Instalacja środowiska R

Instalacja R-a

Ja mam zainstalowaną wersję MRO 3.2.3. Jest ona jednak tylko na 64 bitowe systemy. Poniższa procedura powinna umożliwić instalację analogicznego środowisika na systemie 32 bitowym.

Aby zachować zgdoność z wersją R-a stosowaną przeze mnie, proponuję ściągnąć wersję 3.2.3.

Druga kwestia dotyczy wersji stosowanych pakietów. Microsoft Open R prowadzi codzienne zrzuty z repozytorium pakietów R, o czym więcej można przeczytać na https://mran.microsoft.com/documents/rro/reproducibility/#timemachine. Ja, zgodnie z wersją 3.2.3, stosuję pakiety z pierwszego stycznia 2016. Można je znaleźć na tym repozytorium(trzeba zmienić datę).

Aby pakiety instalowały się automatycznie z tego repozytorium, należy w pliku z katalogu instalacji R-a, z lokalizacji:

[katalog R-a]/etc/Rprofile.site

dopisać fragment:

repos.date <- "2016-01-01"

if  (identical(.Platform$OS.type, "windows")) {
    options(download.file.method = "wininet")
} else {
    if (capabilities("libcurl")) {
       options(download.file.method = "libcurl")
    } else {
       options(download.file.method = "curl")
    }
}

if (.Platform$OS.type == "unix" && file.exists("/etc/issue") && (grepl("CentOS release 5", readLines("/etc/issue")[1]))) {
    warning("Warning: Packages will be downloaded using HTTP. See mran.revolutionanalytics.com/faq/#https for information on enabling secure package downloads.\n")
    options(download.file.method = "wget")
    options(repos = c(CRAN = paste("http://mran.revolutionanalytics.com/snapshot/",repos.date,sep=""))) 
} else if (.Platform$OS.type == "unix" && file.exists("/etc/issue") && (grepl("Welcome to SUSE Linux Enterprise Server 10", readLines("/etc/issue")[1]))) {
    warning("Warning: Packages will be downloaded using HTTP. See mran.revolutionanalytics.com/faq/#https for information on enabling secure package downloads.\n")
    options(download.file.method = "wget")
    options(repos = c(CRAN = paste("http://mran.revolutionanalytics.com/snapshot/",repos.date,sep="")))
} else if (.Platform$OS.type == "unix" && file.exists("/etc/issue") && (grepl("Welcome to SUSE Linux Enterprise Server 10", readLines("/etc/issue")[2]))) {
    warning("Warning: Packages will be downloaded using HTTP. See mran.revolutionanalytics.com/faq/#https for information on enabling secure package downloads.\n")
    options(download.file.method = "wget")
    options(repos = c(CRAN = paste("http://mran.revolutionanalytics.com/snapshot/",repos.date,sep="")))
} else {
    options(repos = c(CRAN = paste("https://mran.revolutionanalytics.com/snapshot/",repos.date,sep="")))
}

Procesu nie sprawdzałem, jak pojawią się jakieś problemy, spróbuję go odtworzyć u siebie na kompie.

RStudio

Ja jako GUI do R-a stosuję Eclise’a z R-owym pluginem. Jednak konfiguracja Eclpise’a może przysporzyć trochę kłopotów. Na ten moment najbardziej popularnym środowiskiem programistycznym dla R-a jest R-Studio. Można go zainstalować z tego miejsca.

Pakiet MDBinom

Kody źródłowe pakietu dostępne są na GitHub, w lokalizacji https://github.com/michaldanaj/MDBinom. Jest tam również skompilowana wersja pakietu na środowisu opisanym powyżej. Aby zainstalować wersję skompilowaną, należy ściągnąć całość pakietu z repozytorium GitHub poprzez kliknięcie na zielony przycisk Clone or download z prawej strony. W ściągniętym archiwum będzie się znajdowała aktualna skopilowana wersja pakietu w pliku MDBinom_5.1.2.zip. Należy ten plik wypakować i zainstalować go poprzez komendę

install.packages("ścieżka do pliku")

Aby sprawdzić, czy pakiet został zainstalowany, należy wpisać:

  libary(MDBinom)
  ?interactionsTest

Jeśli w oknie z helpem pojawi się opis funkcji, oznaczać to będzie że pakiet został zainstalowany poprawnie.