- Introducción a warbleR
- Activar estos paquetes
- Obtener información de la especie
- Proyectar un mapa con los registros
- Ver los tipos de grabaciones
- Filtrar registros por tipo de vocalización
- Tabla de frecuencias de registros por País
- Proyectar el mapa
- Bajar un archivo de interés
- Obtener el espectograma en formato jpg
- Descargar toda la libreria de Xenocanto de grabaciones de interés.
- Métricas básicas
- Análisis espectral
- Espectograma
Introducción a warbleR
Por: Oscar Ramírez-Alán
Asegúrese de tener instalado la última versión de R https://cran.r-project.org/.
En caso de no tener instalado los paquetes correr la siguiente función
library(devtools)
x <- c("ggplot2", "gtable", "grid", "warbleR", "tuneR")
out <- lapply(x, function(y) {
if (!y %in% installed.packages()[, "Package"])
install.packages(y)
require(y, character.only = T)
})Crear un directorio de Trabajo
getwd()[1] "E:/Dropbox/Orni/Rpubs"# dir.create('E:/Dropbox/Orni/Rpubs')
setwd("E:/Dropbox/Orni/Rpubs")
getwd()[1] "E:/Dropbox/Orni/Rpubs"Activar estos paquetes
library(maps)
library(rjson)Antes de hacer una búsqueda asegurese que de la especie se encuentre dentro de los registros en Xenocanto. Ejem: http://www.xeno-canto.org/explore?query=Buteo+plagiatus
Obtener información de la especie
bp <- querxc(qword = "Buteo plagiatus", download = F)
head(bp) Recording_ID Genus Specific_epithet Subspecies English_name
1 387733 Buteo plagiatus Grey Hawk
2 383807 Buteo plagiatus Grey Hawk
3 321597 Buteo plagiatus Grey Hawk
4 380722 Buteo plagiatus Grey Hawk
5 371640 Buteo plagiatus Grey Hawk
Recordist Country
1 Lauren Harter Mexico
2 Jeff Norris Costa Rica
3 Juan Marin Mexico
4 Vicki Dern United States
5 Esau Toaki Villarreal Mexico
Locality Latitude
1 Arroyo Mentidero y Rio Cuchujaqui, Sonora 26.9122
2 Santa Ana, Provincia de San José 9.9373
3 Bahía de Banderas, Nayarit 20.7621
4 Huachuca Canyon - bridge at 0.2 miles, Cochise County, AZ 31.5403
5 Mérida, Merida, Yucatán 20.9764
Longitude Vocalization_type
1 -108.9137 call
2 -84.1801 call
3 -105.4794 song
4 -110.3754 begging call
5 -89.6568 call, female, flight call, male
Audio_file
1 http://www.xeno-canto.org/387733/download
2 http://www.xeno-canto.org/383807/download
3 http://www.xeno-canto.org/321597/download
4 http://www.xeno-canto.org/380722/download
5 http://www.xeno-canto.org/371640/download
License
1 http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
2 http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
3 http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
4 http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
5 http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Url Quality Time Date
1 http://www.xeno-canto.org/387733 no score 09:30 2013-12-13
2 http://www.xeno-canto.org/383807 no score 04:30 2017-08-18
3 http://www.xeno-canto.org/321597 no score 11:30 2010-11-23
4 http://www.xeno-canto.org/380722 A 12:08 2017-07-02
5 http://www.xeno-canto.org/371640 A 09:00 2017-05-23
[ reached getOption("max.print") -- omitted 1 row ]Proyectar un mapa con los registros
xcmaps(bp) #Se guarda el archivo en el directorio de trabajo
# Buscar en el directorio de trabajo y ver que se creo un nuevo archivo:
# 'Map of Buteo plagiatus recordings'Ver los tipos de grabaciones
levels(bp$Vocalization_type) [1] "call" "song"
[3] "begging call" "call, female, flight call, male"
[5] "female, male, song" "long call"
[7] "call, juvenile" "flight call"
[9] "subsong" "begging call, call"
[11] "juvenile" "call, song"
[13] "subsong?" "Call"
[15] "alarm call" Filtrar registros por tipo de vocalización
bp.song <- bp[grep("song", bp$Vocalization_type, ignore.case = TRUE), ]
head(bp.song) Recording_ID Genus Specific_epithet Subspecies English_name
3 321597 Buteo plagiatus Grey Hawk
6 353042 Buteo plagiatus Grey Hawk
13 278723 Buteo plagiatus Grey Hawk
15 272339 Buteo plagiatus Grey Hawk
23 199522 Buteo plagiatus Grey Hawk
Recordist Country
3 Juan Marin Mexico
6 Richard E. Webster Mexico
13 Nick Komar United States
15 Richard E. Webster United States
23 Oscar Ramírez Alán Honduras
Locality
3 Bahía de Banderas, Nayarit
6 Arroyo La Aduana, Álamos, Sonora
13 Patagonia, Santa Cruz County, Arizona
15 San Bernardino National Wildlife Refuge, Cochise County, Arizona
23 Copan Ruinas, Copan
Latitude Longitude Vocalization_type
3 20.7621 -105.4794 song
6 27.0303 -109.0146 song
13 31.5392 -110.7594 female, male, song
15 31.34 -109.273 song
23 14.8541 -89.1553 song
Audio_file
3 http://www.xeno-canto.org/321597/download
6 http://www.xeno-canto.org/353042/download
13 http://www.xeno-canto.org/278723/download
15 http://www.xeno-canto.org/272339/download
23 http://www.xeno-canto.org/199522/download
License
3 http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
6 http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
13 http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
15 http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
23 http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Url Quality Time Date
3 http://www.xeno-canto.org/321597 no score 11:30 2010-11-23
6 http://www.xeno-canto.org/353042 A 09:50 2016-03-20
13 http://www.xeno-canto.org/278723 A 06:45 2015-09-08
15 http://www.xeno-canto.org/272339 A 09:01 2015-04-30
23 http://www.xeno-canto.org/199522 A 09:30 2014-10-17
[ reached getOption("max.print") -- omitted 1 row ]Tabla de frecuencias de registros por País
table(bp.song$Country)
Mexico Costa Rica United States Honduras El Salvador
5 1 9 5 2
Nicaragua Belize
0 0 Proyectar el mapa
# Proyectar el mapa
xcmaps(bp.song, img = F)
Bajar un archivo de interés
# rec1 <- querxc(qword = 'nr:180496', download = TRUE)Para ver un spectrograma de la grabación
El pirmer paso es convertir de mp3 a wav
# mp32wav()Obtener el espectograma en formato jpg
# lspec(flim = c(0, 6), sxrow = 10, pal = reverse.heat.colors, wl = 200, it
# = 'jpeg')Descargar toda la libreria de Xenocanto de grabaciones de interés.
# Recuerde que ya tenemos nuestra selección de cantos denominada:
"bp.song"[1] "bp.song"# querxc(X = bp.song)Métricas básicas
library(tuneR)# Hacve lectura del archvi wav
mywav <- readWave("Buteo-plagiatus-180496.wav")Análisis espectral
par(mfrow = c(2, 1))
f <- 22050
spec(mywav, f = f)
meanspec(mywav, f = f, wl = 512)
Espectograma
spectro(mywav, f = 22050)
Referencias
warbleR: an r package to streamline analysis of animal acoustic signals