Single-cell RNA-Seq Analysis

Please follow along using the cut_and_paste.txt that comes with this repo.

If code is cut off here in the presentation, it will be available in full in the cut_and_paste.txt document.

• R allows methodology written by others to be imported.
  • Leverage other code.
  • Make your code available to others.
    

# Load libraries
library(dplyr) # Dataframe manipulation
library(MAST) # For DE
library(Matrix) # Sparse matrices
library(useful) # Corner function
library(vioplot) # Violin pots
library(Seurat) # Single cell Analysis

source("src/dotplot.R")
source("src/makeNiceMAST.R")
load("data/small_bipolar.Robj")

# 24904 x 5000
bipolar.data <- Matrix(as.matrix(bipolar_dge), sparse=TRUE)
# Memory use as a normal matrix
object.size(bipolar_dge)

997986568 bytes

# Memory use as a sparse matrix
# ~22 X less
object.size(bipolar.data)

44557136 bytes

bipolar_dge <- NULL

# Expected raw counts (non-normalized data)
# Can give log transformed data but do not transform in setup method
bipolar.seurat.raw <- new("seurat", raw.data=bipolar.data)

# Display the internal pieces of the Seurat Object
slotNames(bipolar.seurat.raw)

 [1] "raw.data"            "data"                "scale.data"         
 [4] "var.genes"           "is.expr"             "ident"              
 [7] "pca.x"               "pca.rot"             "emp.pval"           
[10] "kmeans.obj"          "pca.obj"             "gene.scores"        
[13] "drop.coefs"          "wt.matrix"           "drop.wt.matrix"     
[16] "trusted.genes"       "drop.expr"           "data.info"          
[19] "project.name"        "kmeans.gene"         "kmeans.cell"        
[22] "jackStraw.empP"      "jackStraw.fakePC"    "jackStraw.empP.full"
[25] "pca.x.full"          "kmeans.col"          "mean.var"           
[28] "imputed"             "mix.probs"           "mix.param"          
[31] "final.prob"          "insitu.matrix"       "tsne.rot"           
[34] "ica.rot"             "ica.x"               "ica.obj"            
[37] "cell.names"          "cluster.tree"        "snn.sparse"         
[40] "snn.dense"           "snn.k"              

• So far, raw sparse matrix.

head(bipolar.seurat.raw@raw.data)

6 x 5000 sparse Matrix of class "dgCMatrix"

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . 1 . . . . . . 1 . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009B22Rik . 1 . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . 1 . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 1 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 1 . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . 1 . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . 1 . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . 1 .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 2 . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . 1 . . 1 . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . 1 . 1 . . 1 . 1
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009B22Rik . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . 1 . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 2 . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . 1 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . 2 . . . 1 . . . . 1 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . 1 . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
0610009B22Rik . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik 1 . . 2 2 . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . 1 . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
0610009O20Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . 2 . . . . . . . 1 . 1 . . . . 1 . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik 1 . 2 . . . . . . . 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . 1 . . . . . . . 1 . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik 1 . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009B22Rik . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 1
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . 1 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . 1 . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . 3 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . .
0610009B22Rik . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009E02Rik . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . 2 . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . 2 . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik 1 . 1 . . . . . . 1 . . . 2 . . . . . . . . . . . . 1 . . .
0610009B22Rik . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . 2 . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 1 .
0610009E02Rik . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . 1 2 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1
0610009B22Rik . 1 . . 1 . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . 1 . . . . 1
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . 1 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . 4 . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 2 1 1 . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik 1 . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . 2 . . . . . . 2 .
0610009B22Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . 3 . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . 1 . . . . . 1 . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009B22Rik . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . 1 . 1 . . 1 . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 .
0610009B22Rik . . 2 . . . . . . . 2 . . . . 1 . . . . 2 . . . . . . 1 . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . 1 . . . . . . 1 . 2 . . . . 1 . . . . . 1 1 . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . 1 . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . 1 . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 2 . . . 1 . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . 1 . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . 2 . . . 1 . . . . . 1 1 . . 1 . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . .
0610009B22Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . 1 . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
0610009E02Rik . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . .
0610009B22Rik . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . 1 . . .
0610009B22Rik 1 . . 3 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 .
0610009B22Rik . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . 2 . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . .
0610009B22Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . 1 . 1 . . 1 . . . . . 1 . . . . . 1 1 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . 1 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 4 . . . . . . . 1 . . . 1
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . 1 . 1 . 1 . . . 1 . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 2 2 . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . 1 . . 1 . . . 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . 1 . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik 2 . . . . . . . . 1 . 3 . . . . . . . . 1 . . . 1 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . 2 . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . 2 . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1
0610009B22Rik . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009B22Rik . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . 1 . . 1 . . 2 . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 1 1 . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
0610009B22Rik . . . 1 1 . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . 2 . 1 . . . 1 . . . 1 . . 1 1 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . 2 . 1 . . . . . . . . . . . 2 . . . 2 . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . 1
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610007P14Rik . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 1
0610009B22Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . 2 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . .
0610009B22Rik 1 . 1 . . 2 1 . 2 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . 1 1 . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . 2 . . . 1 . . . . 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 . . . . . . 2 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009B22Rik . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . 3 . . . 1 . . 2 . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1
0610009B22Rik . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . 1 . . 1 . . . 1 . . . . 2 . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . 2 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009B22Rik . . 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1
0610009E02Rik . . . . . . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
0610009B22Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
0610009B22Rik . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . 2 . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . 1 . . 1 . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . 1 . 2 . 1 . . 1 . . . 1 . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . 1 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . 1 . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . .
0610009B22Rik . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . 1 1 . . 1 . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . 1 . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 3 . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1 . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . 2 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 .
0610009B22Rik 1 . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . 1 . . . 1 . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . 2 . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . 1 1 . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
0610009B22Rik . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . 1 1 . 1 . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . 1 . . . . . . . . 2 . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 2 . 1 . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . .
0610009B22Rik . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . 1
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . 2 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 1 . .
0610009B22Rik 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . 1
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . 1 . 2 . . . . . . . . . . 2 . . . 1 . . . 1 . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . 2 . . 1 . . . . . 1 . . . . 1 1 . . . . . 3
0610009B22Rik . 2 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . 1 . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . 1 . . 1 1 . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
0610009B22Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . 2 . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . .
0610009E02Rik . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . 2
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 2 . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . 1 . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
0610009E02Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . 1 . 1 . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 2 . . . . . . . . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

0610005C13Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610007P14Rik . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
0610009B22Rik . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
0610009E02Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009L18Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
0610009O20Rik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

• So far, raw sparse matrix.

head(bipolar.seurat.raw@data)

NULL

head(bipolar.seurat.raw@ident)

logical(0)

head(bipolar.seurat.raw@var.genes)

logical(0)

• var.genes Variable genes across cells.
• data.info Misc info including complexity (nGene).
• cell.names Column (cell) names.
• gene.names Row (gene) names.

?seurat

# Gene names (row names)
head(row.names(bipolar.seurat.raw@raw.data))

[1] "0610005C13Rik" "0610007P14Rik" "0610009B22Rik" "0610009E02Rik"
[5] "0610009L18Rik" "0610009O20Rik"

length(row.names(bipolar.seurat.raw@raw.data))

[1] 24904

# Sample / Cell names / Barcodes
head(colnames(bipolar.seurat.raw@raw.data),3)

[1] "Bipolar1_TGGTTTTAGAAT" "Bipolar5_GTTATGTTCCGN" "Bipolar5_TGTCACTTTCCT"

length(colnames(bipolar.seurat.raw@raw.data))

[1] 5000

dim(bipolar.seurat.raw@raw.data)

[1] 24904  5000

# The full data will be too large to see
corner(as.matrix(bipolar.seurat.raw@raw.data))

              Bipolar1_TGGTTTTAGAAT Bipolar5_GTTATGTTCCGN
0610005C13Rik                     0                     0
0610007P14Rik                     0                     0
0610009B22Rik                     0                     1
0610009E02Rik                     0                     0
0610009L18Rik                     0                     0
              Bipolar5_TGTCACTTTCCT Bipolar6_CTGCCATTCGGN
0610005C13Rik                     0                     0
0610007P14Rik                     0                     1
0610009B22Rik                     0                     0
0610009E02Rik                     0                     0
0610009L18Rik                     0                     0
              Bipolar1_TCAGTCGAAAGA
0610005C13Rik                     0
0610007P14Rik                     0
0610009B22Rik                     0
0610009E02Rik                     0
0610009L18Rik                     0

# Plot genes per cell
# How many genes expressed per cells
complexity.per.cell <- apply(bipolar.seurat.raw@raw.data,
                             2, function(x) sum(x>0))
# Mean count per cell.
mean.count.per.cell <- apply(bipolar.seurat.raw@raw.data,
                             2, function(x) mean(x))
# Gene prevalence
gene.prevalence <- apply(bipolar.seurat.raw@raw.data,
                         1, function(x) sum(x>0))

# Get batches based on cell names
technical_batches <- sapply(colnames(bipolar.seurat.raw@raw.data),
                      FUN=function(x){strsplit(x,"_",fixed=TRUE)[[1]][1]})

# Turn to numbers and add cell names to them
technical_batches <- as.numeric(as.factor(technical_batches))
names(technical_batches) <- colnames(bipolar.seurat.raw@raw.data)

# Plot genes per cell
# How many genes expressed per cell
# Violin plot
vioplot(complexity.per.cell)

# Add points
stripchart(complexity.per.cell, add=TRUE, vertical=TRUE, method="jitter", jitter=0.3, pch=20, col="#00000033")

# Add lines for reference
abline(h=500, col="orange")
abline(h=2000, col="green")

# Add text
title("Study Complexity")
axis(side=1,at=1,labels=c("Study"))

# Plot cell complexity, sorted by complexity
plot(sort(complexity.per.cell),
     xlab="Cells ranked by complexity (Less to More)",
     ylab="Complexity")
# Add lines
abline(h=500, col="orange")
abline(h=2000, col="green")
title("Complexity from Less to More")

# Plot genes per cell
# Complexity per technical batch
plot(complexity.per.cell ~ jitter(technical_batches,2))

# Add line
abline(h=500, col="orange")
abline(h=2000, col="green")

# Add text
title("Study Complexity")

• Cells that are unusually simple (or no counts).
• Cells that are unusually complex (doublets?).
• We will filter in a standard way, we are just describing the data.

# Complexity by mean expression
plot(complexity.per.cell, mean.count.per.cell)

# Add lines
abline(v=500, col="orange")
abline(v=2000, col="green")

• People tend to filter very conservatively.
• Remember this is in log space.

# How often genes are seen in cells
hist(log2(gene.prevalence), breaks=100)

# add line
abline(v=log2(30), col="orange")
abline(v=log2(6), col="green")

• Genes must be in 6 cells.
• Cells must have alteast 500 genes.
• Scaled by 1000 (Total Sum Scaling).

# From 24904 x 3384
# min.cells=30 = 10215 vs 3384
# min.cells=6  = 13519 vs 3384
bipolar.seurat <- Setup(bipolar.seurat.raw,
                    min.cells=6, min.genes=500,
                    do.logNormalize=TRUE,
                    total.expr=1e4,
                    project="Tutorial")

[1] "Performing log-normalization"

  |                                                                       
  |                                                                 |   0%
  |                                                                       
  |================                                                 |  25%
  |                                                                       
  |================================                                 |  50%
  |                                                                       
  |=================================================                |  75%
  |                                                                       
  |=================================================================| 100%
[1] "Scaling data matrix"

  |                                                                       
  |                                                                 |   0%
  |                                                                       
  |=====                                                            |   7%
  |                                                                       
  |=========                                                        |  14%
  |                                                                       
  |==============                                                   |  21%
  |                                                                       
  |===================                                              |  29%
  |                                                                       
  |=======================                                          |  36%
  |                                                                       
  |============================                                     |  43%
  |                                                                       
  |================================                                 |  50%
  |                                                                       
  |=====================================                            |  57%
  |                                                                       
  |==========================================                       |  64%
  |                                                                       
  |==============================================                   |  71%
  |                                                                       
  |===================================================              |  79%
  |                                                                       
  |========================================================         |  86%
  |                                                                       
  |============================================================     |  93%
  |                                                                       
  |=================================================================| 100%

bipolar.seurat.raw <- NULL

dim(bipolar.seurat@raw.data)

[1] 24904  5000

dim(bipolar.seurat@data)

[1] 13519  3384

head(bipolar.seurat@data.info)

                      nGene nUMI orig.ident
Bipolar1_TGGTTTTAGAAT  1140 1822   Bipolar1
Bipolar5_GTTATGTTCCGN   572  705   Bipolar5
Bipolar5_TGTCACTTTCCT   633 1101   Bipolar5
Bipolar6_CTGCCATTCGGN  1022 1480   Bipolar6
Bipolar3_GTAGACGAAGTC   949 1428   Bipolar3
Bipolar4_AACACATGAGAA  1104 1870   Bipolar4

• Filtering on mitochondrial reads in Seurat.

# Get gene names
mito.gene.names <- grep("^mt-", rownames(bipolar.seurat@data), value=TRUE)

• Filtering on mitochondrial reads in Seurat.

# Get TSS normalized mitochodrial counts
# Cell total expression
col.total.counts <- Matrix::colSums(expm1(bipolar.seurat@data))

# Scale each count by the cell total
mito.percent.counts <- Matrix::colSums(expm1(bipolar.seurat@data[mito.gene.names, ]))/col.total.counts

• Filtering on mitochondrial reads in Seurat.

# Add to seurat object as a metadata
bipolar.seurat <- AddMetaData(bipolar.seurat, mito.percent.counts, "percent.mitochodrial")

# Check
head(bipolar.seurat@data.info)

                      nGene nUMI orig.ident percent.mitochodrial
Bipolar1_TGGTTTTAGAAT  1140 1822   Bipolar1           0.02805281
Bipolar5_GTTATGTTCCGN   572  705   Bipolar5           0.01704545
Bipolar5_TGTCACTTTCCT   633 1101   Bipolar5           0.19908676
Bipolar6_CTGCCATTCGGN  1022 1480   Bipolar6           0.02503383
Bipolar3_GTAGACGAAGTC   949 1428   Bipolar3           0.02244039
Bipolar4_AACACATGAGAA  1104 1870   Bipolar4           0.04019293

• Plot current metadata in Seurat Object.
  • Number gene.
  • Number UMI.
  • Percent mitochondrial counts (batch effect).

VlnPlot(bipolar.seurat, "nGene")
VlnPlot(bipolar.seurat, "nUMI")
VlnPlot(bipolar.seurat, "percent.mitochodrial")
VlnPlot(bipolar.seurat, c("nGene", "nUMI", "percent.mitochodrial"), nCol=3)

• Outlier percent mitochondria are very low expression.
• Very high expression have low percent mitochondrial reads.

GenePlot(bipolar.seurat, "nUMI", "percent.mitochodrial")

• Outlier percent mitochondria are very low expression.
• Very high expression have low percent mitochondrial reads.

# Filter libraries with more than 10% mitochondrially derived transcripts
dim(bipolar.seurat@data)

[1] 13519  3384

# Filter max complexity
bipolar.seurat <- SubsetData(bipolar.seurat, subset.name="nGene", accept.high=2000)

# Filter percent percent mitochondrial reads
bipolar.seurat <- SubsetData(bipolar.seurat, subset.name="percent.mitochodrial", accept.high=0.1)
dim(bipolar.seurat@data)

[1] 13519  3020

dim(bipolar.seurat@data)

[1] 13519  3033

table(bipolar.seurat@data.info[["orig.ident"]])

Bipolar1 Bipolar2 Bipolar3 Bipolar4 Bipolar5 Bipolar6 
     355      384      394      436      762      702 

object.size(bipolar.seurat)

407955528 bytes

Saving the Seurat object.

• Contains all manipulation so far.
• Can be loaded or shared.
• Does not contain environment.

# save(bipolar.seurat, file="data/bipolar_seurat_demo.Robj")
# load("data/bipolar_seurat_demo.Robj")

You may need to export data to import into other applications.

# Log-scale expression matrix
# write.table(as.matrix(bipolar.seurat@data), file="bipolar_data.txt")

# Study metadata
# write.table(bipolar.seurat@data.info, file="bipolar_metadata.txt")

Plotting genes across groups.

• Check the identity of the cells!!!

VlnPlot(bipolar.seurat, "Prkca")
VlnPlot(bipolar.seurat, "Prkca", group.by="orig.ident")

• Notice many zeros.

# Plot a gene vs a gene
GenePlot(bipolar.seurat,"Isl1","Grm6",cex.use=1)

# Create batch effect (5 and 6 as a group)
batch.effect <- technical_batches[row.names(bipolar.seurat@data.info)]
batch.effect[batch.effect %in% c(1,2,3,4)] <- 1
batch.effect[batch.effect %in% c(5,6)] <- 2

# Add batch effect
bipolar.seurat <- AddMetaData(bipolar.seurat, batch.effect, "batch.effect")

# Regress on metadata
bipolar.seurat <- RegressOut(bipolar.seurat, latent.vars="batch.effect")

[1] "Regressing out batch.effect"

  |                                                                       
  |                                                                 |   0%
  |                                                                       
  |                                                                 |   1%
  |                                                                       
  |=                                                                |   1%
  |                                                                       
  |=                                                                |   2%
  |                                                                       
  |==                                                               |   3%
  |                                                                       
  |==                                                               |   4%
  |                                                                       
  |===                                                              |   4%
  |                                                                       
  |===                                                              |   5%
  |                                                                       
  |====                                                             |   6%
  |                                                                       
  |====                                                             |   7%
  |                                                                       
  |=====                                                            |   7%
  |                                                                       
  |=====                                                            |   8%
  |                                                                       
  |======                                                           |   9%
  |                                                                       
  |======                                                           |  10%
  |                                                                       
  |=======                                                          |  10%
  |                                                                       
  |=======                                                          |  11%
  |                                                                       
  |========                                                         |  12%
  |                                                                       
  |=========                                                        |  13%
  |                                                                       
  |=========                                                        |  14%
  |                                                                       
  |==========                                                       |  15%
  |                                                                       
  |===========                                                      |  16%
  |                                                                       
  |===========                                                      |  17%
  |                                                                       
  |===========                                                      |  18%
  |                                                                       
  |============                                                     |  18%
  |                                                                       
  |============                                                     |  19%
  |                                                                       
  |=============                                                    |  20%
  |                                                                       
  |=============                                                    |  21%
  |                                                                       
  |==============                                                   |  21%
  |                                                                       
  |==============                                                   |  22%
  |                                                                       
  |===============                                                  |  23%
  |                                                                       
  |===============                                                  |  24%
  |                                                                       
  |================                                                 |  24%
  |                                                                       
  |================                                                 |  25%
  |                                                                       
  |=================                                                |  26%
  |                                                                       
  |==================                                               |  27%
  |                                                                       
  |==================                                               |  28%
  |                                                                       
  |===================                                              |  29%
  |                                                                       
  |====================                                             |  30%
  |                                                                       
  |====================                                             |  31%
  |                                                                       
  |=====================                                            |  32%
  |                                                                       
  |======================                                           |  33%
  |                                                                       
  |======================                                           |  34%
  |                                                                       
  |======================                                           |  35%
  |                                                                       
  |=======================                                          |  35%
  |                                                                       
  |=======================                                          |  36%
  |                                                                       
  |========================                                         |  37%
  |                                                                       
  |========================                                         |  38%
  |                                                                       
  |=========================                                        |  38%
  |                                                                       
  |=========================                                        |  39%
  |                                                                       
  |==========================                                       |  40%
  |                                                                       
  |===========================                                      |  41%
  |                                                                       
  |===========================                                      |  42%
  |                                                                       
  |============================                                     |  43%
  |                                                                       
  |=============================                                    |  44%
  |                                                                       
  |=============================                                    |  45%
  |                                                                       
  |==============================                                   |  46%
  |                                                                       
  |===============================                                  |  47%
  |                                                                       
  |===============================                                  |  48%
  |                                                                       
  |================================                                 |  49%
  |                                                                       
  |================================                                 |  50%
  |                                                                       
  |=================================                                |  51%
  |                                                                       
  |==================================                               |  52%
  |                                                                       
  |==================================                               |  53%
  |                                                                       
  |===================================                              |  54%
  |                                                                       
  |====================================                             |  55%
  |                                                                       
  |====================================                             |  56%
  |                                                                       
  |=====================================                            |  57%
  |                                                                       
  |======================================                           |  58%
  |                                                                       
  |======================================                           |  59%
  |                                                                       
  |=======================================                          |  60%
  |                                                                       
  |========================================                         |  61%
  |                                                                       
  |========================================                         |  62%
  |                                                                       
  |=========================================                        |  62%
  |                                                                       
  |=========================================                        |  63%
  |                                                                       
  |==========================================                       |  64%
  |                                                                       
  |==========================================                       |  65%
  |                                                                       
  |===========================================                      |  65%
  |                                                                       
  |===========================================                      |  66%
  |                                                                       
  |===========================================                      |  67%
  |                                                                       
  |============================================                     |  68%
  |                                                                       
  |=============================================                    |  69%
  |                                                                       
  |=============================================                    |  70%
  |                                                                       
  |==============================================                   |  71%
  |                                                                       
  |===============================================                  |  72%
  |                                                                       
  |===============================================                  |  73%
  |                                                                       
  |================================================                 |  74%
  |                                                                       
  |=================================================                |  75%
  |                                                                       
  |=================================================                |  76%
  |                                                                       
  |==================================================               |  76%
  |                                                                       
  |==================================================               |  77%
  |                                                                       
  |===================================================              |  78%
  |                                                                       
  |===================================================              |  79%
  |                                                                       
  |====================================================             |  79%
  |                                                                       
  |====================================================             |  80%
  |                                                                       
  |=====================================================            |  81%
  |                                                                       
  |=====================================================            |  82%
  |                                                                       
  |======================================================           |  82%
  |                                                                       
  |======================================================           |  83%
  |                                                                       
  |======================================================           |  84%
  |                                                                       
  |=======================================================          |  85%
  |                                                                       
  |========================================================         |  86%
  |                                                                       
  |========================================================         |  87%
  |                                                                       
  |=========================================================        |  88%
  |                                                                       
  |==========================================================       |  89%
  |                                                                       
  |==========================================================       |  90%
  |                                                                       
  |===========================================================      |  90%
  |                                                                       
  |===========================================================      |  91%
  |                                                                       
  |============================================================     |  92%
  |                                                                       
  |============================================================     |  93%
  |                                                                       
  |=============================================================    |  93%
  |                                                                       
  |=============================================================    |  94%
  |                                                                       
  |==============================================================   |  95%
  |                                                                       
  |==============================================================   |  96%
  |                                                                       
  |===============================================================  |  96%
  |                                                                       
  |===============================================================  |  97%
  |                                                                       
  |================================================================ |  98%
  |                                                                       
  |================================================================ |  99%
  |                                                                       
  |=================================================================|  99%
  |                                                                       
  |=================================================================| 100%
[1] "Scaling data matrix"

  |                                                                       
  |                                                                 |   0%
  |                                                                       
  |=====                                                            |   7%
  |                                                                       
  |=========                                                        |  14%
  |                                                                       
  |==============                                                   |  21%
  |                                                                       
  |===================                                              |  29%
  |                                                                       
  |=======================                                          |  36%
  |                                                                       
  |============================                                     |  43%
  |                                                                       
  |================================                                 |  50%
  |                                                                       
  |=====================================                            |  57%
  |                                                                       
  |==========================================                       |  64%
  |                                                                       
  |==============================================                   |  71%
  |                                                                       
  |===================================================              |  79%
  |                                                                       
  |========================================================         |  86%
  |                                                                       
  |============================================================     |  93%
  |                                                                       
  |=================================================================| 100%

# save(bipolar.seurat, file="data/bipolar_regress_demo.Robj")
# load("data/bipolar_regress_demo.Robj")

• We are going to focus on highly variable genes.
  • Average expression (X) and dispersion (SD)(Y).
  • Bins genes (20).
  • Z-score for dispersion.
• fxn.x and fxn.y allow one to change the measurements.
  • Cut.offs are high and low, X and Y.

bipolar.seurat <- MeanVarPlot(bipolar.seurat,
                              do.contour=FALSE,
                              do.plot=FALSE)

[1] "Calculating gene dispersion"

  |                                                                       
  |                                                                 |   0%
  |                                                                       
  |=====                                                            |   7%
  |                                                                       
  |=========                                                        |  14%
  |                                                                       
  |==============                                                   |  21%
  |                                                                       
  |===================                                              |  29%
  |                                                                       
  |=======================                                          |  36%
  |                                                                       
  |============================                                     |  43%
  |                                                                       
  |================================                                 |  50%
  |                                                                       
  |=====================================                            |  57%
  |                                                                       
  |==========================================                       |  64%
  |                                                                       
  |==============================================                   |  71%
  |                                                                       
  |===================================================              |  79%
  |                                                                       
  |========================================================         |  86%
  |                                                                       
  |============================================================     |  93%
  |                                                                       
  |=================================================================| 100%

length(bipolar.seurat@var.genes)

[1] 705

• Calculating PCA with the highly variable genes.

bipolar.seurat <- PCA(bipolar.seurat,
                      pc.genes=bipolar.seurat@var.genes,
                      do.print=FALSE)
# save(bipolar.seurat, file="data/bipolar_demo_seurat_pca.Robj")
# load("data/bipolar_demo_seurat_pca.Robj")

# Calculate PCA projection
bipolar.seurat <- ProjectPCA(bipolar.seurat)

  |                                                                       
  |                                                                 |   0%
  |                                                                       
  |=====                                                            |   7%
  |                                                                       
  |=========                                                        |  14%
  |                                                                       
  |==============                                                   |  21%
  |                                                                       
  |===================                                              |  29%
  |                                                                       
  |=======================                                          |  36%
  |                                                                       
  |============================                                     |  43%
  |                                                                       
  |================================                                 |  50%
  |                                                                       
  |=====================================                            |  57%
  |                                                                       
  |==========================================                       |  64%
  |                                                                       
  |==============================================                   |  71%
  |                                                                       
  |===================================================              |  79%
  |                                                                       
  |========================================================         |  86%
  |                                                                       
  |============================================================     |  93%
  |                                                                       
  |=================================================================| 100%
[1] "PC1"
 [1] "Dkk3"    "Rlbp1"   "Slc1a3"  "Apoe"    "Cd9"     "Car14"   "Mfge8"  
 [8] "Cp"      "Spc25"   "Ptn"     "Prdx6"   "Aqp4"    "Sparc"   "Glul"   
[15] "Crym"    "Col9a1"  "Clu"     "Timp3"   "Hes1"    "Pdpn"    "Gpr37"  
[22] "Gpm6b"   "Egr1"    "Kdr"     "Dbi"     "Espn"    "Jun"     "Fxyd1"  
[29] "Tsc22d4" "Cav1"   
[1] ""
 [1] "Cplx3"      "Snap25"     "Gng13"      "Mir124-2hg" "Syt1"      
 [6] "Trpm1"      "Gnao1"      "Lrtm1"      "Atp2b1"     "Nme1"      
[11] "Pcp2"       "Otx2"       "Calm1"      "Isl1"       "Gnb3"      
[16] "Chgb"       "Pcp4"       "B3galt2"    "Neurod4"    "Cabp5"     
[21] "Nap1l5"     "Aplp2"      "Meg3"       "Scg2"       "Nsf"       
[26] "Map4"       "Trnp1"      "Vdac1"      "Unc119"     "Sncb"      
[1] ""
[1] ""
[1] "PC2"
 [1] "Prkca"    "Car8"     "Ablim1"   "Pcp2"     "Chgb"     "Calm1"   
 [7] "Vstm2b"   "Ccdc136"  "Trpm1"    "Qpct"     "Strip2"   "Sebox"   
[13] "Mt1"      "Ift20"    "Tpbg"     "Pcp4"     "Isl1"     "Adrb1"   
[19] "Adamts5"  "Zbtb20"   "Rpa1"     "Kcne2"    "Lin7a"    "Casp7"   
[25] "Tgfb2"    "Gng13"    "Cacna2d3" "Mt2"      "Gnao1"    "Gpr179"  
[1] ""
 [1] "App"           "Scgn"          "Gria2"         "Lbh"          
 [5] "Samsn1"        "Gucy1a3"       "Fam19a3"       "Sncb"         
 [9] "Gsg1"          "Ptprz1"        "Snhg11"        "Tubb2a"       
[13] "Cadm3"         "Gngt2"         "Rpgrip1"       "Slc24a3"      
[17] "A730046J19Rik" "Fezf2"         "Gngt1"         "A530058N18Rik"
[21] "Slitrk6"       "Otor"          "Zeb2"          "Pcdh9"        
[25] "A930003A15Rik" "Cplx4"         "Trib2"         "Zfp804b"      
[29] "Camk4"         "Cxxc5"        
[1] ""
[1] ""
[1] "PC3"
 [1] "Mgarp"         "Gucy1a3"       "App"           "Aplp2"        
 [5] "Tuba1a"        "Gria2"         "Neurod4"       "Tpi1"         
 [9] "Hlf"           "Gabra1"        "Ptprz1"        "Tubb2a"       
[13] "Scgn"          "Ckb"           "Meg3"          "Samsn1"       
[17] "Thsd7a"        "Gnao1"         "Gnas"          "Mif"          
[21] "Sncb"          "Vsx1"          "Zeb2"          "Nrxn3"        
[25] "Otx2"          "Drd1"          "Ttyh1"         "Gabrr2"       
[29] "A530058N18Rik" "Pcdh9"        
[1] ""
 [1] "Pdc"      "Rs1"      "Rp1"      "Gnat1"    "Rho"      "Sag"     
 [7] "Guca1b"   "Slc24a1"  "Rcvrn"    "Nrl"      "Nr2e3"    "Pde6b"   
[13] "Guca1a"   "Nxnl1"    "Pde6g"    "Cnga1"    "Rdh12"    "Aipl1"   
[19] "Pde6a"    "Tulp1"    "Prph2"    "AI847159" "Rtbdn"    "Samd11"  
[25] "Rgs9"     "Gnb1"     "Impg2"    "Pex5l"    "Vtn"      "Gm11744" 
[1] ""
[1] ""
[1] "PC4"
 [1] "Cplx4"         "Cdh9"          "Medag"         "Neurod2"      
 [5] "Hs3st4"        "Nfia"          "BC046251"      "Hpca"         
 [9] "Lmo4"          "Meis2"         "Gas6"          "1810041L15Rik"
[13] "Sulf2"         "Atp2b1"        "Cxcl14"        "Kcng4"        
[17] "Epha7"         "St18"          "Gnb3"          "Gngt1"        
[21] "Vipr2"         "Ptprt"         "Gm10605"       "RP23-363M4.1" 
[25] "Gng13"         "St6galnac5"    "Ptprz1"        "Pla2g7"       
[29] "Ndnf"          "Gm4792"       
[1] ""
 [1] "A730046J19Rik" "Fezf2"         "Slit2"         "Tacr3"        
 [5] "Glra1"         "Zfhx4"         "A930003A15Rik" "Fam19a3"      
 [9] "Phyhipl"       "Esam"          "Slitrk6"       "Wfdc2"        
[13] "Pcp4"          "Ncam2"         "Rpgrip1"       "Cnnm1"        
[17] "Nxph1"         "Camk4"         "Pde1a"         "Grik1"        
[21] "Gabrb1"        "Neto1"         "Wls"           "Fat4"         
[25] "Pcdh17"        "Guk1"          "Cabp1"         "Lhx3"         
[29] "Casp3"         "Tmeff2"       
[1] ""
[1] ""
[1] "PC5"
 [1] "Gsg1"          "Nnat"          "Otor"          "Pcp4"         
 [5] "Cabp5"         "Lhx4"          "Grik1"         "Fezf2"        
 [9] "Dner"          "Gngt1"         "Meis2"         "Kcnip4"       
[13] "Prkar2b"       "Cacna2d2"      "Nfib"          "Phyhipl"      
[17] "Fam19a3"       "Gng2"          "Cacng2"        "A930003A15Rik"
[21] "Sphkap"        "Cdh11"         "A930009A15Rik" "Nfia"         
[25] "Slc24a3"       "Cacna2d1"      "Col11a1"       "Pygl"         
[29] "Cntn4"         "Cngb3"        
[1] ""
 [1] "Vsx1"          "Pcp4l1"        "Cck"           "Reln"         
 [5] "Cdh8"          "Tnnt1"         "Zfhx4"         "Lect1"        
 [9] "Scg2"          "Pcdh9"         "Spock3"        "Six3"         
[13] "Guk1"          "Lhx3"          "A330008L17Rik" "Sec1"         
[17] "Gjd2"          "Adra2c"        "Igfn1"         "Kcnab1"       
[21] "Camkv"         "Unc13c"        "A530058N18Rik" "Mkx"          
[25] "Mak"           "Plcb1"         "Smoc2"         "Igf1"         
[29] "Chrna6"        "Pvrl4"        
[1] ""
[1] ""

# Can plot top genes for top components
PrintPCA(bipolar.seurat,
         pcs.print=1:2,
         genes.print=5,
         use.full=TRUE)

[1] "PC1"
[1] "Dkk3"   "Rlbp1"  "Slc1a3" "Apoe"   "Cd9"   
[1] ""
[1] "Cplx3"      "Snap25"     "Gng13"      "Mir124-2hg" "Syt1"      
[1] ""
[1] ""
[1] "PC2"
[1] "Prkca"  "Car8"   "Ablim1" "Pcp2"   "Chgb"  
[1] ""
[1] "App"    "Scgn"   "Gria2"  "Lbh"    "Samsn1"
[1] ""
[1] ""

• Top 30 genes associated with the first two components.

VizPCA(bipolar.seurat, pcs.use=1:2)

How can we use component loadings?

• Can check components to see if genes show up that are enriched in components.
• Using the scores you can perform enrichment analysis to decribe the component.

PCAPlot(bipolar.seurat, 1, 2)

• Plot top 30 genes in top 100 cells for PC1.

PCHeatmap(bipolar.seurat, pc.use=1, cells.use=100, do.balanced=TRUE)

• Plot top 30 genes in top 100 cells for PC1.

# Time Intensive
# Jackstraw
# bipolar.seurat <- JackStraw(bipolar.seurat, num.replicate = 100, do.print = FALSE)

How do we choose how many components to use?

• When there is diminishing returns to include it.
• Selection is performed more liberally in our setting.

# Time Efficient but more ad hoc
# Scree (elbow) plot
# 37 selected
PCElbowPlot(bipolar.seurat, num.pc=40)

• Calculate and plot t-SNE on PC 1- 37.
• Can use Barnes-hut implementation.

# Calculate t-SNE Ordination
bipolar.seurat <- RunTSNE(bipolar.seurat,
                          dims.use=1:37,
                          do.fast=TRUE)

# Plot
TSNEPlot(bipolar.seurat)

• Determine subclusters for the plot.
• Separate graph based approach.
  • is not aware of the t-SNE projection.
• Using PC 1-37

# 30 min - 11 clusters
# 6 min - 12 cluster
bipolar.seurat <- FindClusters(bipolar.seurat,
                            pc.use=1:37,
                            print.output=0,
                            save.SNN=TRUE)
# save(bipolar.seurat, file="data/bipolar_cluster_seurat_demo.Robj")
# load("data/bipolar_cluster_seurat_demo.Robj")

Now that we have subclusters of cell populations, plotting genes through subclusters is identical to before.

• Seurat stores and groups by subclusters automatically.

VlnPlot(bipolar.seurat, "Prkca")

VlnPlot(bipolar.seurat, "Glul")

TSNEPlot(bipolar.seurat)

TSNEPlot(bipolar.seurat, do.label=TRUE)

You can also gene expression through out the cell ordination.

• Marker genes can help identify cell groups.
  • Rod Bipolar Cells (Prkca+ Scgn-).
  • Muller Glia (Glul+ Prkca- Scgn-).
  • Cone Bipolar Cells (Prkca- Scgn+).
  • On Cone Bipolar Cells (Prkca- Scgn+ Grm6+).
• Metadata can help visualize batch effects.

FeaturePlot(bipolar.seurat,
            c("Prkca","Glul", "Scgn", "Grm6"),
            cols.use = c("grey","blue"))

FeaturePlot(bipolar.seurat,
            "nGene",
            cols.use = c("grey","blue"))
FeaturePlot(bipolar.seurat,
            "percent.mitochodrial",
            cols.use = c("grey","blue"))

Check for your batch effect.

• We are going to make a fake batch effect (site) and plot this as an example of how one can visualize unwanted signal.

# Making Fake Data
fake.sites <- as.integer(bipolar.seurat@ident %in% c(0,1))
names(fake.sites) <- names(bipolar.seurat@ident)

# Add metadata
bipolar.seurat <- AddMetaData(bipolar.seurat, fake.sites, "site")

# Plot feature
FeaturePlot(bipolar.seurat, c("site"), cols.use = c("green","orange"))

cell.labels <- bipolar.seurat@ident
head(cell.labels)

Bipolar1_TGGTTTTAGAAT Bipolar5_GTTATGTTCCGN Bipolar6_CTGCCATTCGGN 
                    4                    10                     5 
Bipolar3_GTAGACGAAGTC Bipolar4_AACACATGAGAA Bipolar1_GGGAACTGAGTC 
                    0                     0                     5 
Levels: 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

• Default is one cluster against many tests.
  • Can specify an ident.2 test between clusters.
• Adding speed by excluding tests.
  • Min.pct - controls for sparsity.
  • Min percentage in a group.
  • Thresh.test - must have this difference in averages.

cluster.markers <- FindMarkers(bipolar.seurat, ident.1=2, min.pct = 0.25)
head(cluster.markers, 30)

       p_val  avg_diff pct.1 pct.2
Apoe       0  4.351310 1.000 0.133
Glul       0  3.857150 0.994 0.212
Rlbp1      0  3.770569 0.979 0.043
Dkk3       0  3.764539 0.988 0.037
Spc25      0  3.343997 0.857 0.025
Slc1a3     0  3.325062 0.958 0.019
Mfge8      0  3.245109 0.881 0.021
Jun        0  3.178277 0.800 0.072
Cp         0  3.132159 0.872 0.015
Clu        0  3.127619 1.000 0.179
Sparc      0  3.109760 0.982 0.097
Car14      0  3.036914 0.896 0.019
Cd9        0  3.021134 0.910 0.017
Col9a1     0  2.992806 0.746 0.011
Ptn        0  2.972084 0.884 0.034
Acsl3      0  2.969614 0.991 0.317
Hes1       0  2.927775 0.710 0.010
Aqp4       0  2.895757 0.848 0.027
Egr1       0  2.857408 0.737 0.035
Prdx6      0  2.836545 0.893 0.041
Pcp2       0 -2.770273 0.224 0.781
Cyr61      0  2.755244 0.522 0.006
Dbi        0  2.743390 0.931 0.129
Crym       0  2.742649 0.797 0.012
Fos        0  2.662558 0.767 0.148
Gng13      0 -2.592520 0.146 0.833
Trpm1      0 -2.576096 0.146 0.802
Pcp4       0 -2.574879 0.149 0.695
Chgb       0 -2.565788 0.081 0.684
Gpr37      0  2.543886 0.824 0.051

• Find all cluster against all others.

# bipolar.markers <- FindAllMarkers(bipolar.seurat, only.pos=TRUE, min.pct=0.25, thresh.use=0.25)
# bipolar.markers %>% group_by(cluster) %>% top_n(2, avg_diff)

bimod: Tests differences in mean and proportions.

roc: Uses AUC like definition of separation.

t: Student's T-test.

tobit: Tobit regression on a smoothed data.

plot.genes <- head(rownames(cluster.markers),30)
DoHeatmap(bipolar.seurat,
          genes.use=plot.genes,
          order.by.ident=TRUE,
          slim.col.label=TRUE,
          remove.key=TRUE)

dot.plot(bipolar.seurat,
         features.use=plot.genes)

# Genes in tutorial
plot.genes = c("Vsx2","Otx2","Scgn","Isl1","Grm6",
               "Apoe","Pax6","Rho","Arr3","Tacr3",
               "Syt2","Neto1","Irx6","Prkar2b",
               "Grik1","Kcng4","Cabp5","Vsx1","Prkca")

# Cell groups shown
only.use.groups = c(7,9,10,8,4,3,6,5,1,0)

# Plot
dot.plot(bipolar.seurat,
         features.use=plot.genes,
         subset.group=only.use.groups)

# Make a covariate to inform the test
test.2 <- as.character(bipolar.seurat@ident)
test.2[test.2 != "2"] <- "wild"
test.2[test.2 == "2"] <- "test"
names(test.2) <- names(bipolar.seurat@ident)
test.2 <- factor(test.2, levels=c("wild","test"))

# Load into Mast Object
# Mast object
# Data frame of cell-level covariates
# Data frame of feature-level covariates
bipolar.mast <- FromMatrix(as.matrix(bipolar.seurat@data),
                  cbind(bipolar.seurat@data.info,test.2),
                  data.frame(primerid=rownames(bipolar.seurat@data)))

• Create the model, here we load data for time.
• Perform test for our contrast.
• Format results for easier use.

# Run test
# 1 hr
# zlm.test.2 <- zlm.SingleCellAssay(~ test.2, bipolar.mast)
# save(zlm.test.2, file="data/mast_zlm_demo.Robj")
load("data/mast_zlm_demo.Robj")

df.test.2 <- data.frame(summary(zlm.test.2, doLRT="test.2test"))
summary.mast <- makeNice(df.test.2, val="test.2test")

• Results from test.
• Some overlapping genes.

summary.mast[abs(summary.mast[,5])>=1 & !is.na(summary.mast[,5]),]

                       Gene          pval          padj   padj_strict
Acsl3                 Acsl3  0.000000e+00  0.000000e+00  0.000000e+00
Apoe                   Apoe  0.000000e+00  0.000000e+00  0.000000e+00
Clu                     Clu  0.000000e+00  0.000000e+00  0.000000e+00
Glul                   Glul  0.000000e+00  0.000000e+00  0.000000e+00
Rlbp1                 Rlbp1 2.318774e-305 5.615142e-302 5.603282e-301
Sparc                 Sparc 1.831498e-274 3.695962e-271 3.688156e-270
Dkk3                   Dkk3 2.565520e-268 4.437617e-265 4.428244e-264
Dbi                     Dbi 4.543169e-250 6.876087e-247 6.861563e-246
Rtn4                   Rtn4 1.765383e-232 2.375029e-229 2.370012e-228
Fos                     Fos 2.700402e-228 3.269647e-225 3.262741e-224
Jun                     Jun 6.522904e-222 7.179938e-219 7.164773e-218
Mfge8                 Mfge8 4.424889e-205 4.464713e-202 4.455283e-201
Spc25                 Spc25 1.422371e-204 1.324775e-201 1.321976e-200
Gpr37                 Gpr37 4.427549e-203 3.829197e-200 3.821109e-199
Aqp4                   Aqp4 1.160918e-202 9.370926e-200 9.351133e-199
Prdx6                 Prdx6 6.111767e-201 4.625080e-198 4.615311e-197
Ptn                     Ptn 8.685048e-195 6.185798e-192 6.172733e-191
Egr1                   Egr1 1.042891e-190 7.015177e-188 7.000360e-187
Gpm6b                 Gpm6b 5.261335e-190 3.352855e-187 3.345773e-186
Car14                 Car14 9.540121e-175 5.775589e-172 5.763390e-171
Cp                       Cp 1.452195e-174 8.372939e-172 8.355255e-171
Cd9                     Cd9 7.718737e-171 4.248112e-168 4.239140e-167
Car2                   Car2 1.875809e-170 9.874912e-168 9.854055e-167
Dapl1                 Dapl1 2.858948e-169 1.442339e-166 1.439293e-165
Crot                   Crot 4.797638e-165 2.323592e-162 2.318684e-161
Gpm6a                 Gpm6a 1.999850e-162 9.313149e-160 9.293478e-159
Tsc22d4             Tsc22d4 4.201375e-161 1.884083e-158 1.880104e-157
Crym                   Crym 1.357808e-157 5.871548e-155 5.859146e-154
Eno1                   Eno1 6.127141e-157 2.558187e-154 2.552784e-153
Slc1a3               Slc1a3 1.108608e-156 4.474340e-154 4.464890e-153
Six3os1             Six3os1 4.040010e-155 1.577950e-152 1.574617e-151
Ier2                   Ier2 4.211277e-151 1.593442e-148 1.590076e-147
Utp14b               Utp14b 1.278974e-148 4.692671e-146 4.682760e-145
Calm1                 Calm1 3.552304e-148 1.265038e-145 1.262366e-144
Gnai2                 Gnai2 6.423924e-147 2.222311e-144 2.217617e-143
Sat1                   Sat1 2.882597e-146 9.695133e-144 9.674656e-143
Col9a1               Col9a1 4.012522e-145 1.313071e-142 1.310297e-141
Ppap2b               Ppap2b 2.849021e-143 9.077879e-141 9.058706e-140
Hes1                   Hes1 6.658101e-140 2.067084e-137 2.062718e-136
Ctsl                   Ctsl 1.131770e-139 3.425868e-137 3.418632e-136
Junb                   Junb 7.251809e-138 2.141583e-135 2.137060e-134
Rdh10                 Rdh10 1.099395e-137 3.169399e-135 3.162705e-134
Gnao1                 Gnao1 1.504445e-137 4.236236e-135 4.227289e-134
Epb4.1l2           Epb4.1l2 3.593281e-137 9.888056e-135 9.867171e-134
Nudt4                 Nudt4 3.834263e-136 1.031672e-133 1.029493e-132
Ndrg2                 Ndrg2 4.755527e-135 1.251737e-132 1.249094e-131
Htra1                 Htra1 3.170640e-133 8.168107e-131 8.150855e-130
Pcp2                   Pcp2 1.275270e-130 3.216868e-128 3.210073e-127
Bsg                     Bsg 8.887372e-129 2.196088e-126 2.191449e-125
Timp3                 Timp3 1.882680e-128 4.559098e-126 4.549469e-125
Slmap                 Slmap 3.465301e-128 8.227031e-126 8.209654e-125
Gng13                 Gng13 1.997543e-127 4.651202e-125 4.641378e-124
Wipi1                 Wipi1 1.842543e-126 4.209343e-124 4.200452e-123
Cryab                 Cryab 3.866407e-126 8.669344e-124 8.651034e-123
Synpr                 Synpr 5.864009e-126 1.290935e-123 1.288208e-122
Col23a1             Col23a1 6.697336e-124 1.448060e-121 1.445001e-120
Atp1b3               Atp1b3 9.913348e-124 2.105804e-121 2.101356e-120
Atp2b1               Atp2b1 1.702200e-123 3.553489e-121 3.545983e-120
Itm2b                 Itm2b 1.744356e-122 3.579773e-120 3.572212e-119
Spon1                 Spon1 2.714195e-122 5.477245e-120 5.465677e-119
Pax6                   Pax6 5.244920e-122 1.041074e-119 1.038875e-118
Kdr                     Kdr 8.039645e-121 1.570065e-118 1.566749e-117
Cd81                   Cd81 7.142955e-119 1.372808e-116 1.369908e-115
Fxyd1                 Fxyd1 1.686327e-116 3.190320e-114 3.183582e-113
Aldoc                 Aldoc 1.514013e-115 2.820256e-113 2.814300e-112
Syt1                   Syt1 4.340551e-115 7.962939e-113 7.946120e-112
Add3                   Add3 4.722109e-115 8.533626e-113 8.515602e-112
Cdh2                   Cdh2 5.744478e-115 1.022855e-112 1.020695e-111
Id2                     Id2 1.313438e-114 2.304798e-112 2.299930e-111
Cspg5                 Cspg5 3.280771e-114 5.674796e-112 5.662811e-111
Trpm3                 Trpm3 6.148355e-114 1.048511e-111 1.046296e-110
Msi1                   Msi1 3.293952e-113 5.539329e-111 5.527629e-110
Marcks               Marcks 8.327037e-113 1.381147e-110 1.378230e-109
Nme1                   Nme1 8.981645e-112 1.469591e-109 1.466487e-108
Gas1                   Gas1 3.835570e-110 6.192144e-108 6.179066e-107
Id3                     Id3 1.674327e-109 2.667468e-107 2.661833e-106
Flt1                   Flt1 1.898358e-109 2.985106e-107 2.978801e-106
Rax                     Rax 2.045067e-109 3.174573e-107 3.167868e-106
E130114P18Rik E130114P18Rik 6.449956e-109 9.885578e-107 9.864698e-106
Pdpn                   Pdpn 3.308546e-108 5.007485e-106 4.996908e-105
Vim                     Vim 5.276589e-107 7.887523e-105 7.870864e-104
Trpm1                 Trpm1 7.420732e-105 1.095734e-102 1.093420e-101
Cacng4               Cacng4 2.238092e-104 3.264917e-102 3.258021e-101
Cav1                   Cav1 3.115152e-103 4.490269e-101 4.480785e-100
Sox9                   Sox9  1.485853e-98  2.116553e-96  2.112083e-95
Cplx3                 Cplx3  6.112730e-97  8.606155e-95  8.587978e-94
Snap25               Snap25  2.181914e-96  3.036622e-94  3.030209e-93
Rgs2                   Rgs2  1.485694e-95  2.044180e-93  2.039862e-92
Mlc1                   Mlc1  2.547758e-95  3.466096e-93  3.458775e-92
Ncam1                 Ncam1  2.325357e-94  3.128380e-92  3.121773e-91
Slitrk2             Slitrk2  5.441375e-94  7.240019e-92  7.224727e-91
Sfxn5                 Sfxn5  5.834460e-93  7.678656e-91  7.662438e-90
Pcp4                   Pcp4  1.636842e-92  2.108392e-90  2.103939e-89
Pbxip1               Pbxip1  8.474631e-92  1.080114e-89  1.077833e-88
Slc6a1               Slc6a1  2.800891e-90  3.496204e-88  3.488820e-87
Aplp2                 Aplp2  7.337604e-90  9.065685e-88  9.046537e-87
Mir124-2hg       Mir124-2hg  7.536635e-89  9.217533e-87  9.198064e-86
Cyr61                 Cyr61  1.020091e-88  1.235126e-86  1.232517e-85
Espn                   Espn  4.357308e-88  5.172381e-86  5.161456e-85
Abca8a               Abca8a  3.683329e-87  4.329879e-85  4.320734e-84
Dusp1                 Dusp1  7.819455e-87  9.103650e-85  9.084422e-84
Scd2                   Scd2  1.065525e-86  1.228702e-84  1.226107e-83
Cnn3                   Cnn3  1.896763e-86  2.166604e-84  2.162028e-83
Lsamp                 Lsamp  3.566305e-86  4.035590e-84  4.027067e-83
Zfp36l1             Zfp36l1  8.755797e-85  9.726165e-83  9.705622e-82
Cdkn1b               Cdkn1b  3.797165e-83  4.179643e-81  4.170815e-80
Il33                   Il33  1.052197e-81  1.137500e-79  1.135097e-78
Cadm1                 Cadm1  1.933980e-81  2.072268e-79  2.067891e-78
Tspan7               Tspan7  8.002194e-81  8.499172e-79  8.481220e-78
Meg3                   Meg3  5.834437e-80  6.142901e-78  6.129927e-77
Rtn3                   Rtn3  3.380724e-78  3.528776e-76  3.521323e-75
Fxyd6                 Fxyd6  3.881276e-77  3.982584e-75  3.974172e-74
Ogfrl1               Ogfrl1  1.070711e-76  1.089426e-74  1.087125e-73
Dio2                   Dio2  7.037884e-76  7.042538e-74  7.027663e-73
Btg2                   Btg2  1.133216e-75  1.124670e-73  1.122295e-72
Jund                   Jund  1.251940e-74  1.222458e-72  1.219876e-71
Sbspon               Sbspon  1.396954e-73  1.353145e-71  1.350287e-70
Psip1                 Psip1  7.929506e-73  7.559879e-71  7.543911e-70
Lrtm1                 Lrtm1  2.823813e-72  2.671151e-70  2.665509e-69
Sox2                   Sox2  3.276197e-72  3.075053e-70  3.068559e-69
Otx2                   Otx2  1.212755e-71  1.120919e-69  1.118551e-68
Pon2                   Pon2  1.623896e-71  1.478356e-69  1.475233e-68
Rrh                     Rrh  1.668190e-71  1.507347e-69  1.504163e-68
Kcnj10               Kcnj10  2.508316e-71  2.249681e-69  2.244929e-68
Isl1                   Isl1  4.428874e-70  3.943000e-68  3.934672e-67
Map4                   Map4  2.773197e-69  2.415674e-67  2.410572e-66
B3galt2             B3galt2  7.792009e-69  6.738974e-67  6.724741e-66
Vdac1                 Vdac1  2.509721e-68  2.155156e-66  2.150604e-65
Pak3                   Pak3  1.937615e-66  1.606894e-64  1.603500e-63
Ndufa4               Ndufa4  2.151824e-66  1.772401e-64  1.768657e-63
Laptm4a             Laptm4a  1.354389e-64  1.086023e-62  1.083729e-61
Unc119               Unc119  3.813308e-64  3.037601e-62  3.031185e-61
Cd63                   Cd63  4.452070e-63  3.500368e-61  3.492975e-60
Chgb                   Chgb  1.327443e-61  1.010861e-59  1.008725e-58
Gnb3                   Gnb3  2.658029e-60  1.998970e-58  1.994747e-57
Pfn2                   Pfn2  7.723676e-59  5.667774e-57  5.655803e-56
Nsf                     Nsf  1.264153e-58  9.165491e-57  9.146132e-56
Ptpra                 Ptpra  1.072444e-57  7.638327e-56  7.622194e-55
Nrep                   Nrep  5.627215e-57  3.961297e-55  3.952931e-54
S1pr1                 S1pr1  1.111969e-56  7.782495e-55  7.766057e-54
Ttc3                   Ttc3  2.273916e-55  1.564351e-53  1.561047e-52
Cabp5                 Cabp5  8.339413e-54  5.578653e-52  5.566870e-51
Scg2                   Scg2  1.438981e-53  9.573180e-52  9.552960e-51
Ywhab                 Ywhab  5.749552e-53  3.702956e-51  3.695135e-50
Qpct                   Qpct  4.476937e-52  2.868082e-50  2.862024e-49
Lin7a                 Lin7a  5.381487e-52  3.429423e-50  3.422180e-49
Slc38a3             Slc38a3  5.506064e-52  3.490441e-50  3.483069e-49
Nap1l5               Nap1l5  2.930121e-51  1.828758e-49  1.824895e-48
2010107E04Rik 2010107E04Rik  4.480857e-51  2.782267e-49  2.776391e-48
Trnp1                 Trnp1  5.695891e-51  3.518666e-49  3.511234e-48
Anp32a               Anp32a  8.646492e-51  5.287461e-49  5.276293e-48
Prox1                 Prox1  1.650460e-49  9.795965e-48  9.775275e-47
Tspan3               Tspan3  1.858981e-49  1.087369e-47  1.085073e-46
Ybx1                   Ybx1  9.315094e-49  5.396515e-47  5.385117e-46
Neurod4             Neurod4  1.140006e-46  6.274179e-45  6.260927e-44
Actb                   Actb  1.697698e-46  9.301236e-45  9.281590e-44
Gpr179               Gpr179  5.639766e-46  3.062165e-44  3.055697e-43
Purb                   Purb  1.025713e-44  5.330188e-43  5.318930e-42
Atp6v1a             Atp6v1a  4.521558e-43  2.262274e-41  2.257496e-40
Neurod1             Neurod1  8.605434e-43  4.235553e-41  4.226607e-40
Cacna2d4           Cacna2d4  8.952962e-43  4.371067e-41  4.361835e-40
BC030499           BC030499  3.236253e-42  1.567382e-40  1.564071e-39
Sncb                   Sncb  1.187669e-41  5.640220e-40  5.628307e-39
Zfp365               Zfp365  6.171241e-41  2.884995e-39  2.878902e-38
Nrxn3                 Nrxn3  9.704750e-40  4.417486e-38  4.408155e-37
Cltb                   Cltb  1.092342e-39  4.935103e-38  4.924679e-37
Bex2                   Bex2  1.985479e-38  8.710208e-37  8.691811e-36
Tmsb10               Tmsb10  1.639436e-36  6.616765e-35  6.602790e-34
Gabra1               Gabra1  2.051365e-36  8.224478e-35  8.207107e-34
Stx3                   Stx3  2.717032e-36  1.085737e-34  1.083444e-33
Grm6                   Grm6  3.005370e-36  1.197007e-34  1.194479e-33
Gls                     Gls  1.439461e-35  5.640453e-34  5.628539e-33
Camk2b               Camk2b  3.562333e-35  1.364960e-33  1.362077e-32
Tpd52                 Tpd52  1.612857e-34  6.008761e-33  5.996070e-32
Slc6a6               Slc6a6  7.660424e-34  2.793747e-32  2.787847e-31
Scg3                   Scg3  9.904767e-34  3.601409e-32  3.593802e-31
Syt4                   Syt4  1.791651e-32  6.251675e-31  6.238471e-30
Gng3                   Gng3  1.006120e-30  3.189033e-29  3.182297e-28
Cacna2d3           Cacna2d3  6.156892e-30  1.931286e-28  1.927207e-27
Car10                 Car10  9.517820e-30  2.970149e-28  2.963875e-27
Chga                   Chga  5.845554e-29  1.778341e-27  1.774585e-26
Slc12a5             Slc12a5  1.156125e-28  3.473538e-27  3.466201e-26
Gabrg2               Gabrg2  6.032342e-28  1.747359e-26  1.743668e-25
Prkca                 Prkca  2.069456e-27  5.854434e-26  5.842068e-25
Gm4792               Gm4792  1.126184e-26  3.120330e-25  3.113739e-24
Kcnma1               Kcnma1  2.263285e-26  6.242337e-25  6.229152e-24
Car8                   Car8  1.980085e-25  5.211927e-24  5.200919e-23
Napb                   Napb  1.328228e-24  3.378611e-23  3.371475e-22
              logFC_test.2test
Acsl3                 3.662748
Apoe                  4.890607
Clu                   3.636980
Glul                  4.422784
Rlbp1                 3.837113
Sparc                 3.381676
Dkk3                  3.845611
Dbi                   2.889358
Rtn4                  2.155846
Fos                   2.429961
Jun                   2.718657
Mfge8                 2.875143
Spc25                 2.930519
Gpr37                 2.310189
Aqp4                  2.545451
Prdx6                 2.645078
Ptn                   2.743292
Egr1                  2.281139
Gpm6b                 2.388013
Car14                 2.779919
Cp                    2.723139
Cd9                   2.755616
Car2                  2.187126
Dapl1                 2.119589
Crot                  1.864701
Gpm6a                 1.852297
Tsc22d4               1.871251
Crym                  2.264840
Eno1                  1.923824
Slc1a3                3.195826
Six3os1               1.907186
Ier2                  1.569093
Utp14b                1.639114
Calm1                -2.097229
Gnai2                 1.741487
Sat1                  1.596022
Col9a1                2.198543
Ppap2b                1.580279
Hes1                  2.161793
Ctsl                  1.731594
Junb                  1.528021
Rdh10                 1.500285
Gnao1                -2.119747
Epb4.1l2              1.504006
Nudt4                 1.770665
Ndrg2                 1.560718
Htra1                 1.636507
Pcp2                 -2.769874
Bsg                   1.395917
Timp3                 1.926117
Slmap                 1.623146
Gng13                -2.656372
Wipi1                 1.296666
Cryab                 1.374123
Synpr                 1.472434
Col23a1               1.283852
Atp1b3                1.386613
Atp2b1               -2.175331
Itm2b                 1.366783
Spon1                 1.503185
Pax6                  1.453243
Kdr                   1.707625
Cd81                  1.559119
Fxyd1                 1.687672
Aldoc                 1.797295
Syt1                 -2.082009
Add3                  1.200527
Cdh2                  1.484475
Id2                   1.734997
Cspg5                 1.437638
Trpm3                 1.205196
Msi1                  1.381301
Marcks                1.811683
Nme1                 -1.995730
Gas1                  1.211498
Id3                   1.699138
Flt1                  1.524937
Rax                   1.384724
E130114P18Rik         1.147943
Pdpn                  1.824078
Vim                   1.565156
Trpm1                -2.629577
Cacng4                1.111307
Cav1                  1.588570
Sox9                  1.025825
Cplx3                -2.448613
Snap25               -2.276591
Rgs2                  1.032442
Mlc1                  1.334027
Ncam1                 1.637810
Slitrk2               1.334529
Sfxn5                 1.054653
Pcp4                 -2.177781
Pbxip1                1.111702
Slc6a1                1.064631
Aplp2                -1.391909
Mir124-2hg           -2.064295
Cyr61                 1.634830
Espn                  1.598356
Abca8a                1.578151
Dusp1                 1.028731
Scd2                  1.355096
Cnn3                  1.276531
Lsamp                 1.093351
Zfp36l1               1.343235
Cdkn1b                1.368659
Il33                  1.219741
Cadm1                 1.362094
Tspan7                1.431568
Meg3                 -1.745438
Rtn3                  1.303107
Fxyd6                 1.025254
Ogfrl1                1.008240
Dio2                  1.243910
Btg2                  1.050172
Jund                  1.099233
Sbspon                1.191176
Psip1                -1.482254
Lrtm1                -2.028936
Sox2                  1.215894
Otx2                 -1.816592
Pon2                  1.065887
Rrh                   1.117420
Kcnj10                1.051833
Isl1                 -2.037465
Map4                 -1.568675
B3galt2              -1.781320
Vdac1                -1.465799
Pak3                  1.208443
Ndufa4               -1.325065
Laptm4a               1.119712
Unc119               -1.455866
Cd63                  1.217376
Chgb                 -2.084537
Gnb3                 -1.757550
Pfn2                  1.122728
Nsf                  -1.548709
Ptpra                 1.017450
Nrep                 -1.391284
S1pr1                 1.106158
Ttc3                 -1.282158
Cabp5                -1.918814
Scg2                 -1.773730
Ywhab                -1.198193
Qpct                 -1.404126
Lin7a                -1.403102
Slc38a3               1.014644
Nap1l5               -1.631626
2010107E04Rik        -1.249497
Trnp1                -1.487879
Anp32a               -1.022898
Prox1                -1.235849
Tspan3                1.077640
Ybx1                 -1.131763
Neurod4              -1.687801
Actb                  1.003507
Gpr179               -1.301627
Purb                 -1.121606
Atp6v1a              -1.117787
Neurod1              -1.423303
Cacna2d4             -1.285325
BC030499             -1.396137
Sncb                 -1.545704
Zfp365               -1.280445
Nrxn3                -1.146147
Cltb                 -1.122463
Bex2                 -1.138499
Tmsb10               -1.163745
Gabra1               -1.391479
Stx3                 -1.127305
Grm6                 -1.259519
Gls                  -1.026188
Camk2b               -1.207344
Tpd52                -1.005450
Slc6a6               -1.012426
Scg3                 -1.055236
Syt4                 -1.070998
Gng3                 -1.053428
Cacna2d3             -1.153660
Car10                -1.087523
Chga                 -1.069375
Slc12a5              -1.045830
Gabrg2               -1.051987
Prkca                -1.012459
Gm4792               -1.041876
Kcnma1               -1.352840
Car8                 -1.236652
Napb                 -1.011656

plot.genes = c("Acsl3","Apoe","Clu","Glul","Rlbp1","Sparc","Dkk3",
               "Pcp2","Gng13","Calm1","Gnao1","Atp2b1","Cplx3","Snap25")
dot.plot(bipolar.seurat,
         features.use=plot.genes)