Primeiro abrimos o pacote de manipulação da filogenia e a matriz de ocorrência.
library(ape)
library(picante)
## Loading required package: vegan
## Loading required package: permute
## Loading required package: lattice
## This is vegan 2.0-10
## Loading required package: nlme
library(geiger)
Agora abrindo os dados e a filogenia de Moreau et al. (2006).
dat<-read.csv("generos.csv")
tr<-read.tree(text="((((((((((((((Eutetramorium:73.594,Colobostruma:73.594):9.95633,Vollenhovia:83.5503):6.63864,Pristomyrmex:90.189):6.33921,(Wasmannia:83.8655,Myrmica:83.8655):12.6626):2.11778,(Myrmicaria:75.7308,Megalomyrmex:75.7308):22.9151):3.3661,((((((Tetramorium:68.8025,Calyptomyrmex:68.8025):6.33703,Terataner:75.1396):8.44992,(Crematogaster:80.2772,(Melissotarsus:65.5017,Rhopalomastix:65.5017):14.7755):3.31225):11.1698,((Xenomyrmex:83.9085,Proatta:83.9085):8.14668,Dilobocondyla:92.0552):2.70414):2.74276,((((((Formicoxenus:7.31257,Leptothorax:7.31257):58.5152,Temnothorax:65.8278):18.7041,(Mayriella:76.0917,Solenopsis:76.0917):8.44013):6.64191,(Cardiocondyla:74.5929,Monomorium:74.5929):16.5808):1.21785,(((Oligomyrmex:40.2178,Carebara:40.2178):24.7351,Pheidologeton:64.9529):19.0046,Atopomyrmex:83.9575):8.43415):2.42483,(Meranoplus:85.7785,(Lophomyrmex:77.9411,(Podomyrma:68.8966,Metapone:68.8966):9.04444):7.83746):9.03791):2.68564):2.44822,(((Aphaenogaster:56.2384,(Goniomma:23.9685,Oxyopomyrmex:23.9685):32.2699):25.6416,(Stenamma:71.9334,Messor:71.9334):9.94654):15.6929,((Pogonomyrmex:79.7839,Cataulacus:79.7839):10.8606,Ocymyrmex:90.6445):6.92828):2.37751):2.06176):1.57277,(((((Pyramica:44.5083,Strumigenys:44.5083):40.4187,Apterostigma:84.927):6.94025,Eurhopalothrix:91.8673):3.92689,(Cyphomyrmex:63.8308,((Atta:46.9423,Trachymyrmex:46.9423):5.13006,Sericomyrmex:52.0724):11.7584):31.9634):1.52164,((Cephalotes:74.7033,Procryptocerus:74.7033):12.3692,(Pheidole:81.9501,Tranopelta:81.9501):5.12244):10.2433):6.26904):18.784,(((((((Cataglyphis:33.701,Proformica:33.701):22.3233,(Polyergus:43.3611,Formica:43.3611):12.6632):18.4041,Oecophylla:74.4284):4.83715,((Stigmacros:74.4436,((Opisthopsis:49.4112,(Polyrhachis:40.3663,Camponotus:40.3663):9.04498):19.6094,Myrmoteras:69.0207):5.42296):2.72426,(Anoplolepis:68.43,(Euprenolepis:43.3992,Acropyga:43.3992):25.0308):8.73793):2.09766):2.73405,((Myrmecorhynchus:64.2189,Melophorus:64.2189):9.95687,(Prolasius:66.9426,Notonchus:66.9426):7.23315):7.82386):3.63888,(((Plagiolepis:46.743,Pseudolasius:46.743):6.93971,Prenolepis:53.6827):23.2298,(Myrmecocystus:50.6775,(Acanthomyops:40.4266,Lasius:40.4266):10.2509):26.235):8.72597):6.05229,(Myrmelachista:73.6111,Brachymyrmex:73.6111):18.0796):30.6781):2.77539,(((Rhytidoponera:75.7311,Ectatomma:75.7311):8.44938,(Gnamptogenys:70.6125,Typhlomyrmex:70.6125):13.568):21.7229,Heteroponera:105.903):19.2409):4.2867,((((Bothriomyrmex:80.884,Dolichoderus:80.884):5.75122,(((((Papyrius:51.9378,Anonychomyrma:51.9378):9.35583,(Philidris:52.5519,(Ochetellus:46.8246,(Iridomyrmex:40.193,Froggattella:40.193):6.63157):5.72729):8.74174):5.73871,Linepithema:67.0323):12.9795,((Dorymyrmex:63.4288,Forelius:63.4288):12.973,Azteca:76.4018):3.61005):3.32585,Leptomyrmex:83.3377):3.29756):2.12866,(Technomyrmex:79.7341,(Tapinoma:72.8004,Liometopum:72.8004):6.93372):9.02975):25.3492,Aneuretus:114.113):15.3178):2.15423,((Pseudomyrmex:54.4143,Tetraponera:54.4143):61.8335,Myrmecia:116.248):15.3374):2.45257,(((Aenictus:89.1172,Dorylus:89.1172):12.3735,((Nomamyrmex:34.237,Eciton:34.237):13.5756,(Labidus:30.6264,Neivamyrmex:30.6264):17.1862):53.6781):5.44254,((Yunodorylus:90.0514,Sphinctomyrmex:90.0514):11.1639,(Cerapachys:90.9654,Leptanilloides:90.9654):10.2498):5.71804):27.1045):9.11243,(((Platythyrea:119.947,(((((Cryptopone:62.6306,Pachycondyla:62.6306):19.3062,Diacamma:81.9368):5.4333,Hypoponera:87.3701):5.1355,((Dinoponera:77.1263,(Myopias:75.3193,Leptogenys:75.3193):1.80693):10.5639,((Anochetus:55.1198,Odontomachus:55.1198):24.1314,Odontoponera:79.2511):8.43904):4.81539):5.74361,Centromyrmex:98.2492):21.6978):13.8914,(Taturidris:117.57,Paraponera:117.57):16.2683):5.45505,(((Apomyrma:123.01,((Prionopelta:50.6256,Concoctio:50.6256):36.7989,Onychomyrmex:87.4245):35.5859):7.54891,((Myopopone:82.0059,Amblyopone:82.0059):10.2585,(Adetomyrma:85.6339,Mystrium:85.6339):6.63048):38.295):6.04576,((Discothyrea:97.1026,Proceratium:97.1026):23.8314,Probolomyrmex:120.934):15.6711):2.68836):3.85672):10.9139,(Protanilla:112.498,Leptanilla:112.498):41.5659);)")
Podando as espécies que estão nos dados e não estão na filogenia e vice-versa e plotando os dados obtidos:
tmp<-treedata(tr,dat)
## Warning: The following tips were not found in 'data' and were dropped from 'phy':
## Acanthomyops
## Adetomyrma
## Aenictus
## Aneuretus
## Anonychomyrma
## Anoplolepis
## Aphaenogaster
## Apomyrma
## Atopomyrmex
## Bothriomyrmex
## Calyptomyrmex
## Cataglyphis
## Cataulacus
## Cerapachys
## Colobostruma
## Concoctio
## Cryptopone
## Diacamma
## Dilobocondyla
## Discothyrea
## Dorylus
## Euprenolepis
## Eurhopalothrix
## Eutetramorium
## Formica
## Formicoxenus
## Froggattella
## Goniomma
## Heteroponera
## Iridomyrmex
## Lasius
## Leptanilla
## Leptanilloides
## Leptogenys
## Leptomyrmex
## Leptothorax
## Liometopum
## Lophomyrmex
## Mayriella
## Melissotarsus
## Melophorus
## Meranoplus
## Messor
## Metapone
## Monomorium
## Myopias
## Myopopone
## Myrmecia
## Myrmecocystus
## Myrmecorhynchus
## Myrmica
## Myrmicaria
## Myrmoteras
## Mystrium
## Notonchus
## Ochetellus
## Ocymyrmex
## Odontoponera
## Oecophylla
## Oligomyrmex
## Onychomyrmex
## Opisthopsis
## Oxyopomyrmex
## Papyrius
## Pheidologeton
## Philidris
## Plagiolepis
## Platythyrea
## Podomyrma
## Polyergus
## Polyrhachis
## Prenolepis
## Prionopelta
## Pristomyrmex
## Proatta
## Probolomyrmex
## Proceratium
## Procryptocerus
## Proformica
## Prolasius
## Protanilla
## Pseudolasius
## Rhopalomastix
## Rhytidoponera
## Sphinctomyrmex
## Stenamma
## Stigmacros
## Taturidris
## Technomyrmex
## Temnothorax
## Terataner
## Tetramorium
## Tetraponera
## Typhlomyrmex
## Vollenhovia
## Yunodorylus
## Warning: The following tips were not found in 'phy' and were dropped from 'data':
## Acanthostichus
## Acromyrmex
## Asphinctanilloides
## Blepharidatta
## Cyatta
## Gigantiopsis
## Gracilidris
## Kalathomyrmex
## Mycetagroicus
## Mycetarotes
## Mycocepurus
## Myrmecocrypta
## Nesomyrmex
## Nylanderia
## Ochetomyrmex
## Oxyepoecus
## Rogeria
## Simopelta
## Thaumatomyrmex
tr_podada<-tmp$phy
data_reduzido<-tmp$data
plot.phylo(tr_podada)
Calculando a diversidade filogenética:
res<-pd(t(data_reduzido),tr_podada)
res
## PD SR
## Barra.do.Garca 3027 32
## Barreiras 2396 26
## Bom_jesus 1947 20
## Brasilia 2400 24
## Jalapao 2380 24
## Mineiros 2777 30
## Mucuge 2329 24
## Palmas 2758 29
## Pandeiros 2903 30
## Paracatu 3084 34
## Ricardo_Franco 2926 30
## Vila_Bela 2813 29
Aparentemente há uma relação muito forte entre diversidade filogenética e riqueza de gêneros
plot(res, xlab="Diversidade filogenética", ylab="Riqueza de espécies")
regPD<-lm(SR~PD, data=res)
abline(regPD)
summary(regPD)
##
## Call:
## lm(formula = SR ~ PD, data = res)
##
## Residuals:
## Min 1Q Median 3Q Max
## -0.8876 -0.6278 -0.0478 0.4639 1.2968
##
## Coefficients:
## Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
## (Intercept) -2.685712 1.880367 -1.43 0.18
## PD 0.011475 0.000705 16.27 1.6e-08 ***
## ---
## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
##
## Residual standard error: 0.811 on 10 degrees of freedom
## Multiple R-squared: 0.964, Adjusted R-squared: 0.96
## F-statistic: 265 on 1 and 10 DF, p-value: 1.6e-08