A Revolução "Ômica": novas ferramentas e novos desafios para os pesquisadores

20th August 2015 Departamento de Zootecnia da Universidade Federal do Ceará

• Genotipagem e sequenciamento

• Tecnologia (menos tempo e dinheiro)

• Projetos internacionais

• ferramentas bio-informáticas

1. Seleção genômica
2. GWAS: (estudo de associação genômica ampla)
3. teste de parentesco
4. testes defeitos recessivos

estimar o valor genético de um individuo com base nos genótipos de todos os marcadores associados com a caracteristica

vantagens

1. Predizer o valor genético sem a necessidade do teste de progênie
2. Selecionar os animais antes da idade produtiva e/ou reprodutiva
3. Diminuir custos
4. Maior acurácia dos valores genéticos

Identificar associações entre o fenótipo e os marcadores (SNPs)

as mutações causais estão na sequência completa…

…porém, sequenciar é caro!!

solução:

• sequenciar os principais touros
• reconstruir a sequencia dos animais a partir dos genótipos disponiveis

• conjunto completo de transcritos

• reflexo direto da expressão dos genes

• 2010 Medrano et al.:

  • RNA células somáticas vs RNA tecido mamário

• 2012 Wickramasinghe et al.:

  • RNA células somáticas em diferentes estágios de lactação

1. Caracterização do transcriptoma do tecido adiposo subcutâneo e intra-abdominal de vacas holstein em diferentes estágios de lactação
   • 10 vacas
   • 3 coletas:
     • parto
     • 30 dias
     • 90 dias

1. Caracterização do transcriptoma de semen de touros de alta e baixa fertilidade utilizando small-RNA.
   • MicroRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não-codantes
   • regulam a expressão de genes em nivel pós-transcricional
   • implicados na maioria das principais funções celulares (CÂNCER)
   • sub-projeto: Bos Indicus

• conjunto de proteinas expressas em uma célula ou tecido
• não é estático
  • pode se modificar dependendo das condiçoes

Os resultados obtidos dependem dos avanços tecnologicos que permitem a separação e a identificação das proteinas

• estresse em gado de leite

  • proteinas do leite (variações durante uma mastite)

• identificação precoce da mastite

  • proteinas do soro do leite

• estudo do patógeno durante uma infecção

  • Staphylococcus aureus principal agente etiológico patogênico de mastite bovina

• parasitologia:

  • parasito e hospedeiro

• produtos de origem animal:
  • ovos
    • efeito da temperatura de stocagem (4, 20 e 37 °C)
      • degradação da albumina
    • proteoma da cuticula
      
      • 47 proteinas, 2 com função antimicrobiana
  • leite
    • Detecção de Fraudes

• desafios
  • custos(Gen, Prot, Trans)

• desafios
  • custos(Gen, Prot, Trans)
  • objetivos
    • planejamento do experimento

• desafios
  • custos(Gen, Prot, Trans)
  • objetivos
  • aspectos bioinformáticos-estatásticos

• desafios
  • custos(Gen, Prot, Trans)
  • objetivos
  • aspectos bioinformáticos
  • colaborações internacionais