Une étude fictive sur les FHV. L’analyse a été faite avec le logiciel R.

Le 19 Septembre 1976, le médecin chef de la région de Bumba au Nord du Zaïre (actuelle République Démocratique du Congo) a envoyé un message radio au Ministère de la Santé à Kinshasa afin de signaler une épidémie de maladie hautement létale. Depuis le 1er Septembre, 17 congolais et une missionnaire belge employée comme sage-femme à l’hôpital de la mission de Yambuku, (Yandongi) ont été atteints d’une maladie caractérisée par de la fièvre, des vomissements, des douteurs abdominales, une hématémèse et une diarrhée sanglante avec évolution rapide vers la mort. Le médecin chef a rapporté que l’épidémie s’étendait rapidement le long des routes partant de Yambuku

La région de Bumba est située au milieu du bassin du Zaïre. Environ 275 000 personnes vivent dans cette région où prédomine la forêt tropicale. Plus des trois-quarts des habitants vivent dans des villages dont la population n’excède pas 5 000 âmes et dont la plupart regroupent moins de 500 personnes. Les gens sont d’habiles chasseurs et sont exposés au contact de divers animaux sauvages

La dysenterie, le paludisme, la filariose, la rougeole, l’amibiase, la pneumonie, la tuberculose et les goitres comptent parmi tes maladies sévissant à l’état endémique dans la région.

Une équipe composée de microbiologistes et d’épidémiologistes du Ministère de la Santé, ainsi que de médecins de deux missions médicales internationales, fut envoyée sur place. Elle examina 32 nouvelles personnes qui avaient contracté la maladie et qui étaient hospitalisées à l’hôpital de Yambuku. La maladie se carctérisait par une température élevée supérieure à 39°C, des céphalées, une hémathémèse, une diarrhée sanglante, des douleurs rétrosternales et abdominales, des douleurs articulaires.

La date de fermeture n’est pas indiquée ici, mais sera détectée après analyse.

Courbe épidémique

Le graphique présente la courbe d’évolution du nombre de cas de fièvre hémorragique virale selon le temps. Elle a été représentée par le logiciel R avec le paquet ggplot2. La ligne en pointillé indique la fermeture de l’hôpital.

Il s’agit typiquement d’une épidémie à source commune pesistante.

D’après ce graphique on note une augmentation du nombre de cas qui atteint son pic le 25 septembre 1976. Ensuite une diminution rapide du nombre de cas de la maladie jusqu’a la fin de l’épidémie s’installe juste après le 25 Septembre. Cela s’expliquerait par une mesure qui consiste à fermer l’hôpital de Yambuku le 25 Septembre. Donc la dimution du nombre de cas serait due à la fermeture de l’hôpital. L’hôpital constituerait donc un amplificateur de cas résultant des mesures de prévention qui ne sont pas strictement respectées.

Analyse des facteurs de risque

L’hôpital de Yambuku fut établi par des missionnaires belges en 1935. Il est situé à environ 100 km au nord de Bumba et représente la principale source de soins pour 60.000 personnes de la collectivité de Yandongi et des collectivités voisines. En 1976, l’hôpital avait 120 lits et un personnel médical de 17 membres dont un assistant médical Zaïrois et trois religieuses belges qui faisaient office de sage-femmes et d’infirmières. Il y avait une importante consultation prénatale et obstétricale ainsi qu’une consultation externe de médecine générale au cours de laquelle 6.000 à 12.000 personnes par mois recevaient des soins.

Une étude cas-témoin fut entreprise afin de déterminer si le contact avec un cas et/ou avec l’hôpital de Yambuku était associé à l’apparition de la maladie. Les données furent obtenues pour chaque cas certain et probable ainsi que pour des témoins pris dans les mêmes familles.

La définition des expositions à l’hôpital et à un malade repose sur des critères précis qui ne sont pas disponibles.

## [1] "Cas"     "Témoins"
##                   Cas Témoins
## Contact hôpital + 128      26
## Contact hôpital-  190     292
## [1] "Contact malade +" "Contact malade -"
##                  Cas Témoins
## Contact malade + 192      30
## Contact malade - 126     288
##                                 var       est     lower     upper
## 1                    Inc risk ratio  2.108544  1.848566  2.405085
## 2                    Inc odds ratio  7.565992  4.778710 11.979014
## 3                 Attrib inc risk * 43.697796 36.346858 51.048734
## 4    Attrib fraction in exposed (%) 52.573911 45.809512 58.413852
## 5   Attrib inc risk in population * 10.580913  4.738620 16.423206
## 6 Attrib fraction in population (%) 21.161826 18.565417 23.920762
## 7                           E-value  3.637404  3.101016        NA
## $data
##                  Témoins Cas Total
## Contact hôpital-     292 190   482
## Contact hôpital+      26 128   154
## Total                318 318   636
## 
## $measure
##                         NA
## odds ratio with 95% C.I. estimate    lower    upper
##         Contact hôpital- 1.000000       NA       NA
##         Contact hôpital+ 7.509521 4.811432 12.12645
## 
## $p.value
##                   NA
## two-sided          midp.exact fisher.exact   chi.square
##   Contact hôpital-         NA           NA           NA
##   Contact hôpital+          0 4.448266e-22 3.671868e-21
## 
## $correction
## [1] FALSE
## 
## attr(,"method")
## [1] "median-unbiased estimate & mid-p exact CI"
## $data
##                  Témoins Cas Total
## Contact malade -     288 126   414
## Contact malade +      30 192   222
## Total                318 318   636
## 
## $measure
##                         NA
## odds ratio with 95% C.I. estimate    lower    upper
##         Contact malade -  1.00000       NA       NA
##         Contact malade + 14.50222 9.478563 22.85889
## 
## $p.value
##                   NA
## two-sided          midp.exact fisher.exact   chi.square
##   Contact malade -         NA           NA           NA
##   Contact malade +          0 3.693401e-44 2.159941e-41
## 
## $correction
## [1] FALSE
## 
## attr(,"method")
## [1] "median-unbiased estimate & mid-p exact CI"
Analyse des facteurs de risque
Variable Odds Ratio (OR) IC à 95%
Contact avec l’hôpital
  Contact hôpital+ 7.51 [4.81 - 12.13]
  Contact hôpital- 1.00 —
Contact avec malade
  Contact malade+ 14.50 [9.48 - 22.86]
  Contact malade- 1.00 —

D’après l’analyse, on retient que :

  • les cas ont une cote d’exposition à l’hôpital 7.51 fois plus élevée que chez les témoins.

  • l’intervalle de confiance exclut 1. Donc il existe une association statistiquement significative. Le contact avec l’hôpital est donc un facteur de risque.

  • les cas ont une cote d’exposition au malade 14.50 fois plus élévée que chez les témoins.

  • l’intervalle de confiance exclut 1. Donc il existe une association statistiquement significative. Le contact avec un malade est donc un facteur de risque.

NB : Bien que cette analyse s’appuie sur des données historiques réelles de l’épidémie d’Ebola de 1976 au Zaïre, les simulations, modèles et exercices statistiques présentés ici ont été réalisés dans un but strictement pédagogique et fictif. Les interprétations et résultats de cette étude de cas ne doivent pas être utilisés comme des références scientifiques ou épidémiologiques officielles.