Analise dados Luciana

Sobre este documento

Este documento refere-se à análise do ensaio clínico registrado no clinical trials sob número NCT02357693 (url https://clinicaltrials.gov/ct2/results?term=NCT02357693&Search=Search ).

Cálculo do tamanho da amostra

library("TrialSize")
#group size
gs=TwoSampleProportion.NIS(alpha=0.05,beta=0.2,p1=0.45,p2=0.30,k=1,delta=0.28,margin=0)
#Ceiling
gs=ceiling(gs)
#Sample size (sum of 2 groups)
ss=gs*2
# Print calculated sample size
print(ss)

## [1] 74

#Considering 15% loss
ss=ss*1.15
print(ss)

## [1] 85.1

# Comando para abrir dados no computador em que foi analisado
# Para achar o texto do endereço do arquivo no seu computador, localize usando file.choose() na linha de comando e troque o endereço abaixo pelo endereço no seu computador.
#
#file.choose()
#"C:\\Users\\Documents\\gabriel\\projetos\\Pesquisa\\luciana\\bd85_2.csv"
#
#endereco="C:\\Users\\Documents\\gabriel\\projetos\\Pesquisa\\luciana\\bd85_2.csv"
#lui=read.csv(endereco,header=T)

# Define NVPO como nausea ou vomito
#sabendo que todos os que vomitaram em nossa amostra apresentaram náusea, o comando é resumido a:
lui$nvpo=lui$nausea

# Todos os pacientes com quebra de protocolo foram marcados na coluna "excluido" da planilha de dados como "S" enquanto aqueles que permaneceram foram marcados como "N".
# O comando a seguir seleciona o subgrupo de análise por protocolo (sem considerar os excluídos)
lu=subset(lui,lui$excluido=="N")

Grupos

#Os comandos a seguir criam subgrupos para a droga A e para a droga B. Os terminados em "i" são os subgrupos por intenção de tratar.
grupoA=subset(lu,lu$Grupo=="A")
grupoB=subset(lu,lu$Grupo=="B")
# por intenção de tratar
grupoAi=subset(lui,lui$Grupo=="A")
grupoBi=subset(lui,lui$Grupo=="B")

# O comando a seguir calcula o valor p do teste exato de fisher para saber se houve mais exclusão em um dos grupos.
print(fisher.test(lui$excluido,lui$Grupo)[1])

## $p.value
## [1] 0.6040054

Análise do desfecho principal

Descrição

# NVPO no grupo A por intenção de tratar
table(grupoAi$nvpo)

## 
## FALSE  TRUE 
##    23    14

# NVPO no grupo A por protocolo
table(grupoA$nvpo)

## 
## FALSE  TRUE 
##    19    13

# NVPO no grupo B por intenção de tratar
table(grupoBi$nvpo)

## 
## FALSE  TRUE 
##    36     5

# NVPO no grupo B por protocolo
table(grupoB$nvpo)

## 
## FALSE  TRUE 
##    29     5

Por protocolo

#No grupo A:
#Risco de NVPO de quem recebeu droga A = P(nvpo, grupoA) / (p(nvpo, grupoA)+p(sem nvpo, grupoA))
RanA=sum(grupoA$nvpo,na.rm=T) / (sum(grupoA$nvpo,na.rm=T) + sum(grupoA$nvpo==F,na.rm=T))
print(RanA)

## [1] 0.40625

#No grupo B:
#Risco de NVPO de quem recebeu droga B = P(nvpo, grupoB) / (p(nvpo, grupoB)+p(sem nvpo, grupoB))
RanB=sum(grupoB$nvpo,na.rm=T) / (sum(grupoB$nvpo,na.rm=T) + sum(grupoB$nvpo==F,na.rm=T))
print(RanB)

## [1] 0.1470588

#Risco relativo do grupo A em relação ao grupo B: R(nvpo no grupo A) / R(nvpo no grupo B)
# = RanA / RanB =
RRAB=RanA/RanB
print(RRAB)

## [1] 2.7625

#Teste de hipótese, teste Exato de Fisher
print(fisher.test(lu$Grupo,lu$nvpo)[1])

## $p.value
## [1] 0.02667492

Por intenção de tratar

#No grupo A:
#Risco de NVPO de quem recebeu droga A = P(nvpo, grupoA) / (p(nvpo, grupoA)+p(sem nvpo, grupoA))
RanA=sum(grupoAi$nvpo,na.rm=T) / (sum(grupoAi$nvpo,na.rm=T) + sum(grupoAi$nvpo==F,na.rm=T))
print(RanA)

## [1] 0.3783784

#No grupo B:
#Risco de NVPO de quem recebeu droga B = P(nvpo, grupoB) / (p(nvpo, grupoB)+p(sem nvpo, grupoB))
RanB=sum(grupoBi$nvpo,na.rm=T) / (sum(grupoBi$nvpo,na.rm=T) + sum(grupoBi$nvpo==F,na.rm=T))
print(RanB)

## [1] 0.1219512

#Risco relativo do grupo A em relação ao grupo B: R(nvpo no grupo A) / R(nvpo no grupo B)
# = RanA / RanB =
RRAB=RanA/RanB
print(RRAB)

## [1] 3.102703

#Teste de hipótese, teste Exato de Fisher
print(fisher.test(lui$Grupo,lui$nvpo)[1])

## $p.value
## [1] 0.01605179

Decrição detalhada das NVPO nos grupos

# Grupo A, total de náuseas em 24h
table(grupoA$nausea)

## 
## FALSE  TRUE 
##    19    13

# Grupo A, total de náuseas até 2h
table(grupoA$nausea.0.2h.numero)

## 
##  0  1 
## 25  1

# Grupo A, total de náuseas 2h-24h
table(grupoA$nausea.2.24h)

## 
## FALSE  TRUE 
##    20    12

# Grupo A, total de vomitos em 24h
table(grupoA$vomito)

## 
## FALSE  TRUE 
##    19    13

# Grupo A, total de vomitos até 2h
table(grupoA$vomito.0.2h)

## 
## FALSE 
##    32

# Grupo A, mediana da intensidade da náusea até 2h
median(subset(grupoA,grupoA$nausea.0.2h.numero=="1")$nausea.0.2h.intensidade,na.rm=T)

## [1] 3

# Grupo A, mediana da intensidade da náusea 2h-24h
median(subset(grupoA,grupoA$nausea.2.24h==TRUE)$nausa.intensidade,na.rm=TRUE)

## [1] 3

# Grupo A, mediana da intensidade da náusea 0h-24h
median(subset(grupoA,grupoA$nausea==TRUE)$nausa.intensidade,na.rm=TRUE)

## [1] 3

# Número de vômitos em 24h
table(grupoA$numero.de.vomitos)

## 
##  0  1  2  3  5  6 10 
## 19  6  3  1  1  1  1

# Número de pacientes que vomitou 3 ou mais vezes (vômitos graves)
sum(grupoA$numero.de.vomitos>2)

## [1] 4

# Número de pacientes com náusea grave
sum(grupoA$nausa.intensidade>7)

## [1] 2

# Grupo B, total de náuseas em 24h
table(grupoB$nausea)

## 
## FALSE  TRUE 
##    29     5

# Grupo B, total de náuseas até 2h
table(grupoB$nausea.0.2h.numero)

## 
##  0 
## 31

# Grupo B, total de náuseas 2h-24h
table(grupoB$nausea.2.24h)

## 
## FALSE  TRUE 
##    29     5

# Grupo B, total de vomitos em 24h
table(grupoB$vomito)

## 
## FALSE  TRUE 
##    33     1

# Grupo B, total de vomitos até 2h
table(grupoB$vomito.0.2h)

## 
## FALSE 
##    34

# Grupo B, mediana da intensidade da náusea até 2h
median(subset(grupoB,grupoB$nausea.0.2h.numero=="1")$nausea.0.2h.intensidade,na.rm=T)

## [1] NA

# Grupo B, mediana da intensidade da náusea 2h-24h
median(subset(grupoB,grupoB$nausea.2.24h==TRUE)$nausa.intensidade,na.rm=TRUE)

## [1] 3

# Grupo B, mediana da intensidade da náusea 0h-24h
median(subset(grupoB,grupoB$nausea==TRUE)$nausa.intensidade,na.rm=TRUE)

## [1] 3

# Número de vômitos em 24h
table(grupoB$numero.de.vomitos)

## 
##  0  3 
## 33  1

# Número de pacientes que vomitou 3 ou mais vezes (vômitos graves)
sum(grupoB$numero.de.vomitos>2)

## [1] 1

# Número de pacientes com náusea grave
sum(grupoB$nausa.intensidade>7)

## [1] NA

Análise de desfechos secundários

#P(nausea) / (p(nausea)+p(sem nausea))
RanA=sum(grupoA$nausea,na.rm=T) / (sum(grupoA$nausea,na.rm=T) + sum(grupoA$nausea==F,na.rm=T))
RanB=sum(grupoB$nausea,na.rm=T) / (sum(grupoB$nausea,na.rm=T) + sum(grupoB$nausea==F,na.rm=T))
RRAB=RanA/RanB
print(fisher.test(lu$Grupo,lu$nausea)[1])

## $p.value
## [1] 0.02667492

#P(vomito) / (p(vomito)+p(sem vomito))
RanA=sum(grupoA$vomito==T,na.rm=T) / (sum(grupoA$vomito==T,na.rm=T) + sum(grupoA$vomito==F,na.rm=T))
RanB=sum(grupoB$vomito==T,na.rm=T) / (sum(grupoB$vomito==T,na.rm=T) + sum(grupoB$vomito==F,na.rm=T))
RRABv=RanA/RanB
print(fisher.test(lu$Grupo,lu$vomito)[1])

## $p.value
## [1] 0.000176637

Descrição das características dos grupos

Grupo A - descrição

mean(grupoA$Idade,na.rm=T)

## [1] 52.03333

sd(grupoA$Idade,na.rm=T)

## [1] 14.78695

table(grupoA$sexo)

## 
## fem 
##  32

table(grupoA$asa)

## 
##  I II 
##  9 23

table(grupoA$apfel)

## 
##  3  4 
## 25  6

table(grupoA$fumante)

## 
## FALSE  TRUE 
##    31     1

table(grupoA$opioide.po)

## 
## TRUE 
##   32

table(grupoA$fenta.neuro)

## 
## FALSE  TRUE 
##    20    12

table(grupoB$suf.neuro)

## 
## FALSE  TRUE 
##    33     1

table(grupoA$mor.raqui.dose)

## 
##   0  40  80 100 120 
##  23   1   4   3   1

table(grupoA$mor.peri.dose)

## 
##   0   1 1,5   2 
##   7   1   0  22

mean(grupoA$t.cirurgia)

## [1] 360.375

mean(grupoA$cristaloide)

## [1] 2995

sd(grupoA$cristaloide)

## [1] 1050.76

mean(grupoA$coloide)

## [1] 31.25

sd(grupoA$coloide)

## [1] 122.9673

table(grupoA$vasoconstrictor)

## 
## FALSE  TRUE 
##    26     6

Grupo B - descrição

mean(grupoB$Idade,na.rm=T)

## [1] 59.08824

sd(grupoB$Idade,na.rm=T)

## [1] 12.90846

table(grupoB$sexo)

## 
## fem 
##  34

table(grupoB$asa)

## 
##  I II 
##  9 25

table(grupoB$apfel)

## 
##  3  4 
## 29  5

table(grupoB$fumante)

## 
## FALSE  TRUE 
##    33     1

table(grupoB$opioide.po)

## 
## TRUE 
##   34

table(grupoB$fenta.neuro)

## 
## FALSE  TRUE 
##    25     9

table(grupoB$suf.neuro)

## 
## FALSE  TRUE 
##    33     1

table(grupoB$mor.raqui.dose)

## 
##  0 40 80 
## 23  4  7

table(grupoB$mor.peri.dose)

## 
##   0   1 1,5   2 
##  10   1   1  21

mean(grupoB$t.cirurgia)

## [1] 414.2941

mean(grupoB$cristaloide)

## [1] 3102.941

sd(grupoB$cristaloide)

## [1] 1380.489

mean(grupoB$coloide)

## [1] 44.11765

sd(grupoB$coloide)

## [1] 189.4029

table(grupoB$vasoconstrictor)

## 
## FALSE  TRUE 
##    28     6

Outros desfechos

Grupo A - descrição de outros desfechos

table(grupoA$sedacao)

## 
## FALSE 
##    32

table(grupoA$prurido)

## 
## FALSE  TRUE 
##    22    10

table(grupoA$bradpneia)

## 
## FALSE 
##    32

table(grupoA$hipotensao)

## 
## FALSE  TRUE 
##    31     1

table(grupoA$retencaourinaria)

## 
## FALSE 
##    32

mean(grupoA$dor.repouso,na.rm=T)

## [1] 0.8666667

sd(grupoA$dor.repouso,na.rm=T)

## [1] 2.192988

mean(grupoA$dor.mov,na.rm=T)

## [1] 2.6

sd(grupoA$dor.mov,na.rm=T)

## [1] 3.328042

mean(grupoA$piordor,na.rm=T)

## [1] 2.6

sd(grupoA$piordor,na.rm=T)

## [1] 3.328042

mean(grupoA$menordor,na.rm=T)

## [1] 0.4333333

sd(grupoA$menordor,na.rm=T)

## [1] 1.278019

Grupo B - descrição de outros desfechos

table(grupoB$sedacao)

## 
## FALSE 
##    34

table(grupoB$prurido)

## 
## FALSE  TRUE 
##    27     7

table(grupoB$bradpneia)

## 
## FALSE 
##    34

table(grupoB$hipotensao)

## 
## FALSE  TRUE 
##    33     1

table(grupoB$retencaourinaria)

## 
## FALSE 
##    34

mean(grupoB$dor.repouso,na.rm=T)

## [1] 0.4411765

sd(grupoB$dor.repouso,na.rm=T)

## [1] 1.307117

mean(grupoB$dor.mov,na.rm=T)

## [1] 3.147059

sd(grupoB$dor.mov,na.rm=T)

## [1] 3.385641

mean(grupoB$piordor,na.rm=T)

## [1] 3.264706

sd(grupoB$piordor,na.rm=T)

## [1] 3.413954

mean(grupoB$menordor,na.rm=T)

## [1] 0.2352941

sd(grupoB$menordor,na.rm=T)

## [1] 0.9865404

Resultados Luciana

Gabriel Magalhaes Nunes Guimaraes

01 de outubro de 2016

Analise dados Luciana

Sobre este documento

Cálculo do tamanho da amostra

Grupos

Análise do desfecho principal

Descrição

Por protocolo

Por intenção de tratar

Decrição detalhada das NVPO nos grupos

Análise de desfechos secundários

Descrição das características dos grupos

Grupo A - descrição

Grupo B - descrição

Outros desfechos

Grupo A - descrição de outros desfechos

Grupo B - descrição de outros desfechos