Mapeamento população F2
library(onemap)
## Warning: package 'onemap' was built under R version 3.3.3
## Loading required package: tcltk
## Loading required package: tkrplot
## Warning: package 'tkrplot' was built under R version 3.3.2
data<-read.mapmaker(dir="C:/Users/windows/Documents/alex", file = "m_feb06.raw")
## --Read the following data:
## Type of cross: f2
## Number of individuals: 287
## Number of markers: 418
############Estimação da fração de recombinação entre marcadores dois a dois
fr_f2<-rf.2pts(data, LOD = 6, max.rf = 0.37, verbose = TRUE)
##
|
| | 0%
|
| | 1%
|
|= | 1%
|
|= | 2%
|
|== | 2%
|
|== | 3%
|
|== | 4%
|
|=== | 4%
|
|=== | 5%
|
|==== | 5%
|
|==== | 6%
|
|==== | 7%
|
|===== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 8%
|
|====== | 9%
|
|====== | 10%
|
|======= | 10%
|
|======= | 11%
|
|======= | 12%
|
|======== | 12%
|
|======== | 13%
|
|========= | 13%
|
|========= | 14%
|
|========= | 15%
|
|========== | 15%
|
|========== | 16%
|
|=========== | 16%
|
|=========== | 17%
|
|=========== | 18%
|
|============ | 18%
|
|============ | 19%
|
|============= | 19%
|
|============= | 20%
|
|============= | 21%
|
|============== | 21%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|=============== | 24%
|
|================ | 24%
|
|================ | 25%
|
|================= | 25%
|
|================= | 26%
|
|================= | 27%
|
|================== | 27%
|
|================== | 28%
|
|=================== | 28%
|
|=================== | 29%
|
|=================== | 30%
|
|==================== | 30%
|
|==================== | 31%
|
|==================== | 32%
|
|===================== | 32%
|
|===================== | 33%
|
|====================== | 33%
|
|====================== | 34%
|
|====================== | 35%
|
|======================= | 35%
|
|======================= | 36%
|
|======================== | 36%
|
|======================== | 37%
|
|======================== | 38%
|
|========================= | 38%
|
|========================= | 39%
|
|========================== | 39%
|
|========================== | 40%
|
|========================== | 41%
|
|=========================== | 41%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================ | 44%
|
|============================= | 44%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 45%
|
|============================== | 46%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 48%
|
|================================ | 49%
|
|================================ | 50%
|
|================================= | 50%
|
|================================= | 51%
|
|================================= | 52%
|
|================================== | 52%
|
|================================== | 53%
|
|=================================== | 53%
|
|=================================== | 54%
|
|=================================== | 55%
|
|==================================== | 55%
|
|==================================== | 56%
|
|===================================== | 56%
|
|===================================== | 57%
|
|===================================== | 58%
|
|====================================== | 58%
|
|====================================== | 59%
|
|======================================= | 59%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================= | 61%
|
|======================================== | 61%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================= | 64%
|
|========================================== | 64%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 65%
|
|=========================================== | 66%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================= | 68%
|
|============================================= | 69%
|
|============================================= | 70%
|
|============================================== | 70%
|
|============================================== | 71%
|
|============================================== | 72%
|
|=============================================== | 72%
|
|=============================================== | 73%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================ | 74%
|
|================================================ | 75%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================= | 76%
|
|================================================== | 76%
|
|================================================== | 77%
|
|================================================== | 78%
|
|=================================================== | 78%
|
|=================================================== | 79%
|
|==================================================== | 79%
|
|==================================================== | 80%
|
|==================================================== | 81%
|
|===================================================== | 81%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|====================================================== | 84%
|
|======================================================= | 84%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 85%
|
|======================================================== | 86%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 88%
|
|========================================================== | 89%
|
|========================================================== | 90%
|
|=========================================================== | 90%
|
|=========================================================== | 91%
|
|=========================================================== | 92%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================ | 93%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================= | 94%
|
|============================================================= | 95%
|
|============================================================== | 95%
|
|============================================================== | 96%
|
|=============================================================== | 96%
|
|=============================================================== | 97%
|
|=============================================================== | 98%
|
|================================================================ | 98%
|
|================================================================ | 99%
|
|=================================================================| 99%
|
|=================================================================| 100%
#De esa forma, a gente declara marcadores ligados sò aqueles que possuém
#fração de recombinação menor ao 0,37 e com um LOD superior a 6
############Formação de grupos de ligação
grupo_liga<-make.seq(fr_f2, "all")
LGs_f2 <- group(grupo_liga)
############Transformação das frações de recombinação em cM
set.map.fun(type = c("kosambi"))
#############Anaise de cada grupo de ligação formado <<<<<<<<<<<
############////////////////////////////////////////
LG1<-make.seq(LGs_f2, 1)
############Ordenação dos marcadores dentro do grupo de ligação
LG2_rcd_f2 <- rcd(LG1)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 167 1 226 8 33 169 163 132 243 220 16 328 47 41 49 258 97 28 190 177 325 307 379 261 353 85 394 335 346 60 134 105 350 362 385 262 334 279 275 361 21 260 377 308 216 236 370 396 266 259 100 199 337 288 286 287 339 380 147 43 69 128 251 320 355 406 265 31 26 219 250 278 270 404 338 277 263 127 249 283 290 276
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 167 1 226 8 33 169 163 132 243 220 16 328 47 41 49 258 97 28 190 177 325 307 379 261 353 85 394 335 346 60 134 105 350 362 385 262 334 279 275 361 21 260 377 308 216 236 370 396 266 259 100 199 337 288 286 287 339 380 147 43 69 128 251 320 355 406 265 31 26 219 250 278 270 404 338 277 263 127 249 283 290 276
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 394 --> MgSTS494 : ......
## 396 --> MgSTS483 : .......
## 163 --> CA389C : ........
## 385 --> MgSTS632 : ........
## 16 --> AA173C : .........
## 370 --> MgSTS583 : .........
## 377 --> MgSTS631 : .........
## 279 --> MgSTS133 : ..........
## 169 --> AAT267 : ...........
## 177 --> AAT265 : ...........
## 277 --> MgSTS91 : ...........
## 380 --> MgSTS561 : ...........
## 270 --> MgSTS26 : ...........
## 278 --> MgSTS93 : ...........
## 263 --> MgSTS20 : ...........
## 406 --> MgSTS620 : ...........
## 379 --> MgSTS562 : ...........
## 262 --> MgSTS18 : ............
## 307 --> MgSTS527 : .............
## 288 --> MgSTS87 : ..............
## 283 --> MgSTS98 : ..............
## 266 --> MgSTS24 : ..............
## 265 --> MgSTS19 : ..............
## 308 --> MgSTS520 : ..............
## 337 --> MgSTS358 : ...............
## 335 --> MgSTS348 : ...............
## 220 --> BC194C : ................
## 219 --> BC526C : ................
## 338 --> MgSTS344 : ................
## 334 --> MgSTS350 : ................
## 404 --> MgSTS598 : .................
## 290 --> MgSTS212 : .................
## 320 --> MgSTS360 : .................
## 362 --> MgSTS578 : .................
## 355 --> MgSTS380 : ..................
## 350 --> MgSTS500 : ..................
## 287 --> aat356 : ...................
## 346 --> MgSTS491 : ...................
## 261 --> MgSTS16 : ...................
## 275 --> MgSTS29 : ....................
## 259 --> AP3 : .....................
## 286 --> CYCA : .....................
## 353 --> MgSTS398 : .....................
## 361 --> MgSTS263 : .....................
## 339 --> MgSTS471 : .....................
## 258 --> AAT333 : .....................
## 328 --> MgSTS336 : .....................
## 60 --> BB216 : .....................
## 69 --> BB124 : ......................
## 97 --> CA174 : ......................
## 85 --> CA267 : ......................
## 105 --> CA75 : ......................
## 100 --> CA150 : .......................
## 1 --> AA461 : ........................
## 8 --> AA341 : ........................
## 21 --> AA137 : ........................
## 33 --> BA374 : .........................
## 47 --> BA153 : .........................
## 41 --> BA214 : .........................
## 49 --> BA129 : .........................
## 28 --> BA416 : .........................
## 43 --> BA196 : .........................
## 31 --> BA387 : .........................
## 26 --> BA449 : .........................
## 132 --> BD270 : .........................
## 134 --> BD251 : .........................
## 147 --> BD100 : .........................
## 127 --> BD371 : .........................
## 190 --> BC542 : ..........................
## 216 --> BC80 : ...........................
## 199 --> BC374 : ...........................
## 226 --> CC447 : ...........................
## 243 --> CC138 : ...........................
## 236 --> CC320 : ...........................
## 251 --> CC53 : ............................
## 250 --> CC61 : ............................
## 249 --> CC93 : ............................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 167 128 100 236 396 308 377 260 21 275 127 279 334 262 385 362 350 105 60 276 335 394 261 379 307 325 190
##
## Markers not placed on the map: 1 226 8 33 169 163 132 243 220 16 328 47 41 49 258 97 28 177 353 85 346 134 361 216 370 266 259 199 337 288 286 287 339 380 147 43 69 251 320 355 406 265 31 26 219 250 278 270 404 338 277 263 249 283 290
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 1 --> AA461 : ............................
## 226 --> CC447 : ............................
## 8 --> AA341 : ............................
## 33 --> BA374 : ............................
## 169 --> AAT267 : ............................
## 163 --> CA389C : ............................
## 132 --> BD270 : ............................
## 243 --> CC138 : ............................
## 220 --> BC194C : ............................
## 16 --> AA173C : ............................
## 328 --> MgSTS336 : ............................
## 47 --> BA153 : ............................
## 41 --> BA214 : ............................
## 49 --> BA129 : ............................
## 258 --> AAT333 : ............................
## 97 --> CA174 : ............................
## 28 --> BA416 : ............................
## 177 --> AAT265 : ............................
## 353 --> MgSTS398 : ............................
## 85 --> CA267 : ............................
## 346 --> MgSTS491 : ............................
## 134 --> BD251 : ............................
## 361 --> MgSTS263 : ............................
## 216 --> BC80 : ............................
## 370 --> MgSTS583 : ............................
## 266 --> MgSTS24 : ............................
## 259 --> AP3 : ............................
## 199 --> BC374 : ............................
## 337 --> MgSTS358 : ............................
## 288 --> MgSTS87 : ............................
## 286 --> CYCA : ............................
## 287 --> aat356 : ............................
## 339 --> MgSTS471 : ............................
## 380 --> MgSTS561 : ............................
## 147 --> BD100 : ............................
## 43 --> BA196 : ............................
## 69 --> BB124 : ............................
## 251 --> CC53 : ............................
## 320 --> MgSTS360 : ............................
## 355 --> MgSTS380 : ............................
## 406 --> MgSTS620 : ............................
## 265 --> MgSTS19 : ............................
## 31 --> BA387 : ............................
## 26 --> BA449 : ............................
## 219 --> BC526C : ............................
## 250 --> CC61 : ............................
## 278 --> MgSTS93 : ............................
## 270 --> MgSTS26 : ............................
## 404 --> MgSTS598 : ............................
## 338 --> MgSTS344 : ............................
## 277 --> MgSTS91 : ............................
## 263 --> MgSTS20 : ............................
## 249 --> CC93 : ............................
## 283 --> MgSTS98 : ............................
## 290 --> MgSTS212 : ............................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 266 --> MgSTS24 : ............................
## 177 --> AAT265 : .............................
## 370 --> MgSTS583 : ..............................
## 216 --> BC80 : ...............................
## 169 --> AAT267 : ................................
## 355 --> MgSTS380 : .................................
## 250 --> CC61 : ..................................
## 288 --> MgSTS87 : ...................................
## 219 --> BC526C : ....................................
## 270 --> MgSTS26 : .....................................
## 353 --> MgSTS398 : ......................................
## 380 --> MgSTS561 : .......................................
## 278 --> MgSTS93 : ........................................
## 26 --> BA449 : .........................................
## 404 --> MgSTS598 : ..........................................
## 199 --> BC374 : ...........................................
## 31 --> BA387 : ............................................
## 338 --> MgSTS344 : .............................................
## 259 --> AP3 : ..............................................
## 346 --> MgSTS491 : ...............................................
## 286 --> CYCA : ................................................
## 163 --> CA389C : .................................................
## 28 --> BA416 : ..................................................
## 263 --> MgSTS20 : ...................................................
## 361 --> MgSTS263 : ....................................................
## 265 --> MgSTS19 : .....................................................
## 134 --> BD251 : ......................................................
## 132 --> BD270 : .......................................................
## 277 --> MgSTS91 : ........................................................
## 258 --> AAT333 : .........................................................
## 47 --> BA153 : ..........................................................
## 287 --> aat356 : ...........................................................
## 220 --> BC194C : ............................................................
## 16 --> AA173C : .............................................................
## 85 --> CA267 : ..............................................................
## 8 --> AA341 : ...............................................................
## 249 --> CC93 : ................................................................
## 328 --> MgSTS336 : .................................................................
## 339 --> MgSTS471 : ..................................................................
## 97 --> CA174 : ...................................................................
## 1 --> AA461 : ....................................................................
## 406 --> MgSTS620 : .....................................................................
## 251 --> CC53 : ......................................................................
## 33 --> BA374 : .......................................................................
## 283 --> MgSTS98 : ........................................................................
## 41 --> BA214 : .........................................................................
## 147 --> BD100 : ..........................................................................
## 43 --> BA196 : ...........................................................................
## 49 --> BA129 : ............................................................................
## 337 --> MgSTS358 : .............................................................................
## 226 --> CC447 : ..............................................................................
## 69 --> BB124 : ...............................................................................
## 320 --> MgSTS360 : ................................................................................
## 290 --> MgSTS212 : .................................................................................
## 243 --> CC138 : ..................................................................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
########### Correção de ordenação pelo algoritmo Ripple
####corr
Ligação_grupo_1 <- make.seq(LG2_rcd_final, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_1,ws = 5, LOD =6)
## 8 33 167 1 226 ...
## Alternative orders:
## 8 33 167 1 226 258 ... : 0.00
## 167 33 8 226 1 258 ... : -3.01
## 8 33 167 226 1 258 ... : -3.46
## 167 33 8 1 226 258 ... : -3.67
##
## 33 167 1 226 258 ...
## Alternative orders:
## 8 33 167 1 226 258 97 ... : 0.00
## 8 33 167 226 1 258 97 ... : -3.46
##
## 167 1 226 258 97 ...
## Alternative orders:
## ... 33 167 1 226 258 97 28 ... : 0.00
## ... 33 167 1 226 97 258 28 ... : -3.37
## ... 33 167 226 1 258 97 28 ... : -3.46
## ... 33 167 226 1 97 258 28 ... : -5.15
##
## 1 226 258 97 28 ...
## Alternative orders:
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## ... 260 21 275 361 249 127 279 ... : -1.17
## ... 260 21 127 249 361 275 279 ... : -1.17
## ... 260 21 275 361 127 249 279 ... : -1.20
## ... 260 21 361 275 249 127 279 ... : -1.21
## ... 260 21 361 275 127 249 279 ... : -1.64
## ... 260 21 249 275 361 127 279 ... : -5.22
##
## 275 361 127 249 279 ...
## Alternative orders:
## ... 21 127 249 275 361 279 334 ... : 0.00
## ... 21 249 127 275 361 279 334 ... : -0.02
## ... 21 249 127 361 275 279 334 ... : -0.78
## ... 21 275 361 249 127 279 334 ... : -1.17
## ... 21 127 249 361 275 279 334 ... : -1.17
## ... 21 275 361 127 249 279 334 ... : -1.20
## ... 21 361 275 249 127 279 334 ... : -1.21
## ... 21 361 275 127 249 279 334 ... : -1.64
## ... 21 249 275 361 127 279 334 ... : -5.22
##
## 361 127 249 279 334 ...
## Alternative orders:
## ... 275 361 249 127 279 334 262 ... : 0.00
## ... 275 361 127 249 279 334 262 ... : -0.03
##
## 127 249 279 334 262 ...
## Alternative orders:
## ... 361 249 127 279 334 262 385 ... : 0.00
## ... 361 127 249 279 334 262 385 ... : -0.03
##
## 249 279 334 262 385 ... OK
##
## 279 334 262 385 362 ... OK
##
## 334 262 385 362 350 ... OK
##
## 262 385 362 350 105 ... OK
##
## 385 362 350 105 134 ... OK
##
## 362 350 105 134 60 ...
## Alternative orders:
## ... 385 362 350 105 134 60 276 ... : 0.00
## ... 385 362 350 105 60 134 276 ... : -0.99
##
## 350 105 134 60 276 ...
## Alternative orders:
## ... 362 350 105 134 60 276 346 ... : 0.00
## ... 362 350 105 60 134 276 346 ... : -0.99
##
## 105 134 60 276 346 ...
## Alternative orders:
## ... 350 105 134 60 276 346 335 ... : 0.00
## ... 350 105 60 134 276 346 335 ... : -0.99
##
## 134 60 276 346 335 ...
## Alternative orders:
## ... 105 134 60 346 335 276 85 ... : 0.00
## ... 105 60 134 346 335 276 85 ... : -0.21
## ... 105 134 60 335 346 276 85 ... : -0.94
## ... 105 60 134 335 346 276 85 ... : -1.16
## ... 105 134 60 276 346 335 85 ... : -3.25
## ... 105 60 134 276 346 335 85 ... : -4.24
## ... 105 134 335 346 60 276 85 ... : -4.53
## ... 105 134 346 335 60 276 85 ... : -4.98
##
## 60 276 346 335 85 ...
## Alternative orders:
## ... 134 60 346 335 276 85 394 ... : 0.00
## ... 134 60 335 346 276 85 394 ... : -0.94
## ... 134 60 276 346 335 85 394 ... : -3.25
## ... 134 335 346 60 276 85 394 ... : -4.53
## ... 134 346 335 60 276 85 394 ... : -4.98
##
## 276 346 335 85 394 ...
## Alternative orders:
## ... 60 346 335 276 85 394 261 ... : 0.00
## ... 60 335 346 276 85 394 261 ... : -0.94
## ... 60 276 346 335 85 394 261 ... : -3.25
## ... 60 276 346 335 394 85 261 ... : -3.60
## ... 60 276 335 346 394 85 261 ... : -5.26
## ... 60 346 335 276 394 85 261 ... : -5.99
##
## 346 335 85 394 261 ...
## Alternative orders:
## ... 276 346 335 85 394 261 353 ... : 0.00
## ... 276 346 335 394 85 261 353 ... : -0.35
## ... 276 335 346 394 85 261 353 ... : -2.01
## ... 276 335 346 85 394 261 353 ... : -2.89
##
## 335 85 394 261 353 ...
## Alternative orders:
## ... 346 335 85 394 261 353 379 ... : 0.00
## ... 346 335 394 85 261 353 379 ... : -0.35
## ... 346 335 85 394 353 261 379 ... : -2.16
## ... 346 335 394 85 353 261 379 ... : -3.97
##
## 85 394 261 353 379 ...
## Alternative orders:
## ... 335 85 394 261 353 379 307 ... : 0.00
## ... 335 394 85 261 353 379 307 ... : -0.35
## ... 335 85 394 353 261 379 307 ... : -2.16
## ... 335 394 85 353 261 379 307 ... : -3.97
##
## 394 261 353 379 307 ...
## Alternative orders:
## ... 85 394 261 353 379 307 325 ... : 0.00
## ... 85 394 353 261 379 307 325 ... : -2.16
##
## 261 353 379 307 325 ...
## Alternative orders:
## ... 394 261 353 379 307 325 177 ... : 0.00
## ... 394 353 261 379 307 325 177 ... : -2.16
##
## 353 379 307 325 177 ...
## Alternative orders:
## ... 261 353 379 307 325 177 190 : 0.00
## ... 261 353 379 307 177 325 190 : -5.10
##
## 379 307 325 177 190 ...
## Alternative orders:
## ... 353 379 307 325 177 190 : 0.00
## ... 353 379 307 177 325 190 : -5.10
########### Hatemap para avaliar graficamente a fração de recombinação
rf.graph.table(Ligação_grupo_1, axis.cex=1, inter=FALSE)
########### entre marcadores
###########\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
########## Formação de subgrupo1
subG1 <- group(LG1, LOD=6, max.rf=0.23)
set.map.fun(type = c("kosambi"))
SG1<-make.seq(subG1, 1)
############Ordenação dos marcadores dentro do SUGRUPO1
LG2_rcd_f2_sG1 <- rcd(SG1)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 167 8 33 1 226 258 28 97 163 49 41 47 328 16 220 243 132 169 283 290
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final_sG1<- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 167 1 226 8 33 169 163 132 243 220 16 328 47 41 49 258 97 28 190 177 325 307 379 261 353 85 394 335 346 60 134 105 350 362 385 262 334 279 275 361 21 260 377 308 216 236 370 396 266 259 100 199 337 288 286 287 339 380 147 43 69 128 251 320 355 406 265 31 26 219 250 278 270 404 338 277 263 127 249 283 290 276
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 394 --> MgSTS494 : ......
## 396 --> MgSTS483 : .......
## 163 --> CA389C : ........
## 385 --> MgSTS632 : ........
## 16 --> AA173C : .........
## 370 --> MgSTS583 : .........
## 377 --> MgSTS631 : .........
## 279 --> MgSTS133 : ..........
## 169 --> AAT267 : ...........
## 177 --> AAT265 : ...........
## 277 --> MgSTS91 : ...........
## 380 --> MgSTS561 : ...........
## 270 --> MgSTS26 : ...........
## 278 --> MgSTS93 : ...........
## 263 --> MgSTS20 : ...........
## 406 --> MgSTS620 : ...........
## 379 --> MgSTS562 : ...........
## 262 --> MgSTS18 : ............
## 307 --> MgSTS527 : .............
## 288 --> MgSTS87 : ..............
## 283 --> MgSTS98 : ..............
## 266 --> MgSTS24 : ..............
## 265 --> MgSTS19 : ..............
## 308 --> MgSTS520 : ..............
## 337 --> MgSTS358 : ...............
## 335 --> MgSTS348 : ...............
## 220 --> BC194C : ................
## 219 --> BC526C : ................
## 338 --> MgSTS344 : ................
## 334 --> MgSTS350 : ................
## 404 --> MgSTS598 : .................
## 290 --> MgSTS212 : .................
## 320 --> MgSTS360 : .................
## 362 --> MgSTS578 : .................
## 355 --> MgSTS380 : ..................
## 350 --> MgSTS500 : ..................
## 287 --> aat356 : ...................
## 346 --> MgSTS491 : ...................
## 261 --> MgSTS16 : ...................
## 275 --> MgSTS29 : ....................
## 259 --> AP3 : .....................
## 286 --> CYCA : .....................
## 353 --> MgSTS398 : .....................
## 361 --> MgSTS263 : .....................
## 339 --> MgSTS471 : .....................
## 258 --> AAT333 : .....................
## 328 --> MgSTS336 : .....................
## 60 --> BB216 : .....................
## 69 --> BB124 : ......................
## 97 --> CA174 : ......................
## 85 --> CA267 : ......................
## 105 --> CA75 : ......................
## 100 --> CA150 : .......................
## 1 --> AA461 : ........................
## 8 --> AA341 : ........................
## 21 --> AA137 : ........................
## 33 --> BA374 : .........................
## 47 --> BA153 : .........................
## 41 --> BA214 : .........................
## 49 --> BA129 : .........................
## 28 --> BA416 : .........................
## 43 --> BA196 : .........................
## 31 --> BA387 : .........................
## 26 --> BA449 : .........................
## 132 --> BD270 : .........................
## 134 --> BD251 : .........................
## 147 --> BD100 : .........................
## 127 --> BD371 : .........................
## 190 --> BC542 : ..........................
## 216 --> BC80 : ...........................
## 199 --> BC374 : ...........................
## 226 --> CC447 : ...........................
## 243 --> CC138 : ...........................
## 236 --> CC320 : ...........................
## 251 --> CC53 : ............................
## 250 --> CC61 : ............................
## 249 --> CC93 : ............................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 167 128 100 236 396 308 377 260 21 275 127 279 334 262 385 362 350 105 60 276 335 394 261 379 307 325 190
##
## Markers not placed on the map: 1 226 8 33 169 163 132 243 220 16 328 47 41 49 258 97 28 177 353 85 346 134 361 216 370 266 259 199 337 288 286 287 339 380 147 43 69 251 320 355 406 265 31 26 219 250 278 270 404 338 277 263 249 283 290
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 1 --> AA461 : ............................
## 226 --> CC447 : ............................
## 8 --> AA341 : ............................
## 33 --> BA374 : ............................
## 169 --> AAT267 : ............................
## 163 --> CA389C : ............................
## 132 --> BD270 : ............................
## 243 --> CC138 : ............................
## 220 --> BC194C : ............................
## 16 --> AA173C : ............................
## 328 --> MgSTS336 : ............................
## 47 --> BA153 : ............................
## 41 --> BA214 : ............................
## 49 --> BA129 : ............................
## 258 --> AAT333 : ............................
## 97 --> CA174 : ............................
## 28 --> BA416 : ............................
## 177 --> AAT265 : ............................
## 353 --> MgSTS398 : ............................
## 85 --> CA267 : ............................
## 346 --> MgSTS491 : ............................
## 134 --> BD251 : ............................
## 361 --> MgSTS263 : ............................
## 216 --> BC80 : ............................
## 370 --> MgSTS583 : ............................
## 266 --> MgSTS24 : ............................
## 259 --> AP3 : ............................
## 199 --> BC374 : ............................
## 337 --> MgSTS358 : ............................
## 288 --> MgSTS87 : ............................
## 286 --> CYCA : ............................
## 287 --> aat356 : ............................
## 339 --> MgSTS471 : ............................
## 380 --> MgSTS561 : ............................
## 147 --> BD100 : ............................
## 43 --> BA196 : ............................
## 69 --> BB124 : ............................
## 251 --> CC53 : ............................
## 320 --> MgSTS360 : ............................
## 355 --> MgSTS380 : ............................
## 406 --> MgSTS620 : ............................
## 265 --> MgSTS19 : ............................
## 31 --> BA387 : ............................
## 26 --> BA449 : ............................
## 219 --> BC526C : ............................
## 250 --> CC61 : ............................
## 278 --> MgSTS93 : ............................
## 270 --> MgSTS26 : ............................
## 404 --> MgSTS598 : ............................
## 338 --> MgSTS344 : ............................
## 277 --> MgSTS91 : ............................
## 263 --> MgSTS20 : ............................
## 249 --> CC93 : ............................
## 283 --> MgSTS98 : ............................
## 290 --> MgSTS212 : ............................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 266 --> MgSTS24 : ............................
## 177 --> AAT265 : .............................
## 370 --> MgSTS583 : ..............................
## 216 --> BC80 : ...............................
## 169 --> AAT267 : ................................
## 355 --> MgSTS380 : .................................
## 250 --> CC61 : ..................................
## 288 --> MgSTS87 : ...................................
## 219 --> BC526C : ....................................
## 270 --> MgSTS26 : .....................................
## 353 --> MgSTS398 : ......................................
## 380 --> MgSTS561 : .......................................
## 278 --> MgSTS93 : ........................................
## 26 --> BA449 : .........................................
## 404 --> MgSTS598 : ..........................................
## 199 --> BC374 : ...........................................
## 31 --> BA387 : ............................................
## 338 --> MgSTS344 : .............................................
## 259 --> AP3 : ..............................................
## 346 --> MgSTS491 : ...............................................
## 286 --> CYCA : ................................................
## 163 --> CA389C : .................................................
## 28 --> BA416 : ..................................................
## 263 --> MgSTS20 : ...................................................
## 361 --> MgSTS263 : ....................................................
## 265 --> MgSTS19 : .....................................................
## 134 --> BD251 : ......................................................
## 132 --> BD270 : .......................................................
## 277 --> MgSTS91 : ........................................................
## 258 --> AAT333 : .........................................................
## 47 --> BA153 : ..........................................................
## 287 --> aat356 : ...........................................................
## 220 --> BC194C : ............................................................
## 16 --> AA173C : .............................................................
## 85 --> CA267 : ..............................................................
## 8 --> AA341 : ...............................................................
## 249 --> CC93 : ................................................................
## 328 --> MgSTS336 : .................................................................
## 339 --> MgSTS471 : ..................................................................
## 97 --> CA174 : ...................................................................
## 1 --> AA461 : ....................................................................
## 406 --> MgSTS620 : .....................................................................
## 251 --> CC53 : ......................................................................
## 33 --> BA374 : .......................................................................
## 283 --> MgSTS98 : ........................................................................
## 41 --> BA214 : .........................................................................
## 147 --> BD100 : ..........................................................................
## 43 --> BA196 : ...........................................................................
## 49 --> BA129 : ............................................................................
## 337 --> MgSTS358 : .............................................................................
## 226 --> CC447 : ..............................................................................
## 69 --> BB124 : ...............................................................................
## 320 --> MgSTS360 : ................................................................................
## 290 --> MgSTS212 : .................................................................................
## 243 --> CC138 : ..................................................................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
########### Correção de ordenação pelo algoritmo Ripple
####corr
Ligação_grupo_SG1 <- make.seq(LG2_rcd_final_sG1, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_SG1,ws = 5, LOD =6)
## 8 33 167 1 226 ...
## Alternative orders:
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## 377 260 21 275 361 ...
## Alternative orders:
## ... 308 377 260 21 275 361 127 ... : 0.00
## ... 308 377 260 21 361 275 127 ... : -0.44
##
## 260 21 275 361 127 ...
## Alternative orders:
## ... 377 260 21 275 361 127 249 ... : 0.00
## ... 377 260 21 361 275 127 249 ... : -0.44
##
## 21 275 361 127 249 ...
## Alternative orders:
## ... 260 21 127 249 275 361 279 ... : 0.00
## ... 260 21 249 127 275 361 279 ... : -0.02
## ... 260 21 249 127 361 275 279 ... : -0.78
## ... 260 21 275 361 249 127 279 ... : -1.17
## ... 260 21 127 249 361 275 279 ... : -1.17
## ... 260 21 275 361 127 249 279 ... : -1.20
## ... 260 21 361 275 249 127 279 ... : -1.21
## ... 260 21 361 275 127 249 279 ... : -1.64
## ... 260 21 249 275 361 127 279 ... : -5.22
##
## 275 361 127 249 279 ...
## Alternative orders:
## ... 21 127 249 275 361 279 334 ... : 0.00
## ... 21 249 127 275 361 279 334 ... : -0.02
## ... 21 249 127 361 275 279 334 ... : -0.78
## ... 21 275 361 249 127 279 334 ... : -1.17
## ... 21 127 249 361 275 279 334 ... : -1.17
## ... 21 275 361 127 249 279 334 ... : -1.20
## ... 21 361 275 249 127 279 334 ... : -1.21
## ... 21 361 275 127 249 279 334 ... : -1.64
## ... 21 249 275 361 127 279 334 ... : -5.22
##
## 361 127 249 279 334 ...
## Alternative orders:
## ... 275 361 249 127 279 334 262 ... : 0.00
## ... 275 361 127 249 279 334 262 ... : -0.03
##
## 127 249 279 334 262 ...
## Alternative orders:
## ... 361 249 127 279 334 262 385 ... : 0.00
## ... 361 127 249 279 334 262 385 ... : -0.03
##
## 249 279 334 262 385 ... OK
##
## 279 334 262 385 362 ... OK
##
## 334 262 385 362 350 ... OK
##
## 262 385 362 350 105 ... OK
##
## 385 362 350 105 134 ... OK
##
## 362 350 105 134 60 ...
## Alternative orders:
## ... 385 362 350 105 134 60 276 ... : 0.00
## ... 385 362 350 105 60 134 276 ... : -0.99
##
## 350 105 134 60 276 ...
## Alternative orders:
## ... 362 350 105 134 60 276 346 ... : 0.00
## ... 362 350 105 60 134 276 346 ... : -0.99
##
## 105 134 60 276 346 ...
## Alternative orders:
## ... 350 105 134 60 276 346 335 ... : 0.00
## ... 350 105 60 134 276 346 335 ... : -0.99
##
## 134 60 276 346 335 ...
## Alternative orders:
## ... 105 134 60 346 335 276 85 ... : 0.00
## ... 105 60 134 346 335 276 85 ... : -0.21
## ... 105 134 60 335 346 276 85 ... : -0.94
## ... 105 60 134 335 346 276 85 ... : -1.16
## ... 105 134 60 276 346 335 85 ... : -3.25
## ... 105 60 134 276 346 335 85 ... : -4.24
## ... 105 134 335 346 60 276 85 ... : -4.53
## ... 105 134 346 335 60 276 85 ... : -4.98
##
## 60 276 346 335 85 ...
## Alternative orders:
## ... 134 60 346 335 276 85 394 ... : 0.00
## ... 134 60 335 346 276 85 394 ... : -0.94
## ... 134 60 276 346 335 85 394 ... : -3.25
## ... 134 335 346 60 276 85 394 ... : -4.53
## ... 134 346 335 60 276 85 394 ... : -4.98
##
## 276 346 335 85 394 ...
## Alternative orders:
## ... 60 346 335 276 85 394 261 ... : 0.00
## ... 60 335 346 276 85 394 261 ... : -0.94
## ... 60 276 346 335 85 394 261 ... : -3.25
## ... 60 276 346 335 394 85 261 ... : -3.60
## ... 60 276 335 346 394 85 261 ... : -5.26
## ... 60 346 335 276 394 85 261 ... : -5.99
##
## 346 335 85 394 261 ...
## Alternative orders:
## ... 276 346 335 85 394 261 353 ... : 0.00
## ... 276 346 335 394 85 261 353 ... : -0.35
## ... 276 335 346 394 85 261 353 ... : -2.01
## ... 276 335 346 85 394 261 353 ... : -2.89
##
## 335 85 394 261 353 ...
## Alternative orders:
## ... 346 335 85 394 261 353 379 ... : 0.00
## ... 346 335 394 85 261 353 379 ... : -0.35
## ... 346 335 85 394 353 261 379 ... : -2.16
## ... 346 335 394 85 353 261 379 ... : -3.97
##
## 85 394 261 353 379 ...
## Alternative orders:
## ... 335 85 394 261 353 379 307 ... : 0.00
## ... 335 394 85 261 353 379 307 ... : -0.35
## ... 335 85 394 353 261 379 307 ... : -2.16
## ... 335 394 85 353 261 379 307 ... : -3.97
##
## 394 261 353 379 307 ...
## Alternative orders:
## ... 85 394 261 353 379 307 325 ... : 0.00
## ... 85 394 353 261 379 307 325 ... : -2.16
##
## 261 353 379 307 325 ...
## Alternative orders:
## ... 394 261 353 379 307 325 177 ... : 0.00
## ... 394 353 261 379 307 325 177 ... : -2.16
##
## 353 379 307 325 177 ...
## Alternative orders:
## ... 261 353 379 307 325 177 190 : 0.00
## ... 261 353 379 307 177 325 190 : -5.10
##
## 379 307 325 177 190 ...
## Alternative orders:
## ... 353 379 307 325 177 190 : 0.00
## ... 353 379 307 177 325 190 : -5.10
########### Hatemap para avaliar graficamente a fração de recombinação
rf.graph.table(Ligação_grupo_SG1, axis.cex=0.45, inter=FALSE)
# SUBGRUPO 2
########## Formação de subgrupo2
subG1 <- group(LG1, LOD=6, max.rf=0.23)
set.map.fun(type = c("kosambi"))
SG2<-make.seq(subG1, 2)
############Ordenação dos marcadores dentro do SUGRUPO2
LG2_rcd_f2_sG2 <- rcd(SG2)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 216 100 259 396 266 236 370 308 377 21 260 127 249 275 361 279 334 262 385 362 350 105 134 60 346 335 394 85 353 261 379 307 325 177 190
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final_sG2<- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_sG2, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 216 100 259 396 266 236 370 308 377 21 260 127 249 275 361 279 334 262 385 362 350 105 134 60 346 335 394 85 353 261 379 307 325 177 190
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 394 --> MgSTS494 : ......
## 396 --> MgSTS483 : .......
## 385 --> MgSTS632 : .......
## 370 --> MgSTS583 : ........
## 377 --> MgSTS631 : ........
## 279 --> MgSTS133 : ........
## 177 --> AAT265 : .........
## 260 --> MgSTS17 : ..........
## 379 --> MgSTS562 : ...........
## 307 --> MgSTS527 : ............
## 266 --> MgSTS24 : .............
## 308 --> MgSTS520 : .............
## 334 --> MgSTS350 : ..............
## 362 --> MgSTS578 : ...............
## 350 --> MgSTS500 : ................
## 346 --> MgSTS491 : .................
## 261 --> MgSTS16 : .................
## 275 --> MgSTS29 : ..................
## 259 --> AP3 : ...................
## 353 --> MgSTS398 : ...................
## 361 --> MgSTS263 : ...................
## 325 --> MgSTS341 : ...................
## 60 --> BB216 : ....................
## 100 --> CA150 : .....................
## 105 --> CA75 : .....................
## 85 --> CA267 : ......................
## 127 --> BD371 : ......................
## 134 --> BD251 : .......................
## 236 --> CC320 : .......................
## 249 --> CC93 : .......................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 216 308 21 260 275 127 279 334 262 385 362 350 105 60 335 394 261 379 307 325 177 190
##
## Markers not placed on the map: 100 259 396 266 236 370 377 249 361 134 346 85 353
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 100 --> CA150 : .......................
## 259 --> AP3 : .......................
## 396 --> MgSTS483 : .......................
## 266 --> MgSTS24 : .......................
## 236 --> CC320 : .......................
## 370 --> MgSTS583 : .......................
## 377 --> MgSTS631 : .......................
## 249 --> CC93 : .......................
## 361 --> MgSTS263 : .......................
## 134 --> BD251 : .......................
## 346 --> MgSTS491 : .......................
## 85 --> CA267 : .......................
## 353 --> MgSTS398 : .......................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 370 --> MgSTS583 : .......................
## 377 --> MgSTS631 : ........................
## 396 --> MgSTS483 : .........................
## 266 --> MgSTS24 : ..........................
## 236 --> CC320 : ...........................
## 353 --> MgSTS398 : ............................
## 361 --> MgSTS263 : .............................
## 100 --> CA150 : ..............................
## 249 --> CC93 : ...............................
## 134 --> BD251 : ................................
## 85 --> CA267 : .................................
## 346 --> MgSTS491 : ..................................
## 259 --> AP3 : ...................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
########### Correção de ordenação pelo algoritmo Ripple
####corr
Ligação_grupo_SG2 <- make.seq(LG2_rcd_final_sG2, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_SG2,ws = 5, LOD =6)
## 259 100 216 266 396 ...
## Alternative orders:
## 259 100 216 266 396 370 ... : 0.00
## 100 259 216 266 396 370 ... : -1.67
## 259 100 216 396 266 370 ... : -2.88
## 216 100 259 266 396 370 ... : -2.91
## 216 100 259 396 266 370 ... : -3.26
## 100 259 216 396 266 370 ... : -4.43
## 216 259 100 266 396 370 ... : -4.58
## 216 259 100 396 266 370 ... : -5.83
##
## 100 216 266 396 370 ...
## Alternative orders:
## 259 100 216 266 396 370 236 ... : 0.00
## 259 100 216 396 266 370 236 ... : -2.88
##
## 216 266 396 370 236 ...
## Alternative orders:
## ... 100 216 266 396 370 236 308 ... : 0.00
## ... 100 266 396 370 236 216 308 ... : -0.37
## ... 100 396 266 370 236 216 308 ... : -1.46
## ... 100 216 396 266 370 236 308 ... : -2.88
## ... 100 396 266 216 236 370 308 ... : -3.14
## ... 100 216 236 370 266 396 308 ... : -3.27
## ... 100 216 236 266 396 370 308 ... : -3.96
## ... 100 216 266 396 236 370 308 ... : -4.84
## ... 100 216 236 396 266 370 308 ... : -4.95
## ... 100 236 216 266 396 370 308 ... : -5.35
## ... 100 266 396 216 236 370 308 ... : -5.85
##
## 266 396 370 236 308 ...
## Alternative orders:
## ... 216 266 396 370 236 308 377 ... : 0.00
## ... 216 396 266 370 236 308 377 ... : -2.88
## ... 216 236 370 266 396 308 377 ... : -3.27
## ... 216 236 266 396 370 308 377 ... : -3.96
## ... 216 266 396 236 370 308 377 ... : -4.84
## ... 216 236 396 266 370 308 377 ... : -4.95
##
## 396 370 236 308 377 ...
## Alternative orders:
## ... 266 396 370 236 308 377 21 ... : 0.00
## ... 266 396 236 370 308 377 21 ... : -4.84
##
## 370 236 308 377 21 ...
## Alternative orders:
## ... 396 370 236 308 377 21 260 ... : 0.00
## ... 396 236 370 308 377 21 260 ... : -4.84
## ... 396 370 236 308 21 377 260 ... : -5.68
##
## 236 308 377 21 260 ... OK
##
## 308 377 21 260 275 ... OK
##
## 377 21 260 275 361 ...
## Alternative orders:
## ... 308 377 260 21 275 361 127 ... : 0.00
## ... 308 377 260 21 361 275 127 ... : -0.44
##
## 21 260 275 361 127 ...
## Alternative orders:
## ... 377 260 21 275 361 127 249 ... : 0.00
## ... 377 260 21 361 275 127 249 ... : -0.44
##
## 260 275 361 127 249 ...
## Alternative orders:
## ... 21 260 275 361 249 127 279 ... : 0.00
## ... 21 260 275 361 127 249 279 ... : -0.06
## ... 21 260 361 275 249 127 279 ... : -0.80
## ... 21 260 127 249 275 361 279 ... : -0.92
## ... 21 260 249 127 275 361 279 ... : -1.01
## ... 21 260 361 275 127 249 279 ... : -1.29
## ... 21 260 249 127 361 275 279 ... : -1.75
## ... 21 260 127 249 361 275 279 ... : -2.08
## ... 21 260 249 275 361 127 279 ... : -5.04
##
## 275 361 127 249 279 ...
## Alternative orders:
## ... 260 275 361 249 127 279 334 ... : 0.00
## ... 260 275 361 127 249 279 334 ... : -0.06
## ... 260 361 275 249 127 279 334 ... : -0.80
## ... 260 127 249 275 361 279 334 ... : -0.92
## ... 260 249 127 275 361 279 334 ... : -1.01
## ... 260 361 275 127 249 279 334 ... : -1.29
## ... 260 249 127 361 275 279 334 ... : -1.75
## ... 260 127 249 361 275 279 334 ... : -2.08
## ... 260 249 275 361 127 279 334 ... : -5.04
##
## 361 127 249 279 334 ...
## Alternative orders:
## ... 275 361 249 127 279 334 262 ... : 0.00
## ... 275 361 127 249 279 334 262 ... : -0.06
##
## 127 249 279 334 262 ...
## Alternative orders:
## ... 361 249 127 279 334 262 385 ... : 0.00
## ... 361 127 249 279 334 262 385 ... : -0.06
##
## 249 279 334 262 385 ... OK
##
## 279 334 262 385 362 ... OK
##
## 334 262 385 362 350 ... OK
##
## 262 385 362 350 105 ... OK
##
## 385 362 350 105 134 ... OK
##
## 362 350 105 134 60 ...
## Alternative orders:
## ... 385 362 350 105 134 60 346 ... : 0.00
## ... 385 362 350 105 60 134 346 ... : -0.18
##
## 350 105 134 60 346 ...
## Alternative orders:
## ... 362 350 105 134 60 346 335 ... : 0.00
## ... 362 350 105 60 134 346 335 ... : -0.18
##
## 105 134 60 346 335 ...
## Alternative orders:
## ... 350 105 134 60 346 335 85 ... : 0.00
## ... 350 105 60 134 346 335 85 ... : -0.18
## ... 350 105 134 60 335 346 85 ... : -3.51
## ... 350 105 60 134 335 346 85 ... : -3.71
##
## 134 60 346 335 85 ...
## Alternative orders:
## ... 105 134 60 346 335 85 394 ... : 0.00
## ... 105 60 134 346 335 85 394 ... : -0.18
## ... 105 134 60 335 346 85 394 ... : -3.51
## ... 105 60 134 335 346 85 394 ... : -3.71
##
## 60 346 335 85 394 ...
## Alternative orders:
## ... 134 60 346 335 85 394 261 ... : 0.00
## ... 134 60 346 335 394 85 261 ... : -0.62
## ... 134 60 335 346 394 85 261 ... : -2.90
## ... 134 60 335 346 85 394 261 ... : -3.51
##
## 346 335 85 394 261 ...
## Alternative orders:
## ... 60 346 335 85 394 261 353 ... : 0.00
## ... 60 346 335 394 85 261 353 ... : -0.62
## ... 60 335 346 394 85 261 353 ... : -2.90
## ... 60 335 346 85 394 261 353 ... : -3.51
##
## 335 85 394 261 353 ...
## Alternative orders:
## ... 346 335 85 394 261 353 379 ... : 0.00
## ... 346 335 394 85 261 353 379 ... : -0.62
## ... 346 335 85 394 353 261 379 ... : -2.16
## ... 346 335 394 85 353 261 379 ... : -4.24
##
## 85 394 261 353 379 ...
## Alternative orders:
## ... 335 85 394 261 353 379 307 ... : 0.00
## ... 335 394 85 261 353 379 307 ... : -0.62
## ... 335 85 394 353 261 379 307 ... : -2.16
## ... 335 394 85 353 261 379 307 ... : -4.24
##
## 394 261 353 379 307 ...
## Alternative orders:
## ... 85 394 261 353 379 307 325 ... : 0.00
## ... 85 394 353 261 379 307 325 ... : -2.16
##
## 261 353 379 307 325 ...
## Alternative orders:
## ... 394 261 353 379 307 325 177 ... : 0.00
## ... 394 353 261 379 307 325 177 ... : -2.16
##
## 353 379 307 325 177 ...
## Alternative orders:
## ... 261 353 379 307 325 177 190 : 0.00
## ... 261 353 379 307 177 325 190 : -5.10
##
## 379 307 325 177 190 ...
## Alternative orders:
## ... 353 379 307 325 177 190 : 0.00
## ... 353 379 307 177 325 190 : -5.10
########### Hatemap para avaliar graficamente a fração de recombinação
rf.graph.table(Ligação_grupo_SG2, axis.cex=0.8, inter=FALSE)
# SUBGRUPO 3
########## Formação de subgrupo3
subG3 <- group(LG1, LOD=6, max.rf=0.23)
set.map.fun(type = c("kosambi"))
SG3<-make.seq(subG3, 3)
############Ordenação dos marcadores dentro do SUGRUPO3
LG2_rcd_f2_sG3 <- rcd(SG3)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 263 277 338 404 270 278 250 219 26 31 265 406 355 320 251 128 69 43 147 380 339 287 286 288 337 199
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final_sG3<- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_sG3, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 263 277 338 404 270 278 250 219 26 31 265 406 355 320 251 128 69 43 147 380 339 287 286 288 337 199
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 277 --> MgSTS91 : ......
## 270 --> MgSTS26 : .......
## 278 --> MgSTS93 : ........
## 406 --> MgSTS620 : ........
## 288 --> MgSTS87 : .........
## 265 --> MgSTS19 : .........
## 337 --> MgSTS358 : ..........
## 219 --> BC526C : ...........
## 338 --> MgSTS344 : ...........
## 404 --> MgSTS598 : ............
## 355 --> MgSTS380 : ............
## 287 --> aat356 : .............
## 286 --> CYCA : ..............
## 339 --> MgSTS471 : ..............
## 69 --> BB124 : ..............
## 26 --> BA449 : ...............
## 31 --> BA387 : ................
## 43 --> BA196 : .................
## 128 --> BD340 : .................
## 147 --> BD100 : ..................
## 251 --> CC53 : ...................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 26 250 338 270 277 263 31 265 406 320 355 251 128 147 287 380 69 337 199
##
## Markers not placed on the map: 404 278 219 43 339 286 288
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 404 --> MgSTS598 : ....................
## 278 --> MgSTS93 : ....................
## 219 --> BC526C : ....................
## 43 --> BA196 : ....................
## 339 --> MgSTS471 : ....................
## 286 --> CYCA : ....................
## 288 --> MgSTS87 : ....................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 278 --> MgSTS93 : ....................
## 288 --> MgSTS87 : .....................
## 219 --> BC526C : ......................
## 339 --> MgSTS471 : .......................
## 404 --> MgSTS598 : ........................
## 43 --> BA196 : .........................
## 286 --> CYCA : ..........................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
########### Correção de ordenação pelo algoritmo Ripple
####corr
Ligação_grupo_SG3 <- make.seq(LG2_rcd_final_sG3, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_SG3,ws = 5, LOD =6)
## 26 219 250 404 338 ...
## Alternative orders:
## 26 219 250 404 338 278 ... : 0.00
## 219 26 250 404 338 278 ... : -1.34
## 26 219 250 338 404 278 ... : -2.37
## 250 219 26 404 338 278 ... : -3.20
## 250 219 26 338 404 278 ... : -3.73
## 219 26 250 338 404 278 ... : -3.83
## 250 26 219 404 338 278 ... : -5.13
## 250 26 219 338 404 278 ... : -5.57
##
## 219 250 404 338 278 ...
## Alternative orders:
## 26 219 250 404 338 278 270 ... : 0.00
## 26 219 250 338 404 278 270 ... : -2.37
##
## 250 404 338 278 270 ...
## Alternative orders:
## ... 219 250 404 338 278 270 277 ... : 0.00
## ... 219 250 338 404 278 270 277 ... : -2.37
## ... 219 250 278 270 404 338 277 ... : -2.96
## ... 219 250 270 278 338 404 277 ... : -3.02
## ... 219 250 338 404 270 278 277 ... : -3.56
## ... 219 250 278 270 338 404 277 ... : -3.80
## ... 219 250 404 338 270 278 277 ... : -3.97
## ... 219 250 270 278 404 338 277 ... : -4.95
##
## 404 338 278 270 277 ...
## Alternative orders:
## ... 250 404 338 278 270 277 263 ... : 0.00
## ... 250 338 404 278 270 277 263 ... : -2.37
## ... 250 278 270 404 338 277 263 ... : -2.96
## ... 250 270 278 338 404 277 263 ... : -3.02
## ... 250 338 404 270 278 277 263 ... : -3.56
## ... 250 278 270 338 404 277 263 ... : -3.80
## ... 250 404 338 270 278 277 263 ... : -3.97
## ... 250 270 278 404 338 277 263 ... : -4.95
##
## 338 278 270 277 263 ...
## Alternative orders:
## ... 404 338 278 270 277 263 31 ... : 0.00
## ... 404 338 270 278 277 263 31 ... : -3.97
## ... 404 338 278 270 263 277 31 ... : -5.80
##
## 278 270 277 263 31 ...
## Alternative orders:
## ... 338 278 270 277 263 31 265 ... : 0.00
## ... 338 270 278 277 263 31 265 ... : -3.97
## ... 338 278 270 263 277 31 265 ... : -5.80
##
## 270 277 263 31 265 ...
## Alternative orders:
## ... 278 270 277 263 31 265 406 ... : 0.00
## ... 278 270 263 277 31 265 406 ... : -5.80
##
## 277 263 31 265 406 ...
## Alternative orders:
## ... 270 277 263 31 265 406 320 ... : 0.00
## ... 270 263 277 31 265 406 320 ... : -5.80
##
## 263 31 265 406 320 ... OK
##
## 31 265 406 320 355 ...
## Alternative orders:
## ... 263 31 265 406 320 355 251 ... : 0.00
## ... 263 31 265 406 355 320 251 ... : -3.50
##
## 265 406 320 355 251 ...
## Alternative orders:
## ... 31 265 406 320 355 251 128 ... : 0.00
## ... 31 265 406 355 320 251 128 ... : -3.50
##
## 406 320 355 251 128 ...
## Alternative orders:
## ... 265 406 320 355 251 128 147 ... : 0.00
## ... 265 406 355 320 251 128 147 ... : -3.50
##
## 320 355 251 128 147 ...
## Alternative orders:
## ... 406 320 355 251 128 147 339 ... : 0.00
## ... 406 355 320 251 128 147 339 ... : -3.50
##
## 355 251 128 147 339 ... OK
##
## 251 128 147 339 287 ...
## Alternative orders:
## ... 355 251 128 147 339 287 286 ... : 0.00
## ... 355 251 128 147 287 339 286 ... : -5.09
##
## 128 147 339 287 286 ...
## Alternative orders:
## ... 251 128 147 339 287 286 288 ... : 0.00
## ... 251 128 147 339 286 287 288 ... : -0.03
## ... 251 128 147 287 286 339 288 ... : -2.10
## ... 251 128 147 286 287 339 288 ... : -2.11
## ... 251 128 147 287 339 286 288 ... : -5.09
##
## 147 339 287 286 288 ...
## Alternative orders:
## ... 128 147 339 287 286 288 380 ... : 0.00
## ... 128 147 339 286 287 288 380 ... : -0.03
## ... 128 147 287 286 339 288 380 ... : -2.10
## ... 128 147 286 287 339 288 380 ... : -2.11
## ... 128 147 288 286 287 339 380 ... : -2.17
## ... 128 147 288 287 286 339 380 ... : -2.20
## ... 128 147 287 286 288 339 380 ... : -3.47
## ... 128 147 286 287 288 339 380 ... : -3.51
## ... 128 147 339 288 286 287 380 ... : -5.05
## ... 128 147 339 288 287 286 380 ... : -5.07
## ... 128 147 287 339 286 288 380 ... : -5.09
## ... 128 147 288 339 287 286 380 ... : -5.38
## ... 128 147 288 339 286 287 380 ... : -5.40
##
## 339 287 286 288 380 ...
## Alternative orders:
## ... 147 339 287 286 288 380 43 ... : 0.00
## ... 147 339 286 287 288 380 43 ... : -0.03
## ... 147 287 286 339 288 380 43 ... : -2.10
## ... 147 286 287 339 288 380 43 ... : -2.11
## ... 147 288 286 287 339 380 43 ... : -2.17
## ... 147 288 287 286 339 380 43 ... : -2.20
## ... 147 287 286 288 339 380 43 ... : -3.47
## ... 147 286 287 288 339 380 43 ... : -3.51
## ... 147 380 339 287 286 288 43 ... : -4.04
## ... 147 380 339 286 287 288 43 ... : -4.07
## ... 147 287 286 339 380 288 43 ... : -4.95
## ... 147 286 287 339 380 288 43 ... : -4.95
## ... 147 339 288 286 287 380 43 ... : -5.05
## ... 147 339 288 287 286 380 43 ... : -5.07
## ... 147 287 339 286 288 380 43 ... : -5.09
## ... 147 288 339 287 286 380 43 ... : -5.38
## ... 147 288 339 286 287 380 43 ... : -5.40
## ... 147 380 288 286 287 339 43 ... : -5.85
## ... 147 380 288 287 286 339 43 ... : -5.88
##
## 287 286 288 380 43 ...
## Alternative orders:
## ... 339 287 286 288 380 43 69 ... : 0.00
## ... 339 286 287 288 380 43 69 ... : -0.03
## ... 339 288 286 287 380 43 69 ... : -5.05
## ... 339 288 287 286 380 43 69 ... : -5.07
##
## 286 288 380 43 69 ...
## Alternative orders:
## ... 287 286 288 380 43 69 337 ... : 0.00
## ... 287 286 288 380 69 43 337 ... : -0.04
##
## 288 380 43 69 337 ...
## Alternative orders:
## ... 286 288 380 43 69 337 199 : 0.00
## ... 286 288 380 69 43 337 199 : -0.04
##
## 380 43 69 337 199 ...
## Alternative orders:
## ... 288 380 43 69 337 199 : 0.00
## ... 288 380 69 43 337 199 : -0.04
########### Hatemap para avaliar graficamente a fração de recombinação
rf.graph.table(Ligação_grupo_SG3, axis.cex=0.6, inter=FALSE)
########### entre marcadores
###########\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
#############Anaise de cada grupo de ligação formado <<<<<<<<<<<
############////////////////////////////////////////
LG2<-make.seq(LGs_f2,2)
LG2_rcd_f2_G2 <- rcd(LG2)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 50 252 2 245 90 296 38 209 345 302 315 109 45 140 317 369 244 212 148 388 348 84
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final2 <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G2, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 50 252 2 245 90 296 38 209 345 302 315 109 45 140 317 369 244 212 148 388 348 84
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 388 --> MgSTS565 : ......
## 315 --> MgSTS106 : ......
## 317 --> MgSTS56 : ......
## 369 --> MgSTS589 : .......
## 252 --> CC385C : .......
## 302 --> MgSTS49 : .......
## 348 --> MgSTS513 : ........
## 345 --> MgSTS457 : ........
## 90 --> CA228 : .........
## 2 --> AA420 : ..........
## 38 --> BA301 : ...........
## 45 --> BA172 : ............
## 140 --> BD175 : ............
## 148 --> BD99 : ............
## 209 --> BC167 : .............
## 212 --> BC126 : .............
## 245 --> CC130 : .............
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 50 2 90 296 38 109 302 345 317 244 148 84
##
## Markers not placed on the map: 252 245 209 315 45 140 369 212 388 348
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 252 --> CC385C : .............
## 245 --> CC130 : .............
## 209 --> BC167 : .............
## 315 --> MgSTS106 : .............
## 45 --> BA172 : .............
## 140 --> BD175 : .............
## 369 --> MgSTS589 : .............
## 212 --> BC126 : .............
## 388 --> MgSTS565 : .............
## 348 --> MgSTS513 : .............
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 252 --> CC385C : .............
## 348 --> MgSTS513 : ..............
## 209 --> BC167 : ...............
## 140 --> BD175 : ................
## 212 --> BC126 : .................
## 388 --> MgSTS565 : ..................
## 315 --> MgSTS106 : ...................
## 369 --> MgSTS589 : ....................
## 45 --> BA172 : .....................
## 245 --> CC130 : ......................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_2 <- make.seq(LG2_rcd_final2, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_2,ws = 5, LOD =6)
## 252 50 2 245 90 ...
## Alternative orders:
## 252 50 2 245 90 296 ... : 0.00
## 252 50 2 90 245 296 ... : -0.26
## 50 252 2 245 90 296 ... : -3.32
## 50 252 2 90 245 296 ... : -3.75
## 252 2 50 90 245 296 ... : -5.53
## 252 2 50 245 90 296 ... : -5.76
##
## 50 2 245 90 296 ...
## Alternative orders:
## 252 50 2 245 90 296 38 ... : 0.00
## 252 50 2 90 245 296 38 ... : -0.26
## 252 50 2 245 296 90 38 ... : -3.63
## 252 2 50 90 245 296 38 ... : -5.53
## 252 2 50 245 90 296 38 ... : -5.76
##
## 2 245 90 296 38 ...
## Alternative orders:
## ... 50 2 245 90 296 38 209 ... : 0.00
## ... 50 2 90 245 296 38 209 ... : -0.26
## ... 50 2 245 296 90 38 209 ... : -3.63
##
## 245 90 296 38 209 ...
## Alternative orders:
## ... 2 245 90 296 38 209 45 ... : 0.00
## ... 2 90 245 296 38 209 45 ... : -0.26
## ... 2 245 296 90 38 209 45 ... : -3.63
##
## 90 296 38 209 45 ...
## Alternative orders:
## ... 245 90 296 38 209 45 109 ... : 0.00
## ... 245 296 90 38 209 45 109 ... : -3.63
##
## 296 38 209 45 109 ...
## Alternative orders:
## ... 90 296 38 209 45 109 302 ... : 0.00
## ... 90 296 38 209 109 45 302 ... : -1.01
##
## 38 209 45 109 302 ...
## Alternative orders:
## ... 296 38 209 45 109 302 315 ... : 0.00
## ... 296 38 209 109 45 302 315 ... : -1.01
##
## 209 45 109 302 315 ...
## Alternative orders:
## ... 38 209 45 109 302 315 345 ... : 0.00
## ... 38 209 109 45 302 315 345 ... : -1.01
## ... 38 209 45 109 315 302 345 ... : -3.60
## ... 38 209 45 302 315 109 345 ... : -4.32
## ... 38 209 109 45 315 302 345 ... : -4.98
##
## 45 109 302 315 345 ...
## Alternative orders:
## ... 209 45 109 302 315 345 140 ... : 0.00
## ... 209 109 45 302 315 345 140 ... : -1.01
## ... 209 45 109 315 302 345 140 ... : -3.60
## ... 209 45 302 315 109 345 140 ... : -4.32
## ... 209 109 45 315 302 345 140 ... : -4.98
##
## 109 302 315 345 140 ...
## Alternative orders:
## ... 45 109 302 315 345 140 317 ... : 0.00
## ... 45 109 315 302 345 140 317 ... : -3.60
## ... 45 302 315 109 345 140 317 ... : -4.32
##
## 302 315 345 140 317 ...
## Alternative orders:
## ... 109 302 315 345 140 317 369 ... : 0.00
## ... 109 315 302 345 140 317 369 ... : -3.60
##
## 315 345 140 317 369 ...
## Alternative orders:
## ... 302 315 345 140 317 369 388 ... : 0.00
## ... 302 315 345 140 369 317 388 ... : -1.90
##
## 345 140 317 369 388 ...
## Alternative orders:
## ... 315 345 140 317 369 388 348 ... : 0.00
## ... 315 345 140 369 317 388 348 ... : -1.90
##
## 140 317 369 388 348 ...
## Alternative orders:
## ... 345 140 317 369 388 348 244 ... : 0.00
## ... 345 140 317 369 348 388 244 ... : -1.04
## ... 345 140 369 317 388 348 244 ... : -1.90
## ... 345 140 369 317 348 388 244 ... : -2.94
##
## 317 369 388 348 244 ...
## Alternative orders:
## ... 140 317 369 388 348 244 148 ... : 0.00
## ... 140 317 369 348 388 244 148 ... : -1.04
## ... 140 317 369 244 388 348 148 ... : -1.12
## ... 140 369 317 388 348 244 148 ... : -1.90
## ... 140 369 317 348 388 244 148 ... : -2.94
## ... 140 369 317 244 388 348 148 ... : -2.95
## ... 140 317 369 244 348 388 148 ... : -3.97
## ... 140 369 317 244 348 388 148 ... : -5.80
##
## 369 388 348 244 148 ...
## Alternative orders:
## ... 317 369 388 348 244 148 212 ... : 0.00
## ... 317 369 348 388 244 148 212 ... : -1.04
## ... 317 369 244 388 348 148 212 ... : -1.12
## ... 317 369 244 148 388 348 212 ... : -3.28
## ... 317 369 244 348 388 148 212 ... : -3.97
## ... 317 369 388 348 148 244 212 ... : -4.67
## ... 317 369 348 388 148 244 212 ... : -5.67
##
## 388 348 244 148 212 ...
## Alternative orders:
## ... 369 388 348 244 148 212 84 : 0.00
## ... 369 388 348 244 212 148 84 : -0.19
## ... 369 388 348 212 244 148 84 : -0.34
## ... 369 348 388 244 148 212 84 : -1.04
## ... 369 244 388 348 148 212 84 : -1.12
## ... 369 244 388 348 212 148 84 : -1.20
## ... 369 348 388 244 212 148 84 : -1.83
## ... 369 348 388 212 244 148 84 : -2.54
## ... 369 244 148 388 348 212 84 : -3.28
## ... 369 244 348 388 148 212 84 : -3.97
## ... 369 388 348 212 148 244 84 : -4.24
## ... 369 244 348 388 212 148 84 : -4.38
## ... 369 388 348 148 212 244 84 : -4.59
## ... 369 388 348 148 244 212 84 : -4.67
## ... 369 348 388 148 244 212 84 : -5.67
##
## 348 244 148 212 84 ...
## Alternative orders:
## ... 388 348 244 148 212 84 : 0.00
## ... 388 348 244 212 148 84 : -0.19
## ... 388 348 212 244 148 84 : -0.34
## ... 388 348 212 148 244 84 : -4.24
## ... 388 348 148 212 244 84 : -4.59
## ... 388 348 148 244 212 84 : -4.67
rf.graph.table(Ligação_grupo_2, axis.cex=1, inter=FALSE)
###########\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
###########Subgrupo 31
LG3<-make.seq(LGs_f2,3)
subG3 <- group(LG3, LOD=6, max.rf=0.215)
subG3
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "LG3"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.215
##
## No. markers: 87
## No. groups: 3
## No. linked markers: 85
## No. unlinked markers: 2
##
## Printing groups:
## Group 1 : 26 markers
## AA404 BA384 BA75 CA238 CA220 CA131 CB187 CB166 CB156 BD429 BD292 BD286 AG19 BC70 BC586C CC387 CC378 CC286 AAT312 MgSTS474 MgSTS95 MgSTS50 MgSTS574B MgSTS535 MgSTS425 MgSTS214
##
## Group 2 : 52 markers
## AA361 AA280 AA100 BA497 BA220 BB281 BB259 BB190 BB122 BB119 BB102 CA289 CA198 CA96 CB246 CB173 CB162 BD263 BD209 BD170 AA153C CA258C BB103C AAT261 AAT278 AAT374 AAT372 BC498 BC379 BC334 BC131 CC392 CC330 CC283 MgSTS27 MgSTS308 MgSTS43 MgSTS48 MgSTS388 MgSTS37 MgSTS34 MgSTS509 MgSTS251 MgSTS351 MgSTS293 MgSTS574a MgSTS579 MgSTS539 MgSTS609 MgSTS435 MgSTS383 MgSTS441
##
## Group 3 : 7 markers
## CB309 BD433 AAT283 MgSTS70 MgSTS75 MgSTS332 MgSTS511
##
## Unlinked markers: 2 markers
## BD68 BC128C
set.map.fun(type = c("kosambi"))
SG31<-make.seq(subG3, 1)
LG2_rcd_f2_sG31 <- rcd(SG31)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 217 255 32 115 118 53 102 229 125 3 218 130 364 120 88 237 313 413 92 131 391 319 372 322 231 184
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final_sG31<- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_sG31, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 217 255 32 115 118 53 102 229 125 3 218 130 364 120 88 237 313 413 92 131 391 319 372 322 231 184
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 391 --> MgSTS425 : ......
## 372 --> MgSTS535 : ......
## 319 --> MgSTS95 : .......
## 413 --> MgSTS214 : .......
## 313 --> MgSTS474 : ........
## 364 --> MgSTS574B : .........
## 218 --> BC586C : ..........
## 322 --> MgSTS50 : ...........
## 255 --> AAT312 : ...........
## 115 --> CB187 : ...........
## 118 --> CB166 : ...........
## 88 --> CA238 : ...........
## 92 --> CA220 : ...........
## 3 --> AA404 : ............
## 32 --> BA384 : .............
## 53 --> BA75 : .............
## 125 --> BD429 : ..............
## 130 --> BD292 : ...............
## 229 --> CC387 : ................
## 237 --> CC286 : ................
## 231 --> CC378 : .................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 217 218 130 3 125 102 53 120 364 237 131 184 313 413 92 372
##
## Markers not placed on the map: 255 32 115 118 229 88 391 319 322 231
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 255 --> AAT312 : .................
## 32 --> BA384 : .................
## 115 --> CB187 : .................
## 118 --> CB166 : .................
## 229 --> CC387 : .................
## 88 --> CA238 : .................
## 391 --> MgSTS425 : .................
## 319 --> MgSTS95 : .................
## 322 --> MgSTS50 : .................
## 231 --> CC378 : .................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 391 --> MgSTS425 : .................
## 319 --> MgSTS95 : ..................
## 118 --> CB166 : ...................
## 231 --> CC378 : ....................
## 32 --> BA384 : .....................
## 322 --> MgSTS50 : ......................
## 115 --> CB187 : .......................
## 229 --> CC387 : ........................
## 255 --> AAT312 : .........................
## 88 --> CA238 : ..........................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_SG31 <- make.seq(LG2_rcd_final_sG31, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_SG31,ws = 5, LOD =6)
## 217 32 255 115 118 ...
## Alternative orders:
## 217 32 255 118 115 218 ... : 0.00
## 217 255 32 118 115 218 ... : -0.52
## 217 118 115 255 32 218 ... : -0.71
## 217 118 115 32 255 218 ... : -1.00
## 217 115 118 32 255 218 ... : -1.33
## 217 32 255 115 118 218 ... : -1.44
## 217 115 118 255 32 218 ... : -1.82
## 217 118 32 255 115 218 ... : -2.38
## 115 255 32 118 217 218 ... : -2.63
## 217 255 32 115 118 218 ... : -3.01
## 217 118 255 32 115 218 ... : -3.30
## 32 255 115 118 217 218 ... : -4.31
## 115 217 118 255 32 218 ... : -4.83
## 217 115 32 255 118 218 ... : -4.94
## 115 217 32 255 118 218 ... : -5.18
## 115 217 118 32 255 218 ... : -5.19
## 255 32 115 118 217 218 ... : -5.25
## 255 32 118 115 217 218 ... : -5.39
## 115 32 255 118 217 218 ... : -5.52
## 115 118 255 32 217 218 ... : -5.53
## 217 115 255 32 118 218 ... : -5.80
##
## 32 255 115 118 218 ...
## Alternative orders:
## 217 32 255 118 115 218 130 ... : 0.00
## 217 255 32 118 115 218 130 ... : -0.52
## 217 118 115 255 32 218 130 ... : -0.71
## 217 118 115 32 255 218 130 ... : -1.00
## 217 115 118 32 255 218 130 ... : -1.33
## 217 32 255 115 118 218 130 ... : -1.44
## 217 115 118 255 32 218 130 ... : -1.82
## 217 118 32 255 115 218 130 ... : -2.38
## 217 255 32 115 118 218 130 ... : -3.01
## 217 118 255 32 115 218 130 ... : -3.30
## 217 115 32 255 118 218 130 ... : -4.94
## 217 115 255 32 118 218 130 ... : -5.80
##
## 255 115 118 218 130 ...
## Alternative orders:
## ... 32 255 118 115 218 130 3 ... : 0.00
## ... 32 255 115 118 218 130 3 ... : -1.44
##
## 115 118 218 130 3 ...
## Alternative orders:
## ... 255 118 115 218 130 3 229 ... : 0.00
## ... 255 115 118 218 130 3 229 ... : -1.44
##
## 118 218 130 3 229 ...
## Alternative orders:
## ... 115 118 218 130 3 229 125 ... : 0.00
## ... 115 118 218 130 229 3 125 ... : -2.08
##
## 218 130 3 229 125 ...
## Alternative orders:
## ... 118 218 130 3 229 125 102 ... : 0.00
## ... 118 218 130 3 125 229 102 ... : -0.85
## ... 118 218 130 229 3 125 102 ... : -2.08
## ... 118 218 130 125 229 3 102 ... : -2.21
## ... 118 218 130 125 3 229 102 ... : -3.26
## ... 118 218 130 229 125 3 102 ... : -4.31
## ... 118 218 3 229 125 130 102 ... : -5.87
##
## 130 3 229 125 102 ...
## Alternative orders:
## ... 218 130 3 229 125 102 53 ... : 0.00
## ... 218 130 3 125 229 102 53 ... : -0.85
## ... 218 130 229 3 125 102 53 ... : -2.08
## ... 218 130 125 229 3 102 53 ... : -2.21
## ... 218 3 125 229 102 130 53 ... : -2.97
## ... 218 130 125 3 229 102 53 ... : -3.26
## ... 218 3 229 125 102 130 53 ... : -3.43
## ... 218 130 3 125 102 229 53 ... : -4.27
## ... 218 130 229 125 3 102 53 ... : -4.31
## ... 218 229 3 125 102 130 53 ... : -4.85
## ... 218 3 125 102 229 130 53 ... : -4.90
## ... 218 3 102 229 125 130 53 ... : -5.74
## ... 218 3 229 125 130 102 53 ... : -5.87
## ... 218 3 229 102 125 130 53 ... : -5.93
##
## 3 229 125 102 53 ...
## Alternative orders:
## ... 130 3 229 125 102 53 120 ... : 0.00
## ... 130 3 125 229 102 53 120 ... : -0.85
## ... 130 229 3 125 102 53 120 ... : -2.08
## ... 130 125 229 3 102 53 120 ... : -2.21
## ... 130 125 3 229 102 53 120 ... : -3.26
## ... 130 3 125 102 229 53 120 ... : -4.27
## ... 130 229 125 3 102 53 120 ... : -4.31
##
## 229 125 102 53 120 ...
## Alternative orders:
## ... 3 229 125 102 53 120 364 ... : 0.00
## ... 3 125 229 102 53 120 364 ... : -0.85
## ... 3 125 102 229 53 120 364 ... : -4.27
##
## 125 102 53 120 364 ...
## Alternative orders:
## ... 229 125 102 53 120 364 88 ... : 0.00
## ... 229 125 102 53 364 120 88 ... : -1.71
##
## 102 53 120 364 88 ...
## Alternative orders:
## ... 125 102 53 120 364 88 237 ... : 0.00
## ... 125 102 53 88 120 364 237 ... : -0.28
## ... 125 102 53 88 364 120 237 ... : -1.20
## ... 125 102 53 120 88 364 237 ... : -1.25
## ... 125 102 53 364 120 88 237 ... : -1.71
## ... 125 102 53 364 88 120 237 ... : -5.29
##
## 53 120 364 88 237 ...
## Alternative orders:
## ... 102 53 120 364 88 237 131 ... : 0.00
## ... 102 53 88 120 364 237 131 ... : -0.28
## ... 102 53 88 364 120 237 131 ... : -1.20
## ... 102 53 120 88 364 237 131 ... : -1.25
## ... 102 53 364 120 88 237 131 ... : -1.71
## ... 102 53 364 88 120 237 131 ... : -5.29
##
## 120 364 88 237 131 ...
## Alternative orders:
## ... 53 120 364 88 237 131 184 ... : 0.00
## ... 53 88 120 364 237 131 184 ... : -0.28
## ... 53 88 364 120 237 131 184 ... : -1.20
## ... 53 120 88 364 237 131 184 ... : -1.25
## ... 53 364 120 88 237 131 184 ... : -1.71
## ... 53 120 364 88 131 237 184 ... : -3.32
## ... 53 364 120 88 131 237 184 ... : -4.35
## ... 53 88 364 120 131 237 184 ... : -4.42
## ... 53 88 120 364 131 237 184 ... : -4.54
## ... 53 364 88 120 237 131 184 ... : -5.29
## ... 53 120 88 364 131 237 184 ... : -5.36
##
## 364 88 237 131 184 ...
## Alternative orders:
## ... 120 364 88 237 184 131 313 ... : 0.00
## ... 120 88 364 237 184 131 313 ... : -1.91
## ... 120 364 88 184 237 131 313 ... : -2.25
## ... 120 88 364 184 237 131 313 ... : -5.37
##
## 88 237 131 184 313 ...
## Alternative orders:
## ... 364 88 237 184 131 313 413 ... : 0.00
## ... 364 88 184 237 131 313 413 ... : -2.25
## ... 364 88 237 184 313 131 413 ... : -3.97
##
## 237 131 184 313 413 ...
## Alternative orders:
## ... 88 237 184 131 313 413 92 ... : 0.00
## ... 88 184 237 131 313 413 92 ... : -2.25
## ... 88 237 184 313 131 413 92 ... : -3.97
##
## 131 184 313 413 92 ...
## Alternative orders:
## ... 237 184 131 313 413 92 391 ... : 0.00
## ... 237 184 313 131 413 92 391 ... : -3.97
## ... 237 184 92 131 313 413 391 ... : -4.69
## ... 237 184 131 313 92 413 391 ... : -4.91
##
## 184 313 413 92 391 ...
## Alternative orders:
## ... 131 184 313 413 92 391 319 ... : 0.00
## ... 131 184 92 313 413 391 319 ... : -2.47
## ... 131 184 313 92 413 391 319 ... : -4.76
##
## 313 413 92 391 319 ...
## Alternative orders:
## ... 184 313 413 92 391 319 322 ... : 0.00
## ... 184 92 313 413 391 319 322 ... : -2.47
## ... 184 313 92 413 391 319 322 ... : -4.76
##
## 413 92 391 319 322 ...
## Alternative orders:
## ... 313 413 92 391 319 322 372 ... : 0.00
## ... 313 92 413 391 319 322 372 ... : -4.76
##
## 92 391 319 322 372 ...
## Alternative orders:
## ... 413 92 391 319 322 372 231 : 0.00
## ... 413 92 391 319 372 322 231 : -2.52
##
## 391 319 322 372 231 ...
## Alternative orders:
## ... 92 391 319 322 372 231 : 0.00
## ... 92 391 319 372 231 322 : -2.49
## ... 92 391 319 372 322 231 : -2.52
rf.graph.table(Ligação_grupo_SG31, axis.cex=0.6, inter=FALSE)
###########Subgrupo 32
set.map.fun(type = c("kosambi"))
SG32<-make.seq(subG3, 2)
LG2_rcd_f2_sG32 <- rcd(SG32)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 235 72 168 200 356 341 119 112 7 40 138 238 162 365 10 116 165 142 71 405 153 95 376 299 22 393 357 58 171 82 133 175 269 349 326 397 70 211 193 56 197 104 301 340 360 366 295 386 179 228 25 64
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final_sG32<- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_sG32, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 235 72 168 200 356 341 119 112 7 40 138 238 162 365 10 116 165 142 71 405 153 95 376 299 22 393 357 58 171 82 133 175 269 349 326 397 70 211 193 56 197 104 301 340 360 366 295 386 179 228 25 64
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 175 --> AAT374 : ......
## 386 --> MgSTS609 : ......
## 165 --> BB103C : ......
## 162 --> CA258C : ......
## 153 --> AA153C : ......
## 397 --> MgSTS383 : .......
## 171 --> AAT278 : .......
## 269 --> MgSTS27 : ........
## 376 --> MgSTS539 : .........
## 360 --> MgSTS293 : ..........
## 179 --> AAT372 : ..........
## 341 --> MgSTS34 : ..........
## 349 --> MgSTS509 : ...........
## 168 --> AAT261 : ...........
## 295 --> MgSTS308 : ............
## 301 --> MgSTS48 : ............
## 299 --> MgSTS43 : .............
## 340 --> MgSTS37 : .............
## 357 --> MgSTS351 : .............
## 326 --> MgSTS388 : .............
## 366 --> MgSTS579 : .............
## 356 --> MgSTS251 : ..............
## 405 --> MgSTS441 : ...............
## 72 --> BB102 : ................
## 71 --> BB119 : .................
## 58 --> BB259 : ..................
## 70 --> BB122 : ..................
## 56 --> BB281 : ..................
## 119 --> CB162 : ..................
## 112 --> CB246 : ...................
## 116 --> CB173 : ...................
## 95 --> CA198 : ...................
## 82 --> CA289 : ...................
## 104 --> CA96 : ...................
## 7 --> AA361 : ....................
## 10 --> AA280 : ....................
## 22 --> AA100 : .....................
## 40 --> BA220 : ......................
## 25 --> BA497 : .......................
## 138 --> BD209 : .......................
## 142 --> BD170 : ........................
## 133 --> BD263 : ........................
## 200 --> BC334 : ........................
## 211 --> BC131 : ........................
## 197 --> BC379 : ........................
## 238 --> CC283 : .........................
## 228 --> CC392 : .........................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 235 72 168 356 341 71 40 10 365 138 119 64 405 153 22 393 376 269 193 171 197 104 301 366 228
##
## Markers not placed on the map: 200 112 7 238 162 116 165 142 95 299 357 58 82 133 175 349 326 397 70 211 56 340 360 295 386 179 25
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 200 --> BC334 : ..........................
## 112 --> CB246 : ..........................
## 7 --> AA361 : ..........................
## 238 --> CC283 : ..........................
## 162 --> CA258C : ..........................
## 116 --> CB173 : ..........................
## 165 --> BB103C : ..........................
## 142 --> BD170 : ..........................
## 95 --> CA198 : ..........................
## 299 --> MgSTS43 : ..........................
## 357 --> MgSTS351 : ..........................
## 58 --> BB259 : ..........................
## 82 --> CA289 : ..........................
## 133 --> BD263 : ..........................
## 175 --> AAT374 : ..........................
## 349 --> MgSTS509 : ..........................
## 326 --> MgSTS388 : ..........................
## 397 --> MgSTS383 : ..........................
## 70 --> BB122 : ..........................
## 211 --> BC131 : ..........................
## 56 --> BB281 : ..........................
## 340 --> MgSTS37 : ..........................
## 360 --> MgSTS293 : ..........................
## 295 --> MgSTS308 : ..........................
## 386 --> MgSTS609 : ..........................
## 179 --> AAT372 : ..........................
## 25 --> BA497 : ..........................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 360 --> MgSTS293 : ..........................
## 179 --> AAT372 : ...........................
## 386 --> MgSTS609 : ............................
## 25 --> BA497 : .............................
## 162 --> CA258C : ..............................
## 340 --> MgSTS37 : ...............................
## 295 --> MgSTS308 : ................................
## 133 --> BD263 : .................................
## 116 --> CB173 : ..................................
## 238 --> CC283 : ...................................
## 142 --> BD170 : ....................................
## 56 --> BB281 : .....................................
## 58 --> BB259 : ......................................
## 175 --> AAT374 : .......................................
## 82 --> CA289 : ........................................
## 326 --> MgSTS388 : .........................................
## 299 --> MgSTS43 : ..........................................
## 95 --> CA198 : ...........................................
## 349 --> MgSTS509 : ............................................
## 112 --> CB246 : .............................................
## 397 --> MgSTS383 : ..............................................
## 357 --> MgSTS351 : ...............................................
## 200 --> BC334 : ................................................
## 211 --> BC131 : .................................................
## 7 --> AA361 : ..................................................
## 70 --> BB122 : ...................................................
## 165 --> BB103C : ....................................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_SG32 <- make.seq(LG2_rcd_final_sG32, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_SG32,ws = 5, LOD =6)
## 235 72 168 200 356 ...
## Alternative orders:
## 235 72 168 200 356 341 ... : 0.00
## 235 72 200 168 356 341 ... : -1.21
## 72 235 168 200 356 341 ... : -4.09
##
## 72 168 200 356 341 ...
## Alternative orders:
## 235 72 168 200 356 341 142 ... : 0.00
## 235 72 200 168 356 341 142 ... : -1.21
##
## 168 200 356 341 142 ...
## Alternative orders:
## ... 72 168 200 356 341 142 71 ... : 0.00
## ... 72 200 168 356 341 142 71 ... : -1.21
##
## 200 356 341 142 71 ...
## Alternative orders:
## ... 168 200 356 341 71 142 165 ... : 0.00
## ... 168 200 356 341 142 71 165 ... : -0.04
##
## 356 341 142 71 165 ...
## Alternative orders:
## ... 200 356 341 71 142 165 40 ... : 0.00
## ... 200 356 341 142 71 165 40 ... : -0.04
## ... 200 356 341 142 165 71 40 ... : -0.17
##
## 341 142 71 165 40 ...
## Alternative orders:
## ... 356 341 71 142 165 40 10 ... : 0.00
## ... 356 341 142 71 165 40 10 ... : -0.04
## ... 356 341 142 165 71 40 10 ... : -0.17
##
## 142 71 165 40 10 ...
## Alternative orders:
## ... 341 71 142 165 40 10 7 ... : 0.00
## ... 341 142 71 165 40 10 7 ... : -0.04
## ... 341 142 165 71 40 10 7 ... : -0.17
##
## 71 165 40 10 7 ...
## Alternative orders:
## ... 142 71 7 165 40 10 116 ... : 0.00
## ... 142 7 165 71 40 10 116 ... : -2.59
## ... 142 71 165 7 40 10 116 ... : -2.68
## ... 142 71 165 40 7 10 116 ... : -4.65
## ... 142 71 165 40 10 7 116 ... : -4.93
## ... 142 165 71 40 7 10 116 ... : -4.98
## ... 142 165 71 40 10 7 116 ... : -5.06
##
## 165 40 10 7 116 ...
## Alternative orders:
## ... 71 7 116 165 40 10 365 ... : 0.00
## ... 71 7 165 40 10 116 365 ... : -1.28
## ... 71 165 116 7 40 10 365 ... : -3.64
## ... 71 7 165 40 116 10 365 ... : -3.64
## ... 71 7 165 116 40 10 365 ... : -3.75
## ... 71 165 7 40 10 116 365 ... : -3.96
## ... 71 116 165 7 40 10 365 ... : -4.36
## ... 71 165 40 7 116 10 365 ... : -4.99
## ... 71 165 40 7 10 116 365 ... : -5.93
##
## 40 10 7 116 365 ...
## Alternative orders:
## ... 165 116 7 40 10 365 112 ... : 0.00
## ... 165 7 40 10 116 365 112 ... : -0.32
## ... 165 40 7 116 10 365 112 ... : -1.35
## ... 165 40 7 10 116 365 112 ... : -2.28
## ... 165 40 10 7 116 365 112 ... : -2.57
## ... 165 7 40 10 365 116 112 ... : -3.17
## ... 165 7 40 116 10 365 112 ... : -3.45
## ... 165 40 10 365 116 7 112 ... : -4.22
## ... 165 40 10 116 7 365 112 ... : -4.33
## ... 165 40 10 7 365 116 112 ... : -4.60
## ... 165 40 10 116 365 7 112 ... : -5.30
## ... 165 116 40 10 7 365 112 ... : -5.32
## ... 165 40 7 10 365 116 112 ... : -5.34
##
## 10 7 116 365 112 ...
## Alternative orders:
## ... 40 7 116 10 365 112 162 ... : 0.00
## ... 40 7 10 116 365 112 162 ... : -0.94
## ... 40 10 7 116 365 112 162 ... : -1.22
## ... 40 10 365 116 7 112 162 ... : -2.88
## ... 40 10 116 7 365 112 162 ... : -2.98
## ... 40 10 7 365 116 112 162 ... : -3.26
## ... 40 10 116 365 7 112 162 ... : -3.96
## ... 40 7 10 365 116 112 162 ... : -3.99
## ... 40 10 116 7 112 365 162 ... : -5.37
## ... 40 116 10 7 365 112 162 ... : -5.50
## ... 40 10 116 365 112 7 162 ... : -5.58
## ... 40 10 7 112 365 116 162 ... : -5.79
## ... 40 7 116 10 112 365 162 ... : -5.80
## ... 40 7 112 116 10 365 162 ... : -5.93
## ... 40 10 7 112 116 365 162 ... : -5.98
##
## 7 116 365 112 162 ...
## Alternative orders:
## ... 10 7 116 365 112 162 238 ... : 0.00
## ... 10 365 116 7 112 162 238 ... : -1.65
## ... 10 116 7 365 112 162 238 ... : -1.76
## ... 10 7 365 116 112 162 238 ... : -2.03
## ... 10 116 365 7 112 162 238 ... : -2.73
## ... 10 116 7 112 365 162 238 ... : -4.15
## ... 10 116 365 112 7 162 238 ... : -4.36
## ... 10 7 112 365 116 162 238 ... : -4.57
## ... 10 7 112 116 365 162 238 ... : -4.76
## ... 10 112 365 116 7 162 238 ... : -5.14
## ... 10 365 116 112 7 162 238 ... : -5.26
## ... 10 365 7 116 112 162 238 ... : -5.77
## ... 10 116 112 7 365 162 238 ... : -5.86
##
## 116 365 112 162 238 ...
## Alternative orders:
## ... 7 116 365 112 162 238 138 ... : 0.00
## ... 7 365 116 112 162 238 138 ... : -2.03
## ... 7 116 365 112 238 162 138 ... : -2.33
## ... 7 365 116 112 238 162 138 ... : -4.28
## ... 7 112 365 116 162 238 138 ... : -4.57
## ... 7 112 116 365 162 238 138 ... : -4.76
##
## 365 112 162 238 138 ...
## Alternative orders:
## ... 116 365 162 238 138 112 119 ... : 0.00
## ... 116 365 138 162 238 112 119 ... : -0.45
## ... 116 365 112 162 238 138 119 ... : -1.16
## ... 116 365 238 162 138 112 119 ... : -1.76
## ... 116 365 112 138 162 238 119 ... : -2.46
## ... 116 365 162 138 238 112 119 ... : -2.70
## ... 116 365 112 238 162 138 119 ... : -3.49
## ... 116 365 112 162 138 238 119 ... : -3.55
## ... 116 365 138 238 162 112 119 ... : -5.67
##
## 112 162 238 138 119 ...
## Alternative orders:
## ... 365 162 238 138 112 119 64 ... : 0.00
## ... 365 138 162 238 112 119 64 ... : -0.45
## ... 365 112 162 238 138 119 64 ... : -1.16
## ... 365 238 162 138 112 119 64 ... : -1.76
## ... 365 112 138 162 238 119 64 ... : -2.46
## ... 365 162 138 238 112 119 64 ... : -2.70
## ... 365 112 238 162 138 119 64 ... : -3.49
## ... 365 112 162 138 238 119 64 ... : -3.55
## ... 365 162 238 138 119 112 64 ... : -4.80
## ... 365 138 162 238 119 112 64 ... : -5.23
## ... 365 138 238 162 112 119 64 ... : -5.67
##
## 162 238 138 119 64 ...
## Alternative orders:
## ... 112 162 238 138 119 64 405 ... : 0.00
## ... 112 138 162 238 119 64 405 ... : -1.30
## ... 112 238 162 138 119 64 405 ... : -2.33
## ... 112 162 138 238 119 64 405 ... : -2.39
##
## 238 138 119 64 405 ...
## Alternative orders:
## ... 162 238 138 119 64 405 153 ... : 0.00
## ... 162 138 238 119 64 405 153 ... : -2.39
##
## 138 119 64 405 153 ... OK
##
## 119 64 405 153 299 ... OK
##
## 64 405 153 299 22 ...
## Alternative orders:
## ... 119 64 405 153 299 22 393 ... : 0.00
## ... 119 64 405 153 22 299 393 ... : -1.27
##
## 405 153 299 22 393 ...
## Alternative orders:
## ... 64 405 153 299 22 393 357 ... : 0.00
## ... 64 405 153 22 299 393 357 ... : -1.27
##
## 153 299 22 393 357 ...
## Alternative orders:
## ... 405 153 299 22 393 357 95 ... : 0.00
## ... 405 153 22 299 393 357 95 ... : -1.27
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## ... 405 153 22 299 357 393 95 ... : -2.88
##
## 299 22 393 357 95 ...
## Alternative orders:
## ... 153 299 22 393 357 95 58 ... : 0.00
## ... 153 22 299 393 357 95 58 ... : -1.27
## ... 153 299 22 357 393 95 58 ... : -1.57
## ... 153 22 299 357 393 95 58 ... : -2.88
##
## 22 393 357 95 58 ...
## Alternative orders:
## ... 299 22 393 357 58 95 376 ... : 0.00
## ... 299 22 393 357 95 58 376 ... : -0.82
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## ... 299 22 95 58 393 357 376 ... : -4.31
## ... 299 22 58 95 393 357 376 ... : -5.28
## ... 299 22 95 58 357 393 376 ... : -5.87
##
## 393 357 95 58 376 ...
## Alternative orders:
## ... 22 393 357 58 95 376 211 ... : 0.00
## ... 22 393 357 95 58 376 211 ... : -0.82
## ... 22 357 393 58 95 376 211 ... : -1.77
## ... 22 357 393 95 58 376 211 ... : -2.38
## ... 22 95 58 393 357 376 211 ... : -4.31
## ... 22 58 95 393 357 376 211 ... : -5.28
## ... 22 95 58 357 393 376 211 ... : -5.87
##
## 357 95 58 376 211 ...
## Alternative orders:
## ... 393 357 58 95 211 376 269 ... : 0.00
## ... 393 357 58 95 376 211 269 ... : -1.34
## ... 393 357 95 58 376 211 269 ... : -2.16
## ... 393 357 95 58 211 376 269 ... : -4.00
##
## 95 58 376 211 269 ...
## Alternative orders:
## ... 357 58 95 211 376 269 397 ... : 0.00
## ... 357 58 95 376 211 269 397 ... : -1.34
## ... 357 95 58 376 211 269 397 ... : -2.16
## ... 357 95 58 211 376 269 397 ... : -4.00
##
## 58 376 211 269 397 ...
## Alternative orders:
## ... 95 58 376 211 269 397 349 ... : 0.00
## ... 95 58 211 376 269 397 349 ... : -1.84
## ... 95 58 376 211 397 269 349 ... : -2.60
## ... 95 58 211 376 397 269 349 ... : -3.74
##
## 376 211 269 397 349 ...
## Alternative orders:
## ... 58 376 211 269 397 349 326 ... : 0.00
## ... 58 211 376 269 397 349 326 ... : -1.84
## ... 58 376 211 397 269 349 326 ... : -2.60
## ... 58 211 376 397 269 349 326 ... : -3.74
## ... 58 376 211 269 349 397 326 ... : -3.89
## ... 58 211 376 269 349 397 326 ... : -5.65
##
## 211 269 397 349 326 ...
## Alternative orders:
## ... 376 211 269 397 349 326 70 ... : 0.00
## ... 376 211 269 349 326 397 70 ... : -1.46
## ... 376 211 269 397 326 349 70 ... : -1.71
## ... 376 211 397 326 349 269 70 ... : -2.15
## ... 376 211 397 269 349 326 70 ... : -2.60
## ... 376 211 397 349 326 269 70 ... : -2.85
## ... 376 211 269 326 349 397 70 ... : -3.57
## ... 376 211 326 349 397 269 70 ... : -3.67
## ... 376 211 349 326 397 269 70 ... : -3.78
## ... 376 211 269 326 397 349 70 ... : -3.83
## ... 376 211 269 349 397 326 70 ... : -3.89
## ... 376 211 397 269 326 349 70 ... : -4.70
## ... 376 211 326 349 269 397 70 ... : -5.23
## ... 376 211 326 397 349 269 70 ... : -5.53
## ... 376 211 349 326 269 397 70 ... : -5.72
## ... 376 211 349 397 326 269 70 ... : -5.73
## ... 376 211 397 326 269 349 70 ... : -5.81
##
## 269 397 349 326 70 ...
## Alternative orders:
## ... 211 269 397 349 326 70 175 ... : 0.00
## ... 211 269 349 326 397 70 175 ... : -1.46
## ... 211 269 397 326 349 70 175 ... : -1.71
## ... 211 397 326 349 269 70 175 ... : -2.15
## ... 211 397 269 349 326 70 175 ... : -2.60
## ... 211 397 349 326 269 70 175 ... : -2.85
## ... 211 269 326 349 397 70 175 ... : -3.57
## ... 211 326 349 397 269 70 175 ... : -3.67
## ... 211 349 326 397 269 70 175 ... : -3.78
## ... 211 269 326 397 349 70 175 ... : -3.83
## ... 211 269 349 397 326 70 175 ... : -3.89
## ... 211 397 269 326 349 70 175 ... : -4.70
## ... 211 326 349 269 397 70 175 ... : -5.23
## ... 211 326 397 349 269 70 175 ... : -5.53
## ... 211 349 326 269 397 70 175 ... : -5.72
## ... 211 349 397 326 269 70 175 ... : -5.73
## ... 211 397 326 269 349 70 175 ... : -5.81
##
## 397 349 326 70 175 ...
## Alternative orders:
## ... 269 397 349 326 70 175 193 ... : 0.00
## ... 269 397 349 326 175 70 193 ... : -0.65
## ... 269 349 326 397 70 175 193 ... : -1.46
## ... 269 349 326 397 175 70 193 ... : -1.60
## ... 269 397 326 349 70 175 193 ... : -1.71
## ... 269 397 326 349 175 70 193 ... : -2.39
## ... 269 326 349 397 70 175 193 ... : -3.57
## ... 269 326 349 397 175 70 193 ... : -3.70
## ... 269 326 397 349 70 175 193 ... : -3.83
## ... 269 349 397 326 70 175 193 ... : -3.89
## ... 269 326 397 349 175 70 193 ... : -4.48
## ... 269 349 397 326 175 70 193 ... : -4.53
##
## 349 326 70 175 193 ...
## Alternative orders:
## ... 397 349 326 70 175 193 82 ... : 0.00
## ... 397 349 326 175 70 193 82 ... : -0.65
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## ... 397 349 326 70 193 175 82 ... : -2.59
## ... 397 349 326 193 70 175 82 ... : -3.29
## ... 397 349 326 175 193 70 82 ... : -3.50
## ... 397 349 326 193 175 70 82 ... : -3.60
## ... 397 326 349 70 193 175 82 ... : -4.35
## ... 397 326 349 193 70 175 82 ... : -5.03
## ... 397 326 349 175 193 70 82 ... : -5.22
## ... 397 326 349 193 175 70 82 ... : -5.32
##
## 326 70 175 193 82 ...
## Alternative orders:
## ... 349 326 70 175 193 82 133 ... : 0.00
## ... 349 326 175 70 193 82 133 ... : -0.65
## ... 349 326 70 193 175 82 133 ... : -2.59
## ... 349 326 193 70 175 82 133 ... : -3.29
## ... 349 326 175 193 82 70 133 ... : -3.29
## ... 349 326 175 82 193 70 133 ... : -3.31
## ... 349 326 175 193 70 82 133 ... : -3.50
## ... 349 326 70 175 82 193 133 ... : -3.54
## ... 349 326 193 175 70 82 133 ... : -3.60
## ... 349 326 175 70 82 193 133 ... : -4.38
## ... 349 326 193 82 175 70 133 ... : -4.47
## ... 349 326 82 193 175 70 133 ... : -4.50
## ... 349 326 70 193 82 175 133 ... : -4.67
## ... 349 326 70 82 193 175 133 ... : -5.00
## ... 349 326 82 193 70 175 133 ... : -5.65
## ... 349 326 193 82 70 175 133 ... : -5.80
##
## 70 175 193 82 133 ...
## Alternative orders:
## ... 326 70 175 193 82 133 171 ... : 0.00
## ... 326 175 70 193 82 133 171 ... : -0.65
## ... 326 70 193 175 82 133 171 ... : -2.59
## ... 326 193 70 175 82 133 171 ... : -3.29
## ... 326 175 193 82 70 133 171 ... : -3.29
## ... 326 175 82 193 70 133 171 ... : -3.31
## ... 326 175 193 70 82 133 171 ... : -3.50
## ... 326 70 175 82 193 133 171 ... : -3.54
## ... 326 175 70 133 82 193 171 ... : -3.59
## ... 326 193 175 70 82 133 171 ... : -3.60
## ... 326 70 175 133 82 193 171 ... : -3.72
## ... 326 175 193 82 133 70 171 ... : -4.33
## ... 326 175 70 82 193 133 171 ... : -4.38
## ... 326 193 82 175 70 133 171 ... : -4.47
## ... 326 82 193 175 70 133 171 ... : -4.50
## ... 326 175 133 82 193 70 171 ... : -4.52
## ... 326 70 193 82 175 133 171 ... : -4.67
## ... 326 70 133 175 193 82 171 ... : -4.69
## ... 326 133 70 175 193 82 171 ... : -4.78
## ... 326 70 193 175 133 82 171 ... : -4.79
## ... 326 193 175 70 133 82 171 ... : -4.85
## ... 326 175 193 70 133 82 171 ... : -4.95
## ... 326 70 82 193 175 133 171 ... : -5.00
## ... 326 70 175 193 133 82 171 ... : -5.09
## ... 326 175 70 133 193 82 171 ... : -5.24
## ... 326 175 133 70 193 82 171 ... : -5.31
## ... 326 193 70 175 133 82 171 ... : -5.41
## ... 326 175 70 193 133 82 171 ... : -5.54
## ... 326 82 193 70 175 133 171 ... : -5.65
## ... 326 70 175 133 193 82 171 ... : -5.66
## ... 326 193 82 70 175 133 171 ... : -5.80
## ... 326 133 175 70 193 82 171 ... : -5.86
##
## 175 193 82 133 171 ...
## Alternative orders:
## ... 70 175 193 82 133 171 56 ... : 0.00
## ... 70 193 175 82 133 171 56 ... : -2.59
## ... 70 175 193 82 171 133 56 ... : -3.53
## ... 70 175 82 193 133 171 56 ... : -3.54
## ... 70 175 171 133 82 193 56 ... : -3.56
## ... 70 175 133 82 193 171 56 ... : -3.72
## ... 70 175 133 171 193 82 56 ... : -4.08
## ... 70 175 133 171 82 193 56 ... : -4.33
## ... 70 193 82 175 133 171 56 ... : -4.67
## ... 70 133 175 193 82 171 56 ... : -4.69
## ... 70 193 175 133 82 171 56 ... : -4.79
## ... 70 175 82 133 171 193 56 ... : -4.81
## ... 70 175 193 171 133 82 56 ... : -4.86
## ... 70 82 193 175 133 171 56 ... : -5.00
## ... 70 175 193 133 82 171 56 ... : -5.09
## ... 70 175 171 133 193 82 56 ... : -5.16
## ... 70 175 82 193 171 133 56 ... : -5.17
## ... 70 175 133 193 82 171 56 ... : -5.66
##
## 193 82 133 171 56 ...
## Alternative orders:
## ... 175 193 82 133 171 56 197 ... : 0.00
## ... 175 193 56 82 133 171 197 ... : -2.38
## ... 175 56 193 82 133 171 197 ... : -2.98
## ... 175 171 133 82 56 193 197 ... : -3.11
## ... 175 193 82 171 133 56 197 ... : -3.53
## ... 175 82 193 133 171 56 197 ... : -3.54
## ... 175 171 133 82 193 56 197 ... : -3.56
## ... 175 133 82 193 171 56 197 ... : -3.72
## ... 175 133 171 193 82 56 197 ... : -4.08
## ... 175 133 171 82 193 56 197 ... : -4.33
## ... 175 133 171 82 56 193 197 ... : -4.52
## ... 175 133 171 193 56 82 197 ... : -4.54
## ... 175 171 133 193 56 82 197 ... : -4.74
## ... 175 82 133 171 193 56 197 ... : -4.81
## ... 175 193 171 133 82 56 197 ... : -4.86
## ... 175 193 133 82 171 56 197 ... : -5.09
## ... 175 171 133 193 82 56 197 ... : -5.16
## ... 175 82 193 171 133 56 197 ... : -5.17
## ... 175 193 82 56 133 171 197 ... : -5.50
## ... 175 82 56 193 133 171 197 ... : -5.56
## ... 175 133 193 82 171 56 197 ... : -5.66
##
## 82 133 171 56 197 ...
## Alternative orders:
## ... 193 82 133 171 56 197 104 ... : 0.00
## ... 193 56 82 133 171 197 104 ... : -2.38
## ... 193 82 171 133 56 197 104 ... : -3.53
## ... 193 82 133 171 197 56 104 ... : -4.16
## ... 193 171 133 82 56 197 104 ... : -4.86
## ... 193 133 82 171 56 197 104 ... : -5.09
## ... 193 82 56 133 171 197 104 ... : -5.50
##
## 133 171 56 197 104 ...
## Alternative orders:
## ... 82 133 171 56 197 104 301 ... : 0.00
## ... 82 171 133 56 197 104 301 ... : -3.53
## ... 82 133 171 197 56 104 301 ... : -4.16
## ... 82 56 133 171 197 104 301 ... : -5.50
##
## 171 56 197 104 301 ...
## Alternative orders:
## ... 133 171 56 197 104 301 340 ... : 0.00
## ... 133 171 197 56 104 301 340 ... : -4.16
##
## 56 197 104 301 340 ...
## Alternative orders:
## ... 171 56 197 104 301 340 360 ... : 0.00
## ... 171 197 56 104 301 340 360 ... : -4.16
## ... 171 56 197 104 340 301 360 ... : -5.84
##
## 197 104 301 340 360 ...
## Alternative orders:
## ... 56 197 104 301 340 360 366 ... : 0.00
## ... 56 197 104 340 301 360 366 ... : -5.84
##
## 104 301 340 360 366 ...
## Alternative orders:
## ... 197 104 301 340 360 366 295 ... : 0.00
## ... 197 104 340 301 360 366 295 ... : -5.84
##
## 301 340 360 366 295 ...
## Alternative orders:
## ... 104 301 340 360 366 295 25 ... : 0.00
## ... 104 301 340 360 295 366 25 ... : -5.15
## ... 104 340 301 360 366 295 25 ... : -5.84
##
## 340 360 366 295 25 ...
## Alternative orders:
## ... 301 340 360 366 295 25 228 ... : 0.00
## ... 301 340 360 295 366 25 228 ... : -5.15
## ... 301 340 360 25 366 295 228 ... : -5.18
##
## 360 366 295 25 228 ...
## Alternative orders:
## ... 340 228 25 360 366 295 386 ... : 0.00
## ... 340 360 366 295 25 228 386 ... : -0.55
## ... 340 360 25 228 366 295 386 ... : -4.36
## ... 340 360 295 366 25 228 386 ... : -5.69
## ... 340 360 25 366 295 228 386 ... : -5.73
##
## 366 295 25 228 386 ...
## Alternative orders:
## ... 360 366 295 25 228 386 179 : 0.00
## ... 360 25 228 366 295 386 179 : -3.82
## ... 360 295 366 25 228 386 179 : -5.15
## ... 360 25 366 295 228 386 179 : -5.18
## ... 360 366 25 228 295 386 179 : -5.59
##
## 295 25 228 386 179 ...
## Alternative orders:
## ... 366 295 386 179 228 25 : 0.00
## ... 366 295 25 228 386 179 : -0.40
## ... 366 295 386 179 25 228 : -4.21
## ... 366 25 228 295 386 179 : -5.98
rf.graph.table(Ligação_grupo_SG32, axis.cex=0.6, inter=FALSE)
###########Subgrupo 33
set.map.fun(type = c("kosambi"))
SG33<-make.seq(subG3, 3)
LG2_rcd_f2_sG33 <- rcd(SG33)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 256 108 408 323 329 305 124
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final_sG33<- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_sG33, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 256 108 408 323 329 305 124
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 408 --> MgSTS511 : ......
## 329 --> MgSTS332 : .......
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 256 108 408 329 305 323 124
##
## Markers not placed on the map:
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_SG33 <- make.seq(LG2_rcd_final_sG33, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_SG33,ws = 5, LOD =6)
## 256 108 408 329 305 ...
## Alternative orders:
## 256 108 408 329 305 323 ... : 0.00
## 256 108 408 305 329 323 ... : -3.35
##
## 108 408 329 305 323 ...
## Alternative orders:
## 256 108 408 329 305 323 124 : 0.00
## 256 108 408 329 323 305 124 : -0.56
## 256 108 408 323 329 305 124 : -2.89
## 256 108 408 305 329 323 124 : -3.35
## 256 305 323 329 408 108 124 : -3.89
##
## 408 329 305 323 124 ...
## Alternative orders:
## ... 108 408 329 305 323 124 : 0.00
## ... 108 408 329 323 305 124 : -0.56
## ... 108 408 323 329 305 124 : -2.89
## ... 108 408 305 329 323 124 : -3.35
rf.graph.table(Ligação_grupo_SG33, axis.cex=0.6, inter=FALSE)
###########\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
#############Anaise de cada grupo de ligação formado <<<<<<<<<<<
############////////////////////////////////////////
LG4<-make.seq(LGs_f2,4)
LG2_rcd_f2_G4 <- rcd(LG4)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 126 4 178 239 111 293 310 202 77 223 208 81 206 62 145 155 52 159 291 347 336 395 18 161 24 73 156 89 75 42 289 358 191 107 403 74 135 321 137 146
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final4 <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G4, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 126 4 178 239 111 293 310 202 77 223 208 81 206 62 145 155 52 159 291 347 336 395 18 161 24 73 156 89 75 42 289 358 191 107 403 74 135 321 137 146
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 161 --> CA183C : ......
## 156 --> AA374C : ......
## 395 --> MgSTS477 : ......
## 18 --> AA166C : .......
## 155 --> AA346C : ........
## 159 --> BA279C : .........
## 358 --> MgSTS347 : ..........
## 291 --> MgSTS228 : ..........
## 403 --> MgSTS542B : ...........
## 289 --> MgSTS132 : ...........
## 336 --> MgSTS362 : ...........
## 293 --> MgSTS234 : ............
## 310 --> MgSTS455 : ............
## 178 --> AAT367 : ............
## 321 --> MgSTS262 : ............
## 62 --> BB208 : .............
## 111 --> CB257 : ..............
## 107 --> CB329 : ..............
## 77 --> CA384 : ..............
## 81 --> CA297 : ...............
## 73 --> CA497 : ...............
## 89 --> CA233 : ...............
## 75 --> CA399 : ...............
## 74 --> CA415 : ...............
## 4 --> AA384 : ...............
## 24 --> AA66 : ...............
## 52 --> BA113 : ................
## 145 --> BD130 : ................
## 135 --> BD243 : .................
## 137 --> BD239 : ..................
## 202 --> BC321 : ...................
## 206 --> BC216 : ...................
## 191 --> BC512 : ....................
## 239 --> CC270 : ....................
## 223 --> CC531 : ....................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 42 126 77 135 24 18 395 336 321 347 208 291 62 155 145 137 159 206 146
##
## Markers not placed on the map: 4 178 239 111 293 310 202 223 81 52 161 73 156 89 75 289 358 191 107 403 74
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 4 --> AA384 : ....................
## 178 --> AAT367 : ....................
## 239 --> CC270 : ....................
## 111 --> CB257 : ....................
## 293 --> MgSTS234 : ....................
## 310 --> MgSTS455 : ....................
## 202 --> BC321 : ....................
## 223 --> CC531 : ....................
## 81 --> CA297 : ....................
## 52 --> BA113 : ....................
## 161 --> CA183C : ....................
## 73 --> CA497 : ....................
## 156 --> AA374C : ....................
## 89 --> CA233 : ....................
## 75 --> CA399 : ....................
## 289 --> MgSTS132 : ....................
## 358 --> MgSTS347 : ....................
## 191 --> BC512 : ....................
## 107 --> CB329 : ....................
## 403 --> MgSTS542B : ....................
## 74 --> CA415 : ....................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 52 --> BA113 : ....................
## 310 --> MgSTS455 : .....................
## 156 --> AA374C : ......................
## 223 --> CC531 : .......................
## 73 --> CA497 : ........................
## 293 --> MgSTS234 : .........................
## 239 --> CC270 : ..........................
## 178 --> AAT367 : ...........................
## 111 --> CB257 : ............................
## 161 --> CA183C : .............................
## 81 --> CA297 : ..............................
## 202 --> BC321 : ...............................
## 74 --> CA415 : ................................
## 289 --> MgSTS132 : .................................
## 4 --> AA384 : ..................................
## 191 --> BC512 : ...................................
## 107 --> CB329 : ....................................
## 403 --> MgSTS542B : .....................................
## 358 --> MgSTS347 : ......................................
## 89 --> CA233 : .......................................
## 75 --> CA399 : ........................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_4 <- make.seq(LG2_rcd_final4, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_4,ws = 5, LOD =6)
## 403 107 75 42 289 ...
## Alternative orders:
## 403 107 75 42 289 358 ... : 0.00
## 403 107 42 75 289 358 ... : -0.06
##
## 107 75 42 289 358 ...
## Alternative orders:
## 403 107 358 289 75 42 191 ... : 0.00
## 403 107 358 289 42 75 191 ... : -0.25
## 403 107 75 42 289 358 191 ... : -2.78
## 403 107 42 75 289 358 191 ... : -2.84
##
## 75 42 289 358 191 ...
## Alternative orders:
## ... 107 191 358 289 75 42 74 ... : 0.00
## ... 107 191 358 289 42 75 74 ... : -0.04
## ... 107 358 191 289 42 75 74 ... : -5.77
## ... 107 358 191 289 75 42 74 ... : -5.84
##
## 42 289 358 191 74 ...
## Alternative orders:
## ... 75 42 289 358 191 74 126 ... : 0.00
## ... 75 289 358 191 42 74 126 ... : -5.76
## ... 75 191 358 289 42 74 126 ... : -5.97
##
## 289 358 191 74 126 ... OK
##
## 358 191 74 126 77 ... OK
##
## 191 74 126 77 223 ...
## Alternative orders:
## ... 358 191 74 126 77 223 89 ... : 0.00
## ... 358 191 74 126 223 77 89 ... : -2.42
## ... 358 191 74 223 77 126 89 ... : -3.48
## ... 358 191 74 77 223 126 89 ... : -4.24
##
## 74 126 77 223 89 ...
## Alternative orders:
## ... 191 74 126 77 223 89 156 ... : 0.00
## ... 191 74 126 223 77 89 156 ... : -2.42
## ... 191 74 223 77 126 89 156 ... : -3.48
## ... 191 74 77 223 126 89 156 ... : -4.24
##
## 126 77 223 89 156 ...
## Alternative orders:
## ... 74 126 77 223 89 156 73 ... : 0.00
## ... 74 126 223 77 89 156 73 ... : -2.42
## ... 74 223 77 126 89 156 73 ... : -3.48
## ... 74 77 223 126 89 156 73 ... : -4.24
##
## 77 223 89 156 73 ...
## Alternative orders:
## ... 126 77 223 89 156 73 135 ... : 0.00
## ... 126 223 77 89 156 73 135 ... : -2.42
##
## 223 89 156 73 135 ...
## Alternative orders:
## ... 77 223 89 156 73 135 161 ... : 0.00
## ... 77 223 135 73 156 89 161 ... : -5.14
##
## 89 156 73 135 161 ...
## Alternative orders:
## ... 223 89 156 73 135 161 24 ... : 0.00
## ... 223 135 73 156 89 161 24 ... : -5.14
##
## 156 73 135 161 24 ...
## Alternative orders:
## ... 89 156 73 135 161 24 18 ... : 0.00
## ... 89 156 73 135 24 161 18 ... : -1.34
##
## 73 135 161 24 18 ...
## Alternative orders:
## ... 156 73 135 161 24 18 395 ... : 0.00
## ... 156 73 135 24 161 18 395 ... : -1.34
##
## 135 161 24 18 395 ...
## Alternative orders:
## ... 73 135 161 24 18 395 336 ... : 0.00
## ... 73 135 24 161 18 395 336 ... : -1.34
##
## 161 24 18 395 336 ...
## Alternative orders:
## ... 135 161 24 18 395 336 321 ... : 0.00
## ... 135 24 161 18 395 336 321 ... : -1.34
##
## 24 18 395 336 321 ... OK
##
## 18 395 336 321 347 ... OK
##
## 395 336 321 347 208 ...
## Alternative orders:
## ... 18 395 336 321 347 208 81 ... : 0.00
## ... 18 395 336 321 208 347 81 ... : -5.58
##
## 336 321 347 208 81 ...
## Alternative orders:
## ... 395 336 321 347 208 81 291 ... : 0.00
## ... 395 336 321 347 81 208 291 ... : -0.72
## ... 395 336 321 208 347 81 291 ... : -5.58
##
## 321 347 208 81 291 ...
## Alternative orders:
## ... 336 321 347 208 81 291 62 ... : 0.00
## ... 336 321 347 81 208 291 62 ... : -0.72
## ... 336 321 208 347 81 291 62 ... : -5.58
##
## 347 208 81 291 62 ...
## Alternative orders:
## ... 321 347 208 81 62 291 310 ... : 0.00
## ... 321 347 81 208 62 291 310 ... : -1.12
## ... 321 208 347 81 62 291 310 ... : -5.46
##
## 208 81 291 62 310 ...
## Alternative orders:
## ... 347 208 81 62 291 310 202 ... : 0.00
## ... 347 81 208 62 291 310 202 ... : -1.12
##
## 81 291 62 310 202 ... OK
##
## 291 62 310 202 52 ... OK
##
## 62 310 202 52 155 ...
## Alternative orders:
## ... 291 62 52 155 202 310 145 ... : 0.00
## ... 291 62 52 155 310 202 145 ... : -1.12
## ... 291 62 155 52 310 202 145 ... : -1.30
## ... 291 62 310 202 52 155 145 ... : -2.00
## ... 291 62 202 310 52 155 145 ... : -2.74
## ... 291 62 310 202 155 52 145 ... : -2.76
## ... 291 62 155 52 202 310 145 ... : -3.34
## ... 291 310 202 155 52 62 145 ... : -3.75
## ... 291 62 52 310 202 155 145 ... : -5.10
##
## 310 202 52 155 145 ...
## Alternative orders:
## ... 62 52 155 202 310 145 137 ... : 0.00
## ... 62 52 155 310 202 145 137 ... : -1.12
## ... 62 155 52 310 202 145 137 ... : -1.30
## ... 62 310 202 52 155 145 137 ... : -2.00
## ... 62 202 310 52 155 145 137 ... : -2.74
## ... 62 310 202 155 52 145 137 ... : -2.76
## ... 62 155 52 202 310 145 137 ... : -3.34
## ... 62 52 155 145 202 310 137 ... : -4.58
## ... 62 52 310 202 155 145 137 ... : -5.10
##
## 202 52 155 145 137 ...
## Alternative orders:
## ... 310 202 52 155 145 137 159 ... : 0.00
## ... 310 202 155 52 145 137 159 ... : -0.76
##
## 52 155 145 137 159 ...
## Alternative orders:
## ... 202 52 155 145 137 159 206 ... : 0.00
## ... 202 155 52 145 137 159 206 ... : -0.76
## ... 202 155 52 159 145 137 206 ... : -1.21
## ... 202 155 52 145 159 137 206 ... : -2.61
## ... 202 145 155 52 159 137 206 ... : -2.67
## ... 202 52 155 145 159 137 206 ... : -2.73
## ... 202 155 145 52 159 137 206 ... : -2.77
## ... 202 52 155 159 145 137 206 ... : -4.80
##
## 155 145 137 159 206 ...
## Alternative orders:
## ... 52 155 145 137 159 206 146 ... : 0.00
## ... 52 155 145 159 137 206 146 ... : -2.73
## ... 52 155 145 137 206 159 146 ... : -4.75
## ... 52 155 159 145 137 206 146 ... : -4.80
##
## 145 137 159 206 146 ...
## Alternative orders:
## ... 155 145 137 159 206 146 239 ... : 0.00
## ... 155 145 159 137 206 146 239 ... : -2.73
## ... 155 145 137 206 159 146 239 ... : -4.75
## ... 155 159 145 137 206 146 239 ... : -4.80
## ... 155 145 137 159 146 206 239 ... : -5.85
##
## 137 159 206 146 239 ...
## Alternative orders:
## ... 145 137 159 206 146 239 293 ... : 0.00
## ... 145 159 137 206 146 239 293 ... : -2.73
## ... 145 137 206 159 146 239 293 ... : -4.75
## ... 145 137 159 146 206 239 293 ... : -5.85
##
## 159 206 146 239 293 ...
## Alternative orders:
## ... 137 159 206 146 239 293 111 ... : 0.00
## ... 137 159 206 146 293 239 111 ... : -4.42
## ... 137 206 159 146 239 293 111 ... : -4.75
## ... 137 159 146 206 239 293 111 ... : -5.85
##
## 206 146 239 293 111 ...
## Alternative orders:
## ... 159 206 146 239 293 111 178 ... : 0.00
## ... 159 206 146 239 111 293 178 ... : -1.21
## ... 159 206 146 293 239 111 178 ... : -4.42
## ... 159 206 146 293 111 239 178 ... : -5.80
## ... 159 146 206 239 293 111 178 ... : -5.85
##
## 146 239 293 111 178 ...
## Alternative orders:
## ... 206 146 239 293 111 178 4 : 0.00
## ... 206 146 239 111 293 178 4 : -1.21
## ... 206 146 293 239 111 178 4 : -4.42
## ... 206 146 293 111 239 178 4 : -5.80
##
## 239 293 111 178 4 ...
## Alternative orders:
## ... 146 239 293 111 178 4 : 0.00
## ... 146 239 111 293 178 4 : -1.21
## ... 146 4 178 111 293 239 : -2.17
## ... 146 239 111 293 4 178 : -3.29
## ... 146 4 178 293 111 239 : -3.57
## ... 146 293 239 111 178 4 : -4.42
## ... 146 293 111 239 178 4 : -5.80
## ... 146 239 293 111 4 178 : -5.89
rf.graph.table(Ligação_grupo_4, axis.cex=1, inter=FALSE)
###########\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
LG4<-make.seq(LGs_f2,4)
LG2_rcd_f2_G4 <- rcd(LG4)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 126 4 178 239 111 293 310 202 77 223 208 81 206 62 145 155 52 159 291 347 336 395 18 161 24 73 156 89 75 42 289 358 191 107 403 74 135 321 137 146
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final4 <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G4, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 126 4 178 239 111 293 310 202 77 223 208 81 206 62 145 155 52 159 291 347 336 395 18 161 24 73 156 89 75 42 289 358 191 107 403 74 135 321 137 146
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 161 --> CA183C : ......
## 156 --> AA374C : ......
## 395 --> MgSTS477 : ......
## 18 --> AA166C : .......
## 155 --> AA346C : ........
## 159 --> BA279C : .........
## 358 --> MgSTS347 : ..........
## 291 --> MgSTS228 : ..........
## 403 --> MgSTS542B : ...........
## 289 --> MgSTS132 : ...........
## 336 --> MgSTS362 : ...........
## 293 --> MgSTS234 : ............
## 310 --> MgSTS455 : ............
## 178 --> AAT367 : ............
## 321 --> MgSTS262 : ............
## 62 --> BB208 : .............
## 111 --> CB257 : ..............
## 107 --> CB329 : ..............
## 77 --> CA384 : ..............
## 81 --> CA297 : ...............
## 73 --> CA497 : ...............
## 89 --> CA233 : ...............
## 75 --> CA399 : ...............
## 74 --> CA415 : ...............
## 4 --> AA384 : ...............
## 24 --> AA66 : ...............
## 52 --> BA113 : ................
## 145 --> BD130 : ................
## 135 --> BD243 : .................
## 137 --> BD239 : ..................
## 202 --> BC321 : ...................
## 206 --> BC216 : ...................
## 191 --> BC512 : ....................
## 239 --> CC270 : ....................
## 223 --> CC531 : ....................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 42 126 77 135 24 18 395 336 321 347 208 291 62 155 145 137 159 206 146
##
## Markers not placed on the map: 4 178 239 111 293 310 202 223 81 52 161 73 156 89 75 289 358 191 107 403 74
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 4 --> AA384 : ....................
## 178 --> AAT367 : ....................
## 239 --> CC270 : ....................
## 111 --> CB257 : ....................
## 293 --> MgSTS234 : ....................
## 310 --> MgSTS455 : ....................
## 202 --> BC321 : ....................
## 223 --> CC531 : ....................
## 81 --> CA297 : ....................
## 52 --> BA113 : ....................
## 161 --> CA183C : ....................
## 73 --> CA497 : ....................
## 156 --> AA374C : ....................
## 89 --> CA233 : ....................
## 75 --> CA399 : ....................
## 289 --> MgSTS132 : ....................
## 358 --> MgSTS347 : ....................
## 191 --> BC512 : ....................
## 107 --> CB329 : ....................
## 403 --> MgSTS542B : ....................
## 74 --> CA415 : ....................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 52 --> BA113 : ....................
## 310 --> MgSTS455 : .....................
## 156 --> AA374C : ......................
## 223 --> CC531 : .......................
## 73 --> CA497 : ........................
## 293 --> MgSTS234 : .........................
## 239 --> CC270 : ..........................
## 178 --> AAT367 : ...........................
## 111 --> CB257 : ............................
## 161 --> CA183C : .............................
## 81 --> CA297 : ..............................
## 202 --> BC321 : ...............................
## 74 --> CA415 : ................................
## 289 --> MgSTS132 : .................................
## 4 --> AA384 : ..................................
## 191 --> BC512 : ...................................
## 107 --> CB329 : ....................................
## 403 --> MgSTS542B : .....................................
## 358 --> MgSTS347 : ......................................
## 89 --> CA233 : .......................................
## 75 --> CA399 : ........................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_4 <- make.seq(LG2_rcd_final4, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_4,ws = 5, LOD =6)
## 403 107 75 42 289 ...
## Alternative orders:
## 403 107 75 42 289 358 ... : 0.00
## 403 107 42 75 289 358 ... : -0.06
##
## 107 75 42 289 358 ...
## Alternative orders:
## 403 107 358 289 75 42 191 ... : 0.00
## 403 107 358 289 42 75 191 ... : -0.25
## 403 107 75 42 289 358 191 ... : -2.78
## 403 107 42 75 289 358 191 ... : -2.84
##
## 75 42 289 358 191 ...
## Alternative orders:
## ... 107 191 358 289 75 42 74 ... : 0.00
## ... 107 191 358 289 42 75 74 ... : -0.04
## ... 107 358 191 289 42 75 74 ... : -5.77
## ... 107 358 191 289 75 42 74 ... : -5.84
##
## 42 289 358 191 74 ...
## Alternative orders:
## ... 75 42 289 358 191 74 126 ... : 0.00
## ... 75 289 358 191 42 74 126 ... : -5.76
## ... 75 191 358 289 42 74 126 ... : -5.97
##
## 289 358 191 74 126 ... OK
##
## 358 191 74 126 77 ... OK
##
## 191 74 126 77 223 ...
## Alternative orders:
## ... 358 191 74 126 77 223 89 ... : 0.00
## ... 358 191 74 126 223 77 89 ... : -2.42
## ... 358 191 74 223 77 126 89 ... : -3.48
## ... 358 191 74 77 223 126 89 ... : -4.24
##
## 74 126 77 223 89 ...
## Alternative orders:
## ... 191 74 126 77 223 89 156 ... : 0.00
## ... 191 74 126 223 77 89 156 ... : -2.42
## ... 191 74 223 77 126 89 156 ... : -3.48
## ... 191 74 77 223 126 89 156 ... : -4.24
##
## 126 77 223 89 156 ...
## Alternative orders:
## ... 74 126 77 223 89 156 73 ... : 0.00
## ... 74 126 223 77 89 156 73 ... : -2.42
## ... 74 223 77 126 89 156 73 ... : -3.48
## ... 74 77 223 126 89 156 73 ... : -4.24
##
## 77 223 89 156 73 ...
## Alternative orders:
## ... 126 77 223 89 156 73 135 ... : 0.00
## ... 126 223 77 89 156 73 135 ... : -2.42
##
## 223 89 156 73 135 ...
## Alternative orders:
## ... 77 223 89 156 73 135 161 ... : 0.00
## ... 77 223 135 73 156 89 161 ... : -5.14
##
## 89 156 73 135 161 ...
## Alternative orders:
## ... 223 89 156 73 135 161 24 ... : 0.00
## ... 223 135 73 156 89 161 24 ... : -5.14
##
## 156 73 135 161 24 ...
## Alternative orders:
## ... 89 156 73 135 161 24 18 ... : 0.00
## ... 89 156 73 135 24 161 18 ... : -1.34
##
## 73 135 161 24 18 ...
## Alternative orders:
## ... 156 73 135 161 24 18 395 ... : 0.00
## ... 156 73 135 24 161 18 395 ... : -1.34
##
## 135 161 24 18 395 ...
## Alternative orders:
## ... 73 135 161 24 18 395 336 ... : 0.00
## ... 73 135 24 161 18 395 336 ... : -1.34
##
## 161 24 18 395 336 ...
## Alternative orders:
## ... 135 161 24 18 395 336 321 ... : 0.00
## ... 135 24 161 18 395 336 321 ... : -1.34
##
## 24 18 395 336 321 ... OK
##
## 18 395 336 321 347 ... OK
##
## 395 336 321 347 208 ...
## Alternative orders:
## ... 18 395 336 321 347 208 81 ... : 0.00
## ... 18 395 336 321 208 347 81 ... : -5.58
##
## 336 321 347 208 81 ...
## Alternative orders:
## ... 395 336 321 347 208 81 291 ... : 0.00
## ... 395 336 321 347 81 208 291 ... : -0.72
## ... 395 336 321 208 347 81 291 ... : -5.58
##
## 321 347 208 81 291 ...
## Alternative orders:
## ... 336 321 347 208 81 291 62 ... : 0.00
## ... 336 321 347 81 208 291 62 ... : -0.72
## ... 336 321 208 347 81 291 62 ... : -5.58
##
## 347 208 81 291 62 ...
## Alternative orders:
## ... 321 347 208 81 62 291 310 ... : 0.00
## ... 321 347 81 208 62 291 310 ... : -1.12
## ... 321 208 347 81 62 291 310 ... : -5.46
##
## 208 81 291 62 310 ...
## Alternative orders:
## ... 347 208 81 62 291 310 202 ... : 0.00
## ... 347 81 208 62 291 310 202 ... : -1.12
##
## 81 291 62 310 202 ... OK
##
## 291 62 310 202 52 ... OK
##
## 62 310 202 52 155 ...
## Alternative orders:
## ... 291 62 52 155 202 310 145 ... : 0.00
## ... 291 62 52 155 310 202 145 ... : -1.12
## ... 291 62 155 52 310 202 145 ... : -1.30
## ... 291 62 310 202 52 155 145 ... : -2.00
## ... 291 62 202 310 52 155 145 ... : -2.74
## ... 291 62 310 202 155 52 145 ... : -2.76
## ... 291 62 155 52 202 310 145 ... : -3.34
## ... 291 310 202 155 52 62 145 ... : -3.75
## ... 291 62 52 310 202 155 145 ... : -5.10
##
## 310 202 52 155 145 ...
## Alternative orders:
## ... 62 52 155 202 310 145 137 ... : 0.00
## ... 62 52 155 310 202 145 137 ... : -1.12
## ... 62 155 52 310 202 145 137 ... : -1.30
## ... 62 310 202 52 155 145 137 ... : -2.00
## ... 62 202 310 52 155 145 137 ... : -2.74
## ... 62 310 202 155 52 145 137 ... : -2.76
## ... 62 155 52 202 310 145 137 ... : -3.34
## ... 62 52 155 145 202 310 137 ... : -4.58
## ... 62 52 310 202 155 145 137 ... : -5.10
##
## 202 52 155 145 137 ...
## Alternative orders:
## ... 310 202 52 155 145 137 159 ... : 0.00
## ... 310 202 155 52 145 137 159 ... : -0.76
##
## 52 155 145 137 159 ...
## Alternative orders:
## ... 202 52 155 145 137 159 206 ... : 0.00
## ... 202 155 52 145 137 159 206 ... : -0.76
## ... 202 155 52 159 145 137 206 ... : -1.21
## ... 202 155 52 145 159 137 206 ... : -2.61
## ... 202 145 155 52 159 137 206 ... : -2.67
## ... 202 52 155 145 159 137 206 ... : -2.73
## ... 202 155 145 52 159 137 206 ... : -2.77
## ... 202 52 155 159 145 137 206 ... : -4.80
##
## 155 145 137 159 206 ...
## Alternative orders:
## ... 52 155 145 137 159 206 146 ... : 0.00
## ... 52 155 145 159 137 206 146 ... : -2.73
## ... 52 155 145 137 206 159 146 ... : -4.75
## ... 52 155 159 145 137 206 146 ... : -4.80
##
## 145 137 159 206 146 ...
## Alternative orders:
## ... 155 145 137 159 206 146 239 ... : 0.00
## ... 155 145 159 137 206 146 239 ... : -2.73
## ... 155 145 137 206 159 146 239 ... : -4.75
## ... 155 159 145 137 206 146 239 ... : -4.80
## ... 155 145 137 159 146 206 239 ... : -5.85
##
## 137 159 206 146 239 ...
## Alternative orders:
## ... 145 137 159 206 146 239 293 ... : 0.00
## ... 145 159 137 206 146 239 293 ... : -2.73
## ... 145 137 206 159 146 239 293 ... : -4.75
## ... 145 137 159 146 206 239 293 ... : -5.85
##
## 159 206 146 239 293 ...
## Alternative orders:
## ... 137 159 206 146 239 293 111 ... : 0.00
## ... 137 159 206 146 293 239 111 ... : -4.42
## ... 137 206 159 146 239 293 111 ... : -4.75
## ... 137 159 146 206 239 293 111 ... : -5.85
##
## 206 146 239 293 111 ...
## Alternative orders:
## ... 159 206 146 239 293 111 178 ... : 0.00
## ... 159 206 146 239 111 293 178 ... : -1.21
## ... 159 206 146 293 239 111 178 ... : -4.42
## ... 159 206 146 293 111 239 178 ... : -5.80
## ... 159 146 206 239 293 111 178 ... : -5.85
##
## 146 239 293 111 178 ...
## Alternative orders:
## ... 206 146 239 293 111 178 4 : 0.00
## ... 206 146 239 111 293 178 4 : -1.21
## ... 206 146 293 239 111 178 4 : -4.42
## ... 206 146 293 111 239 178 4 : -5.80
##
## 239 293 111 178 4 ...
## Alternative orders:
## ... 146 239 293 111 178 4 : 0.00
## ... 146 239 111 293 178 4 : -1.21
## ... 146 4 178 111 293 239 : -2.17
## ... 146 239 111 293 4 178 : -3.29
## ... 146 4 178 293 111 239 : -3.57
## ... 146 293 239 111 178 4 : -4.42
## ... 146 293 111 239 178 4 : -5.80
## ... 146 239 293 111 4 178 : -5.89
rf.graph.table(Ligação_grupo_4, axis.cex=1, inter=FALSE)
##########removiendo marcadores
LG4drop<-drop.marker(LG4, c(126, 77, 223, 75, 239, 4, 178, 146))
group(LG4drop)
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "LG4drop"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.37
##
## No. markers: 32
## No. groups: 1
## No. linked markers: 32
## No. unlinked markers: 0
##
## Printing groups:
## Group 1 : 32 markers
## AA166C AA66 BA210 BA113 BB208 CA497 CA415 CA297 CA233 CB329 CB257 BD243 BD239 BD130 AA346C AA374C BA279C CA183C BC512 BC321 BC216 BC192 MgSTS132 MgSTS228 MgSTS234 MgSTS455 MgSTS262 MgSTS362 MgSTS492 MgSTS347 MgSTS477 MgSTS542B
LG2_rcd_f2_G4rm <- rcd(LG4drop)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 135 74 42 403 107 191 358 289 89 156 73 24 161 18 395 336 347 291 159 52 155 145 62 208 81 206 137 321 310 202 293 111
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final4rm <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G4rm, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 135 74 42 403 107 191 358 289 89 156 73 24 161 18 395 336 347 291 159 52 155 145 62 208 81 206 137 321 310 202 293 111
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 161 --> CA183C : ......
## 156 --> AA374C : .......
## 18 --> AA166C : .......
## 395 --> MgSTS477 : ........
## 155 --> AA346C : .........
## 159 --> BA279C : ..........
## 358 --> MgSTS347 : ..........
## 291 --> MgSTS228 : ...........
## 403 --> MgSTS542B : ............
## 289 --> MgSTS132 : .............
## 310 --> MgSTS455 : ..............
## 293 --> MgSTS234 : ...............
## 347 --> MgSTS492 : ................
## 321 --> MgSTS262 : ................
## 62 --> BB208 : .................
## 107 --> CB329 : .................
## 74 --> CA415 : ..................
## 73 --> CA497 : ..................
## 81 --> CA297 : ...................
## 24 --> AA66 : ...................
## 42 --> BA210 : ....................
## 52 --> BA113 : .....................
## 145 --> BD130 : .....................
## 137 --> BD239 : ......................
## 191 --> BC512 : ......................
## 206 --> BC216 : ......................
## 202 --> BC321 : .......................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 107 403 358 289 42 73 135 89 161 24 18 395 336 321 208 206 291 155 145 310 293 111
##
## Markers not placed on the map: 74 191 156 347 159 52 62 81 137 202
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 74 --> CA415 : .......................
## 191 --> BC512 : .......................
## 156 --> AA374C : .......................
## 347 --> MgSTS492 : .......................
## 159 --> BA279C : .......................
## 52 --> BA113 : .......................
## 62 --> BB208 : .......................
## 81 --> CA297 : .......................
## 137 --> BD239 : .......................
## 202 --> BC321 : .......................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 156 --> AA374C : .......................
## 347 --> MgSTS492 : ........................
## 81 --> CA297 : .........................
## 62 --> BB208 : ..........................
## 74 --> CA415 : ...........................
## 159 --> BA279C : ............................
## 202 --> BC321 : .............................
## 52 --> BA113 : ..............................
## 137 --> BD239 : ...............................
## 191 --> BC512 : ................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_4rm <- make.seq(LG2_rcd_final4rm, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_4rm,ws = 5, LOD =6)
## 191 107 403 358 289 ...
## Alternative orders:
## 191 107 403 358 289 42 ... : 0.00
## 107 403 358 191 289 42 ... : -0.05
## 107 403 191 358 289 42 ... : -0.07
## 107 191 403 358 289 42 ... : -0.47
## 403 107 191 358 289 42 ... : -1.52
## 403 191 107 358 289 42 ... : -3.06
## 403 107 358 191 289 42 ... : -5.36
##
## 107 403 358 289 42 ... OK
##
## 403 358 289 42 74 ... OK
##
## 358 289 42 74 156 ... OK
##
## 289 42 74 156 73 ... OK
##
## 42 74 156 73 135 ...
## Alternative orders:
## ... 289 42 74 156 73 135 89 ... : 0.00
## ... 289 42 74 135 73 156 89 ... : -2.85
##
## 74 156 73 135 89 ... OK
##
## 156 73 135 89 161 ... OK
##
## 73 135 89 161 24 ...
## Alternative orders:
## ... 156 89 73 135 161 24 18 ... : 0.00
## ... 156 89 73 135 24 161 18 ... : -2.11
## ... 156 73 89 135 161 24 18 ... : -4.54
##
## 135 89 161 24 18 ...
## Alternative orders:
## ... 73 89 135 161 24 18 395 ... : 0.00
## ... 73 89 135 24 161 18 395 ... : -2.27
##
## 89 161 24 18 395 ... OK
##
## 161 24 18 395 336 ... OK
##
## 24 18 395 336 321 ... OK
##
## 18 395 336 321 347 ... OK
##
## 395 336 321 347 208 ... OK
##
## 336 321 347 208 206 ... OK
##
## 321 347 208 206 81 ...
## Alternative orders:
## ... 336 321 347 208 206 81 62 ... : 0.00
## ... 336 321 347 208 81 206 62 ... : -3.16
## ... 336 321 347 81 208 206 62 ... : -5.84
##
## 347 208 206 81 62 ...
## Alternative orders:
## ... 321 347 208 206 81 62 291 ... : 0.00
## ... 321 347 208 81 206 62 291 ... : -3.16
## ... 321 347 208 81 62 206 291 ... : -4.53
## ... 321 347 81 208 62 206 291 ... : -4.88
## ... 321 347 81 208 206 62 291 ... : -5.84
##
## 208 206 81 62 291 ...
## Alternative orders:
## ... 347 208 206 81 62 291 137 ... : 0.00
## ... 347 208 206 291 62 81 137 ... : -3.02
## ... 347 208 81 206 62 291 137 ... : -3.16
## ... 347 208 81 62 206 291 137 ... : -4.53
## ... 347 81 208 62 206 291 137 ... : -4.88
## ... 347 208 206 81 291 62 137 ... : -5.37
## ... 347 81 208 206 62 291 137 ... : -5.84
##
## 206 81 62 291 137 ...
## Alternative orders:
## ... 208 206 81 62 291 137 159 ... : 0.00
## ... 208 206 291 62 81 137 159 ... : -3.02
## ... 208 81 206 62 291 137 159 ... : -3.16
## ... 208 137 291 62 81 206 159 ... : -3.67
## ... 208 206 81 137 291 62 159 ... : -4.15
## ... 208 81 62 206 291 137 159 ... : -4.53
## ... 208 206 137 291 62 81 159 ... : -4.55
## ... 208 206 137 81 62 291 159 ... : -4.88
## ... 208 137 291 62 206 81 159 ... : -5.00
## ... 208 81 62 291 137 206 159 ... : -5.18
## ... 208 206 81 291 62 137 159 ... : -5.37
##
## 81 62 291 137 159 ...
## Alternative orders:
## ... 206 81 62 291 137 159 52 ... : 0.00
## ... 206 291 62 81 137 159 52 ... : -3.02
## ... 206 159 137 81 62 291 52 ... : -3.66
## ... 206 81 137 291 62 159 52 ... : -4.15
## ... 206 137 291 62 81 159 52 ... : -4.55
## ... 206 137 81 62 291 159 52 ... : -4.88
## ... 206 81 159 137 291 62 52 ... : -5.13
## ... 206 81 291 62 137 159 52 ... : -5.37
## ... 206 81 62 159 137 291 52 ... : -5.43
## ... 206 159 137 81 291 62 52 ... : -5.45
##
## 62 291 137 159 52 ...
## Alternative orders:
## ... 81 62 291 137 159 52 155 ... : 0.00
## ... 81 137 291 62 159 52 155 ... : -4.15
## ... 81 159 137 291 62 52 155 ... : -5.13
## ... 81 291 62 137 159 52 155 ... : -5.37
## ... 81 62 159 137 291 52 155 ... : -5.43
##
## 291 137 159 52 155 ...
## Alternative orders:
## ... 62 291 137 159 52 155 145 ... : 0.00
## ... 62 159 137 291 52 155 145 ... : -5.43
## ... 62 291 137 159 155 52 145 ... : -5.85
##
## 137 159 52 155 145 ...
## Alternative orders:
## ... 291 159 137 145 155 52 202 ... : 0.00
## ... 291 159 137 145 52 155 202 ... : -1.26
## ... 291 137 159 145 155 52 202 ... : -1.68
## ... 291 137 159 52 155 145 202 ... : -2.06
## ... 291 137 159 145 52 155 202 ... : -2.07
## ... 291 137 159 52 145 155 202 ... : -2.18
## ... 291 137 145 159 52 155 202 ... : -2.35
## ... 291 137 145 159 155 52 202 ... : -5.44
##
## 159 52 155 145 202 ...
## Alternative orders:
## ... 137 159 145 155 52 202 310 ... : 0.00
## ... 137 159 52 155 145 202 310 ... : -0.38
## ... 137 159 145 52 155 202 310 ... : -0.39
## ... 137 159 52 145 155 202 310 ... : -0.50
## ... 137 145 159 52 155 202 310 ... : -0.67
## ... 137 145 159 155 52 202 310 ... : -3.76
## ... 137 159 155 145 52 202 310 ... : -5.54
##
## 52 155 145 202 310 ...
## Alternative orders:
## ... 159 145 155 52 310 202 293 ... : 0.00
## ... 159 145 155 52 202 310 293 ... : -2.27
## ... 159 52 155 145 202 310 293 ... : -2.65
## ... 159 145 52 155 202 310 293 ... : -2.66
## ... 159 52 145 155 202 310 293 ... : -2.77
## ... 159 52 155 145 310 202 293 ... : -3.26
## ... 159 145 52 155 310 202 293 ... : -3.49
## ... 159 52 145 155 310 202 293 ... : -3.74
## ... 159 155 145 52 310 202 293 ... : -5.24
##
## 155 145 202 310 293 ...
## Alternative orders:
## ... 52 155 145 202 310 293 111 : 0.00
## ... 52 145 155 202 310 293 111 : -0.11
## ... 52 155 145 310 202 293 111 : -0.60
## ... 52 145 155 310 202 293 111 : -1.09
##
## 145 202 310 293 111 ...
## Alternative orders:
## ... 155 145 202 310 293 111 : 0.00
## ... 155 145 310 202 293 111 : -0.60
## ... 155 145 310 202 111 293 : -3.25
## ... 155 145 202 310 111 293 : -4.21
rf.graph.table(Ligação_grupo_4rm, axis.cex=1, inter=FALSE)
###########\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
LG5<-make.seq(LGs_f2,5)
LG2_rcd_f2_G5 <- rcd(LG5)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 65 247 282 5 371 54 141 113 86 91 129 61 294 13 157 234 19 192 332 333 152
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final5 <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G5, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 65 247 282 5 371 54 141 113 86 91 129 61 294 13 157 234 19 192 332 333 152
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 157 --> AA454C : ......
## 282 --> MgSTS40 : ......
## 371 --> MgSTS586 : .......
## 294 --> MgSTS245 : ........
## 333 --> MgSTS255 : .........
## 332 --> MgSTS282A : ..........
## 61 --> BB210 : ...........
## 113 --> CB230 : ...........
## 86 --> CA264 : ...........
## 91 --> CA226 : ............
## 5 --> AA378 : ............
## 13 --> AA268 : .............
## 19 --> AA163 : .............
## 141 --> BD173 : ..............
## 192 --> BC506 : ...............
## 247 --> CC124 : ................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 65 247 282 371 54 129 5 141 86 294 234 19 192 332 333 152
##
## Markers not placed on the map: 113 91 61 13 157
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 113 --> CB230 : .................
## 91 --> CA226 : .................
## 61 --> BB210 : .................
## 13 --> AA268 : .................
## 157 --> AA454C : .................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 157 --> AA454C : .................
## 13 --> AA268 : ..................
## 113 --> CB230 : ...................
## 61 --> BB210 : ....................
## 91 --> CA226 : .....................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_5 <- make.seq(LG2_rcd_final5, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_5,ws = 5, LOD =6)
## 65 247 282 371 54 ...
## Alternative orders:
## 65 247 282 371 54 113 ... : 0.00
## 247 65 282 371 54 113 ... : -4.26
##
## 247 282 371 54 113 ... OK
##
## 282 371 54 113 61 ...
## Alternative orders:
## ... 247 282 371 54 113 61 129 ... : 0.00
## ... 247 282 371 54 61 113 129 ... : -4.40
##
## 371 54 113 61 129 ...
## Alternative orders:
## ... 282 371 54 113 61 129 5 ... : 0.00
## ... 282 371 54 113 129 61 5 ... : -3.76
## ... 282 371 54 129 61 113 5 ... : -3.89
## ... 282 371 54 61 113 129 5 ... : -4.40
##
## 54 113 61 129 5 ...
## Alternative orders:
## ... 371 54 113 61 129 5 91 ... : 0.00
## ... 371 54 113 129 61 5 91 ... : -3.76
## ... 371 54 129 61 113 5 91 ... : -3.89
## ... 371 54 61 113 129 5 91 ... : -4.40
##
## 113 61 129 5 91 ...
## Alternative orders:
## ... 54 113 61 129 5 91 141 ... : 0.00
## ... 54 113 61 129 91 5 141 ... : -0.62
## ... 54 113 129 61 91 5 141 ... : -1.31
## ... 54 129 61 113 91 5 141 ... : -3.08
## ... 54 113 129 61 5 91 141 ... : -3.76
## ... 54 129 113 61 91 5 141 ... : -3.77
## ... 54 129 61 113 5 91 141 ... : -3.89
## ... 54 61 113 129 5 91 141 ... : -4.40
## ... 54 61 113 129 91 5 141 ... : -5.07
## ... 54 61 129 113 91 5 141 ... : -5.83
##
## 61 129 5 91 141 ...
## Alternative orders:
## ... 113 61 129 5 91 141 86 ... : 0.00
## ... 113 61 129 5 141 91 86 ... : -0.09
## ... 113 61 129 91 5 141 86 ... : -0.62
## ... 113 129 61 91 5 141 86 ... : -1.31
## ... 113 129 61 5 141 91 86 ... : -3.14
## ... 113 129 61 5 91 141 86 ... : -3.76
## ... 113 61 129 91 141 5 86 ... : -5.75
## ... 113 129 61 91 141 5 86 ... : -5.75
##
## 129 5 91 141 86 ...
## Alternative orders:
## ... 61 129 5 91 141 86 294 ... : 0.00
## ... 61 129 5 141 91 86 294 ... : -0.09
## ... 61 129 91 5 141 86 294 ... : -0.62
## ... 61 129 5 141 86 91 294 ... : -1.16
## ... 61 129 5 91 86 141 294 ... : -2.91
## ... 61 129 5 86 91 141 294 ... : -3.31
## ... 61 129 91 5 86 141 294 ... : -3.68
## ... 61 129 5 86 141 91 294 ... : -4.87
## ... 61 129 91 141 5 86 294 ... : -5.75
##
## 5 91 141 86 294 ...
## Alternative orders:
## ... 129 5 91 141 86 294 13 ... : 0.00
## ... 129 5 141 91 86 294 13 ... : -0.09
## ... 129 91 5 141 86 294 13 ... : -0.62
## ... 129 5 141 86 91 294 13 ... : -1.16
## ... 129 5 91 86 141 294 13 ... : -2.91
## ... 129 5 86 91 141 294 13 ... : -3.31
## ... 129 91 5 86 141 294 13 ... : -3.68
## ... 129 5 86 141 91 294 13 ... : -4.87
## ... 129 91 141 5 86 294 13 ... : -5.75
##
## 91 141 86 294 13 ...
## Alternative orders:
## ... 5 91 141 86 294 13 234 ... : 0.00
## ... 5 141 91 86 294 13 234 ... : -0.09
## ... 5 141 86 91 294 13 234 ... : -1.16
## ... 5 91 86 141 294 13 234 ... : -2.91
## ... 5 86 91 141 294 13 234 ... : -3.31
## ... 5 86 141 91 294 13 234 ... : -4.87
##
## 141 86 294 13 234 ...
## Alternative orders:
## ... 91 141 86 294 13 234 157 ... : 0.00
## ... 91 141 86 294 234 13 157 ... : -0.29
## ... 91 86 141 294 13 234 157 ... : -2.91
## ... 91 86 141 294 234 13 157 ... : -3.19
##
## 86 294 13 234 157 ...
## Alternative orders:
## ... 141 86 294 13 234 157 19 ... : 0.00
## ... 141 86 294 234 13 157 19 ... : -0.29
## ... 141 86 294 13 157 234 19 ... : -3.67
##
## 294 13 234 157 19 ...
## Alternative orders:
## ... 86 294 13 234 157 19 192 ... : 0.00
## ... 86 294 234 13 157 19 192 ... : -0.29
## ... 86 294 13 157 234 19 192 ... : -3.67
##
## 13 234 157 19 192 ...
## Alternative orders:
## ... 294 13 234 157 19 192 332 ... : 0.00
## ... 294 234 13 157 19 192 332 ... : -0.29
## ... 294 13 157 234 19 192 332 ... : -3.67
##
## 234 157 19 192 332 ...
## Alternative orders:
## ... 13 234 157 19 192 332 333 ... : 0.00
## ... 13 157 234 19 192 332 333 ... : -3.67
##
## 157 19 192 332 333 ...
## Alternative orders:
## ... 234 157 19 192 332 333 152 : 0.00
## ... 234 157 19 332 333 192 152 : -5.17
## ... 234 157 19 192 333 332 152 : -5.77
##
## 19 192 332 333 152 ...
## Alternative orders:
## ... 157 19 192 332 333 152 : 0.00
## ... 157 19 332 333 192 152 : -5.17
## ... 157 19 192 333 332 152 : -5.77
rf.graph.table(Ligação_grupo_5, axis.cex=1, inter=FALSE)
###########\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
LG6<-make.seq(LGs_f2,6)
LG2_rcd_f2_G6 <- rcd(LG6)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 224 309 306 267 402 418 9 51 20 12 11 181 139 274 401 354 411 359 273 264 292 417 280 412 254 268 99 230 83 240 39 143 106 186 398 342 272 399 343 389 297 414 351 344 195 6 204 246 213 312 150
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final6 <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G6, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 224 309 306 267 402 418 9 51 20 12 11 181 139 274 401 354 411 359 273 264 292 417 280 412 254 268 99 230 83 240 39 143 106 186 398 342 272 399 343 389 297 414 351 344 195 6 204 246 213 312 150
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 272 --> MgSTS28 : ......
## 99 --> CA152C : ......
## 389 --> MgSTS606 : .......
## 6 --> AA371C : ........
## 412 --> MgSTS220 : .........
## 398 --> MgSTS504A : ..........
## 411 --> MgSTS459 : ...........
## 292 --> MgSTS229 : ............
## 267 --> MgSTS25 : .............
## 280 --> MgSTS58 : ..............
## 273 --> MgSTS105 : ...............
## 312 --> MgSTS480 : ................
## 401 --> MgSTS545 : ................
## 402 --> MgSTS542A : .................
## 309 --> MgSTS529 : ..................
## 306 --> MgSTS508 : ...................
## 181 --> AAT230 : ...................
## 418 --> MgSTS440 : ...................
## 254 --> CC171C : ...................
## 343 --> MgSTS453 : ....................
## 264 --> MgSTS21 : ....................
## 414 --> MgSTS467 : .....................
## 354 --> MgSTS314 : ......................
## 344 --> MgSTS456 : .......................
## 297 --> MgSTS323 : ........................
## 417 --> MgSTS431 : .........................
## 342 --> MgSTS426 : ..........................
## 186 --> AAT300 : ...........................
## 351 --> MgSTS430 : ............................
## 359 --> MgSTS320 : .............................
## 106 --> CB333 : ..............................
## 83 --> CA283 : ..............................
## 9 --> AA311 : ..............................
## 20 --> AA158 : ..............................
## 12 --> AA270 : ..............................
## 11 --> AA277 : ...............................
## 51 --> BA117 : ................................
## 39 --> BA222 : ................................
## 139 --> BD179 : ................................
## 143 --> BD169 : .................................
## 195 --> BC392 : ..................................
## 204 --> BC243 : ...................................
## 213 --> BC125 : ....................................
## 230 --> CC381 : ....................................
## 240 --> CC262 : ....................................
## 246 --> CC126 : .....................................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 224 309 267 402 401 354 274 139 411 359 11 273 264 12 280 417 292 412 143 254 99 186 268 240 398 342 399 389 297 414 351 344 195 6 204 150
##
## Markers not placed on the map: 306 418 9 51 20 181 230 83 39 106 272 343 246 213 312
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 306 --> MgSTS508 : .....................................
## 418 --> MgSTS440 : .....................................
## 9 --> AA311 : .....................................
## 51 --> BA117 : .....................................
## 20 --> AA158 : .....................................
## 181 --> AAT230 : .....................................
## 230 --> CC381 : .....................................
## 83 --> CA283 : .....................................
## 39 --> BA222 : .....................................
## 106 --> CB333 : .....................................
## 272 --> MgSTS28 : .....................................
## 343 --> MgSTS453 : .....................................
## 246 --> CC126 : .....................................
## 213 --> BC125 : .....................................
## 312 --> MgSTS480 : .....................................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 272 --> MgSTS28 : .....................................
## 312 --> MgSTS480 : ......................................
## 181 --> AAT230 : .......................................
## 343 --> MgSTS453 : ........................................
## 418 --> MgSTS440 : .........................................
## 230 --> CC381 : ..........................................
## 20 --> AA158 : ...........................................
## 213 --> BC125 : ............................................
## 9 --> AA311 : .............................................
## 39 --> BA222 : ..............................................
## 51 --> BA117 : ...............................................
## 106 --> CB333 : ................................................
## 246 --> CC126 : .................................................
## 306 --> MgSTS508 : ..................................................
## 83 --> CA283 : ...................................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_6 <- make.seq(LG2_rcd_final6, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_6,ws = 5, LOD =6)
## 224 306 309 9 418 ...
## Alternative orders:
## 224 306 309 9 418 267 ... : 0.00
## 9 224 306 309 418 267 ... : -1.21
## 224 309 306 9 418 267 ... : -2.01
## 9 224 309 306 418 267 ... : -2.10
## 224 9 306 309 418 267 ... : -5.75
## 224 9 309 306 418 267 ... : -5.90
##
## 306 309 9 418 267 ...
## Alternative orders:
## 224 306 309 9 418 267 402 ... : 0.00
## 224 309 306 9 418 267 402 ... : -2.01
## 224 9 306 309 418 267 402 ... : -5.75
## 224 9 309 306 418 267 402 ... : -5.90
##
## 309 9 418 267 402 ... OK
##
## 9 418 267 402 401 ... OK
##
## 418 267 402 401 354 ... OK
##
## 267 402 401 354 274 ...
## Alternative orders:
## ... 418 402 267 401 354 274 139 ... : 0.00
## ... 418 402 267 274 354 401 139 ... : -5.88
##
## 402 401 354 274 139 ... OK
##
## 401 354 274 139 181 ...
## Alternative orders:
## ... 402 401 354 274 139 181 411 ... : 0.00
## ... 402 401 354 274 181 139 411 ... : -3.30
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##
## 354 274 139 181 411 ...
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##
## 274 139 181 411 359 ...
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## ... 354 274 411 139 181 359 11 ... : -3.30
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##
## 139 181 411 359 11 ...
## Alternative orders:
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## ... 274 411 139 181 359 11 51 ... : -3.30
## ... 274 411 359 139 181 11 51 ... : -3.48
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##
## 181 411 359 11 51 ...
## Alternative orders:
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##
## 411 359 11 51 273 ...
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## 11 51 273 264 20 ...
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##
## 264 20 12 280 417 ...
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## 12 280 417 292 412 ... OK
##
## 280 417 292 412 143 ... OK
##
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##
## 143 254 230 99 186 ...
## Alternative orders:
## ... 412 143 254 230 99 186 106 ... : 0.00
## ... 412 143 254 99 230 186 106 ... : -4.20
##
## 254 230 99 186 106 ...
## Alternative orders:
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## ... 143 254 99 230 186 106 268 ... : -4.20
##
## 230 99 186 106 268 ...
## Alternative orders:
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## ... 254 106 186 268 99 230 39 ... : -2.68
## ... 254 230 99 106 186 268 39 ... : -3.42
## ... 254 186 268 106 99 230 39 ... : -3.90
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## ... 254 268 106 186 230 99 39 ... : -4.84
## ... 254 230 99 268 106 186 39 ... : -5.13
##
## 99 186 106 268 39 ...
## Alternative orders:
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## ... 230 39 268 106 186 99 240 ... : -5.17
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##
## 186 106 268 39 240 ...
## Alternative orders:
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## ... 99 186 106 268 240 39 83 ... : -1.04
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##
## 106 268 39 240 83 ...
## Alternative orders:
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##
## 268 39 240 83 246 ...
## Alternative orders:
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## ... 106 268 240 39 246 83 398 ... : -5.75
## ... 106 268 39 83 246 240 398 ... : -5.81
##
## 39 240 83 246 398 ...
## Alternative orders:
## ... 268 39 240 246 83 398 342 ... : 0.00
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## ... 268 39 83 240 246 398 342 ... : -1.19
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##
## 240 83 246 398 342 ...
## Alternative orders:
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##
## 83 246 398 342 272 ...
## Alternative orders:
## ... 240 246 83 398 342 272 343 ... : 0.00
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##
## 246 398 342 272 343 ...
## Alternative orders:
## ... 83 246 398 342 272 343 399 ... : 0.00
## ... 83 398 246 342 272 343 399 ... : -0.84
##
## 398 342 272 343 399 ...
## Alternative orders:
## ... 246 398 342 272 343 399 389 ... : 0.00
## ... 246 398 342 272 399 343 389 ... : -0.34
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## ... 246 398 342 399 343 272 389 ... : -4.41
## ... 246 398 272 342 399 343 389 ... : -4.83
##
## 342 272 343 399 389 ...
## Alternative orders:
## ... 398 342 272 343 399 389 297 ... : 0.00
## ... 398 342 272 399 343 389 297 ... : -0.34
## ... 398 272 343 399 342 389 297 ... : -3.82
## ... 398 342 399 343 272 389 297 ... : -4.41
## ... 398 272 342 399 343 389 297 ... : -4.83
##
## 272 343 399 389 297 ...
## Alternative orders:
## ... 342 272 343 399 389 297 414 ... : 0.00
## ... 342 272 399 343 389 297 414 ... : -0.34
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##
## 343 399 389 297 414 ...
## Alternative orders:
## ... 272 343 399 389 297 414 351 ... : 0.00
## ... 272 399 343 389 297 414 351 ... : -0.34
##
## 399 389 297 414 351 ...
## Alternative orders:
## ... 343 399 389 297 414 351 344 ... : 0.00
## ... 343 399 389 297 351 414 344 ... : -3.57
##
## 389 297 414 351 344 ...
## Alternative orders:
## ... 399 389 297 414 351 344 195 ... : 0.00
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##
## 297 414 351 344 195 ...
## Alternative orders:
## ... 389 297 414 351 344 195 6 ... : 0.00
## ... 389 297 351 414 344 195 6 ... : -3.57
##
## 414 351 344 195 6 ...
## Alternative orders:
## ... 297 414 351 344 195 6 204 ... : 0.00
## ... 297 351 414 344 195 6 204 ... : -3.57
##
## 351 344 195 6 204 ... OK
##
## 344 195 6 204 312 ... OK
##
## 195 6 204 312 213 ...
## Alternative orders:
## ... 344 195 6 204 312 213 150 : 0.00
## ... 344 195 6 204 213 312 150 : -2.56
##
## 6 204 312 213 150 ...
## Alternative orders:
## ... 195 6 204 312 213 150 : 0.00
## ... 195 6 204 312 150 213 : -1.10
## ... 195 6 204 213 312 150 : -2.56
## ... 195 6 204 213 150 312 : -3.80
## ... 195 6 204 150 213 312 : -4.14
## ... 195 6 204 150 312 213 : -4.18
rf.graph.table(Ligação_grupo_6, axis.cex=1, inter=FALSE)
########rm
LG6drop<-drop.marker(LG6, c(312, 150, 312, 246, 240))
## Warning in drop.marker(LG6, c(312, 150, 312, 246, 240)): marker 312 was not
## in the sequence
group(LG6drop)
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "LG6drop"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.37
##
## No. markers: 47
## No. groups: 1
## No. linked markers: 47
## No. unlinked markers: 0
##
## Printing groups:
## Group 1 : 47 markers
## AA371C AA311 AA277 AA270 AA158 BA222 BA117 CA283 CA152C CB333 BD179 BD169 AAT230 AAT300 BC392 BC243 BC125 CC457 CC381 CC171C MgSTS21 MgSTS25 MgSTS22 MgSTS28 MgSTS105 MgSTS120 MgSTS58 MgSTS229 MgSTS323 MgSTS508 MgSTS529 MgSTS426 MgSTS453 MgSTS456 MgSTS430 MgSTS314 MgSTS320 MgSTS606 MgSTS504A MgSTS504B MgSTS545 MgSTS542A MgSTS459 MgSTS220 MgSTS467 MgSTS431 MgSTS440
LG2_rcd_f2_G6rm <- rcd(LG6drop)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 224 309 306 267 402 418 9 51 20 264 273 181 139 274 401 354 411 359 11 12 39 143 106 186 398 342 272 399 343 389 297 414 351 344 195 6 204 83 230 99 268 254 412 280 417 292 213
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final6rm <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G6rm, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 224 309 306 267 402 418 9 51 20 264 273 181 139 274 401 354 411 359 11 12 39 143 106 186 398 342 272 399 343 389 297 414 351 344 195 6 204 83 230 99 268 254 412 280 417 292 213
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 272 --> MgSTS28 : ......
## 99 --> CA152C : .......
## 389 --> MgSTS606 : ........
## 268 --> MgSTS22 : .........
## 274 --> MgSTS120 : ..........
## 399 --> MgSTS504B : ...........
## 398 --> MgSTS504A : ............
## 412 --> MgSTS220 : .............
## 411 --> MgSTS459 : .............
## 292 --> MgSTS229 : ..............
## 267 --> MgSTS25 : ..............
## 280 --> MgSTS58 : ...............
## 273 --> MgSTS105 : ...............
## 401 --> MgSTS545 : ................
## 402 --> MgSTS542A : .................
## 309 --> MgSTS529 : ..................
## 306 --> MgSTS508 : ...................
## 418 --> MgSTS440 : ...................
## 254 --> CC171C : ...................
## 343 --> MgSTS453 : ...................
## 264 --> MgSTS21 : ...................
## 414 --> MgSTS467 : ...................
## 354 --> MgSTS314 : ....................
## 344 --> MgSTS456 : .....................
## 297 --> MgSTS323 : ......................
## 417 --> MgSTS431 : .......................
## 342 --> MgSTS426 : .......................
## 351 --> MgSTS430 : ........................
## 359 --> MgSTS320 : .........................
## 106 --> CB333 : ..........................
## 83 --> CA283 : ..........................
## 9 --> AA311 : ..........................
## 20 --> AA158 : ..........................
## 11 --> AA277 : ...........................
## 12 --> AA270 : ............................
## 51 --> BA117 : ............................
## 39 --> BA222 : ............................
## 139 --> BD179 : ............................
## 143 --> BD169 : ............................
## 195 --> BC392 : ............................
## 204 --> BC243 : .............................
## 230 --> CC381 : ..............................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 224 309 267 402 401 354 274 411 359 273 20 11 181 213 230 99 186 268 398 342 272 399 389 297 414 351 344 195 6 204
##
## Markers not placed on the map: 306 418 9 51 264 139 12 39 143 106 343 83 254 412 280 417 292
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 306 --> MgSTS508 : ...............................
## 418 --> MgSTS440 : ...............................
## 9 --> AA311 : ...............................
## 51 --> BA117 : ...............................
## 264 --> MgSTS21 : ...............................
## 139 --> BD179 : ...............................
## 12 --> AA270 : ...............................
## 39 --> BA222 : ...............................
## 143 --> BD169 : ...............................
## 106 --> CB333 : ...............................
## 343 --> MgSTS453 : ...............................
## 83 --> CA283 : ...............................
## 254 --> CC171C : ...............................
## 412 --> MgSTS220 : ...............................
## 280 --> MgSTS58 : ...............................
## 417 --> MgSTS431 : ...............................
## 292 --> MgSTS229 : ...............................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 412 --> MgSTS220 : ...............................
## 292 --> MgSTS229 : ................................
## 418 --> MgSTS440 : .................................
## 83 --> CA283 : ..................................
## 264 --> MgSTS21 : ...................................
## 106 --> CB333 : ....................................
## 139 --> BD179 : .....................................
## 9 --> AA311 : ......................................
## 254 --> CC171C : .......................................
## 280 --> MgSTS58 : ........................................
## 417 --> MgSTS431 : .........................................
## 51 --> BA117 : ..........................................
## 143 --> BD169 : ...........................................
## 39 --> BA222 : ............................................
## 12 --> AA270 : .............................................
## 343 --> MgSTS453 : ..............................................
## 306 --> MgSTS508 : ...............................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_6rm <- make.seq(LG2_rcd_final6rm, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_6rm,ws = 5, LOD =6)
## 224 306 309 9 418 ...
## Alternative orders:
## 224 306 309 9 418 267 ... : 0.00
## 9 224 306 309 418 267 ... : -1.30
## 224 309 306 9 418 267 ... : -2.01
## 9 224 309 306 418 267 ... : -2.19
## 224 9 306 309 418 267 ... : -5.79
## 224 9 309 306 418 267 ... : -5.95
##
## 306 309 9 418 267 ...
## Alternative orders:
## 224 306 309 9 418 267 402 ... : 0.00
## 224 309 306 9 418 267 402 ... : -2.01
## 224 9 306 309 418 267 402 ... : -5.79
## 224 9 309 306 418 267 402 ... : -5.95
##
## 309 9 418 267 402 ... OK
##
## 9 418 267 402 401 ... OK
##
## 418 267 402 401 354 ... OK
##
## 267 402 401 354 274 ...
## Alternative orders:
## ... 418 402 267 401 354 274 411 ... : 0.00
## ... 418 402 267 274 401 354 411 ... : -4.04
## ... 418 402 267 274 354 401 411 ... : -4.21
##
## 402 401 354 274 411 ... OK
##
## 401 354 274 411 359 ... OK
##
## 354 274 411 359 273 ... OK
##
## 274 411 359 273 264 ...
## Alternative orders:
## ... 354 274 411 359 273 264 12 ... : 0.00
## ... 354 274 411 359 264 273 12 ... : -0.91
##
## 411 359 273 264 12 ...
## Alternative orders:
## ... 274 411 359 273 264 12 20 ... : 0.00
## ... 274 411 359 264 273 12 20 ... : -0.91
##
## 359 273 264 12 20 ...
## Alternative orders:
## ... 411 359 273 264 12 20 51 ... : 0.00
## ... 411 359 264 273 12 20 51 ... : -0.91
## ... 411 359 273 264 20 12 51 ... : -5.43
##
## 273 264 12 20 51 ...
## Alternative orders:
## ... 359 273 264 12 20 51 11 ... : 0.00
## ... 359 264 273 12 20 51 11 ... : -0.91
## ... 359 51 20 273 264 12 11 ... : -3.34
## ... 359 51 20 264 273 12 11 ... : -3.69
## ... 359 273 264 20 12 51 11 ... : -5.43
##
## 264 12 20 51 11 ...
## Alternative orders:
## ... 273 264 12 20 51 11 139 ... : 0.00
## ... 273 264 11 12 20 51 139 ... : -3.92
## ... 273 264 12 11 20 51 139 ... : -4.70
## ... 273 264 12 20 11 51 139 ... : -4.80
## ... 273 264 20 12 11 51 139 ... : -5.17
## ... 273 264 20 12 51 11 139 ... : -5.43
##
## 12 20 51 11 139 ...
## Alternative orders:
## ... 264 12 20 51 11 139 181 ... : 0.00
## ... 264 11 12 20 51 139 181 ... : -3.92
## ... 264 12 11 20 51 139 181 ... : -4.70
## ... 264 12 20 11 51 139 181 ... : -4.80
## ... 264 20 12 11 51 139 181 ... : -5.17
## ... 264 20 12 51 11 139 181 ... : -5.43
##
## 20 51 11 139 181 ...
## Alternative orders:
## ... 12 20 51 11 139 181 213 ... : 0.00
## ... 12 11 20 51 139 181 213 ... : -4.70
## ... 12 20 11 51 139 181 213 ... : -4.80
## ... 12 20 51 11 181 139 213 ... : -5.04
## ... 12 11 139 181 51 20 213 ... : -5.20
## ... 12 11 20 51 181 139 213 ... : -5.74
##
## 51 11 139 181 213 ...
## Alternative orders:
## ... 20 51 11 139 181 213 83 ... : 0.00
## ... 20 11 51 139 181 213 83 ... : -4.80
## ... 20 51 11 181 139 213 83 ... : -5.04
##
## 11 139 181 213 83 ...
## Alternative orders:
## ... 51 11 139 181 213 83 230 ... : 0.00
## ... 51 11 181 139 213 83 230 ... : -5.04
##
## 139 181 213 83 230 ...
## Alternative orders:
## ... 11 139 181 213 83 230 99 ... : 0.00
## ... 11 139 181 213 230 83 99 ... : -2.39
## ... 11 181 139 213 83 230 99 ... : -5.04
##
## 181 213 83 230 99 ...
## Alternative orders:
## ... 139 181 213 83 230 99 186 ... : 0.00
## ... 139 181 213 230 83 99 186 ... : -2.39
##
## 213 83 230 99 186 ...
## Alternative orders:
## ... 181 213 83 230 99 186 106 ... : 0.00
## ... 181 213 230 83 99 186 106 ... : -2.39
##
## 83 230 99 186 106 ...
## Alternative orders:
## ... 213 83 230 99 186 106 268 ... : 0.00
## ... 213 83 230 99 106 186 268 ... : -0.98
## ... 213 230 83 99 186 106 268 ... : -2.39
## ... 213 230 83 99 106 186 268 ... : -3.17
##
## 230 99 186 106 268 ...
## Alternative orders:
## ... 83 230 99 186 106 268 39 ... : 0.00
## ... 83 230 99 106 268 186 39 ... : -0.92
## ... 83 230 99 106 186 268 39 ... : -0.98
## ... 83 230 99 268 106 186 39 ... : -2.50
## ... 83 230 99 186 268 106 39 ... : -5.38
##
## 99 186 106 268 39 ...
## Alternative orders:
## ... 230 99 106 186 39 268 254 ... : 0.00
## ... 230 99 186 106 268 39 254 ... : -0.88
## ... 230 99 39 268 106 186 254 ... : -1.01
## ... 230 39 99 186 106 268 254 ... : -1.01
## ... 230 99 39 186 106 268 254 ... : -1.28
## ... 230 99 39 268 186 106 254 ... : -1.47
## ... 230 99 186 39 268 106 254 ... : -1.78
## ... 230 99 106 268 186 39 254 ... : -1.80
## ... 230 99 106 186 268 39 254 ... : -1.86
## ... 230 39 99 106 186 268 254 ... : -1.96
## ... 230 99 106 268 39 186 254 ... : -2.20
## ... 230 99 39 186 268 106 254 ... : -2.33
## ... 230 99 186 106 39 268 254 ... : -2.79
## ... 230 39 99 186 268 106 254 ... : -2.90
## ... 230 39 99 268 106 186 254 ... : -3.24
## ... 230 99 268 106 186 39 254 ... : -3.38
## ... 230 39 99 268 186 106 254 ... : -3.69
## ... 230 99 39 106 186 268 254 ... : -3.91
## ... 230 99 106 39 186 268 254 ... : -3.97
## ... 230 39 106 99 186 268 254 ... : -4.06
## ... 230 99 268 39 186 106 254 ... : -4.43
## ... 230 106 99 186 39 268 254 ... : -4.54
## ... 230 39 99 106 268 186 254 ... : -4.80
## ... 230 99 186 39 106 268 254 ... : -4.88
##
## 186 106 268 39 254 ...
## Alternative orders:
## ... 99 106 186 39 268 254 143 ... : 0.00
## ... 99 186 106 268 39 254 143 ... : -0.88
## ... 99 39 268 106 186 254 143 ... : -1.01
## ... 99 39 186 106 268 254 143 ... : -1.28
## ... 99 39 268 186 106 254 143 ... : -1.47
## ... 99 186 39 268 106 254 143 ... : -1.78
## ... 99 106 268 186 39 254 143 ... : -1.80
## ... 99 106 186 268 39 254 143 ... : -1.86
## ... 99 106 268 39 186 254 143 ... : -2.20
## ... 99 39 186 268 106 254 143 ... : -2.33
## ... 99 186 106 39 268 254 143 ... : -2.79
## ... 99 268 106 186 39 254 143 ... : -3.38
## ... 99 39 106 186 268 254 143 ... : -3.91
## ... 99 106 39 186 268 254 143 ... : -3.97
## ... 99 268 39 186 106 254 143 ... : -4.43
## ... 99 186 106 268 254 39 143 ... : -4.75
## ... 99 186 39 106 268 254 143 ... : -4.88
## ... 99 268 106 186 254 39 143 ... : -5.64
## ... 99 106 186 268 254 39 143 ... : -5.73
## ... 99 254 186 106 268 39 143 ... : -5.88
##
## 106 268 39 254 143 ...
## Alternative orders:
## ... 186 106 268 39 254 143 412 ... : 0.00
## ... 186 39 268 106 254 143 412 ... : -0.91
## ... 186 106 39 268 254 143 412 ... : -1.92
## ... 186 106 268 39 143 254 412 ... : -3.17
## ... 186 106 268 254 143 39 412 ... : -3.36
## ... 186 106 268 254 39 143 412 ... : -3.88
## ... 186 39 106 268 254 143 412 ... : -4.00
## ... 186 106 268 143 39 254 412 ... : -4.08
## ... 186 106 143 39 268 254 412 ... : -4.46
## ... 186 106 39 143 268 254 412 ... : -5.04
## ... 186 39 143 268 106 254 412 ... : -5.06
## ... 186 39 268 106 143 254 412 ... : -5.29
## ... 186 143 39 268 106 254 412 ... : -5.32
## ... 186 268 106 254 143 39 412 ... : -5.37
## ... 186 268 106 39 254 143 412 ... : -5.38
## ... 186 106 143 268 39 254 412 ... : -5.57
## ... 186 268 106 254 39 143 412 ... : -5.92
##
## 268 39 254 143 412 ...
## Alternative orders:
## ... 106 268 39 254 143 412 280 ... : 0.00
## ... 106 39 268 254 143 412 280 ... : -1.92
## ... 106 268 39 143 254 412 280 ... : -3.17
## ... 106 268 254 143 39 412 280 ... : -3.36
## ... 106 268 254 39 143 412 280 ... : -3.88
## ... 106 268 143 39 254 412 280 ... : -4.08
## ... 106 143 39 268 254 412 280 ... : -4.46
## ... 106 39 143 268 254 412 280 ... : -5.04
## ... 106 143 268 39 254 412 280 ... : -5.57
##
## 39 254 143 412 280 ...
## Alternative orders:
## ... 268 39 254 143 412 280 417 ... : 0.00
## ... 268 39 143 254 412 280 417 ... : -3.17
## ... 268 254 143 39 412 280 417 ... : -3.36
## ... 268 254 39 143 412 280 417 ... : -3.88
## ... 268 143 39 254 412 280 417 ... : -4.08
##
## 254 143 412 280 417 ...
## Alternative orders:
## ... 39 254 143 412 280 417 292 ... : 0.00
## ... 39 143 254 412 280 417 292 ... : -3.17
## ... 39 254 143 412 417 280 292 ... : -5.56
##
## 143 412 280 417 292 ...
## Alternative orders:
## ... 254 143 412 280 417 292 398 ... : 0.00
## ... 254 143 412 292 417 280 398 ... : -2.16
## ... 254 143 412 417 280 292 398 ... : -5.56
##
## 412 280 417 292 398 ...
## Alternative orders:
## ... 143 412 280 417 292 398 342 ... : 0.00
## ... 143 412 292 417 280 398 342 ... : -2.16
## ... 143 412 417 280 292 398 342 ... : -5.56
##
## 280 417 292 398 342 ...
## Alternative orders:
## ... 412 280 417 292 398 342 272 ... : 0.00
## ... 412 292 417 280 398 342 272 ... : -2.16
## ... 412 417 280 292 398 342 272 ... : -5.56
##
## 417 292 398 342 272 ... OK
##
## 292 398 342 272 343 ... OK
##
## 398 342 272 343 399 ...
## Alternative orders:
## ... 292 398 342 272 343 399 389 ... : 0.00
## ... 292 398 342 272 399 343 389 ... : -0.34
## ... 292 398 272 343 399 342 389 ... : -3.79
## ... 292 398 342 399 343 272 389 ... : -4.53
## ... 292 398 272 342 399 343 389 ... : -4.80
##
## 342 272 343 399 389 ...
## Alternative orders:
## ... 398 342 272 343 399 389 297 ... : 0.00
## ... 398 342 272 399 343 389 297 ... : -0.34
## ... 398 272 343 399 342 389 297 ... : -3.79
## ... 398 342 399 343 272 389 297 ... : -4.53
## ... 398 272 342 399 343 389 297 ... : -4.80
##
## 272 343 399 389 297 ...
## Alternative orders:
## ... 342 272 343 399 389 297 414 ... : 0.00
## ... 342 272 399 343 389 297 414 ... : -0.34
## ... 342 399 343 272 389 297 414 ... : -4.53
##
## 343 399 389 297 414 ...
## Alternative orders:
## ... 272 343 399 389 297 414 351 ... : 0.00
## ... 272 399 343 389 297 414 351 ... : -0.34
##
## 399 389 297 414 351 ...
## Alternative orders:
## ... 343 399 389 297 414 351 344 ... : 0.00
## ... 343 399 389 297 351 414 344 ... : -3.57
##
## 389 297 414 351 344 ...
## Alternative orders:
## ... 399 389 297 414 351 344 195 ... : 0.00
## ... 399 389 297 351 414 344 195 ... : -3.57
##
## 297 414 351 344 195 ...
## Alternative orders:
## ... 389 297 414 351 344 195 6 ... : 0.00
## ... 389 297 351 414 344 195 6 ... : -3.57
##
## 414 351 344 195 6 ...
## Alternative orders:
## ... 297 414 351 344 195 6 204 : 0.00
## ... 297 351 414 344 195 6 204 : -3.57
##
## 351 344 195 6 204 ... OK
rf.graph.table(Ligação_grupo_6rm, axis.cex=1, inter=FALSE)
###########\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
LG7<-make.seq(LGs_f2,7)
LG2_rcd_f2_G7 <- rcd(LG7)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 46 68 324 14 253 409 233 166 36 151 352 374 103 327 318 368 400 363 110 180 173 172 225 80 303 187 378 316 373 94 34 188
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final7 <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G7, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 46 68 324 14 253 409 233 166 36 151 352 374 103 327 318 368 400 363 110 180 173 172 225 80 303 187 378 316 373 94 34 188
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 172 --> AAT39 : ......
## 378 --> MgSTS563 : .......
## 400 --> MgSTS504C : ........
## 173 --> AAT211 : .........
## 409 --> MgSTS621 : ..........
## 151 --> BD189C : ...........
## 374 --> MgSTS538 : ............
## 373 --> MgSTS537 : .............
## 166 --> AAT217 : ..............
## 363 --> MgSTS571 : ..............
## 187 --> CYCB : ...............
## 316 --> MgSTS69 : ................
## 253 --> CC338C : ................
## 318 --> MgSTS31 : .................
## 180 --> AAT296 : ..................
## 352 --> MgSTS381 : ...................
## 303 --> MgSTS59 : ....................
## 327 --> MgSTS330 : ....................
## 324 --> MgSTS76 : ....................
## 68 --> BB167 : .....................
## 110 --> CB272 : .....................
## 103 --> CA122 : ......................
## 94 --> CA210 : .......................
## 14 --> AA246 : .......................
## 34 --> BA372 : .......................
## 233 --> CC359 : ........................
## 225 --> CC450 : .........................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 46 324 409 233 253 374 352 318 103 151 36 110 363 400 368 180 173 172 80 187 188 378 373 34
##
## Markers not placed on the map: 68 14 166 327 225 303 316 94
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 68 --> BB167 : .........................
## 14 --> AA246 : .........................
## 166 --> AAT217 : .........................
## 327 --> MgSTS330 : .........................
## 225 --> CC450 : .........................
## 303 --> MgSTS59 : .........................
## 316 --> MgSTS69 : .........................
## 94 --> CA210 : .........................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 166 --> AAT217 : .........................
## 94 --> CA210 : ..........................
## 303 --> MgSTS59 : ...........................
## 68 --> BB167 : ............................
## 14 --> AA246 : .............................
## 225 --> CC450 : ..............................
## 327 --> MgSTS330 : ...............................
## 316 --> MgSTS69 : ................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_7 <- make.seq(LG2_rcd_final7, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_7,ws = 5, LOD =6)
## 46 68 324 14 409 ...
## Alternative orders:
## 46 68 324 14 409 233 ... : 0.00
## 46 68 14 324 409 233 ... : -0.15
## 46 14 324 68 409 233 ... : -0.72
## 46 324 68 14 409 233 ... : -1.31
## 46 14 68 324 409 233 ... : -1.33
## 46 324 14 68 409 233 ... : -2.92
##
## 68 324 14 409 233 ...
## Alternative orders:
## 46 68 324 14 409 233 166 ... : 0.00
## 46 68 14 324 409 233 166 ... : -0.15
## 46 14 324 68 409 233 166 ... : -0.72
## 46 324 68 14 409 233 166 ... : -1.31
## 46 14 68 324 409 233 166 ... : -1.33
## 46 68 324 14 233 409 166 ... : -1.86
## 46 324 68 14 233 409 166 ... : -2.92
## 46 324 14 68 409 233 166 ... : -2.92
## 46 14 324 68 233 409 166 ... : -3.39
## 46 324 14 68 233 409 166 ... : -3.41
## 46 68 14 324 233 409 166 ... : -5.77
##
## 324 14 409 233 166 ...
## Alternative orders:
## ... 68 324 14 409 233 166 253 ... : 0.00
## ... 68 14 324 409 233 166 253 ... : -0.15
## ... 68 324 14 233 409 166 253 ... : -1.86
## ... 68 14 324 233 409 166 253 ... : -5.77
##
## 14 409 233 166 253 ...
## Alternative orders:
## ... 324 14 409 233 166 253 374 ... : 0.00
## ... 324 14 233 409 166 253 374 ... : -1.86
##
## 409 233 166 253 374 ...
## Alternative orders:
## ... 14 409 233 166 253 374 327 ... : 0.00
## ... 14 233 409 166 253 374 327 ... : -1.86
##
## 233 166 253 374 327 ... OK
##
## 166 253 374 327 352 ...
## Alternative orders:
## ... 233 166 253 374 327 352 318 ... : 0.00
## ... 233 166 253 374 352 327 318 ... : -0.23
##
## 253 374 327 352 318 ...
## Alternative orders:
## ... 166 253 374 327 352 318 103 ... : 0.00
## ... 166 253 374 352 327 318 103 ... : -0.23
##
## 374 327 352 318 103 ...
## Alternative orders:
## ... 253 374 327 352 318 103 151 ... : 0.00
## ... 253 374 352 327 318 103 151 ... : -0.23
## ... 253 374 352 327 103 318 151 ... : -3.34
## ... 253 374 327 352 103 318 151 ... : -3.64
##
## 327 352 318 103 151 ...
## Alternative orders:
## ... 374 327 352 318 103 151 36 ... : 0.00
## ... 374 352 327 318 103 151 36 ... : -0.23
## ... 374 352 327 103 318 151 36 ... : -3.34
## ... 374 327 352 103 318 151 36 ... : -3.64
##
## 352 318 103 151 36 ...
## Alternative orders:
## ... 327 352 318 103 36 151 110 ... : 0.00
## ... 327 352 318 103 151 36 110 ... : -0.01
## ... 327 352 103 318 36 151 110 ... : -2.04
## ... 327 352 103 318 151 36 110 ... : -3.65
##
## 318 103 151 36 110 ...
## Alternative orders:
## ... 352 318 103 36 151 110 363 ... : 0.00
## ... 352 318 103 151 36 110 363 ... : -0.01
## ... 352 103 318 36 151 110 363 ... : -2.04
## ... 352 103 318 151 36 110 363 ... : -3.65
##
## 103 151 36 110 363 ...
## Alternative orders:
## ... 318 103 36 151 110 363 400 ... : 0.00
## ... 318 103 151 36 110 363 400 ... : -0.01
##
## 151 36 110 363 400 ...
## Alternative orders:
## ... 103 36 151 110 363 400 368 ... : 0.00
## ... 103 151 36 110 363 400 368 ... : -0.01
##
## 36 110 363 400 368 ... OK
##
## 110 363 400 368 180 ... OK
##
## 363 400 368 180 173 ... OK
##
## 400 368 180 173 172 ...
## Alternative orders:
## ... 363 400 368 180 172 173 225 ... : 0.00
## ... 363 400 368 180 173 172 225 ... : -2.65
##
## 368 180 173 172 225 ...
## Alternative orders:
## ... 400 368 180 172 173 225 80 ... : 0.00
## ... 400 368 180 173 172 225 80 ... : -2.65
##
## 180 173 172 225 80 ...
## Alternative orders:
## ... 368 180 172 173 225 80 303 ... : 0.00
## ... 368 180 173 172 225 80 303 ... : -2.65
## ... 368 180 173 172 80 225 303 ... : -5.67
##
## 173 172 225 80 303 ...
## Alternative orders:
## ... 180 172 173 225 80 303 187 ... : 0.00
## ... 180 173 172 225 80 303 187 ... : -2.65
## ... 180 172 173 303 80 225 187 ... : -3.23
## ... 180 172 173 225 303 80 187 ... : -3.70
## ... 180 172 173 303 225 80 187 ... : -4.57
## ... 180 173 172 80 225 303 187 ... : -5.67
##
## 172 225 80 303 187 ...
## Alternative orders:
## ... 173 172 225 80 303 187 188 ... : 0.00
## ... 173 172 80 225 303 187 188 ... : -3.02
## ... 173 172 303 80 225 187 188 ... : -3.42
## ... 173 172 225 303 80 187 188 ... : -3.84
## ... 173 172 303 225 80 187 188 ... : -4.65
## ... 173 172 80 303 225 187 188 ... : -5.50
##
## 225 80 303 187 188 ...
## Alternative orders:
## ... 172 225 80 303 187 188 378 ... : 0.00
## ... 172 80 225 303 187 188 378 ... : -3.02
## ... 172 303 80 225 187 188 378 ... : -3.42
## ... 172 225 303 80 187 188 378 ... : -3.84
## ... 172 303 225 80 187 188 378 ... : -4.65
## ... 172 80 303 225 187 188 378 ... : -5.50
##
## 80 303 187 188 378 ...
## Alternative orders:
## ... 225 80 303 187 188 378 316 ... : 0.00
## ... 225 303 80 187 188 378 316 ... : -3.84
##
## 303 187 188 378 316 ...
## Alternative orders:
## ... 80 303 187 188 378 316 373 ... : 0.00
## ... 80 303 187 188 316 378 373 ... : -0.02
##
## 187 188 378 316 373 ...
## Alternative orders:
## ... 303 187 188 378 316 373 94 ... : 0.00
## ... 303 187 188 316 378 373 94 ... : -0.02
##
## 188 378 316 373 94 ...
## Alternative orders:
## ... 187 188 378 316 373 94 34 : 0.00
## ... 187 188 316 378 373 94 34 : -0.02
## ... 187 188 378 316 94 373 34 : -0.44
## ... 187 188 316 378 94 373 34 : -1.59
##
## 378 316 373 94 34 ...
## Alternative orders:
## ... 188 378 316 373 94 34 : 0.00
## ... 188 316 378 373 94 34 : -0.02
## ... 188 378 316 94 373 34 : -0.44
## ... 188 316 378 94 373 34 : -1.59
rf.graph.table(Ligação_grupo_7, axis.cex=1, inter=FALSE)
###########rm
LG7drop<-drop.marker(LG7, c(213, 398))
## Warning in drop.marker(LG7, c(213, 398)): markers 213, 398 were not in the
## sequence
group(LG7drop)
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "LG7drop"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.37
##
## No. markers: 32
## No. groups: 1
## No. linked markers: 32
## No. unlinked markers: 0
##
## Printing groups:
## Group 1 : 32 markers
## AA246 BA372 BA314 BA158 BB167 CA305 CA210 CA122 CB272 BD189C AAT217 AAT39 AAT211 AAT296 CYCB AAT242 CC450 CC359 CC338C MgSTS59 MgSTS69 MgSTS31 MgSTS76 MgSTS330 MgSTS381 MgSTS571 MgSTS590 MgSTS537 MgSTS538 MgSTS563 MgSTS504C MgSTS621
LG2_rcd_f2_G7rm <- rcd(LG7drop)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 46 68 324 14 253 409 233 166 36 151 352 374 103 327 318 368 400 363 110 180 173 172 225 80 303 187 378 316 373 94 34 188
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final7rm <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G7rm, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 46 68 324 14 253 409 233 166 36 151 352 374 103 327 318 368 400 363 110 180 173 172 225 80 303 187 378 316 373 94 34 188
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 172 --> AAT39 : ......
## 378 --> MgSTS563 : .......
## 400 --> MgSTS504C : ........
## 173 --> AAT211 : .........
## 409 --> MgSTS621 : ..........
## 151 --> BD189C : ...........
## 374 --> MgSTS538 : ............
## 373 --> MgSTS537 : .............
## 166 --> AAT217 : ..............
## 363 --> MgSTS571 : ..............
## 187 --> CYCB : ...............
## 316 --> MgSTS69 : ................
## 253 --> CC338C : ................
## 318 --> MgSTS31 : .................
## 180 --> AAT296 : ..................
## 352 --> MgSTS381 : ...................
## 303 --> MgSTS59 : ....................
## 327 --> MgSTS330 : ....................
## 324 --> MgSTS76 : ....................
## 68 --> BB167 : .....................
## 110 --> CB272 : .....................
## 103 --> CA122 : ......................
## 94 --> CA210 : .......................
## 14 --> AA246 : .......................
## 34 --> BA372 : .......................
## 233 --> CC359 : ........................
## 225 --> CC450 : .........................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 46 324 409 233 253 374 352 318 103 151 36 110 363 400 368 180 173 172 80 187 188 378 373 34
##
## Markers not placed on the map: 68 14 166 327 225 303 316 94
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 68 --> BB167 : .........................
## 14 --> AA246 : .........................
## 166 --> AAT217 : .........................
## 327 --> MgSTS330 : .........................
## 225 --> CC450 : .........................
## 303 --> MgSTS59 : .........................
## 316 --> MgSTS69 : .........................
## 94 --> CA210 : .........................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 166 --> AAT217 : .........................
## 94 --> CA210 : ..........................
## 303 --> MgSTS59 : ...........................
## 68 --> BB167 : ............................
## 14 --> AA246 : .............................
## 225 --> CC450 : ..............................
## 327 --> MgSTS330 : ...............................
## 316 --> MgSTS69 : ................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_7rm <- make.seq(LG2_rcd_final7rm, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_7rm,ws = 5, LOD =6)
## 46 68 324 14 409 ...
## Alternative orders:
## 46 68 324 14 409 233 ... : 0.00
## 46 68 14 324 409 233 ... : -0.15
## 46 14 324 68 409 233 ... : -0.72
## 46 324 68 14 409 233 ... : -1.31
## 46 14 68 324 409 233 ... : -1.33
## 46 324 14 68 409 233 ... : -2.92
##
## 68 324 14 409 233 ...
## Alternative orders:
## 46 68 324 14 409 233 166 ... : 0.00
## 46 68 14 324 409 233 166 ... : -0.15
## 46 14 324 68 409 233 166 ... : -0.72
## 46 324 68 14 409 233 166 ... : -1.31
## 46 14 68 324 409 233 166 ... : -1.33
## 46 68 324 14 233 409 166 ... : -1.86
## 46 324 68 14 233 409 166 ... : -2.92
## 46 324 14 68 409 233 166 ... : -2.92
## 46 14 324 68 233 409 166 ... : -3.39
## 46 324 14 68 233 409 166 ... : -3.41
## 46 68 14 324 233 409 166 ... : -5.77
##
## 324 14 409 233 166 ...
## Alternative orders:
## ... 68 324 14 409 233 166 253 ... : 0.00
## ... 68 14 324 409 233 166 253 ... : -0.15
## ... 68 324 14 233 409 166 253 ... : -1.86
## ... 68 14 324 233 409 166 253 ... : -5.77
##
## 14 409 233 166 253 ...
## Alternative orders:
## ... 324 14 409 233 166 253 374 ... : 0.00
## ... 324 14 233 409 166 253 374 ... : -1.86
##
## 409 233 166 253 374 ...
## Alternative orders:
## ... 14 409 233 166 253 374 327 ... : 0.00
## ... 14 233 409 166 253 374 327 ... : -1.86
##
## 233 166 253 374 327 ... OK
##
## 166 253 374 327 352 ...
## Alternative orders:
## ... 233 166 253 374 327 352 318 ... : 0.00
## ... 233 166 253 374 352 327 318 ... : -0.23
##
## 253 374 327 352 318 ...
## Alternative orders:
## ... 166 253 374 327 352 318 103 ... : 0.00
## ... 166 253 374 352 327 318 103 ... : -0.23
##
## 374 327 352 318 103 ...
## Alternative orders:
## ... 253 374 327 352 318 103 151 ... : 0.00
## ... 253 374 352 327 318 103 151 ... : -0.23
## ... 253 374 352 327 103 318 151 ... : -3.34
## ... 253 374 327 352 103 318 151 ... : -3.64
##
## 327 352 318 103 151 ...
## Alternative orders:
## ... 374 327 352 318 103 151 36 ... : 0.00
## ... 374 352 327 318 103 151 36 ... : -0.23
## ... 374 352 327 103 318 151 36 ... : -3.34
## ... 374 327 352 103 318 151 36 ... : -3.64
##
## 352 318 103 151 36 ...
## Alternative orders:
## ... 327 352 318 103 36 151 110 ... : 0.00
## ... 327 352 318 103 151 36 110 ... : -0.01
## ... 327 352 103 318 36 151 110 ... : -2.04
## ... 327 352 103 318 151 36 110 ... : -3.65
##
## 318 103 151 36 110 ...
## Alternative orders:
## ... 352 318 103 36 151 110 363 ... : 0.00
## ... 352 318 103 151 36 110 363 ... : -0.01
## ... 352 103 318 36 151 110 363 ... : -2.04
## ... 352 103 318 151 36 110 363 ... : -3.65
##
## 103 151 36 110 363 ...
## Alternative orders:
## ... 318 103 36 151 110 363 400 ... : 0.00
## ... 318 103 151 36 110 363 400 ... : -0.01
##
## 151 36 110 363 400 ...
## Alternative orders:
## ... 103 36 151 110 363 400 368 ... : 0.00
## ... 103 151 36 110 363 400 368 ... : -0.01
##
## 36 110 363 400 368 ... OK
##
## 110 363 400 368 180 ... OK
##
## 363 400 368 180 173 ... OK
##
## 400 368 180 173 172 ...
## Alternative orders:
## ... 363 400 368 180 172 173 225 ... : 0.00
## ... 363 400 368 180 173 172 225 ... : -2.65
##
## 368 180 173 172 225 ...
## Alternative orders:
## ... 400 368 180 172 173 225 80 ... : 0.00
## ... 400 368 180 173 172 225 80 ... : -2.65
##
## 180 173 172 225 80 ...
## Alternative orders:
## ... 368 180 172 173 225 80 303 ... : 0.00
## ... 368 180 173 172 225 80 303 ... : -2.65
## ... 368 180 173 172 80 225 303 ... : -5.67
##
## 173 172 225 80 303 ...
## Alternative orders:
## ... 180 172 173 225 80 303 187 ... : 0.00
## ... 180 173 172 225 80 303 187 ... : -2.65
## ... 180 172 173 303 80 225 187 ... : -3.23
## ... 180 172 173 225 303 80 187 ... : -3.70
## ... 180 172 173 303 225 80 187 ... : -4.57
## ... 180 173 172 80 225 303 187 ... : -5.67
##
## 172 225 80 303 187 ...
## Alternative orders:
## ... 173 172 225 80 303 187 188 ... : 0.00
## ... 173 172 80 225 303 187 188 ... : -3.02
## ... 173 172 303 80 225 187 188 ... : -3.42
## ... 173 172 225 303 80 187 188 ... : -3.84
## ... 173 172 303 225 80 187 188 ... : -4.65
## ... 173 172 80 303 225 187 188 ... : -5.50
##
## 225 80 303 187 188 ...
## Alternative orders:
## ... 172 225 80 303 187 188 378 ... : 0.00
## ... 172 80 225 303 187 188 378 ... : -3.02
## ... 172 303 80 225 187 188 378 ... : -3.42
## ... 172 225 303 80 187 188 378 ... : -3.84
## ... 172 303 225 80 187 188 378 ... : -4.65
## ... 172 80 303 225 187 188 378 ... : -5.50
##
## 80 303 187 188 378 ...
## Alternative orders:
## ... 225 80 303 187 188 378 316 ... : 0.00
## ... 225 303 80 187 188 378 316 ... : -3.84
##
## 303 187 188 378 316 ...
## Alternative orders:
## ... 80 303 187 188 378 316 373 ... : 0.00
## ... 80 303 187 188 316 378 373 ... : -0.02
##
## 187 188 378 316 373 ...
## Alternative orders:
## ... 303 187 188 378 316 373 94 ... : 0.00
## ... 303 187 188 316 378 373 94 ... : -0.02
##
## 188 378 316 373 94 ...
## Alternative orders:
## ... 187 188 378 316 373 94 34 : 0.00
## ... 187 188 316 378 373 94 34 : -0.02
## ... 187 188 378 316 94 373 34 : -0.44
## ... 187 188 316 378 94 373 34 : -1.59
##
## 378 316 373 94 34 ...
## Alternative orders:
## ... 188 378 316 373 94 34 : 0.00
## ... 188 316 378 373 94 34 : -0.02
## ... 188 378 316 94 373 34 : -0.44
## ... 188 316 378 94 373 34 : -1.59
rf.graph.table(Ligação_grupo_7rm, axis.cex=1, inter=FALSE)
###########\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
LG8<-make.seq(LGs_f2,8)
LG2_rcd_f2_G8 <- rcd(LG8)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 227 174 375 215 27 222 87 29 17 67 122 96 23 37 384 257 367 160 59 214 387 415 381 311 98 93
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final8 <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G8, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 227 174 375 215 27 222 87 29 17 67 122 96 23 37 384 257 367 160 59 214 387 415 381 311 98 93
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 381 --> MgSTS558 : ......
## 174 --> AAT222 : ......
## 384 --> MgSTS611 : ......
## 387 --> MgSTS600 : .......
## 160 --> BA396C : ........
## 375 --> MgSTS536 : .........
## 415 --> MgSTS470 : ..........
## 311 --> MgSTS468 : ...........
## 257 --> LFY : ............
## 367 --> MgSTS638 : .............
## 67 --> BB176 : ..............
## 59 --> BB218 : ...............
## 122 --> CB115 : ................
## 96 --> CA196 : .................
## 98 --> CA167 : .................
## 17 --> AA167 : .................
## 23 --> AA95 : .................
## 27 --> BA445 : ..................
## 29 --> BA400 : ..................
## 215 --> BC83 : ..................
## 222 --> CC540 : ..................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 227 122 67 375 23 37 384 257 87 367 160 214 59 387 415 311 93
##
## Markers not placed on the map: 174 215 27 222 29 17 96 381 98
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 174 --> AAT222 : ..................
## 215 --> BC83 : ..................
## 27 --> BA445 : ..................
## 222 --> CC540 : ..................
## 29 --> BA400 : ..................
## 17 --> AA167 : ..................
## 96 --> CA196 : ..................
## 381 --> MgSTS558 : ..................
## 98 --> CA167 : ..................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 381 --> MgSTS558 : ..................
## 174 --> AAT222 : ...................
## 96 --> CA196 : ....................
## 215 --> BC83 : .....................
## 222 --> CC540 : ......................
## 17 --> AA167 : .......................
## 27 --> BA445 : ........................
## 29 --> BA400 : .........................
## 98 --> CA167 : ..........................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_8 <- make.seq(LG2_rcd_final8, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_8,ws = 5, LOD =6)
## 27 227 122 67 29 ...
## Alternative orders:
## 27 227 122 67 29 96 ... : 0.00
## 27 227 67 122 29 96 ... : -0.23
## 27 227 67 29 122 96 ... : -0.59
## 27 227 29 67 122 96 ... : -1.36
## 27 227 122 29 67 96 ... : -1.56
## 27 227 29 122 67 96 ... : -2.48
##
## 227 122 67 29 96 ...
## Alternative orders:
## 27 227 122 67 29 96 215 ... : 0.00
## 27 227 67 122 29 96 215 ... : -0.23
## 27 227 67 29 122 96 215 ... : -0.59
## 27 227 96 122 67 29 215 ... : -0.62
## 27 227 67 122 96 29 215 ... : -0.66
## 27 227 122 67 96 29 215 ... : -0.81
## 27 227 67 96 122 29 215 ... : -1.05
## 27 227 122 96 67 29 215 ... : -1.14
## 27 227 29 67 122 96 215 ... : -1.36
## 27 227 122 29 67 96 215 ... : -1.56
## 27 227 96 122 29 67 215 ... : -1.56
## 27 227 96 67 122 29 215 ... : -1.92
## 27 227 122 96 29 67 215 ... : -2.07
## 27 227 29 122 67 96 215 ... : -2.48
## 27 227 96 29 122 67 215 ... : -2.61
## 27 227 122 29 96 67 215 ... : -3.04
## 27 67 122 29 96 227 215 ... : -3.17
## 27 227 29 96 122 67 215 ... : -3.28
## 27 227 29 122 96 67 215 ... : -3.54
## 27 67 29 122 96 227 215 ... : -3.75
## 27 67 122 96 29 227 215 ... : -3.97
## 27 67 96 122 29 227 215 ... : -4.43
## 27 67 29 96 122 227 215 ... : -5.30
## 27 122 67 29 96 227 215 ... : -5.83
## 27 227 96 29 67 122 215 ... : -5.99
##
## 122 67 29 96 215 ...
## Alternative orders:
## ... 227 122 67 29 96 215 174 ... : 0.00
## ... 227 67 122 29 96 215 174 ... : -0.23
## ... 227 67 29 122 96 215 174 ... : -0.59
## ... 227 96 122 67 29 215 174 ... : -0.62
## ... 227 67 122 96 29 215 174 ... : -0.66
## ... 227 122 67 96 29 215 174 ... : -0.81
## ... 227 67 96 122 29 215 174 ... : -1.05
## ... 227 122 96 67 29 215 174 ... : -1.14
## ... 227 29 67 122 96 215 174 ... : -1.36
## ... 227 122 29 67 96 215 174 ... : -1.56
## ... 227 96 122 29 67 215 174 ... : -1.56
## ... 227 96 67 122 29 215 174 ... : -1.92
## ... 227 122 96 29 67 215 174 ... : -2.07
## ... 227 29 122 67 96 215 174 ... : -2.48
## ... 227 96 29 122 67 215 174 ... : -2.61
## ... 227 122 29 96 67 215 174 ... : -3.04
## ... 227 29 96 122 67 215 174 ... : -3.28
## ... 227 29 122 96 67 215 174 ... : -3.54
## ... 227 96 29 67 122 215 174 ... : -5.99
##
## 67 29 96 215 174 ...
## Alternative orders:
## ... 122 67 29 96 215 174 375 ... : 0.00
## ... 122 67 96 29 215 174 375 ... : -0.81
## ... 122 96 67 29 215 174 375 ... : -1.14
## ... 122 29 67 96 215 174 375 ... : -1.56
## ... 122 96 29 67 215 174 375 ... : -2.07
## ... 122 29 96 67 215 174 375 ... : -3.04
##
## 29 96 215 174 375 ...
## Alternative orders:
## ... 67 96 29 174 375 215 23 ... : 0.00
## ... 67 29 96 215 174 375 23 ... : -0.21
## ... 67 29 96 375 174 215 23 ... : -0.60
## ... 67 29 96 174 375 215 23 ... : -0.76
## ... 67 96 29 215 174 375 23 ... : -1.03
## ... 67 29 96 215 375 174 23 ... : -3.95
## ... 67 96 29 375 174 215 23 ... : -4.13
## ... 67 96 29 215 375 174 23 ... : -4.68
##
## 96 215 174 375 23 ...
## Alternative orders:
## ... 29 96 215 174 375 23 37 ... : 0.00
## ... 29 96 375 174 215 23 37 ... : -0.39
## ... 29 96 174 375 215 23 37 ... : -0.54
## ... 29 96 215 375 174 23 37 ... : -3.73
##
## 215 174 375 23 37 ...
## Alternative orders:
## ... 96 215 174 375 23 37 384 ... : 0.00
## ... 96 375 174 215 23 37 384 ... : -0.39
## ... 96 174 375 215 23 37 384 ... : -0.54
## ... 96 215 375 174 23 37 384 ... : -3.73
##
## 174 375 23 37 384 ...
## Alternative orders:
## ... 215 174 375 23 37 384 257 ... : 0.00
## ... 215 375 174 23 37 384 257 ... : -3.73
##
## 375 23 37 384 257 ... OK
##
## 23 37 384 257 87 ... OK
##
## 37 384 257 87 17 ... OK
##
## 384 257 87 17 222 ...
## Alternative orders:
## ... 37 222 17 87 384 257 367 ... : 0.00
## ... 37 17 222 87 384 257 367 ... : -1.21
## ... 37 222 17 87 257 384 367 ... : -3.30
## ... 37 17 222 87 257 384 367 ... : -4.45
## ... 37 87 17 222 384 257 367 ... : -5.10
## ... 37 87 222 17 384 257 367 ... : -5.85
##
## 257 87 17 222 367 ...
## Alternative orders:
## ... 384 257 367 87 222 17 160 ... : 0.00
## ... 384 257 367 87 17 222 160 ... : -0.19
## ... 384 257 87 17 222 367 160 ... : -1.88
## ... 384 367 257 87 222 17 160 ... : -2.65
## ... 384 367 257 87 17 222 160 ... : -2.71
## ... 384 257 87 222 17 367 160 ... : -3.22
## ... 384 257 367 222 17 87 160 ... : -5.11
##
## 87 17 222 367 160 ...
## Alternative orders:
## ... 257 367 87 222 17 160 214 ... : 0.00
## ... 257 367 87 17 222 160 214 ... : -0.19
## ... 257 87 17 222 367 160 214 ... : -1.88
## ... 257 87 222 17 367 160 214 ... : -3.22
## ... 257 367 222 17 87 160 214 ... : -5.11
##
## 17 222 367 160 214 ...
## Alternative orders:
## ... 87 17 222 367 160 214 59 ... : 0.00
## ... 87 222 17 367 160 214 59 ... : -1.33
##
## 222 367 160 214 59 ...
## Alternative orders:
## ... 17 222 367 160 214 59 387 ... : 0.00
## ... 17 222 367 160 59 214 387 ... : -3.21
##
## 367 160 214 59 387 ...
## Alternative orders:
## ... 222 367 160 214 59 387 415 ... : 0.00
## ... 222 367 160 59 214 387 415 ... : -3.21
##
## 160 214 59 387 415 ...
## Alternative orders:
## ... 367 160 214 59 387 415 311 ... : 0.00
## ... 367 160 59 214 387 415 311 ... : -3.21
##
## 214 59 387 415 311 ...
## Alternative orders:
## ... 160 214 59 387 415 311 381 ... : 0.00
## ... 160 59 214 387 415 311 381 ... : -3.21
##
## 59 387 415 311 381 ...
## Alternative orders:
## ... 214 59 387 415 311 381 93 ... : 0.00
## ... 214 59 387 415 381 311 93 ... : -4.97
##
## 387 415 311 381 93 ...
## Alternative orders:
## ... 59 387 415 311 381 93 98 : 0.00
## ... 59 387 415 381 311 93 98 : -4.97
##
## 415 311 381 93 98 ...
## Alternative orders:
## ... 387 415 311 381 93 98 : 0.00
## ... 387 415 311 381 98 93 : -0.50
## ... 387 415 381 311 98 93 : -4.70
## ... 387 415 381 311 93 98 : -4.97
rf.graph.table(Ligação_grupo_8, axis.cex=1, inter=FALSE)
############rm
LG8drop<-drop.marker(LG8, c(17, 222, 87, 93))
group(LG8drop)
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "LG8drop"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.37
##
## No. markers: 22
## No. groups: 1
## No. linked markers: 22
## No. unlinked markers: 0
##
## Printing groups:
## Group 1 : 22 markers
## AA95 BA445 BA400 BA311 BB218 BB176 CA196 CA167 CB115 BA396C AAT222 BC108 BC83 CC402 LFY MgSTS468 MgSTS638 MgSTS536 MgSTS558 MgSTS611 MgSTS600 MgSTS470
LG2_rcd_f2_G8rm <- rcd(LG8drop)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 174 375 215 27 227 96 67 122 29 23 37 384 257 367 160 214 59 387 415 381 311 98
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final8rm <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G8rm, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 174 375 215 27 227 96 67 122 29 23 37 384 257 367 160 214 59 387 415 381 311 98
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 381 --> MgSTS558 : ......
## 387 --> MgSTS600 : ......
## 160 --> BA396C : .......
## 375 --> MgSTS536 : ........
## 415 --> MgSTS470 : .........
## 311 --> MgSTS468 : .........
## 257 --> LFY : ..........
## 367 --> MgSTS638 : ...........
## 67 --> BB176 : ............
## 122 --> CB115 : ............
## 23 --> AA95 : .............
## 27 --> BA445 : ..............
## 29 --> BA400 : ...............
## 37 --> BA311 : ................
## 215 --> BC83 : .................
## 214 --> BC108 : ..................
## 227 --> CC402 : ..................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 27 215 174 375 96 122 29 23 37 384 257 367 160 387 311 59 98
##
## Markers not placed on the map: 227 67 214 415 381
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 227 --> CC402 : ..................
## 67 --> BB176 : ..................
## 214 --> BC108 : ..................
## 415 --> MgSTS470 : ..................
## 381 --> MgSTS558 : ..................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 415 --> MgSTS470 : ..................
## 214 --> BC108 : ...................
## 227 --> CC402 : ....................
## 67 --> BB176 : .....................
## 381 --> MgSTS558 : ......................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_8rm <- make.seq(LG2_rcd_final8rm, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_8rm,ws = 5, LOD =6)
## 27 215 174 375 227 ...
## Alternative orders:
## 174 375 215 27 227 96 ... : 0.00
## 375 174 215 27 227 96 ... : -0.24
## 27 215 174 375 227 96 ... : -2.57
## 215 375 174 27 227 96 ... : -3.10
## 227 27 215 174 375 96 ... : -3.30
## 27 215 375 174 227 96 ... : -3.39
## 215 174 375 27 227 96 ... : -4.27
##
## 215 174 375 227 96 ...
## Alternative orders:
## 27 215 174 375 227 96 122 ... : 0.00
## 27 215 375 174 227 96 122 ... : -0.82
## 27 215 174 375 96 227 122 ... : -1.35
## 27 174 375 215 227 96 122 ... : -3.95
## 27 215 375 174 96 227 122 ... : -5.16
## 27 375 174 215 227 96 122 ... : -5.67
##
## 174 375 227 96 122 ...
## Alternative orders:
## ... 215 174 375 227 96 122 67 ... : 0.00
## ... 215 375 174 227 96 122 67 ... : -0.82
## ... 215 174 375 96 227 122 67 ... : -1.35
## ... 215 174 375 227 122 96 67 ... : -1.60
## ... 215 375 174 227 122 96 67 ... : -2.37
## ... 215 174 375 96 122 227 67 ... : -3.76
## ... 215 375 174 96 227 122 67 ... : -5.16
##
## 375 227 96 122 67 ...
## Alternative orders:
## ... 174 375 227 96 122 67 29 ... : 0.00
## ... 174 375 227 67 122 96 29 ... : -0.63
## ... 174 375 227 67 96 122 29 ... : -0.66
## ... 174 375 227 96 67 122 29 ... : -0.89
## ... 174 375 227 122 67 96 29 ... : -1.21
## ... 174 375 96 227 122 67 29 ... : -1.35
## ... 174 375 227 122 96 67 29 ... : -1.60
## ... 174 375 96 227 67 122 29 ... : -2.09
## ... 174 375 96 67 122 227 29 ... : -3.48
## ... 174 375 96 122 67 227 29 ... : -3.72
## ... 174 375 96 122 227 67 29 ... : -3.76
## ... 174 375 67 122 227 96 29 ... : -4.43
## ... 174 375 96 67 227 122 29 ... : -4.44
## ... 174 375 67 227 96 122 29 ... : -4.50
## ... 174 375 67 122 96 227 29 ... : -5.38
## ... 174 375 67 227 122 96 29 ... : -5.75
##
## 227 96 122 67 29 ...
## Alternative orders:
## ... 375 227 96 122 67 29 23 ... : 0.00
## ... 375 227 67 122 96 29 23 ... : -0.63
## ... 375 227 67 96 122 29 23 ... : -0.66
## ... 375 227 96 67 122 29 23 ... : -0.89
## ... 375 227 122 67 96 29 23 ... : -1.21
## ... 375 96 227 122 67 29 23 ... : -1.35
## ... 375 227 122 96 67 29 23 ... : -1.60
## ... 375 227 67 29 122 96 23 ... : -1.99
## ... 375 96 227 67 122 29 23 ... : -2.09
## ... 375 227 29 67 122 96 23 ... : -2.13
## ... 375 227 67 122 29 96 23 ... : -2.38
## ... 375 227 122 67 29 96 23 ... : -2.56
## ... 375 96 67 122 227 29 23 ... : -3.48
## ... 375 227 29 122 67 96 23 ... : -3.54
## ... 375 96 122 67 227 29 23 ... : -3.72
## ... 375 96 122 227 67 29 23 ... : -3.76
## ... 375 227 29 96 122 67 23 ... : -4.01
## ... 375 227 96 122 29 67 23 ... : -4.21
## ... 375 96 29 67 122 227 23 ... : -4.21
## ... 375 227 122 29 67 96 23 ... : -4.22
## ... 375 96 122 67 29 227 23 ... : -4.34
## ... 375 227 96 29 122 67 23 ... : -4.41
## ... 375 227 29 122 96 67 23 ... : -4.42
## ... 375 67 122 227 96 29 23 ... : -4.43
## ... 375 96 67 227 122 29 23 ... : -4.44
## ... 375 67 227 96 122 29 23 ... : -4.50
## ... 375 96 29 122 67 227 23 ... : -4.80
## ... 375 96 67 122 29 227 23 ... : -4.99
## ... 375 96 122 29 67 227 23 ... : -5.03
## ... 375 67 29 122 96 227 23 ... : -5.25
## ... 375 67 122 96 227 29 23 ... : -5.38
## ... 375 227 122 29 96 67 23 ... : -5.51
## ... 375 67 227 122 96 29 23 ... : -5.75
## ... 375 227 122 96 29 67 23 ... : -5.77
## ... 375 227 29 96 67 122 23 ... : -5.84
## ... 375 227 96 29 67 122 23 ... : -5.85
## ... 375 96 67 29 122 227 23 ... : -5.90
## ... 375 67 122 29 96 227 23 ... : -5.98
##
## 96 122 67 29 23 ...
## Alternative orders:
## ... 227 96 122 67 29 23 37 ... : 0.00
## ... 227 67 122 96 29 23 37 ... : -0.63
## ... 227 67 96 122 29 23 37 ... : -0.66
## ... 227 96 67 122 29 23 37 ... : -0.89
## ... 227 122 67 96 29 23 37 ... : -1.21
## ... 227 122 96 67 29 23 37 ... : -1.60
## ... 227 67 29 122 96 23 37 ... : -1.99
## ... 227 29 67 122 96 23 37 ... : -2.13
## ... 227 67 122 29 96 23 37 ... : -2.38
## ... 227 122 67 29 96 23 37 ... : -2.56
## ... 227 29 122 67 96 23 37 ... : -3.54
## ... 227 29 96 122 67 23 37 ... : -4.01
## ... 227 96 122 29 67 23 37 ... : -4.21
## ... 227 122 29 67 96 23 37 ... : -4.22
## ... 227 96 29 122 67 23 37 ... : -4.41
## ... 227 29 122 96 67 23 37 ... : -4.42
## ... 227 122 29 96 67 23 37 ... : -5.51
## ... 227 122 96 29 67 23 37 ... : -5.77
## ... 227 29 96 67 122 23 37 ... : -5.84
## ... 227 96 29 67 122 23 37 ... : -5.85
##
## 122 67 29 23 37 ...
## Alternative orders:
## ... 96 122 67 29 23 37 384 ... : 0.00
## ... 96 67 122 29 23 37 384 ... : -0.89
## ... 96 122 29 67 23 37 384 ... : -4.21
## ... 96 29 122 67 23 37 384 ... : -4.41
## ... 96 29 67 122 23 37 384 ... : -5.85
##
## 67 29 23 37 384 ...
## Alternative orders:
## ... 122 67 29 23 37 384 257 ... : 0.00
## ... 122 29 67 23 37 384 257 ... : -4.21
##
## 29 23 37 384 257 ... OK
##
## 23 37 384 257 367 ... OK
##
## 37 384 257 367 160 ... OK
##
## 384 257 367 160 387 ... OK
##
## 257 367 160 387 415 ... OK
##
## 367 160 387 415 381 ... OK
##
## 160 387 415 381 311 ...
## Alternative orders:
## ... 367 160 387 415 381 311 59 ... : 0.00
## ... 367 160 387 415 311 381 59 ... : -0.15
##
## 387 415 381 311 59 ...
## Alternative orders:
## ... 160 59 387 415 381 311 98 ... : 0.00
## ... 160 59 387 415 311 381 98 ... : -1.48
##
## 415 381 311 59 98 ...
## Alternative orders:
## ... 387 415 381 311 98 59 214 : 0.00
## ... 387 415 311 381 98 59 214 : -0.91
##
## 381 311 59 98 214 ...
## Alternative orders:
## ... 415 381 311 98 59 214 : 0.00
## ... 415 311 381 98 59 214 : -0.91
## ... 415 381 311 98 214 59 : -2.52
## ... 415 311 381 98 214 59 : -3.58
rf.graph.table(Ligação_grupo_8rm, axis.cex=1, inter=FALSE)
###########\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
LG9<-make.seq(LGs_f2,9)
LG2_rcd_f2_G9 <- rcd(LG9)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 66 101 114 298 392 78 154 201 331 382 314 183 185 44 189 158 300 144 198 196 136 203 248 30 176 194 205 242 182
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final9 <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G9, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 66 101 114 298 392 78 154 201 331 382 314 183 185 44 189 158 300 144 198 196 136 203 248 30 176 194 205 242 182
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 154 --> AA296C : ......
## 158 --> BA245C : .......
## 300 --> MgSTS437 : .......
## 392 --> MgSTS438 : ........
## 298 --> MgSTS36 : .........
## 183 --> AAT308 : .........
## 331 --> MgSTS282B : ..........
## 185 --> AAT364 : ...........
## 314 --> MgSTS113 : ............
## 382 --> MgSTS548 : ............
## 176 --> AAT233 : .............
## 114 --> CB216 : .............
## 101 --> CA140 : ..............
## 78 --> CA378 : ..............
## 44 --> BA175 : ..............
## 30 --> BA394 : ..............
## 144 --> BD143 : ...............
## 136 --> BD242 : ...............
## 198 --> BC376 : ................
## 196 --> BC388 : .................
## 194 --> BC478 : .................
## 205 --> BC219 : .................
## 248 --> CC114 : .................
## 242 --> CC149 : .................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 66 114 392 154 201 30 203 300 198 189 136 183 185 382 331 182 242
##
## Markers not placed on the map: 101 298 78 314 44 158 144 196 248 176 194 205
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 101 --> CA140 : ..................
## 298 --> MgSTS36 : ..................
## 78 --> CA378 : ..................
## 314 --> MgSTS113 : ..................
## 44 --> BA175 : ..................
## 158 --> BA245C : ..................
## 144 --> BD143 : ..................
## 196 --> BC388 : ..................
## 248 --> CC114 : ..................
## 176 --> AAT233 : ..................
## 194 --> BC478 : ..................
## 205 --> BC219 : ..................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 158 --> BA245C : ..................
## 248 --> CC114 : ...................
## 196 --> BC388 : ....................
## 314 --> MgSTS113 : .....................
## 194 --> BC478 : ......................
## 298 --> MgSTS36 : .......................
## 144 --> BD143 : ........................
## 205 --> BC219 : .........................
## 101 --> CA140 : ..........................
## 78 --> CA378 : ...........................
## 176 --> AAT233 : ............................
## 44 --> BA175 : .............................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_9 <- make.seq(LG2_rcd_final9, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_9,ws = 5, LOD =6)
## 66 101 114 78 298 ...
## Alternative orders:
## 66 101 114 78 298 392 ... : 0.00
## 101 66 114 78 298 392 ... : -0.43
## 66 101 78 114 298 392 ... : -0.48
## 101 66 78 114 298 392 ... : -0.66
##
## 101 114 78 298 392 ...
## Alternative orders:
## 66 101 114 78 298 392 154 ... : 0.00
## 66 101 78 114 298 392 154 ... : -0.48
## 66 101 114 78 392 298 154 ... : -1.90
## 66 101 78 114 392 298 154 ... : -2.13
## 66 101 114 392 298 78 154 ... : -5.87
##
## 114 78 298 392 154 ...
## Alternative orders:
## ... 101 114 78 298 392 154 201 ... : 0.00
## ... 101 78 114 298 392 154 201 ... : -0.48
## ... 101 114 78 392 298 154 201 ... : -1.90
## ... 101 78 114 392 298 154 201 ... : -2.13
## ... 101 114 392 298 78 154 201 ... : -5.87
##
## 78 298 392 154 201 ...
## Alternative orders:
## ... 114 78 298 392 154 201 176 ... : 0.00
## ... 114 78 392 298 154 201 176 ... : -1.90
## ... 114 78 298 392 201 154 176 ... : -3.05
## ... 114 78 392 298 201 154 176 ... : -5.04
## ... 114 392 298 78 154 201 176 ... : -5.87
##
## 298 392 154 201 176 ...
## Alternative orders:
## ... 78 298 392 154 201 176 30 ... : 0.00
## ... 78 392 298 154 201 176 30 ... : -1.90
## ... 78 298 392 201 154 176 30 ... : -3.05
## ... 78 392 298 201 154 176 30 ... : -5.04
##
## 392 154 201 176 30 ...
## Alternative orders:
## ... 298 392 154 201 176 30 248 ... : 0.00
## ... 298 392 154 201 30 176 248 ... : -1.42
## ... 298 392 201 154 176 30 248 ... : -3.05
## ... 298 392 201 154 30 176 248 ... : -4.41
##
## 154 201 176 30 248 ...
## Alternative orders:
## ... 392 154 201 176 30 248 203 ... : 0.00
## ... 392 154 201 30 176 248 203 ... : -1.42
## ... 392 201 154 176 30 248 203 ... : -3.05
## ... 392 201 154 30 176 248 203 ... : -4.41
## ... 392 154 201 176 248 30 203 ... : -5.49
##
## 201 176 30 248 203 ...
## Alternative orders:
## ... 154 201 176 203 248 30 144 ... : 0.00
## ... 154 201 176 30 248 203 144 ... : -0.83
## ... 154 201 30 176 203 248 144 ... : -1.98
## ... 154 201 30 176 248 203 144 ... : -2.24
## ... 154 201 176 248 203 30 144 ... : -2.48
## ... 154 201 176 30 203 248 144 ... : -3.38
## ... 154 201 30 248 203 176 144 ... : -4.47
## ... 154 201 30 203 248 176 144 ... : -5.53
##
## 176 30 248 203 144 ...
## Alternative orders:
## ... 201 176 203 248 30 144 300 ... : 0.00
## ... 201 176 30 248 203 144 300 ... : -0.83
## ... 201 30 176 203 248 144 300 ... : -1.98
## ... 201 30 176 248 203 144 300 ... : -2.24
## ... 201 176 248 203 30 144 300 ... : -2.48
## ... 201 176 30 203 248 144 300 ... : -3.38
## ... 201 30 248 203 176 144 300 ... : -4.47
## ... 201 30 203 248 176 144 300 ... : -5.53
##
## 30 248 203 144 300 ...
## Alternative orders:
## ... 176 203 248 30 144 300 158 ... : 0.00
## ... 176 30 248 203 144 300 158 ... : -0.83
## ... 176 248 203 30 144 300 158 ... : -2.48
## ... 176 30 203 248 144 300 158 ... : -3.38
##
## 248 203 144 300 158 ...
## Alternative orders:
## ... 30 248 203 144 300 158 44 ... : 0.00
## ... 30 203 248 144 300 158 44 ... : -2.55
## ... 30 248 203 300 144 158 44 ... : -5.75
##
## 203 144 300 158 44 ...
## Alternative orders:
## ... 248 203 144 300 158 44 198 ... : 0.00
## ... 248 203 300 144 158 44 198 ... : -5.75
##
## 144 300 158 44 198 ...
## Alternative orders:
## ... 203 144 300 158 44 198 189 ... : 0.00
## ... 203 144 300 158 198 44 189 ... : -0.78
## ... 203 198 144 300 158 44 189 ... : -1.20
## ... 203 144 300 198 158 44 189 ... : -1.98
## ... 203 144 198 300 158 44 189 ... : -2.52
## ... 203 300 144 198 158 44 189 ... : -4.46
## ... 203 144 300 198 44 158 189 ... : -5.44
## ... 203 300 144 158 44 198 189 ... : -5.75
##
## 300 158 44 198 189 ...
## Alternative orders:
## ... 144 300 158 44 198 189 196 ... : 0.00
## ... 144 300 158 198 44 189 196 ... : -0.78
## ... 144 300 198 158 44 189 196 ... : -1.98
## ... 144 198 300 158 44 189 196 ... : -2.52
## ... 144 300 198 158 189 44 196 ... : -2.73
## ... 144 300 158 198 189 44 196 ... : -2.80
## ... 144 198 300 158 189 44 196 ... : -3.26
## ... 144 300 158 44 189 198 196 ... : -4.69
## ... 144 300 158 189 44 198 196 ... : -4.89
## ... 144 300 198 44 158 189 196 ... : -5.44
##
## 158 44 198 189 196 ...
## Alternative orders:
## ... 300 158 44 198 189 196 136 ... : 0.00
## ... 300 158 198 44 189 196 136 ... : -0.78
## ... 300 198 158 44 189 196 136 ... : -1.98
## ... 300 158 44 198 196 189 136 ... : -2.43
## ... 300 198 158 189 44 196 136 ... : -2.73
## ... 300 158 198 189 44 196 136 ... : -2.80
## ... 300 158 198 44 196 189 136 ... : -2.87
## ... 300 158 44 189 198 196 136 ... : -4.69
## ... 300 158 189 44 198 196 136 ... : -4.89
## ... 300 198 44 158 189 196 136 ... : -5.44
## ... 300 198 158 196 44 189 136 ... : -5.76
## ... 300 198 158 196 189 44 136 ... : -5.91
##
## 44 198 189 196 136 ...
## Alternative orders:
## ... 158 44 198 189 196 136 183 ... : 0.00
## ... 158 198 44 189 196 136 183 ... : -0.78
## ... 158 44 198 196 189 136 183 ... : -2.43
## ... 158 198 189 44 196 136 183 ... : -2.80
## ... 158 198 44 196 189 136 183 ... : -2.87
## ... 158 44 136 196 189 198 183 ... : -4.51
## ... 158 44 189 198 196 136 183 ... : -4.69
## ... 158 189 44 198 196 136 183 ... : -4.89
## ... 158 44 189 136 196 198 183 ... : -5.82
##
## 198 189 196 136 183 ...
## Alternative orders:
## ... 44 198 189 196 136 183 314 ... : 0.00
## ... 44 198 196 189 136 183 314 ... : -2.43
## ... 44 136 196 189 198 183 314 ... : -4.51
## ... 44 189 198 196 136 183 314 ... : -4.69
## ... 44 189 136 196 198 183 314 ... : -5.82
##
## 189 196 136 183 314 ...
## Alternative orders:
## ... 198 189 196 136 183 314 185 ... : 0.00
## ... 198 189 196 136 314 183 185 ... : -1.72
## ... 198 196 189 136 183 314 185 ... : -2.43
## ... 198 196 189 136 314 183 185 ... : -4.11
##
## 196 136 183 314 185 ...
## Alternative orders:
## ... 189 196 136 183 314 185 382 ... : 0.00
## ... 189 196 136 314 183 185 382 ... : -1.72
## ... 189 196 136 185 183 314 382 ... : -5.89
##
## 136 183 314 185 382 ...
## Alternative orders:
## ... 196 136 183 314 185 382 331 ... : 0.00
## ... 196 136 314 183 185 382 331 ... : -1.72
## ... 196 136 185 183 314 382 331 ... : -5.89
##
## 183 314 185 382 331 ...
## Alternative orders:
## ... 136 183 314 382 331 185 182 ... : 0.00
## ... 136 183 314 185 382 331 182 ... : -0.61
## ... 136 314 183 185 382 331 182 ... : -2.33
## ... 136 183 314 331 382 185 182 ... : -3.88
## ... 136 331 382 314 183 185 182 ... : -5.82
##
## 314 185 382 331 182 ...
## Alternative orders:
## ... 183 314 382 331 185 182 242 ... : 0.00
## ... 183 314 185 382 331 182 242 ... : -0.61
## ... 183 314 331 382 185 182 242 ... : -3.88
##
## 185 382 331 182 242 ...
## Alternative orders:
## ... 314 382 331 185 182 242 205 ... : 0.00
## ... 314 185 382 331 182 242 205 ... : -0.61
## ... 314 331 382 185 182 242 205 ... : -3.88
##
## 382 331 182 242 205 ...
## Alternative orders:
## ... 185 382 331 182 242 205 194 : 0.00
## ... 185 382 331 182 205 242 194 : -3.71
##
## 331 182 242 205 194 ...
## Alternative orders:
## ... 382 331 182 242 205 194 : 0.00
## ... 382 331 182 242 194 205 : -0.15
## ... 382 331 182 194 205 242 : -1.33
## ... 382 331 182 205 194 242 : -2.23
## ... 382 331 182 194 242 205 : -3.06
## ... 382 331 182 205 242 194 : -3.71
rf.graph.table(Ligação_grupo_9, axis.cex=1, inter=FALSE)
###########\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
LG9drop<-drop.marker(LG9, c(30, 176, 194, 205))
group(LG8drop)
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "LG8drop"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.37
##
## No. markers: 22
## No. groups: 1
## No. linked markers: 22
## No. unlinked markers: 0
##
## Printing groups:
## Group 1 : 22 markers
## AA95 BA445 BA400 BA311 BB218 BB176 CA196 CA167 CB115 BA396C AAT222 BC108 BC83 CC402 LFY MgSTS468 MgSTS638 MgSTS536 MgSTS558 MgSTS611 MgSTS600 MgSTS470
LG2_rcd_f2_G8rm <- rcd(LG8drop)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 174 375 215 27 227 96 67 122 29 23 37 384 257 367 160 214 59 387 415 381 311 98
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final8rm <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G8rm, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 174 375 215 27 227 96 67 122 29 23 37 384 257 367 160 214 59 387 415 381 311 98
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 381 --> MgSTS558 : ......
## 387 --> MgSTS600 : ......
## 160 --> BA396C : .......
## 375 --> MgSTS536 : ........
## 415 --> MgSTS470 : .........
## 311 --> MgSTS468 : .........
## 257 --> LFY : ..........
## 367 --> MgSTS638 : ...........
## 67 --> BB176 : ............
## 122 --> CB115 : ............
## 23 --> AA95 : .............
## 27 --> BA445 : ..............
## 29 --> BA400 : ...............
## 37 --> BA311 : ................
## 215 --> BC83 : .................
## 214 --> BC108 : ..................
## 227 --> CC402 : ..................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 27 215 174 375 96 122 29 23 37 384 257 367 160 387 311 59 98
##
## Markers not placed on the map: 227 67 214 415 381
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 227 --> CC402 : ..................
## 67 --> BB176 : ..................
## 214 --> BC108 : ..................
## 415 --> MgSTS470 : ..................
## 381 --> MgSTS558 : ..................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 415 --> MgSTS470 : ..................
## 214 --> BC108 : ...................
## 227 --> CC402 : ....................
## 67 --> BB176 : .....................
## 381 --> MgSTS558 : ......................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_8rm <- make.seq(LG2_rcd_final8rm, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_8rm,ws = 5, LOD =6)
## 27 215 174 375 227 ...
## Alternative orders:
## 174 375 215 27 227 96 ... : 0.00
## 375 174 215 27 227 96 ... : -0.24
## 27 215 174 375 227 96 ... : -2.57
## 215 375 174 27 227 96 ... : -3.10
## 227 27 215 174 375 96 ... : -3.30
## 27 215 375 174 227 96 ... : -3.39
## 215 174 375 27 227 96 ... : -4.27
##
## 215 174 375 227 96 ...
## Alternative orders:
## 27 215 174 375 227 96 122 ... : 0.00
## 27 215 375 174 227 96 122 ... : -0.82
## 27 215 174 375 96 227 122 ... : -1.35
## 27 174 375 215 227 96 122 ... : -3.95
## 27 215 375 174 96 227 122 ... : -5.16
## 27 375 174 215 227 96 122 ... : -5.67
##
## 174 375 227 96 122 ...
## Alternative orders:
## ... 215 174 375 227 96 122 67 ... : 0.00
## ... 215 375 174 227 96 122 67 ... : -0.82
## ... 215 174 375 96 227 122 67 ... : -1.35
## ... 215 174 375 227 122 96 67 ... : -1.60
## ... 215 375 174 227 122 96 67 ... : -2.37
## ... 215 174 375 96 122 227 67 ... : -3.76
## ... 215 375 174 96 227 122 67 ... : -5.16
##
## 375 227 96 122 67 ...
## Alternative orders:
## ... 174 375 227 96 122 67 29 ... : 0.00
## ... 174 375 227 67 122 96 29 ... : -0.63
## ... 174 375 227 67 96 122 29 ... : -0.66
## ... 174 375 227 96 67 122 29 ... : -0.89
## ... 174 375 227 122 67 96 29 ... : -1.21
## ... 174 375 96 227 122 67 29 ... : -1.35
## ... 174 375 227 122 96 67 29 ... : -1.60
## ... 174 375 96 227 67 122 29 ... : -2.09
## ... 174 375 96 67 122 227 29 ... : -3.48
## ... 174 375 96 122 67 227 29 ... : -3.72
## ... 174 375 96 122 227 67 29 ... : -3.76
## ... 174 375 67 122 227 96 29 ... : -4.43
## ... 174 375 96 67 227 122 29 ... : -4.44
## ... 174 375 67 227 96 122 29 ... : -4.50
## ... 174 375 67 122 96 227 29 ... : -5.38
## ... 174 375 67 227 122 96 29 ... : -5.75
##
## 227 96 122 67 29 ...
## Alternative orders:
## ... 375 227 96 122 67 29 23 ... : 0.00
## ... 375 227 67 122 96 29 23 ... : -0.63
## ... 375 227 67 96 122 29 23 ... : -0.66
## ... 375 227 96 67 122 29 23 ... : -0.89
## ... 375 227 122 67 96 29 23 ... : -1.21
## ... 375 96 227 122 67 29 23 ... : -1.35
## ... 375 227 122 96 67 29 23 ... : -1.60
## ... 375 227 67 29 122 96 23 ... : -1.99
## ... 375 96 227 67 122 29 23 ... : -2.09
## ... 375 227 29 67 122 96 23 ... : -2.13
## ... 375 227 67 122 29 96 23 ... : -2.38
## ... 375 227 122 67 29 96 23 ... : -2.56
## ... 375 96 67 122 227 29 23 ... : -3.48
## ... 375 227 29 122 67 96 23 ... : -3.54
## ... 375 96 122 67 227 29 23 ... : -3.72
## ... 375 96 122 227 67 29 23 ... : -3.76
## ... 375 227 29 96 122 67 23 ... : -4.01
## ... 375 227 96 122 29 67 23 ... : -4.21
## ... 375 96 29 67 122 227 23 ... : -4.21
## ... 375 227 122 29 67 96 23 ... : -4.22
## ... 375 96 122 67 29 227 23 ... : -4.34
## ... 375 227 96 29 122 67 23 ... : -4.41
## ... 375 227 29 122 96 67 23 ... : -4.42
## ... 375 67 122 227 96 29 23 ... : -4.43
## ... 375 96 67 227 122 29 23 ... : -4.44
## ... 375 67 227 96 122 29 23 ... : -4.50
## ... 375 96 29 122 67 227 23 ... : -4.80
## ... 375 96 67 122 29 227 23 ... : -4.99
## ... 375 96 122 29 67 227 23 ... : -5.03
## ... 375 67 29 122 96 227 23 ... : -5.25
## ... 375 67 122 96 227 29 23 ... : -5.38
## ... 375 227 122 29 96 67 23 ... : -5.51
## ... 375 67 227 122 96 29 23 ... : -5.75
## ... 375 227 122 96 29 67 23 ... : -5.77
## ... 375 227 29 96 67 122 23 ... : -5.84
## ... 375 227 96 29 67 122 23 ... : -5.85
## ... 375 96 67 29 122 227 23 ... : -5.90
## ... 375 67 122 29 96 227 23 ... : -5.98
##
## 96 122 67 29 23 ...
## Alternative orders:
## ... 227 96 122 67 29 23 37 ... : 0.00
## ... 227 67 122 96 29 23 37 ... : -0.63
## ... 227 67 96 122 29 23 37 ... : -0.66
## ... 227 96 67 122 29 23 37 ... : -0.89
## ... 227 122 67 96 29 23 37 ... : -1.21
## ... 227 122 96 67 29 23 37 ... : -1.60
## ... 227 67 29 122 96 23 37 ... : -1.99
## ... 227 29 67 122 96 23 37 ... : -2.13
## ... 227 67 122 29 96 23 37 ... : -2.38
## ... 227 122 67 29 96 23 37 ... : -2.56
## ... 227 29 122 67 96 23 37 ... : -3.54
## ... 227 29 96 122 67 23 37 ... : -4.01
## ... 227 96 122 29 67 23 37 ... : -4.21
## ... 227 122 29 67 96 23 37 ... : -4.22
## ... 227 96 29 122 67 23 37 ... : -4.41
## ... 227 29 122 96 67 23 37 ... : -4.42
## ... 227 122 29 96 67 23 37 ... : -5.51
## ... 227 122 96 29 67 23 37 ... : -5.77
## ... 227 29 96 67 122 23 37 ... : -5.84
## ... 227 96 29 67 122 23 37 ... : -5.85
##
## 122 67 29 23 37 ...
## Alternative orders:
## ... 96 122 67 29 23 37 384 ... : 0.00
## ... 96 67 122 29 23 37 384 ... : -0.89
## ... 96 122 29 67 23 37 384 ... : -4.21
## ... 96 29 122 67 23 37 384 ... : -4.41
## ... 96 29 67 122 23 37 384 ... : -5.85
##
## 67 29 23 37 384 ...
## Alternative orders:
## ... 122 67 29 23 37 384 257 ... : 0.00
## ... 122 29 67 23 37 384 257 ... : -4.21
##
## 29 23 37 384 257 ... OK
##
## 23 37 384 257 367 ... OK
##
## 37 384 257 367 160 ... OK
##
## 384 257 367 160 387 ... OK
##
## 257 367 160 387 415 ... OK
##
## 367 160 387 415 381 ... OK
##
## 160 387 415 381 311 ...
## Alternative orders:
## ... 367 160 387 415 381 311 59 ... : 0.00
## ... 367 160 387 415 311 381 59 ... : -0.15
##
## 387 415 381 311 59 ...
## Alternative orders:
## ... 160 59 387 415 381 311 98 ... : 0.00
## ... 160 59 387 415 311 381 98 ... : -1.48
##
## 415 381 311 59 98 ...
## Alternative orders:
## ... 387 415 381 311 98 59 214 : 0.00
## ... 387 415 311 381 98 59 214 : -0.91
##
## 381 311 59 98 214 ...
## Alternative orders:
## ... 415 381 311 98 59 214 : 0.00
## ... 415 311 381 98 59 214 : -0.91
## ... 415 381 311 98 214 59 : -2.52
## ... 415 311 381 98 214 59 : -3.58
rf.graph.table(Ligação_grupo_8rm, axis.cex=1, inter=FALSE)
#######################
LG10<-make.seq(LGs_f2,10)
LG2_rcd_f2_G10 <- rcd(LG10)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 117 35 390 284 285 407 416 123 79 164 281 121 170 410 207 63 383 304 330 48 241
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG2_rcd_final10 <- order.seq(input.seq = LG2_rcd_f2_G10, n.init = 5,
subset.search = "twopt",
twopt.alg = "rcd", THRES = 3,
draw.try = FALSE, wait = 1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 117 35 390 284 285 407 416 123 79 164 281 121 170 410 207 63 383 304 330 48 241
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 170 --> AAT240 : ......
## 164 --> CB263C : .......
## 390 --> MgSTS577 : ........
## 284 --> MgSTS45 : .........
## 383 --> MgSTS419 : ..........
## 410 --> MgSTS622 : ..........
## 416 --> MgSTS599 : ...........
## 285 --> MgSTS11 : ............
## 304 --> MgSTS68 : .............
## 330 --> MgSTS326 : .............
## 123 --> CB55 : ..............
## 121 --> CB126 : ...............
## 79 --> CA315 : ................
## 35 --> BA334 : ................
## 48 --> BA145 : .................
## 207 --> BC199 : ..................
##
## LOD threshold = 3
##
## Positioned markers: 117 35 390 284 285 407 416 123 164 281 121 170 410 330 48 241 207 63
##
## Markers not placed on the map: 79 383 304
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 79 --> CA315 : ...................
## 383 --> MgSTS419 : ...................
## 304 --> MgSTS68 : ...................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 304 --> MgSTS68 : ...................
## 79 --> CA315 : ....................
## 383 --> MgSTS419 : .....................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
Ligação_grupo_10 <- make.seq(LG2_rcd_final10, "force")
ripple.seq(Ligação_grupo_10,ws = 5, LOD =6)
## 117 35 390 284 285 ... OK
##
## 35 390 284 285 407 ... OK
##
## 390 284 285 407 416 ... OK
##
## 284 285 407 416 123 ... OK
##
## 285 407 416 123 79 ... OK
##
## 407 416 123 79 164 ...
## Alternative orders:
## ... 285 407 416 123 79 164 281 ... : 0.00
## ... 285 407 416 123 164 79 281 ... : -1.44
##
## 416 123 79 164 281 ...
## Alternative orders:
## ... 407 416 123 79 164 281 121 ... : 0.00
## ... 407 416 123 164 79 281 121 ... : -1.44
##
## 123 79 164 281 121 ...
## Alternative orders:
## ... 416 123 79 164 281 121 170 ... : 0.00
## ... 416 123 164 79 281 121 170 ... : -1.44
##
## 79 164 281 121 170 ...
## Alternative orders:
## ... 123 79 164 281 121 170 410 ... : 0.00
## ... 123 164 79 281 121 170 410 ... : -1.44
## ... 123 79 164 281 170 121 410 ... : -4.05
## ... 123 164 79 281 170 121 410 ... : -4.57
##
## 164 281 121 170 410 ...
## Alternative orders:
## ... 79 164 281 121 170 410 330 ... : 0.00
## ... 79 164 281 170 121 410 330 ... : -4.05
##
## 281 121 170 410 330 ...
## Alternative orders:
## ... 164 281 121 170 410 330 48 ... : 0.00
## ... 164 281 170 121 410 330 48 ... : -4.05
##
## 121 170 410 330 48 ...
## Alternative orders:
## ... 281 121 170 410 330 48 241 ... : 0.00
## ... 281 121 170 410 48 330 241 ... : -3.55
## ... 281 170 121 410 330 48 241 ... : -4.05
##
## 170 410 330 48 241 ...
## Alternative orders:
## ... 121 170 410 330 48 241 207 ... : 0.00
## ... 121 170 410 241 48 330 207 ... : -3.00
## ... 121 170 410 48 330 241 207 ... : -3.55
## ... 121 170 410 241 330 48 207 ... : -3.97
##
## 410 330 48 241 207 ...
## Alternative orders:
## ... 170 410 330 48 241 207 304 ... : 0.00
## ... 170 410 241 48 330 207 304 ... : -3.00
## ... 170 410 48 330 241 207 304 ... : -3.55
## ... 170 410 241 330 48 207 304 ... : -3.97
##
## 330 48 241 207 304 ...
## Alternative orders:
## ... 410 330 48 241 207 304 383 ... : 0.00
## ... 410 241 48 330 207 304 383 ... : -3.00
## ... 410 48 330 241 207 304 383 ... : -3.55
## ... 410 241 330 48 207 304 383 ... : -3.97
##
## 48 241 207 304 383 ...
## Alternative orders:
## ... 330 48 241 207 304 383 63 : 0.00
## ... 330 48 241 207 383 304 63 : -0.63
## ... 330 48 241 304 383 207 63 : -4.30
## ... 330 304 383 48 241 207 63 : -5.63
## ... 330 48 241 383 304 207 63 : -5.66
##
## 241 207 304 383 63 ...
## Alternative orders:
## ... 48 304 383 63 207 241 : 0.00
## ... 48 383 304 63 207 241 : -1.46
## ... 48 207 304 383 63 241 : -3.16
## ... 48 207 383 304 63 241 : -4.09
## ... 48 63 304 383 207 241 : -4.91
## ... 48 63 383 304 207 241 : -5.22
## ... 48 304 383 207 63 241 : -5.82
rf.graph.table(Ligação_grupo_10, axis.cex=1, inter=FALSE)
###########\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
### Genetic map
GL1 <- Ligação_grupo_SG1
GL2 <- Ligação_grupo_SG2
GL3 <- Ligação_grupo_SG3
GL4 <- Ligação_grupo_2
GL5 <- Ligação_grupo_SG31
GL6 <- Ligação_grupo_SG32
GL7 <- Ligação_grupo_SG33
GL8 <- Ligação_grupo_4rm
GL9 <- Ligação_grupo_5
GL10<- Ligação_grupo_6rm
GL11<- Ligação_grupo_7rm
GL12<- Ligação_grupo_8rm
GL13<- Ligação_grupo_9
GL14<- Ligação_grupo_10
maps<-list(GL1, GL2, GL3, GL4, GL5,GL6, GL7, GL8, GL9, GL10, GL11,
GL12, GL13, GL14)
draw.map(maps, names = FALSE, grid = TRUE, cex.mrk = 0.6)
