1 Introducción

Esta guía es para aquellos que usan R Markdown para escribir sus códigos de R junto a anotaciones, y quieren dar un paso más para lograr escribir informes, ensayos, entre otros documentos que incluyen citas bibliográficas. Se requiere conocer aspectos muy básicos de R Markdown para lograr seguir esta guía. Entonces el objetivo es insertar las referencias bibliográficas que queramos a nuestro documento y generarlas en el formato de citación que elijamos.

2 BibTex

Lo primero que necesitamos es un archivo en formato ‘.bib’ que incluya todas nuestras referencias bibliográficas. Es bastante sencillo conseguir la referencia del artículo que queremos citar en formato ‘.bib’. La mayoría de bases de datos te permiten exportar la referencia del artículo, incluso sin tener que pagar por el.

Base de datos Wiley

Base de datos Wiley

Base de datos ScienceDirect

Base de datos ‘ScienceDirect’


Los archivos ‘.bib’ pueden ser abiertos en un blog de notas. La estructura de BibTex es la siguiente estructura “@article {MRD:MRD20514,”, después del “@” se indica la clase de documento que se está haciendo referencia (artículo, libro, entre otros). Luego se abre una llave (“{”) seguida de un código, en el ejemplo anterior seria MRD:MRD20514, y finaliza con una “,”. En las líneas siguientes se enlistan los datos de la referencia, y en la última línea se coloca una sola llave “}”.

Referencias en formato BibTex, abiertas en block de notas.

Referencias en formato BibTex, abiertas en block de notas.


El código puede ser cambiado y colocar algo que nos facilite recordar la referencia, por ejemplo el autor y año (no usar espacios vacíos). Lo siguiente que hay que hacer es juntar todas las referencias en formato Bibtex en un solo archivo, como se muestra en la siguiente imagen:

Referencias de dos trabajos en un solo archivo.

Referencias de dos trabajos en un solo archivo.

2.1 Concatenar archivos BibTex

En este ejemplo solo se utilizan dos referencias por fines prácticos, sin embargo, cuando escribimos un reporte, ensayo o algún otro documento, generalmente empleamos más de 15 referencias. Esto podría ser una molestia si tuviésemos que unir los archivos copiando y pegando uno por uno. Por suerte existen herramientas que nos permiten realizar dicha tarea de manera rápida.

2.1.1 Windows

2.1.1.1 Herramienta web

Existen páginas que permiten subir archivos para que los concatene y luego puedas descargar el resultado. La página filesmerge permite concatenar diferentes formatos de archivos, en este enlace se puede unir archivos de texto (incluidos ‘.bib’). El archivo de resultado que se descargue tendrá el siguiente nombre: “merge_from_ofoct.txt”. Hace falta cambiarle la extensión a ‘.bib’ para poder usarlo, para esto solo se necesita cambiarle el nombre a “merge_from_ofoct.bib”.

2.1.1.2 Línea de comandos

Si usas la línea de comando de windows, es probable que prefieras realizarlo desde ahí. Colocare dos enlaces de tutoriales que te ayudaran a hacerlo.

2.1.2 Linux y Mac

Si usas Linux o Mac, lo más seguro es que quieras hacerlo a través de la terminal. Es sumamente sencillo. Lo primero es crear un directorio que contenga solamente los archivos ‘.bib’ de las referencias que se usaran. Luego abrir una terminal y situarnos en el directorio que contenga las referencias. Por último, escribiremos el siguiente comando:

cat *.bib > bibliografia.bib

De esta manera se están concatenando todos los archivos de ese directorio que terminen con “.bib”, y el resultado se guarda en un nuevo archivo que se llama “bibliografia.bib”.

Otra forma de acceder a la referencia en formato ‘.bib’ es a través del botón de google académico, pueden instalarlo en la mayoría de navegadores desde aquí.

Botón de google académico.

Al hacer click en ‘BibTex’ se abrirá una pestaña con la información de la referencia, y solo hace falta copiarla a un block de notas junto con otra referencia que hayas descargado. No olvidar que los archivos deben tener la extensión ‘.bib’

3 Estilos de citación

Existen diferentes estilos (o formatos) para citar, y cada uno de ellos tiene sus propias normas. Con los archivos ‘BibTex’ que contienen nuestras referencias es posible generar citas con el formato que nosotros elijamos. Pero es necesario indicarle a la computadora que formato queremos usar, por lo cual tendremos que descargarnos el formato de citación.

Citationstyles.org reúne más de 8000 estilos de citación que podemos descargar. Desde esta herramienta es posible crear, editar o descargar un estilo de citación. Yo la utilizare para buscar y descargar los formatos “Vancouver” y “American Psychological Association 6th edition”.

  1. Primero buscamos el estilo de citación.
  2. Hacemos click en ‘install’
  3. Descargamos el archivo, haciendo click en ‘download ..’

4 Citando en R Markdown

4.1 Preparando el documento

Antes de abrir el documento de R Markdown en donde crearemos el documento, debemos crear un directorio que contenga el estilo de citación que hemos descargado y el archivo ‘.bib’ con todas nuestras referencias. En la misma

carpeta guardaremos el archivo ‘.Rmd’ en el cual elaboraremos nuestro documento.

Entonces estos son los archivos que debe contener el directorio:
El directorio ‘imagenes’ contiene las imágenes que he usado para elaborar este documento, no es necesario crearlo.

Cuando abramos el documento R Markdown, lo primero que hay que hacer es configurar el ‘YAML’ (primera parte del documento que se encuentra dividida entre ‘—’). El siguiente ‘YAML’ es que aparece por default:

---
title: "Untitled"
author: "autor"
date: "21/9/2017"
output: html_document
---

Le debemos indicar el formato de citación que queremos usar (en este caso “American Psychological Association 6th edition”, que lo guarde como ‘apa.csl’) y el archivo ‘.bib’ de donde importar las referencias (en mi caso lo nombre ‘bibliografia.bib’).

---
title: "Untitled"
author: "autor"
date: "21/9/2017"
output: html_document
csl: apa.csl
bibliography: bibliografia.bib
---


4.2 Ahora sí, ¿cómo citar?

Recién ahora podemos citar en el texto, es sumamente sencillo. Cuando queramos citar un trabajo solo hace falta escribir dentro de llaves [ ], un @ seguido (sin dejar espacio) del código respectivo. Recordar que cada referencia BibTex contiene un código (yo los cambie al autor y año). Por ejemplo, si queremos citar el trabajo de Savaria escribiríamos lo siguiente:

... [@savaria2013].

Y obtendríamos lo siguiente:
“… (Savaria & O’Connor, 2013).”

A veces necesitamos citar un trabajo de la siguiente manera " ‘Autor’ (año) confluyo …“. Para generar una cita así escribiríamos lo siguiente:

Savaria [-@savaria2013] concluyo ...

Y entonces obtendríamos: “Savaria (2013) concluyo …”

Nótese que lo único que se hizo es agregar un signo “-” dentro de las llaves, y escribir el autor del trabajo adelante. Otra manera de lograr lo mismo es retirar las llaves, es decir escribir tan solo @savaria2013.

Para citar dos trabajos al mismo tiempo solo hace falta separar los códigos dentro de las llaves con “;”. Entonces para obtener (Nes & Andersen, 2006; Savaria & O’Connor, 2013) se escribiría lo siguiente: [@nes2006; @savaria2013].


4.3 Cambiar el estilo de citación

Si ya no queremos usar el formato “American Psychological Association 6th edition” y preferimos el formato “Vancouver”, solo hace falta cambiar la configuración del ‘YAML’. Ahora seria de esta manera:

---
title: "Untitled"
author: "autor"
date: "21/9/2017"
output: html_document
csl: vancouver.csl
bibliography: bibliografia.bib
---

Y en el lugar que habíamos escrito:

... [@savaria2013].

Ahora obtendremos:
“… (1).”
Si se añadió el signo “-” al código de la referencia (porque se estaba trabajando con otro formato), no es necesario quitarlo.

Lo gran ventaja es que no tenemos que escribir la bibliografía, ni modificar el cuerpo del documento para cambiar todas las citas, como muchos hemos hecho cuando usábamos otros editores de texto.

4.4 ¿Y dónde aparece la bibliografía?

La bibliografía, según el formato que hayas elegido, aparecerá al último del documento. Por lo que recomiendo que en la última línea de tu R Markdown escribas ## Bibliografía.

5 Paquete ‘CITR’

‘CITR’ es un paquete y complemento de Rstudio que nos permite con una interfaz gráfica amigable buscar el código BibTex de la referencia que necesitemos e insertarla en nuestro documento R Markdown. El paquete se encuentra en el “CRAN”. Para instalarlo solo hace falta usar el siguiente comando install.packages("citr"). Más información de está herramienta la pueden encontrar aquí.

Obtenido de https://github.com/crsh/citr

Obtenido de https://github.com/crsh/citr

Bibliografía

Nes, S. van, & Andersen, Ø. (2006). Temperature effects on sex determination and ontogenetic gene expression of the aromatases cyp19a and cyp19b, and the estrogen receptors esr1 and esr2 in atlantic halibut (hippoglossus hippoglossus). Molecular Reproduction and Development, 73(12), 1481–1490. https://doi.org/10.1002/mrd.20514

Savaria, M. C., & O’Connor, N. J. (2013). Predation of the non-native asian shore crab hemigrapsus sanguineus by a native fish species, the cunner (tautogolabrus adspersus). Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 449(Supplement C), 335–339. https://doi.org/https://doi.org/10.1016/j.jembe.2013.10.003