library( profr )
#assign( x="profrk",
# envir= .GlobalEnv,
profrk <- function( expr, delay=1, interval=.02, quiet ) {
profrk_marker <- function( expr ) {
eval( expr )
}
filter <- function( prof.out ) {
level.filter <- prof.out$level[ which( prof.out == 'profrk_marker' ) ] + 2
prof.out <- prof.out[ prof.out$level > level.filter, ]
time.offset <- min( prof.out$start )
prof.out$start <- prof.out$start - time.offset
prof.out$end <- prof.out$end - time.offset
prof.out
}
filter( profr( { Sys.sleep( delay ); profrk_marker( substitute( expr ) ) },
interval=interval,
quiet=quiet ) )
}
# )
render_markdown( strict = T )
pr <- profrk( example( quantile, setRNG=TRUE ),
delay=0.5,
interval=.002,
quiet=FALSE)
##
## quantl> quantile(x <- rnorm(1001)) # Extremes & Quartiles by default
## 0% 25% 50% 75% 100%
## -3.00805 -0.69732 -0.03473 0.68924 3.81028
##
## quantl> quantile(x, probs = c(0.1, 0.5, 1, 2, 5, 10, 50, NA)/100)
## 0.1% 0.5% 1% 2% 5% 10% 50%
## -2.99695 -2.59233 -2.42432 -2.24515 -1.72663 -1.33880 -0.03473 NA
##
## quantl> ### Compare different types
## quantl> p <- c(0.1, 0.5, 1, 2, 5, 10, 50)/100
##
## quantl> res <- matrix(as.numeric(NA), 9, 7)
##
## quantl> for(type in 1:9) res[type, ] <- y <- quantile(x, p, type = type)
##
## quantl> dimnames(res) <- list(1:9, names(y))
##
## quantl> round(res, 3)
## 0.1% 0.5% 1% 2% 5% 10% 50%
## 1 -2.997 -2.592 -2.424 -2.245 -1.727 -1.339 -0.035
## 2 -2.997 -2.592 -2.424 -2.245 -1.727 -1.339 -0.035
## 3 -3.008 -2.596 -2.433 -2.265 -1.733 -1.344 -0.036
## 4 -3.008 -2.596 -2.433 -2.264 -1.733 -1.344 -0.035
## 5 -3.002 -2.594 -2.428 -2.255 -1.730 -1.341 -0.035
## 6 -3.008 -2.596 -2.432 -2.264 -1.733 -1.343 -0.035
## 7 -2.997 -2.592 -2.424 -2.245 -1.727 -1.339 -0.035
## 8 -3.004 -2.595 -2.430 -2.258 -1.731 -1.342 -0.035
## 9 -3.004 -2.595 -2.429 -2.257 -1.730 -1.341 -0.035
plot( pr )
print( pr )
## f level time start end leaf source
## 38 example 30 0.162 0.000 0.162 FALSE utils
## 39 find.package 31 0.002 0.000 0.002 FALSE base
## 40 index.search 31 0.008 0.002 0.010 FALSE <NA>
## 41 tempfile 31 0.002 0.010 0.012 TRUE base
## 42 :: 31 0.002 0.012 0.014 FALSE base
## 43 <Anonymous> 31 0.098 0.014 0.112 FALSE <NA>
## 44 file.exists 31 0.002 0.112 0.114 TRUE base
## 45 lazyLoadDBfetch 31 0.002 0.114 0.116 TRUE base
## 46 :: 31 0.002 0.116 0.118 TRUE base
## 47 lazyLoadDBfetch 31 0.002 0.118 0.120 TRUE base
## 48 source 31 0.038 0.120 0.158 FALSE base
## 49 unlink 31 0.004 0.158 0.162 TRUE base
## 50 lazyLoadDBfetch 32 0.002 0.000 0.002 TRUE base
## 51 readRDS 32 0.002 0.002 0.004 FALSE base
## 52 file.exists 32 0.002 0.004 0.006 TRUE base
## 53 readRDS 32 0.004 0.006 0.010 TRUE base
## 54 getExportedValue 32 0.002 0.012 0.014 FALSE base
## 55 lazyLoadDBfetch 32 0.002 0.014 0.016 TRUE base
## 56 prepare_Rd 32 0.034 0.016 0.050 FALSE <NA>
## 57 RdTags 32 0.002 0.050 0.052 FALSE <NA>
## 58 of0 32 0.002 0.052 0.054 FALSE <NA>
## 59 .Rd_format_title 32 0.022 0.054 0.076 FALSE <NA>
## 60 of0 32 0.010 0.076 0.086 FALSE <NA>
## 61 render 32 0.024 0.086 0.110 FALSE <NA>
## 62 close 32 0.002 0.110 0.112 FALSE base
## 63 srcfilecopy 32 0.002 0.120 0.122 FALSE base
## 64 paste 32 0.002 0.122 0.124 FALSE base
## 65 withVisible 32 0.032 0.124 0.156 FALSE base
## 66 grep 32 0.002 0.156 0.158 TRUE base
## 67 gzfile 33 0.002 0.002 0.004 TRUE base
## 68 getInternalExportName 33 0.002 0.012 0.014 FALSE <NA>
## 69 .getHelpFile 33 0.028 0.016 0.044 FALSE <NA>
## 70 lazyLoadDBfetch 33 0.002 0.044 0.046 TRUE base
## 71 setDynamicFlags 33 0.002 0.046 0.048 FALSE <NA>
## 72 structure 33 0.002 0.048 0.050 TRUE base
## 73 sapply 33 0.002 0.050 0.052 FALSE base
## 74 of1 33 0.002 0.052 0.054 FALSE <NA>
## 75 gsub 33 0.022 0.054 0.076 FALSE base
## 76 of1 33 0.010 0.076 0.086 FALSE <NA>
## 77 of0 33 0.024 0.086 0.110 FALSE <NA>
## 78 close.connection 33 0.002 0.110 0.112 TRUE base
## 79 [ 33 0.002 0.120 0.122 FALSE base
## 80 rep.int 33 0.002 0.122 0.124 FALSE base
## 81 eval 33 0.032 0.124 0.156 FALSE base
## 82 get 34 0.002 0.012 0.014 FALSE base
## 83 <Anonymous> 34 0.028 0.016 0.044 FALSE <NA>
## 84 apply 34 0.002 0.046 0.048 FALSE base
## 85 lapply 34 0.002 0.050 0.052 TRUE base
## 86 WriteLines 34 0.002 0.052 0.054 TRUE <NA>
## 87 .Rd_get_title 34 0.020 0.054 0.074 FALSE <NA>
## 88 WriteLines 34 0.010 0.076 0.086 FALSE <NA>
## 89 of1 34 0.024 0.086 0.110 FALSE <NA>
## 90 [.data.frame 34 0.002 0.120 0.122 TRUE base
## 91 paste0 34 0.002 0.122 0.124 FALSE base
## 92 eval 34 0.032 0.124 0.156 FALSE base
## 93 lazyLoadDBfetch 35 0.002 0.012 0.014 TRUE base
## 94 lazyLoadDBexec 35 0.028 0.016 0.044 FALSE base
## 95 sapply 35 0.002 0.046 0.048 FALSE base
## 96 .Rd_get_section 35 0.002 0.054 0.056 FALSE <NA>
## 97 .Rd_get_text 35 0.018 0.056 0.074 FALSE <NA>
## 98 writeLines 35 0.010 0.076 0.086 FALSE base
## 99 WriteLines 35 0.024 0.086 0.110 FALSE <NA>
## 100 abbreviate 35 0.002 0.122 0.124 FALSE base
## 101 quantile 35 0.032 0.124 0.156 FALSE stats
## 102 readRDS 36 0.006 0.016 0.022 FALSE base
## 103 set 36 0.002 0.022 0.024 TRUE <NA>
## 104 fun 36 0.020 0.024 0.044 FALSE <NA>
## 105 lapply 36 0.002 0.046 0.048 FALSE base
## 106 RdTags 36 0.002 0.054 0.056 FALSE <NA>
## 107 lazyLoadDBfetch 36 0.002 0.056 0.058 FALSE base
## 108 tryCatch 36 0.016 0.058 0.074 FALSE base
## 109 paste0 36 0.010 0.076 0.086 FALSE base
## 110 writeLines 36 0.024 0.086 0.110 FALSE base
## 111 sub 36 0.002 0.122 0.124 TRUE base
## 112 lazyLoadDBfetch 36 0.002 0.124 0.126 TRUE base
## 113 quantile.default 36 0.030 0.126 0.156 FALSE stats
## 114 gzfile 37 0.002 0.016 0.018 TRUE base
## 115 close 37 0.002 0.020 0.022 TRUE base
## 116 fetch 37 0.020 0.024 0.044 TRUE <NA>
## 117 FUN 37 0.002 0.046 0.048 FALSE <NA>
## 118 sapply 37 0.002 0.054 0.056 FALSE base
## 119 <Anonymous> 37 0.002 0.056 0.058 TRUE <NA>
## 120 tryCatchList 37 0.016 0.058 0.074 FALSE <NA>
## 121 wr 37 0.010 0.076 0.086 FALSE <NA>
## 122 paste0 37 0.024 0.086 0.110 FALSE base
## 123 seq 37 0.002 0.126 0.128 FALSE base
## 124 paste 37 0.010 0.128 0.138 FALSE base
## 125 sort 37 0.002 0.138 0.140 FALSE base
## 126 paste 37 0.002 0.142 0.144 FALSE base
## 127 sort 37 0.002 0.144 0.146 TRUE base
## 128 paste 37 0.002 0.146 0.148 FALSE base
## 129 sort 37 0.002 0.148 0.150 TRUE base
## 130 getOption 37 0.002 0.150 0.152 FALSE base
## 131 paste 37 0.002 0.152 0.154 FALSE base
## 132 sort 37 0.002 0.154 0.156 FALSE base
## 133 <Anonymous> 38 0.006 0.034 0.040 FALSE <NA>
## 134 [[ 38 0.002 0.046 0.048 TRUE base
## 135 simplify2array 38 0.002 0.054 0.056 FALSE base
## 136 lazyLoadDBfetch 38 0.012 0.058 0.070 TRUE base
## 137 Rd2txt 38 0.004 0.070 0.074 FALSE <NA>
## 138 paste0 38 0.010 0.076 0.086 FALSE base
## 139 remap 38 0.024 0.086 0.110 FALSE <NA>
## 140 seq.default 38 0.002 0.126 0.128 FALSE base
## 141 lazyLoadDBfetch 38 0.008 0.128 0.136 TRUE base
## 142 formatC 38 0.002 0.136 0.138 TRUE base
## 143 sort.default 38 0.002 0.138 0.140 FALSE base
## 144 formatC 38 0.006 0.142 0.148 FALSE base
## 145 options 38 0.002 0.150 0.152 TRUE base
## 146 formatC 38 0.002 0.152 0.154 TRUE base
## 147 sort.default 38 0.002 0.154 0.156 FALSE base
## 148 getFromFrame 39 0.002 0.034 0.036 TRUE <NA>
## 149 existsInFrame 39 0.004 0.036 0.040 TRUE <NA>
## 150 unique 39 0.002 0.054 0.056 FALSE base
## 151 blankLine 39 0.004 0.070 0.074 FALSE <NA>
## 152 strwrap 39 0.010 0.076 0.086 FALSE base
## 153 psub 39 0.024 0.086 0.110 TRUE <NA>
## 154 lazyLoadDBfetch 39 0.002 0.126 0.128 TRUE base
## 155 sort.int 39 0.002 0.138 0.140 TRUE base
## 156 pmax 39 0.002 0.142 0.144 FALSE base
## 157 blank.chars 39 0.002 0.146 0.148 FALSE <NA>
## 158 sort.int 39 0.002 0.154 0.156 TRUE base
## 159 unlist 40 0.002 0.054 0.056 FALSE base
## 160 grepl 40 0.002 0.070 0.072 TRUE base
## 161 flushBuffer 40 0.002 0.072 0.074 FALSE <NA>
## 162 remap 40 0.004 0.076 0.080 FALSE <NA>
## 163 lapply 40 0.002 0.080 0.082 FALSE base
## 164 remap 40 0.002 0.082 0.084 FALSE <NA>
## 165 %in% 40 0.002 0.084 0.086 FALSE base
## 166 ifelse 40 0.002 0.142 0.144 TRUE base
## 167 vapply 40 0.002 0.146 0.148 FALSE base
## 168 lapply 41 0.002 0.054 0.056 TRUE base
## 169 strwrap 41 0.002 0.072 0.074 FALSE base
## 170 psub 41 0.004 0.076 0.080 TRUE <NA>
## 171 FUN 41 0.002 0.080 0.082 TRUE <NA>
## 172 psub 41 0.002 0.082 0.084 TRUE <NA>
## 173 match 41 0.002 0.084 0.086 FALSE base
## 174 FUN 41 0.002 0.146 0.148 FALSE <NA>
## 175 lapply 42 0.002 0.072 0.074 FALSE base
## 176 grep 42 0.002 0.084 0.086 TRUE base
## 177 paste 42 0.002 0.146 0.148 TRUE base
## 178 strsplit 43 0.002 0.072 0.074 TRUE base