Elaboraremos curvas de acumulación con los resultantes que se brindan en EstimateS (http://viceroy.colorado.edu/estimates/)

Para esto deberá tener los resultados que brinda el programa EstimateS.

library("DT") # Crea cuadros interactivos HTML

` ### Cargando multiples de datos

En nuestro caso hemos renombrado cada una de las variables. “S” se refire a la “S(est)”, “sob_inf” a “95% CI Lower Bound” y “sob_sup” a “95% CI Upper Bound”

simple<-read.csv("Base_para R_simple.csv", h=T, sep=";")
datatable(simple)

Recordemos que esta base de datos fue guardada en “csv”.

Graficando con ggplot2

library(ggplot2)
names(simple) #Verificamos el nombre de las variables.
## [1] "Samples" "S"       "sob_inf" "sob_sup"
str(simple)#Verificamos la estrutura de las variables.
## 'data.frame':    22 obs. of  4 variables:
##  $ Samples: int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
##  $ S      : num  5.64 9.31 11.83 13.65 15.03 ...
##  $ sob_inf: num  4.01 7.03 9.32 11.09 12.48 ...
##  $ sob_sup: num  7.26 11.58 14.34 16.22 17.58 ...

Curva de acumulción para una comunidad.

#Grupo Simple
ggplot(simple, aes(x=Samples, y=S)) + 
  xlab("Esfuerzo de Muestreo")+  ylab("Sob")+
  geom_errorbar(aes(ymin=sob_inf, ymax=sob_sup)) +
  geom_line() +
  geom_point()
## Warning in plyr::split_indices(scale_id, n): '.Random.seed' is not an
## integer vector but of type 'NULL', so ignored

Analizando comunidades multiples.

multiple<-read.csv("Base para R_EstimateMultiple.csv", h=T, sep=";")
datatable(multiple)

Dos grupos en un mismo gráfico

library(ggplot2)
ggplot(multiple, aes(x=Samples, y=S, group=Com.,  col=Com.)) + 
  geom_line() +
  geom_point()+
  geom_errorbar(aes(ymin=sob_inf, ymax=sob_sup), width=.2)

Dos o más grupos separados

library('ggplot2')
names(multiple)
## [1] "Samples" "S"       "sob_inf" "sob_sup" "Com."    "Habitat"
ggplot( data = multiple,mapping = aes(x=Samples, y=S,
                ymin = sob_inf,ymax = sob_sup, colour = Com.,
    group = Com.)) + geom_line() + geom_pointrange() + 
  geom_errorbar(aes(ymin=sob_inf, ymax=sob_sup), width=.2)+
  facet_grid(~Com.,  scales = "free_y")