Week 6-rmarkdown

R Markdown

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see http://rmarkdown.rstudio.com.

When you click the Knit button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

summary podataka

summary(cars)

##      speed           dist       
##  Min.   : 4.0   Min.   :  2.00  
##  1st Qu.:12.0   1st Qu.: 26.00  
##  Median :15.0   Median : 36.00  
##  Mean   :15.4   Mean   : 42.98  
##  3rd Qu.:19.0   3rd Qu.: 56.00  
##  Max.   :25.0   Max.   :120.00

grafovi

plot(pressure)

Note that the echo = FALSE parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

jednostavni primjer tabele (na pocetku trebaju da su 4 space-a pa onda linija)

First Header  | Second Header
------------- | -------------
Content Cell  | Content Cell
Content Cell  | Content Cell

U kojem smo direktoriju

getwd()

## [1] "C:/Users/Amra Fetahovic/Documents/private/Academy/Week6"

Slika1

Kod za sliku da mi odredimo dimenzije: <img src="kucni-majstor.jpg" width="200">

#nekoliko bitnih stvari kod importovanja slike. prvo naziv samo jedna rijec bez spacea, slika treba da se nalazi u istom direktoriju odakle se povlaci i ne kuca se u chunckovima

#slika ispod je kada zelimo da setujemo dimenzije slike. Mozemo i visinu sa height. treba stajati `<img src=` to je kod pod navodnicima je naziv slike i mora biti u direktoriju u kojem je r markdown dokument i pod navodinike. 

\ - + sluzi za nabrajanje

Novi red

dobijemo kada nakon zadnje recenice pritisnemo dva puta space pa enter, a ako cemo novi pasos onda dva puta space i dva puta enter.

----- 4 ili vise crtica sluzi za page break. bitno je da poslije toga kliknemo na dva spacea i 2 x enter pa onda paragraf. jednom to nisam uradila odmah sam pocela kucati ispod ove cetri linije i tekst bi je bio stubic
## ovo su headings, u zavisnosti koliko ima taraba ili hashtag to je toliki heading

` ` sluzi za kod dakle izmedju upisujete kod i nakon knitr on u dokumentu bude drugog formata.

Note: kada stavljamo redni broj mozemo i da pogrijesimo redosljed, u knitr nam to sam ispravi.

kada necemo rezultat ni kod

onda pored r u chunk stavimo include=FALSE. Recimo to mogu da stavljam za cas ako ocjenim da neka lekcija je preteska onda stavim include = FALSE, a bude mi zadrzana u moj. Rmd:

kad hocemo i rezultat i kod

onda pored r, upisujemo eval=TRUE u viticastoj zagradi

x<-3
2+x

## [1] 5

kad hocemo samo kod

onda pored r, upisujemo eval=FALSE u viticastoj zagradi

x<-3
2+x

kad hocemo samo rezultat bez koda

onda nakon r, u viticastoj zagradi ukucamo echo = FALSE

## [1] 5

Tabele: srednji nivo

library (knitr)

WHO <- read.csv("C:/Users/Amra Fetahovic/Downloads/WHO.csv", stringsAsFactors=FALSE) 
library(knitr)
kable (WHO[1:7,1:4])

Country	Region	Population	Under15
Afghanistan	Eastern Mediterranean	29825	47.42
Albania	Europe	3162	21.33
Algeria	Africa	38482	27.42
Andorra	Europe	78	15.20
Angola	Africa	20821	47.58
Antigua and Barbuda	Americas	89	25.96
Argentina	Americas	41087	24.42

library (pander)

n <- 100
x <- rnorm(n)
y <- 2*x + rnorm(n)
out <- lm(y ~ x)
library(pander)
panderOptions("digits", 2)
pander(out)

Fitting linear model: y ~ x

	Estimate	Std. Error	t value	Pr(>|t|)
x	1.9	0.09	22	4.8e-39
(Intercept)	-0.18	0.098	-1.8	0.07

library (xtable)

n <- 100
x <- rnorm(n)
y <- 2*x + rnorm(n)
out <- lm(y ~ x)
library(xtable)
tab <- xtable(summary(out)$coef, digits=c(0, 2, 2, 1, 2))
print(tab, type="html")

	Estimate	Std. Error	t value	Pr(>|t|)
(Intercept)	-0.05	0.10	-0.4	0.66
x	1.81	0.10	17.6	0.00

kable (tab, digits = 3)

	Estimate	Std. Error	t value	Pr(>|t|)
(Intercept)	-0.045	0.105	-0.434	0.665
x	1.813	0.103	17.646	0.000

Za kraj korisni site-ovi i blogovi pitanja i odgovori:

1. Kako update-ovati zadnju verziju R studija:
   http://datasciencesource.com/how-to-update-r-and-rstudio-on-windows/

2. Ako manipulisete sa velikim bazama podatkaa npr. 1 milion observacija kako importovati data.frame i kako manipulisati sa njim, koristan blog:
   http://www.r-bloggers.com/solve-common-r-problems-efficiently-with-data-table/

3. Za formiranje tabela po zelji. Za FlexTable potrebna je Java novija od vs 1.6.
   https://davidgohel.github.io/ReporteRs/FlexTable.html

4. Za formiranje tabela za koje vam ne treba Java: xtable () paket (Swinton i drugi). Ovaj paket sluzi za kreiranje LaTeX outputa i html.
   https://cran.r-project.org/web/packages/xtable/vignettes/xtableGallery.pdf

5. Kako kreirati i voditi projekat u R-u
   https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200526207-Using-Projects

xtable and Rmarkdown:

library(xtable)
options (xtable.foating=FALSE)
options (xtable.timestamp = "")
data(tli)
x<-xtable (tli[1:10,])
print(x, type="html")

	grade	sex	disadvg	ethnicty	tlimth
1	6	M	YES	HISPANIC	43
2	7	M	NO	BLACK	88
3	5	F	YES	HISPANIC	34
4	3	M	YES	HISPANIC	65
5	8	M	YES	WHITE	75
6	5	M	NO	BLACK	74
7	8	F	YES	HISPANIC	72
8	4	M	YES	BLACK	79
9	6	M	NO	WHITE	88
10	7	M	YES	HISPANIC	87

y<- xtable(aov(tlimth~sex+ethnicty+grade+disadvg, data = tli))
print(y, type="html")

	Df	Sum Sq	Mean Sq	F value	Pr(>F)
sex	1	75.37	75.37	0.38	0.5417
ethnicty	3	2572.15	857.38	4.27	0.0072
grade	1	36.31	36.31	0.18	0.6717
disadvg	1	59.30	59.30	0.30	0.5882
Residuals	93	18682.87	200.89

kable (y)

	Df	Sum Sq	Mean Sq	F value	Pr(>F)
sex	1	75.37255	75.37255	0.3751912	0.5416830
ethnicty	3	2572.14918	857.38306	4.2679008	0.0071831
grade	1	36.30740	36.30740	0.1807318	0.6717271
disadvg	1	59.30338	59.30338	0.2952017	0.5882062
Residuals	93	18682.86749	200.89105	NA	NA

Da bi funkcionisalo, moramo upisati type=“html” i results=“asis” uz {r} tj {r results=“asis”}

Oceigledno da je bolje primjenjhivati kable () nego print (nazivxtable, type=“html”)