Clase 1: Investigación reproducible

Derek Corcoran
"03/10, 2017"

Curso Análisis y manipulación de datos en R

Primeros pasos

¿Quien no ha usado nunca R? Swirl
Evaluación sencilla (Completar tareas + 1 evaluación)
Mucho trabajo personal guiado
Pagina donde esta todo el curso
Consejo reproducible

¿Que es investiagación reporoducible?

Código, datos (Crudos) y texto entrelazados
en R: Rmarkdown (Rmd) y Rpresentation (Rpres) entre otros

Peng

Reproducibilidad en R

Rep

Una carpeta
- Datos crudos (csv, xls, html, json)
- Codigo y texto (Rmd, Rpres, shiny)
- Resultados (Manuscrito, Pagina Web, App)

Metas del día de hoy

Un código en un chunk
Un inline code
Una tabla en el Rmarkdown
Primer commit en github
Entender que significan las metas de hoy

Crear un nuevo Rmarkdown

NewRMD

Partes de un Rmd

Chunks
Texto
Inline code
Cheat sheet Rmd
El botón mágico Knit

NewRMD

Chunks (Meta 1)

Chunk

echo = T o F muestro o no codigo
message = T o F muestra mensajes de paquetes
warning = T o F muestra advertencias
hasta el infinito

Texto

Titulo

subtitulo

cursiva

negrita

link

# Titulo

## subtitulo

*cursiva*

**negrita**

[link](https://stackoverflow.com/users/3808018/derek-corcoran)

Inline code (Meta 2)

Inline

Código entrelazado en el texto
Para actualizar medias, maximos, minimos
Valores de p, diferencias estadísticas

Ejemplo

Pueden copiar el codigo de el siguiente link, copiarlo en un archivo rmd, apretar knit y debieran ver algo como esto:

Otro ejemplo

Terremotos

Empezemos a trabajar!!!

Arrr

Bases de datos con que trabajar

Consejo reproducible 1

Usar el paquete pacman (Package manager)

En R usar los mismos paquetes es clave para reproducibilidad
p_load cargar el paquete, si no esta instalarlo y luego cargarlo
El código de abajo busca el paquete pacman, si no esta lo instala
Luego usa p_load sobre los otros paquetes

if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
pacman::p_load(ggplot2, dplyr, lubridate)

Tablas: Kable y Stargazer

kable parte de knitr, tabla igual a lo ingresado
stargazer mas avanzado, comparación de modelos
otras opciones como texreg

Stargazer: Tablas resumen (Meta 3)

Chunk debe estar en results: “asis”
Si es para html la opción debe estar en type = “html”
Si es para pdf la opción debe estar en type = “latex”
Se puede exportar tabla

library(stargazer)
stargazer(iris,type = "html")


Statistic	N	Mean	St. Dev.	Min	Max

Sepal.Length	150	5.843	0.828	4.300	7.900
Sepal.Width	150	3.057	0.436	2.000	4.400
Petal.Length	150	3.758	1.765	1.000	6.900
Petal.Width	150	1.199	0.762	0.100	2.500

Stargazer: Resumen de modelos economía combustible 1

data("mtcars")
kable(head(mtcars))

	mpg	cyl	disp	hp	drat	wt	qsec	vs	am	gear	carb
Mazda RX4	21.0	6	160	110	3.90	2.620	16.46	0	1	4	4
Mazda RX4 Wag	21.0	6	160	110	3.90	2.875	17.02	0	1	4	4
Datsun 710	22.8	4	108	93	3.85	2.320	18.61	1	1	4	1
Hornet 4 Drive	21.4	6	258	110	3.08	3.215	19.44	1	0	3	1
Hornet Sportabout	18.7	8	360	175	3.15	3.440	17.02	0	0	3	2
Valiant	18.1	6	225	105	2.76	3.460	20.22	1	0	3	1

Stargazer: Resumen de modelos economía combustible 2

M1 <- lm(mpg~wt, data = mtcars)
M2 <- lm(mpg~hp, data = mtcars)
M3 <- lm(mpg~hp + wt, data = mtcars)

stargazer(M1, M2, M3, type ="html", single.row=TRUE)


	Dependent variable:

	mpg
	(1)	(2)	(3)

wt	-5.344^*** (0.559)		-3.878^*** (0.633)
hp		-0.068^*** (0.010)	-0.032^*** (0.009)
Constant	37.285^*** (1.878)	30.099^*** (1.634)	37.227^*** (1.599)

Observations	32	32	32
R²	0.753	0.602	0.827
Adjusted R²	0.745	0.589	0.815
Residual Std. Error	3.046 (df = 30)	3.863 (df = 30)	2.593 (df = 29)
F Statistic	91.375^*** (df = 1; 30)	45.460^*** (df = 1; 30)	69.211^*** (df = 2; 29)

Note:	^p<0.1; ^p<0.05; ^**p<0.01

Armemos nuestras propias tablas!!!

Tabla

Github

Como “Google Drive” o “Dropbox” para código
Control de cambios (Podemos volver a cualquier versión anterior)
En base a codigo (idealmente), pero hay GUIs
Cada proyecto es un repositorio

Git

Crear primer repositorio (Meta 4)

Crearse cuenta en githib.com
Crear repositorio en github
Con linea de comando llegar a la carpeta donde se tiene el proyecto
luego los siguientes Códigos
git init (Crea el repositorio local)
git add -A (Agrega todos los archivos al repo)
git commit -am “” (Lo deja listo para subirlo a github)

Crear primer repositorio (Meta 4)

git remote add origin “URL del repositorio remoto”
git remote -v
git push origin master

De ahí en adelante

git add -A (a menos que tengas un archivo muuuy grande)
git commit -am “”
git push

A guardar el repositorio

Repo