1. Objetivo del informe

El presente documento tiene como finalidad detallar paso a paso la metodología de procesamiento de los datos genómicos del estudio.

Inicialmente se construyeron y remitieron los siguientes insumos para el procesamiento bioinformático:

Variantes puntuales de riesgo:

Listado de Polimorfismos de Nucleótido Único (SNPs) específicos, reportados por la literatura como factores de riesgo para COVID-19 severo.

Gen rsID Alelo/Genotipo Riesgo Alelo Protección Cromosoma Posición Ref Alt Coordenada HGVS
TYK2 rs74956615 A No reportado chr19 10317045 T A chr19-10317045 T>A
SLC6A20 rs2271616 T No reportado chr3 45796521 G T chr3-45796521 G>T
LZTFL1 rs10490770 C No reportado chr3 45823240 T C chr3-45823240 T>C
FOXP4 rs1886814 C No reportado chr6 41534945 A C chr6-41534945 A>C
DPP9 rs2109069 A No reportado chr19 4719431 G A chr19-4719431 G>A
KANSL1 rs1819040 T A chr17 46142465 T A chr17-46142465 T>A
PPP1R15A rs4801778 No reportado A chr19 48867352 G T chr19-48867352 G>T
SLC2A5 rs2478868 No reportado A chr1 9067157 C A chr1-9067157 C>A
JAK1 rs12046291 A No reportado chr1 64948270 A G chr1-64948270 A>G
AK5 rs71658797 A No reportado chr1 77501822 T A chr1-77501822 T>A
EFNA4 rs114301457 T No reportado chr1 155066988 C T chr1-155066988 C>T
TRIM46 rs7528026 A No reportado chr1 155175305 G A chr1-155175305 G>A
THBS3 rs41264915 A No reportado chr1 155197995 A G chr1-155197995 A>G
HCN3 rs11264349 No reportado A chr1 155278322 A G/T/C chr1-155278322 A>G/T/C
BCL11A rs1123573 A No reportado chr2 60480453 A G chr2-60480453 A>G
LZTFL1 rs17713054 A No reportado chr3 45818159 G A chr3-45818159 G>A
LZTFL1 rs35482426 No reportado CTT chr3 45873093 CTT C chr3-45873093 CTT>C
NXPE3 rs11706494 A No reportado chr3 101790631 A G/T/C chr3-101790631 A>G/T/C
PLSCR1 rs343314 T No reportado chr3 146522652 C T chr3-146522652 C>T
ANAPC4 rs7664615 A No reportado chr4 25446871 A G/T chr4-25446871 A>G/T
ARHGEF38 rs72670002 A No reportado chr4 105673359 G A chr4-105673359 G>A
SPOCK3-ANXA10 rs1073165 A No reportado chr4 167824478 A G chr4-167824478 A>G
IRF1-AS1 (CARINH) rs2269821 A No reportado chr5 132422622 A C/T/G chr5-132422622 A>C/T/G
CCHCR1 rs111837807 No reportado T chr6 31153455 T C chr6-31153455 T>C
LTA rs2071590 A No reportado chr6 31571991 A G chr6-31571991 A>G
FOXP4 rs41435745 C No reportado chr6 41522644 G C chr6-41522644 G>C
HIP1 rs1179620 No reportado T chr7 75623396 T C chr7-75623396 T>C
ZKSCAN1 rs2897075 T No reportado chr7 100032719 C T chr7-100032719 C>T
RAB2A rs13276831 T No reportado chr8 60532539 C T chr8-60532539 C>T
IFNA10 rs28368148 No reportado C chr9 21206606 C G chr9-21206606 C>G
AQP3 rs60840586 G No reportado chr9 33425186 GTAAC G chr9-33425186 GTAAC>G
ABO rs550057 (ex rs879055593) T No reportado chr9 133271182 T C/A chr9-133271182 T>C/A
SFTPD rs721917 No reportado A chr10 79946568 A G chr10-79946568 A>G
MUC5B rs35705950 No reportado T chr11 1219991 G T chr11-1219991 G>T
ELF5 rs61882275 No reportado A chr11 34482745 G A chr11-34482745 G>A
OAS1 rs2660 A No reportado chr12 112919637 G A chr12-112919637 G>A
FBRSL1 rs11614702 A No reportado chr12 132481571 G A chr12-132481571 G>A
ATP11A rs12585036 T No reportado chr13 112881427 C T chr13-112881427 C>T
SLC22A31 rs117169628 A No reportado chr16 89196249 G A chr16-89196249 G>A
PSMD3 rs12941811 No reportado T chr17 40003082 T A/C chr17-40003082 T>A/C
KANSL1 rs8080583 No reportado A chr17 46085231 C A chr17-46085231 C>A
TAC4 rs77534576 T No reportado chr17 49863303 C T chr17-49863303 C>T
DPP9 rs12610495 G A chr19 4717660 A G chr19-4717660 A>G
TYK2 rs34536443 C No reportado chr19 10352442 G C chr19-10352442 G>C
PDE4A rs142770866 A No reportado chr19 10414696 G A chr19-10414696 G>A
FUT2 rs516246 No reportado T chr19 48702915 C T chr19-48702915 C>T
NR1H2 rs35463555 A No reportado chr19 50374423 G A chr19-50374423 G>A
CASC20 rs2326788 No reportado A chr20 6489447 G A chr20-6489447 G>A
IFNAR2 rs188401375 No reportado C chr21 33229937 C T/A/G chr21-33229937 C>T/A/G
IFNAR2 rs9636867 No reportado A chr21 33237639 A G chr21-33237639 A>G
IL10RB rs8178521 T No reportado chr21 33287378 C T chr21-33287378 C>T
ATP5PO rs76608815 T No reportado chr21 33980963 C T chr21-33980963 C>T
TMPRSS2 rs915823 A No reportado chr21 41479527 A C chr21-41479527 A>C
ACE2 rs35697037 A No reportado chrX 15523993 G A chrX-15523993 G>A
FOXP4-AS1 rs4714474 A No reportado chr6 41535823 G A chr6-41535823 G>A
LZTFL1 rs35731912 T No reportado chr3 45848457 C T chr3-45848457 C>T
UNC13C rs78173596 C No reportado chr15 54131608 T C chr15-54131608 T>C
SORCS1 rs17122332 No reportado G chr10 107238146 A G chr10-107238146 A>G
MRAS rs1199346 No reportado A chr3 138353967 G A chr3-138353967 G>A
SLC6A20 rs17763742 G No reportado chr3 45805277 A G chr3-45805277 A>G
FOXP4-AS1 rs2496646 No reportado C chr6 41515629 T C chr6-41515629 T>C
IFNAR2 rs2834164 No reportado C chr21 33249643 A C chr21-33249643 A>C
PRKAR2B rs79973703 No reportado No reportado chr7 107127037 G A/T chr7-107127037 G>A/T
LZTFL1 rs11385942 GA (Ins) / Alt WT (Wild Type) chr3 45834967 G GA chr3-45834967 G>GA
ABO rs657152 A No reportado chr9 133263862 A T/C chr9-133263862 A>T/C
ABO rs687289 A No reportado chr9 133261703 A G/C chr9-133261703 A>G/C
FREM1 rs7023573 A No reportado chr9 14754866 A T/G chr9-14754866 A>T/G
MAPT rs8065800 G No reportado chr17 45933112 G A/T chr17-45933112 G>A/T
PCDH7 rs12512667 No reportado C chr4 30946048 T C chr4-30946048 T>C
OLFM4 rs111671068 C No reportado chr13 55031860 T C chr13-55031860 T>C
ABO rs550057 T No reportado chr9 133271182 T C/A chr9-133271182 T>C/A
PTPRM rs17565758 C No reportado chr18 7897309 A C chr18-7897309 A>C
IFNAR2 rs2834161 C No reportado chr21 33247902 C T chr21-33247902 C>T
NAPSA rs1405655 C No reportado chr19 50379362 T C chr19-50379362 T>C
LZTFL1 rs35044562 G No reportado chr3 45867532 A G chr3-45867532 A>G
FOXP4-AS1 rs1853837 A No reportado chr6 41529297 C A chr6-41529297 C>A
ABO rs8176719 TC T chr9 133257521 T TC chr9-133257521 T>TC
MEF2B rs74490654 G No reportado chr19 19163581 C G chr19-19163581 C>G
TLR7 rs179008 T No reportado chrX 12885540 A T chrX-12885540 A>T
TLR7 rs179009 G No reportado chrX 12885361 A G chrX-12885361 A>G
TLR7 rs3853839 G No reportado chrX 12889539 C G chrX-12889539 C>G
ACE2 rs1849863 C No reportado chrX 15718122 T C chrX-15718122 T>C
ACE2 rs143380244 Alelos altos de ACE2 No reportado chrX 15427770 C T chrX-15427770 C>T
ACE2 rs73202884 Alelos altos de ACE2 No reportado chrX 15961704 G A chrX-15961704 G>A
ACE2 rs4830984 No reportado No reportado chrX 15682995 C G/T chrX-15682995 C>G/T
LZTFL1 rs35081325 A No reportado chr3 45848429 A T chr3-45848429 A>T
VSTM2A rs622568 A No reportado chr7 54580201 A C chr7-54580201 A>C
ABO rs582118 (ex rs950088295) No reportado G chr9 133270061 G A/C chr9-133270061 G>A/C
IFNAR2 rs13050728 T No reportado chr21 33242905 T A/C chr21-33242905 T>A/C
TMPRSS2 rs12329760 T (A en algunos art.) No reportado chr21 41480570 C T chr21-41480570 C>T
APOE rs429358 E4 No reportado chr19 44908684 T C chr19-44908684 T>C
AT1R (AGTR1) rs5186 C A chr3 148742201 A C chr3-148742201 A>C
IFITM3 rs12252 C / CC T / TT chr11 320772 A G chr11-320772 A>G
ACE2 rs2285666 G / GG / AA A / GA chrX 15592225 C T chrX-15592225 C>T
ACE2 rs2106809 GG AG chrX 15599938 A G chrX-15599938 A>G
ACE2 rs2074192 TT CT chrX 15564667 C T chrX-15564667 C>T
TNFA (TNF) rs1800629 AA / GG GA chr6 31575254 G A chr6-31575254 G>A
ACE2 rs4646174 GG CG chrX 15570148 C G chrX-15570148 C>G
ACE2 rs4646156 TT AT chrX 15578920 A T chrX-15578920 A>T
ACE2 rs2158083 TT TC chrX 15590263 C T chrX-15590263 C>T
IFNAR2 rs2236757 A No reportado chr21 33252612 A G chr21-33252612 A>G
IFNAR2 rs9976829 G No reportado chr21 33242529 G A chr21-33242529 G>A
IFNAR2 rs2834158 TC, CC No reportado chr21 33244908 T C chr21-33244908 T>C
IFNAR2 rs3153 AG, GG No reportado chr21 33237200 G A chr21-33237200 G>A
IFNAR2 rs17860118 T No reportado chr21 33230489 G T chr21-33230489 G>T
IFNAR2 rs2229207 C No reportado chr21 33241945 T C chr21-33241945 T>C
AKT1 rs2494746 C No reportado chr14 104791382 C G chr14-104791382 C>G
VDR rs2228570 ff / Ff FF chr12 47879112 A G chr12-47879112 A>G
VDR rs11568820 c / TT / CC C chr12 47908762 C T chr12-47908762 C>T
VDR rs4516035 ee EE chr12 47906043 T C chr12-47906043 T>C
VDR rs1544410 bb / Bb BB chr12 47846052 C T chr12-47846052 C>T
VDR rs757343 u U chr12 47845892 C T chr12-47845892 C>T
VDR rs731236 TT Tt / tt chr12 47844974 A G chr12-47844974 A>G
VDR rs7975232 AA Aa / aa chr12 47845054 C A chr12-47845054 C>A
CCL2 rs1024611 G / GG AA / AG chr17 34252769 A G chr17-34252769 A>G
OAS1 rs10774671 G No reportado chr12 112919388 G A/C chr12-112919388 G>A/C
DPP9 rs10406145 CC / GG No reportado chr19 4692342 G C chr19-4692342 G>C
LZTFL1 rs73064425 T / CT No reportado chr3 45859597 C T chr3-45859597 C>T
FURIN rs4702 AG / GG No reportado chr15 90883330 G A chr15-90883330 G>A
NOTCH4 rs3131294 A No reportado chr6 32212369 A C/G/T chr6-32212369 A>C/G/T
APOE rs7412 T No reportado chr19 44908822 C T chr19-44908822 C>T
CCR3 rs35775079 T No reportado chr3 46220620 C T chr3-46220620 C>T
ATP11A rs9577175 T No reportado chr13 112889041 C T chr13-112889041 C>T
RBBP5-DSTYK-TMCC2 rs11240388 G No reportado chr1 205208489 G A/T/C chr1-205208489 G>A/T/C
SRBD1 rs7568555 No reportado C chr2 45584979 T C chr2-45584979 T>C
SLC34A2 rs11732914 A No reportado chr4 25613313 G A chr4-25613313 G>A
GUSBP1-CDH12 rs13164873 A No reportado chr5 21768177 G A chr5-21768177 G>A
PIP4K2A rs61851728 No reportado C chr10 22439346 T C chr10-22439346 T>C
CCR5 rs333 (∆32) WT Del (∆32) chr3 46373452 TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG T chr3-46373452 TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG>T
ACE1 rs1799752 D / DD I / II chr17 63488529 T TATACAGTCACTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCC chr17-63488529 T>TATACAGTCACTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCC

Mapeo de bloques genómicos (Regiones de búsqueda)

Listado de 74 regiones completas que funcionó como mapa de navegación para indicar en qué coordenadas exactas del exoma humano se debía enfocar la búsqueda.

Gen Región Genómica Gen Región Genómica
TYK2 chr19:10350533-10380572 SLC6A20 chr3:45755449-45796536
LZTFL1 chr3:45823316-45915724 FOXP4 chr6:41546381-41602384
DPP9 chr19:4675227-4723842 KANSL1 chr17:46029916-46225367
PPP1R15A chr19:48872421-48876058 SLC2A5 chr1:9035106-9094195
JAK1 chr1:64833229-65067746 AK5 chr1:77282019-77559966
EFNA4 chr1:155063740-155069553 TRIM46 chr1:155173849-155184971
THBS3 chr1:155195588-155209178 HCN3 chr1:155277463-155289848
BCL11A chr2:60450520-60553924 NXPE3 chr3:101779211-101828231
PLSCR1 chr3:146515180-146544607 ANAPC4 chr4:25377263-25418498
IRF1-AS1 chr5:132410929-132476044 CCHCR1 chr6:31142439-31158197
LTA chr6:31560610-31574324 HIP1 chr7:75533298-75738941
ZKSCAN1 chr7:100015596-100045374 RAB2A chr8:60516910-60623644
IFNA10 chr9:21206181-21207143 AQP3 chr9:33441160-33447593
ABO chr9:133250401-133275201 SFTPD chr10:79937740-79982383
MUC5B chr11:1223066-1262172 ELF5 chr11:34478791-34513794
TAC4 chr17:49838300-49848069 PDE4A chr19:10416773-10469631
FUT2 chr19:48695971-48705951 NR1H2 chr19:50376457-50383388
CASC20 chr20:6426732-6528459 IFNAR2 chr21:33229938-33265664
IL10RB chr21:33266367-33310182 ATP5PO chr21:33903453-33915804
TMPRSS2 chr21:41464305-41508158 ACE2 chrX:15518197-15607211
FOXP4-AS1 chr6:41523895-41548621 UNC13C chr15:53837602-54633440
SORCS1 chr10:106573663-107181138 MRAS chr3:138347648-138405535
PRKAR2B chr7:107044705-107161811 FREM1 chr9:14737152-14910995
MAPT chr17:45894554-46028334 PCDH7 chr4:30720369-31146800
OLFM4 chr13:53028813-53052057 PTPRM chr18:7567316-8406856
NAPSA chr19:50358477-50369302 MEF2B chr19:19145567-19170263
TLR7 chrX:12867072-12890361 VSTM2A chr7:54542375-54571067
APOE chr19:44905796-44909393 AT1R chr3:148697903-148743003
IFITM3 chr11:319676-320860 TNFA chr6:31575565-31578336
AKT1 chr14:104769349-104795748 VDR chr12:47841537-47904994
CCL2 chr17:34255285-34257203 FURIN chr15:90868588-90883457
NOTCH4 chr6:32194843-32224067 CCR3 chr3:46210696-46266706
RBBP5-DSTYK-TMCC2 chr1:205086142-205273343 SRBD1 chr2:45388680-45611267
SLC34A2 chr4:25655851-25678748 GUSBP1 chr5:21459513-22853344
PIP4K2A chr10:22534854-22714578 FBRSL1 chr12:132490151-132585188
PSMD3 chr17:39980807-39997959 SLC22A31 chr16:89195761-89201678
ARHGEF38 chr4:105552620-105682566 SPOCK3-ANXA10 chr4:166733384-168187736
CCR5 chr3:46370142-46376206 ACE1 chr17:63477061-63498373

Después del procesamiento bioinformático se obtuvieron los siguientes archivos:

  • genotipos_regiones_SM.tsv: Archivo de regiones completas.

  • genotipos_posiciones_SM.tsv: Archivo de variantes puntuales filtradas.

Análisis estructural de los archivos
Archivo Filas_Totales Pacientes_Unicos Mutaciones_Unicas
Regiones Completas 10294 58 1121
Posiciones Filtradas 362 58 17

2. Explicación metodológica

Como se observa, el archivo de Regiones Completas identificó un universo de 1,121 mutaciones distintas. Esto se debe a que, al analizar los 74 bloques genómicos, se reportó absolutamente cualquier alteración (relevante o silenciosa) detectada.

El análisis epidemiológico se centró en el archivo de Posiciones Filtradas, el cual contiene 17 mutaciones únicas. La reducción de 1,121 alteraciones a 17 variantes definitivas se debe a lo siguiente:

  • Para generar el archivo de posiciones, se superpuso el universo de 1,121 alteraciones detectadas contra los SNPs de riesgo reportados en la literatura. El procesamiento bioinformático aisló exclusivamente las coordenadas exactas señaladas previamente como patogénicas.

  • De todos los SNPs de riesgo listados, la gran mayoría resultaron ser silvestres (genéticamente normales) en nuestra cohorte.

  • Las 17 variantes resultantes son las únicas posiciones exactas que (1) estaban reportadas en la literatura, (2) presentaron calidad técnica de lectura, y (3) demostraron polimorfismo clínico real (presencia de alelos mutados) en los pacientes.

3. Análisis comparativo: Literatura vs. Hallazgos reales obtenidos

La gran mayoría de los SNPs reportados en la literatura resultaron ser silvestres en nuestra cohorte. Únicamente 17 variantes específicas del listado original coincidieron con mutaciones reales y viables en los pacientes del estudio. A continuación, se presenta el listado exacto de las variantes.

Listado de las 17 variantes de riesgo detectadas en la cohorte
Gen rsID Alelo/Genotipo de Riesgo Alelo de Protección Cromosoma Posición Ref Alt Coordenada HGVS
SFTPD rs721917 No reportado A chr10 79946568 A G chr10-79946568 A>G
IFITM3 rs12252 C / CC T / TT chr11 320772 A G chr11-320772 A>G
VDR rs731236 TT Tt / tt chr12 47844974 A G chr12-47844974 A>G
VDR rs2228570 ff / Ff FF chr12 47879112 A G chr12-47879112 A>G
OAS1 rs10774671 G No reportado chr12 112919388 G A chr12-112919388 G>A/C
OAS1 rs2660 A No reportado chr12 112919637 G A chr12-112919637 G>A
SLC22A31 rs117169628 A No reportado chr16 89196249 G A chr16-89196249 G>A
TYK2 rs34536443 C No reportado chr19 10352442 G C chr19-10352442 G>C
APOE rs429358 E4 No reportado chr19 44908684 T C chr19-44908684 T>C
APOE rs7412 T No reportado chr19 44908822 C T chr19-44908822 C>T
IFNAR2 rs2229207 C No reportado chr21 33241945 T C chr21-33241945 T>C
TMPRSS2 rs12329760 T (A en algunos art.) No reportado chr21 41480570 C T chr21-41480570 C>T
CCR5 rs333 (∆32) WT (Wild Type) Del (∆32) chr3 46373452 TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG T chr3-46373452 TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG>T
IFNA10 rs28368148 No reportado C chr9 21206606 C G chr9-21206606 C>G
ABO rs8176719 TC T chr9 133257521 T TC chr9-133257521 T>TC
TLR7 rs179008 T No reportado chrX 12885540 A T chrX-12885540 A>T
ACE2 rs2285666 G / GG / AA A / GA chrX 15592225 C T chrX-15592225 C>T

4. Matriz genómica vs. Severidad (N = 55)

La cohorte cuenta con 55 pacientes clasificados según el requerimiento de Ventilación Mecánica Invasiva (VMI): 36 casos Severos y 19 controles Leves/Moderados. De ellos, 51 pacientes cuentan con genotipificación completa (33 severos y 18 moderados), mientras que 4 pacientes (3 severos y 1 moderado) presentaron datos genómicos no disponibles (NA) debido a que las muestras no fueron procesadas porque no cumplieron los estándares de calidad.

Cada variante fue recodificada en función del número de copias mutadas de riesgo que porta el individuo:

  • 0 (Silvestre / Referencia): Ambas copias conservan la secuencia normal de referencia. Aporta 0 alelos de riesgo.

  • 1 (Heterocigoto): Presencia de una copia normal y un alelo mutado (o hemicigoto en chrX para varones). Aporta 1 alelo de riesgo (dosis alélica simple).

  • 2 (Homocigoto Mutado): Ambas copias portan la variante de riesgo. Aporta 2 alelos de riesgo (dosis alélica doble).

A continuación, se reporta la carga mutacional total (suma de alelos de riesgo presentes por paciente en el panel de 17 variantes), evaluada en los 51 individuos con genotipificación completa.

Distribución de carga mutacional de riesgo total según fenotipo de severidad
Fenotipo Clínico Total Pacientes Con Genotipo Sin Genotipo (NA) Mediana Alelos Mínimo Máximo
Leve/Moderado 19 18 1 9 5 11
Severo 36 33 3 8 5 12

Análisis de carga mutacional:

Estos resultados preliminares evidencian que la progresión hacia COVID-19 severo no depende de la simple acumulación global de mutaciones, sino del impacto funcional de variantes específicas. Tanto los pacientes moderados como los severos presentan una mediana de alelos de riesgo similar (9 vs. 8, con rangos equivalentes de 5 a 12). Por tanto, la severidad clínica responde al efecto fisiopatológico individual de genes clave (rutas de entrada viral o inmunidad innata) y su interacción con variables clínicas, justificando la modelación multivariada independiente.

A continuación, se presenta la distribución genotípica individual cruzada contra la severidad clínica para las 17 variantes identificadas, evaluada sobre los 51 pacientes con perfil genético completo y mapeada con sus respectivos genes funcionales.

Distribución de genotipos vs Fenotipo clínico (N = 51)
Gen Variante Genotipo Leve/Moderado Severo Total Cohorte
ABO chr9_133257521_T_TC 0 (Silvestre) 11 21 32
ABO chr9_133257521_T_TC 1 (Heterocigoto) 7 10 17
ABO chr9_133257521_T_TC 2 (Homocigoto Mutado) 0 2 2
ACE2 chrX_15592225_C_T 0 (Silvestre) 8 24 32
ACE2 chrX_15592225_C_T 1 (Heterocigoto) 8 9 17
ACE2 chrX_15592225_C_T 2 (Homocigoto Mutado) 2 0 2
APOE chr19_44908684_T_C 0 (Silvestre) 13 25 38
APOE chr19_44908684_T_C 1 (Heterocigoto) 4 7 11
APOE chr19_44908684_T_C 2 (Homocigoto Mutado) 1 1 2
APOE chr19_44908822_C_T 0 (Silvestre) 15 29 44
APOE chr19_44908822_C_T 1 (Heterocigoto) 3 4 7
CCR5 chr3_46373452_TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG_T 0 (Silvestre) 18 32 50
CCR5 chr3_46373452_TACAGTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAG_T 1 (Heterocigoto) 0 1 1
IFITM3 chr11_320772_A_G 0 (Silvestre) 13 24 37
IFITM3 chr11_320772_A_G 1 (Heterocigoto) 5 7 12
IFITM3 chr11_320772_A_G 2 (Homocigoto Mutado) 0 2 2
IFNA10 chr9_21206606_C_G 0 (Silvestre) 18 31 49
IFNA10 chr9_21206606_C_G 1 (Heterocigoto) 0 2 2
IFNAR2 chr21_33241945_T_C 0 (Silvestre) 13 25 38
IFNAR2 chr21_33241945_T_C 1 (Heterocigoto) 5 8 13
OAS1 chr12_112919388_G_A 0 (Silvestre) 2 3 5
OAS1 chr12_112919388_G_A 1 (Heterocigoto) 5 15 20
OAS1 chr12_112919388_G_A 2 (Homocigoto Mutado) 11 15 26
OAS1 chr12_112919637_G_A 0 (Silvestre) 1 2 3
OAS1 chr12_112919637_G_A 1 (Heterocigoto) 3 10 13
OAS1 chr12_112919637_G_A 2 (Homocigoto Mutado) 14 21 35
SFTPD chr10_79946568_A_G 0 (Silvestre) 4 7 11
SFTPD chr10_79946568_A_G 1 (Heterocigoto) 9 18 27
SFTPD chr10_79946568_A_G 2 (Homocigoto Mutado) 5 8 13
SLC22A31 chr16_89196249_G_A 0 (Silvestre) 14 28 42
SLC22A31 chr16_89196249_G_A 1 (Heterocigoto) 4 4 8
SLC22A31 chr16_89196249_G_A 2 (Homocigoto Mutado) 0 1 1
TLR7 chrX_12885540_A_T 0 (Silvestre) 16 24 40
TLR7 chrX_12885540_A_T 1 (Heterocigoto) 2 9 11
TMPRSS2 chr21_41480570_C_T 0 (Silvestre) 14 25 39
TMPRSS2 chr21_41480570_C_T 1 (Heterocigoto) 4 8 12
TYK2 chr19_10352442_G_C 0 (Silvestre) 18 30 48
TYK2 chr19_10352442_G_C 1 (Heterocigoto) 0 3 3
VDR chr12_47844974_A_G 0 (Silvestre) 11 20 31
VDR chr12_47844974_A_G 1 (Heterocigoto) 6 12 18
VDR chr12_47844974_A_G 2 (Homocigoto Mutado) 1 1 2
VDR chr12_47879112_A_G 0 (Silvestre) 2 7 9
VDR chr12_47879112_A_G 1 (Heterocigoto) 9 13 22
VDR chr12_47879112_A_G 2 (Homocigoto Mutado) 7 13 20

Análisis de distribución genotípica:

En la tabla se evidencia que las 17 variantes realmente cambian entre los individuos de la muestra (no son todos idénticos) y que las mutaciones se reparten entre ambos grupos (hay variantes tanto en moderados como en severos). Si una mutación estuviera presente únicamente en los pacientes severos y en ningún paciente moderado (una celda con valor cero) sería inviable realizar, por ejemplo, una regresión logística.

Por lo tanto, al verificarse que los genotipos se distribuyen en ambos desenlaces sin ceros en las variantes de mayor frecuencia, se podría decir que la base de datos es estable para correr, por ejemplo, modelos multivariados.

5. Conclusión

  • La transición de 74 bloques genómicos a 17 variantes no se debió a problemas en el manejo de los datos. Las 74 regiones funcionaron como el mapa de búsqueda técnica en el exoma, mientras que lo reportado en la literatura definió las coordenadas puntuales de los SNPs candidatos. De ese panel teórico, nuestra población presentó polimorfismo activo únicamente en 17 posiciones específicas de riesgo, presentándose el resto como genotipos silvestres sin varianza en esta cohorte.

  • Las 17 variantes identificadas fueron estructuradas bajo un modelo aditivo de dosificación génica (0, 1 y 2 copias mutadas), generando una matriz analítica con variabilidad alélica.

  • La información genética se integró de forma transparente con la totalidad de la muestra clínica. Se consolidaron 51 pacientes con perfil genotípico completo (33 severos y 18 moderados) y se documentaron 4 registros con datos genómicos no disponibles porque las muestras no fueron procesadas debido a que no cumplieron estándares de calidad.


Desarrollado por: Nicolás Luna Martínez
Maestría en Epidemiología Clínica
Universidad Icesi - 2026.