Kurulum Açıklamaları

Aşağıdaki açıklamalar Windows 10 bilgisayara kurulum yapılacağını varsaymaktadır. Windows 7-8 için de geçerli olması beklenmektedir. Bu açıklama hazırlanırken mevcut olan versiyon numaralı kurulum dosyalarının isimleri kullanılmıştır, siz programları indirdiğinizde daha yeni versiyonlar yayınlanmış olabilir.

Bilgisayarımıza kuracağımız bütün yazılımlar ücretsizdir.

1 R kurulumu

R programının kurulum dosyası CRAN sayfasından indirilebilir.

R-3.4.1-win.exe adlı kurulum dosyasını çift tıklayarak açabiliriz. Normalde varsayılan ayarlar yeterli olmaktadır ama aşağıdaki pencerede Create a desktop icon seçeneğindeki işaret kaldırılabilirse güzel olur, yoksa masaüstünde gereksiz ikonlar yerleştirilecektir.

2 Rstudio kurulumu

Rstudio programının kurulum dosyası RStudio sayfasından indirilebilir.

RStudio-1.0.153.exe adlı kurulum dosyası çift tıklanarak çalıştırılabilir. Herhangi bir değişiklik yapmadan sorulan sorular geçilebilir.

3 Git kurulumu

Git sayfasının download kısmı kurulum dosyasını otomatik olarak indirmeye başlayacaktır.

Git-2.14.1-64-bit.exe adlı kurulum dosyası çift tıklanarak çalıştırılabilir. Masaüstüne gereksiz ikonlar yerleştirilmemesi ve sağ tık menüsüne gereksiz eklemeler yapmaması için aşağıdaki ekran geldiğinde gerekli değişiklikler yapılsa güzel olur.

Windows Explorer integration kısmındaki işaret kaldırılmalıdır.

Bundan sonraki basamaklar herhangi bir değişiklik yapmadan geçilebilir.

4 ImageMagick kurulumu

ImageMagick programının Windows kurulumu için gerekli dosyalar bu adreste listelenmiştir. Bunlardan ImageMagick-7.0.7-1-Q16-x64-static.exe adlı dosya (ikinci seçenek) indirilmelidir.

ImageMagick-7.0.7-1-Q16-x64-static.exe adlı kurulum dosyasını çift tıklayarak açabiliriz. Normalde varsayılan ayarlar yeterli olmaktadır ama aşağıdaki pencerede Create a desktop icon seçeneğindeki işaret kaldırılabilirse güzel olur, yoksa masaüstünde gereksiz ikonlar yerleştirilecektir.

5 R paketlerinin kurulumu

Bu basamak yaklaşık 5-10 dakika sürmektedir ve başında durulmasına gerek yoktur, otomatik olarak ilerler.

Birçok R paketini otomatik olarak indirmek için, Rstudio programını açıp yeni bir R script dosyası açalım. Sol üstte açılan boş pencere içine aşağıdaki komutları aynen kopyalayalım:

libs=c("tidyverse","rmarkdown","blogdown","igraph","git2r","tm","tidytext",
       "wordcloud", "gapminder","rcrossref","citr","ggrepel","RMySQL",
       "RSQLite", "e1071","corrplot","caret","data.table","RefManageR",
       "tweenr","xgboost","zoo", "devtools", "maps", "nycflights13", 
       "Lahman","plotly","splines","feather","leaflet", "shiny", 
       "microbenchmark", "pryr", "rsconnect", "PKI", "formatR","bookdown",
       "swirl", "flexdashboard", "DT","plumber")

type=getOption("pkgType")
  CheckInstallPackage <- function(packages, repos="http://cran.r-project.org",
  depend=c("Depends", "Imports", "LinkingTo"), ...) {
    installed=as.data.frame(installed.packages())
    for(p in packages) {
      if(is.na(charmatch(p, installed[,1]))) {
        install.packages(p, repos=repos, dependencies=depend, ...)
        }
      }
    }

CheckInstallPackage(packages=libs)

# to check if we have all packages installed
# for (i in libs) {print(i); do.call("require",as.list(i))}

# development of version of some files from Github
library(devtools)
devtools::install_github("dgrtwo/gganimate")   # requires ImageMagick
devtools::install_github("yihui/animation")
devtools::install_github("rstudio/rmarkdown")

library(animation)
magickPath <- shortPathName("C:\\Program Files\\ImageMagick-7.0.7-Q16\\magick.exe")
ani.options(convert=magickPath)

# install swirl courses
library(swirl)
install_course("R Programming")
install_course("R Programming E")
#install_course("Data Analysis")
install_course("Getting and Cleaning Data")
install_course("Exploratory Data Analysis")
install_course("A_(very)_short_introduction_to_R")

# Bioconductor
## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biobase")
biocLite("limma")
biocLite("IRanges")
biocLite("GenomicRanges")

Açılan pencerede (kırmızı ile gösterilen) Source menüsünden Source with Echo seçildiğinde komutlar otomatik olarak çalışmaya başlayacaktır.

Bitiş

Bütün işlemler bittiğinde sol alttaki çıktı ekranında herhangi bir hata mesajı olmaması gerekiyor. Öğrenci labında kod test edildi, sorunsuz şekilde çalıştı. Son ekranın çıktısının (kırmızı ile gösterilen sol alttaki kısım) aşağıdaki gibi olması gerekiyor.

Bitiş ekranı

Bitiş ekranı