“Diseño semillas”

author: “Johan Jiménez” date: “2026-09-11” output: html_document —

el siguiente informe se realiza con los datos de germinación de la base seeds en la libreria faraway

require(faraway)
## Cargando paquete requerido: faraway
data("seeds")
seeds
##    germ moisture covered
## 1    22        1      no
## 2    41        3      no
## 3    66        5      no
## 4    82        7      no
## 5    79        9      no
## 6     0       11      no
## 7    25        1      no
## 8    46        3      no
## 9    72        5      no
## 10   73        7      no
## 11   68        9      no
## 12    0       11      no
## 13   27        1      no
## 14   59        3      no
## 15   51        5      no
## 16   73        7      no
## 17   74        9      no
## 18    0       11      no
## 19   23        1      no
## 20   38        3      no
## 21   78        5      no
## 22   84        7      no
## 23   70        9      no
## 24    0       11      no
## 25   45        1     yes
## 26   65        3     yes
## 27   81        5     yes
## 28   55        7     yes
## 29   31        9     yes
## 30    0       11     yes
## 31   41        1     yes
## 32   80        3     yes
## 33   73        5     yes
## 34   51        7     yes
## 35   36        9     yes
## 36    0       11     yes
## 37   42        1     yes
## 38   79        3     yes
## 39   74        5     yes
## 40   40        7     yes
## 41   45        9     yes
## 42    0       11     yes
## 43   43        1     yes
## 44   77        3     yes
## 45   76        5     yes
## 46   62        7     yes
## 47   NA        9     yes
## 48    0       11     yes

Los datos contienen información sobre el porcentaje de germinación de semillas (germ) en función de dos variables experimentales: el nivel de humedad (moisture) y la condición de cobertura (covered).

Exploración De Datos

Se realizó una exploración inicial de los datos…

require(table1)
## Cargando paquete requerido: table1
## 
## Adjuntando el paquete: 'table1'
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     units, units<-
require(ggplot2)
## Cargando paquete requerido: ggplot2
table1(~germ | as.factor(moisture),data=seeds)
1
(N=8)		 3
(N=8)		 5
(N=8)		 7
(N=8)		 9
(N=8)		 11
(N=8)		 Overall
(N=48)
germ
Mean (SD) 33.5 (10.1) 60.6 (17.4) 71.4 (9.35) 65.0 (15.6) 57.6 (19.7) 0 (0) 47.8 (28.0)
Median [Min, Max] 34.0 [22.0, 45.0] 62.0 [38.0, 80.0] 73.5 [51.0, 81.0] 67.5 [40.0, 84.0] 68.0 [31.0, 79.0] 0 [0, 0] 51.0 [0, 84.0]
Missing 0 (0%) 0 (0%) 0 (0%) 0 (0%) 1 (12.5%) 0 (0%) 1 (2.1%) 
ggplot(seeds,aes(x=as.factor(moisture),y=germ,fill=as.factor(moisture)))+geom_boxplot()
## Warning: Removed 1 row containing non-finite outside the scale range
## (`stat_boxplot()`).

ggplot(seeds,aes(x=covered,y=germ,fill=covered))+geom_boxplot()
## Warning: Removed 1 row containing non-finite outside the scale range
## (`stat_boxplot()`).

Se observa que la germinación presenta diferencias entre las semillas cubiertas y no cubiertas. En el caso de las semillas no cubiertas, la mediana de germinación es mayor en comparación con las semillas cubiertas.

Además, la dispersión de los datos es amplia en ambos grupos, lo que indica variabilidad en los valores de germinación. Sin embargo, en el grupo de semillas cubiertas se observa una mediana más baja, lo que sugiere que la cobertura podría estar afectando negativamente el proceso de germinación.

En general, los resultados indican que la condición de cobertura influye en la germinación de las semillas

Anova

Se realizó un análisis de varianza (ANOVA) con el objetivo de evaluar si existen diferencias significativas en la germinación en función de las variables estudiadas.

Este análisis permite comparar las medias entre los diferentes grupos (niveles de humedad y condición de cobertura) y determinar si los factores tienen un efecto significativo sobre la variable respuesta (germ).

A partir del ANOVA, se evalúa si las diferencias observadas en los datos son debidas al efecto de los tratamientos o al azar.

anova2=aov(germ~as.factor(moisture)+covered,data=seeds)
summary(anova2)
##                     Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)    
## as.factor(moisture)  5  28712    5742  30.776 1.04e-12 ***
## covered              1      0       0   0.001    0.978    
## Residuals           40   7463     187                     
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 1 observation deleted due to missingness

Se observa que la variable moisture (humedad) tiene un efecto altamente significativo sobre la germinación, ya que presenta un valor de p muy pequeño (p < 0.001). Esto indica que existen diferencias significativas en la germinación entre los distintos niveles de humedad.

Por otro lado, la variable covered (cobertura) no muestra un efecto significativo (p = 0.978), lo que sugiere que la presencia o ausencia de cobertura no influye de manera importante en la germinación de las semillas.

En general, se concluye que la humedad es un factor determinante en el proceso de germinación, mientras que la cobertura no presenta un efecto significativo en este experimento.

Posanova

Se observa que existen tres grupos significativamente diferentes: un grupo con alta germinación (a), uno intermedio (b) y uno bajo (c), lo que confirma que la humedad influye significativamente en la germinación

require(agricolae)
## Cargando paquete requerido: agricolae
posanova2=LSD.test(anova2,trt = "covered")
posanova2
## $statistics
##    MSerror Df     Mean       CV
##   186.5831 40 47.80851 28.57136
## 
## $parameters
##         test p.ajusted  name.t ntr alpha
##   Fisher-LSD      none covered   2  0.05
## 
## $means
##         germ      std  r       se      LCL      UCL Min Max  Q25 Q50  Q75
## no  47.95833 29.33536 24 2.788242 42.32309 53.59358   0  84 24.5  55 73.0
## yes 47.65217 27.28737 23 2.848211 41.89572 53.40862   0  81 38.0  45 73.5
## 
## $comparison
## NULL
## 
## $groups
##         germ groups
## no  47.95833      a
## yes 47.65217      a
## 
## attr(,"class")
## [1] "group"
posanova3=LSD.test(anova2,trt = "as.factor(moisture)")
posanova3
## $statistics
##    MSerror Df     Mean       CV
##   186.5831 40 47.80851 28.57136
## 
## $parameters
##         test p.ajusted              name.t ntr alpha
##   Fisher-LSD      none as.factor(moisture)   6  0.05
## 
## $means
##        germ      std r       se       LCL       UCL Min Max   Q25  Q50   Q75
## 1  33.50000 10.05698 8 4.829377 23.739464 43.260536  22  45 24.50 34.0 42.25
## 11  0.00000  0.00000 8 4.829377 -9.760536  9.760536   0   0  0.00  0.0  0.00
## 3  60.62500 17.37763 8 4.829377 50.864464 70.385536  38  80 44.75 62.0 77.50
## 5  71.37500  9.34937 8 4.829377 61.614464 81.135536  51  81 70.50 73.5 76.50
## 7  65.00000 15.62050 8 4.829377 55.239464 74.760536  40  84 54.00 67.5 75.25
## 9  57.57143 19.67111 7 5.162821 47.136977 68.005880  31  79 40.50 68.0 72.00
## 
## $comparison
## NULL
## 
## $groups
##        germ groups
## 5  71.37500      a
## 7  65.00000      a
## 3  60.62500      a
## 9  57.57143      a
## 1  33.50000      b
## 11  0.00000      c
## 
## attr(,"class")
## [1] "group"

Conclusiones y Recomendaciones

A partir del análisis realizado, se concluye que la humedad tiene un efecto significativo sobre la germinación de las semillas, como lo evidenció el ANOVA (p < 0.001). Esto indica que los diferentes niveles de humedad generan cambios importantes en la germinación.

Por otro lado, la variable cobertura no mostró un efecto significativo (p > 0.05), lo que sugiere que no influye de manera determinante en este experimento.

El análisis post hoc (Tukey) permitió identificar que existen diferentes grupos de humedad con comportamientos distintos, evidenciando que algunos niveles favorecen más la germinación que otros.

En general, se concluye que la humedad es el principal factor que influye en la germinación de las semillas en las condiciones evaluadas.