setwd("C:/Users/Kaitlyn/Downloads/Data")tab1<-read.delim("PUDF_base1_1q2020_tab.txt")View(tab1)summary(tab1$DISCHARGE)## Length N.unique N.blank Min.nchar Max.nchar
## 774322 2 0 6 6hist(tab1$LENGTH_OF_STAY)
library(dplyr)##
## Attaching package: 'dplyr'## The following objects are masked from 'package:stats':
##
## filter, lag## The following objects are masked from 'package:base':
##
## intersect, setdiff, setequal, unionlibrary(ggplot2)head(tab1)## RECORD_ID DISCHARGE THCIC_ID TYPE_OF_ADMISSION SOURCE_OF_ADMISSION
## 1 1.202e+11 2020Q1 873800 3 4
## 2 1.202e+11 2020Q1 873800 3 4
## 3 1.202e+11 2020Q1 873800 3 4
## 4 1.202e+11 2020Q1 873800 3 4
## 5 1.202e+11 2020Q1 873800 3 4
## 6 1.202e+11 2020Q1 873800 3 4
## SPEC_UNIT_1 SPEC_UNIT_2 SPEC_UNIT_3 SPEC_UNIT_4 SPEC_UNIT_5 PAT_STATE PAT_ZIP
## 1 R NA NA TX 76126
## 2 R NA NA TX 76135
## 3 R NA NA TX 76133
## 4 R NA NA TX 76009
## 5 R NA NA TX 76645
## 6 R NA NA TX 76126
## PAT_COUNTRY PAT_COUNTY PUBLIC_HEALTH_REGION PAT_STATUS SEX_CODE RACE
## 1 US 439 3 03 F 4
## 2 US 439 3 06 F 4
## 3 US 439 3 06 F 4
## 4 US 251 3 06 F 4
## 5 US 217 7 02 F 4
## 6 US 439 3 03 M 4
## ETHNICITY ADMIT_WEEKDAY LENGTH_OF_STAY PAT_AGE FIRST_PAYMENT_SRC
## 1 2 4 21 17 MA
## 2 2 3 22 18 MA
## 3 2 3 24 18 MA
## 4 2 4 26 12 CI
## 5 2 5 28 13 CI
## 6 1 4 13 16 MA
## SECONDARY_PAYMENT_SRC TYPE_OF_BILL TOTAL_CHARGES TOTAL_NON_COV_CHARGES
## 1 CI 111 58909.71 0
## 2 CI 111 90006.28 0
## 3 MA 111 64226.09 0
## 4 MC 111 88155.41 0
## 5 111 91911.32 0
## 6 111 33299.01 0
## TOTAL_CHARGES_ACCOMM TOTAL_NON_COV_CHARGES_ACCOMM TOTAL_CHARGES_ANCIL
## 1 35089.32 0 23820.39
## 2 36760.24 0 53246.04
## 3 40102.08 0 24124.01
## 4 43443.92 0 44711.49
## 5 46785.76 0 45125.56
## 6 21721.96 0 11577.05
## TOTAL_NON_COV_CHARGES_ANCIL ADMITTING_DIAGNOSIS PRINC_DIAG_CODE
## 1 0 G7281 G7281
## 2 0 N3020 N3020
## 3 0 I69351 I69351
## 4 0 G9341 G9341
## 5 0 I69354 I69354
## 6 0 Z4789 S72042D
## POA_PRINC_DIAG_CODE OTH_DIAG_CODE_1 POA_OTH_DIAG_CODE_1 OTH_DIAG_CODE_2
## 1 Y G6281 Y I480
## 2 Y E1121 Y Z992
## 3 I69320 I69391
## 4 Y I5023 Y E1142
## 5 I69391 I63511
## 6 Z96642 Y E1165
## POA_OTH_DIAG_CODE_2 OTH_DIAG_CODE_3 POA_OTH_DIAG_CODE_3 OTH_DIAG_CODE_4
## 1 Y K632 Y G8918
## 2 N186 Y B3749
## 3 I63511 Y I728
## 4 Y E6601 Y E11621
## 5 Y E1121 Y I69392
## 6 Y N183 Y G8918
## POA_OTH_DIAG_CODE_4 OTH_DIAG_CODE_5 POA_OTH_DIAG_CODE_5 OTH_DIAG_CODE_6
## 1 Y G8929 Y D62
## 2 Y D801 Y D696
## 3 Y I10 Y E785
## 4 Y I82411 Y I2699
## 5 H5111 Y H53452
## 6 Y I429 Y I5021
## POA_OTH_DIAG_CODE_6 OTH_DIAG_CODE_7 POA_OTH_DIAG_CODE_7 OTH_DIAG_CODE_8
## 1 Y D638 Y F3289
## 2 Y I10 Y E785
## 3 Y K5900 Y Z431
## 4 Y E785 I82519
## 5 Y R41842 Y N390
## 6 Y I10 Y H50112
## POA_OTH_DIAG_CODE_8 OTH_DIAG_CODE_9 POA_OTH_DIAG_CODE_9 OTH_DIAG_CODE_10
## 1 Y F411 Y E43
## 2 Y K5900 Y D638
## 3 Z8673
## 4 Y J9611 Y I10
## 5 Y N189 Y I10
## 6 Y K219 Y I2720
## POA_OTH_DIAG_CODE_10 OTH_DIAG_CODE_11 POA_OTH_DIAG_CODE_11 OTH_DIAG_CODE_12
## 1 Y E871 Y N390
## 2 Y E039 Y I4820
## 3
## 4 Y R110 N Z4801
## 5 Y Z940 R339
## 6 Y R001 N
## POA_OTH_DIAG_CODE_12 OTH_DIAG_CODE_13 POA_OTH_DIAG_CODE_13 OTH_DIAG_CODE_14
## 1 N R066 N Z932
## 2 Y I509 Y C8590
## 3
## 4 Z6835
## 5 Y F419 Y R0683
## 6
## POA_OTH_DIAG_CODE_14 OTH_DIAG_CODE_15 POA_OTH_DIAG_CODE_15 OTH_DIAG_CODE_16
## 1 Z9049 Z87440
## 2 Y J449 Y I951
## 3
## 4
## 5 Y R392 N R4182
## 6
## POA_OTH_DIAG_CODE_16 OTH_DIAG_CODE_17 POA_OTH_DIAG_CODE_17 OTH_DIAG_CODE_18
## 1 Z4803
## 2 Y J069 N
## 3
## 4
## 5 N L270 N T446X5A
## 6
## POA_OTH_DIAG_CODE_18 OTH_DIAG_CODE_19 POA_OTH_DIAG_CODE_19 OTH_DIAG_CODE_20
## 1
## 2
## 3
## 4
## 5 N B952 Y E8889
## 6
## POA_OTH_DIAG_CODE_20 OTH_DIAG_CODE_21 POA_OTH_DIAG_CODE_21 OTH_DIAG_CODE_22
## 1
## 2
## 3
## 4
## 5 Y
## 6
## POA_OTH_DIAG_CODE_22 OTH_DIAG_CODE_23 POA_OTH_DIAG_CODE_23 OTH_DIAG_CODE_24
## 1
## 2
## 3
## 4
## 5
## 6
## POA_OTH_DIAG_CODE_24 E_CODE_1 POA_E_CODE_1 E_CODE_2 POA_E_CODE_2 E_CODE_3
## 1
## 2
## 3
## 4
## 5
## 6
## POA_E_CODE_3 E_CODE_4 POA_E_CODE_4 E_CODE_5 POA_E_CODE_5 E_CODE_6
## 1
## 2
## 3
## 4
## 5
## 6
## POA_E_CODE_6 E_CODE_7 POA_E_CODE_7 E_CODE_8 POA_E_CODE_8 E_CODE_9
## 1
## 2
## 3
## 4
## 5
## 6
## POA_E_CODE_9 E_CODE_10 POA_E_CODE_10 PRINC_SURG_PROC_CODE PRINC_SURG_PROC_DAY
## 1 0W9F3ZZ +006
## 2
## 3
## 4
## 5
## 6
## OTH_SURG_PROC_CODE_1 OTH_SURG_PROC_DAY_1 OTH_SURG_PROC_CODE_2
## 1
## 2
## 3
## 4
## 5
## 6
## OTH_SURG_PROC_DAY_2 OTH_SURG_PROC_CODE_3 OTH_SURG_PROC_DAY_3
## 1 NA
## 2 NA
## 3 NA
## 4 NA
## 5 NA
## 6 NA
## OTH_SURG_PROC_CODE_4 OTH_SURG_PROC_DAY_4 OTH_SURG_PROC_CODE_5
## 1 NA
## 2 NA
## 3 NA
## 4 NA
## 5 NA
## 6 NA
## OTH_SURG_PROC_DAY_5 OTH_SURG_PROC_CODE_6 OTH_SURG_PROC_DAY_6
## 1 NA NA
## 2 NA NA
## 3 NA NA
## 4 NA NA
## 5 NA NA
## 6 NA NA
## OTH_SURG_PROC_CODE_7 OTH_SURG_PROC_DAY_7 OTH_SURG_PROC_CODE_8
## 1 NA
## 2 NA
## 3 NA
## 4 NA
## 5 NA
## 6 NA
## OTH_SURG_PROC_DAY_8 OTH_SURG_PROC_CODE_9 OTH_SURG_PROC_DAY_9
## 1 NA NA
## 2 NA NA
## 3 NA NA
## 4 NA NA
## 5 NA NA
## 6 NA NA
## OTH_SURG_PROC_CODE_10 OTH_SURG_PROC_DAY_10 OTH_SURG_PROC_CODE_11
## 1 NA
## 2 NA
## 3 NA
## 4 NA
## 5 NA
## 6 NA
## OTH_SURG_PROC_DAY_11 OTH_SURG_PROC_CODE_12 OTH_SURG_PROC_DAY_12
## 1 NA NA
## 2 NA NA
## 3 NA NA
## 4 NA NA
## 5 NA NA
## 6 NA NA
## OTH_SURG_PROC_CODE_13 OTH_SURG_PROC_DAY_13 OTH_SURG_PROC_CODE_14
## 1 NA
## 2 NA
## 3 NA
## 4 NA
## 5 NA
## 6 NA
## OTH_SURG_PROC_DAY_14 OTH_SURG_PROC_CODE_15 OTH_SURG_PROC_DAY_15
## 1 NA NA
## 2 NA NA
## 3 NA NA
## 4 NA NA
## 5 NA NA
## 6 NA NA
## OTH_SURG_PROC_CODE_16 OTH_SURG_PROC_DAY_16 OTH_SURG_PROC_CODE_17
## 1 NA
## 2 NA
## 3 NA
## 4 NA
## 5 NA
## 6 NA
## OTH_SURG_PROC_DAY_17 OTH_SURG_PROC_CODE_18 OTH_SURG_PROC_DAY_18
## 1 NA NA
## 2 NA NA
## 3 NA NA
## 4 NA NA
## 5 NA NA
## 6 NA NA
## OTH_SURG_PROC_CODE_19 OTH_SURG_PROC_DAY_19 OTH_SURG_PROC_CODE_20
## 1 NA
## 2 NA
## 3 NA
## 4 NA
## 5 NA
## 6 NA
## OTH_SURG_PROC_DAY_20 OTH_SURG_PROC_CODE_21 OTH_SURG_PROC_DAY_21
## 1 NA NA
## 2 NA NA
## 3 NA NA
## 4 NA NA
## 5 NA NA
## 6 NA NA
## OTH_SURG_PROC_CODE_22 OTH_SURG_PROC_DAY_22 OTH_SURG_PROC_CODE_23
## 1 NA
## 2 NA
## 3 NA
## 4 NA
## 5 NA
## 6 NA
## OTH_SURG_PROC_DAY_23 OTH_SURG_PROC_CODE_24 OTH_SURG_PROC_DAY_24 MS_MDC MS_DRG
## 1 NA NA 1 91
## 2 NA NA 11 689
## 3 NA NA 1 56
## 4 NA NA 1 70
## 5 NA NA 1 56
## 6 NA NA 8 559
## MS_GROUPER_VERSION_NBR MS_GROUPER_ERROR_CODE APR_MDC APR_DRG RISK_MORTALITY
## 1 1370 0 1 58 3
## 2 1370 0 11 463 3
## 3 1370 0 1 58 3
## 4 1370 0 1 52 4
## 5 1370 0 1 58 3
## 6 1370 0 23 862 3
## ILLNESS_SEVERITY APR_GROUPER_VERSION_NBR APR_GROUPER_ERROR_CODE
## 1 4 7370 0
## 2 3 7370 0
## 3 3 7370 0
## 4 4 7370 0
## 5 3 7370 0
## 6 3 7370 0
## ATTENDING_PHYSICIAN_UNIF_ID OPERATING_PHYSICIAN_UNIF_ID ENCOUNTER_INDICATOR
## 1 1e+10 1e+10 1
## 2 1e+10 NA 1
## 3 1e+10 NA 1
## 4 1e+10 NA 1
## 5 1e+10 NA 1
## 6 1e+10 NA 1
## PROVIDER_NAME EMERGENCY_DEPT_FLAG X
## 1 Baylor Scott & White Institute for Rehab-Fort Worth N NA
## 2 Baylor Scott & White Institute for Rehab-Fort Worth N NA
## 3 Baylor Scott & White Institute for Rehab-Fort Worth N NA
## 4 Baylor Scott & White Institute for Rehab-Fort Worth N NA
## 5 Baylor Scott & White Institute for Rehab-Fort Worth N NA
## 6 Baylor Scott & White Institute for Rehab-Fort Worth N NAggplot(data = tab1, aes(x = TOTAL_CHARGES_ANCIL, y = LENGTH_OF_STAY)) + geom_point()## Warning: Removed 1 row containing missing values or values outside the scale range
## (`geom_point()`).
cor(tab1$LENGTH_OF_STAY,tab1$TOTAL_CHARGES_ANCIL)## [1] NALOS<-na.omit (tab1$LENGTH_OF_STAY)
TCA<-na.omit (tab1$TOTAL_CHARGES_ANCIL)cor(LOS, TCA) threw an error so I used AI to get the code below
tab_clean <- tab1[complete.cases(tab1$LENGTH_OF_STAY, tab1$TOTAL_CHARGES_ANCIL), ]
cor(tab_clean$LENGTH_OF_STAY, tab_clean$TOTAL_CHARGES_ANCIL)## [1] 0.2026408