#Loading package
library(onemap)
#Importing data
mimulus <- read_mapmaker(dir="C:/Users/Lillian/Desktop", file="m_feb06 (2).raw")
## --Read the following data:
## Type of cross: f2
## Number of individuals: 287
## Number of markers: 418
## Missing trait values:
## fl: 11
## fs: 19
## ft: 11
## ll: 20
## nv: 12
## pa: 35
## pal: 11
## pv: 12
## sa: 11
## sl: 11
## ss: 28
## tl: 11
## tp: 12
## tw: 11
## vi: 12
## ww: 11
mimulus
## This is an object of class 'onemap'
## Type of cross: f2
## No. individuals: 287
## No. markers: 418
## CHROM information: no
## POS information: no
## Percent genotyped: 89
##
## Segregation types:
## AA : AB : BB --> 213
## Not AA : AA --> 113
## Not BB : BB --> 92
##
## No. traits: 16
## Missing trait values:
## fl: 11
## fs: 19
## ft: 11
## ll: 20
## nv: 12
## pa: 35
## pal: 11
## pv: 12
## sa: 11
## sl: 11
## ss: 28
## tl: 11
## tp: 12
## tw: 11
## vi: 12
## ww: 11
#1) Estimating two-point recombination fractions (LOD and recombination fraction based on the reference article)
rec_fraction <- rf_2pts(mimulus, LOD = 6, max.rf = 0.37)
## Computing 87153 recombination fractions:
##
## 0% ........................................... 100%
#2) Forming the linkage groups
linkage_group <- make_seq(rec_fraction, "all")
(linked <- group(linkage_group, LOD=6, max.rf=0.37))
## Selecting markers:
## group 1
## ............................................................
## ......................
## group 2
## ......................
## group 3
## ............................................................
## ...........................
## group 4
## ........................................
## group 5
## .....................
## group 6
## ...................................................
## group 7
## ................................
## group 8
## ..........................
## group 9
## .............................
## group 10
## .....................
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "linkage_group"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.37
##
## No. markers: 418
## No. groups: 10
## No. linked markers: 411
## No. unlinked markers: 7
##
## Printing groups:
## Group 1 : 82 markers
## AA461 AA341 AA173C AA137 BA449 BA416 BA387 BA374 BA214 BA196 BA153 BA129 BB216 BB124 CA267 CA174 CA150 CA75 BD371 BD340 BD270 BD251 BD100 CA389C AAT225 AAT267 AAT265 BC542 BC374 BC80 BC526C BC194C CC447 CC320 CC138 CC93 CC61 CC53 AAT333 AP3 MgSTS17 MgSTS16 MgSTS18 MgSTS20 MgSTS19 MgSTS24 MgSTS26 MgSTS29 MgSTS38 MgSTS91 MgSTS93 MgSTS133 MgSTS98 CYCA aat356 MgSTS87 MgSTS212 MgSTS527 MgSTS520 MgSTS360 MgSTS341 MgSTS336 MgSTS350 MgSTS348 MgSTS358 MgSTS344 MgSTS471 MgSTS491 MgSTS500 MgSTS398 MgSTS380 MgSTS263 MgSTS578 MgSTS583 MgSTS631 MgSTS562 MgSTS561 MgSTS632 MgSTS494 MgSTS483 MgSTS598 MgSTS620
##
## Group 2 : 22 markers
## AA420 BA301 BA172 BA125 CA279 CA228 CB280 BD175 BD99 BC167 BC126 CC132 CC130 CC385C MgSTS316 MgSTS49 MgSTS106 MgSTS56 MgSTS457 MgSTS513 MgSTS589 MgSTS565
##
## Group 3 : 87 markers
## AA404 AA361 AA280 AA100 BA497 BA384 BA220 BA75 BB281 BB259 BB190 BB122 BB119 BB102 CA289 CA238 CA220 CA198 CA131 CA96 CB309 CB246 CB187 CB173 CB166 CB162 CB156 BD433 BD429 BD292 BD286 BD263 BD209 BD170 BD68 AA153C CA258C BB103C AAT261 AAT278 AAT374 AAT372 AG19 BC498 BC379 BC334 BC131 BC70 BC586C BC128C CC392 CC387 CC378 CC330 CC286 CC283 AAT312 AAT283 MgSTS27 MgSTS308 MgSTS43 MgSTS48 MgSTS70 MgSTS474 MgSTS95 MgSTS50 MgSTS75 MgSTS388 MgSTS332 MgSTS37 MgSTS34 MgSTS509 MgSTS251 MgSTS351 MgSTS293 MgSTS574B MgSTS574a MgSTS579 MgSTS535 MgSTS539 MgSTS609 MgSTS425 MgSTS435 MgSTS383 MgSTS441 MgSTS511 MgSTS214
##
## Group 4 : 40 markers
## AA384 AA166C AA66 BA210 BA113 BB208 CA497 CA415 CA399 CA384 CA297 CA233 CB329 CB257 BD411 BD243 BD239 BD130 BD115 AA346C AA374C BA279C CA183C AAT367 BC512 BC321 BC216 BC192 CC531 CC270 MgSTS132 MgSTS228 MgSTS234 MgSTS455 MgSTS262 MgSTS362 MgSTS492 MgSTS347 MgSTS477 MgSTS542B
##
## Group 5 : 21 markers
## AA378 AA268 AA163 BA69 BB210 BB186 CA264 CA226 CB230 BD316C BD173 AA118C AA454C BC506 CC342 CC124 MgSTS40 MgSTS245 MgSTS282A MgSTS255 MgSTS586
##
## Group 6 : 51 markers
## AA371C AA311 AA277 AA270 AA158 BA222 BA117 CA283 CA152C CB333 BD179 BD169 BD55 AAT230 AAT300 BC392 BC243 BC125 CC457 CC381 CC262 CC126 CC171C MgSTS21 MgSTS25 MgSTS22 MgSTS28 MgSTS105 MgSTS120 MgSTS58 MgSTS229 MgSTS323 MgSTS508 MgSTS529 MgSTS480 MgSTS426 MgSTS453 MgSTS456 MgSTS430 MgSTS314 MgSTS320 MgSTS606 MgSTS504A MgSTS504B MgSTS545 MgSTS542A MgSTS459 MgSTS220 MgSTS467 MgSTS431 MgSTS440
##
## Group 7 : 32 markers
## AA246 BA372 BA314 BA158 BB167 CA305 CA210 CA122 CB272 BD189C AAT217 AAT39 AAT211 AAT296 CYCB AAT242 CC450 CC359 CC338C MgSTS59 MgSTS69 MgSTS31 MgSTS76 MgSTS330 MgSTS381 MgSTS571 MgSTS590 MgSTS537 MgSTS538 MgSTS563 MgSTS504C MgSTS621
##
## Group 8 : 26 markers
## AA167 AA95 BA445 BA400 BA311 BB218 BB176 CA261 CA217 CA196 CA167 CB115 BA396C AAT222 BC108 BC83 CC540 CC402 LFY MgSTS468 MgSTS638 MgSTS536 MgSTS558 MgSTS611 MgSTS600 MgSTS470
##
## Group 9 : 29 markers
## BA394 BA175 BB182 CA378 CA140 CB216 BD242 BD143 AA296C BA245C AAT233 AAT272 AAT308 AAT364 BC546 BC478 BC388 BC376 BC330 BC266 BC219 CC149 CC114 MgSTS36 MgSTS437 MgSTS113 MgSTS282B MgSTS548 MgSTS438
##
## Group 10 : 21 markers
## BA334 BA145 BB198 CA315 CB172 CB126 CB55 CB263C AAT240 BC199 CC150 MgSTS55 MgSTS45 MgSTS11 MgSTS68 MgSTS326 MgSTS419 MgSTS577 MgSTS104 MgSTS622 MgSTS599
##
## Unlinked markers: 7 markers
## AA208 BB327 BB279 CA392 BC135 CC371 MgSTS23
linked
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "linkage_group"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.37
##
## No. markers: 418
## No. groups: 10
## No. linked markers: 411
## No. unlinked markers: 7
##
## Printing groups:
## Group 1 : 82 markers
## AA461 AA341 AA173C AA137 BA449 BA416 BA387 BA374 BA214 BA196 BA153 BA129 BB216 BB124 CA267 CA174 CA150 CA75 BD371 BD340 BD270 BD251 BD100 CA389C AAT225 AAT267 AAT265 BC542 BC374 BC80 BC526C BC194C CC447 CC320 CC138 CC93 CC61 CC53 AAT333 AP3 MgSTS17 MgSTS16 MgSTS18 MgSTS20 MgSTS19 MgSTS24 MgSTS26 MgSTS29 MgSTS38 MgSTS91 MgSTS93 MgSTS133 MgSTS98 CYCA aat356 MgSTS87 MgSTS212 MgSTS527 MgSTS520 MgSTS360 MgSTS341 MgSTS336 MgSTS350 MgSTS348 MgSTS358 MgSTS344 MgSTS471 MgSTS491 MgSTS500 MgSTS398 MgSTS380 MgSTS263 MgSTS578 MgSTS583 MgSTS631 MgSTS562 MgSTS561 MgSTS632 MgSTS494 MgSTS483 MgSTS598 MgSTS620
##
## Group 2 : 22 markers
## AA420 BA301 BA172 BA125 CA279 CA228 CB280 BD175 BD99 BC167 BC126 CC132 CC130 CC385C MgSTS316 MgSTS49 MgSTS106 MgSTS56 MgSTS457 MgSTS513 MgSTS589 MgSTS565
##
## Group 3 : 87 markers
## AA404 AA361 AA280 AA100 BA497 BA384 BA220 BA75 BB281 BB259 BB190 BB122 BB119 BB102 CA289 CA238 CA220 CA198 CA131 CA96 CB309 CB246 CB187 CB173 CB166 CB162 CB156 BD433 BD429 BD292 BD286 BD263 BD209 BD170 BD68 AA153C CA258C BB103C AAT261 AAT278 AAT374 AAT372 AG19 BC498 BC379 BC334 BC131 BC70 BC586C BC128C CC392 CC387 CC378 CC330 CC286 CC283 AAT312 AAT283 MgSTS27 MgSTS308 MgSTS43 MgSTS48 MgSTS70 MgSTS474 MgSTS95 MgSTS50 MgSTS75 MgSTS388 MgSTS332 MgSTS37 MgSTS34 MgSTS509 MgSTS251 MgSTS351 MgSTS293 MgSTS574B MgSTS574a MgSTS579 MgSTS535 MgSTS539 MgSTS609 MgSTS425 MgSTS435 MgSTS383 MgSTS441 MgSTS511 MgSTS214
##
## Group 4 : 40 markers
## AA384 AA166C AA66 BA210 BA113 BB208 CA497 CA415 CA399 CA384 CA297 CA233 CB329 CB257 BD411 BD243 BD239 BD130 BD115 AA346C AA374C BA279C CA183C AAT367 BC512 BC321 BC216 BC192 CC531 CC270 MgSTS132 MgSTS228 MgSTS234 MgSTS455 MgSTS262 MgSTS362 MgSTS492 MgSTS347 MgSTS477 MgSTS542B
##
## Group 5 : 21 markers
## AA378 AA268 AA163 BA69 BB210 BB186 CA264 CA226 CB230 BD316C BD173 AA118C AA454C BC506 CC342 CC124 MgSTS40 MgSTS245 MgSTS282A MgSTS255 MgSTS586
##
## Group 6 : 51 markers
## AA371C AA311 AA277 AA270 AA158 BA222 BA117 CA283 CA152C CB333 BD179 BD169 BD55 AAT230 AAT300 BC392 BC243 BC125 CC457 CC381 CC262 CC126 CC171C MgSTS21 MgSTS25 MgSTS22 MgSTS28 MgSTS105 MgSTS120 MgSTS58 MgSTS229 MgSTS323 MgSTS508 MgSTS529 MgSTS480 MgSTS426 MgSTS453 MgSTS456 MgSTS430 MgSTS314 MgSTS320 MgSTS606 MgSTS504A MgSTS504B MgSTS545 MgSTS542A MgSTS459 MgSTS220 MgSTS467 MgSTS431 MgSTS440
##
## Group 7 : 32 markers
## AA246 BA372 BA314 BA158 BB167 CA305 CA210 CA122 CB272 BD189C AAT217 AAT39 AAT211 AAT296 CYCB AAT242 CC450 CC359 CC338C MgSTS59 MgSTS69 MgSTS31 MgSTS76 MgSTS330 MgSTS381 MgSTS571 MgSTS590 MgSTS537 MgSTS538 MgSTS563 MgSTS504C MgSTS621
##
## Group 8 : 26 markers
## AA167 AA95 BA445 BA400 BA311 BB218 BB176 CA261 CA217 CA196 CA167 CB115 BA396C AAT222 BC108 BC83 CC540 CC402 LFY MgSTS468 MgSTS638 MgSTS536 MgSTS558 MgSTS611 MgSTS600 MgSTS470
##
## Group 9 : 29 markers
## BA394 BA175 BB182 CA378 CA140 CB216 BD242 BD143 AA296C BA245C AAT233 AAT272 AAT308 AAT364 BC546 BC478 BC388 BC376 BC330 BC266 BC219 CC149 CC114 MgSTS36 MgSTS437 MgSTS113 MgSTS282B MgSTS548 MgSTS438
##
## Group 10 : 21 markers
## BA334 BA145 BB198 CA315 CB172 CB126 CB55 CB263C AAT240 BC199 CC150 MgSTS55 MgSTS45 MgSTS11 MgSTS68 MgSTS326 MgSTS419 MgSTS577 MgSTS104 MgSTS622 MgSTS599
##
## Unlinked markers: 7 markers
## AA208 BB327 BB279 CA392 BC135 CC371 MgSTS23
##10 linkage groups formed.
##Analyzing the number of markers per linkage group and the heatmaps obtained.
#Kosambi function: converting recombination fraction into cM distance
set_map_fun(type="kosambi")
#3) Assigning markers to linkage groups
###########LINKAGE GROUP 1######################
#Defining the linkage group to be mapped (LG1)
LG1 <- make_seq(linked, 1)
LG1
##
## Number of markers: 82
## Too many markers - not printing their names
##
## Parameters not estimated.
#Sorting the markers of LG1. The Seriation algorithm did not work
LG1_rcd <- rcd(LG1)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 167 1 226 8 33 169 163 132 243 220 16 328 47 41 49 258 97 28 190 177 325 307 379 261 353 85 394 335 346 60 134 105 350 362 385 262 334 279 275 361 21 260 377 308 216 236 370 396 266 259 100 199 337 288 286 287 339 380 147 43 69 128 251 320 355 406 265 31 26 219 250 278 270 404 338 277 263 127 249 283 290 276
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG1_rec <- record(LG1)
##
## order obtained using RECORD algorithm:
##
## 290 283 220 243 47 328 16 132 41 49 169 163 97 258 28 1 226 8 33 167 404 338 278 270 250 219 26 263 277 31 265 406 320 355 251 128 147 339 380 288 286 287 43 69 337 199 100 259 396 266 216 236 370 308 377 260 21 249 127 275 361 279 334 262 385 362 350 105 134 60 276 346 335 394 85 261 353 379 307 325 177 190
##
## calculating multipoint map using tol 1e-04 .
LG1_ug <- ug(LG1)
##
## order obtained using UG algorithm:
##
## 276 290 283 220 243 328 16 47 132 41 49 258 97 28 8 33 167 1 226 163 169 346 335 394 85 353 261 379 307 325 177 190 134 60 350 105 362 385 262 334 279 249 127 275 361 260 21 377 308 370 236 266 216 259 100 396 199 147 43 69 339 380 286 287 288 337 128 251 355 320 406 265 31 26 219 250 277 263 278 270 338 404
##
## calculating multipoint map using tol 1e-04 .
#TRY Command and RIPPLE Correction
LG1_ord <- order_seq(input.seq=LG1_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 167 1 226 8 33 169 163 132 243 220 16 328 47 41 49 258 97 28 190 177 325 307 379 261 353 85 394 335 346 60 134 105 350 362 385 262 334 279 275 361 21 260 377 308 216 236 370 396 266 259 100 199 337 288 286 287 339 380 147 43 69 128 251 320 355 406 265 31 26 219 250 278 270 404 338 277 263 127 249 283 290 276
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 394 --> MgSTS494 : ......
## 396 --> MgSTS483 : ......
## 163 --> CA389C : ......
## 385 --> MgSTS632 : ......
## 16 --> AA173C : ......
## 370 --> MgSTS583 : ......
## 377 --> MgSTS631 : ......
## 279 --> MgSTS133 : ......
## 169 --> AAT267 : ......
## 177 --> AAT265 : ......
## 277 --> MgSTS91 : ......
## 380 --> MgSTS561 : ......
## 270 --> MgSTS26 : ......
## 278 --> MgSTS93 : ......
## 263 --> MgSTS20 : ......
## 406 --> MgSTS620 : ......
## 379 --> MgSTS562 : ......
## 262 --> MgSTS18 : ......
## 307 --> MgSTS527 : ......
## 288 --> MgSTS87 : ......
## 283 --> MgSTS98 : ......
## 266 --> MgSTS24 : ......
## 265 --> MgSTS19 : ......
## 308 --> MgSTS520 : ......
## 337 --> MgSTS358 : ......
## 335 --> MgSTS348 : ......
## 220 --> BC194C : ......
## 219 --> BC526C : ......
## 338 --> MgSTS344 : ......
## 334 --> MgSTS350 : ......
## 404 --> MgSTS598 : ......
## 290 --> MgSTS212 : ......
## 320 --> MgSTS360 : ......
## 362 --> MgSTS578 : ......
## 355 --> MgSTS380 : ......
## 350 --> MgSTS500 : ......
## 287 --> aat356 : ......
## 346 --> MgSTS491 : ......
## 261 --> MgSTS16 : ......
## 275 --> MgSTS29 : ......
## 259 --> AP3 : ......
## 286 --> CYCA : ......
## 353 --> MgSTS398 : ......
## 361 --> MgSTS263 : ......
## 339 --> MgSTS471 : ......
## 258 --> AAT333 : ......
## 328 --> MgSTS336 : ......
## 69 --> BB124 : ......
## 97 --> CA174 : ......
## 100 --> CA150 : ......
## 1 --> AA461 : ......
## 49 --> BA129 : ......
## 28 --> BA416 : ......
## 43 --> BA196 : ......
## 31 --> BA387 : ......
## 26 --> BA449 : ......
## 134 --> BD251 : ......
## 147 --> BD100 : ......
## 127 --> BD371 : ......
## 216 --> BC80 : ......
## 199 --> BC374 : ......
## 226 --> CC447 : ......
## 236 --> CC320 : ......
## 251 --> CC53 : ......
## 250 --> CC61 : ......
## 60 --> BB216 : ......
## 85 --> CA267 : ......
## 105 --> CA75 : ......
## 8 --> AA341 : ......
## 21 --> AA137 : ......
## 33 --> BA374 : ......
## 47 --> BA153 : ......
## 41 --> BA214 : ......
## 132 --> BD270 : ......
## 190 --> BC542 : ......
## 243 --> CC138 : ......
## 249 --> CC93 : ......
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 167 128 260 276 325
##
## Markers not placed on the map: 1 226 8 33 169 163 132 243 220 16 328 47 41 49 258 97 28 190 177 307 379 261 353 85 394 335 346 60 134 105 350 362 385 262 334 279 275 361 21 377 308 216 236 370 396 266 259 100 199 337 288 286 287 339 380 147 43 69 251 320 355 406 265 31 26 219 250 278 270 404 338 277 263 127 249 283 290
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 1 --> AA461 : ......
## 226 --> CC447 : ......
## 8 --> AA341 : ......
## 33 --> BA374 : ......
## 169 --> AAT267 : ......
## 163 --> CA389C : ......
## 132 --> BD270 : ......
## 243 --> CC138 : ......
## 220 --> BC194C : ......
## 16 --> AA173C : ......
## 328 --> MgSTS336 : ......
## 47 --> BA153 : ......
## 41 --> BA214 : ......
## 49 --> BA129 : ......
## 258 --> AAT333 : ......
## 97 --> CA174 : ......
## 28 --> BA416 : ......
## 190 --> BC542 : ......
## 177 --> AAT265 : ......
## 307 --> MgSTS527 : ......
## 379 --> MgSTS562 : ......
## 261 --> MgSTS16 : ......
## 353 --> MgSTS398 : ......
## 85 --> CA267 : ......
## 394 --> MgSTS494 : ......
## 335 --> MgSTS348 : ......
## 346 --> MgSTS491 : ......
## 60 --> BB216 : ......
## 134 --> BD251 : ......
## 105 --> CA75 : ......
## 350 --> MgSTS500 : ......
## 362 --> MgSTS578 : ......
## 385 --> MgSTS632 : ......
## 262 --> MgSTS18 : ......
## 334 --> MgSTS350 : ......
## 279 --> MgSTS133 : ......
## 275 --> MgSTS29 : ......
## 361 --> MgSTS263 : ......
## 21 --> AA137 : ......
## 377 --> MgSTS631 : ......
## 308 --> MgSTS520 : ......
## 216 --> BC80 : ......
## 236 --> CC320 : ......
## 370 --> MgSTS583 : ......
## 396 --> MgSTS483 : ......
## 266 --> MgSTS24 : ......
## 259 --> AP3 : ......
## 100 --> CA150 : ......
## 199 --> BC374 : ......
## 337 --> MgSTS358 : ......
## 288 --> MgSTS87 : ......
## 286 --> CYCA : ......
## 287 --> aat356 : ......
## 339 --> MgSTS471 : ......
## 380 --> MgSTS561 : ......
## 147 --> BD100 : ......
## 43 --> BA196 : ......
## 69 --> BB124 : ......
## 251 --> CC53 : ......
## 320 --> MgSTS360 : ......
## 355 --> MgSTS380 : ......
## 406 --> MgSTS620 : ......
## 265 --> MgSTS19 : ......
## 31 --> BA387 : ......
## 26 --> BA449 : ......
## 219 --> BC526C : ......
## 250 --> CC61 : ......
## 278 --> MgSTS93 : ......
## 270 --> MgSTS26 : ......
## 404 --> MgSTS598 : ......
## 338 --> MgSTS344 : ......
## 277 --> MgSTS91 : ......
## 263 --> MgSTS20 : ......
## 127 --> BD371 : ......
## 249 --> CC93 : ......
## 283 --> MgSTS98 : ......
## 290 --> MgSTS212 : ......
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 394 --> MgSTS494 : ......
## 105 --> CA75 : .......
## 396 --> MgSTS483 : ........
## 216 --> BC80 : .........
## 350 --> MgSTS500 : ..........
## 169 --> AAT267 : ...........
## 266 --> MgSTS24 : ............
## 236 --> CC320 : .............
## 362 --> MgSTS578 : ..............
## 370 --> MgSTS583 : ...............
## 60 --> BB216 : ................
## 85 --> CA267 : .................
## 259 --> AP3 : ..................
## 353 --> MgSTS398 : ...................
## 385 --> MgSTS632 : ....................
## 163 --> CA389C : .....................
## 355 --> MgSTS380 : ......................
## 100 --> CA150 : .......................
## 335 --> MgSTS348 : ........................
## 28 --> BA416 : .........................
## 127 --> BD371 : ..........................
## 288 --> MgSTS87 : ...........................
## 379 --> MgSTS562 : ............................
## 262 --> MgSTS18 : .............................
## 31 --> BA387 : ..............................
## 132 --> BD270 : ...............................
## 320 --> MgSTS360 : ................................
## 134 --> BD251 : .................................
## 286 --> CYCA : ..................................
## 337 --> MgSTS358 : ...................................
## 258 --> AAT333 : ....................................
## 250 --> CC61 : .....................................
## 147 --> BD100 : ......................................
## 308 --> MgSTS520 : .......................................
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## 26 --> BA449 : .........................................
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## 1 --> AA461 : ........................................................
## 279 --> MgSTS133 : .........................................................
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## 177 --> AAT265 : ..............................................................
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## 41 --> BA214 : .................................................................
## 263 --> MgSTS20 : ..................................................................
## 277 --> MgSTS91 : ...................................................................
## 328 --> MgSTS336 : ....................................................................
## 190 --> BC542 : .....................................................................
## 199 --> BC374 : ......................................................................
## 49 --> BA129 : .......................................................................
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## 219 --> BC526C : .........................................................................
## 290 --> MgSTS212 : ..........................................................................
## 287 --> aat356 : ...........................................................................
## 226 --> CC447 : ............................................................................
## 283 --> MgSTS98 : .............................................................................
## 251 --> CC53 : ..............................................................................
## 275 --> MgSTS29 : ...............................................................................
## 346 --> MgSTS491 : ................................................................................
## 270 --> MgSTS26 : .................................................................................
## 243 --> CC138 : ..................................................................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_1 <- make_seq(LG1_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_1, ws=5, LOD=6)
## 8-33-167-1-226-|-258-...
## Alternative orders:
## 8 33 167 1 226 ... : 0.00
## 167 33 8 226 1 ... : -2.99
## 8 33 167 226 1 ... : -3.47
## 167 33 8 1 226 ... : -3.69
##
## ...-8-|-33-167-1-226-258-|-97-...
## Alternative orders:
## 33 167 1 226 258 ... : 0.00
## 33 167 226 1 258 ... : -3.47
##
## ...-33-|-167-1-226-258-97-|-28-...
## Alternative orders:
## ... 167 1 226 258 97 ... : 0.00
## ... 167 1 226 97 258 ... : -3.34
## ... 167 226 1 258 97 ... : -3.47
## ... 167 226 1 97 258 ... : -5.12
##
## ...-167-|-1-226-258-97-28-|-163-...
## Alternative orders:
## ... 1 226 28 258 97 ... : 0.00
## ... 226 1 28 258 97 ... : -0.72
## ... 1 226 28 97 258 ... : -1.26
## ... 226 1 28 97 258 ... : -1.84
## ... 1 226 258 97 28 ... : -3.22
## ... 1 226 258 28 97 ... : -3.99
##
## ...-1-|-226-258-97-28-163-|-49-...
## Alternative orders:
## ... 226 28 258 97 163 ... : 0.00
## ... 226 28 97 258 163 ... : -1.26
## ... 226 258 97 28 163 ... : -3.22
## ... 226 258 28 97 163 ... : -3.99
##
## ...-226-|-258-97-28-163-49-|-169-...
## Alternative orders:
## ... 28 258 97 163 49 ... : 0.00
## ... 28 97 258 163 49 ... : -1.26
## ... 258 97 28 163 49 ... : -3.22
## ... 258 28 97 163 49 ... : -3.99
##
## ...-258-|-97-28-163-49-169-|-41-...
## Alternative orders:
## ... 97 28 163 49 169 ... : 0.00
## ... 28 97 163 49 169 ... : -0.77
##
## ...-97-|-28-163-49-169-41-|-132-... OK
##
## ...-28-|-163-49-169-41-132-|-16-... OK
##
## ...-163-|-49-169-41-132-16-|-328-... OK
##
## ...-49-|-169-41-132-16-328-|-47-... OK
##
## ...-169-|-41-132-16-328-47-|-243-...
## Alternative orders:
## ... 41 132 16 328 47 ... : 0.00
## ... 41 132 16 47 328 ... : -0.71
## ... 41 132 47 16 328 ... : -4.62
##
## ...-41-|-132-16-328-47-243-|-220-...
## Alternative orders:
## ... 132 16 328 47 243 ... : 0.00
## ... 132 16 47 328 243 ... : -0.71
## ... 132 47 16 328 243 ... : -4.62
##
## ...-132-|-16-328-47-243-220-|-283-...
## Alternative orders:
## ... 16 328 47 243 220 ... : 0.00
## ... 16 47 328 243 220 ... : -0.71
## ... 47 16 328 243 220 ... : -4.62
## ... 16 328 47 220 243 ... : -5.64
##
## ...-16-|-328-47-243-220-283-|-290-...
## Alternative orders:
## ... 328 47 243 220 283 ... : 0.00
## ... 47 328 243 220 283 ... : -0.71
## ... 328 47 220 243 283 ... : -5.64
##
## ...-328-|-47-243-220-283-290-|-404-...
## Alternative orders:
## ... 47 243 220 283 290 ... : 0.00
## ... 47 243 220 290 283 ... : -5.07
## ... 47 220 243 283 290 ... : -5.64
##
## ...-47-|-243-220-283-290-404-|-338-...
## Alternative orders:
## ... 243 220 283 290 404 ... : 0.00
## ... 243 220 290 283 404 ... : -5.07
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##
## ...-243-|-220-283-290-404-338-|-278-...
## Alternative orders:
## ... 220 283 290 404 338 ... : 0.00
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##
## ...-220-|-283-290-404-338-278-|-270-...
## Alternative orders:
## ... 283 290 404 338 278 ... : 0.00
## ... 283 290 338 404 278 ... : -0.67
## ... 290 283 404 338 278 ... : -5.07
## ... 290 283 338 404 278 ... : -5.73
##
## ...-283-|-290-404-338-278-270-|-250-...
## Alternative orders:
## ... 290 338 404 270 278 ... : 0.00
## ... 290 404 338 278 270 ... : -1.37
## ... 290 338 404 278 270 ... : -2.04
## ... 290 404 338 270 278 ... : -2.15
##
## ...-290-|-404-338-278-270-250-|-219-...
## Alternative orders:
## ... 338 404 270 278 250 ... : 0.00
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## ... 338 404 278 270 250 ... : -2.04
## ... 404 338 270 278 250 ... : -2.15
##
## ...-404-|-338-278-270-250-219-|-26-...
## Alternative orders:
## ... 338 278 270 250 219 ... : 0.00
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##
## ...-338-|-278-270-250-219-26-|-277-...
## Alternative orders:
## ... 278 270 250 219 26 ... : 0.00
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##
## ...-278-|-270-250-219-26-277-|-263-...
## Alternative orders:
## ... 270 250 219 26 277 ... : 0.00
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##
## ...-270-|-250-219-26-277-263-|-31-...
## Alternative orders:
## ... 250 219 26 277 263 ... : 0.00
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##
## ...-250-|-219-26-277-263-31-|-265-...
## Alternative orders:
## ... 219 26 277 263 31 ... : 0.00
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##
## ...-219-|-26-277-263-31-265-|-406-... OK
##
## ...-26-|-277-263-31-265-406-|-320-... OK
##
## ...-277-|-263-31-265-406-320-|-355-... OK
##
## ...-263-|-31-265-406-320-355-|-251-...
## Alternative orders:
## ... 31 265 406 320 355 ... : 0.00
## ... 31 265 406 355 320 ... : -3.51
##
## ...-31-|-265-406-320-355-251-|-128-...
## Alternative orders:
## ... 265 406 320 355 251 ... : 0.00
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##
## ...-265-|-406-320-355-251-128-|-147-...
## Alternative orders:
## ... 406 320 355 251 128 ... : 0.00
## ... 406 355 320 251 128 ... : -3.51
##
## ...-406-|-320-355-251-128-147-|-339-...
## Alternative orders:
## ... 320 355 251 128 147 ... : 0.00
## ... 355 320 251 128 147 ... : -3.51
##
## ...-320-|-355-251-128-147-339-|-287-... OK
##
## ...-355-|-251-128-147-339-287-|-286-...
## Alternative orders:
## ... 251 128 147 339 287 ... : 0.00
## ... 251 128 147 287 339 ... : -5.19
##
## ...-251-|-128-147-339-287-286-|-288-...
## Alternative orders:
## ... 128 147 339 287 286 ... : 0.00
## ... 128 147 339 286 287 ... : 0.00
## ... 128 147 286 287 339 ... : -2.05
## ... 128 147 287 286 339 ... : -2.06
## ... 128 147 287 339 286 ... : -5.19
##
## ...-128-|-147-339-287-286-288-|-380-...
## Alternative orders:
## ... 147 339 287 286 288 ... : 0.00
## ... 147 339 286 287 288 ... : 0.00
## ... 147 286 287 339 288 ... : -2.05
## ... 147 287 286 339 288 ... : -2.06
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## ... 147 288 286 287 339 ... : -2.08
## ... 147 287 286 288 339 ... : -3.35
## ... 147 286 287 288 339 ... : -3.35
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## ... 147 288 339 287 286 ... : -5.21
## ... 147 288 339 286 287 ... : -5.21
##
## ...-147-|-339-287-286-288-380-|-43-...
## Alternative orders:
## ... 339 287 286 288 380 ... : 0.00
## ... 339 286 287 288 380 ... : 0.00
## ... 286 287 339 288 380 ... : -2.05
## ... 287 286 339 288 380 ... : -2.06
## ... 288 287 286 339 380 ... : -2.06
## ... 288 286 287 339 380 ... : -2.08
## ... 287 286 288 339 380 ... : -3.35
## ... 286 287 288 339 380 ... : -3.35
## ... 380 339 286 287 288 ... : -3.81
## ... 380 339 287 286 288 ... : -3.82
## ... 286 287 339 380 288 ... : -4.08
## ... 287 286 339 380 288 ... : -4.09
## ... 287 286 380 339 288 ... : -4.91
## ... 286 287 380 339 288 ... : -4.92
## ... 339 288 287 286 380 ... : -4.93
## ... 339 288 286 287 380 ... : -4.94
## ... 287 339 286 288 380 ... : -5.19
## ... 339 380 286 287 288 ... : -5.21
## ... 288 339 287 286 380 ... : -5.21
## ... 288 339 286 287 380 ... : -5.21
## ... 339 380 287 286 288 ... : -5.23
## ... 339 287 286 380 288 ... : -5.41
## ... 339 286 287 380 288 ... : -5.41
## ... 380 339 288 287 286 ... : -5.77
## ... 380 339 288 286 287 ... : -5.77
## ... 380 288 286 287 339 ... : -5.80
## ... 380 288 287 286 339 ... : -5.81
##
## ...-339-|-287-286-288-380-43-|-69-...
## Alternative orders:
## ... 287 286 288 380 43 ... : 0.00
## ... 286 287 288 380 43 ... : 0.00
## ... 288 287 286 380 43 ... : -4.93
## ... 288 286 287 380 43 ... : -4.94
## ... 380 286 287 288 43 ... : -5.21
## ... 380 287 286 288 43 ... : -5.23
## ... 287 286 380 288 43 ... : -5.41
## ... 286 287 380 288 43 ... : -5.41
##
## ...-287-|-286-288-380-43-69-|-337-...
## Alternative orders:
## ... 286 288 380 43 69 ... : 0.00
## ... 286 288 380 69 43 ... : -0.04
## ... 286 380 288 43 69 ... : -5.41
## ... 286 380 288 69 43 ... : -5.45
##
## ...-286-|-288-380-43-69-337-|-199-...
## Alternative orders:
## ... 288 380 43 69 337 ... : 0.00
## ... 288 380 69 43 337 ... : -0.04
## ... 380 288 43 69 337 ... : -5.41
## ... 380 288 69 43 337 ... : -5.45
##
## ...-288-|-380-43-69-337-199-|-216-...
## Alternative orders:
## ... 380 43 69 337 199 ... : 0.00
## ... 380 69 43 337 199 ... : -0.04
##
## ...-380-|-43-69-337-199-216-|-236-...
## Alternative orders:
## ... 43 69 337 199 216 ... : 0.00
## ... 69 43 337 199 216 ... : -0.04
##
## ...-43-|-69-337-199-216-236-|-370-... OK
##
## ...-69-|-337-199-216-236-370-|-266-... OK
##
## ...-337-|-199-216-236-370-266-|-396-... OK
##
## ...-199-|-216-236-370-266-396-|-100-...
## Alternative orders:
## ... 216 236 370 396 266 ... : 0.00
## ... 216 236 370 266 396 ... : -1.00
##
## ...-216-|-236-370-266-396-100-|-259-...
## Alternative orders:
## ... 236 370 396 266 100 ... : 0.00
## ... 236 370 266 396 100 ... : -1.00
##
## ...-236-|-370-266-396-100-259-|-308-...
## Alternative orders:
## ... 370 396 266 100 259 ... : 0.00
## ... 370 266 396 100 259 ... : -1.00
## ... 370 396 266 259 100 ... : -1.66
## ... 370 266 396 259 100 ... : -1.77
## ... 100 259 266 396 370 ... : -3.43
## ... 100 259 396 266 370 ... : -4.05
## ... 259 100 266 396 370 ... : -4.89
##
## ...-370-|-266-396-100-259-308-|-377-...
## Alternative orders:
## ... 396 266 100 259 308 ... : 0.00
## ... 266 396 100 259 308 ... : -1.00
## ... 396 266 259 100 308 ... : -1.66
## ... 266 396 259 100 308 ... : -1.77
##
## ...-266-|-396-100-259-308-377-|-260-...
## Alternative orders:
## ... 396 100 259 308 377 ... : 0.00
## ... 396 259 100 308 377 ... : -0.77
##
## ...-396-|-100-259-308-377-260-|-21-...
## Alternative orders:
## ... 100 259 308 377 260 ... : 0.00
## ... 259 100 308 377 260 ... : -0.77
##
## ...-100-|-259-308-377-260-21-|-249-... OK
##
## ...-259-|-308-377-260-21-249-|-127-... OK
##
## ...-308-|-377-260-21-249-127-|-275-...
## Alternative orders:
## ... 377 260 21 249 127 ... : 0.00
## ... 377 260 21 127 249 ... : -0.15
##
## ...-377-|-260-21-249-127-275-|-361-...
## Alternative orders:
## ... 260 21 249 127 275 ... : 0.00
## ... 260 21 127 249 275 ... : -0.15
##
## ...-260-|-21-249-127-275-361-|-279-...
## Alternative orders:
## ... 21 249 127 275 361 ... : 0.00
## ... 21 127 249 275 361 ... : -0.15
## ... 21 249 127 361 275 ... : -1.08
## ... 21 127 249 361 275 ... : -1.34
## ... 21 275 361 127 249 ... : -1.43
## ... 21 275 361 249 127 ... : -1.44
## ... 21 361 275 249 127 ... : -1.87
## ... 21 361 275 127 249 ... : -1.96
## ... 21 249 275 361 127 ... : -5.66
##
## ...-21-|-249-127-275-361-279-|-334-...
## Alternative orders:
## ... 249 127 275 361 279 ... : 0.00
## ... 127 249 275 361 279 ... : -0.15
## ... 249 127 361 275 279 ... : -1.08
## ... 127 249 361 275 279 ... : -1.34
## ... 275 361 127 249 279 ... : -1.43
## ... 275 361 249 127 279 ... : -1.44
## ... 361 275 249 127 279 ... : -1.87
## ... 361 275 127 249 279 ... : -1.96
## ... 249 275 361 127 279 ... : -5.66
##
## ...-249-|-127-275-361-279-334-|-262-...
## Alternative orders:
## ... 127 275 361 279 334 ... : 0.00
## ... 127 361 275 279 334 ... : -1.08
## ... 275 361 127 279 334 ... : -5.66
##
## ...-127-|-275-361-279-334-262-|-385-...
## Alternative orders:
## ... 275 361 279 334 262 ... : 0.00
## ... 361 275 279 334 262 ... : -1.08
##
## ...-275-|-361-279-334-262-385-|-362-... OK
##
## ...-361-|-279-334-262-385-362-|-350-... OK
##
## ...-279-|-334-262-385-362-350-|-105-... OK
##
## ...-334-|-262-385-362-350-105-|-134-... OK
##
## ...-262-|-385-362-350-105-134-|-60-... OK
##
## ...-385-|-362-350-105-134-60-|-346-...
## Alternative orders:
## ... 362 350 105 134 60 ... : 0.00
## ... 362 350 105 60 134 ... : -0.11
##
## ...-362-|-350-105-134-60-346-|-335-...
## Alternative orders:
## ... 350 105 134 60 346 ... : 0.00
## ... 350 105 60 134 346 ... : -0.11
##
## ...-350-|-105-134-60-346-335-|-276-...
## Alternative orders:
## ... 105 134 60 346 335 ... : 0.00
## ... 105 60 134 346 335 ... : -0.11
## ... 105 134 60 335 346 ... : -0.94
## ... 105 60 134 335 346 ... : -1.04
## ... 105 134 335 346 60 ... : -4.49
## ... 105 134 346 335 60 ... : -4.97
##
## ...-105-|-134-60-346-335-276-|-85-...
## Alternative orders:
## ... 134 60 346 335 276 ... : 0.00
## ... 60 134 346 335 276 ... : -0.11
## ... 134 60 335 346 276 ... : -0.94
## ... 60 134 335 346 276 ... : -1.04
## ... 134 60 276 346 335 ... : -3.54
## ... 60 134 276 346 335 ... : -3.89
## ... 134 335 346 60 276 ... : -4.49
## ... 134 346 335 60 276 ... : -4.97
##
## ...-134-|-60-346-335-276-85-|-394-...
## Alternative orders:
## ... 60 346 335 276 85 ... : 0.00
## ... 60 335 346 276 85 ... : -0.94
## ... 60 276 346 335 85 ... : -3.54
## ... 335 346 60 276 85 ... : -4.49
## ... 346 335 60 276 85 ... : -4.97
##
## ...-60-|-346-335-276-85-394-|-261-...
## Alternative orders:
## ... 346 335 276 85 394 ... : 0.00
## ... 335 346 276 85 394 ... : -0.94
## ... 276 346 335 85 394 ... : -3.54
## ... 276 346 335 394 85 ... : -3.89
## ... 276 335 346 394 85 ... : -5.56
## ... 346 335 276 394 85 ... : -5.99
##
## ...-346-|-335-276-85-394-261-|-353-...
## Alternative orders:
## ... 335 276 85 394 261 ... : 0.00
## ... 335 276 394 85 261 ... : -5.99
##
## ...-335-|-276-85-394-261-353-|-379-...
## Alternative orders:
## ... 276 85 394 261 353 ... : 0.00
## ... 276 85 394 353 261 ... : -2.17
## ... 276 394 85 261 353 ... : -5.99
##
## ...-276-|-85-394-261-353-379-|-307-...
## Alternative orders:
## ... 85 394 261 353 379 ... : 0.00
## ... 85 394 353 261 379 ... : -2.17
## ... 394 85 261 353 379 ... : -5.99
##
## ...-85-|-394-261-353-379-307-|-325-...
## Alternative orders:
## ... 394 261 353 379 307 ... : 0.00
## ... 394 353 261 379 307 ... : -2.17
##
## ...-394-|-261-353-379-307-325-|-177-...
## Alternative orders:
## ... 261 353 379 307 325 ... : 0.00
## ... 353 261 379 307 325 ... : -2.17
##
## ...-261-|-353-379-307-325-177-|-190-...
## Alternative orders:
## ... 353 379 307 325 177 : 0.00
## ... 353 379 307 177 325 : -5.05
##
## 353-|-379-307-325-177-190
## Alternative orders:
## 379 307 325 177 190 ... : 0.00
## 379 307 177 325 190 ... : -5.05
#Analyzing the linkage group: Heatmap
rf_graph_table(linkgroup_1, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##By the heatmap, three subgroups in LG1 were formed. As a group separation strategy, the recombination fraction was reduced to 0.25, since the markers between these subgroups present high recombination fraction (in blue).
##Re-defining the linkage groups inside LG1
(sub_LG1 <- group(LG1, LOD=6, max.rf=0.25))
## Selecting markers:
## group 1
## ....................
## group 2
## ...................................
## group 3
## ..........................
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "LG1"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.25
##
## No. markers: 82
## No. groups: 3
## No. linked markers: 81
## No. unlinked markers: 1
##
## Printing groups:
## Group 1 : 20 markers
## AA461 AA341 AA173C BA416 BA374 BA214 BA153 BA129 CA174 BD270 CA389C AAT225 AAT267 BC194C CC447 CC138 AAT333 MgSTS98 MgSTS212 MgSTS336
##
## Group 2 : 35 markers
## AA137 BB216 CA267 CA150 CA75 BD371 BD251 AAT265 BC542 BC80 CC320 CC93 AP3 MgSTS17 MgSTS16 MgSTS18 MgSTS24 MgSTS29 MgSTS133 MgSTS527 MgSTS520 MgSTS341 MgSTS350 MgSTS348 MgSTS491 MgSTS500 MgSTS398 MgSTS263 MgSTS578 MgSTS583 MgSTS631 MgSTS562 MgSTS632 MgSTS494 MgSTS483
##
## Group 3 : 26 markers
## BA449 BA387 BA196 BB124 BD340 BD100 BC374 BC526C CC61 CC53 MgSTS20 MgSTS19 MgSTS26 MgSTS91 MgSTS93 CYCA aat356 MgSTS87 MgSTS360 MgSTS358 MgSTS344 MgSTS471 MgSTS380 MgSTS561 MgSTS598 MgSTS620
##
## Unlinked markers: 1 markers
## MgSTS38
sub_LG1 #formação de 3 grupos no LG1
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "LG1"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.25
##
## No. markers: 82
## No. groups: 3
## No. linked markers: 81
## No. unlinked markers: 1
##
## Printing groups:
## Group 1 : 20 markers
## AA461 AA341 AA173C BA416 BA374 BA214 BA153 BA129 CA174 BD270 CA389C AAT225 AAT267 BC194C CC447 CC138 AAT333 MgSTS98 MgSTS212 MgSTS336
##
## Group 2 : 35 markers
## AA137 BB216 CA267 CA150 CA75 BD371 BD251 AAT265 BC542 BC80 CC320 CC93 AP3 MgSTS17 MgSTS16 MgSTS18 MgSTS24 MgSTS29 MgSTS133 MgSTS527 MgSTS520 MgSTS341 MgSTS350 MgSTS348 MgSTS491 MgSTS500 MgSTS398 MgSTS263 MgSTS578 MgSTS583 MgSTS631 MgSTS562 MgSTS632 MgSTS494 MgSTS483
##
## Group 3 : 26 markers
## BA449 BA387 BA196 BB124 BD340 BD100 BC374 BC526C CC61 CC53 MgSTS20 MgSTS19 MgSTS26 MgSTS91 MgSTS93 CYCA aat356 MgSTS87 MgSTS360 MgSTS358 MgSTS344 MgSTS471 MgSTS380 MgSTS561 MgSTS598 MgSTS620
##
## Unlinked markers: 1 markers
## MgSTS38
##Group 1 from LG1 (this will be the linkage group 1)
set_map_fun(type="kosambi")
LG1_1 <- make_seq(sub_LG1, 1)
LG1_1
##
## Number of markers: 20
## Markers in the sequence:
## AA461 AA341 AA173C BA416 BA374 BA214 BA153 BA129 CA174 BD270 CA389C AAT225
## AAT267 BC194C CC447 CC138 AAT333 MgSTS98 MgSTS212 MgSTS336
##
## Parameters not estimated.
LG1_1_rcd <- rcd(LG1_1)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 167 8 33 1 226 258 28 97 163 49 41 47 328 16 220 243 132 169 283 290
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG1_1_ord <- order_seq(input.seq=LG1_1_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 167 8 33 1 226 258 28 97 163 49 41 47 328 16 220 243 132 169 283 290
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 163 --> CA389C : ......
## 16 --> AA173C : ......
## 169 --> AAT267 : .......
## 283 --> MgSTS98 : ........
## 328 --> MgSTS336 : ........
## 97 --> CA174 : .........
## 1 --> AA461 : .........
## 28 --> BA416 : .........
## 226 --> CC447 : .........
## 8 --> AA341 : ..........
## 33 --> BA374 : ..........
## 41 --> BA214 : ..........
## 47 --> BA153 : ..........
## 132 --> BD270 : ..........
## 243 --> CC138 : ..........
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 167 226 258 49 169 16 328 220 290
##
## Markers not placed on the map: 8 33 1 28 97 163 41 47 243 132 283
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 8 --> AA341 : ..........
## 33 --> BA374 : ..........
## 1 --> AA461 : ..........
## 28 --> BA416 : ..........
## 97 --> CA174 : ..........
## 163 --> CA389C : ..........
## 41 --> BA214 : ..........
## 47 --> BA153 : ..........
## 243 --> CC138 : ..........
## 132 --> BD270 : ..........
## 283 --> MgSTS98 : ..........
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 163 --> CA389C : ..........
## 283 --> MgSTS98 : ...........
## 28 --> BA416 : ............
## 1 --> AA461 : .............
## 47 --> BA153 : ..............
## 33 --> BA374 : ...............
## 243 --> CC138 : ................
## 132 --> BD270 : .................
## 41 --> BA214 : ..................
## 8 --> AA341 : ...................
## 97 --> CA174 : ....................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_1_1 <- make_seq(LG1_1_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_1_1, ws=5, LOD=6)
## 167-33-8-1-226-|-28-...
## Alternative orders:
## 8 33 167 1 226 ... : 0.00
## 167 33 8 226 1 ... : -0.37
## 8 33 167 226 1 ... : -0.72
## 167 33 8 1 226 ... : -3.67
## 167 8 33 226 1 ... : -5.56
##
## ...-167-|-33-8-1-226-28-|-258-...
## Alternative orders:
## 33 8 226 1 28 ... : 0.00
## 33 8 1 226 28 ... : -3.30
## 8 33 226 1 28 ... : -5.19
## 8 33 1 226 28 ... : -5.86
##
## ...-33-|-8-1-226-28-258-|-97-...
## Alternative orders:
## ... 8 226 1 28 258 ... : 0.00
## ... 8 1 226 28 258 ... : -3.30
##
## ...-8-|-1-226-28-258-97-|-163-...
## Alternative orders:
## ... 226 1 28 258 97 ... : 0.00
## ... 226 1 28 97 258 ... : -0.88
## ... 1 226 28 258 97 ... : -3.30
## ... 1 226 28 97 258 ... : -4.44
## ... 226 1 258 97 28 ... : -5.85
##
## ...-1-|-226-28-258-97-163-|-49-...
## Alternative orders:
## ... 226 28 258 97 163 ... : 0.00
## ... 226 28 97 258 163 ... : -1.14
## ... 226 258 97 28 163 ... : -3.24
## ... 226 258 28 97 163 ... : -3.96
##
## ...-226-|-28-258-97-163-49-|-169-...
## Alternative orders:
## ... 28 258 97 163 49 ... : 0.00
## ... 28 97 258 163 49 ... : -1.14
## ... 258 97 28 163 49 ... : -3.24
## ... 258 28 97 163 49 ... : -3.96
##
## ...-28-|-258-97-163-49-169-|-41-...
## Alternative orders:
## ... 258 97 163 49 169 ... : 0.00
## ... 97 258 163 49 169 ... : -1.14
##
## ...-258-|-97-163-49-169-41-|-132-... OK
##
## ...-97-|-163-49-169-41-132-|-16-... OK
##
## ...-163-|-49-169-41-132-16-|-328-... OK
##
## ...-49-|-169-41-132-16-328-|-47-... OK
##
## ...-169-|-41-132-16-328-47-|-243-...
## Alternative orders:
## ... 41 132 16 328 47 ... : 0.00
## ... 41 132 16 47 328 ... : -0.71
## ... 41 132 47 16 328 ... : -4.62
##
## ...-41-|-132-16-328-47-243-|-220-...
## Alternative orders:
## ... 132 16 328 47 243 ... : 0.00
## ... 132 16 47 328 243 ... : -0.71
## ... 132 47 16 328 243 ... : -4.62
##
## ...-132-|-16-328-47-243-220-|-283-...
## Alternative orders:
## ... 16 328 47 243 220 ... : 0.00
## ... 16 47 328 243 220 ... : -0.71
## ... 47 16 328 243 220 ... : -4.62
## ... 16 328 47 220 243 ... : -5.64
##
## ...-16-|-328-47-243-220-283-|-290-...
## Alternative orders:
## ... 328 47 243 220 283 : 0.00
## ... 47 328 243 220 283 : -0.71
## ... 328 47 220 243 283 : -5.64
##
## 328-|-47-243-220-283-290
## Alternative orders:
## 47 243 220 283 290 ... : 0.00
## 47 243 220 290 283 ... : -5.08
## 47 220 243 283 290 ... : -5.64
rf_graph_table(linkgroup_1_1, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##Group 2 from LG1 (this will be the linkage group 11)
set_map_fun(type="kosambi")
LG1_2 <- make_seq(sub_LG1, 2)
LG1_2
##
## Number of markers: 35
## Markers in the sequence:
## AA137 BB216 CA267 CA150 CA75 BD371 BD251 AAT265 BC542 BC80 CC320 CC93 AP3
## MgSTS17 MgSTS16 MgSTS18 MgSTS24 MgSTS29 MgSTS133 MgSTS527 MgSTS520
## MgSTS341 MgSTS350 MgSTS348 MgSTS491 MgSTS500 MgSTS398 MgSTS263 MgSTS578
## MgSTS583 MgSTS631 MgSTS562 MgSTS632 MgSTS494 MgSTS483
##
## Parameters not estimated.
LG1_2_rcd <- rcd(LG1_2)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 216 100 259 396 266 236 370 308 377 21 260 127 249 275 361 279 334 262 385 362 350 105 134 60 346 335 394 85 353 261 379 307 325 177 190
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG1_2_ord <- order_seq(input.seq=LG1_2_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 216 100 259 396 266 236 370 308 377 21 260 127 249 275 361 279 334 262 385 362 350 105 134 60 346 335 394 85 353 261 379 307 325 177 190
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 394 --> MgSTS494 : ......
## 396 --> MgSTS483 : .......
## 385 --> MgSTS632 : .......
## 370 --> MgSTS583 : .......
## 377 --> MgSTS631 : .......
## 279 --> MgSTS133 : .......
## 177 --> AAT265 : ........
## 260 --> MgSTS17 : .........
## 379 --> MgSTS562 : .........
## 307 --> MgSTS527 : ..........
## 266 --> MgSTS24 : ...........
## 308 --> MgSTS520 : ...........
## 334 --> MgSTS350 : ...........
## 362 --> MgSTS578 : ...........
## 350 --> MgSTS500 : ............
## 346 --> MgSTS491 : .............
## 261 --> MgSTS16 : .............
## 275 --> MgSTS29 : ..............
## 259 --> AP3 : ...............
## 353 --> MgSTS398 : ...............
## 361 --> MgSTS263 : ...............
## 325 --> MgSTS341 : ...............
## 100 --> CA150 : ...............
## 127 --> BD371 : ...............
## 134 --> BD251 : ...............
## 236 --> CC320 : ................
## 60 --> BB216 : ................
## 105 --> CA75 : ................
## 85 --> CA267 : ................
## 249 --> CC93 : ................
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 216 21 275 279 262 362 350 134 335 394 261 379 307 177 190
##
## Markers not placed on the map: 100 259 396 266 236 370 308 377 260 127 249 361 334 385 105 60 346 85 353 325
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 100 --> CA150 : ................
## 259 --> AP3 : ................
## 396 --> MgSTS483 : ................
## 266 --> MgSTS24 : ................
## 236 --> CC320 : ................
## 370 --> MgSTS583 : ................
## 308 --> MgSTS520 : ................
## 377 --> MgSTS631 : ................
## 260 --> MgSTS17 : ................
## 127 --> BD371 : ................
## 249 --> CC93 : ................
## 361 --> MgSTS263 : ................
## 334 --> MgSTS350 : ................
## 385 --> MgSTS632 : ................
## 105 --> CA75 : ................
## 60 --> BB216 : ................
## 346 --> MgSTS491 : ................
## 85 --> CA267 : ................
## 353 --> MgSTS398 : ................
## 325 --> MgSTS341 : ................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 385 --> MgSTS632 : ................
## 334 --> MgSTS350 : .................
## 105 --> CA75 : ..................
## 325 --> MgSTS341 : ...................
## 308 --> MgSTS520 : ....................
## 249 --> CC93 : .....................
## 260 --> MgSTS17 : ......................
## 353 --> MgSTS398 : .......................
## 370 --> MgSTS583 : ........................
## 396 --> MgSTS483 : .........................
## 346 --> MgSTS491 : ..........................
## 361 --> MgSTS263 : ...........................
## 266 --> MgSTS24 : ............................
## 85 --> CA267 : .............................
## 377 --> MgSTS631 : ..............................
## 100 --> CA150 : ...............................
## 236 --> CC320 : ................................
## 259 --> AP3 : .................................
## 127 --> BD371 : ..................................
## 60 --> BB216 : ...................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_1_2 <- make_seq(LG1_2_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_1_2, ws=5, LOD=6)
## 259-100-216-266-396-|-370-...
## Alternative orders:
## 259 100 216 266 396 ... : 0.00
## 100 259 216 266 396 ... : -1.67
## 259 100 216 396 266 ... : -2.84
## 216 100 259 266 396 ... : -2.91
## 216 100 259 396 266 ... : -3.22
## 100 259 216 396 266 ... : -4.38
## 216 259 100 266 396 ... : -4.58
## 216 259 100 396 266 ... : -5.79
##
## ...-259-|-100-216-266-396-370-|-236-...
## Alternative orders:
## 100 216 266 396 370 ... : 0.00
## 100 216 396 266 370 ... : -2.84
##
## ...-100-|-216-266-396-370-236-|-308-...
## Alternative orders:
## ... 216 266 396 370 236 ... : 0.00
## ... 266 396 370 236 216 ... : -0.42
## ... 396 266 370 236 216 ... : -1.47
## ... 216 396 266 370 236 ... : -2.84
## ... 396 266 216 236 370 ... : -3.11
## ... 216 236 370 266 396 ... : -3.23
## ... 216 236 266 396 370 ... : -3.92
## ... 216 266 396 236 370 ... : -4.83
## ... 216 236 396 266 370 ... : -4.87
## ... 236 216 266 396 370 ... : -5.31
## ... 266 396 216 236 370 ... : -5.86
##
## ...-216-|-266-396-370-236-308-|-377-...
## Alternative orders:
## ... 266 396 370 236 308 ... : 0.00
## ... 396 266 370 236 308 ... : -2.84
## ... 236 370 266 396 308 ... : -3.23
## ... 236 266 396 370 308 ... : -3.92
## ... 266 396 236 370 308 ... : -4.83
## ... 236 396 266 370 308 ... : -4.87
##
## ...-266-|-396-370-236-308-377-|-260-...
## Alternative orders:
## ... 396 370 236 308 377 ... : 0.00
## ... 396 236 370 308 377 ... : -4.83
##
## ...-396-|-370-236-308-377-260-|-21-...
## Alternative orders:
## ... 370 236 308 377 260 ... : 0.00
## ... 236 370 308 377 260 ... : -4.83
##
## ...-370-|-236-308-377-260-21-|-249-... OK
##
## ...-236-|-308-377-260-21-249-|-127-... OK
##
## ...-308-|-377-260-21-249-127-|-275-...
## Alternative orders:
## ... 377 260 21 249 127 ... : 0.00
## ... 377 260 21 127 249 ... : -0.15
##
## ...-377-|-260-21-249-127-275-|-361-...
## Alternative orders:
## ... 260 21 249 127 275 ... : 0.00
## ... 260 21 127 249 275 ... : -0.15
##
## ...-260-|-21-249-127-275-361-|-279-...
## Alternative orders:
## ... 21 249 127 275 361 ... : 0.00
## ... 21 127 249 275 361 ... : -0.15
## ... 21 249 127 361 275 ... : -1.08
## ... 21 127 249 361 275 ... : -1.34
## ... 21 275 361 127 249 ... : -1.46
## ... 21 275 361 249 127 ... : -1.47
## ... 21 361 275 249 127 ... : -1.90
## ... 21 361 275 127 249 ... : -1.98
## ... 21 249 275 361 127 ... : -5.70
##
## ...-21-|-249-127-275-361-279-|-334-...
## Alternative orders:
## ... 249 127 275 361 279 ... : 0.00
## ... 127 249 275 361 279 ... : -0.15
## ... 249 127 361 275 279 ... : -1.08
## ... 127 249 361 275 279 ... : -1.34
## ... 275 361 127 249 279 ... : -1.46
## ... 275 361 249 127 279 ... : -1.47
## ... 361 275 249 127 279 ... : -1.90
## ... 361 275 127 249 279 ... : -1.98
## ... 249 275 361 127 279 ... : -5.70
##
## ...-249-|-127-275-361-279-334-|-262-...
## Alternative orders:
## ... 127 275 361 279 334 ... : 0.00
## ... 127 361 275 279 334 ... : -1.08
## ... 275 361 127 279 334 ... : -5.70
##
## ...-127-|-275-361-279-334-262-|-385-...
## Alternative orders:
## ... 275 361 279 334 262 ... : 0.00
## ... 361 275 279 334 262 ... : -1.08
##
## ...-275-|-361-279-334-262-385-|-362-... OK
##
## ...-361-|-279-334-262-385-362-|-350-... OK
##
## ...-279-|-334-262-385-362-350-|-105-... OK
##
## ...-334-|-262-385-362-350-105-|-134-... OK
##
## ...-262-|-385-362-350-105-134-|-60-... OK
##
## ...-385-|-362-350-105-134-60-|-346-...
## Alternative orders:
## ... 362 350 105 134 60 ... : 0.00
## ... 362 350 105 60 134 ... : -0.11
##
## ...-362-|-350-105-134-60-346-|-335-...
## Alternative orders:
## ... 350 105 134 60 346 ... : 0.00
## ... 350 105 60 134 346 ... : -0.11
##
## ...-350-|-105-134-60-346-335-|-394-...
## Alternative orders:
## ... 105 134 60 346 335 ... : 0.00
## ... 105 60 134 346 335 ... : -0.11
## ... 105 134 60 335 346 ... : -2.28
## ... 105 60 134 335 346 ... : -2.37
##
## ...-105-|-134-60-346-335-394-|-85-...
## Alternative orders:
## ... 134 60 346 335 394 ... : 0.00
## ... 60 134 346 335 394 ... : -0.11
## ... 134 60 335 346 394 ... : -2.28
## ... 60 134 335 346 394 ... : -2.37
##
## ...-134-|-60-346-335-394-85-|-261-...
## Alternative orders:
## ... 60 346 335 85 394 ... : 0.00
## ... 60 346 335 394 85 ... : -0.63
## ... 60 335 346 394 85 ... : -2.90
## ... 60 335 346 85 394 ... : -3.52
##
## ...-60-|-346-335-394-85-261-|-353-...
## Alternative orders:
## ... 346 335 85 394 261 ... : 0.00
## ... 346 335 394 85 261 ... : -0.63
## ... 335 346 394 85 261 ... : -2.90
## ... 335 346 85 394 261 ... : -3.52
##
## ...-346-|-335-394-85-261-353-|-379-...
## Alternative orders:
## ... 335 85 394 261 353 ... : 0.00
## ... 335 394 85 261 353 ... : -0.63
## ... 335 85 394 353 261 ... : -2.16
## ... 335 394 85 353 261 ... : -4.25
##
## ...-335-|-394-85-261-353-379-|-307-...
## Alternative orders:
## ... 85 394 261 353 379 ... : 0.00
## ... 394 85 261 353 379 ... : -0.63
## ... 85 394 353 261 379 ... : -2.16
## ... 394 85 353 261 379 ... : -4.25
##
## ...-394-|-85-261-353-379-307-|-325-...
## Alternative orders:
## ... 85 261 353 379 307 ... : 0.00
## ... 85 353 261 379 307 ... : -3.62
##
## ...-85-|-261-353-379-307-325-|-177-...
## Alternative orders:
## ... 261 353 379 307 325 ... : 0.00
## ... 353 261 379 307 325 ... : -3.62
##
## ...-261-|-353-379-307-325-177-|-190-...
## Alternative orders:
## ... 353 379 307 325 177 : 0.00
## ... 353 379 307 177 325 : -5.05
##
## 353-|-379-307-325-177-190
## Alternative orders:
## 379 307 325 177 190 ... : 0.00
## 379 307 177 325 190 ... : -5.05
rf_graph_table(linkgroup_1_2, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##Group 1 from LG1 (this will be the linkage group 12)
set_map_fun(type="kosambi")
LG1_3 <- make_seq(sub_LG1, 3)
LG1_3
##
## Number of markers: 26
## Markers in the sequence:
## BA449 BA387 BA196 BB124 BD340 BD100 BC374 BC526C CC61 CC53 MgSTS20 MgSTS19
## MgSTS26 MgSTS91 MgSTS93 CYCA aat356 MgSTS87 MgSTS360 MgSTS358 MgSTS344
## MgSTS471 MgSTS380 MgSTS561 MgSTS598 MgSTS620
##
## Parameters not estimated.
LG1_3_rcd <- rcd(LG1_3)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 263 277 338 404 270 278 250 219 26 31 265 406 355 320 251 128 69 43 147 380 339 287 286 288 337 199
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG1_3_ord <- order_seq(input.seq=LG1_3_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 263 277 338 404 270 278 250 219 26 31 265 406 355 320 251 128 69 43 147 380 339 287 286 288 337 199
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 277 --> MgSTS91 : ......
## 270 --> MgSTS26 : ......
## 278 --> MgSTS93 : ......
## 406 --> MgSTS620 : ......
## 288 --> MgSTS87 : .......
## 265 --> MgSTS19 : .......
## 337 --> MgSTS358 : ........
## 219 --> BC526C : .........
## 338 --> MgSTS344 : ..........
## 404 --> MgSTS598 : ...........
## 355 --> MgSTS380 : ...........
## 287 --> aat356 : ............
## 286 --> CYCA : ............
## 339 --> MgSTS471 : ............
## 69 --> BB124 : ............
## 26 --> BA449 : .............
## 31 --> BA387 : .............
## 43 --> BA196 : ..............
## 128 --> BD340 : ..............
## 147 --> BD100 : ...............
## 251 --> CC53 : ...............
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 338 250 219 263 31 265 406 320 355 128 380 69 337 199
##
## Markers not placed on the map: 277 404 270 278 26 251 43 147 339 287 286 288
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 277 --> MgSTS91 : ...............
## 404 --> MgSTS598 : ...............
## 270 --> MgSTS26 : ...............
## 278 --> MgSTS93 : ...............
## 26 --> BA449 : ...............
## 251 --> CC53 : ...............
## 43 --> BA196 : ...............
## 147 --> BD100 : ...............
## 339 --> MgSTS471 : ...............
## 287 --> aat356 : ...............
## 286 --> CYCA : ...............
## 288 --> MgSTS87 : ...............
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 270 --> MgSTS26 : ...............
## 278 --> MgSTS93 : ................
## 277 --> MgSTS91 : .................
## 147 --> BD100 : ..................
## 288 --> MgSTS87 : ...................
## 339 --> MgSTS471 : ....................
## 287 --> aat356 : .....................
## 251 --> CC53 : ......................
## 404 --> MgSTS598 : .......................
## 26 --> BA449 : ........................
## 286 --> CYCA : .........................
## 43 --> BA196 : ..........................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_1_3 <- make_seq(LG1_3_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_1_3, ws=5, LOD=6)
## 404-338-278-270-250-|-219-...
## Alternative orders:
## 338 404 270 278 250 ... : 0.00
## 404 338 278 270 250 ... : -1.37
## 338 404 278 270 250 ... : -2.04
## 404 338 270 278 250 ... : -2.15
##
## ...-404-|-338-278-270-250-219-|-26-...
## Alternative orders:
## 338 278 270 250 219 ... : 0.00
## 338 270 278 250 219 ... : -0.78
##
## ...-338-|-278-270-250-219-26-|-277-...
## Alternative orders:
## ... 278 270 250 219 26 ... : 0.00
## ... 270 278 250 219 26 ... : -0.78
## ... 278 270 250 26 219 ... : -2.35
## ... 270 278 250 26 219 ... : -3.03
##
## ...-278-|-270-250-219-26-277-|-263-...
## Alternative orders:
## ... 270 250 219 26 277 ... : 0.00
## ... 270 250 26 219 277 ... : -2.35
##
## ...-270-|-250-219-26-277-263-|-31-...
## Alternative orders:
## ... 250 219 26 277 263 ... : 0.00
## ... 250 26 219 277 263 ... : -2.35
## ... 263 277 26 219 250 ... : -2.51
## ... 277 263 26 219 250 ... : -3.30
## ... 263 277 219 26 250 ... : -4.26
## ... 277 263 219 26 250 ... : -5.15
##
## ...-250-|-219-26-277-263-31-|-265-...
## Alternative orders:
## ... 219 26 277 263 31 ... : 0.00
## ... 26 219 277 263 31 ... : -2.35
##
## ...-219-|-26-277-263-31-265-|-406-... OK
##
## ...-26-|-277-263-31-265-406-|-320-... OK
##
## ...-277-|-263-31-265-406-320-|-355-... OK
##
## ...-263-|-31-265-406-320-355-|-251-...
## Alternative orders:
## ... 31 265 406 320 355 ... : 0.00
## ... 31 265 406 355 320 ... : -3.50
##
## ...-31-|-265-406-320-355-251-|-128-...
## Alternative orders:
## ... 265 406 320 355 251 ... : 0.00
## ... 265 406 355 320 251 ... : -3.50
##
## ...-265-|-406-320-355-251-128-|-147-...
## Alternative orders:
## ... 406 320 355 251 128 ... : 0.00
## ... 406 355 320 251 128 ... : -3.50
##
## ...-406-|-320-355-251-128-147-|-339-...
## Alternative orders:
## ... 320 355 251 128 147 ... : 0.00
## ... 355 320 251 128 147 ... : -3.50
##
## ...-320-|-355-251-128-147-339-|-286-... OK
##
## ...-355-|-251-128-147-339-286-|-287-... OK
##
## ...-251-|-128-147-339-286-287-|-288-...
## Alternative orders:
## ... 128 147 339 286 287 ... : 0.00
## ... 128 147 339 287 286 ... : 0.00
## ... 128 147 286 287 339 ... : -2.05
## ... 128 147 287 286 339 ... : -2.06
## ... 128 147 287 339 286 ... : -5.19
##
## ...-128-|-147-339-286-287-288-|-380-...
## Alternative orders:
## ... 147 339 286 287 288 ... : 0.00
## ... 147 339 287 286 288 ... : 0.00
## ... 147 286 287 339 288 ... : -2.05
## ... 147 287 286 339 288 ... : -2.06
## ... 147 288 287 286 339 ... : -2.06
## ... 147 288 286 287 339 ... : -2.08
## ... 147 286 287 288 339 ... : -3.35
## ... 147 287 286 288 339 ... : -3.35
## ... 147 339 288 287 286 ... : -4.93
## ... 147 339 288 286 287 ... : -4.94
## ... 147 287 339 286 288 ... : -5.19
## ... 147 288 339 287 286 ... : -5.20
## ... 147 288 339 286 287 ... : -5.21
##
## ...-147-|-339-286-287-288-380-|-43-...
## Alternative orders:
## ... 339 286 287 288 380 ... : 0.00
## ... 339 287 286 288 380 ... : 0.00
## ... 286 287 339 288 380 ... : -2.05
## ... 287 286 339 288 380 ... : -2.06
## ... 288 287 286 339 380 ... : -2.06
## ... 288 286 287 339 380 ... : -2.08
## ... 286 287 288 339 380 ... : -3.35
## ... 287 286 288 339 380 ... : -3.35
## ... 380 339 286 287 288 ... : -3.82
## ... 380 339 287 286 288 ... : -3.83
## ... 286 287 339 380 288 ... : -4.09
## ... 287 286 339 380 288 ... : -4.10
## ... 339 288 287 286 380 ... : -4.93
## ... 286 287 380 339 288 ... : -4.93
## ... 287 286 380 339 288 ... : -4.93
## ... 339 288 286 287 380 ... : -4.94
## ... 287 339 286 288 380 ... : -5.19
## ... 288 339 287 286 380 ... : -5.20
## ... 288 339 286 287 380 ... : -5.21
## ... 339 380 286 287 288 ... : -5.22
## ... 339 380 287 286 288 ... : -5.25
## ... 339 286 287 380 288 ... : -5.42
## ... 339 287 286 380 288 ... : -5.42
## ... 380 339 288 286 287 ... : -5.79
## ... 380 339 288 287 286 ... : -5.79
## ... 380 288 286 287 339 ... : -5.81
## ... 380 288 287 286 339 ... : -5.81
##
## ...-339-|-286-287-288-380-43-|-69-...
## Alternative orders:
## ... 286 287 288 380 43 ... : 0.00
## ... 287 286 288 380 43 ... : 0.00
## ... 288 287 286 380 43 ... : -4.93
## ... 288 286 287 380 43 ... : -4.94
## ... 380 286 287 288 43 ... : -5.22
## ... 380 287 286 288 43 ... : -5.25
## ... 286 287 380 288 43 ... : -5.42
## ... 287 286 380 288 43 ... : -5.42
##
## ...-286-|-287-288-380-43-69-|-337-...
## Alternative orders:
## ... 287 288 380 43 69 ... : 0.00
## ... 287 288 380 69 43 ... : -0.04
## ... 287 380 288 43 69 ... : -5.42
## ... 287 380 288 69 43 ... : -5.47
##
## ...-287-|-288-380-43-69-337-|-199-...
## Alternative orders:
## ... 288 380 43 69 337 : 0.00
## ... 288 380 69 43 337 : -0.04
## ... 380 288 43 69 337 : -5.42
## ... 380 288 69 43 337 : -5.47
##
## 288-|-380-43-69-337-199
## Alternative orders:
## 380 43 69 337 199 ... : 0.00
## 380 69 43 337 199 ... : -0.04
rf_graph_table(linkgroup_1_3, axis.cex=.7, inter=FALSE)
## Removing markers: 337 and 199
RM1_3 <- drop_marker(LG1_3, c(337,199))
RM1_3<-group(RM1_3)
## Selecting markers:
## group 1
## ........................
RM1_3
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "RM1_3"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.37
##
## No. markers: 24
## No. groups: 1
## No. linked markers: 24
## No. unlinked markers: 0
##
## Printing groups:
## Group 1 : 24 markers
## BA449 BA387 BA196 BB124 BD340 BD100 BC526C CC61 CC53 MgSTS20 MgSTS19 MgSTS26 MgSTS91 MgSTS93 CYCA aat356 MgSTS87 MgSTS360 MgSTS344 MgSTS471 MgSTS380 MgSTS561 MgSTS598 MgSTS620
set_map_fun(type="kosambi")
LG1_3RM <- make_seq(RM1_3, 1)
LG1_3RM
##
## Number of markers: 24
## Markers in the sequence:
## BA449 BA387 BA196 BB124 BD340 BD100 BC526C CC61 CC53 MgSTS20 MgSTS19
## MgSTS26 MgSTS91 MgSTS93 CYCA aat356 MgSTS87 MgSTS360 MgSTS344 MgSTS471
## MgSTS380 MgSTS561 MgSTS598 MgSTS620
##
## Parameters not estimated.
LG1_3RM_rcd <- rcd(LG1_3RM)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 263 277 338 404 270 278 250 219 26 31 265 406 355 320 251 128 69 43 147 380 339 287 286 288
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG1_3RM_ord <- order_seq(input.seq=LG1_3RM_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 263 277 338 404 270 278 250 219 26 31 265 406 355 320 251 128 69 43 147 380 339 287 286 288
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 277 --> MgSTS91 : ......
## 270 --> MgSTS26 : ......
## 380 --> MgSTS561 : ......
## 278 --> MgSTS93 : ......
## 265 --> MgSTS19 : .......
## 219 --> BC526C : ........
## 338 --> MgSTS344 : ........
## 404 --> MgSTS598 : .........
## 320 --> MgSTS360 : .........
## 355 --> MgSTS380 : ..........
## 287 --> aat356 : ...........
## 286 --> CYCA : ...........
## 339 --> MgSTS471 : ...........
## 69 --> BB124 : ...........
## 26 --> BA449 : ...........
## 31 --> BA387 : ...........
## 128 --> BD340 : ............
## 147 --> BD100 : .............
## 251 --> CC53 : .............
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 250 338 278 263 31 265 406 320 355 128 288 43
##
## Markers not placed on the map: 277 404 270 219 26 251 69 147 380 339 287 286
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 277 --> MgSTS91 : .............
## 404 --> MgSTS598 : .............
## 270 --> MgSTS26 : .............
## 219 --> BC526C : .............
## 26 --> BA449 : .............
## 251 --> CC53 : .............
## 69 --> BB124 : .............
## 147 --> BD100 : .............
## 380 --> MgSTS561 : .............
## 339 --> MgSTS471 : .............
## 287 --> aat356 : .............
## 286 --> CYCA : .............
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 277 --> MgSTS91 : .............
## 404 --> MgSTS598 : ..............
## 380 --> MgSTS561 : ...............
## 251 --> CC53 : ................
## 270 --> MgSTS26 : .................
## 287 --> aat356 : ..................
## 339 --> MgSTS471 : ...................
## 286 --> CYCA : ....................
## 26 --> BA449 : .....................
## 219 --> BC526C : ......................
## 147 --> BD100 : .......................
## 69 --> BB124 : ........................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_1_3RM <- make_seq(LG1_3RM_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_1_3RM, ws=5, LOD=6)
## 250-404-338-278-270-|-277-...
## Alternative orders:
## 250 404 338 278 270 ... : 0.00
## 250 404 338 270 278 ... : -4.06
## 338 404 270 278 250 ... : -4.38
## 404 338 278 270 250 ... : -4.40
## 250 338 404 278 270 ... : -4.94
## 338 404 278 270 250 ... : -5.07
##
## ...-250-|-404-338-278-270-277-|-263-...
## Alternative orders:
## 404 338 278 270 277 ... : 0.00
## 404 338 270 278 277 ... : -4.06
## 338 404 278 270 277 ... : -4.94
##
## ...-404-|-338-278-270-277-263-|-219-...
## Alternative orders:
## ... 338 278 270 263 277 ... : 0.00
## ... 338 278 270 277 263 ... : -0.82
## ... 338 270 278 263 277 ... : -4.20
## ... 338 270 278 277 263 ... : -4.88
##
## ...-338-|-278-270-277-263-219-|-26-...
## Alternative orders:
## ... 278 270 263 277 219 ... : 0.00
## ... 278 270 277 263 219 ... : -0.82
## ... 270 278 263 277 219 ... : -4.20
## ... 270 278 277 263 219 ... : -4.88
##
## ...-278-|-270-277-263-219-26-|-31-...
## Alternative orders:
## ... 270 263 277 219 26 ... : 0.00
## ... 270 263 277 26 219 ... : -0.69
## ... 270 277 263 219 26 ... : -0.82
## ... 270 277 263 26 219 ... : -1.41
##
## ...-270-|-277-263-219-26-31-|-265-...
## Alternative orders:
## ... 263 277 219 26 31 ... : 0.00
## ... 263 277 26 219 31 ... : -0.69
## ... 277 263 219 26 31 ... : -0.82
## ... 277 263 26 219 31 ... : -1.41
##
## ...-277-|-263-219-26-31-265-|-406-...
## Alternative orders:
## ... 263 219 26 31 265 ... : 0.00
## ... 263 26 219 31 265 ... : -0.59
##
## ...-263-|-219-26-31-265-406-|-320-...
## Alternative orders:
## ... 219 26 31 265 406 ... : 0.00
## ... 26 219 31 265 406 ... : -0.59
##
## ...-219-|-26-31-265-406-320-|-355-... OK
##
## ...-26-|-31-265-406-320-355-|-251-...
## Alternative orders:
## ... 31 265 406 320 355 ... : 0.00
## ... 31 265 406 355 320 ... : -3.40
##
## ...-31-|-265-406-320-355-251-|-128-...
## Alternative orders:
## ... 265 406 320 355 251 ... : 0.00
## ... 265 406 355 320 251 ... : -3.40
##
## ...-265-|-406-320-355-251-128-|-147-...
## Alternative orders:
## ... 406 320 355 251 128 ... : 0.00
## ... 406 355 320 251 128 ... : -3.40
##
## ...-406-|-320-355-251-128-147-|-288-...
## Alternative orders:
## ... 320 355 251 128 147 ... : 0.00
## ... 355 320 251 128 147 ... : -3.40
##
## ...-320-|-355-251-128-147-288-|-287-... OK
##
## ...-355-|-251-128-147-288-287-|-286-... OK
##
## ...-251-|-128-147-288-287-286-|-339-...
## Alternative orders:
## ... 128 147 288 287 286 ... : 0.00
## ... 128 147 288 286 287 ... : -0.01
## ... 128 147 286 287 288 ... : -1.27
## ... 128 147 287 286 288 ... : -1.28
##
## ...-128-|-147-288-287-286-339-|-380-...
## Alternative orders:
## ... 147 339 287 286 288 ... : 0.00
## ... 147 339 286 287 288 ... : 0.00
## ... 147 288 287 286 339 ... : -2.05
## ... 147 286 287 339 288 ... : -2.05
## ... 147 287 286 339 288 ... : -2.06
## ... 147 288 286 287 339 ... : -2.07
## ... 147 286 287 288 339 ... : -3.32
## ... 147 287 286 288 339 ... : -3.33
## ... 147 339 288 287 286 ... : -4.95
## ... 147 339 288 286 287 ... : -4.96
## ... 147 287 339 286 288 ... : -5.19
## ... 147 288 339 287 286 ... : -5.21
## ... 147 288 339 286 287 ... : -5.22
##
## ...-147-|-288-287-286-339-380-|-43-...
## Alternative orders:
## ... 339 287 286 288 380 ... : 0.00
## ... 339 286 287 288 380 ... : 0.00
## ... 288 287 286 339 380 ... : -2.05
## ... 286 287 339 288 380 ... : -2.05
## ... 287 286 339 288 380 ... : -2.06
## ... 288 286 287 339 380 ... : -2.07
## ... 286 287 288 339 380 ... : -3.32
## ... 287 286 288 339 380 ... : -3.33
## ... 380 339 286 287 288 ... : -3.49
## ... 380 339 287 286 288 ... : -3.50
## ... 287 286 339 380 288 ... : -3.71
## ... 286 287 339 380 288 ... : -3.71
## ... 287 286 380 339 288 ... : -4.54
## ... 286 287 380 339 288 ... : -4.54
## ... 339 380 286 287 288 ... : -4.90
## ... 380 288 287 286 339 ... : -4.91
## ... 380 288 286 287 339 ... : -4.91
## ... 339 380 287 286 288 ... : -4.92
## ... 339 288 287 286 380 ... : -4.95
## ... 339 288 286 287 380 ... : -4.96
## ... 339 287 286 380 288 ... : -5.04
## ... 339 286 287 380 288 ... : -5.04
## ... 287 339 286 288 380 ... : -5.19
## ... 288 339 287 286 380 ... : -5.21
## ... 288 339 286 287 380 ... : -5.22
## ... 380 339 288 287 286 ... : -5.39
## ... 380 339 288 286 287 ... : -5.39
## ... 339 380 288 287 286 ... : -5.90
## ... 339 380 288 286 287 ... : -5.90
##
## ...-288-|-287-286-339-380-43-|-69-...
## Alternative orders:
## ... 287 286 339 380 43 : 0.00
## ... 286 287 339 380 43 : -0.01
## ... 339 287 286 380 43 : -3.16
## ... 339 286 287 380 43 : -3.17
## ... 287 286 380 339 43 : -4.62
## ... 286 287 380 339 43 : -4.64
## ... 380 339 286 287 43 : -4.88
## ... 380 339 287 286 43 : -4.89
## ... 380 286 287 339 43 : -5.16
## ... 380 287 286 339 43 : -5.17
## ... 339 380 286 287 43 : -5.52
## ... 339 380 287 286 43 : -5.53
##
## 287-|-286-339-380-43-69
## Alternative orders:
## 286 339 380 43 69 ... : 0.00
## 286 339 380 69 43 ... : -0.01
## 286 380 339 43 69 ... : -4.62
## 286 380 339 69 43 ... : -4.62
rf_graph_table(linkgroup_1_3RM, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##############LINKAGE GROUP 2#####################
#Defining the linkage group to be mapped (LG2)
LG2 <- make_seq(linked, 2)
LG2
##
## Number of markers: 22
## Markers in the sequence:
## AA420 BA301 BA172 BA125 CA279 CA228 CB280 BD175 BD99 BC167 BC126 CC132
## CC130 CC385C MgSTS316 MgSTS49 MgSTS106 MgSTS56 MgSTS457 MgSTS513 MgSTS589
## MgSTS565
##
## Parameters not estimated.
##Sorting the markers of LG2
LG2_rcd <- rcd(LG2)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 50 252 2 245 90 296 38 209 345 302 315 109 45 140 317 369 348 388 244 212 148 84
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
#TRY Command and RIPPLE Correction
LG2_ord <- order_seq(input.seq=LG2_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 50 252 2 245 90 296 38 209 345 302 315 109 45 140 317 369 348 388 244 212 148 84
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 388 --> MgSTS565 : ......
## 315 --> MgSTS106 : ......
## 317 --> MgSTS56 : ......
## 369 --> MgSTS589 : .......
## 252 --> CC385C : .......
## 302 --> MgSTS49 : .......
## 345 --> MgSTS457 : .......
## 90 --> CA228 : ........
## 38 --> BA301 : ........
## 45 --> BA172 : .........
## 209 --> BC167 : .........
## 212 --> BC126 : .........
## 2 --> AA420 : ..........
## 140 --> BD175 : ..........
## 148 --> BD99 : ..........
## 245 --> CC130 : ..........
## 244 --> CC132 : ..........
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 50 296 38 109 345 317 348 212 84
##
## Markers not placed on the map: 252 2 245 90 209 302 315 45 140 369 388 244 148
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 252 --> CC385C : ..........
## 2 --> AA420 : ..........
## 245 --> CC130 : ..........
## 90 --> CA228 : ..........
## 209 --> BC167 : ..........
## 302 --> MgSTS49 : ..........
## 315 --> MgSTS106 : ..........
## 45 --> BA172 : ..........
## 140 --> BD175 : ..........
## 369 --> MgSTS589 : ..........
## 388 --> MgSTS565 : ..........
## 244 --> CC132 : ..........
## 148 --> BD99 : ..........
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 315 --> MgSTS106 : ..........
## 2 --> AA420 : ...........
## 302 --> MgSTS49 : ............
## 140 --> BD175 : .............
## 388 --> MgSTS565 : ..............
## 90 --> CA228 : ...............
## 369 --> MgSTS589 : ................
## 245 --> CC130 : .................
## 252 --> CC385C : ..................
## 209 --> BC167 : ...................
## 244 --> CC132 : ....................
## 45 --> BA172 : .....................
## 148 --> BD99 : ......................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_2 <- make_seq(LG2_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_2, ws=5, LOD=6)
## 252-50-2-245-90-|-296-...
## Alternative orders:
## 252 50 2 245 90 ... : 0.00
## 252 50 2 90 245 ... : -0.10
## 50 252 2 245 90 ... : -3.48
## 50 252 2 90 245 ... : -3.57
## 252 2 50 90 245 ... : -5.17
## 252 2 50 245 90 ... : -5.76
##
## ...-252-|-50-2-245-90-296-|-38-...
## Alternative orders:
## 50 2 245 90 296 ... : 0.00
## 50 2 90 245 296 ... : -0.10
## 50 2 245 296 90 ... : -3.65
## 2 50 90 245 296 ... : -5.17
## 2 50 245 90 296 ... : -5.76
##
## ...-50-|-2-245-90-296-38-|-209-...
## Alternative orders:
## ... 2 245 90 296 38 ... : 0.00
## ... 2 90 245 296 38 ... : -0.10
## ... 2 245 296 90 38 ... : -3.65
##
## ...-2-|-245-90-296-38-209-|-45-...
## Alternative orders:
## ... 245 90 296 38 209 ... : 0.00
## ... 90 245 296 38 209 ... : -0.10
## ... 245 296 90 38 209 ... : -3.65
##
## ...-245-|-90-296-38-209-45-|-109-...
## Alternative orders:
## ... 90 296 38 209 45 ... : 0.00
## ... 296 90 38 209 45 ... : -3.65
##
## ...-90-|-296-38-209-45-109-|-302-...
## Alternative orders:
## ... 296 38 209 45 109 ... : 0.00
## ... 296 38 209 109 45 ... : -0.54
##
## ...-296-|-38-209-45-109-302-|-315-...
## Alternative orders:
## ... 38 209 45 109 302 ... : 0.00
## ... 38 209 109 45 302 ... : -0.54
##
## ...-38-|-209-45-109-302-315-|-345-...
## Alternative orders:
## ... 209 45 109 302 315 ... : 0.00
## ... 209 109 45 302 315 ... : -0.54
## ... 209 45 109 315 302 ... : -3.34
## ... 209 109 45 315 302 ... : -3.89
## ... 209 45 302 315 109 ... : -4.23
##
## ...-209-|-45-109-302-315-345-|-140-...
## Alternative orders:
## ... 45 109 302 315 345 ... : 0.00
## ... 109 45 302 315 345 ... : -0.54
## ... 45 109 315 302 345 ... : -3.34
## ... 109 45 315 302 345 ... : -3.89
## ... 45 302 315 109 345 ... : -4.23
##
## ...-45-|-109-302-315-345-140-|-317-...
## Alternative orders:
## ... 109 302 315 345 140 ... : 0.00
## ... 109 315 302 345 140 ... : -3.34
## ... 302 315 109 345 140 ... : -4.23
##
## ...-109-|-302-315-345-140-317-|-369-...
## Alternative orders:
## ... 302 315 345 140 317 ... : 0.00
## ... 315 302 345 140 317 ... : -3.34
##
## ...-302-|-315-345-140-317-369-|-244-...
## Alternative orders:
## ... 315 345 140 317 369 ... : 0.00
## ... 315 345 140 369 317 ... : -1.83
## ... 315 345 369 317 140 ... : -4.46
## ... 315 345 317 369 140 ... : -5.29
##
## ...-315-|-345-140-317-369-244-|-388-...
## Alternative orders:
## ... 345 140 317 369 244 ... : 0.00
## ... 345 140 369 317 244 ... : -1.83
## ... 345 369 317 140 244 ... : -4.46
## ... 345 317 369 140 244 ... : -5.29
##
## ...-345-|-140-317-369-244-388-|-348-...
## Alternative orders:
## ... 140 317 369 244 388 ... : 0.00
## ... 140 369 317 244 388 ... : -1.83
## ... 369 317 140 244 388 ... : -4.46
## ... 317 369 140 244 388 ... : -5.29
##
## ...-140-|-317-369-244-388-348-|-148-...
## Alternative orders:
## ... 317 369 388 348 244 ... : 0.00
## ... 317 369 348 388 244 ... : -1.15
## ... 317 369 244 388 348 ... : -1.28
## ... 369 317 388 348 244 ... : -1.90
## ... 369 317 348 388 244 ... : -3.04
## ... 369 317 244 388 348 ... : -3.11
## ... 317 369 244 348 388 ... : -4.29
##
## ...-317-|-369-244-388-348-148-|-212-...
## Alternative orders:
## ... 369 388 348 244 148 ... : 0.00
## ... 369 348 388 244 148 ... : -1.15
## ... 369 244 388 348 148 ... : -1.28
## ... 369 244 148 388 348 ... : -3.45
## ... 369 244 348 388 148 ... : -4.29
## ... 369 388 348 148 244 ... : -4.62
## ... 369 348 388 148 244 ... : -5.72
##
## ...-369-|-244-388-348-148-212-|-84-...
## Alternative orders:
## ... 388 348 244 148 212 : 0.00
## ... 388 348 212 244 148 : -0.25
## ... 348 388 244 148 212 : -1.15
## ... 244 388 348 148 212 : -1.28
## ... 244 388 348 212 148 : -1.33
## ... 388 348 244 212 148 : -1.79
## ... 348 388 212 244 148 : -2.35
## ... 244 148 388 348 212 : -3.45
## ... 348 388 244 212 148 : -3.63
## ... 388 348 212 148 244 : -4.25
## ... 244 348 388 148 212 : -4.29
## ... 244 348 388 212 148 : -4.38
## ... 388 348 148 244 212 : -4.62
## ... 348 388 148 244 212 : -5.72
##
## 244-|-388-348-148-212-84
## Alternative orders:
## 388 348 148 212 84 ... : 0.00
## 388 348 212 148 84 ... : -0.04
## 148 388 348 212 84 ... : -2.17
## 348 388 148 212 84 ... : -3.01
## 348 388 212 148 84 ... : -3.10
##Heatmap
rf_graph_table(linkgroup_2, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##############LINKAGE GROUP 3#####################
#Defining the linkage group to be mapped (LG3)
LG3 <- make_seq(linked, 3)
LG3
##
## Number of markers: 87
## Too many markers - not printing their names
##
## Parameters not estimated.
##Sorting the markers of LG3
LG3_rcd <- rcd(LG3)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 149 184 364 88 217 255 130 218 3 125 229 102 53 118 115 32 120 92 237 131 313 413 391 231 319 372 322 235 72 168 200 356 341 142 71 40 138 238 162 365 10 116 165 112 7 119 221 405 211 193 56 197 397 326 349 269 70 133 82 175 171 58 357 393 22 299 376 95 153 124 323 329 305 408 108 256 295 366 360 25 228 386 179 64 104 301 340
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
##TRY Command and RIPPLE Correction
LG3_ord <- order_seq(input.seq=LG3_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 184 364 88 217 255 130 218 3 125 229 102 53 118 115 32 120 92 237 131 313 413 391 231 319 372 322 235 72 168 200 356 341 142 71 40 138 238 162 365 10 116 165 112 7 119 221 405 211 193 56 197 397 326 349 269 70 133 82 175 171 58 357 393 22 299 376 95 153 124 323 329 305 408 108 256 295 366 360 25 228 386 179 64 104 301 340 149
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 175 --> AAT374 : ......
## 386 --> MgSTS609 : ......
## 165 --> BB103C : ......
## 162 --> CA258C : ......
## 153 --> AA153C : ......
## 397 --> MgSTS383 : ......
## 372 --> MgSTS535 : ......
## 319 --> MgSTS95 : ......
## 269 --> MgSTS27 : ......
## 171 --> AAT278 : ......
## 360 --> MgSTS293 : ......
## 408 --> MgSTS511 : ......
## 413 --> MgSTS214 : ......
## 313 --> MgSTS474 : .......
## 364 --> MgSTS574B : ........
## 221 --> BC128C : .........
## 305 --> MgSTS70 : .........
## 218 --> BC586C : .........
## 365 --> MgSTS574a : ..........
## 179 --> AAT372 : ..........
## 341 --> MgSTS34 : ..........
## 349 --> MgSTS509 : ..........
## 168 --> AAT261 : ..........
## 295 --> MgSTS308 : ..........
## 301 --> MgSTS48 : ..........
## 299 --> MgSTS43 : ..........
## 340 --> MgSTS37 : ..........
## 357 --> MgSTS351 : ..........
## 326 --> MgSTS388 : ..........
## 322 --> MgSTS50 : ..........
## 323 --> MgSTS75 : ...........
## 366 --> MgSTS579 : ...........
## 329 --> MgSTS332 : ...........
## 256 --> AAT283 : ...........
## 255 --> AAT312 : ...........
## 356 --> MgSTS251 : ...........
## 393 --> MgSTS435 : ...........
## 405 --> MgSTS441 : ...........
## 72 --> BB102 : ...........
## 56 --> BB281 : ...........
## 115 --> CB187 : ...........
## 120 --> CB156 : ...........
## 116 --> CB173 : ...........
## 112 --> CB246 : ...........
## 119 --> CB162 : ...........
## 108 --> CB309 : ...........
## 102 --> CA131 : ...........
## 3 --> AA404 : ...........
## 53 --> BA75 : ...........
## 25 --> BA497 : ............
## 130 --> BD292 : ............
## 125 --> BD429 : ............
## 131 --> BD286 : ............
## 142 --> BD170 : ............
## 124 --> BD433 : ............
## 200 --> BC334 : ............
## 211 --> BC131 : ............
## 237 --> CC286 : ............
## 235 --> CC330 : ............
## 228 --> CC392 : ............
## 71 --> BB119 : ............
## 70 --> BB122 : ............
## 58 --> BB259 : ............
## 64 --> BB190 : ............
## 118 --> CB166 : ............
## 88 --> CA238 : ............
## 92 --> CA220 : ............
## 82 --> CA289 : ............
## 95 --> CA198 : ............
## 104 --> CA96 : ............
## 10 --> AA280 : ............
## 22 --> AA100 : ............
## 32 --> BA384 : ............
## 40 --> BA220 : ............
## 138 --> BD209 : ............
## 133 --> BD263 : ............
## 217 --> BC70 : ............
## 193 --> BC498 : .............
## 197 --> BC379 : .............
## 229 --> CC387 : .............
## 231 --> CC378 : .............
## 238 --> CC283 : .............
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 376 322 391 413 313 184 364 53 218 217 7 149
##
## Markers not placed on the map: 88 255 130 3 125 229 102 118 115 32 120 92 237 131 231 319 372 235 72 168 200 356 341 142 71 40 138 238 162 365 10 116 165 112 119 221 405 211 193 56 197 397 326 349 269 70 133 82 175 171 58 357 393 22 299 95 153 124 323 329 305 408 108 256 295 366 360 25 228 386 179 64 104 301 340
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 88 --> CA238 : .............
## 255 --> AAT312 : .............
## 130 --> BD292 : .............
## 3 --> AA404 : .............
## 125 --> BD429 : .............
## 229 --> CC387 : .............
## 102 --> CA131 : .............
## 118 --> CB166 : .............
## 115 --> CB187 : .............
## 32 --> BA384 : .............
## 120 --> CB156 : .............
## 92 --> CA220 : .............
## 237 --> CC286 : .............
## 131 --> BD286 : .............
## 231 --> CC378 : .............
## 319 --> MgSTS95 : .............
## 372 --> MgSTS535 : .............
## 235 --> CC330 : .............
## 72 --> BB102 : .............
## 168 --> AAT261 : .............
## 200 --> BC334 : .............
## 356 --> MgSTS251 : .............
## 341 --> MgSTS34 : .............
## 142 --> BD170 : .............
## 71 --> BB119 : .............
## 40 --> BA220 : .............
## 138 --> BD209 : .............
## 238 --> CC283 : .............
## 162 --> CA258C : .............
## 365 --> MgSTS574a : .............
## 10 --> AA280 : .............
## 116 --> CB173 : .............
## 165 --> BB103C : .............
## 112 --> CB246 : .............
## 119 --> CB162 : .............
## 221 --> BC128C : .............
## 405 --> MgSTS441 : .............
## 211 --> BC131 : .............
## 193 --> BC498 : .............
## 56 --> BB281 : .............
## 197 --> BC379 : .............
## 397 --> MgSTS383 : .............
## 326 --> MgSTS388 : .............
## 349 --> MgSTS509 : .............
## 269 --> MgSTS27 : .............
## 70 --> BB122 : .............
## 133 --> BD263 : .............
## 82 --> CA289 : .............
## 175 --> AAT374 : .............
## 171 --> AAT278 : .............
## 58 --> BB259 : .............
## 357 --> MgSTS351 : .............
## 393 --> MgSTS435 : .............
## 22 --> AA100 : .............
## 299 --> MgSTS43 : .............
## 95 --> CA198 : .............
## 153 --> AA153C : .............
## 124 --> BD433 : .............
## 323 --> MgSTS75 : .............
## 329 --> MgSTS332 : .............
## 305 --> MgSTS70 : .............
## 408 --> MgSTS511 : .............
## 108 --> CB309 : .............
## 256 --> AAT283 : .............
## 295 --> MgSTS308 : .............
## 366 --> MgSTS579 : .............
## 360 --> MgSTS293 : .............
## 25 --> BA497 : .............
## 228 --> CC392 : .............
## 386 --> MgSTS609 : .............
## 179 --> AAT372 : .............
## 64 --> BB190 : .............
## 104 --> CA96 : .............
## 301 --> MgSTS48 : .............
## 340 --> MgSTS37 : .............
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 125 --> BD429 : .............
## 3 --> AA404 : ..............
## 102 --> CA131 : ...............
## 130 --> BD292 : ................
## 237 --> CC286 : .................
## 319 --> MgSTS95 : ..................
## 131 --> BD286 : ...................
## 229 --> CC387 : ....................
## 40 --> BA220 : .....................
## 71 --> BB119 : ......................
## 92 --> CA220 : .......................
## 10 --> AA280 : ........................
## 238 --> CC283 : .........................
## 255 --> AAT312 : ..........................
## 138 --> BD209 : ...........................
## 356 --> MgSTS251 : ............................
## 115 --> CB187 : .............................
## 120 --> CB156 : ..............................
## 25 --> BA497 : ...............................
## 231 --> CC378 : ................................
## 372 --> MgSTS535 : .................................
## 162 --> CA258C : ..................................
## 329 --> MgSTS332 : ...................................
## 116 --> CB173 : ....................................
## 179 --> AAT372 : .....................................
## 108 --> CB309 : ......................................
## 305 --> MgSTS70 : .......................................
## 168 --> AAT261 : ........................................
## 408 --> MgSTS511 : .........................................
## 366 --> MgSTS579 : ..........................................
## 295 --> MgSTS308 : ...........................................
## 95 --> CA198 : ............................................
## 124 --> BD433 : .............................................
## 256 --> AAT283 : ..............................................
## 365 --> MgSTS574a : ...............................................
## 200 --> BC334 : ................................................
## 153 --> AA153C : .................................................
## 340 --> MgSTS37 : ..................................................
## 341 --> MgSTS34 : ...................................................
## 104 --> CA96 : ....................................................
## 193 --> BC498 : .....................................................
## 22 --> AA100 : ......................................................
## 82 --> CA289 : .......................................................
## 386 --> MgSTS609 : ........................................................
## 58 --> BB259 : .........................................................
## 133 --> BD263 : ..........................................................
## 301 --> MgSTS48 : ...........................................................
## 299 --> MgSTS43 : ............................................................
## 72 --> BB102 : .............................................................
## 112 --> CB246 : ..............................................................
## 360 --> MgSTS293 : ...............................................................
## 235 --> CC330 : ................................................................
## 326 --> MgSTS388 : .................................................................
## 405 --> MgSTS441 : ..................................................................
## 165 --> BB103C : ...................................................................
## 397 --> MgSTS383 : ....................................................................
## 323 --> MgSTS75 : .....................................................................
## 357 --> MgSTS351 : ......................................................................
## 56 --> BB281 : .......................................................................
## 119 --> CB162 : ........................................................................
## 118 --> CB166 : .........................................................................
## 228 --> CC392 : ..........................................................................
## 269 --> MgSTS27 : ...........................................................................
## 393 --> MgSTS435 : ............................................................................
## 197 --> BC379 : .............................................................................
## 142 --> BD170 : ..............................................................................
## 88 --> CA238 : ...............................................................................
## 70 --> BB122 : ................................................................................
## 32 --> BA384 : .................................................................................
## 211 --> BC131 : ..................................................................................
## 175 --> AAT374 : ...................................................................................
## 171 --> AAT278 : ....................................................................................
## 221 --> BC128C : .....................................................................................
## 349 --> MgSTS509 : ......................................................................................
## 64 --> BB190 : .......................................................................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_3 <- make_seq(LG3_ord, "force")
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## ... 221 235 72 168 200 ... : 0.00
## ... 221 235 72 200 168 ... : -1.21
## ... 221 72 235 168 200 ... : -4.15
##
## ...-221-|-235-72-168-200-356-|-341-...
## Alternative orders:
## ... 235 72 168 200 356 ... : 0.00
## ... 235 72 200 168 356 ... : -1.21
## ... 72 235 168 200 356 ... : -4.15
##
## ...-235-|-72-168-200-356-341-|-71-...
## Alternative orders:
## ... 72 168 200 356 341 ... : 0.00
## ... 72 200 168 356 341 ... : -1.21
##
## ...-72-|-168-200-356-341-71-|-142-...
## Alternative orders:
## ... 168 200 356 341 71 ... : 0.00
## ... 200 168 356 341 71 ... : -1.21
##
## ...-168-|-200-356-341-71-142-|-165-...
## Alternative orders:
## ... 200 356 341 71 142 ... : 0.00
## ... 200 356 341 142 71 ... : -0.01
##
## ...-200-|-356-341-71-142-165-|-40-...
## Alternative orders:
## ... 356 341 71 142 165 ... : 0.00
## ... 356 341 142 71 165 ... : -0.01
## ... 356 341 142 165 71 ... : -0.64
##
## ...-356-|-341-71-142-165-40-|-10-...
## Alternative orders:
## ... 341 71 142 165 40 ... : 0.00
## ... 341 142 71 165 40 ... : -0.01
## ... 341 142 165 71 40 ... : -0.64
##
## ...-341-|-71-142-165-40-10-|-116-...
## Alternative orders:
## ... 71 142 165 40 10 ... : 0.00
## ... 142 71 165 40 10 ... : -0.01
## ... 142 165 71 40 10 ... : -0.64
##
## ...-71-|-142-165-40-10-116-|-365-...
## Alternative orders:
## ... 142 165 40 10 116 ... : 0.00
## ... 142 116 165 40 10 ... : -0.18
## ... 142 165 40 116 10 ... : -1.91
## ... 142 165 116 40 10 ... : -3.64
##
## ...-142-|-165-40-10-116-365-|-112-...
## Alternative orders:
## ... 165 40 10 116 365 ... : 0.00
## ... 116 165 40 10 365 ... : -0.18
## ... 165 40 10 365 116 ... : -0.85
## ... 165 40 116 10 365 ... : -1.91
## ... 165 116 40 10 365 ... : -3.64
##
## ...-165-|-40-10-116-365-112-|-162-...
## Alternative orders:
## ... 116 112 40 10 365 ... : 0.00
## ... 40 10 116 365 112 ... : -0.24
## ... 40 10 365 116 112 ... : -1.08
## ... 112 40 10 116 365 ... : -1.52
## ... 40 116 10 365 112 ... : -2.14
## ... 112 40 10 365 116 ... : -3.48
## ... 116 40 10 365 112 ... : -3.87
## ... 112 40 116 10 365 ... : -4.45
## ... 40 10 116 112 365 ... : -4.55
## ... 112 116 40 10 365 ... : -5.15
## ... 40 10 112 365 116 ... : -5.83
##
## ...-40-|-10-116-365-112-162-|-238-...
## Alternative orders:
## ... 10 116 365 112 162 ... : 0.00
## ... 10 365 116 112 162 ... : -0.85
## ... 116 10 365 112 162 ... : -1.91
## ... 10 116 112 365 162 ... : -4.31
## ... 10 112 365 116 162 ... : -5.60
## ... 10 112 116 365 162 ... : -5.79
##
## ...-10-|-116-365-112-162-238-|-138-...
## Alternative orders:
## ... 116 365 112 162 238 ... : 0.00
## ... 365 116 112 162 238 ... : -0.85
## ... 116 112 365 162 238 ... : -4.31
## ... 116 365 112 238 162 ... : -5.27
## ... 112 365 116 162 238 ... : -5.60
## ... 112 116 365 162 238 ... : -5.79
##
## ...-116-|-365-112-162-238-138-|-149-...
## Alternative orders:
## ... 365 112 162 238 138 : 0.00
## ... 365 112 162 138 238 : -2.01
## ... 112 365 162 238 138 : -4.31
## ... 365 112 238 162 138 : -5.27
## ... 365 112 138 162 238 : -5.27
##
## 365-|-112-162-238-138-149
## Alternative orders:
## 112 162 238 138 149 ... : 0.00
## 112 162 138 238 149 ... : -2.01
## 112 238 162 138 149 ... : -5.27
## 112 138 162 238 149 ... : -5.27
##Heatmap
rf_graph_table(linkgroup_3, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##By the heatmap analyzis,subgroups were formed in LG3. As a group separation strategy, the recombination fraction was reduced to 0.25 since the markers between these subgroups present high recombination fraction (in blue).
##Re-defining the linkage groups inside LG3 according to the heatmap
(sub_LG3 <- group(LG3, LOD=6, max.rf=0.25))#formação de dois grupos de ligação
## Selecting markers:
## group 1
## ..........................
## group 2
## ...........................................................
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "LG3"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.25
##
## No. markers: 87
## No. groups: 2
## No. linked markers: 85
## No. unlinked markers: 2
##
## Printing groups:
## Group 1 : 26 markers
## AA404 BA384 BA75 CA238 CA220 CA131 CB187 CB166 CB156 BD429 BD292 BD286 AG19 BC70 BC586C CC387 CC378 CC286 AAT312 MgSTS474 MgSTS95 MgSTS50 MgSTS574B MgSTS535 MgSTS425 MgSTS214
##
## Group 2 : 59 markers
## AA361 AA280 AA100 BA497 BA220 BB281 BB259 BB190 BB122 BB119 BB102 CA289 CA198 CA96 CB309 CB246 CB173 CB162 BD433 BD263 BD209 BD170 AA153C CA258C BB103C AAT261 AAT278 AAT374 AAT372 BC498 BC379 BC334 BC131 CC392 CC330 CC283 AAT283 MgSTS27 MgSTS308 MgSTS43 MgSTS48 MgSTS70 MgSTS75 MgSTS388 MgSTS332 MgSTS37 MgSTS34 MgSTS509 MgSTS251 MgSTS351 MgSTS293 MgSTS574a MgSTS579 MgSTS539 MgSTS609 MgSTS435 MgSTS383 MgSTS441 MgSTS511
##
## Unlinked markers: 2 markers
## BD68 BC128C
##Subgroup 1 from LG3 (this will be the linkage group 3)
set_map_fun(type="kosambi")
LG3_1 <- make_seq(sub_LG3, 1)
LG3_1
##
## Number of markers: 26
## Markers in the sequence:
## AA404 BA384 BA75 CA238 CA220 CA131 CB187 CB166 CB156 BD429 BD292 BD286
## AG19 BC70 BC586C CC387 CC378 CC286 AAT312 MgSTS474 MgSTS95 MgSTS50
## MgSTS574B MgSTS535 MgSTS425 MgSTS214
##
## Parameters not estimated.
LG3_1_rcd <- rcd(LG3_1)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 217 255 53 32 115 118 102 229 125 3 218 130 364 120 88 237 313 413 92 131 391 319 372 322 231 184
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG3_1_ord <- order_seq(input.seq=LG3_1_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 217 255 53 32 115 118 102 229 125 3 218 130 364 120 88 237 313 413 92 131 391 319 372 322 231 184
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 391 --> MgSTS425 : ......
## 372 --> MgSTS535 : ......
## 319 --> MgSTS95 : ......
## 413 --> MgSTS214 : ......
## 313 --> MgSTS474 : ......
## 364 --> MgSTS574B : ......
## 218 --> BC586C : ......
## 322 --> MgSTS50 : .......
## 255 --> AAT312 : .......
## 115 --> CB187 : .......
## 3 --> AA404 : .......
## 53 --> BA75 : ........
## 125 --> BD429 : .........
## 130 --> BD292 : .........
## 237 --> CC286 : .........
## 118 --> CB166 : .........
## 88 --> CA238 : .........
## 92 --> CA220 : .........
## 32 --> BA384 : .........
## 229 --> CC387 : .........
## 231 --> CC378 : .........
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 217 218 3 102 53 120 131 184
##
## Markers not placed on the map: 255 32 115 118 229 125 130 364 88 237 313 413 92 391 319 372 322 231
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 255 --> AAT312 : .........
## 32 --> BA384 : .........
## 115 --> CB187 : .........
## 118 --> CB166 : .........
## 229 --> CC387 : .........
## 125 --> BD429 : .........
## 130 --> BD292 : .........
## 364 --> MgSTS574B : .........
## 88 --> CA238 : .........
## 237 --> CC286 : .........
## 313 --> MgSTS474 : .........
## 413 --> MgSTS214 : .........
## 92 --> CA220 : .........
## 391 --> MgSTS425 : .........
## 319 --> MgSTS95 : .........
## 372 --> MgSTS535 : .........
## 322 --> MgSTS50 : .........
## 231 --> CC378 : .........
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 125 --> BD429 : .........
## 372 --> MgSTS535 : ..........
## 130 --> BD292 : ...........
## 88 --> CA238 : ............
## 322 --> MgSTS50 : .............
## 231 --> CC378 : ..............
## 237 --> CC286 : ...............
## 391 --> MgSTS425 : ................
## 255 --> AAT312 : .................
## 92 --> CA220 : ..................
## 118 --> CB166 : ...................
## 313 --> MgSTS474 : ....................
## 413 --> MgSTS214 : .....................
## 229 --> CC387 : ......................
## 115 --> CB187 : .......................
## 364 --> MgSTS574B : ........................
## 32 --> BA384 : .........................
## 319 --> MgSTS95 : ..........................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_3_1 <- make_seq(LG3_1_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_3_1, ws=5, LOD=6)
## 115-229-217-218-130-|-3-...
## Alternative orders:
## 115 229 217 218 130 ... : 0.00
## 217 229 115 218 130 ... : -1.80
## 229 217 115 218 130 ... : -2.00
## 229 115 217 218 130 ... : -2.14
## 217 229 115 130 218 ... : -2.46
## 217 115 229 130 218 ... : -3.64
## 115 130 229 217 218 ... : -4.54
## 229 217 115 130 218 ... : -4.54
## 217 115 229 218 130 ... : -5.49
## 130 115 229 217 218 ... : -5.83
## 115 229 217 130 218 ... : -5.93
##
## ...-115-|-229-217-218-130-3-|-125-...
## Alternative orders:
## 229 217 218 130 3 ... : 0.00
## 130 229 217 218 3 ... : -4.54
## 229 217 130 218 3 ... : -5.93
##
## ...-229-|-217-218-130-3-125-|-102-...
## Alternative orders:
## ... 217 218 130 3 125 ... : 0.00
## ... 217 218 130 125 3 ... : -2.24
## ... 217 130 218 3 125 ... : -5.93
##
## ...-217-|-218-130-3-125-102-|-118-...
## Alternative orders:
## ... 218 130 3 125 102 ... : 0.00
## ... 218 130 125 3 102 ... : -2.24
## ... 130 218 3 125 102 ... : -5.93
##
## ...-218-|-130-3-125-102-118-|-32-...
## Alternative orders:
## ... 130 3 125 102 118 ... : 0.00
## ... 130 125 3 102 118 ... : -2.24
## ... 130 3 125 118 102 ... : -3.10
## ... 130 125 3 118 102 ... : -3.30
## ... 130 118 3 125 102 ... : -5.11
##
## ...-130-|-3-125-102-118-32-|-255-...
## Alternative orders:
## ... 3 125 102 118 32 ... : 0.00
## ... 125 3 102 118 32 ... : -2.24
## ... 3 125 118 102 32 ... : -3.10
## ... 125 3 118 102 32 ... : -3.30
## ... 118 3 125 102 32 ... : -5.11
##
## ...-3-|-125-102-118-32-255-|-53-...
## Alternative orders:
## ... 125 102 118 32 255 ... : 0.00
## ... 125 102 118 255 32 ... : -1.50
## ... 125 118 102 32 255 ... : -3.10
## ... 125 118 102 255 32 ... : -4.32
## ... 118 125 255 32 102 ... : -4.83
## ... 125 118 255 32 102 ... : -4.97
## ... 118 255 32 102 125 ... : -5.58
## ... 125 118 32 255 102 ... : -5.70
##
## ...-125-|-102-118-32-255-53-|-120-...
## Alternative orders:
## ... 102 118 32 255 53 ... : 0.00
## ... 102 118 255 32 53 ... : -1.50
## ... 102 53 118 32 255 ... : -2.87
## ... 118 102 32 255 53 ... : -3.10
## ... 102 118 53 32 255 ... : -4.19
## ... 118 102 255 32 53 ... : -4.32
## ... 118 255 32 102 53 ... : -4.97
## ... 102 118 32 53 255 ... : -5.30
## ... 118 32 255 102 53 ... : -5.70
##
## ...-102-|-118-32-255-53-120-|-364-...
## Alternative orders:
## ... 118 32 255 53 120 ... : 0.00
## ... 118 255 32 53 120 ... : -1.50
## ... 53 118 32 255 120 ... : -2.87
## ... 118 53 32 255 120 ... : -4.19
## ... 118 32 53 255 120 ... : -5.30
##
## ...-118-|-32-255-53-120-364-|-88-...
## Alternative orders:
## ... 32 255 53 120 364 ... : 0.00
## ... 32 255 53 364 120 ... : -1.38
## ... 255 32 53 120 364 ... : -1.50
## ... 255 32 53 364 120 ... : -3.78
## ... 53 32 255 120 364 ... : -4.19
## ... 53 255 32 364 120 ... : -4.50
## ... 255 53 32 364 120 ... : -4.78
## ... 32 53 255 120 364 ... : -5.30
## ... 53 32 255 364 120 ... : -5.54
##
## ...-32-|-255-53-120-364-88-|-237-...
## Alternative orders:
## ... 255 53 120 364 88 ... : 0.00
## ... 255 53 88 120 364 ... : -0.83
## ... 255 53 364 120 88 ... : -1.38
## ... 255 53 88 364 120 ... : -1.83
## ... 255 53 120 88 364 ... : -2.21
## ... 255 53 364 88 120 ... : -4.80
## ... 53 255 120 364 88 ... : -5.30
## ... 53 255 88 120 364 ... : -5.76
##
## ...-255-|-53-120-364-88-237-|-131-...
## Alternative orders:
## ... 53 120 364 88 237 ... : 0.00
## ... 53 88 120 364 237 ... : -0.83
## ... 53 364 120 88 237 ... : -1.38
## ... 53 88 364 120 237 ... : -1.83
## ... 53 120 88 364 237 ... : -2.21
## ... 53 364 88 120 237 ... : -4.80
##
## ...-53-|-120-364-88-237-131-|-184-...
## Alternative orders:
## ... 120 364 88 237 131 ... : 0.00
## ... 88 120 364 237 131 ... : -0.83
## ... 364 120 88 237 131 ... : -1.38
## ... 88 364 120 237 131 ... : -1.83
## ... 120 88 364 237 131 ... : -2.21
## ... 120 364 88 131 237 ... : -3.34
## ... 364 120 88 131 237 ... : -4.06
## ... 364 88 120 237 131 ... : -4.80
## ... 88 364 120 131 237 ... : -5.06
## ... 88 120 364 131 237 ... : -5.08
##
## ...-120-|-364-88-237-131-184-|-313-...
## Alternative orders:
## ... 364 88 237 184 131 ... : 0.00
## ... 364 88 184 237 131 ... : -2.26
## ... 88 364 237 184 131 ... : -2.87
##
## ...-364-|-88-237-131-184-313-|-413-...
## Alternative orders:
## ... 88 237 184 131 313 ... : 0.00
## ... 88 184 237 131 313 ... : -2.26
## ... 88 237 184 313 131 ... : -3.94
##
## ...-88-|-237-131-184-313-413-|-92-...
## Alternative orders:
## ... 237 184 131 313 413 ... : 0.00
## ... 184 237 131 313 413 ... : -2.26
## ... 237 184 313 131 413 ... : -3.94
##
## ...-237-|-131-184-313-413-92-|-391-...
## Alternative orders:
## ... 184 131 313 413 92 ... : 0.00
## ... 184 313 131 413 92 ... : -3.94
## ... 184 131 313 92 413 ... : -4.91
## ... 184 92 131 313 413 ... : -5.59
##
## ...-131-|-184-313-413-92-391-|-231-...
## Alternative orders:
## ... 184 313 413 92 391 ... : 0.00
## ... 184 92 313 413 391 ... : -3.44
## ... 184 313 92 413 391 ... : -4.76
##
## ...-184-|-313-413-92-391-231-|-372-...
## Alternative orders:
## ... 313 413 92 391 231 ... : 0.00
## ... 92 313 413 391 231 ... : -3.44
## ... 313 92 413 391 231 ... : -4.76
##
## ...-313-|-413-92-391-231-372-|-322-...
## Alternative orders:
## ... 413 92 391 231 372 ... : 0.00
## ... 92 413 391 231 372 ... : -4.76
## ... 413 92 391 372 231 ... : -5.45
##
## ...-413-|-92-391-231-372-322-|-319-...
## Alternative orders:
## ... 92 391 231 372 322 : 0.00
## ... 92 391 231 322 372 : -3.25
## ... 92 391 322 231 372 : -4.80
## ... 92 391 372 231 322 : -5.45
##
## 92-|-391-231-372-322-319
## Alternative orders:
## 391 319 322 372 231 ... : 0.00
## 391 319 372 322 231 ... : -2.43
## 391 319 372 231 322 ... : -2.86
rf_graph_table(linkgroup_3_1, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##Subgroup 2 from LG3
set_map_fun(type="kosambi")
LG3_2 <- make_seq(sub_LG3, 2)
LG3_2
##
## Number of markers: 59
## Too many markers - not printing their names
##
## Parameters not estimated.
LG3_2_rcd <- rcd(LG3_2)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 119 7 112 165 116 10 365 162 238 138 40 71 142 341 356 200 168 72 235 405 211 193 56 197 397 326 349 269 70 133 82 175 171 58 357 393 22 299 376 95 153 124 323 329 305 408 108 256 295 366 360 25 228 386 179 64 104 301 340
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG3_2_ord <- order_seq(input.seq=LG3_2_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 119 7 112 165 116 10 365 162 238 138 40 71 142 341 356 200 168 72 235 405 211 193 56 197 397 326 349 269 70 133 82 175 171 58 357 393 22 299 376 95 153 124 323 329 305 408 108 256 295 366 360 25 228 386 179 64 104 301 340
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 175 --> AAT374 : ......
## 386 --> MgSTS609 : ......
## 165 --> BB103C : .......
## 162 --> CA258C : .......
## 153 --> AA153C : .......
## 397 --> MgSTS383 : ........
## 269 --> MgSTS27 : ........
## 171 --> AAT278 : ........
## 376 --> MgSTS539 : ........
## 360 --> MgSTS293 : .........
## 408 --> MgSTS511 : ..........
## 305 --> MgSTS70 : ..........
## 365 --> MgSTS574a : ..........
## 179 --> AAT372 : ..........
## 341 --> MgSTS34 : ...........
## 349 --> MgSTS509 : ...........
## 168 --> AAT261 : ...........
## 295 --> MgSTS308 : ...........
## 301 --> MgSTS48 : ............
## 299 --> MgSTS43 : ............
## 357 --> MgSTS351 : ............
## 326 --> MgSTS388 : .............
## 323 --> MgSTS75 : .............
## 366 --> MgSTS579 : .............
## 256 --> AAT283 : ..............
## 356 --> MgSTS251 : ..............
## 393 --> MgSTS435 : ..............
## 405 --> MgSTS441 : ..............
## 72 --> BB102 : ...............
## 56 --> BB281 : ...............
## 112 --> CB246 : ...............
## 116 --> CB173 : ...............
## 108 --> CB309 : ...............
## 7 --> AA361 : ...............
## 25 --> BA497 : ...............
## 142 --> BD170 : ...............
## 124 --> BD433 : ...............
## 211 --> BC131 : ...............
## 235 --> CC330 : ...............
## 228 --> CC392 : ...............
## 71 --> BB119 : ................
## 70 --> BB122 : ................
## 58 --> BB259 : ................
## 64 --> BB190 : ................
## 82 --> CA289 : ................
## 95 --> CA198 : ................
## 104 --> CA96 : ................
## 10 --> AA280 : .................
## 22 --> AA100 : .................
## 40 --> BA220 : .................
## 138 --> BD209 : .................
## 193 --> BC498 : .................
## 197 --> BC379 : .................
## 238 --> CC283 : .................
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 200 119 228 179 386 295 366 360 340 104 133 376 357 153 405 329
##
## Markers not placed on the map: 7 112 165 116 10 365 162 238 138 40 71 142 341 356 168 72 235 211 193 56 197 397 326 349 269 70 82 175 171 58 393 22 299 95 124 323 305 408 108 256 25 64 301
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 7 --> AA361 : .................
## 112 --> CB246 : .................
## 165 --> BB103C : .................
## 116 --> CB173 : .................
## 10 --> AA280 : .................
## 365 --> MgSTS574a : .................
## 162 --> CA258C : .................
## 238 --> CC283 : .................
## 138 --> BD209 : .................
## 40 --> BA220 : .................
## 71 --> BB119 : .................
## 142 --> BD170 : .................
## 341 --> MgSTS34 : .................
## 356 --> MgSTS251 : .................
## 168 --> AAT261 : .................
## 72 --> BB102 : .................
## 235 --> CC330 : .................
## 211 --> BC131 : .................
## 193 --> BC498 : .................
## 56 --> BB281 : .................
## 197 --> BC379 : .................
## 397 --> MgSTS383 : .................
## 326 --> MgSTS388 : .................
## 349 --> MgSTS509 : .................
## 269 --> MgSTS27 : .................
## 70 --> BB122 : .................
## 82 --> CA289 : .................
## 175 --> AAT374 : .................
## 171 --> AAT278 : .................
## 58 --> BB259 : .................
## 393 --> MgSTS435 : .................
## 22 --> AA100 : .................
## 299 --> MgSTS43 : .................
## 95 --> CA198 : .................
## 124 --> BD433 : .................
## 323 --> MgSTS75 : .................
## 305 --> MgSTS70 : .................
## 408 --> MgSTS511 : .................
## 108 --> CB309 : .................
## 256 --> AAT283 : .................
## 25 --> BA497 : .................
## 64 --> BB190 : .................
## 301 --> MgSTS48 : .................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 349 --> MgSTS509 : .................
## 299 --> MgSTS43 : ..................
## 269 --> MgSTS27 : ...................
## 397 --> MgSTS383 : ....................
## 326 --> MgSTS388 : .....................
## 124 --> BD433 : ......................
## 22 --> AA100 : .......................
## 341 --> MgSTS34 : ........................
## 235 --> CC330 : .........................
## 193 --> BC498 : ..........................
## 142 --> BD170 : ...........................
## 70 --> BB122 : ............................
## 238 --> CC283 : .............................
## 138 --> BD209 : ..............................
## 171 --> AAT278 : ...............................
## 301 --> MgSTS48 : ................................
## 197 --> BC379 : .................................
## 40 --> BA220 : ..................................
## 10 --> AA280 : ...................................
## 72 --> BB102 : ....................................
## 82 --> CA289 : .....................................
## 58 --> BB259 : ......................................
## 64 --> BB190 : .......................................
## 162 --> CA258C : ........................................
## 175 --> AAT374 : .........................................
## 108 --> CB309 : ..........................................
## 408 --> MgSTS511 : ...........................................
## 168 --> AAT261 : ............................................
## 71 --> BB119 : .............................................
## 25 --> BA497 : ..............................................
## 356 --> MgSTS251 : ...............................................
## 56 --> BB281 : ................................................
## 7 --> AA361 : .................................................
## 165 --> BB103C : ..................................................
## 112 --> CB246 : ...................................................
## 305 --> MgSTS70 : ....................................................
## 256 --> AAT283 : .....................................................
## 116 --> CB173 : ......................................................
## 211 --> BC131 : .......................................................
## 393 --> MgSTS435 : ........................................................
## 95 --> CA198 : .........................................................
## 323 --> MgSTS75 : ..........................................................
## 365 --> MgSTS574a : ...........................................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_3_2 <- make_seq(LG3_2_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_3_2, ws=5, LOD=6)
## 235-72-200-168-356-|-341-...
## Alternative orders:
## 235 72 168 200 356 ... : 0.00
## 235 72 200 168 356 ... : -1.77
## 72 235 168 200 356 ... : -4.09
##
## ...-235-|-72-200-168-356-341-|-71-...
## Alternative orders:
## 72 168 200 356 341 ... : 0.00
## 72 200 168 356 341 ... : -1.77
##
## ...-72-|-200-168-356-341-71-|-142-...
## Alternative orders:
## ... 168 200 356 341 71 ... : 0.00
## ... 200 168 356 341 71 ... : -1.77
##
## ...-200-|-168-356-341-71-142-|-7-...
## Alternative orders:
## ... 168 356 341 71 142 ... : 0.00
## ... 168 356 341 142 71 ... : -0.39
##
## ...-168-|-356-341-71-142-7-|-116-...
## Alternative orders:
## ... 356 341 71 142 7 ... : 0.00
## ... 356 341 142 71 7 ... : -0.39
##
## ...-356-|-341-71-142-7-116-|-165-...
## Alternative orders:
## ... 341 71 142 7 116 ... : 0.00
## ... 341 142 71 7 116 ... : -0.39
##
## ...-341-|-71-142-7-116-165-|-112-...
## Alternative orders:
## ... 71 142 7 116 165 ... : 0.00
## ... 142 71 7 116 165 ... : -0.39
## ... 71 142 7 165 116 ... : -2.30
## ... 142 71 7 165 116 ... : -2.67
##
## ...-71-|-142-7-116-165-112-|-119-...
## Alternative orders:
## ... 142 7 116 165 112 ... : 0.00
## ... 142 112 165 116 7 ... : -0.81
## ... 142 7 165 116 112 ... : -2.30
## ... 142 116 165 112 7 ... : -3.03
## ... 142 112 116 165 7 ... : -3.29
## ... 142 7 112 116 165 ... : -3.53
## ... 142 7 112 165 116 ... : -5.11
## ... 142 165 116 112 7 ... : -5.16
##
## ...-142-|-7-116-165-112-119-|-40-...
## Alternative orders:
## ... 7 116 165 112 119 ... : 0.00
## ... 112 165 116 7 119 ... : -0.81
## ... 7 165 116 112 119 ... : -2.30
## ... 116 165 112 7 119 ... : -3.03
## ... 112 116 165 7 119 ... : -3.29
## ... 7 112 116 165 119 ... : -3.53
## ... 7 112 165 116 119 ... : -5.11
## ... 165 116 112 7 119 ... : -5.16
## ... 112 116 165 119 7 ... : -5.61
##
## ...-7-|-116-165-112-119-40-|-10-...
## Alternative orders:
## ... 116 165 112 119 40 ... : 0.00
## ... 165 116 112 119 40 ... : -2.30
## ... 112 116 165 119 40 ... : -3.53
## ... 112 165 116 119 40 ... : -5.11
##
## ...-116-|-165-112-119-40-10-|-365-...
## Alternative orders:
## ... 165 112 119 40 10 ... : 0.00
## ... 165 119 40 10 112 ... : -4.41
##
## ...-165-|-112-119-40-10-365-|-162-...
## Alternative orders:
## ... 112 119 40 10 365 ... : 0.00
## ... 119 40 10 365 112 ... : -2.02
## ... 119 40 10 112 365 ... : -4.41
##
## ...-112-|-119-40-10-365-162-|-138-...
## Alternative orders:
## ... 119 40 10 365 162 ... : 0.00
## ... 119 40 10 162 365 ... : -4.32
##
## ...-119-|-40-10-365-162-138-|-238-...
## Alternative orders:
## ... 40 10 365 162 138 ... : 0.00
## ... 40 10 365 138 162 ... : -1.85
## ... 40 10 162 365 138 ... : -4.32
##
## ...-40-|-10-365-162-138-238-|-64-...
## Alternative orders:
## ... 10 365 162 238 138 ... : 0.00
## ... 10 365 162 138 238 ... : -2.46
## ... 10 365 138 162 238 ... : -4.31
## ... 10 365 238 162 138 ... : -4.85
##
## ...-10-|-365-162-138-238-64-|-25-...
## Alternative orders:
## ... 365 162 238 138 64 ... : 0.00
## ... 365 162 138 238 64 ... : -2.46
## ... 365 138 162 238 64 ... : -4.31
## ... 365 238 162 138 64 ... : -4.85
##
## ...-365-|-162-138-238-64-25-|-228-...
## Alternative orders:
## ... 162 238 138 64 25 ... : 0.00
## ... 162 138 238 64 25 ... : -2.46
## ... 138 162 238 64 25 ... : -4.31
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##
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## ... 393 357 299 22 153 ... : -3.47
##
## ...-357-|-393-22-299-153-405-|-124-...
## Alternative orders:
## ... 393 22 299 153 405 ... : 0.00
## ... 393 299 22 153 405 ... : -1.57
##
## ...-393-|-22-299-153-405-124-|-256-...
## Alternative orders:
## ... 22 299 153 405 124 ... : 0.00
## ... 299 22 153 405 124 ... : -1.57
##
## ...-22-|-299-153-405-124-256-|-305-... OK
##
## ...-299-|-153-405-124-256-305-|-323-... OK
##
## ...-153-|-405-124-256-305-323-|-329-...
## Alternative orders:
## ... 405 124 256 305 323 ... : 0.00
## ... 405 124 256 323 305 ... : -0.51
## ... 405 256 124 323 305 ... : -5.61
##
## ...-405-|-124-256-305-323-329-|-408-...
## Alternative orders:
## ... 124 256 305 323 329 ... : 0.00
## ... 124 256 323 305 329 ... : -0.51
## ... 124 256 305 329 323 ... : -2.37
## ... 124 256 323 329 305 ... : -2.81
## ... 256 124 323 305 329 ... : -5.61
##
## ...-124-|-256-305-323-329-408-|-108-...
## Alternative orders:
## ... 256 305 323 329 408 : 0.00
## ... 256 323 305 329 408 : -0.51
## ... 256 305 329 323 408 : -2.37
## ... 256 323 329 305 408 : -2.81
##
## 256-|-305-323-329-408-108
## Alternative orders:
## 305 323 329 408 108 ... : 0.00
## 323 305 329 408 108 ... : -0.51
## 305 329 323 408 108 ... : -2.37
## 323 329 305 408 108 ... : -2.81
## 108 408 329 323 305 ... : -3.80
## 108 408 323 329 305 ... : -5.99
rf_graph_table(linkgroup_3_2, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##By the heatmap analysis of subgroup 2 from LG3, we noticed a fragmentation between those groups. As a group separation strategy, the recombination fraction was maintained (0.25) but we decided to remove markers with low LOD score and high recombination fractions.
## Removing markers: 64 and 405
RM3_2 <- drop_marker(LG3_2, c(64,405))
RM3_2 <-group(RM3_2)
## Selecting markers:
## group 1
## ...................
## group 2
## ......................................
RM3_2 #há formação de dois grupos de ligação
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "RM3_2"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.37
##
## No. markers: 57
## No. groups: 2
## No. linked markers: 57
## No. unlinked markers: 0
##
## Printing groups:
## Group 1 : 19 markers
## AA361 AA280 BA220 BB119 BB102 CB246 CB173 CB162 BD209 BD170 CA258C BB103C AAT261 BC334 CC330 CC283 MgSTS34 MgSTS251 MgSTS574a
##
## Group 2 : 38 markers
## AA100 BA497 BB281 BB259 BB122 CA289 CA198 CA96 CB309 BD433 BD263 AA153C AAT278 AAT374 AAT372 BC498 BC379 BC131 CC392 AAT283 MgSTS27 MgSTS308 MgSTS43 MgSTS48 MgSTS70 MgSTS75 MgSTS388 MgSTS332 MgSTS37 MgSTS509 MgSTS351 MgSTS293 MgSTS579 MgSTS539 MgSTS609 MgSTS435 MgSTS383 MgSTS511
##Subgroup 1_in from the group LG3_2 (this will be the linkage group 13)
set_map_fun(type="kosambi")
LG3_2_1_in <- make_seq(RM3_2, 1)
LG3_2_1_in
##
## Number of markers: 19
## Markers in the sequence:
## AA361 AA280 BA220 BB119 BB102 CB246 CB173 CB162 BD209 BD170 CA258C BB103C
## AAT261 BC334 CC330 CC283 MgSTS34 MgSTS251 MgSTS574a
##
## Parameters not estimated.
LG3_2_1_in_rcd <- rcd(LG3_2_1_in)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 119 7 112 165 116 10 365 162 238 138 40 71 142 341 356 200 168 72 235
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG3_2_1_in_ord <- order_seq(input.seq=LG3_2_1_in_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 119 7 112 165 116 10 365 162 238 138 40 71 142 341 356 200 168 72 235
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 165 --> BB103C : ......
## 162 --> CA258C : ......
## 365 --> MgSTS574a : .......
## 168 --> AAT261 : .......
## 356 --> MgSTS251 : ........
## 72 --> BB102 : .........
## 112 --> CB246 : .........
## 116 --> CB173 : .........
## 7 --> AA361 : .........
## 142 --> BD170 : .........
## 200 --> BC334 : ..........
## 71 --> BB119 : ...........
## 40 --> BA220 : ...........
## 238 --> CC283 : ...........
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 119 10 162 138 142 341 356 200 168 235
##
## Markers not placed on the map: 7 112 165 116 365 238 40 71 72
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 7 --> AA361 : ...........
## 112 --> CB246 : ...........
## 165 --> BB103C : ...........
## 116 --> CB173 : ...........
## 365 --> MgSTS574a : ...........
## 238 --> CC283 : ...........
## 40 --> BA220 : ...........
## 71 --> BB119 : ...........
## 72 --> BB102 : ...........
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 72 --> BB102 : ...........
## 40 --> BA220 : ............
## 165 --> BB103C : .............
## 7 --> AA361 : ..............
## 112 --> CB246 : ...............
## 365 --> MgSTS574a : ................
## 116 --> CB173 : .................
## 71 --> BB119 : ..................
## 238 --> CC283 : ...................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_3_2_1_in <- make_seq(LG3_2_1_in_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_3_2_1_in, ws=5, LOD=6)
## 119-40-10-365-162-|-138-...
## Alternative orders:
## 119 40 10 365 162 ... : 0.00
## 119 40 10 162 365 ... : -4.44
##
## ...-119-|-40-10-365-162-138-|-238-...
## Alternative orders:
## 40 10 365 138 162 ... : 0.00
## 40 10 365 162 138 ... : -2.02
## 40 10 138 365 162 ... : -5.20
##
## ...-40-|-10-365-162-138-238-|-112-...
## Alternative orders:
## ... 10 365 138 162 238 ... : 0.00
## ... 10 365 162 138 238 ... : -2.02
## ... 138 238 162 365 10 ... : -3.75
## ... 10 365 162 238 138 ... : -4.07
## ... 238 138 162 365 10 ... : -5.14
## ... 10 138 365 162 238 ... : -5.20
## ... 10 365 238 162 138 ... : -5.52
## ... 10 365 138 238 162 ... : -5.59
## ... 238 162 138 365 10 ... : -5.59
## ... 162 238 138 365 10 ... : -5.66
##
## ...-10-|-365-162-138-238-112-|-165-...
## Alternative orders:
## ... 365 138 162 238 112 ... : 0.00
## ... 365 162 138 238 112 ... : -2.02
## ... 365 162 238 138 112 ... : -4.07
## ... 138 365 162 238 112 ... : -5.20
## ... 365 238 162 138 112 ... : -5.52
## ... 365 138 238 162 112 ... : -5.59
##
## ...-365-|-162-138-238-112-165-|-116-...
## Alternative orders:
## ... 138 162 238 112 165 ... : 0.00
## ... 162 138 238 112 165 ... : -2.02
## ... 162 238 138 112 165 ... : -4.07
## ... 238 162 138 112 165 ... : -5.52
## ... 138 238 162 112 165 ... : -5.59
##
## ...-162-|-138-238-112-165-116-|-7-...
## Alternative orders:
## ... 138 238 112 165 116 ... : 0.00
## ... 238 138 112 165 116 ... : -2.05
## ... 138 238 112 116 165 ... : -2.07
## ... 238 138 112 116 165 ... : -3.95
##
## ...-138-|-238-112-165-116-7-|-142-...
## Alternative orders:
## ... 238 112 165 116 7 ... : 0.00
## ... 238 112 116 165 7 ... : -2.07
## ... 238 7 116 165 112 ... : -4.80
## ... 238 7 112 165 116 ... : -5.44
##
## ...-238-|-112-165-116-7-142-|-71-...
## Alternative orders:
## ... 112 165 116 7 142 ... : 0.00
## ... 112 116 165 7 142 ... : -2.07
## ... 7 116 165 112 142 ... : -4.80
## ... 7 112 165 116 142 ... : -5.44
##
## ...-112-|-165-116-7-142-71-|-341-...
## Alternative orders:
## ... 165 116 7 142 71 ... : 0.00
## ... 165 116 7 71 142 ... : -0.38
## ... 116 165 7 142 71 ... : -2.07
## ... 116 165 7 71 142 ... : -2.43
##
## ...-165-|-116-7-142-71-341-|-356-...
## Alternative orders:
## ... 116 7 142 71 341 ... : 0.00
## ... 116 7 71 142 341 ... : -0.38
##
## ...-116-|-7-142-71-341-356-|-200-...
## Alternative orders:
## ... 7 142 71 341 356 ... : 0.00
## ... 7 71 142 341 356 ... : -0.38
##
## ...-7-|-142-71-341-356-200-|-168-...
## Alternative orders:
## ... 142 71 341 356 200 ... : 0.00
## ... 71 142 341 356 200 ... : -0.38
##
## ...-142-|-71-341-356-200-168-|-72-...
## Alternative orders:
## ... 71 341 356 200 168 ... : 0.00
## ... 71 341 356 168 200 ... : -1.77
##
## ...-71-|-341-356-200-168-72-|-235-...
## Alternative orders:
## ... 341 356 200 168 72 : 0.00
## ... 341 356 168 200 72 : -1.77
##
## 341-|-356-200-168-72-235
## Alternative orders:
## 356 200 168 72 235 ... : 0.00
## 356 168 200 72 235 ... : -1.77
## 356 200 168 235 72 ... : -4.09
rf_graph_table(linkgroup_3_2_1_in, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##Subgroup 2_in from the group LG3_2 (this will be the linkage group 14)
set_map_fun(type="kosambi")
LG3_2_2_in <- make_seq(RM3_2, 2)
LG3_2_2_in
##
## Number of markers: 38
## Markers in the sequence:
## AA100 BA497 BB281 BB259 BB122 CA289 CA198 CA96 CB309 BD433 BD263 AA153C
## AAT278 AAT374 AAT372 BC498 BC379 BC131 CC392 AAT283 MgSTS27 MgSTS308
## MgSTS43 MgSTS48 MgSTS70 MgSTS75 MgSTS388 MgSTS332 MgSTS37 MgSTS509
## MgSTS351 MgSTS293 MgSTS579 MgSTS539 MgSTS609 MgSTS435 MgSTS383 MgSTS511
##
## Parameters not estimated.
LG3_2_2_in_rcd <- rcd(LG3_2_2_in)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 25 228 179 386 295 366 360 340 301 104 197 56 193 211 133 70 326 349 397 269 175 82 171 58 357 393 22 299 376 95 153 124 323 329 305 408 108 256
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG3_2_2_in_ord <- order_seq(input.seq=LG3_2_2_in_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 25 228 179 386 295 366 360 340 301 104 197 56 193 211 133 70 326 349 397 269 175 82 171 58 357 393 22 299 376 95 153 124 323 329 305 408 108 256
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 175 --> AAT374 : ......
## 386 --> MgSTS609 : .......
## 153 --> AA153C : ........
## 397 --> MgSTS383 : .........
## 171 --> AAT278 : .........
## 360 --> MgSTS293 : ..........
## 408 --> MgSTS511 : ..........
## 305 --> MgSTS70 : ..........
## 179 --> AAT372 : ..........
## 349 --> MgSTS509 : ..........
## 295 --> MgSTS308 : ..........
## 301 --> MgSTS48 : ...........
## 340 --> MgSTS37 : ...........
## 299 --> MgSTS43 : ...........
## 357 --> MgSTS351 : ...........
## 326 --> MgSTS388 : ............
## 323 --> MgSTS75 : ............
## 366 --> MgSTS579 : ............
## 329 --> MgSTS332 : ............
## 393 --> MgSTS435 : ............
## 56 --> BB281 : ............
## 108 --> CB309 : ............
## 124 --> BD433 : ............
## 211 --> BC131 : .............
## 228 --> CC392 : .............
## 70 --> BB122 : .............
## 58 --> BB259 : .............
## 82 --> CA289 : .............
## 95 --> CA198 : .............
## 22 --> AA100 : .............
## 133 --> BD263 : .............
## 197 --> BC379 : .............
## 193 --> BC498 : ..............
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 386 295 25 104 197 171 175 269 376 357 153 124 256
##
## Markers not placed on the map: 228 179 366 360 340 301 56 193 211 133 70 326 349 397 82 58 393 22 299 95 323 329 305 408 108
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 228 --> CC392 : ..............
## 179 --> AAT372 : ..............
## 366 --> MgSTS579 : ..............
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##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 179 --> AAT372 : ..............
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## 56 --> BB281 : ................
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## 366 --> MgSTS579 : ..................
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##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_3_2_2_in <- make_seq(LG3_2_2_in_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_3_2_2_in, ws=5, LOD=6)
## 179-386-295-366-360-|-25-... OK
##
## ...-179-|-386-295-366-360-25-|-228-... OK
##
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##
## ...-295-|-366-360-25-228-340-|-301-...
## Alternative orders:
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##
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## Alternative orders:
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##
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## Alternative orders:
## ... 25 228 340 301 104 ... : 0.00
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##
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##
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##
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##
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##
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## Alternative orders:
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##
## ...-56-|-171-133-82-193-175-|-70-...
## Alternative orders:
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##
## ...-171-|-133-82-193-175-70-|-326-...
## Alternative orders:
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## Alternative orders:
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## ... 393 357 153 299 22 ... : -2.93
## ... 153 357 393 299 22 ... : -3.49
## ... 393 357 299 22 153 ... : -3.50
## ... 153 393 357 299 22 ... : -5.37
##
## ...-357-|-393-22-299-153-124-|-323-...
## Alternative orders:
## ... 393 22 299 153 124 ... : 0.00
## ... 393 153 22 299 124 ... : -1.46
## ... 393 299 22 153 124 ... : -1.60
## ... 393 153 299 22 124 ... : -2.90
##
## ...-393-|-22-299-153-124-323-|-329-...
## Alternative orders:
## ... 22 299 153 124 323 ... : 0.00
## ... 153 22 299 124 323 ... : -1.46
## ... 299 22 153 124 323 ... : -1.60
## ... 153 299 22 124 323 ... : -2.90
##
## ...-22-|-299-153-124-323-329-|-305-...
## Alternative orders:
## ... 299 153 124 323 329 ... : 0.00
## ... 299 153 124 329 323 ... : -5.15
##
## ...-299-|-153-124-323-329-305-|-408-...
## Alternative orders:
## ... 153 124 323 305 329 ... : 0.00
## ... 153 124 305 323 329 ... : -0.37
## ... 153 124 305 329 323 ... : -2.76
## ... 153 124 323 329 305 ... : -3.30
##
## ...-153-|-124-323-329-305-408-|-108-...
## Alternative orders:
## ... 124 323 305 329 408 ... : 0.00
## ... 124 305 323 329 408 ... : -0.37
## ... 124 305 329 323 408 ... : -2.76
## ... 124 323 329 305 408 ... : -3.30
##
## ...-124-|-323-329-305-408-108-|-256-...
## Alternative orders:
## ... 323 305 329 408 108 : 0.00
## ... 305 323 329 408 108 : -0.37
## ... 305 329 323 408 108 : -2.76
## ... 323 329 305 408 108 : -3.30
## ... 108 408 329 323 305 : -4.99
##
## 323-|-329-305-408-108-256
## Alternative orders:
## 305 329 408 108 256 ... : 0.00
## 329 305 408 108 256 ... : -3.30
rf_graph_table(linkgroup_3_2_2_in, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##############LINKAGE GROUP 4#####################
#Defining the linkage group to be mapped (LG4)
LG4 <- make_seq(linked, 4)
LG4
##
## Number of markers: 40
## Markers in the sequence:
## AA384 AA166C AA66 BA210 BA113 BB208 CA497 CA415 CA399 CA384 CA297 CA233
## CB329 CB257 BD411 BD243 BD239 BD130 BD115 AA346C AA374C BA279C CA183C
## AAT367 BC512 BC321 BC216 BC192 CC531 CC270 MgSTS132 MgSTS228 MgSTS234
## MgSTS455 MgSTS262 MgSTS362 MgSTS492 MgSTS347 MgSTS477 MgSTS542B
##
## Parameters not estimated.
##Sorting the markers of LG4
LG4_rcd <- rcd(LG4)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 126 4 178 239 111 293 310 202 77 223 208 81 206 62 145 155 52 159 291 347 336 395 18 161 24 73 156 89 75 42 289 358 191 107 403 74 135 321 137 146
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
#TRY Command and RIPPLE Correction
LG4_ord <- order_seq(input.seq=LG4_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 126 4 178 239 111 293 310 202 77 223 208 81 206 62 145 155 52 159 291 347 336 395 18 161 24 73 156 89 75 42 289 358 191 107 403 74 135 321 137 146
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 161 --> CA183C : ......
## 156 --> AA374C : ......
## 395 --> MgSTS477 : ......
## 18 --> AA166C : .......
## 155 --> AA346C : ........
## 159 --> BA279C : ........
## 358 --> MgSTS347 : .........
## 291 --> MgSTS228 : .........
## 403 --> MgSTS542B : .........
## 289 --> MgSTS132 : .........
## 336 --> MgSTS362 : .........
## 293 --> MgSTS234 : ..........
## 310 --> MgSTS455 : ..........
## 178 --> AAT367 : ..........
## 321 --> MgSTS262 : ..........
## 111 --> CB257 : ...........
## 89 --> CA233 : ...........
## 75 --> CA399 : ...........
## 4 --> AA384 : ...........
## 145 --> BD130 : ...........
## 137 --> BD239 : ...........
## 206 --> BC216 : ............
## 191 --> BC512 : ............
## 239 --> CC270 : ............
## 62 --> BB208 : ............
## 107 --> CB329 : ............
## 77 --> CA384 : ............
## 81 --> CA297 : ............
## 73 --> CA497 : ............
## 74 --> CA415 : ............
## 24 --> AA66 : ............
## 52 --> BA113 : .............
## 135 --> BD243 : .............
## 202 --> BC321 : .............
## 223 --> CC531 : .............
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 42 126 24 18 395 336 321 347 208 137 159 146
##
## Markers not placed on the map: 4 178 239 111 293 310 202 77 223 81 206 62 145 155 52 291 161 73 156 89 75 289 358 191 107 403 74 135
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 4 --> AA384 : .............
## 178 --> AAT367 : .............
## 239 --> CC270 : .............
## 111 --> CB257 : .............
## 293 --> MgSTS234 : .............
## 310 --> MgSTS455 : .............
## 202 --> BC321 : .............
## 77 --> CA384 : .............
## 223 --> CC531 : .............
## 81 --> CA297 : .............
## 206 --> BC216 : .............
## 62 --> BB208 : .............
## 145 --> BD130 : .............
## 155 --> AA346C : .............
## 52 --> BA113 : .............
## 291 --> MgSTS228 : .............
## 161 --> CA183C : .............
## 73 --> CA497 : .............
## 156 --> AA374C : .............
## 89 --> CA233 : .............
## 75 --> CA399 : .............
## 289 --> MgSTS132 : .............
## 358 --> MgSTS347 : .............
## 191 --> BC512 : .............
## 107 --> CB329 : .............
## 403 --> MgSTS542B : .............
## 74 --> CA415 : .............
## 135 --> BD243 : .............
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 156 --> AA374C : .............
## 73 --> CA497 : ..............
## 145 --> BD130 : ...............
## 135 --> BD243 : ................
## 52 --> BA113 : .................
## 223 --> CC531 : ..................
## 239 --> CC270 : ...................
## 293 --> MgSTS234 : ....................
## 206 --> BC216 : .....................
## 111 --> CB257 : ......................
## 155 --> AA346C : .......................
## 77 --> CA384 : ........................
## 202 --> BC321 : .........................
## 310 --> MgSTS455 : ..........................
## 291 --> MgSTS228 : ...........................
## 4 --> AA384 : ............................
## 62 --> BB208 : .............................
## 161 --> CA183C : ..............................
## 178 --> AAT367 : ...............................
## 89 --> CA233 : ................................
## 74 --> CA415 : .................................
## 81 --> CA297 : ..................................
## 289 --> MgSTS132 : ...................................
## 358 --> MgSTS347 : ....................................
## 107 --> CB329 : .....................................
## 75 --> CA399 : ......................................
## 191 --> BC512 : .......................................
## 403 --> MgSTS542B : ........................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_4 <- make_seq(LG4_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_4, ws=5, LOD=6)
## 74-75-289-358-191-|-42-...
## Alternative orders:
## 74 75 289 358 191 ... : 0.00
## 74 191 358 289 75 ... : -4.55
## 74 75 289 191 358 ... : -5.59
##
## ...-74-|-75-289-358-191-42-|-107-...
## Alternative orders:
## 42 75 289 358 191 ... : 0.00
## 75 42 289 358 191 ... : -0.01
## 75 42 289 191 358 ... : -4.85
## 42 75 289 191 358 ... : -4.86
##
## ...-75-|-289-358-191-42-107-|-403-...
## Alternative orders:
## ... 42 289 358 191 107 ... : 0.00
## ... 42 289 358 107 191 ... : -0.30
## ... 42 289 191 358 107 ... : -4.84
##
## ...-289-|-358-191-42-107-403-|-4-...
## Alternative orders:
## ... 42 191 358 403 107 ... : 0.00
## ... 358 403 107 191 42 ... : -0.28
## ... 358 403 191 107 42 ... : -0.37
## ... 358 191 403 107 42 ... : -0.44
## ... 42 358 191 403 107 ... : -2.39
## ... 191 358 403 107 42 ... : -2.50
## ... 42 358 403 107 191 ... : -2.54
## ... 358 42 191 107 403 ... : -2.56
## ... 42 358 403 191 107 ... : -2.62
## ... 358 191 42 107 403 ... : -2.77
## ... 358 42 107 191 403 ... : -2.87
## ... 42 358 191 107 403 ... : -4.60
## ... 191 42 358 403 107 ... : -4.72
## ... 42 358 107 191 403 ... : -4.84
## ... 42 191 358 107 403 ... : -5.16
##
## ...-358-|-191-42-107-403-4-|-178-...
## Alternative orders:
## ... 403 107 191 42 4 ... : 0.00
## ... 403 191 107 42 4 ... : -0.09
## ... 191 403 107 42 4 ... : -0.16
## ... 42 191 107 403 4 ... : -2.28
## ... 191 42 107 403 4 ... : -2.49
## ... 42 107 191 403 4 ... : -2.58
##
## ...-191-|-42-107-403-4-178-|-293-...
## Alternative orders:
## ... 403 107 42 4 178 ... : 0.00
## ... 42 107 403 4 178 ... : -2.33
## ... 403 107 42 178 4 ... : -2.44
## ... 42 107 403 178 4 ... : -4.82
##
## ...-42-|-107-403-4-178-293-|-111-...
## Alternative orders:
## ... 107 403 4 178 293 ... : 0.00
## ... 107 403 178 4 293 ... : -2.49
##
## ...-107-|-403-4-178-293-111-|-239-...
## Alternative orders:
## ... 403 4 178 111 293 ... : 0.00
## ... 403 4 178 293 111 ... : -2.38
## ... 403 178 4 293 111 ... : -4.87
##
## ...-403-|-4-178-293-111-239-|-202-...
## Alternative orders:
## ... 4 178 111 293 239 ... : 0.00
## ... 4 178 293 111 239 ... : -2.38
## ... 4 178 111 239 293 ... : -3.05
## ... 4 178 239 111 293 ... : -4.25
## ... 178 4 293 111 239 ... : -4.87
##
## ...-4-|-178-293-111-239-202-|-310-...
## Alternative orders:
## ... 178 111 293 239 202 ... : 0.00
## ... 178 293 111 239 202 ... : -2.38
## ... 178 111 239 293 202 ... : -3.05
## ... 178 239 111 293 202 ... : -4.25
##
## ...-178-|-293-111-239-202-310-|-126-...
## Alternative orders:
## ... 111 293 239 202 310 ... : 0.00
## ... 111 293 239 310 202 ... : -0.64
## ... 293 111 239 202 310 ... : -2.38
## ... 293 111 239 310 202 ... : -2.84
## ... 111 239 293 310 202 ... : -2.95
## ... 111 239 293 202 310 ... : -3.05
## ... 239 111 293 202 310 ... : -4.25
## ... 239 111 293 310 202 ... : -4.47
##
## ...-293-|-111-239-202-310-126-|-89-...
## Alternative orders:
## ... 111 239 202 310 126 ... : 0.00
## ... 111 239 310 202 126 ... : -0.47
##
## ...-111-|-239-202-310-126-89-|-156-...
## Alternative orders:
## ... 239 202 310 126 89 ... : 0.00
## ... 239 310 202 126 89 ... : -0.47
##
## ...-239-|-202-310-126-89-156-|-73-...
## Alternative orders:
## ... 202 310 126 89 156 ... : 0.00
## ... 310 202 126 89 156 ... : -0.47
##
## ...-202-|-310-126-89-156-73-|-135-... OK
##
## ...-310-|-126-89-156-73-135-|-161-... OK
##
## ...-126-|-89-156-73-135-161-|-24-... OK
##
## ...-89-|-156-73-135-161-24-|-18-...
## Alternative orders:
## ... 156 73 135 161 24 ... : 0.00
## ... 156 73 135 24 161 ... : -1.34
##
## ...-156-|-73-135-161-24-18-|-395-...
## Alternative orders:
## ... 73 135 161 24 18 ... : 0.00
## ... 73 135 24 161 18 ... : -1.34
##
## ...-73-|-135-161-24-18-395-|-336-...
## Alternative orders:
## ... 135 161 24 18 395 ... : 0.00
## ... 135 24 161 18 395 ... : -1.34
##
## ...-135-|-161-24-18-395-336-|-321-...
## Alternative orders:
## ... 161 24 18 395 336 ... : 0.00
## ... 24 161 18 395 336 ... : -1.34
##
## ...-161-|-24-18-395-336-321-|-347-... OK
##
## ...-24-|-18-395-336-321-347-|-223-... OK
##
## ...-18-|-395-336-321-347-223-|-208-... OK
##
## ...-395-|-336-321-347-223-208-|-206-...
## Alternative orders:
## ... 336 321 347 208 223 ... : 0.00
## ... 336 321 347 223 208 ... : -3.43
##
## ...-336-|-321-347-223-208-206-|-81-...
## Alternative orders:
## ... 321 347 208 223 206 ... : 0.00
## ... 321 347 223 208 206 ... : -3.43
##
## ...-321-|-347-223-208-206-81-|-62-...
## Alternative orders:
## ... 347 208 223 206 81 ... : 0.00
## ... 347 208 223 81 206 ... : -0.71
## ... 347 223 208 206 81 ... : -3.43
##
## ...-347-|-223-208-206-81-62-|-291-...
## Alternative orders:
## ... 208 223 206 81 62 ... : 0.00
## ... 208 223 81 206 62 ... : -0.71
## ... 223 208 206 81 62 ... : -3.43
##
## ...-223-|-208-206-81-62-291-|-137-...
## Alternative orders:
## ... 208 206 81 62 291 ... : 0.00
## ... 208 206 291 62 81 ... : -3.26
## ... 208 206 81 291 62 ... : -5.24
##
## ...-208-|-206-81-62-291-137-|-145-...
## Alternative orders:
## ... 206 81 62 291 137 ... : 0.00
## ... 206 291 62 81 137 ... : -3.26
## ... 206 291 137 81 62 ... : -5.20
## ... 206 81 291 62 137 ... : -5.24
##
## ...-206-|-81-62-291-137-145-|-159-...
## Alternative orders:
## ... 81 62 291 137 145 ... : 0.00
## ... 291 62 81 137 145 ... : -3.26
## ... 137 145 81 62 291 ... : -4.30
## ... 291 137 145 81 62 ... : -4.40
## ... 81 291 137 145 62 ... : -4.68
## ... 291 137 81 62 145 ... : -5.20
## ... 81 291 62 137 145 ... : -5.24
## ... 291 137 81 145 62 ... : -5.48
## ... 291 62 81 145 137 ... : -5.52
## ... 62 291 137 145 81 ... : -5.68
## ... 291 137 145 62 81 ... : -5.74
##
## ...-81-|-62-291-137-145-159-|-52-...
## Alternative orders:
## ... 62 291 159 137 145 ... : 0.00
## ... 62 291 137 159 145 ... : -0.69
## ... 291 62 159 137 145 ... : -1.62
## ... 62 291 137 145 159 ... : -1.77
## ... 62 159 291 137 145 ... : -2.44
## ... 159 62 291 137 145 ... : -2.67
## ... 137 291 62 159 145 ... : -4.35
## ... 159 291 137 145 62 ... : -4.53
## ... 291 62 137 159 145 ... : -5.67
##
## ...-62-|-291-137-145-159-52-|-155-...
## Alternative orders:
## ... 291 159 137 145 52 ... : 0.00
## ... 291 137 159 52 145 ... : -0.66
## ... 291 137 159 145 52 ... : -0.69
## ... 291 137 145 159 52 ... : -1.77
## ... 159 291 137 145 52 ... : -2.44
##
## ...-291-|-137-145-159-52-155-|-77-...
## Alternative orders:
## ... 137 145 155 52 159 ... : 0.00
## ... 52 155 145 137 159 ... : -1.64
## ... 137 159 52 155 145 ... : -1.97
## ... 159 137 145 155 52 ... : -2.08
## ... 159 52 155 145 137 ... : -2.59
## ... 137 145 52 155 159 ... : -3.05
## ... 137 159 145 155 52 ... : -3.65
## ... 159 137 145 52 155 ... : -4.30
## ... 155 52 145 137 159 ... : -4.91
## ... 137 159 52 145 155 ... : -4.96
## ... 137 159 145 52 155 ... : -4.99
##
## ...-137-|-145-159-52-155-77-|-146-...
## Alternative orders:
## ... 145 155 52 159 77 : 0.00
## ... 159 52 155 145 77 : -1.97
## ... 145 52 155 159 77 : -3.05
## ... 159 145 155 52 77 : -3.65
## ... 159 52 145 155 77 : -4.96
## ... 159 145 52 155 77 : -4.99
## ... 145 77 155 52 159 : -5.45
##
## 145-|-159-52-155-77-146
## Alternative orders:
## 155 52 159 146 77 ... : 0.00
## 155 52 159 77 146 ... : -1.60
## 52 155 159 146 77 ... : -3.08
## 52 155 159 77 146 ... : -4.65
##Heatmap
rf_graph_table(linkgroup_4, axis.cex=.7, inter=FALSE)
## Removing markers: 126, 135, 321, 137 and 146
RM4 <- drop_marker(LG4, c(126,135,321,137,146))
RM4<-group(RM4)
## Selecting markers:
## group 1
## ...................................
RM4
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "RM4"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.37
##
## No. markers: 35
## No. groups: 1
## No. linked markers: 35
## No. unlinked markers: 0
##
## Printing groups:
## Group 1 : 35 markers
## AA384 AA166C AA66 BA210 BA113 BB208 CA497 CA415 CA399 CA384 CA297 CA233 CB329 CB257 BD130 AA346C AA374C BA279C CA183C AAT367 BC512 BC321 BC216 BC192 CC531 CC270 MgSTS132 MgSTS228 MgSTS234 MgSTS455 MgSTS362 MgSTS492 MgSTS347 MgSTS477 MgSTS542B
set_map_fun(type="kosambi")
LG4RM <- make_seq(RM4, 1)
LG4RM
##
## Number of markers: 35
## Markers in the sequence:
## AA384 AA166C AA66 BA210 BA113 BB208 CA497 CA415 CA399 CA384 CA297 CA233
## CB329 CB257 BD130 AA346C AA374C BA279C CA183C AAT367 BC512 BC321 BC216
## BC192 CC531 CC270 MgSTS132 MgSTS228 MgSTS234 MgSTS455 MgSTS362 MgSTS492
## MgSTS347 MgSTS477 MgSTS542B
##
## Parameters not estimated.
LG4RM_rcd <- rcd(LG4RM)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 74 403 107 191 358 289 42 75 89 156 73 24 161 18 395 336 347 291 159 52 155 145 62 206 81 208 223 77 202 310 293 111 239 178 4
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG4RM_ord <- order_seq(input.seq=LG4RM_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 74 403 107 191 358 289 42 75 89 156 73 24 161 18 395 336 347 291 159 52 155 145 62 206 81 208 223 77 202 310 293 111 239 178 4
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 161 --> CA183C : ......
## 18 --> AA166C : .......
## 395 --> MgSTS477 : ........
## 155 --> AA346C : .........
## 159 --> BA279C : .........
## 358 --> MgSTS347 : .........
## 403 --> MgSTS542B : .........
## 289 --> MgSTS132 : ..........
## 336 --> MgSTS362 : ...........
## 310 --> MgSTS455 : ............
## 293 --> MgSTS234 : .............
## 178 --> AAT367 : ..............
## 347 --> MgSTS492 : ..............
## 111 --> CB257 : ..............
## 75 --> CA399 : ..............
## 89 --> CA233 : ..............
## 145 --> BD130 : ...............
## 191 --> BC512 : ...............
## 206 --> BC216 : ...............
## 239 --> CC270 : ................
## 62 --> BB208 : ................
## 107 --> CB329 : ................
## 73 --> CA497 : ................
## 81 --> CA297 : ................
## 77 --> CA384 : ................
## 24 --> AA66 : ................
## 42 --> BA210 : ................
## 52 --> BA113 : ................
## 202 --> BC321 : .................
## 223 --> CC531 : .................
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 403 289 74 89 156 161 18 395 336 208 206 291 52 310 293 4
##
## Markers not placed on the map: 107 191 358 42 75 73 24 347 159 155 145 62 81 223 77 202 111 239 178
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 107 --> CB329 : .................
## 191 --> BC512 : .................
## 358 --> MgSTS347 : .................
## 42 --> BA210 : .................
## 75 --> CA399 : .................
## 73 --> CA497 : .................
## 24 --> AA66 : .................
## 347 --> MgSTS492 : .................
## 159 --> BA279C : .................
## 155 --> AA346C : .................
## 145 --> BD130 : .................
## 62 --> BB208 : .................
## 81 --> CA297 : .................
## 223 --> CC531 : .................
## 77 --> CA384 : .................
## 202 --> BC321 : .................
## 111 --> CB257 : .................
## 239 --> CC270 : .................
## 178 --> AAT367 : .................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 358 --> MgSTS347 : .................
## 347 --> MgSTS492 : ..................
## 73 --> CA497 : ...................
## 145 --> BD130 : ....................
## 81 --> CA297 : .....................
## 62 --> BB208 : ......................
## 191 --> BC512 : .......................
## 107 --> CB329 : ........................
## 111 --> CB257 : .........................
## 75 --> CA399 : ..........................
## 202 --> BC321 : ...........................
## 223 --> CC531 : ............................
## 159 --> BA279C : .............................
## 155 --> AA346C : ..............................
## 77 --> CA384 : ...............................
## 239 --> CC270 : ................................
## 178 --> AAT367 : .................................
## 24 --> AA66 : ..................................
## 42 --> BA210 : ...................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_4RM <- make_seq(LG4RM_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_4RM, ws=5, LOD=6)
## 107-403-358-191-289-|-42-...
## Alternative orders:
## 107 403 191 358 289 ... : 0.00
## 191 107 403 358 289 ... : -0.41
## 107 191 403 358 289 ... : -0.49
## 107 403 358 191 289 ... : -1.91
## 403 107 191 358 289 ... : -2.23
## 403 191 107 358 289 ... : -2.53
##
## ...-107-|-403-358-191-289-42-|-75-...
## Alternative orders:
## 403 191 358 289 42 ... : 0.00
## 191 403 358 289 42 ... : -0.49
## 403 358 191 289 42 ... : -1.91
##
## ...-403-|-358-191-289-42-75-|-74-...
## Alternative orders:
## ... 191 358 289 42 75 ... : 0.00
## ... 191 358 289 75 42 ... : -0.14
## ... 358 191 289 42 75 ... : -1.91
## ... 358 191 289 75 42 ... : -2.06
##
## ...-358-|-191-289-42-75-74-|-89-...
## Alternative orders:
## ... 191 289 42 75 74 ... : 0.00
## ... 191 289 75 42 74 ... : -0.16
##
## ...-191-|-289-42-75-74-89-|-156-...
## Alternative orders:
## ... 289 42 75 74 89 ... : 0.00
## ... 289 75 42 74 89 ... : -0.16
##
## ...-289-|-42-75-74-89-156-|-73-...
## Alternative orders:
## ... 42 75 74 89 156 ... : 0.00
## ... 75 42 74 89 156 ... : -0.16
##
## ...-42-|-75-74-89-156-73-|-24-...
## Alternative orders:
## ... 75 74 89 156 73 ... : 0.00
## ... 75 74 89 73 156 ... : -5.75
##
## ...-75-|-74-89-156-73-24-|-161-...
## Alternative orders:
## ... 74 89 156 73 24 ... : 0.00
## ... 74 89 73 156 24 ... : -5.75
##
## ...-74-|-89-156-73-24-161-|-18-...
## Alternative orders:
## ... 89 156 73 24 161 ... : 0.00
## ... 89 156 73 161 24 ... : -1.67
## ... 89 73 156 24 161 ... : -5.75
##
## ...-89-|-156-73-24-161-18-|-395-...
## Alternative orders:
## ... 156 73 24 161 18 ... : 0.00
## ... 156 73 161 24 18 ... : -1.67
## ... 73 156 24 161 18 ... : -5.75
##
## ...-156-|-73-24-161-18-395-|-336-...
## Alternative orders:
## ... 73 24 161 18 395 ... : 0.00
## ... 73 161 24 18 395 ... : -1.67
##
## ...-73-|-24-161-18-395-336-|-347-...
## Alternative orders:
## ... 24 161 18 395 336 ... : 0.00
## ... 161 24 18 395 336 ... : -1.67
##
## ...-24-|-161-18-395-336-347-|-208-... OK
##
## ...-161-|-18-395-336-347-208-|-223-... OK
##
## ...-18-|-395-336-347-208-223-|-77-... OK
##
## ...-395-|-336-347-208-223-77-|-206-... OK
##
## ...-336-|-347-208-223-77-206-|-81-... OK
##
## ...-347-|-208-223-77-206-81-|-62-...
## Alternative orders:
## ... 208 223 77 81 206 ... : 0.00
## ... 208 223 77 206 81 ... : -0.74
##
## ...-208-|-223-77-206-81-62-|-291-...
## Alternative orders:
## ... 223 77 81 206 62 ... : 0.00
## ... 223 77 206 81 62 ... : -0.74
## ... 223 77 62 81 206 ... : -3.33
## ... 223 77 62 206 81 ... : -5.06
##
## ...-223-|-77-206-81-62-291-|-159-...
## Alternative orders:
## ... 77 81 206 62 291 ... : 0.00
## ... 77 206 81 62 291 ... : -0.74
## ... 77 81 206 291 62 ... : -1.12
## ... 77 206 291 62 81 ... : -1.79
## ... 77 206 81 291 62 ... : -2.49
## ... 77 62 81 206 291 ... : -3.33
## ... 77 291 62 81 206 ... : -4.38
## ... 77 291 62 206 81 ... : -5.02
## ... 206 77 291 62 81 ... : -5.03
## ... 77 62 206 81 291 ... : -5.06
## ... 77 206 62 291 81 ... : -5.35
## ... 77 206 291 81 62 ... : -5.71
##
## ...-77-|-206-81-62-291-159-|-145-...
## Alternative orders:
## ... 81 206 62 291 159 ... : 0.00
## ... 206 81 62 291 159 ... : -0.74
## ... 81 206 291 62 159 ... : -1.12
## ... 206 291 62 81 159 ... : -1.79
## ... 206 81 291 62 159 ... : -2.49
## ... 62 81 206 291 159 ... : -3.33
## ... 206 159 81 62 291 ... : -4.22
## ... 291 62 81 206 159 ... : -4.38
## ... 291 62 206 81 159 ... : -5.02
## ... 62 206 81 291 159 ... : -5.06
## ... 206 62 291 81 159 ... : -5.35
## ... 206 291 81 62 159 ... : -5.71
##
## ...-206-|-81-62-291-159-145-|-155-...
## Alternative orders:
## ... 81 62 291 159 145 ... : 0.00
## ... 291 62 81 159 145 ... : -1.05
## ... 81 291 62 159 145 ... : -1.75
## ... 159 145 81 62 291 ... : -3.17
## ... 159 81 62 291 145 ... : -3.48
## ... 159 81 145 62 291 ... : -4.37
## ... 62 291 81 159 145 ... : -4.61
## ... 159 81 62 145 291 ... : -4.75
## ... 291 81 62 159 145 ... : -4.96
## ... 159 145 81 291 62 ... : -5.60
## ... 159 291 62 81 145 ... : -5.71
## ... 159 81 145 291 62 ... : -5.77
##
## ...-81-|-62-291-159-145-155-|-52-...
## Alternative orders:
## ... 62 291 159 145 155 ... : 0.00
## ... 291 62 159 145 155 ... : -1.75
## ... 62 291 159 155 145 ... : -5.80
##
## ...-62-|-291-159-145-155-52-|-310-...
## Alternative orders:
## ... 291 159 145 155 52 ... : 0.00
## ... 291 159 145 52 155 ... : -3.81
## ... 291 159 52 145 155 ... : -4.46
## ... 291 159 52 155 145 ... : -4.65
## ... 291 159 155 145 52 ... : -5.80
##
## ...-291-|-159-145-155-52-310-|-202-...
## Alternative orders:
## ... 159 145 155 52 310 ... : 0.00
## ... 159 145 52 155 310 ... : -3.81
## ... 159 52 145 155 310 ... : -4.46
## ... 159 52 155 145 310 ... : -4.65
## ... 159 155 145 52 310 ... : -5.80
##
## ...-159-|-145-155-52-310-202-|-239-...
## Alternative orders:
## ... 145 155 52 310 202 ... : 0.00
## ... 145 155 52 202 310 ... : -2.54
## ... 145 52 155 202 310 ... : -3.21
## ... 52 145 155 202 310 ... : -3.70
## ... 145 52 155 310 202 ... : -3.81
## ... 52 155 145 202 310 ... : -4.18
## ... 52 145 155 310 202 ... : -4.46
## ... 52 155 145 310 202 ... : -4.65
## ... 155 145 52 310 202 ... : -5.80
##
## ...-145-|-155-52-310-202-239-|-293-...
## Alternative orders:
## ... 155 52 310 202 239 ... : 0.00
## ... 155 52 202 310 239 ... : -2.54
## ... 52 155 202 310 239 ... : -3.21
## ... 52 155 310 202 239 ... : -3.81
##
## ...-155-|-52-310-202-239-293-|-111-...
## Alternative orders:
## ... 52 310 202 239 293 ... : 0.00
## ... 52 202 310 239 293 ... : -2.54
## ... 52 310 202 293 239 ... : -3.19
## ... 52 202 310 293 239 ... : -4.92
##
## ...-52-|-310-202-239-293-111-|-178-...
## Alternative orders:
## ... 310 202 239 293 111 ... : 0.00
## ... 310 202 239 111 293 ... : -2.41
## ... 202 310 239 293 111 ... : -2.54
## ... 310 202 293 239 111 ... : -3.19
## ... 310 202 293 111 239 ... : -4.12
## ... 202 310 239 111 293 ... : -4.77
## ... 202 310 293 239 111 ... : -4.92
##
## ...-310-|-202-239-293-111-178-|-4-...
## Alternative orders:
## ... 202 239 293 111 178 : 0.00
## ... 202 239 111 293 178 : -2.41
## ... 202 293 239 111 178 : -3.19
## ... 202 293 111 239 178 : -4.12
##
## 202-|-239-293-111-178-4
## Alternative orders:
## 239 293 111 178 4 ... : 0.00
## 239 111 293 178 4 ... : -2.41
## 293 239 111 178 4 ... : -3.19
## 293 111 239 178 4 ... : -4.12
## 239 111 293 4 178 ... : -4.91
rf_graph_table(linkgroup_4RM, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##############LINKAGE GROUP 5#####################
#Defining the linkage group to be mapped (LG5)
LG5 <- make_seq(linked, 5)
LG5
##
## Number of markers: 21
## Markers in the sequence:
## AA378 AA268 AA163 BA69 BB210 BB186 CA264 CA226 CB230 BD316C BD173 AA118C
## AA454C BC506 CC342 CC124 MgSTS40 MgSTS245 MgSTS282A MgSTS255 MgSTS586
##
## Parameters not estimated.
##Sorting the markers of LG5
LG5_rcd <- rcd(LG5)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 65 247 282 5 371 54 141 113 86 91 129 61 294 13 157 234 19 192 332 333 152
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
#TRY Command and RIPPLE Correction
LG5_ord <- order_seq(input.seq=LG5_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 65 247 282 5 371 54 141 113 86 91 129 61 294 13 157 234 19 192 332 333 152
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 157 --> AA454C : ......
## 282 --> MgSTS40 : ......
## 371 --> MgSTS586 : .......
## 294 --> MgSTS245 : ........
## 333 --> MgSTS255 : .........
## 332 --> MgSTS282A : ..........
## 86 --> CA264 : ...........
## 5 --> AA378 : ............
## 19 --> AA163 : .............
## 141 --> BD173 : ..............
## 192 --> BC506 : ..............
## 61 --> BB210 : ...............
## 113 --> CB230 : ...............
## 91 --> CA226 : ...............
## 13 --> AA268 : ...............
## 247 --> CC124 : ................
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 65 282 371 54 129 5 86 294 13 234 19 192 332 333 152
##
## Markers not placed on the map: 247 141 113 91 61 157
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 247 --> CC124 : ................
## 141 --> BD173 : ................
## 113 --> CB230 : ................
## 91 --> CA226 : ................
## 61 --> BB210 : ................
## 157 --> AA454C : ................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 113 --> CB230 : ................
## 247 --> CC124 : .................
## 157 --> AA454C : ..................
## 141 --> BD173 : ...................
## 61 --> BB210 : ....................
## 91 --> CA226 : .....................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_5 <- make_seq(LG5_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_5, ws=5, LOD=6)
## 65-247-282-371-54-|-113-...
## Alternative orders:
## 65 247 282 371 54 ... : 0.00
## 247 65 282 371 54 ... : -4.22
##
## ...-65-|-247-282-371-54-113-|-61-... OK
##
## ...-247-|-282-371-54-113-61-|-129-...
## Alternative orders:
## ... 282 371 54 113 61 ... : 0.00
## ... 282 371 54 61 113 ... : -4.39
##
## ...-282-|-371-54-113-61-129-|-5-...
## Alternative orders:
## ... 371 54 113 61 129 ... : 0.00
## ... 371 54 113 129 61 ... : -3.62
## ... 371 54 129 61 113 ... : -3.76
## ... 371 54 61 113 129 ... : -4.39
##
## ...-371-|-54-113-61-129-5-|-91-...
## Alternative orders:
## ... 54 113 61 129 5 ... : 0.00
## ... 54 113 129 61 5 ... : -3.62
## ... 54 129 61 113 5 ... : -3.76
## ... 54 61 113 129 5 ... : -4.39
##
## ...-54-|-113-61-129-5-91-|-141-...
## Alternative orders:
## ... 113 61 129 5 91 ... : 0.00
## ... 113 61 129 91 5 ... : -0.77
## ... 113 129 61 91 5 ... : -1.44
## ... 129 61 113 91 5 ... : -3.21
## ... 113 129 61 5 91 ... : -3.62
## ... 129 61 113 5 91 ... : -3.76
## ... 129 113 61 91 5 ... : -3.89
## ... 61 113 129 5 91 ... : -4.39
## ... 61 113 129 91 5 ... : -5.21
## ... 61 129 113 91 5 ... : -5.96
##
## ...-113-|-61-129-5-91-141-|-86-...
## Alternative orders:
## ... 61 129 5 91 141 ... : 0.00
## ... 61 129 91 5 141 ... : -0.77
## ... 61 129 5 141 91 ... : -1.05
## ... 129 61 91 5 141 ... : -1.44
## ... 129 61 5 91 141 ... : -3.62
## ... 129 61 5 141 91 ... : -3.96
## ... 129 61 91 141 5 ... : -5.93
##
## ...-61-|-129-5-91-141-86-|-294-...
## Alternative orders:
## ... 129 5 91 141 86 ... : 0.00
## ... 129 91 5 141 86 ... : -0.77
## ... 129 5 141 86 91 ... : -1.03
## ... 129 5 141 91 86 ... : -1.05
## ... 129 5 91 86 141 ... : -3.07
## ... 129 91 5 86 141 ... : -3.84
## ... 129 5 86 91 141 ... : -4.30
## ... 129 5 86 141 91 ... : -4.60
##
## ...-129-|-5-91-141-86-294-|-13-...
## Alternative orders:
## ... 5 91 141 86 294 ... : 0.00
## ... 91 5 141 86 294 ... : -0.77
## ... 5 141 86 91 294 ... : -1.03
## ... 5 141 91 86 294 ... : -1.05
## ... 5 91 86 141 294 ... : -3.07
## ... 91 5 86 141 294 ... : -3.84
## ... 5 86 91 141 294 ... : -4.30
## ... 5 86 141 91 294 ... : -4.60
##
## ...-5-|-91-141-86-294-13-|-234-...
## Alternative orders:
## ... 91 141 86 294 13 ... : 0.00
## ... 141 86 91 294 13 ... : -1.03
## ... 141 91 86 294 13 ... : -1.05
## ... 91 86 141 294 13 ... : -3.07
## ... 86 91 141 294 13 ... : -4.30
## ... 86 141 91 294 13 ... : -4.60
##
## ...-91-|-141-86-294-13-234-|-157-...
## Alternative orders:
## ... 141 86 294 13 234 ... : 0.00
## ... 141 86 294 234 13 ... : -0.27
## ... 86 141 294 13 234 ... : -3.07
## ... 86 141 294 234 13 ... : -3.33
##
## ...-141-|-86-294-13-234-157-|-19-...
## Alternative orders:
## ... 86 294 13 234 157 ... : 0.00
## ... 86 294 234 13 157 ... : -0.27
## ... 86 294 13 157 234 ... : -3.71
##
## ...-86-|-294-13-234-157-19-|-192-...
## Alternative orders:
## ... 294 13 234 157 19 ... : 0.00
## ... 294 234 13 157 19 ... : -0.27
## ... 294 13 157 234 19 ... : -3.71
##
## ...-294-|-13-234-157-19-192-|-332-...
## Alternative orders:
## ... 13 234 157 19 192 ... : 0.00
## ... 234 13 157 19 192 ... : -0.27
## ... 13 157 234 19 192 ... : -3.71
##
## ...-13-|-234-157-19-192-332-|-333-...
## Alternative orders:
## ... 234 157 19 192 332 ... : 0.00
## ... 157 234 19 192 332 ... : -3.71
##
## ...-234-|-157-19-192-332-333-|-152-...
## Alternative orders:
## ... 157 19 192 332 333 : 0.00
## ... 157 19 332 333 192 : -5.16
## ... 157 19 192 333 332 : -5.75
##
## 157-|-19-192-332-333-152
## Alternative orders:
## 19 192 332 333 152 ... : 0.00
## 19 332 333 192 152 ... : -5.16
## 19 192 333 332 152 ... : -5.75
##Heatmap
rf_graph_table(linkgroup_5, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##############LINKAGE GROUP 6#####################
#Defining the linkage group to be mapped (LG6)
LG6 <- make_seq(linked, 6)
LG6
##
## Number of markers: 51
## Too many markers - not printing their names
##
## Parameters not estimated.
##Sorting the markers of LG6
LG6_rcd <- rcd(LG6)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 224 309 306 267 402 418 9 51 20 12 11 181 139 274 401 354 411 359 273 264 292 417 280 412 254 268 186 106 143 39 240 83 230 99 398 399 343 272 342 389 297 414 351 344 195 6 204 246 213 312 150
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
##TRY Command and RIPPLE Correction
LG6_ord <- order_seq(input.seq=LG6_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 224 309 306 267 402 418 9 51 20 12 11 181 139 274 401 354 411 359 273 264 292 417 280 412 254 268 186 106 143 39 240 83 230 99 398 399 343 272 342 389 297 414 351 344 195 6 204 246 213 312 150
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 99 --> CA152C : ......
## 389 --> MgSTS606 : .......
## 6 --> AA371C : ........
## 399 --> MgSTS504B : .........
## 412 --> MgSTS220 : .........
## 398 --> MgSTS504A : .........
## 411 --> MgSTS459 : ..........
## 292 --> MgSTS229 : ..........
## 267 --> MgSTS25 : ...........
## 280 --> MgSTS58 : ............
## 273 --> MgSTS105 : .............
## 312 --> MgSTS480 : ..............
## 401 --> MgSTS545 : ...............
## 402 --> MgSTS542A : ................
## 309 --> MgSTS529 : .................
## 306 --> MgSTS508 : .................
## 181 --> AAT230 : .................
## 418 --> MgSTS440 : ..................
## 254 --> CC171C : ..................
## 343 --> MgSTS453 : ..................
## 264 --> MgSTS21 : ..................
## 414 --> MgSTS467 : ..................
## 354 --> MgSTS314 : ...................
## 344 --> MgSTS456 : ....................
## 297 --> MgSTS323 : .....................
## 417 --> MgSTS431 : .....................
## 342 --> MgSTS426 : ......................
## 186 --> AAT300 : ......................
## 351 --> MgSTS430 : ......................
## 359 --> MgSTS320 : ......................
## 106 --> CB333 : .......................
## 83 --> CA283 : .......................
## 9 --> AA311 : .......................
## 11 --> AA277 : .......................
## 39 --> BA222 : .......................
## 139 --> BD179 : .......................
## 204 --> BC243 : .......................
## 213 --> BC125 : .......................
## 230 --> CC381 : .......................
## 20 --> AA158 : ........................
## 12 --> AA270 : ........................
## 51 --> BA117 : ........................
## 143 --> BD169 : ........................
## 195 --> BC392 : ........................
## 240 --> CC262 : .........................
## 246 --> CC126 : .........................
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 224 267 402 401 354 274 181 359 273 280 417 292 312 230 99 268 398 272 389 414 344 195 6 150
##
## Markers not placed on the map: 309 306 418 9 51 20 12 11 139 411 264 412 254 186 106 143 39 240 83 399 343 342 297 351 204 246 213
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 309 --> MgSTS529 : .........................
## 306 --> MgSTS508 : .........................
## 418 --> MgSTS440 : .........................
## 9 --> AA311 : .........................
## 51 --> BA117 : .........................
## 20 --> AA158 : .........................
## 12 --> AA270 : .........................
## 11 --> AA277 : .........................
## 139 --> BD179 : .........................
## 411 --> MgSTS459 : .........................
## 264 --> MgSTS21 : .........................
## 412 --> MgSTS220 : .........................
## 254 --> CC171C : .........................
## 186 --> AAT300 : .........................
## 106 --> CB333 : .........................
## 143 --> BD169 : .........................
## 39 --> BA222 : .........................
## 240 --> CC262 : .........................
## 83 --> CA283 : .........................
## 399 --> MgSTS504B : .........................
## 343 --> MgSTS453 : .........................
## 342 --> MgSTS426 : .........................
## 297 --> MgSTS323 : .........................
## 351 --> MgSTS430 : .........................
## 204 --> BC243 : .........................
## 246 --> CC126 : .........................
## 213 --> BC125 : .........................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 412 --> MgSTS220 : .........................
## 204 --> BC243 : ..........................
## 343 --> MgSTS453 : ...........................
## 411 --> MgSTS459 : ............................
## 106 --> CB333 : .............................
## 12 --> AA270 : ..............................
## 297 --> MgSTS323 : ...............................
## 418 --> MgSTS440 : ................................
## 240 --> CC262 : .................................
## 399 --> MgSTS504B : ..................................
## 139 --> BD179 : ...................................
## 264 --> MgSTS21 : ....................................
## 186 --> AAT300 : .....................................
## 306 --> MgSTS508 : ......................................
## 309 --> MgSTS529 : .......................................
## 143 --> BD169 : ........................................
## 11 --> AA277 : .........................................
## 351 --> MgSTS430 : ..........................................
## 246 --> CC126 : ...........................................
## 20 --> AA158 : ............................................
## 342 --> MgSTS426 : .............................................
## 51 --> BA117 : ..............................................
## 39 --> BA222 : ...............................................
## 83 --> CA283 : ................................................
## 213 --> BC125 : .................................................
## 9 --> AA311 : ..................................................
## 254 --> CC171C : ...................................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_6 <- make_seq(LG6_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_6, ws=5, LOD=6)
## 9-224-309-306-267-|-402-...
## Alternative orders:
## 9 224 309 306 267 ... : 0.00
## 9 224 306 309 267 ... : -1.11
## 224 306 309 9 267 ... : -1.40
## 9 309 306 224 267 ... : -2.08
## 224 309 306 9 267 ... : -2.30
## 9 306 309 224 267 ... : -2.42
## 306 309 224 9 267 ... : -3.51
## 224 9 309 306 267 ... : -4.05
## 309 306 224 9 267 ... : -5.16
## 224 9 306 309 267 ... : -5.90
##
## ...-9-|-224-309-306-267-402-|-418-...
## Alternative orders:
## 224 309 306 267 402 ... : 0.00
## 224 306 309 267 402 ... : -1.11
## 309 306 224 267 402 ... : -2.08
## 306 309 224 267 402 ... : -2.42
##
## ...-224-|-309-306-267-402-418-|-401-...
## Alternative orders:
## ... 306 309 418 402 267 ... : 0.00
## ... 309 306 418 402 267 ... : -0.97
##
## ...-309-|-306-267-402-418-401-|-354-... OK
##
## ...-306-|-267-402-418-401-354-|-274-... OK
##
## ...-267-|-402-418-401-354-274-|-139-...
## Alternative orders:
## ... 402 418 401 354 274 ... : 0.00
## ... 418 402 401 354 274 ... : -4.48
##
## ...-402-|-418-401-354-274-139-|-181-... OK
##
## ...-418-|-401-354-274-139-181-|-411-...
## Alternative orders:
## ... 401 354 274 139 181 ... : 0.00
## ... 181 139 274 354 401 ... : -1.93
## ... 181 139 274 401 354 ... : -1.94
## ... 401 354 274 181 139 ... : -3.55
## ... 181 139 401 354 274 ... : -3.72
## ... 181 401 354 274 139 ... : -4.74
##
## ...-401-|-354-274-139-181-411-|-359-...
## Alternative orders:
## ... 354 274 139 181 411 ... : 0.00
## ... 354 274 181 139 411 ... : -3.55
## ... 354 274 411 139 181 ... : -4.23
## ... 354 274 139 411 181 ... : -5.23
##
## ...-354-|-274-139-181-411-359-|-51-...
## Alternative orders:
## ... 274 139 181 411 359 ... : 0.00
## ... 274 181 139 411 359 ... : -3.55
## ... 274 411 139 181 359 ... : -4.23
## ... 274 139 411 359 181 ... : -4.86
## ... 274 139 411 181 359 ... : -5.23
## ... 274 411 359 139 181 ... : -5.89
##
## ...-274-|-139-181-411-359-51-|-11-...
## Alternative orders:
## ... 139 181 411 359 51 ... : 0.00
## ... 181 139 411 359 51 ... : -3.55
## ... 411 139 181 51 359 ... : -4.12
## ... 411 139 181 359 51 ... : -4.23
## ... 139 411 359 181 51 ... : -4.86
## ... 139 411 181 359 51 ... : -5.23
## ... 139 411 181 51 359 ... : -5.33
## ... 411 359 139 181 51 ... : -5.89
##
## ...-139-|-181-411-359-51-11-|-273-...
## Alternative orders:
## ... 181 411 359 51 11 ... : 0.00
## ... 181 411 359 11 51 ... : -0.39
## ... 411 181 11 51 359 ... : -1.16
## ... 181 11 51 359 411 ... : -1.31
## ... 411 359 181 11 51 ... : -2.40
## ... 411 181 51 11 359 ... : -3.48
## ... 181 51 11 359 411 ... : -3.53
## ... 181 11 51 411 359 ... : -3.88
## ... 411 181 11 359 51 ... : -4.35
## ... 411 181 359 11 51 ... : -4.50
## ... 411 359 181 51 11 ... : -4.86
## ... 411 181 359 51 11 ... : -5.23
## ... 411 181 51 359 11 ... : -5.33
## ... 181 51 11 411 359 ... : -5.51
## ... 181 411 11 51 359 ... : -5.70
##
## ...-181-|-411-359-51-11-273-|-264-...
## Alternative orders:
## ... 411 359 51 11 273 ... : 0.00
## ... 411 359 11 51 273 ... : -0.39
## ... 11 51 359 411 273 ... : -1.31
## ... 51 11 359 411 273 ... : -3.53
## ... 11 51 411 359 273 ... : -3.88
## ... 51 11 411 359 273 ... : -5.51
## ... 411 11 51 359 273 ... : -5.70
##
## ...-411-|-359-51-11-273-264-|-20-...
## Alternative orders:
## ... 359 51 11 273 264 ... : 0.00
## ... 359 11 51 273 264 ... : -0.39
## ... 359 51 11 264 273 ... : -0.99
## ... 359 11 51 264 273 ... : -2.27
## ... 11 51 359 273 264 ... : -5.70
##
## ...-359-|-51-11-273-264-20-|-12-...
## Alternative orders:
## ... 51 11 20 273 264 ... : 0.00
## ... 11 51 20 273 264 ... : -0.77
## ... 51 11 20 264 273 ... : -1.57
## ... 11 51 20 264 273 ... : -2.57
## ... 51 11 273 264 20 ... : -4.61
## ... 11 51 273 264 20 ... : -5.00
## ... 51 11 264 273 20 ... : -5.61
##
## ...-51-|-11-273-264-20-12-|-280-...
## Alternative orders:
## ... 20 12 11 273 264 ... : 0.00
## ... 11 20 12 273 264 ... : -0.20
## ... 11 20 273 264 12 ... : -0.26
## ... 20 11 12 273 264 ... : -0.89
## ... 11 12 20 273 264 ... : -1.67
## ... 11 20 264 273 12 ... : -1.84
## ... 12 11 20 273 264 ... : -2.81
## ... 20 12 11 264 273 ... : -2.84
## ... 11 20 12 264 273 ... : -3.71
## ... 20 11 12 264 273 ... : -3.75
## ... 11 12 20 264 273 ... : -4.59
## ... 11 273 264 20 12 ... : -4.88
## ... 12 11 20 264 273 ... : -5.70
## ... 11 264 273 20 12 ... : -5.87
##
## ...-11-|-273-264-20-12-280-|-417-...
## Alternative orders:
## ... 20 12 273 264 280 ... : 0.00
## ... 20 273 264 12 280 ... : -0.06
## ... 12 20 273 264 280 ... : -1.47
## ... 20 264 273 12 280 ... : -1.64
## ... 20 12 264 273 280 ... : -3.51
## ... 12 20 264 273 280 ... : -4.39
## ... 273 264 20 12 280 ... : -4.68
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##
## ...-273-|-264-20-12-280-417-|-292-...
## Alternative orders:
## ... 264 20 12 280 417 ... : 0.00
## ... 264 12 20 280 417 ... : -5.32
##
## ...-264-|-20-12-280-417-292-|-412-...
## Alternative orders:
## ... 20 12 280 417 292 ... : 0.00
## ... 12 20 280 417 292 ... : -5.32
##
## ...-20-|-12-280-417-292-412-|-312-... OK
##
## ...-12-|-280-417-292-412-312-|-254-...
## Alternative orders:
## ... 312 280 417 292 412 ... : 0.00
## ... 280 417 292 412 312 ... : -1.59
## ... 312 292 417 280 412 ... : -2.23
## ... 280 417 292 312 412 ... : -3.37
## ... 312 417 280 292 412 ... : -5.95
##
## ...-280-|-417-292-412-312-254-|-39-...
## Alternative orders:
## ... 417 292 412 312 254 ... : 0.00
## ... 417 292 312 412 254 ... : -1.78
##
## ...-417-|-292-412-312-254-39-|-230-...
## Alternative orders:
## ... 292 412 312 254 39 ... : 0.00
## ... 292 312 412 254 39 ... : -1.78
## ... 292 412 312 39 254 ... : -4.02
##
## ...-292-|-412-312-254-39-230-|-99-...
## Alternative orders:
## ... 412 312 254 39 230 ... : 0.00
## ... 312 412 254 39 230 ... : -1.78
## ... 412 312 39 254 230 ... : -4.02
## ... 412 312 254 230 39 ... : -4.23
##
## ...-412-|-312-254-39-230-99-|-186-...
## Alternative orders:
## ... 312 254 39 230 99 ... : 0.00
## ... 312 254 230 99 39 ... : -0.52
## ... 312 254 99 230 39 ... : -1.61
## ... 312 230 99 39 254 ... : -1.84
## ... 312 39 230 99 254 ... : -2.32
## ... 312 254 39 99 230 ... : -2.39
## ... 312 230 99 254 39 ... : -3.70
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## ... 312 39 254 230 99 ... : -4.02
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## ... 312 230 39 99 254 ... : -4.98
##
## ...-312-|-254-39-230-99-186-|-106-...
## Alternative orders:
## ... 254 39 230 99 186 ... : 0.00
## ... 254 230 99 39 186 ... : -0.52
## ... 254 99 230 39 186 ... : -1.61
## ... 230 99 39 254 186 ... : -1.84
## ... 39 230 99 254 186 ... : -2.32
## ... 254 39 99 230 186 ... : -2.39
## ... 254 230 99 186 39 ... : -2.47
## ... 254 99 230 186 39 ... : -2.88
## ... 230 99 254 39 186 ... : -3.70
## ... 39 99 230 254 186 ... : -3.82
## ... 254 39 186 230 99 ... : -3.98
## ... 39 254 230 99 186 ... : -4.02
## ... 254 230 39 99 186 ... : -4.23
## ... 230 99 186 39 254 ... : -4.91
## ... 230 39 99 254 186 ... : -4.98
## ... 230 99 39 186 254 ... : -5.80
## ... 254 186 39 230 99 ... : -5.97
##
## ...-254-|-39-230-99-186-106-|-143-...
## Alternative orders:
## ... 106 99 230 186 39 ... : 0.00
## ... 230 99 106 186 39 ... : -1.36
## ... 39 230 99 186 106 ... : -1.83
## ... 230 99 39 186 106 ... : -2.35
## ... 230 99 186 106 39 ... : -3.12
## ... 99 230 39 186 106 ... : -3.44
## ... 106 186 99 230 39 ... : -3.95
## ... 39 99 230 186 106 ... : -4.22
## ... 230 99 186 39 106 ... : -4.29
## ... 106 99 230 39 186 ... : -4.36
## ... 39 230 99 106 186 ... : -4.66
## ... 99 230 186 39 106 ... : -4.71
## ... 186 106 99 230 39 ... : -4.77
## ... 106 99 186 230 39 ... : -5.13
## ... 39 186 230 99 106 ... : -5.81
## ... 106 230 99 186 39 ... : -5.94
##
## ...-39-|-230-99-186-106-143-|-268-...
## Alternative orders:
## ... 143 230 99 186 106 ... : 0.00
## ... 143 186 230 99 106 ... : -1.09
## ... 143 230 99 106 186 ... : -1.23
## ... 230 99 186 106 143 ... : -1.54
## ... 230 99 186 143 106 ... : -1.61
## ... 230 99 143 186 106 ... : -2.33
## ... 230 99 143 106 186 ... : -2.42
## ... 230 99 106 143 186 ... : -2.49
## ... 99 230 186 143 106 ... : -3.87
## ... 99 230 186 106 143 ... : -3.93
## ... 99 230 143 186 106 ... : -3.95
## ... 143 99 230 186 106 ... : -4.22
## ... 99 230 106 143 186 ... : -4.28
## ... 230 99 106 186 143 ... : -4.37
## ... 99 230 143 106 186 ... : -4.64
## ... 186 230 99 106 143 ... : -5.52
## ... 186 230 99 143 106 ... : -5.55
## ... 143 186 99 230 106 ... : -5.67
## ... 186 143 230 99 106 ... : -5.73
##
## ...-230-|-99-186-106-143-268-|-83-...
## Alternative orders:
## ... 99 186 106 143 268 ... : 0.00
## ... 99 186 143 106 268 ... : -0.07
## ... 99 106 143 268 186 ... : -0.71
## ... 99 143 106 268 186 ... : -0.74
## ... 99 143 186 106 268 ... : -0.78
## ... 99 143 106 186 268 ... : -0.88
## ... 99 106 143 186 268 ... : -0.94
## ... 99 186 268 106 143 ... : -1.78
## ... 99 186 268 143 106 ... : -1.79
## ... 186 268 143 106 99 ... : -1.83
## ... 186 268 106 143 99 ... : -1.87
## ... 99 186 106 268 143 ... : -2.15
## ... 106 143 268 186 99 ... : -2.46
## ... 99 143 268 106 186 ... : -2.52
## ... 99 268 106 186 143 ... : -2.62
## ... 268 143 106 186 99 ... : -2.80
## ... 99 106 186 143 268 ... : -2.83
## ... 99 143 186 268 106 ... : -2.87
## ... 268 106 143 186 99 ... : -2.87
## ... 99 106 268 186 143 ... : -3.05
## ... 99 268 186 106 143 ... : -3.06
## ... 99 268 186 143 106 ... : -3.13
## ... 268 186 106 143 99 ... : -3.20
## ... 99 106 186 268 143 ... : -3.21
## ... 99 268 106 143 186 ... : -3.22
## ... 99 268 143 106 186 ... : -3.23
## ... 268 186 143 106 99 ... : -3.23
## ... 99 186 143 268 106 ... : -3.48
## ... 268 106 186 143 99 ... : -3.52
## ... 106 143 186 268 99 ... : -3.68
## ... 143 106 268 186 99 ... : -3.73
## ... 99 143 268 186 106 ... : -3.82
## ... 186 106 268 143 99 ... : -4.11
## ... 143 186 106 268 99 ... : -4.17
## ... 143 186 268 106 99 ... : -4.25
## ... 143 268 106 186 99 ... : -4.31
## ... 99 106 268 143 186 ... : -4.71
## ... 186 143 106 268 99 ... : -4.85
## ... 143 106 186 268 99 ... : -4.89
## ... 186 106 143 268 99 ... : -4.94
## ... 143 268 186 106 99 ... : -5.02
## ... 268 143 186 106 99 ... : -5.20
## ... 186 143 268 106 99 ... : -5.87
##
## ...-99-|-186-106-143-268-83-|-240-...
## Alternative orders:
## ... 186 106 143 268 83 ... : 0.00
## ... 186 143 106 268 83 ... : -0.07
## ... 106 143 268 186 83 ... : -0.71
## ... 143 106 268 186 83 ... : -0.74
## ... 143 186 106 268 83 ... : -0.78
## ... 143 106 186 268 83 ... : -0.88
## ... 106 143 186 268 83 ... : -0.94
## ... 186 268 106 143 83 ... : -1.78
## ... 186 268 143 106 83 ... : -1.79
## ... 186 106 268 143 83 ... : -2.15
## ... 143 268 106 186 83 ... : -2.52
## ... 268 106 186 143 83 ... : -2.62
## ... 106 186 143 268 83 ... : -2.83
## ... 143 186 268 106 83 ... : -2.87
## ... 106 268 186 143 83 ... : -3.05
## ... 268 186 106 143 83 ... : -3.06
## ... 268 186 143 106 83 ... : -3.13
## ... 106 186 268 143 83 ... : -3.21
## ... 268 106 143 186 83 ... : -3.22
## ... 268 143 106 186 83 ... : -3.23
## ... 186 143 268 106 83 ... : -3.48
## ... 143 268 186 106 83 ... : -3.82
## ... 106 268 143 186 83 ... : -4.71
##
## ...-186-|-106-143-268-83-240-|-398-...
## Alternative orders:
## ... 106 143 268 83 240 ... : 0.00
## ... 106 143 268 240 83 ... : -0.02
## ... 143 106 268 83 240 ... : -0.07
## ... 143 106 268 240 83 ... : -0.08
## ... 268 106 143 240 83 ... : -1.77
## ... 268 106 143 83 240 ... : -1.78
## ... 268 143 106 83 240 ... : -1.79
## ... 106 268 143 240 83 ... : -2.05
## ... 268 143 106 240 83 ... : -2.06
## ... 106 268 143 83 240 ... : -2.15
## ... 143 268 106 83 240 ... : -3.48
## ... 143 268 106 240 83 ... : -4.05
##
## ...-106-|-143-268-83-240-398-|-246-...
## Alternative orders:
## ... 143 268 83 240 398 ... : 0.00
## ... 143 268 240 83 398 ... : -0.02
## ... 143 268 398 83 240 ... : -1.14
## ... 143 268 398 240 83 ... : -1.30
## ... 268 143 240 83 398 ... : -2.05
## ... 268 143 83 240 398 ... : -2.15
## ... 143 268 240 398 83 ... : -2.85
## ... 143 268 83 398 240 ... : -3.33
## ... 268 143 398 83 240 ... : -4.98
## ... 268 143 83 398 240 ... : -5.02
## ... 268 143 398 240 83 ... : -5.15
##
## ...-143-|-268-83-240-398-246-|-342-...
## Alternative orders:
## ... 268 83 240 246 398 ... : 0.00
## ... 268 240 83 246 398 ... : -0.14
## ... 268 83 240 398 246 ... : -0.43
## ... 268 240 83 398 246 ... : -0.45
## ... 268 398 83 240 246 ... : -1.57
## ... 268 398 240 83 246 ... : -1.73
## ... 268 240 246 83 398 ... : -2.57
## ... 268 246 240 83 398 ... : -2.87
## ... 268 246 83 240 398 ... : -3.05
## ... 268 240 398 83 246 ... : -3.28
## ... 268 83 398 240 246 ... : -3.76
## ... 268 240 398 246 83 ... : -4.73
## ... 268 83 246 240 398 ... : -5.26
##
## ...-268-|-83-240-398-246-342-|-272-...
## Alternative orders:
## ... 83 240 246 398 342 ... : 0.00
## ... 240 83 246 398 342 ... : -0.14
## ... 83 240 398 246 342 ... : -0.43
## ... 240 83 398 246 342 ... : -0.45
## ... 398 83 240 246 342 ... : -1.57
## ... 398 240 83 246 342 ... : -1.73
## ... 240 246 83 398 342 ... : -2.57
## ... 246 240 83 398 342 ... : -2.87
## ... 246 83 240 398 342 ... : -3.05
## ... 240 398 83 246 342 ... : -3.28
## ... 83 398 240 246 342 ... : -3.76
## ... 240 398 246 83 342 ... : -4.73
## ... 83 246 240 398 342 ... : -5.26
##
## ...-83-|-240-398-246-342-272-|-343-...
## Alternative orders:
## ... 240 246 398 342 272 ... : 0.00
## ... 240 398 246 342 272 ... : -0.43
## ... 398 240 246 342 272 ... : -3.76
## ... 246 240 398 342 272 ... : -5.26
##
## ...-240-|-398-246-342-272-343-|-399-...
## Alternative orders:
## ... 246 398 342 272 343 ... : 0.00
## ... 398 246 342 272 343 ... : -0.43
##
## ...-398-|-246-342-272-343-399-|-389-...
## Alternative orders:
## ... 246 342 272 343 399 ... : 0.00
## ... 246 342 272 399 343 ... : -0.32
## ... 246 272 343 399 342 ... : -2.81
## ... 246 272 342 399 343 ... : -3.60
## ... 246 342 399 343 272 ... : -4.73
## ... 246 399 343 272 342 ... : -5.16
## ... 246 343 399 272 342 ... : -5.33
##
## ...-246-|-342-272-343-399-389-|-297-...
## Alternative orders:
## ... 342 272 343 399 389 ... : 0.00
## ... 342 272 399 343 389 ... : -0.32
## ... 272 343 399 342 389 ... : -2.81
## ... 272 342 399 343 389 ... : -3.60
## ... 342 399 343 272 389 ... : -4.73
## ... 399 343 272 342 389 ... : -5.16
## ... 343 399 272 342 389 ... : -5.33
##
## ...-342-|-272-343-399-389-297-|-414-...
## Alternative orders:
## ... 272 343 399 389 297 ... : 0.00
## ... 272 399 343 389 297 ... : -0.32
## ... 399 343 272 389 297 ... : -4.73
##
## ...-272-|-343-399-389-297-414-|-351-...
## Alternative orders:
## ... 343 399 389 297 414 ... : 0.00
## ... 399 343 389 297 414 ... : -0.32
##
## ...-343-|-399-389-297-414-351-|-344-...
## Alternative orders:
## ... 399 389 297 414 351 ... : 0.00
## ... 399 389 297 351 414 ... : -2.63
##
## ...-399-|-389-297-414-351-344-|-195-...
## Alternative orders:
## ... 389 297 414 351 344 ... : 0.00
## ... 389 297 351 414 344 ... : -2.63
##
## ...-389-|-297-414-351-344-195-|-6-...
## Alternative orders:
## ... 297 414 351 344 195 ... : 0.00
## ... 297 351 414 344 195 ... : -2.63
##
## ...-297-|-414-351-344-195-6-|-204-...
## Alternative orders:
## ... 414 351 344 195 6 ... : 0.00
## ... 351 414 344 195 6 ... : -2.63
##
## ...-414-|-351-344-195-6-204-|-213-... OK
##
## ...-351-|-344-195-6-204-213-|-150-... OK
##
## 344-|-195-6-204-213-150
## Alternative orders:
## 195 6 204 213 150 ... : 0.00
## 195 6 204 150 213 ... : -1.33
##Heatmap
rf_graph_table(linkgroup_6, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##Removing markers: 6, 312, 204, 213 and 150
RM6 <- drop_marker(LG6, c(6, 204, 213, 150, 312))
RM6<-group(RM6)
## Selecting markers:
## group 1
## ..............................................
RM6
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "RM6"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.37
##
## No. markers: 46
## No. groups: 1
## No. linked markers: 46
## No. unlinked markers: 0
##
## Printing groups:
## Group 1 : 46 markers
## AA311 AA277 AA270 AA158 BA222 BA117 CA283 CA152C CB333 BD179 BD169 AAT230 AAT300 BC392 CC457 CC381 CC262 CC126 CC171C MgSTS21 MgSTS25 MgSTS22 MgSTS28 MgSTS105 MgSTS120 MgSTS58 MgSTS229 MgSTS323 MgSTS508 MgSTS529 MgSTS426 MgSTS453 MgSTS456 MgSTS430 MgSTS314 MgSTS320 MgSTS606 MgSTS504A MgSTS504B MgSTS545 MgSTS542A MgSTS459 MgSTS220 MgSTS467 MgSTS431 MgSTS440
set_map_fun(type="kosambi")
LG6RM <- make_seq(RM6, 1)
LG6RM
##
## Number of markers: 46
## Markers in the sequence:
## AA311 AA277 AA270 AA158 BA222 BA117 CA283 CA152C CB333 BD179 BD169 AAT230
## AAT300 BC392 CC457 CC381 CC262 CC126 CC171C MgSTS21 MgSTS25 MgSTS22
## MgSTS28 MgSTS105 MgSTS120 MgSTS58 MgSTS229 MgSTS323 MgSTS508 MgSTS529
## MgSTS426 MgSTS453 MgSTS456 MgSTS430 MgSTS314 MgSTS320 MgSTS606 MgSTS504A
## MgSTS504B MgSTS545 MgSTS542A MgSTS459 MgSTS220 MgSTS467 MgSTS431 MgSTS440
##
## Parameters not estimated.
LG6RM_rcd <- rcd(LG6RM)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 224 309 306 267 402 418 9 51 20 12 11 181 139 274 401 354 411 359 273 264 292 417 280 412 254 268 186 106 143 39 240 83 230 99 398 399 343 272 342 389 297 414 351 344 195 246
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG6RM_ord <- order_seq(input.seq=LG6RM_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 224 309 306 267 402 418 9 51 20 12 11 181 139 274 401 354 411 359 273 264 292 417 280 412 254 268 186 106 143 39 240 83 230 99 398 399 343 272 342 389 297 414 351 344 195 246
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 272 --> MgSTS28 : ......
## 99 --> CA152C : ......
## 268 --> MgSTS22 : .......
## 389 --> MgSTS606 : ........
## 274 --> MgSTS120 : ........
## 399 --> MgSTS504B : ........
## 411 --> MgSTS459 : .........
## 292 --> MgSTS229 : .........
## 267 --> MgSTS25 : ..........
## 280 --> MgSTS58 : ...........
## 273 --> MgSTS105 : ...........
## 401 --> MgSTS545 : ............
## 402 --> MgSTS542A : ............
## 309 --> MgSTS529 : ............
## 306 --> MgSTS508 : ............
## 418 --> MgSTS440 : ............
## 254 --> CC171C : ............
## 343 --> MgSTS453 : ............
## 264 --> MgSTS21 : ............
## 414 --> MgSTS467 : ............
## 354 --> MgSTS314 : .............
## 344 --> MgSTS456 : .............
## 297 --> MgSTS323 : ..............
## 417 --> MgSTS431 : ..............
## 342 --> MgSTS426 : ..............
## 186 --> AAT300 : ..............
## 351 --> MgSTS430 : ...............
## 359 --> MgSTS320 : ...............
## 106 --> CB333 : ................
## 83 --> CA283 : ................
## 9 --> AA311 : .................
## 11 --> AA277 : .................
## 39 --> BA222 : .................
## 139 --> BD179 : .................
## 230 --> CC381 : .................
## 20 --> AA158 : .................
## 12 --> AA270 : .................
## 51 --> BA117 : .................
## 143 --> BD169 : .................
## 195 --> BC392 : .................
## 240 --> CC262 : ..................
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 224 267 181 359 273 292 412 268 186 99 83 398 399 414 344 195 246
##
## Markers not placed on the map: 309 306 402 418 9 51 20 12 11 139 274 401 354 411 264 417 280 254 106 143 39 240 230 343 272 342 389 297 351
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 309 --> MgSTS529 : ..................
## 306 --> MgSTS508 : ..................
## 402 --> MgSTS542A : ..................
## 418 --> MgSTS440 : ..................
## 9 --> AA311 : ..................
## 51 --> BA117 : ..................
## 20 --> AA158 : ..................
## 12 --> AA270 : ..................
## 11 --> AA277 : ..................
## 139 --> BD179 : ..................
## 274 --> MgSTS120 : ..................
## 401 --> MgSTS545 : ..................
## 354 --> MgSTS314 : ..................
## 411 --> MgSTS459 : ..................
## 264 --> MgSTS21 : ..................
## 417 --> MgSTS431 : ..................
## 280 --> MgSTS58 : ..................
## 254 --> CC171C : ..................
## 106 --> CB333 : ..................
## 143 --> BD169 : ..................
## 39 --> BA222 : ..................
## 240 --> CC262 : ..................
## 230 --> CC381 : ..................
## 343 --> MgSTS453 : ..................
## 272 --> MgSTS28 : ..................
## 342 --> MgSTS426 : ..................
## 389 --> MgSTS606 : ..................
## 297 --> MgSTS323 : ..................
## 351 --> MgSTS430 : ..................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 389 --> MgSTS606 : ..................
## 280 --> MgSTS58 : ...................
## 354 --> MgSTS314 : ....................
## 417 --> MgSTS431 : .....................
## 254 --> CC171C : ......................
## 411 --> MgSTS459 : .......................
## 342 --> MgSTS426 : ........................
## 402 --> MgSTS542A : .........................
## 272 --> MgSTS28 : ..........................
## 230 --> CC381 : ...........................
## 264 --> MgSTS21 : ............................
## 139 --> BD179 : .............................
## 12 --> AA270 : ..............................
## 306 --> MgSTS508 : ...............................
## 309 --> MgSTS529 : ................................
## 418 --> MgSTS440 : .................................
## 11 --> AA277 : ..................................
## 51 --> BA117 : ...................................
## 39 --> BA222 : ....................................
## 143 --> BD169 : .....................................
## 20 --> AA158 : ......................................
## 351 --> MgSTS430 : .......................................
## 343 --> MgSTS453 : ........................................
## 297 --> MgSTS323 : .........................................
## 274 --> MgSTS120 : ..........................................
## 401 --> MgSTS545 : ...........................................
## 106 --> CB333 : ............................................
## 240 --> CC262 : .............................................
## 9 --> AA311 : ..............................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_6RM <- make_seq(LG6RM_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_6RM, ws=5, LOD=6)
## 224-306-309-267-402-|-418-...
## Alternative orders:
## 224 306 309 267 402 ... : 0.00
## 224 309 306 267 402 ... : -0.24
## 306 309 224 267 402 ... : -2.56
## 309 306 224 267 402 ... : -3.70
##
## ...-224-|-306-309-267-402-418-|-9-...
## Alternative orders:
## 306 309 418 402 267 ... : 0.00
## 309 306 418 402 267 ... : -2.36
##
## ...-306-|-309-267-402-418-9-|-181-... OK
##
## ...-309-|-267-402-418-9-181-|-139-... OK
##
## ...-267-|-402-418-9-181-139-|-274-... OK
##
## ...-402-|-418-9-181-139-274-|-354-... OK
##
## ...-418-|-9-181-139-274-354-|-401-... OK
##
## ...-9-|-181-139-274-354-401-|-411-...
## Alternative orders:
## ... 181 139 274 354 401 ... : 0.00
## ... 181 139 274 401 354 ... : 0.00
## ... 181 139 401 354 274 ... : -1.78
## ... 181 401 354 274 139 ... : -2.56
## ... 181 401 354 139 274 ... : -5.37
## ... 181 274 354 401 139 ... : -5.84
##
## ...-181-|-139-274-354-401-411-|-359-...
## Alternative orders:
## ... 139 274 354 401 411 ... : 0.00
## ... 139 274 401 354 411 ... : 0.00
## ... 139 401 354 274 411 ... : -1.78
## ... 401 354 274 139 411 ... : -2.56
## ... 401 354 139 274 411 ... : -5.37
## ... 274 354 401 139 411 ... : -5.84
##
## ...-139-|-274-354-401-411-359-|-51-...
## Alternative orders:
## ... 274 354 401 411 359 ... : 0.00
## ... 274 401 354 411 359 ... : 0.00
## ... 401 354 274 411 359 ... : -1.78
##
## ...-274-|-354-401-411-359-51-|-11-...
## Alternative orders:
## ... 354 401 411 359 51 ... : 0.00
## ... 401 354 411 359 51 ... : 0.00
##
## ...-354-|-401-411-359-51-11-|-20-...
## Alternative orders:
## ... 401 411 359 51 11 ... : 0.00
## ... 401 411 359 11 51 ... : -0.58
##
## ...-401-|-411-359-51-11-20-|-273-...
## Alternative orders:
## ... 411 359 51 11 20 ... : 0.00
## ... 411 359 11 51 20 ... : -0.58
##
## ...-411-|-359-51-11-20-273-|-264-...
## Alternative orders:
## ... 359 51 11 20 273 ... : 0.00
## ... 359 11 51 20 273 ... : -0.58
##
## ...-359-|-51-11-20-273-264-|-12-...
## Alternative orders:
## ... 51 11 20 273 264 ... : 0.00
## ... 11 51 20 273 264 ... : -0.58
## ... 51 11 20 264 273 ... : -1.57
## ... 11 51 20 264 273 ... : -2.39
## ... 51 11 273 264 20 ... : -4.61
## ... 11 51 273 264 20 ... : -4.83
## ... 51 11 264 273 20 ... : -5.60
##
## ...-51-|-11-20-273-264-12-|-280-...
## Alternative orders:
## ... 20 12 11 273 264 ... : 0.00
## ... 11 20 12 273 264 ... : -0.18
## ... 11 20 273 264 12 ... : -0.26
## ... 20 11 12 273 264 ... : -0.88
## ... 11 12 20 273 264 ... : -1.67
## ... 11 20 264 273 12 ... : -1.82
## ... 12 11 20 273 264 ... : -2.80
## ... 20 12 11 264 273 ... : -2.85
## ... 11 20 12 264 273 ... : -3.70
## ... 20 11 12 264 273 ... : -3.75
## ... 11 12 20 264 273 ... : -4.60
## ... 11 273 264 20 12 ... : -4.87
## ... 12 11 20 264 273 ... : -5.70
## ... 11 264 273 20 12 ... : -5.86
##
## ...-11-|-20-273-264-12-280-|-417-...
## Alternative orders:
## ... 20 12 273 264 280 ... : 0.00
## ... 20 273 264 12 280 ... : -0.07
## ... 12 20 273 264 280 ... : -1.49
## ... 20 264 273 12 280 ... : -1.64
## ... 20 12 264 273 280 ... : -3.52
## ... 12 20 264 273 280 ... : -4.42
## ... 273 264 20 12 280 ... : -4.68
## ... 264 273 20 12 280 ... : -5.67
##
## ...-20-|-273-264-12-280-417-|-292-...
## Alternative orders:
## ... 12 273 264 280 417 ... : 0.00
## ... 273 264 12 280 417 ... : -0.07
## ... 264 273 12 280 417 ... : -1.64
## ... 12 264 273 280 417 ... : -3.52
##
## ...-273-|-264-12-280-417-292-|-412-... OK
##
## ...-264-|-12-280-417-292-412-|-143-... OK
##
## ...-12-|-280-417-292-412-143-|-254-... OK
##
## ...-280-|-417-292-412-143-254-|-268-... OK
##
## ...-417-|-292-412-143-254-268-|-39-...
## Alternative orders:
## ... 292 412 143 254 268 ... : 0.00
## ... 292 412 254 268 143 ... : -3.73
##
## ...-292-|-412-143-254-268-39-|-186-...
## Alternative orders:
## ... 412 143 254 268 39 ... : 0.00
## ... 412 143 254 39 268 ... : -1.84
## ... 412 254 268 143 39 ... : -3.73
## ... 412 254 268 39 143 ... : -3.74
## ... 412 39 143 254 268 ... : -5.27
## ... 412 254 143 39 268 ... : -5.35
## ... 412 143 39 254 268 ... : -5.36
## ... 412 254 39 143 268 ... : -5.53
##
## ...-412-|-143-254-268-39-186-|-106-...
## Alternative orders:
## ... 143 254 268 39 186 ... : 0.00
## ... 143 254 39 186 268 ... : -1.80
## ... 143 254 39 268 186 ... : -1.84
## ... 143 254 186 39 268 ... : -2.20
## ... 254 268 143 39 186 ... : -3.73
## ... 254 268 39 143 186 ... : -3.74
## ... 143 254 268 186 39 ... : -4.03
## ... 254 268 39 186 143 ... : -4.67
## ... 39 143 254 268 186 ... : -5.27
## ... 254 143 39 268 186 ... : -5.35
## ... 143 39 254 268 186 ... : -5.36
## ... 254 143 39 186 268 ... : -5.51
## ... 254 39 143 268 186 ... : -5.53
## ... 254 39 143 186 268 ... : -5.76
##
## ...-143-|-254-268-39-186-106-|-99-...
## Alternative orders:
## ... 254 268 39 186 106 ... : 0.00
## ... 254 39 268 106 186 ... : -0.84
## ... 254 186 106 268 39 ... : -0.97
## ... 254 268 106 186 39 ... : -1.25
## ... 254 106 186 268 39 ... : -1.42
## ... 254 106 268 39 186 ... : -1.77
## ... 254 39 186 268 106 ... : -1.80
## ... 254 39 268 186 106 ... : -1.84
## ... 254 186 39 268 106 ... : -2.20
## ... 254 106 268 186 39 ... : -2.30
## ... 254 268 39 106 186 ... : -2.76
## ... 254 39 186 106 268 ... : -3.33
## ... 254 268 186 106 39 ... : -3.88
## ... 254 268 186 39 106 ... : -4.03
## ... 39 254 268 106 186 ... : -4.36
## ... 254 106 186 39 268 ... : -4.38
## ... 254 268 106 39 186 ... : -4.86
## ... 39 254 186 106 268 ... : -5.24
## ... 39 254 268 186 106 ... : -5.36
## ... 39 268 106 186 254 ... : -5.95
##
## ...-254-|-268-39-186-106-99-|-230-...
## Alternative orders:
## ... 268 39 186 106 99 ... : 0.00
## ... 39 268 106 186 99 ... : -0.84
## ... 186 106 268 39 99 ... : -0.97
## ... 268 106 186 39 99 ... : -1.25
## ... 106 186 268 39 99 ... : -1.42
## ... 268 106 186 99 39 ... : -1.68
## ... 106 268 39 186 99 ... : -1.77
## ... 39 186 268 106 99 ... : -1.80
## ... 39 268 186 106 99 ... : -1.84
## ... 186 39 268 106 99 ... : -2.20
## ... 106 268 186 39 99 ... : -2.30
## ... 268 186 106 99 39 ... : -2.70
## ... 268 39 106 186 99 ... : -2.76
## ... 39 186 106 268 99 ... : -3.33
## ... 106 268 186 99 39 ... : -3.56
## ... 268 186 106 39 99 ... : -3.88
## ... 186 106 268 99 39 ... : -3.90
## ... 268 186 39 106 99 ... : -4.03
## ... 106 186 268 99 39 ... : -4.35
## ... 106 186 39 268 99 ... : -4.38
## ... 268 106 39 186 99 ... : -4.86
## ... 99 186 106 268 39 ... : -4.90
## ... 268 39 186 99 106 ... : -5.06
## ... 106 99 186 268 39 ... : -5.10
## ... 99 106 268 39 186 ... : -5.17
## ... 106 99 268 39 186 ... : -5.37
## ... 186 268 106 99 39 ... : -5.56
## ... 268 186 99 106 39 ... : -5.57
## ... 99 106 186 268 39 ... : -5.92
##
## ...-268-|-39-186-106-99-230-|-83-...
## Alternative orders:
## ... 39 186 106 99 230 ... : 0.00
## ... 106 186 39 99 230 ... : -1.25
## ... 106 186 99 39 230 ... : -1.68
## ... 186 106 99 39 230 ... : -2.70
## ... 39 106 186 99 230 ... : -2.76
## ... 186 106 39 99 230 ... : -3.88
## ... 186 39 106 99 230 ... : -4.03
## ... 106 39 186 99 230 ... : -4.86
## ... 39 186 99 106 230 ... : -5.06
## ... 186 99 106 39 230 ... : -5.57
##
## ...-39-|-186-106-99-230-83-|-240-...
## Alternative orders:
## ... 186 106 99 230 83 ... : 0.00
## ... 106 186 99 230 83 ... : -2.76
## ... 186 99 106 230 83 ... : -5.06
##
## ...-186-|-106-99-230-83-240-|-398-...
## Alternative orders:
## ... 106 99 230 83 240 ... : 0.00
## ... 106 99 230 240 83 ... : -0.84
## ... 99 106 230 83 240 ... : -5.06
##
## ...-106-|-99-230-83-240-398-|-342-...
## Alternative orders:
## ... 99 230 83 240 398 ... : 0.00
## ... 99 230 240 83 398 ... : -0.84
##
## ...-99-|-230-83-240-398-342-|-272-...
## Alternative orders:
## ... 230 83 240 398 342 ... : 0.00
## ... 230 240 83 398 342 ... : -0.84
##
## ...-230-|-83-240-398-342-272-|-343-...
## Alternative orders:
## ... 83 240 398 342 272 ... : 0.00
## ... 240 83 398 342 272 ... : -0.84
##
## ...-83-|-240-398-342-272-343-|-399-... OK
##
## ...-240-|-398-342-272-343-399-|-389-...
## Alternative orders:
## ... 398 342 272 343 399 ... : 0.00
## ... 398 342 272 399 343 ... : -0.33
## ... 398 272 343 399 342 ... : -3.88
## ... 398 342 399 343 272 ... : -4.26
## ... 398 272 342 399 343 ... : -4.88
##
## ...-398-|-342-272-343-399-389-|-297-...
## Alternative orders:
## ... 342 272 343 399 389 ... : 0.00
## ... 342 272 399 343 389 ... : -0.33
## ... 272 343 399 342 389 ... : -3.88
## ... 342 399 343 272 389 ... : -4.26
## ... 272 342 399 343 389 ... : -4.88
##
## ...-342-|-272-343-399-389-297-|-414-...
## Alternative orders:
## ... 272 343 399 389 297 ... : 0.00
## ... 272 399 343 389 297 ... : -0.33
## ... 399 343 272 389 297 ... : -4.26
##
## ...-272-|-343-399-389-297-414-|-351-...
## Alternative orders:
## ... 343 399 389 297 414 ... : 0.00
## ... 399 343 389 297 414 ... : -0.33
##
## ...-343-|-399-389-297-414-351-|-344-...
## Alternative orders:
## ... 399 389 297 414 351 ... : 0.00
## ... 399 389 297 351 414 ... : -2.61
##
## ...-399-|-389-297-414-351-344-|-195-...
## Alternative orders:
## ... 389 297 414 351 344 ... : 0.00
## ... 389 297 351 414 344 ... : -2.61
##
## ...-389-|-297-414-351-344-195-|-246-...
## Alternative orders:
## ... 297 414 351 344 195 : 0.00
## ... 297 351 414 344 195 : -2.61
##
## 297-|-414-351-344-195-246
## Alternative orders:
## 414 351 344 195 246 ... : 0.00
## 351 414 344 195 246 ... : -2.61
rf_graph_table(linkgroup_6RM, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##############LINKAGE GROUP 7#####################
#Defining the linkage group to be mapped (LG7)
LG7 <- make_seq(linked, 7)
LG7
##
## Number of markers: 32
## Markers in the sequence:
## AA246 BA372 BA314 BA158 BB167 CA305 CA210 CA122 CB272 BD189C AAT217 AAT39
## AAT211 AAT296 CYCB AAT242 CC450 CC359 CC338C MgSTS59 MgSTS69 MgSTS31
## MgSTS76 MgSTS330 MgSTS381 MgSTS571 MgSTS590 MgSTS537 MgSTS538 MgSTS563
## MgSTS504C MgSTS621
##
## Parameters not estimated.
##Sorting the markers of LG7
LG7_rcd <- rcd(LG7)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 46 68 324 14 253 409 233 166 36 151 352 374 103 327 318 368 400 363 110 180 173 172 225 80 303 187 378 316 373 94 34 188
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
##TRY Command and RIPPLE Correction
LG7_ord <- order_seq(input.seq=LG7_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 46 68 324 14 253 409 233 166 36 151 352 374 103 327 318 368 400 363 110 180 173 172 225 80 303 187 378 316 373 94 34 188
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 172 --> AAT39 : ......
## 378 --> MgSTS563 : .......
## 400 --> MgSTS504C : .......
## 173 --> AAT211 : .......
## 409 --> MgSTS621 : .......
## 151 --> BD189C : ........
## 374 --> MgSTS538 : ........
## 373 --> MgSTS537 : .........
## 166 --> AAT217 : ..........
## 363 --> MgSTS571 : ..........
## 187 --> CYCB : ...........
## 316 --> MgSTS69 : ............
## 253 --> CC338C : .............
## 318 --> MgSTS31 : ..............
## 180 --> AAT296 : ...............
## 352 --> MgSTS381 : ................
## 303 --> MgSTS59 : .................
## 327 --> MgSTS330 : .................
## 324 --> MgSTS76 : .................
## 110 --> CB272 : ..................
## 103 --> CA122 : ..................
## 94 --> CA210 : ..................
## 14 --> AA246 : ..................
## 233 --> CC359 : ..................
## 68 --> BB167 : ..................
## 34 --> BA372 : ..................
## 225 --> CC450 : ...................
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 46 324 409 253 374 352 318 36 363 368 180 172 80 187 188 316 373 34
##
## Markers not placed on the map: 68 14 233 166 151 103 327 400 110 173 225 303 378 94
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 68 --> BB167 : ...................
## 14 --> AA246 : ...................
## 233 --> CC359 : ...................
## 166 --> AAT217 : ...................
## 151 --> BD189C : ...................
## 103 --> CA122 : ...................
## 327 --> MgSTS330 : ...................
## 400 --> MgSTS504C : ...................
## 110 --> CB272 : ...................
## 173 --> AAT211 : ...................
## 225 --> CC450 : ...................
## 303 --> MgSTS59 : ...................
## 378 --> MgSTS563 : ...................
## 94 --> CA210 : ...................
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 166 --> AAT217 : ...................
## 400 --> MgSTS504C : ....................
## 110 --> CB272 : .....................
## 233 --> CC359 : ......................
## 303 --> MgSTS59 : .......................
## 68 --> BB167 : ........................
## 14 --> AA246 : .........................
## 94 --> CA210 : ..........................
## 225 --> CC450 : ...........................
## 103 --> CA122 : ............................
## 151 --> BD189C : .............................
## 327 --> MgSTS330 : ..............................
## 173 --> AAT211 : ...............................
## 378 --> MgSTS563 : ................................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_7 <- make_seq(LG7_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_7, ws=5, LOD=6)
## 46-68-324-14-409-|-233-...
## Alternative orders:
## 46 68 324 14 409 ... : 0.00
## 46 68 14 324 409 ... : -0.02
## 46 14 324 68 409 ... : -0.67
## 46 14 68 324 409 ... : -1.21
## 46 324 68 14 409 ... : -1.24
## 46 324 14 68 409 ... : -2.76
##
## ...-46-|-68-324-14-409-233-|-166-...
## Alternative orders:
## 68 324 14 409 233 ... : 0.00
## 68 14 324 409 233 ... : -0.02
## 14 324 68 409 233 ... : -0.67
## 14 68 324 409 233 ... : -1.21
## 324 68 14 409 233 ... : -1.24
## 68 324 14 233 409 ... : -1.95
## 324 14 68 409 233 ... : -2.76
## 324 68 14 233 409 ... : -2.93
## 324 14 68 233 409 ... : -3.36
## 14 324 68 233 409 ... : -3.46
## 68 14 324 233 409 ... : -5.73
##
## ...-68-|-324-14-409-233-166-|-253-...
## Alternative orders:
## ... 324 14 409 233 166 ... : 0.00
## ... 14 324 409 233 166 ... : -0.02
## ... 324 14 233 409 166 ... : -1.95
## ... 14 324 233 409 166 ... : -5.73
##
## ...-324-|-14-409-233-166-253-|-374-...
## Alternative orders:
## ... 14 409 233 166 253 ... : 0.00
## ... 14 233 409 166 253 ... : -1.95
##
## ...-14-|-409-233-166-253-374-|-327-...
## Alternative orders:
## ... 409 233 166 253 374 ... : 0.00
## ... 233 409 166 253 374 ... : -1.95
##
## ...-409-|-233-166-253-374-327-|-352-... OK
##
## ...-233-|-166-253-374-327-352-|-318-...
## Alternative orders:
## ... 166 253 374 327 352 ... : 0.00
## ... 166 253 374 352 327 ... : -0.63
##
## ...-166-|-253-374-327-352-318-|-103-...
## Alternative orders:
## ... 253 374 327 352 318 ... : 0.00
## ... 253 374 352 327 318 ... : -0.63
##
## ...-253-|-374-327-352-318-103-|-36-...
## Alternative orders:
## ... 374 327 352 318 103 ... : 0.00
## ... 374 352 327 318 103 ... : -0.63
## ... 374 352 327 103 318 ... : -2.26
## ... 374 327 352 103 318 ... : -2.27
##
## ...-374-|-327-352-318-103-36-|-151-...
## Alternative orders:
## ... 327 352 318 103 36 ... : 0.00
## ... 352 327 318 103 36 ... : -0.63
## ... 352 327 103 318 36 ... : -2.26
## ... 327 352 103 318 36 ... : -2.27
##
## ...-327-|-352-318-103-36-151-|-110-...
## Alternative orders:
## ... 352 318 103 36 151 ... : 0.00
## ... 352 318 103 151 36 ... : -0.04
## ... 352 103 318 36 151 ... : -2.27
## ... 352 103 318 151 36 ... : -3.85
##
## ...-352-|-318-103-36-151-110-|-363-...
## Alternative orders:
## ... 318 103 36 151 110 ... : 0.00
## ... 318 103 151 36 110 ... : -0.04
## ... 103 318 36 151 110 ... : -2.27
## ... 103 318 151 36 110 ... : -3.85
##
## ...-318-|-103-36-151-110-363-|-400-...
## Alternative orders:
## ... 103 36 151 110 363 ... : 0.00
## ... 103 151 36 110 363 ... : -0.04
##
## ...-103-|-36-151-110-363-400-|-368-...
## Alternative orders:
## ... 36 151 110 363 400 ... : 0.00
## ... 151 36 110 363 400 ... : -0.04
##
## ...-36-|-151-110-363-400-368-|-180-... OK
##
## ...-151-|-110-363-400-368-180-|-172-... OK
##
## ...-110-|-363-400-368-180-172-|-173-... OK
##
## ...-363-|-400-368-180-172-173-|-225-...
## Alternative orders:
## ... 400 368 180 172 173 ... : 0.00
## ... 400 368 180 173 172 ... : -2.65
##
## ...-400-|-368-180-172-173-225-|-80-...
## Alternative orders:
## ... 368 180 172 173 225 ... : 0.00
## ... 368 180 173 172 225 ... : -2.65
##
## ...-368-|-180-172-173-225-80-|-303-...
## Alternative orders:
## ... 180 172 173 225 80 ... : 0.00
## ... 180 173 172 225 80 ... : -2.65
## ... 180 173 172 80 225 ... : -5.67
##
## ...-180-|-172-173-225-80-303-|-187-...
## Alternative orders:
## ... 172 173 225 80 303 ... : 0.00
## ... 173 172 225 80 303 ... : -2.65
## ... 172 173 303 80 225 ... : -3.22
## ... 172 173 225 303 80 ... : -3.70
## ... 172 173 303 225 80 ... : -4.54
## ... 173 172 80 225 303 ... : -5.67
##
## ...-172-|-173-225-80-303-187-|-188-...
## Alternative orders:
## ... 173 225 80 303 187 ... : 0.00
## ... 173 303 80 225 187 ... : -3.22
## ... 173 225 303 80 187 ... : -3.70
## ... 173 303 225 80 187 ... : -4.54
##
## ...-173-|-225-80-303-187-188-|-378-...
## Alternative orders:
## ... 225 80 303 187 188 ... : 0.00
## ... 303 80 225 187 188 ... : -3.22
## ... 225 303 80 187 188 ... : -3.70
## ... 303 225 80 187 188 ... : -4.54
##
## ...-225-|-80-303-187-188-378-|-316-...
## Alternative orders:
## ... 80 303 187 188 378 ... : 0.00
## ... 303 80 187 188 378 ... : -3.70
##
## ...-80-|-303-187-188-378-316-|-94-...
## Alternative orders:
## ... 303 187 188 378 316 ... : 0.00
## ... 303 187 188 316 378 ... : -1.16
##
## ...-303-|-187-188-378-316-94-|-373-...
## Alternative orders:
## ... 187 188 378 316 94 ... : 0.00
## ... 187 188 316 378 94 ... : -1.16
##
## ...-187-|-188-378-316-94-373-|-34-...
## Alternative orders:
## ... 188 378 316 373 94 : 0.00
## ... 188 316 378 373 94 : -0.02
## ... 188 378 316 94 373 : -0.48
## ... 188 316 378 94 373 : -1.64
##
## 188-|-378-316-94-373-34
## Alternative orders:
## 378 316 373 94 34 ... : 0.00
## 316 378 373 94 34 ... : -0.02
## 378 316 94 373 34 ... : -0.48
## 316 378 94 373 34 ... : -1.64
##Heatmap
rf_graph_table(linkgroup_7, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##############LINKAGE GROUP 8#####################
#Defining the linkage group to be mapped (LG8)
LG8 <- make_seq(linked, 8)
LG8
##
## Number of markers: 26
## Markers in the sequence:
## AA167 AA95 BA445 BA400 BA311 BB218 BB176 CA261 CA217 CA196 CA167 CB115
## BA396C AAT222 BC108 BC83 CC540 CC402 LFY MgSTS468 MgSTS638 MgSTS536
## MgSTS558 MgSTS611 MgSTS600 MgSTS470
##
## Parameters not estimated.
##Sorting the markers of LG8
LG8_rcd <- rcd(LG8) #ok
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 227 174 375 215 27 222 87 29 17 67 122 96 23 37 384 257 367 160 59 214 387 415 381 311 98 93
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
##TRY Command and RIPPLE Correction
LG8_ord <- order_seq(input.seq=LG8_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 227 174 375 215 27 222 87 29 17 67 122 96 23 37 384 257 367 160 59 214 387 415 381 311 98 93
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 381 --> MgSTS558 : ......
## 174 --> AAT222 : ......
## 384 --> MgSTS611 : ......
## 387 --> MgSTS600 : ......
## 160 --> BA396C : .......
## 375 --> MgSTS536 : ........
## 415 --> MgSTS470 : ........
## 311 --> MgSTS468 : ........
## 257 --> LFY : ........
## 367 --> MgSTS638 : ........
## 67 --> BB176 : .........
## 122 --> CB115 : .........
## 96 --> CA196 : ..........
## 98 --> CA167 : ..........
## 23 --> AA95 : ..........
## 27 --> BA445 : ...........
## 29 --> BA400 : ............
## 215 --> BC83 : .............
## 59 --> BB218 : .............
## 17 --> AA167 : .............
## 222 --> CC540 : .............
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 27 227 122 29 23 37 87 367 160 214 387 93
##
## Markers not placed on the map: 174 375 215 222 17 67 96 384 257 59 415 381 311 98
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 174 --> AAT222 : .............
## 375 --> MgSTS536 : .............
## 215 --> BC83 : .............
## 222 --> CC540 : .............
## 17 --> AA167 : .............
## 67 --> BB176 : .............
## 96 --> CA196 : .............
## 384 --> MgSTS611 : .............
## 257 --> LFY : .............
## 59 --> BB218 : .............
## 415 --> MgSTS470 : .............
## 381 --> MgSTS558 : .............
## 311 --> MgSTS468 : .............
## 98 --> CA167 : .............
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 257 --> LFY : .............
## 384 --> MgSTS611 : ..............
## 381 --> MgSTS558 : ...............
## 375 --> MgSTS536 : ................
## 174 --> AAT222 : .................
## 215 --> BC83 : ..................
## 311 --> MgSTS468 : ...................
## 415 --> MgSTS470 : ....................
## 59 --> BB218 : .....................
## 67 --> BB176 : ......................
## 96 --> CA196 : .......................
## 17 --> AA167 : ........................
## 222 --> CC540 : .........................
## 98 --> CA167 : ..........................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_8 <- make_seq(LG8_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_8, ws=5, LOD=6)
## 174-375-215-27-227-|-96-...
## Alternative orders:
## 174 375 215 27 227 ... : 0.00
## 375 174 215 27 227 ... : -0.41
## 27 215 174 375 227 ... : -1.74
## 227 27 215 174 375 ... : -2.88
## 27 215 375 174 227 ... : -2.95
## 215 375 174 27 227 ... : -2.99
## 215 174 375 27 227 ... : -3.88
##
## ...-174-|-375-215-27-227-96-|-122-... OK
##
## ...-375-|-215-27-227-96-122-|-67-...
## Alternative orders:
## ... 215 27 227 96 122 ... : 0.00
## ... 215 27 227 122 96 ... : -0.16
##
## ...-215-|-27-227-96-122-67-|-29-...
## Alternative orders:
## ... 27 227 96 122 67 ... : 0.00
## ... 27 227 122 96 67 ... : -0.16
## ... 27 227 122 67 96 ... : -0.61
## ... 27 227 67 122 96 ... : -0.91
## ... 27 227 67 96 122 ... : -2.03
## ... 27 227 96 67 122 ... : -2.73
##
## ...-27-|-227-96-122-67-29-|-17-...
## Alternative orders:
## ... 227 96 122 67 29 ... : 0.00
## ... 227 122 96 67 29 ... : -0.16
## ... 227 122 67 29 96 ... : -0.19
## ... 227 122 67 96 29 ... : -0.61
## ... 227 67 122 29 96 ... : -0.90
## ... 227 67 122 96 29 ... : -0.91
## ... 227 122 29 67 96 ... : -1.67
## ... 227 67 29 122 96 ... : -1.70
## ... 227 96 122 29 67 ... : -1.73
## ... 227 122 96 29 67 ... : -1.89
## ... 227 122 29 96 67 ... : -1.90
## ... 227 67 96 122 29 ... : -2.03
## ... 227 29 67 122 96 ... : -2.36
## ... 227 29 122 96 67 ... : -2.47
## ... 227 29 122 67 96 ... : -2.62
## ... 227 96 67 122 29 ... : -2.73
## ... 227 29 96 122 67 ... : -3.06
## ... 227 96 29 122 67 ... : -3.29
##
## ...-227-|-96-122-67-29-17-|-222-...
## Alternative orders:
## ... 96 122 67 29 17 ... : 0.00
## ... 122 96 67 29 17 ... : -0.16
## ... 122 67 29 96 17 ... : -0.19
## ... 122 67 96 29 17 ... : -0.61
## ... 67 122 29 96 17 ... : -0.90
## ... 67 122 96 29 17 ... : -0.91
## ... 122 29 67 96 17 ... : -1.67
## ... 67 29 122 96 17 ... : -1.70
## ... 96 122 29 67 17 ... : -1.73
## ... 122 96 29 67 17 ... : -1.89
## ... 122 29 96 67 17 ... : -1.90
## ... 67 96 122 29 17 ... : -2.03
## ... 29 67 122 96 17 ... : -2.36
## ... 29 122 96 67 17 ... : -2.47
## ... 29 122 67 96 17 ... : -2.62
## ... 96 67 122 29 17 ... : -2.73
## ... 29 96 122 67 17 ... : -3.06
## ... 96 29 122 67 17 ... : -3.29
## ... 122 67 29 17 96 ... : -3.79
## ... 122 96 67 17 29 ... : -3.90
## ... 96 122 67 17 29 ... : -4.11
## ... 122 67 96 17 29 ... : -4.39
## ... 67 122 29 17 96 ... : -4.62
## ... 122 96 29 17 67 ... : -4.63
## ... 96 122 17 67 29 ... : -4.64
## ... 67 29 122 17 96 ... : -4.78
## ... 96 122 29 17 67 ... : -4.82
## ... 122 29 96 17 67 ... : -5.14
## ... 67 122 96 17 29 ... : -5.14
## ... 29 96 122 17 67 ... : -5.26
## ... 29 67 122 17 96 ... : -5.41
## ... 96 29 122 17 67 ... : -5.42
## ... 122 29 67 17 96 ... : -5.79
## ... 67 96 122 17 29 ... : -5.88
## ... 96 122 17 29 67 ... : -5.94
## ... 122 67 17 29 96 ... : -5.96
## ... 67 122 17 96 29 ... : -5.99
##
## ...-96-|-122-67-29-17-222-|-23-...
## Alternative orders:
## ... 122 67 29 17 222 ... : 0.00
## ... 122 67 222 17 29 ... : -0.05
## ... 122 222 17 67 29 ... : -0.89
## ... 122 29 67 17 222 ... : -1.73
## ... 122 222 67 29 17 ... : -2.25
## ... 122 222 67 17 29 ... : -2.40
## ... 67 122 29 17 222 ... : -2.73
## ... 122 67 222 29 17 ... : -2.78
## ... 29 122 67 17 222 ... : -3.29
## ... 67 122 222 17 29 ... : -3.33
## ... 122 29 67 222 17 ... : -3.91
## ... 222 17 67 122 29 ... : -3.93
## ... 122 67 17 29 222 ... : -4.11
## ... 122 67 29 222 17 ... : -4.39
## ... 29 122 67 222 17 ... : -4.55
## ... 122 17 67 29 222 ... : -4.64
## ... 122 67 17 222 29 ... : -4.81
## ... 122 29 17 67 222 ... : -4.82
## ... 222 122 67 17 29 ... : -5.24
## ... 222 122 67 29 17 ... : -5.35
## ... 29 122 17 67 222 ... : -5.42
## ... 67 222 122 29 17 ... : -5.52
## ... 222 67 122 29 17 ... : -5.53
## ... 222 122 17 67 29 ... : -5.73
## ... 67 222 122 17 29 ... : -5.81
## ... 122 17 29 67 222 ... : -5.94
## ... 122 29 222 17 67 ... : -5.95
##
## ...-122-|-67-29-17-222-23-|-37-...
## Alternative orders:
## ... 67 29 17 222 23 ... : 0.00
## ... 67 222 17 29 23 ... : -0.05
## ... 222 17 67 29 23 ... : -0.89
## ... 29 67 17 222 23 ... : -1.73
## ... 222 67 29 17 23 ... : -2.25
## ... 222 67 17 29 23 ... : -2.40
## ... 67 222 29 17 23 ... : -2.78
## ... 29 67 222 17 23 ... : -3.91
## ... 67 17 29 222 23 ... : -4.11
## ... 67 29 222 17 23 ... : -4.39
## ... 17 67 29 222 23 ... : -4.64
## ... 67 17 222 29 23 ... : -4.81
## ... 29 17 67 222 23 ... : -4.82
## ... 17 29 67 222 23 ... : -5.94
## ... 29 222 17 67 23 ... : -5.95
##
## ...-67-|-29-17-222-23-37-|-87-...
## Alternative orders:
## ... 29 17 222 23 37 ... : 0.00
## ... 222 17 29 23 37 ... : -0.05
## ... 222 29 17 23 37 ... : -2.78
## ... 17 29 222 23 37 ... : -4.11
## ... 29 222 17 23 37 ... : -4.39
## ... 17 222 29 23 37 ... : -4.81
##
## ...-29-|-17-222-23-37-87-|-384-... OK
##
## ...-17-|-222-23-37-87-384-|-257-... OK
##
## ...-222-|-23-37-87-384-257-|-367-... OK
##
## ...-23-|-37-87-384-257-367-|-160-... OK
##
## ...-37-|-87-384-257-367-160-|-214-...
## Alternative orders:
## ... 87 384 257 367 160 ... : 0.00
## ... 87 257 384 367 160 ... : -5.95
##
## ...-87-|-384-257-367-160-214-|-59-...
## Alternative orders:
## ... 384 257 367 160 214 ... : 0.00
## ... 257 384 367 160 214 ... : -5.95
##
## ...-384-|-257-367-160-214-59-|-387-...
## Alternative orders:
## ... 257 367 160 214 59 ... : 0.00
## ... 257 367 160 59 214 ... : -3.21
##
## ...-257-|-367-160-214-59-387-|-415-...
## Alternative orders:
## ... 367 160 214 59 387 ... : 0.00
## ... 367 160 59 214 387 ... : -3.21
##
## ...-367-|-160-214-59-387-415-|-311-...
## Alternative orders:
## ... 160 214 59 387 415 ... : 0.00
## ... 160 59 214 387 415 ... : -3.21
##
## ...-160-|-214-59-387-415-311-|-381-...
## Alternative orders:
## ... 214 59 387 415 311 ... : 0.00
## ... 59 214 387 415 311 ... : -3.21
##
## ...-214-|-59-387-415-311-381-|-93-...
## Alternative orders:
## ... 59 387 415 311 381 ... : 0.00
## ... 59 387 415 381 311 ... : -4.77
##
## ...-59-|-387-415-311-381-93-|-98-...
## Alternative orders:
## ... 387 415 311 381 93 : 0.00
## ... 387 415 381 311 93 : -4.77
##
## 387-|-415-311-381-93-98
## Alternative orders:
## 415 311 381 93 98 ... : 0.00
## 415 311 381 98 93 ... : -0.08
## 415 381 311 98 93 ... : -4.75
## 415 381 311 93 98 ... : -4.77
##Heatmap
rf_graph_table(linkgroup_8, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##############LINKAGE GROUP 9#####################
#Defining the linkage group to be mapped (LG9)
LG9 <- make_seq(linked, 9)
LG9
##
## Number of markers: 29
## Markers in the sequence:
## BA394 BA175 BB182 CA378 CA140 CB216 BD242 BD143 AA296C BA245C AAT233
## AAT272 AAT308 AAT364 BC546 BC478 BC388 BC376 BC330 BC266 BC219 CC149 CC114
## MgSTS36 MgSTS437 MgSTS113 MgSTS282B MgSTS548 MgSTS438
##
## Parameters not estimated.
##Sorting the markers of LG9
LG9_rcd <- rcd(LG9)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 66 101 114 392 298 78 154 201 331 382 314 183 185 44 189 158 300 144 198 196 136 203 248 30 176 194 205 242 182
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
##TRY Command and RIPPLE Correction
LG9_ord <- order_seq(input.seq=LG9_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 66 101 114 392 298 78 154 201 331 382 314 183 185 44 189 158 300 144 198 196 136 203 248 30 176 194 205 242 182
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 154 --> AA296C : ......
## 158 --> BA245C : ......
## 300 --> MgSTS437 : ......
## 392 --> MgSTS438 : .......
## 298 --> MgSTS36 : ........
## 183 --> AAT308 : ........
## 331 --> MgSTS282B : .........
## 185 --> AAT364 : .........
## 314 --> MgSTS113 : ..........
## 382 --> MgSTS548 : ..........
## 176 --> AAT233 : ..........
## 101 --> CA140 : ...........
## 78 --> CA378 : ...........
## 144 --> BD143 : ...........
## 136 --> BD242 : ...........
## 198 --> BC376 : ...........
## 196 --> BC388 : ...........
## 194 --> BC478 : ...........
## 205 --> BC219 : ...........
## 248 --> CC114 : ...........
## 242 --> CC149 : ...........
## 114 --> CB216 : ...........
## 44 --> BA175 : ............
## 30 --> BA394 : ............
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 66 114 392 201 176 203 300 189 183 185 182
##
## Markers not placed on the map: 101 298 78 154 331 382 314 44 158 144 198 196 136 248 30 194 205 242
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 101 --> CA140 : ............
## 298 --> MgSTS36 : ............
## 78 --> CA378 : ............
## 154 --> AA296C : ............
## 331 --> MgSTS282B : ............
## 382 --> MgSTS548 : ............
## 314 --> MgSTS113 : ............
## 44 --> BA175 : ............
## 158 --> BA245C : ............
## 144 --> BD143 : ............
## 198 --> BC376 : ............
## 196 --> BC388 : ............
## 136 --> BD242 : ............
## 248 --> CC114 : ............
## 30 --> BA394 : ............
## 194 --> BC478 : ............
## 205 --> BC219 : ............
## 242 --> CC149 : ............
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 331 --> MgSTS282B : ............
## 158 --> BA245C : .............
## 136 --> BD242 : ..............
## 196 --> BC388 : ...............
## 154 --> AA296C : ................
## 242 --> CC149 : .................
## 314 --> MgSTS113 : ..................
## 382 --> MgSTS548 : ...................
## 144 --> BD143 : ....................
## 248 --> CC114 : .....................
## 298 --> MgSTS36 : ......................
## 194 --> BC478 : .......................
## 78 --> CA378 : ........................
## 205 --> BC219 : .........................
## 198 --> BC376 : ..........................
## 101 --> CA140 : ...........................
## 44 --> BA175 : ............................
## 30 --> BA394 : .............................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_9 <- make_seq(LG9_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_9, ws=5, LOD=6)
## 66-101-114-78-298-|-392-...
## Alternative orders:
## 66 101 114 78 298 ... : 0.00
## 101 66 114 78 298 ... : -0.04
## 66 101 78 114 298 ... : -0.21
## 101 66 78 114 298 ... : -0.39
##
## ...-66-|-101-114-78-298-392-|-154-...
## Alternative orders:
## 101 114 78 298 392 ... : 0.00
## 101 78 114 298 392 ... : -0.21
## 101 78 114 392 298 ... : -1.86
## 101 114 78 392 298 ... : -1.90
## 101 114 392 298 78 ... : -5.88
##
## ...-101-|-114-78-298-392-154-|-201-...
## Alternative orders:
## ... 114 78 298 392 154 ... : 0.00
## ... 78 114 298 392 154 ... : -0.21
## ... 78 114 392 298 154 ... : -1.86
## ... 114 78 392 298 154 ... : -1.90
## ... 114 392 298 78 154 ... : -5.88
##
## ...-114-|-78-298-392-154-201-|-176-...
## Alternative orders:
## ... 78 298 392 154 201 ... : 0.00
## ... 78 392 298 154 201 ... : -1.90
## ... 78 298 392 201 154 ... : -3.04
## ... 78 392 298 201 154 ... : -5.04
## ... 392 298 78 154 201 ... : -5.88
##
## ...-78-|-298-392-154-201-176-|-203-...
## Alternative orders:
## ... 298 392 154 201 176 ... : 0.00
## ... 392 298 154 201 176 ... : -1.90
## ... 298 392 201 154 176 ... : -3.04
## ... 392 298 201 154 176 ... : -5.04
##
## ...-298-|-392-154-201-176-203-|-248-...
## Alternative orders:
## ... 392 154 201 176 203 ... : 0.00
## ... 392 201 154 176 203 ... : -3.04
##
## ...-392-|-154-201-176-203-248-|-30-...
## Alternative orders:
## ... 154 201 176 203 248 ... : 0.00
## ... 154 201 176 248 203 ... : -1.01
## ... 201 154 176 203 248 ... : -3.04
## ... 201 154 176 248 203 ... : -4.05
## ... 154 201 203 248 176 ... : -5.88
##
## ...-154-|-201-176-203-248-30-|-205-...
## Alternative orders:
## ... 201 176 203 248 30 ... : 0.00
## ... 201 176 248 203 30 ... : -1.01
## ... 201 30 248 203 176 ... : -1.74
## ... 201 30 176 248 203 ... : -1.81
## ... 201 176 30 248 203 ... : -2.05
## ... 201 30 203 248 176 ... : -2.64
## ... 201 30 176 203 248 ... : -2.80
## ... 201 176 30 203 248 ... : -5.67
## ... 201 203 248 176 30 ... : -5.88
##
## ...-201-|-176-203-248-30-205-|-194-...
## Alternative orders:
## ... 176 203 248 30 205 ... : 0.00
## ... 205 30 248 203 176 ... : -0.13
## ... 176 248 203 30 205 ... : -1.01
## ... 205 30 203 248 176 ... : -1.34
## ... 30 248 203 176 205 ... : -1.74
## ... 30 176 248 203 205 ... : -1.81
## ... 176 30 248 203 205 ... : -2.05
## ... 30 203 248 176 205 ... : -2.64
## ... 30 176 203 248 205 ... : -2.80
## ... 205 203 248 30 176 ... : -3.08
## ... 176 30 203 248 205 ... : -5.67
## ... 203 248 176 30 205 ... : -5.88
## ... 205 176 203 248 30 ... : -5.90
## ... 30 205 203 248 176 ... : -5.92
##
## ...-176-|-203-248-30-205-194-|-198-...
## Alternative orders:
## ... 203 248 30 205 194 ... : 0.00
## ... 248 203 30 205 194 ... : -1.01
## ... 30 248 203 205 194 ... : -2.05
## ... 30 203 248 205 194 ... : -5.67
##
## ...-203-|-248-30-205-194-198-|-144-...
## Alternative orders:
## ... 248 30 205 194 198 ... : 0.00
## ... 248 30 205 198 194 ... : -3.29
##
## ...-248-|-30-205-194-198-144-|-300-...
## Alternative orders:
## ... 30 205 194 198 144 ... : 0.00
## ... 30 205 194 144 198 ... : -0.69
## ... 30 205 198 194 144 ... : -3.29
## ... 30 205 144 194 198 ... : -4.74
##
## ...-30-|-205-194-198-144-300-|-158-...
## Alternative orders:
## ... 205 194 198 144 300 ... : 0.00
## ... 205 194 144 198 300 ... : -0.69
## ... 205 194 144 300 198 ... : -2.39
## ... 205 198 194 144 300 ... : -3.29
## ... 205 144 194 198 300 ... : -4.74
##
## ...-205-|-194-198-144-300-158-|-44-...
## Alternative orders:
## ... 194 198 144 300 158 ... : 0.00
## ... 194 144 198 300 158 ... : -0.69
## ... 194 144 300 158 198 ... : -1.86
## ... 194 144 300 198 158 ... : -2.39
## ... 198 194 144 300 158 ... : -3.29
## ... 144 194 198 300 158 ... : -4.74
##
## ...-194-|-198-144-300-158-44-|-189-...
## Alternative orders:
## ... 198 144 300 158 44 ... : 0.00
## ... 144 300 158 44 198 ... : -0.53
## ... 144 198 300 158 44 ... : -0.69
## ... 144 300 158 198 44 ... : -1.86
## ... 144 300 198 158 44 ... : -2.39
##
## ...-198-|-144-300-158-44-189-|-196-...
## Alternative orders:
## ... 144 300 158 44 189 ... : 0.00
## ... 144 300 158 189 44 ... : -0.54
##
## ...-144-|-300-158-44-189-196-|-136-...
## Alternative orders:
## ... 300 158 44 189 196 ... : 0.00
## ... 300 158 189 44 196 ... : -0.54
## ... 300 158 196 189 44 ... : -3.60
## ... 300 158 196 44 189 ... : -3.72
## ... 300 158 189 196 44 ... : -4.11
## ... 300 158 44 196 189 ... : -5.53
##
## ...-300-|-158-44-189-196-136-|-183-...
## Alternative orders:
## ... 158 44 189 196 136 ... : 0.00
## ... 158 189 44 196 136 ... : -0.54
## ... 158 196 189 44 136 ... : -3.60
## ... 158 196 44 189 136 ... : -3.72
## ... 158 189 196 44 136 ... : -4.11
## ... 158 44 196 189 136 ... : -5.53
##
## ...-158-|-44-189-196-136-183-|-314-...
## Alternative orders:
## ... 44 189 196 136 183 ... : 0.00
## ... 189 44 196 136 183 ... : -0.54
## ... 196 189 44 136 183 ... : -3.60
## ... 196 44 189 136 183 ... : -3.72
## ... 189 196 44 136 183 ... : -4.11
## ... 44 196 189 136 183 ... : -5.53
##
## ...-44-|-189-196-136-183-314-|-185-...
## Alternative orders:
## ... 189 196 136 183 314 ... : 0.00
## ... 189 196 136 314 183 ... : -1.77
## ... 196 189 136 183 314 ... : -5.53
## ... 136 196 189 314 183 ... : -5.94
##
## ...-189-|-196-136-183-314-185-|-382-...
## Alternative orders:
## ... 196 136 183 314 185 ... : 0.00
## ... 196 136 314 183 185 ... : -1.77
##
## ...-196-|-136-183-314-185-382-|-331-...
## Alternative orders:
## ... 136 183 314 185 382 ... : 0.00
## ... 136 314 183 185 382 ... : -1.77
##
## ...-136-|-183-314-185-382-331-|-182-...
## Alternative orders:
## ... 183 314 382 331 185 ... : 0.00
## ... 183 314 185 382 331 ... : -0.72
## ... 314 183 185 382 331 ... : -2.49
## ... 183 314 331 382 185 ... : -3.90
##
## ...-183-|-314-185-382-331-182-|-242-...
## Alternative orders:
## ... 314 382 331 185 182 : 0.00
## ... 314 185 382 331 182 : -0.72
## ... 314 331 382 185 182 : -3.90
##
## 314-|-185-382-331-182-242
## Alternative orders:
## 382 331 185 182 242 ... : 0.00
## 185 382 331 182 242 ... : -0.72
## 331 382 185 182 242 ... : -3.90
## 382 331 185 242 182 ... : -4.79
## 185 382 331 242 182 ... : -5.66
##Heatmap
rf_graph_table(linkgroup_9, axis.cex=.7, inter=FALSE)
## Removing markers: 176, 242 and 182 of LG9
RM9 <- drop_marker(LG9, c(176, 242, 182, 194))
RM9<-group(RM9)
## Selecting markers:
## group 1
## .........................
RM9
## This is an object of class 'group'
## It was generated from the object "RM9"
##
## Criteria used to assign markers to groups:
## LOD = 6 , Maximum recombination fraction = 0.37
##
## No. markers: 25
## No. groups: 1
## No. linked markers: 25
## No. unlinked markers: 0
##
## Printing groups:
## Group 1 : 25 markers
## BA394 BA175 BB182 CA378 CA140 CB216 BD242 BD143 AA296C BA245C AAT308 AAT364 BC546 BC388 BC376 BC330 BC266 BC219 CC114 MgSTS36 MgSTS437 MgSTS113 MgSTS282B MgSTS548 MgSTS438
set_map_fun(type="kosambi")
LG9RM <- make_seq(RM9, 1)
LG9RM
##
## Number of markers: 25
## Markers in the sequence:
## BA394 BA175 BB182 CA378 CA140 CB216 BD242 BD143 AA296C BA245C AAT308
## AAT364 BC546 BC388 BC376 BC330 BC266 BC219 CC114 MgSTS36 MgSTS437 MgSTS113
## MgSTS282B MgSTS548 MgSTS438
##
## Parameters not estimated.
LG9RM_rcd <- rcd(LG9RM)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 66 101 114 392 298 78 154 201 331 382 314 183 185 44 189 158 300 144 198 196 136 203 248 30 205
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG9RM_ord <- order_seq(input.seq=LG9RM_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 66 101 114 392 298 78 154 201 331 382 314 183 185 44 189 158 300 144 198 196 136 203 248 30 205
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 158 --> BA245C : ......
## 300 --> MgSTS437 : ......
## 392 --> MgSTS438 : ......
## 298 --> MgSTS36 : .......
## 183 --> AAT308 : .......
## 331 --> MgSTS282B : ........
## 314 --> MgSTS113 : .........
## 382 --> MgSTS548 : .........
## 101 --> CA140 : ..........
## 78 --> CA378 : ..........
## 144 --> BD143 : ..........
## 136 --> BD242 : ..........
## 189 --> BC546 : ..........
## 196 --> BC388 : ..........
## 203 --> BC266 : ..........
## 248 --> CC114 : ..........
## 114 --> CB216 : ..........
## 44 --> BA175 : ...........
## 30 --> BA394 : ...........
## 201 --> BC330 : ...........
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 66 114 392 154 331 382 185 183 198 205
##
## Markers not placed on the map: 101 298 78 201 314 44 189 158 300 144 196 136 203 248 30
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 101 --> CA140 : ...........
## 298 --> MgSTS36 : ...........
## 78 --> CA378 : ...........
## 201 --> BC330 : ...........
## 314 --> MgSTS113 : ...........
## 44 --> BA175 : ...........
## 189 --> BC546 : ...........
## 158 --> BA245C : ...........
## 300 --> MgSTS437 : ...........
## 144 --> BD143 : ...........
## 196 --> BC388 : ...........
## 136 --> BD242 : ...........
## 203 --> BC266 : ...........
## 248 --> CC114 : ...........
## 30 --> BA394 : ...........
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 201 --> BC330 : ...........
## 136 --> BD242 : ............
## 300 --> MgSTS437 : .............
## 144 --> BD143 : ..............
## 196 --> BC388 : ...............
## 158 --> BA245C : ................
## 30 --> BA394 : .................
## 298 --> MgSTS36 : ..................
## 189 --> BC546 : ...................
## 314 --> MgSTS113 : ....................
## 44 --> BA175 : .....................
## 78 --> CA378 : ......................
## 248 --> CC114 : .......................
## 203 --> BC266 : ........................
## 101 --> CA140 : .........................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_9RM <- make_seq(LG9RM_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_9RM, ws=5, LOD=6)
## 66-101-114-78-298-|-392-...
## Alternative orders:
## 66 101 114 78 298 ... : 0.00
## 101 66 114 78 298 ... : -0.04
## 66 101 78 114 298 ... : -0.21
## 101 66 78 114 298 ... : -0.39
##
## ...-66-|-101-114-78-298-392-|-154-...
## Alternative orders:
## 101 114 78 298 392 ... : 0.00
## 101 78 114 298 392 ... : -0.21
## 101 78 114 392 298 ... : -1.86
## 101 114 78 392 298 ... : -1.90
## 101 114 392 298 78 ... : -5.78
##
## ...-101-|-114-78-298-392-154-|-201-...
## Alternative orders:
## ... 114 78 298 392 154 ... : 0.00
## ... 78 114 298 392 154 ... : -0.21
## ... 78 114 392 298 154 ... : -1.86
## ... 114 78 392 298 154 ... : -1.90
## ... 114 392 298 78 154 ... : -5.78
##
## ...-114-|-78-298-392-154-201-|-331-...
## Alternative orders:
## ... 78 298 392 154 201 ... : 0.00
## ... 78 392 298 154 201 ... : -1.90
## ... 78 298 392 201 154 ... : -3.83
## ... 392 298 78 154 201 ... : -5.78
## ... 78 392 298 201 154 ... : -5.82
##
## ...-78-|-298-392-154-201-331-|-382-...
## Alternative orders:
## ... 298 392 154 201 331 ... : 0.00
## ... 392 298 154 201 331 ... : -1.90
## ... 298 392 201 154 331 ... : -3.83
## ... 392 298 201 154 331 ... : -5.82
##
## ...-298-|-392-154-201-331-382-|-185-...
## Alternative orders:
## ... 392 154 201 331 382 ... : 0.00
## ... 392 201 154 331 382 ... : -3.83
##
## ...-392-|-154-201-331-382-185-|-314-...
## Alternative orders:
## ... 154 201 331 382 185 ... : 0.00
## ... 201 154 331 382 185 ... : -3.83
##
## ...-154-|-201-331-382-185-314-|-183-... OK
##
## ...-201-|-331-382-185-314-183-|-136-...
## Alternative orders:
## ... 331 382 185 314 183 ... : 0.00
## ... 331 382 185 183 314 ... : -1.83
##
## ...-331-|-382-185-314-183-136-|-44-...
## Alternative orders:
## ... 382 185 314 183 136 ... : 0.00
## ... 382 185 183 314 136 ... : -1.83
##
## ...-382-|-185-314-183-136-44-|-158-...
## Alternative orders:
## ... 185 314 183 136 44 ... : 0.00
## ... 185 183 314 136 44 ... : -1.83
## ... 185 314 183 44 136 ... : -5.10
##
## ...-185-|-314-183-136-44-158-|-300-...
## Alternative orders:
## ... 314 183 136 44 158 ... : 0.00
## ... 183 314 136 44 158 ... : -1.83
## ... 314 183 44 136 158 ... : -5.10
##
## ...-314-|-183-136-44-158-300-|-144-...
## Alternative orders:
## ... 183 136 44 158 300 ... : 0.00
## ... 183 44 136 158 300 ... : -5.10
##
## ...-183-|-136-44-158-300-144-|-198-...
## Alternative orders:
## ... 136 44 158 300 144 ... : 0.00
## ... 144 300 158 44 136 ... : -4.97
## ... 44 136 158 300 144 ... : -5.10
##
## ...-136-|-44-158-300-144-198-|-189-... OK
##
## ...-44-|-158-300-144-198-189-|-196-...
## Alternative orders:
## ... 158 300 144 198 189 ... : 0.00
## ... 189 158 300 144 198 ... : -0.99
## ... 158 300 144 189 198 ... : -5.52
##
## ...-158-|-300-144-198-189-196-|-205-...
## Alternative orders:
## ... 300 144 198 189 196 ... : 0.00
## ... 300 144 189 196 198 ... : -3.01
## ... 300 144 198 196 189 ... : -3.39
## ... 300 144 196 189 198 ... : -4.67
## ... 300 198 196 189 144 ... : -5.38
## ... 300 144 189 198 196 ... : -5.52
## ... 300 189 196 198 144 ... : -5.53
##
## ...-300-|-144-198-189-196-205-|-203-...
## Alternative orders:
## ... 144 198 189 196 205 ... : 0.00
## ... 144 189 196 198 205 ... : -3.01
## ... 144 198 196 189 205 ... : -3.39
## ... 144 196 189 198 205 ... : -4.67
## ... 198 196 189 144 205 ... : -5.38
## ... 144 189 198 196 205 ... : -5.52
## ... 189 196 198 144 205 ... : -5.53
## ... 144 205 198 189 196 ... : -5.58
##
## ...-144-|-198-189-196-205-203-|-248-...
## Alternative orders:
## ... 198 189 196 205 203 ... : 0.00
## ... 189 196 198 205 203 ... : -3.01
## ... 198 196 189 205 203 ... : -3.39
## ... 196 189 198 205 203 ... : -4.67
## ... 189 198 196 205 203 ... : -5.52
## ... 205 198 189 196 203 ... : -5.58
##
## ...-198-|-189-196-205-203-248-|-30-...
## Alternative orders:
## ... 189 196 205 203 248 : 0.00
## ... 189 196 205 248 203 : -2.78
## ... 196 189 205 203 248 : -3.39
## ... 189 196 203 248 205 : -5.18
##
## 189-|-196-205-203-248-30
## Alternative orders:
## 196 203 248 30 205 ... : 0.00
## 196 205 203 248 30 ... : -0.19
## 196 205 248 203 30 ... : -2.97
## 196 205 30 248 203 ... : -4.42
## 196 30 248 203 205 ... : -4.49
## 196 248 203 30 205 ... : -5.04
## 196 203 248 205 30 ... : -5.37
rf_graph_table(linkgroup_9RM, axis.cex=.7, inter=FALSE)
##############LINKAGE GROUP 10#####################
#Defining the linkage group to be mapped (LG10)
LG10 <- make_seq(linked, 10)
LG10
##
## Number of markers: 21
## Markers in the sequence:
## BA334 BA145 BB198 CA315 CB172 CB126 CB55 CB263C AAT240 BC199 CC150 MgSTS55
## MgSTS45 MgSTS11 MgSTS68 MgSTS326 MgSTS419 MgSTS577 MgSTS104 MgSTS622
## MgSTS599
##
## Parameters not estimated.
##Sorting the markers of LG10
LG10_rcd <- rcd(LG10)
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 117 35 390 284 285 407 416 123 79 164 281 121 170 410 207 63 383 304 330 48 241
##
## calculating multipoint map using tol = 1e-04 .
LG10_ord <- order_seq(input.seq=LG10_rcd, n.init=5, twopt.alg="rcd", THRES= 6, draw.try=FALSE, wait=1)
##
## Cross type: f2
## Choosing initial subset using 'two-point' approach
##
## order obtained using RCD algorithm:
##
## 117 35 390 284 285 407 416 123 79 164 281 121 170 410 207 63 383 304 330 48 241
##
## calculating multipoint map using tol = 0.1 .
##
##
## Comparing 60 orders:
##
##
|
| | 0%
|
|= | 2%
|
|== | 3%
|
|=== | 5%
|
|==== | 7%
|
|===== | 8%
|
|====== | 10%
|
|======== | 12%
|
|========= | 13%
|
|========== | 15%
|
|=========== | 17%
|
|============ | 18%
|
|============= | 20%
|
|============== | 22%
|
|=============== | 23%
|
|================ | 25%
|
|================= | 27%
|
|================== | 28%
|
|==================== | 30%
|
|===================== | 32%
|
|====================== | 33%
|
|======================= | 35%
|
|======================== | 37%
|
|========================= | 38%
|
|========================== | 40%
|
|=========================== | 42%
|
|============================ | 43%
|
|============================= | 45%
|
|============================== | 47%
|
|=============================== | 48%
|
|================================ | 50%
|
|================================== | 52%
|
|=================================== | 53%
|
|==================================== | 55%
|
|===================================== | 57%
|
|====================================== | 58%
|
|======================================= | 60%
|
|======================================== | 62%
|
|========================================= | 63%
|
|========================================== | 65%
|
|=========================================== | 67%
|
|============================================ | 68%
|
|============================================== | 70%
|
|=============================================== | 72%
|
|================================================ | 73%
|
|================================================= | 75%
|
|================================================== | 77%
|
|=================================================== | 78%
|
|==================================================== | 80%
|
|===================================================== | 82%
|
|====================================================== | 83%
|
|======================================================= | 85%
|
|======================================================== | 87%
|
|========================================================= | 88%
|
|========================================================== | 90%
|
|============================================================ | 92%
|
|============================================================= | 93%
|
|============================================================== | 95%
|
|=============================================================== | 97%
|
|================================================================ | 98%
|
|=================================================================| 100%
##
##
##
## Running try algorithm
## 170 --> AAT240 : ......
## 164 --> CB263C : .......
## 390 --> MgSTS577 : ........
## 284 --> MgSTS45 : .........
## 383 --> MgSTS419 : .........
## 410 --> MgSTS622 : .........
## 416 --> MgSTS599 : ..........
## 285 --> MgSTS11 : ...........
## 304 --> MgSTS68 : ............
## 330 --> MgSTS326 : ............
## 123 --> CB55 : .............
## 48 --> BA145 : ..............
## 207 --> BC199 : ..............
## 121 --> CB126 : ..............
## 79 --> CA315 : ..............
## 35 --> BA334 : ..............
##
## LOD threshold = 6
##
## Positioned markers: 117 35 390 285 407 416 123 164 281 170 410 330 241 63
##
## Markers not placed on the map: 284 79 121 207 383 304 48
##
##
## Calculating LOD-Scores
## 284 --> MgSTS45 : ...............
## 79 --> CA315 : ...............
## 121 --> CB126 : ...............
## 207 --> BC199 : ...............
## 383 --> MgSTS419 : ...............
## 304 --> MgSTS68 : ...............
## 48 --> BA145 : ...............
##
##
## Placing remaining marker(s) at most likely position
## 284 --> MgSTS45 : ...............
## 48 --> BA145 : ................
## 207 --> BC199 : .................
## 121 --> CB126 : ..................
## 304 --> MgSTS68 : ...................
## 383 --> MgSTS419 : ....................
## 79 --> CA315 : .....................
##
## Estimating final genetic map using tol = 10E-5.
linkgroup_10 <- make_seq(LG10_ord, "force")
ripple_seq(linkgroup_10, ws=5, LOD=6)
## 117-35-390-284-285-|-407-... OK
##
## ...-117-|-35-390-284-285-407-|-416-... OK
##
## ...-35-|-390-284-285-407-416-|-123-... OK
##
## ...-390-|-284-285-407-416-123-|-79-... OK
##
## ...-284-|-285-407-416-123-79-|-164-... OK
##
## ...-285-|-407-416-123-79-164-|-281-...
## Alternative orders:
## ... 407 416 123 79 164 ... : 0.00
## ... 407 416 123 164 79 ... : -1.42
##
## ...-407-|-416-123-79-164-281-|-121-...
## Alternative orders:
## ... 416 123 79 164 281 ... : 0.00
## ... 416 123 164 79 281 ... : -1.42
##
## ...-416-|-123-79-164-281-121-|-170-...
## Alternative orders:
## ... 123 79 164 281 121 ... : 0.00
## ... 123 164 79 281 121 ... : -1.42
##
## ...-123-|-79-164-281-121-170-|-410-...
## Alternative orders:
## ... 79 164 281 121 170 ... : 0.00
## ... 164 79 281 121 170 ... : -1.42
## ... 79 164 281 170 121 ... : -3.99
## ... 164 79 281 170 121 ... : -4.50
##
## ...-79-|-164-281-121-170-410-|-330-...
## Alternative orders:
## ... 164 281 121 170 410 ... : 0.00
## ... 164 281 170 121 410 ... : -3.99
##
## ...-164-|-281-121-170-410-330-|-48-...
## Alternative orders:
## ... 281 121 170 410 330 ... : 0.00
## ... 281 170 121 410 330 ... : -3.99
##
## ...-281-|-121-170-410-330-48-|-241-...
## Alternative orders:
## ... 121 170 410 330 48 ... : 0.00
## ... 121 170 410 48 330 ... : -3.55
## ... 170 121 410 330 48 ... : -3.99
##
## ...-121-|-170-410-330-48-241-|-207-...
## Alternative orders:
## ... 170 410 330 48 241 ... : 0.00
## ... 170 410 241 48 330 ... : -3.00
## ... 170 410 48 330 241 ... : -3.55
## ... 170 410 241 330 48 ... : -3.96
##
## ...-170-|-410-330-48-241-207-|-304-...
## Alternative orders:
## ... 410 330 48 241 207 ... : 0.00
## ... 410 241 48 330 207 ... : -3.00
## ... 410 48 330 241 207 ... : -3.55
## ... 410 241 330 48 207 ... : -3.96
##
## ...-410-|-330-48-241-207-304-|-383-...
## Alternative orders:
## ... 330 48 241 207 304 ... : 0.00
## ... 241 48 330 207 304 ... : -3.00
## ... 48 330 241 207 304 ... : -3.55
## ... 241 330 48 207 304 ... : -3.96
##
## ...-330-|-48-241-207-304-383-|-63-...
## Alternative orders:
## ... 48 241 207 304 383 : 0.00
## ... 48 241 207 383 304 : -0.63
## ... 48 241 304 383 207 : -4.30
## ... 304 383 48 241 207 : -5.64
## ... 48 241 383 304 207 : -5.65
##
## 48-|-241-207-304-383-63
## Alternative orders:
## 304 383 63 207 241 ... : 0.00
## 383 304 63 207 241 ... : -1.46
## 207 304 383 63 241 ... : -3.16
## 207 383 304 63 241 ... : -4.09
## 63 304 383 207 241 ... : -4.91
## 63 383 304 207 241 ... : -5.22
## 304 383 207 63 241 ... : -5.81
##Heatmap
rf_graph_table(linkgroup_10, axis.cex=.7, inter=FALSE)
#######################################################
#Designating the 14 linkage groups according to above analysis
L1 <- linkgroup_1_1
L2 <- linkgroup_2
L3 <- linkgroup_3_1
L4 <- linkgroup_4RM
L5 <- linkgroup_5
L6 <- linkgroup_6RM
L7 <- linkgroup_7
L8 <- linkgroup_8
L9 <- linkgroup_9RM
L10 <- linkgroup_10
L11 <- linkgroup_1_2
L12 <- linkgroup_1_3RM
L13 <- linkgroup_3_2_1_in
L14 <- linkgroup_3_2_2_in
#4) Drawing the genetic map
maps<-list(L1, L2, L3, L4, L5, L6, L7, L8, L9, L10, L11,
L12, L13, L14)
draw_map(maps , names= FALSE, grid=TRUE, cex.mrk=0.7)
#5) Printing all linkage groups heatmaps
heatmap1<-rf_graph_table(L1, axis.cex=.7,inter=FALSE)
heatmap2<-rf_graph_table(L2, axis.cex=.7,inter=FALSE)
heatmap3<-rf_graph_table(L3, axis.cex=.7,inter=FALSE)
heatmap4<-rf_graph_table(L4, axis.cex=.7,inter=FALSE)
heatmap5<-rf_graph_table(L5, axis.cex=.7,inter=FALSE)
heatmap6<-rf_graph_table(L6, axis.cex=.7,inter=FALSE)
heatmap7<-rf_graph_table(L7, axis.cex=.7,inter=FALSE)
heatmap8<-rf_graph_table(L8, axis.cex=.7,inter=FALSE)
heatmap9<-rf_graph_table(L9, axis.cex=.7,inter=FALSE)
heatmap10<-rf_graph_table(L10, axis.cex=.7,inter=FALSE)
heatmap11<-rf_graph_table(L11, axis.cex=.7,inter=FALSE)
heatmap12<-rf_graph_table(L12, axis.cex=.7,inter=FALSE)
heatmap13<-rf_graph_table(L13, axis.cex=.7,inter=FALSE)
heatmap14<-rf_graph_table(L14, axis.cex=.7,inter=FALSE)