## Warning in (function (..., deparse.level = 1) : number of columns of result
## is not a multiple of vector length (arg 21417)
## [1] 0
## [1] 0

For the RefDB-C.db file, there are several one only have the secondary structure information but not have the amino acid. Several are at line 23376-23383 in the db file.

##       [,1]  [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] 
##  [1,] "217" "B"  "NA" "NA" "NA" "NA" "217"
##  [2,] "218" "B"  "NA" "NA" "NA" "NA" "218"
##  [3,] "219" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "219"
##  [4,] "220" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "220"
##  [5,] "221" "B"  "NA" "NA" "NA" "NA" "221"
##  [6,] "222" "B"  "NA" "NA" "NA" "NA" "222"
##  [7,] "223" "B"  "NA" "NA" "NA" "NA" "223"
##  [8,] "224" "B"  "NA" "NA" "NA" "NA" "224"
##  [9,] "264" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "264"
## [10,] "354" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "354"
## [11,] "206" "H"  "NA" "NA" "NA" "NA" "206"
## [12,] "231" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "231"
## [13,] "258" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "258"
## [14,] "261" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "261"
## [15,] "264" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "264"
## [16,] "287" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "287"
## [17,] "293" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "293"
## [18,] "335" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "335"
## [19,] "336" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "336"
## [20,] "344" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "344"
## [21,] "345" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "345"
## [22,] "378" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "378"
## [23,] "386" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "386"
## [24,] "409" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "409"
## [25,] "412" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "412"
## [26,] "413" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "413"
## [27,] "419" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "419"
## [28,] "420" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "420"
## [29,] "421" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "421"
## [30,] "422" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "422"
## [31,] "423" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "423"
## [32,] "428" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "428"
## [33,] "429" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "429"
## [34,] "430" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "430"
## [35,] "431" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "431"
## [36,] "432" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "432"
## [37,] "433" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "433"
## [38,] "434" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "434"
## [39,] "435" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "435"
## [40,] "436" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "436"
## [41,] "437" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "437"
## [42,] "438" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "438"
## [43,] "439" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "439"
## [44,] "440" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "440"
## [45,] "441" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "441"
## [46,] "442" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "442"
## [47,] "443" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "443"
## [48,] "444" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "444"
## [49,] "445" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "445"
## [50,] "446" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "446"
## [51,] "447" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "447"
## [52,] "448" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "448"
## [53,] "449" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "449"
## [54,] "450" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "450"
## [55,] "451" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "451"
## [56,] "452" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "452"
## [57,] "453" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "453"
## [58,] "454" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "454"
## [59,] "455" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "455"
## [60,] "456" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "456"
## [61,] "457" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "457"
## [62,] "458" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "458"
## [63,] "459" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "459"
## [64,] "460" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "460"
## [65,] "461" "U"  "NA" "NA" "NA" "NA" "461"
## [66,] "212" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "212"
## [67,] "260" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "260"
## [68,] "120" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "120"
## [69,] "121" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "121"
## [70,] "122" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "122"
## [71,] "123" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "123"
## [72,] "126" "B"  "NA" "NA" "NA" "NA" "126"
## [73,] "140" "B"  "NA" "NA" "NA" "NA" "140"
## [74,] "134" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "134"
## [75,] "135" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "135"
## [76,] "136" "C"  "NA" "NA" "NA" "NA" "136"

The final results count is:

Counts are:

## $A
##    B    H    C 
## 2942 6010 4081 
## 
## $R
##    B    H    C 
## 2414 3168 3099 
## 
## $N
##    B    H    C 
## 1410 1820 4137 
## 
## $D
##    B    H    C 
## 1981 2951 5760 
## 
## $C
##    B    H    C 
## 1161  774 1091 
## 
## $Q
##    B    H    C 
## 1698 3066 2591 
## 
## $E
##    B    H    C 
## 2858 5996 4904 
## 
## $H
##    B    H    C 
## 1115 1148 1778 
## 
## $I
##    B    H    C 
## 4328 3095 2106 
## 
## $L
##    B    H    C 
## 4869 6456 4117 
## 
## $K
##    B    H    C 
## 3274 4761 5082 
## 
## $M
##    B    H    C 
##  999 1584 1451 
## 
## $F
##    B    H    C 
## 2799 2235 1775 
## 
## $P
##    B    H    C 
## 1584  961 5386 
## 
## $S
##    B    H    C 
## 2742 2676 6693 
## 
## $T
##    B    H    C 
## 3642 2256 3993 
## 
## $Y
##    B    H    C 
## 2434 1609 1630 
## 
## $W
##   B   H   C 
## 930 745 581 
## 
## $V
##    B    H    C 
## 6038 3579 2987

Prior information are:

##           B         H         C
## A 0.2257347 0.4611371 0.3131282
## R 0.2780786 0.3649349 0.3569865
## N 0.1913941 0.2470476 0.5615583
## D 0.1852787 0.2760007 0.5387205
## C 0.3836748 0.2557832 0.3605420
## Q 0.2308634 0.4168593 0.3522774
## E 0.2077337 0.4358192 0.3564472
## H 0.2759218 0.2840881 0.4399901
## I 0.4541925 0.3247980 0.2210095
## L 0.3153089 0.4180806 0.2666105
## K 0.2495998 0.3629641 0.3874362
## M 0.2476450 0.3926624 0.3596926
## F 0.4110736 0.3282420 0.2606844
## P 0.1997226 0.1211701 0.6791073
## S 0.2264057 0.2209562 0.5526381
## T 0.3682135 0.2280861 0.4037003
## Y 0.4290499 0.2836242 0.2873259
## W 0.4122340 0.3302305 0.2575355
## V 0.4790543 0.2839575 0.2369883

Save to the file: