# R语言基础知识-1

Abstract

这一期主要讲解R的基础知识，包括（1）R及其IDE的安装，（2）R的基本操作，（3）R中的数据类型，（4）R数据的读入和写出。通过这一期，希望我们可以学会怎么将数据读入到R中，以及在R中怎么操作这些数据，为下面画图，以及统计分析打好基础。 ## R语言及其IDE的安装 R可以在官网上直接下载安装，R官网地址为：http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/，下载最新版本的R，下载结束之后，直接安装即可。 IDE全称为integrate development environment，集成开发环境，它提供更为友好的编程界面，Rstudio是R语言最为流行和受欢迎的IDE，也是免费的，下载地址为：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/，直接选择相应的版本即可，下载之后安装。安装完R和Rstudio之后，打开Rstudio，就是我们以后以后经常要用到的界面了。Rstudio一共有4个窗口，默认布局为：左上角为source，主要是新建project以及file；左下角为console，主要是用来直接输入代码，以及显示代码运行结果，右上角为environment和history，主要是显示当前进程中的对象，以及显示console中代码的历史记录；右下角为展示框，主要用来展示画图结果，以及包的帮助文档。这些功能我们后面也会逐渐讲解。

R的基本操作

虽然R比较简单，但是毕竟是一门编程语言，因此还是使用的命令行交互，和我们平时使用的点击交互页面不太一样，等逐渐了解了之后，你会发现这种方式更加灵活以及强大。首先，我们先来讲解一下在R中的最基本的操作。一般来说，你可以直接在console（左下角）中输入语句来运行结果，R前面会有’>’提示你输入命令，比如我们输入

1+2

## [1] 3

下面就会给出结果3，你可以任意输入各种计算，比如乘法(*)，除法（/），次方（^n）等等，具体的运算符可以查找资料，或者搜索，都可以很方便的查到。因此，可以看到R语言可以作为一个计算器来使用了。 R中一个很重要的概念就是变量，什么是变量呢？还以我们上面那个作为例子，直接输入

1+2

## [1] 3

得到3，但是如果我们想把3存储起来呢？那么就需要给它起一个名字，称之为变量，比如

a <- 1+2

我们可以看到这时候并没有3出来，这是因为3被赋值给了a，a就是变量，而3就是a变量的内容，赋值操作使用’<-’这个符号。这时候，我们如果直接打出a，就会在console中打印出a的结果

## [1] 3

可以看到a的被打印出来值出来了。那么什么可以作为变量名呢？第一个字符必须是字母，不能是数字及其他字符，比如a123,a1234，都是正确的变量名，而1abc则不行。另外，注意R变量名区分大小写。

abc <- 1+2

这就是R的基本操作。

R的数据类型

那么R中的数据类型有哪些呢？还以上面的为例，

a <- 1+2
a

## [1] 3

可以看到a就是一个单独的数字，这个数字可以用来进行加减乘除等等操作，所以他就是数值型（numeric），可以使用class(a)来进行观察；

class(a)

## [1] "numeric"

那么相应的，既然有数值型，那么就会有字符串型，字符创在R中用“”括起来，比如，

a <- 1+3
a

## [1] 4

class(a)

## [1] "numeric"

a <- "3"
class(a)

## [1] "character"

b <- "jasper"
class(b)

## [1] "character"

可以看到原来是数值型的a如果用“”将3括起来，那么a就变成了字符型，而直接将“”括起来的jasper赋值给b，b就是字符型。R中还有因子(factor)等，但是用到的不多，我们就不在讲解了。另外，我们用到的更多的其实是向量(vector)，比如实际处理数据的时候，一个基因在10个样品中的表达量分别为1，2，3，4，5，6，7，8，9，10。那么在R中，就可以这样表示：

gene <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)
gene

##  [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

length(gene)

## [1] 10

class(gene)

## [1] "numeric"

这时候，gene就是一个vector,注意vector创建一定是使用c()来进行创建的。length函数是用来看这个vector的长度的，可以看到这个vector的长度为10。那么我们如果想从这个gene中减去某个gene怎么办呢？比如我们知道第一个样本中gene的表达量有问题，可以这样操作：

gene[1]

## [1] 1

gene[c(1,2,5)]

## [1] 1 2 5

gene[1:5]

## [1] 1 2 3 4 5

gene1 <- gene[-1]
gene1

## [1]  2  3  4  5  6  7  8  9 10

gene2 <- gene[-c(1,2,5)]
gene2 <- gene[-c(1:5)]
length(gene1)

## [1] 9

我们从gene中减去了第一个gene，用的是[-1]，中括号用来表示取vector的第几个，称之为index，索引。前面加上-代表减去这个元素，如果想除去多个，那么将索引使用向量表示，c(1,2,5)，如果是连续的，比如第一个到第五个元素，那么就可以使用c(1:5)这种形式来创建。