Calibracion MIH

## Loading tidyverse: ggplot2
## Loading tidyverse: tibble
## Loading tidyverse: tidyr
## Loading tidyverse: readr
## Loading tidyverse: purrr
## Loading tidyverse: dplyr

## Conflicts with tidy packages ----------------------------------------------

## %+%():    ggplot2, psych
## alpha():  ggplot2, psych
## filter(): dplyr, stats
## lag():    dplyr, stats

## Loading required package: lpSolve

Calibración 2017-08-31

agosto31 <- read_csv("calibracion20170831.csv")

## Parsed with column specification:
## cols(
##   Diente = col_character(),
##   `MIH observador 1` = col_character(),
##   `Criterio observador 1` = col_integer(),
##   `MIH observador 2` = col_character(),
##   `Criterio observador 2` = col_integer()
## )

# agosto31[,c(1,2,4)] <- lapply(agosto31, as.factor)

agosto31

## # A tibble: 32 x 5
##    Diente `MIH observador 1` `Criterio observador 1` `MIH observador 2`
##     <chr>              <chr>                   <int>              <chr>
##  1      1                 SI                       1                 SI
##  2      2                 SI                       1                 SI
##  3      3                 SI                       2                 SI
##  4      4                 SI                       3                 SI
##  5      5                 NO                       0                 SI
##  6      6                 NO                       0                 SI
##  7      7                 NO                       0                 NO
##  8      8                 SI                       3                 NO
##  9      9                 SI                       3                 SI
## 10     10                 SI                       3                 SI
## # ... with 22 more rows, and 1 more variables: `Criterio observador
## #   2` <int>

Kappa por acuerdo SI/NO

table(agosto31$`MIH observador 1`, agosto31$`MIH observador 2`)

##     
##      NO SI
##   NO  2  6
##   SI  2 22

kappa2(agosto31[,c(2,4)], "unweighted")

##  Cohen's Kappa for 2 Raters (Weights: unweighted)
## 
##  Subjects = 32 
##    Raters = 2 
##     Kappa = 0.2 
## 
##         z = 1.23 
##   p-value = 0.217

mosaicplot(table(agosto31$`MIH observador 1`, agosto31$`MIH observador 2`), shade = T)

Kappa por categoría

table(agosto31$`Criterio observador 1`, agosto31$`Criterio observador 2`)

##    
##     0 1 2 3
##   0 2 3 1 2
##   1 1 6 3 1
##   2 0 2 0 1
##   3 1 0 0 9

kappa2(agosto31[,c(3,5)], "unweighted")

##  Cohen's Kappa for 2 Raters (Weights: unweighted)
## 
##  Subjects = 32 
##    Raters = 2 
##     Kappa = 0.342 
## 
##         z = 3.2 
##   p-value = 0.00136

mosaicplot(table(agosto31$`Criterio observador 1`, agosto31$`Criterio observador 2`), shade = T)

Calibración 2017-09-20

sept20 <- read_csv("calibracion20170920.csv")

## Parsed with column specification:
## cols(
##   Diente = col_character(),
##   `MIH observador 1` = col_character(),
##   `Criterio observador 1` = col_integer(),
##   `MIH observador 2` = col_character(),
##   `Criterio observador 2` = col_integer()
## )

# agosto31[,c(1,2,4)] <- lapply(agosto31, as.factor)

agosto31

## # A tibble: 32 x 5
##    Diente `MIH observador 1` `Criterio observador 1` `MIH observador 2`
##     <chr>              <chr>                   <int>              <chr>
##  1      1                 SI                       1                 SI
##  2      2                 SI                       1                 SI
##  3      3                 SI                       2                 SI
##  4      4                 SI                       3                 SI
##  5      5                 NO                       0                 SI
##  6      6                 NO                       0                 SI
##  7      7                 NO                       0                 NO
##  8      8                 SI                       3                 NO
##  9      9                 SI                       3                 SI
## 10     10                 SI                       3                 SI
## # ... with 22 more rows, and 1 more variables: `Criterio observador
## #   2` <int>

Kappa por acuerdo SI/NO

table(sept20$`MIH observador 1`, sept20$`MIH observador 2`)

##     
##      NO SI
##   NO  5  2
##   SI  3 22

kappa2(sept20[,c(2,4)], "unweighted")

##  Cohen's Kappa for 2 Raters (Weights: unweighted)
## 
##  Subjects = 32 
##    Raters = 2 
##     Kappa = 0.565 
## 
##         z = 3.21 
##   p-value = 0.00133

mosaicplot(table(sept20$`MIH observador 1`, sept20$`MIH observador 2`), shade = T)

Kappa por categoría

table(sept20$`Criterio observador 1`, sept20$`Criterio observador 2`)

##    
##     1 2 3
##   1 7 2 0
##   2 0 8 0
##   3 2 1 2

kappa2(sept20[,c(3,5)], "unweighted")

##  Cohen's Kappa for 2 Raters (Weights: unweighted)
## 
##  Subjects = 22 
##    Raters = 2 
##     Kappa = 0.639 
## 
##         z = 4.16 
##   p-value = 3.14e-05

mosaicplot(table(sept20$`Criterio observador 1`, sept20$`Criterio observador 2`), shade = T)