R语言基础学习4-数据的导出
Jasper Shen
2016年5月29日
导出为csv文件
csv文件是我们平时处理数据最为常用的数据格式了，因此我们重点简介一下csv数据的导出工具，csv的文件的导入前面已经讲解过了，就是read.csv和read.csv2，相应的导出为csv文件的函数就是write.csv和write.csv2.最为常用的还是write.csv，完全可以满足我们平时大部分的需求，因此我们会重点讲解write.csv函数的用法。write.csv函数的帮助文档可以使用?write.csv和help(write.csv)来查看。
举一个最为简单的例子，比如，我们有一个矩阵需要存储，首先我们需要设置一个路径，
#setwd("D:/study/R/my git/R study/R-study/test")我们构造一个矩阵数据，每行是一个sample，每列是一个基因。
data <- matrix(sample(1:100,16),ncol = 4,dimnames = list(c(paste("sample",c(1:4))),c(paste("gene",c(1:4)))))
data## gene 1 gene 2 gene 3 gene 4
## sample 1 98 21 18 54
## sample 2 35 39 60 89
## sample 3 91 28 8 96
## sample 4 33 56 9 74可以看到data是一个data是一个有着4个样品和4个gene的数据，这时候我们想将他存储为csv文件。可以直接使用write.csv函数
write.csv(x = data,file = "data.csv")这时候我们可以看到我们的数据就已经存储为了data.csv的形式。
figure1
打开文件看一下
figure2
第一个参数x代表的是你要输出的对象，一般来说这个必须是一个data.frame,matrix或者向量，第二个参数file是你要输出的数据的名字，你可以将其取成任意符合csv文件命名规则的名字，但是不要忘记加上后缀.csv。这两个参数其实就是write.csv最为重要的两个参数了，也可以满足我们大部分的需要了，下面我们也介绍一下write.csv函数的其他参数，需要使用的同学可以查看这些参数的定义。
1. append:这个参数是一个逻辑参数，也就是TRUE或者FALSE，设置为TRUE，导出的数据将会附着在你前面已经导出的文件后面，然并卵，这个参数其实在write.csv中是不能够使用的，只能使用默认的FALSE，设置成TRUE则会报错，我们可以用下面的例子来看一下
data2 <- matrix(sample(1:100,8),ncol = 4,dimnames = list(c(paste("sample",c(5:6))),c(paste("gene",c(1:4)))))
data2## gene 1 gene 2 gene 3 gene 4
## sample 5 79 69 13 28
## sample 6 27 42 80 32write.csv(x = data2,file = "data.csv",append = T)## Warning in write.csv(x = data2, file = "data.csv", append = T): attempt to
## set 'append' ignored可以看到出现了warning信息，提示append=T被忽略了，而相应的，data2并没有附在data数据后面，而是直接覆盖掉了原来的数据，我们来看一下。
figure3
所以如果想用这种办法来添加文件是实现不来的，关于这个后面用write.table会讲到。
2. quote：这是一个逻辑值或者设置为数值型的向量。如果设置为TRUE，那么数据类型是字符或者因子的列将会被打上双引号，如果是数值型的向量，那么意思就是这些列会加上引号，而且这两种情况下行名和列名都会被打上引号，默认为FALSE，不会有引号。这是从帮助文档上的掉的官方解释，但是我试了一下，发现不管在什么情况下，都不会有双引号，因此，基本可以肯定这个参数也是给write.table设置的，在write.csv中没有作用，因为这个参数也没啥作用，所以大家也不要管他了。
3. sep: 这个参数是用来设置分隔符的，我们知道csv文件的全称就是逗号分隔符文件，因此这个值默认为“,”,且不能更改
4. eol: 用来设置在每行最后添加的字符，不需要管他，基本不会用到。
5. na：用来设置na的替代之，如果你的数据中有na值，那么直接输出的话还是“NA”，可以通过设置na来代替NA的输出形式。
data[1,1] <- NA#将data的第一昂第一列设置为NA
data## gene 1 gene 2 gene 3 gene 4
## sample 1 NA 21 18 54
## sample 2 35 39 60 89
## sample 3 91 28 8 96
## sample 4 33 56 9 74write.csv(x = data,file = "data.csv")
figure5
可以看到第一个值变成了NA
write.csv(x = data,file = "data.csv",na="0")
figure6
可以看到NA输出为指定的输出形式 0
6. dec:用来设置文件中小数点形式，默认为“.”，且不能修改。
7. row.name和col.names:是否输出行名和列名，默认为TRUE，输出，如果不想输出，可以将其设置为FALSE
write.csv总结
前面基本上说明了write.csv的用法，大家可以使用csv来存储自己的矩阵或者data.frame文件。
write.csv2和write.csv的不同
现在唯一看到的不同，就是write.csv2默认小数点的形式为“,”，而分隔符为“;”，这主要是因为在某些西欧国家使用这种形式，比如法国，所以这个可以函数对我们没有什么用处。
导出为txt格式
另外一个更为常用格式就是txt文件了，R中对应的txt文件函数为write.table，这个函数与write.csv有很多类似的地方，其实write.csv就是write.table的一个特例，所以很多内容在上面讲过了，就不再花时间写了。
还用data作为例子。
data <- matrix(sample(1:100,16),ncol = 4,dimnames = list(c(paste("sample",c(1:4))),c(paste("gene",c(1:4)))))
data## gene 1 gene 2 gene 3 gene 4
## sample 1 26 34 76 27
## sample 2 55 39 82 6
## sample 3 21 95 62 37
## sample 4 5 51 12 71write.table(x = data,file = "data.txt")可以看到生成了一个data.txt文件，
figure7
下面我们来讲解一下write.table的参数的含义
1. sep,如write.csv，默认为" “，可以设置为其他的，如”;“等。
2. quote,如write.csv。
3. dec,如write.csv。
3. col.names and row.names,如write.csv。
还有一些其他的参数，其实大部分情况下都用不到，所以就省去不讲了，可以看帮助文档或者上网查看。
导出为R文件格式
其实用R处理数据，另外一个更为常用的数据形式就是R文件格式，R文件的存储使用save函数，读取使用load函数，例如我们的data数据，
save(data, file="data")
#### 可以看到生成了一个没用任何后缀名的文件，这就是R文件，我们这时候如果删除现在工作空间的data
rm(list="data")
ls()## [1] "data2"#data数据已经删除
load("data")#导入存储的data R文件
ls()## [1] "data" "data2"data## gene 1 gene 2 gene 3 gene 4
## sample 1 26 34 76 27
## sample 2 55 39 82 6
## sample 3 21 95 62 37
## sample 4 5 51 12 71