema                                       26       50
  Esfumación del Borde Bermellón del labio      55       21
  Línea Muco-Cutánea                             3       67
  Pliegues labiales marcados                    51       25
  Presencia de Costra                           74        2
  Presencia de lesión Escamosa                  75        1
  Presencia de Mancha o Placa Blanca            63       13
  Sequedad Labial                               18       58
  Ulceración/fisuración del Labio               67        9

paraMantelHaenzel <-  table(df$Signo, df$`Presencia o ausencia`, df$`Presencia de Queilitis Actinica`)

mosaicplot(table(df$Signo, df$`Presencia o ausencia`, df$`Presencia de Queilitis Actinica`), 
           shade = T)

mantelhaen.test(x = df$Signo, 
                y = df$`Presencia o ausencia`,
                z = df$`Presencia de Queilitis Actinica`, 
                alternative = c("two.sided"), 
                correct = T, 
                exact = F, 
                conf.level = 0.95)

    Cochran-Mantel-Haenszel test

data:  df$Signo and df$`Presencia o ausencia` and df$`Presencia de Queilitis Actinica`
Cochran-Mantel-Haenszel M^2 = 458.48, df = 11, p-value < 2.2e-16