Задание 1

x <- matrix(rnorm(50*5), ncol=5) y <- factor(rep(c(“A”,“B”), 25))

library(caret)
## Загрузка требуемого пакета: ggplot2
## Загрузка требуемого пакета: lattice
names(getModelInfo())
##   [1] "ada"                 "AdaBag"              "AdaBoost.M1"        
##   [4] "adaboost"            "amdai"               "ANFIS"              
##   [7] "avNNet"              "awnb"                "awtan"              
##  [10] "bag"                 "bagEarth"            "bagEarthGCV"        
##  [13] "bagFDA"              "bagFDAGCV"           "bam"                
##  [16] "bartMachine"         "bayesglm"            "binda"              
##  [19] "blackboost"          "blasso"              "blassoAveraged"     
##  [22] "bridge"              "brnn"                "BstLm"              
##  [25] "bstSm"               "bstTree"             "C5.0"               
##  [28] "C5.0Cost"            "C5.0Rules"           "C5.0Tree"           
##  [31] "cforest"             "chaid"               "CSimca"             
##  [34] "ctree"               "ctree2"              "cubist"             
##  [37] "dda"                 "deepboost"           "DENFIS"             
##  [40] "dnn"                 "dwdLinear"           "dwdPoly"            
##  [43] "dwdRadial"           "earth"               "elm"                
##  [46] "enet"                "evtree"              "extraTrees"         
##  [49] "fda"                 "FH.GBML"             "FIR.DM"             
##  [52] "foba"                "FRBCS.CHI"           "FRBCS.W"            
##  [55] "FS.HGD"              "gam"                 "gamboost"           
##  [58] "gamLoess"            "gamSpline"           "gaussprLinear"      
##  [61] "gaussprPoly"         "gaussprRadial"       "gbm_h2o"            
##  [64] "gbm"                 "gcvEarth"            "GFS.FR.MOGUL"       
##  [67] "GFS.LT.RS"           "GFS.THRIFT"          "glm.nb"             
##  [70] "glm"                 "glmboost"            "glmnet_h2o"         
##  [73] "glmnet"              "glmStepAIC"          "gpls"               
##  [76] "hda"                 "hdda"                "hdrda"              
##  [79] "HYFIS"               "icr"                 "J48"                
##  [82] "JRip"                "kernelpls"           "kknn"               
##  [85] "knn"                 "krlsPoly"            "krlsRadial"         
##  [88] "lars"                "lars2"               "lasso"              
##  [91] "lda"                 "lda2"                "leapBackward"       
##  [94] "leapForward"         "leapSeq"             "Linda"              
##  [97] "lm"                  "lmStepAIC"           "LMT"                
## [100] "loclda"              "logicBag"            "LogitBoost"         
## [103] "logreg"              "lssvmLinear"         "lssvmPoly"          
## [106] "lssvmRadial"         "lvq"                 "M5"                 
## [109] "M5Rules"             "manb"                "mda"                
## [112] "Mlda"                "mlp"                 "mlpKerasDecay"      
## [115] "mlpKerasDecayCost"   "mlpKerasDropout"     "mlpKerasDropoutCost"
## [118] "mlpML"               "mlpSGD"              "mlpWeightDecay"     
## [121] "mlpWeightDecayML"    "monmlp"              "msaenet"            
## [124] "multinom"            "mxnet"               "mxnetAdam"          
## [127] "naive_bayes"         "nb"                  "nbDiscrete"         
## [130] "nbSearch"            "neuralnet"           "nnet"               
## [133] "nnls"                "nodeHarvest"         "null"               
## [136] "OneR"                "ordinalNet"          "ordinalRF"          
## [139] "ORFlog"              "ORFpls"              "ORFridge"           
## [142] "ORFsvm"              "ownn"                "pam"                
## [145] "parRF"               "PART"                "partDSA"            
## [148] "pcaNNet"             "pcr"                 "pda"                
## [151] "pda2"                "penalized"           "PenalizedLDA"       
## [154] "plr"                 "pls"                 "plsRglm"            
## [157] "polr"                "ppr"                 "pre"                
## [160] "PRIM"                "protoclass"          "qda"                
## [163] "QdaCov"              "qrf"                 "qrnn"               
## [166] "randomGLM"           "ranger"              "rbf"                
## [169] "rbfDDA"              "Rborist"             "rda"                
## [172] "regLogistic"         "relaxo"              "rf"                 
## [175] "rFerns"              "RFlda"               "rfRules"            
## [178] "ridge"               "rlda"                "rlm"                
## [181] "rmda"                "rocc"                "rotationForest"     
## [184] "rotationForestCp"    "rpart"               "rpart1SE"           
## [187] "rpart2"              "rpartCost"           "rpartScore"         
## [190] "rqlasso"             "rqnc"                "RRF"                
## [193] "RRFglobal"           "rrlda"               "RSimca"             
## [196] "rvmLinear"           "rvmPoly"             "rvmRadial"          
## [199] "SBC"                 "sda"                 "sdwd"               
## [202] "simpls"              "SLAVE"               "slda"               
## [205] "smda"                "snn"                 "sparseLDA"          
## [208] "spikeslab"           "spls"                "stepLDA"            
## [211] "stepQDA"             "superpc"             "svmBoundrangeString"
## [214] "svmExpoString"       "svmLinear"           "svmLinear2"         
## [217] "svmLinear3"          "svmLinearWeights"    "svmLinearWeights2"  
## [220] "svmPoly"             "svmRadial"           "svmRadialCost"      
## [223] "svmRadialSigma"      "svmRadialWeights"    "svmSpectrumString"  
## [226] "tan"                 "tanSearch"           "treebag"            
## [229] "vbmpRadial"          "vglmAdjCat"          "vglmContRatio"      
## [232] "vglmCumulative"      "widekernelpls"       "WM"                 
## [235] "wsrf"                "xgbDART"             "xgbLinear"          
## [238] "xgbTree"             "xyf"
set.seed(1)                    
x <- matrix(rnorm(50*5), ncol=5)
y <- factor(rep(c("A","B"), 25))
p1 <- featurePlot(x = x, y = y, plot = "box")
p1

jpeg("plot_boxplot.jpg", width = 900, height = 700); print(p1); dev.off()
## png 
##   2
p2 <- featurePlot(x = x, y = y, plot = "density")
p2

jpeg("plot_density.jpg", width = 900, height = 700); print(p2); dev.off()
## png 
##   2
p3 <- featurePlot(x = x, y = y, plot = "pairs")
p3

jpeg("plot_pairs.jpg", width = 900, height = 700); print(p3); dev.off()
## png 
##   2

Задание 2

library(FSelectorRcpp)
data(iris)

# 1) информационный выигрыш
w1 <- information_gain(Species ~ ., iris, type = "infogain")
print(w1)
##     attributes importance
## 1 Sepal.Length  0.4521286
## 2  Sepal.Width  0.2672750
## 3 Petal.Length  0.9402853
## 4  Petal.Width  0.9554360
# 2) нормированный выигрыш
w2 <- information_gain(Species ~ ., iris, type = "gainratio")
print(w2)
##     attributes importance
## 1 Sepal.Length  0.4196464
## 2  Sepal.Width  0.2472972
## 3 Petal.Length  0.8584937
## 4  Petal.Width  0.8713692
# 3) симметричная неопределённость
w3 <- information_gain(Species ~ ., iris, type = "symuncert")
print(w3)
##     attributes importance
## 1 Sepal.Length  0.4155563
## 2  Sepal.Width  0.2452743
## 3 Petal.Length  0.8571872
## 4  Petal.Width  0.8705214

Сводная таблица важностей

imp <- data.frame(
  feature    = w1$attributes,
  info.gain  = round(w1$importance, 3),
  gain.ratio = round(w2$importance, 3),
  sym.unc    = round(w3$importance, 3)
)
imp[order(-imp$info.gain), ]
##        feature info.gain gain.ratio sym.unc
## 4  Petal.Width     0.955      0.871   0.871
## 3 Petal.Length     0.940      0.858   0.857
## 1 Sepal.Length     0.452      0.420   0.416
## 2  Sepal.Width     0.267      0.247   0.245
# Топ-3 признака по Information Gain
imp[order(-imp$info.gain), ][1:3, ]
##        feature info.gain gain.ratio sym.unc
## 4  Petal.Width     0.955      0.871   0.871
## 3 Petal.Length     0.940      0.858   0.857
## 1 Sepal.Length     0.452      0.420   0.416
#Краткий вывод: Все методы показали, что главные признаки — Petal.Length и Petal.Width, а Sepal.Width лишний в классификации.

Задание 3

library(arules)
## Загрузка требуемого пакета: Matrix
## 
## Присоединяю пакет: 'arules'
## Следующий объект скрыт от 'package:FSelectorRcpp':
## 
##     discretize
## Следующие объекты скрыты от 'package:base':
## 
##     abbreviate, write
data(iris)
petal <- iris$Petal.Length

# 1) равная ширина интервала
d1 <- arules::discretize(petal, method = "interval", breaks = 4)

# 2) равная частота
d2 <- arules::discretize(petal, method = "frequency", breaks = 4)

# 3) кластеризация
d3 <- arules::discretize(petal, method = "cluster", breaks = 4)

# 4) границы заданы вручную
d4 <- arules::discretize(petal, method = "fixed", breaks = c(0, 2, 4, 5, 8))

table(d1); table(d2); table(d3); table(d4)
## d1
##    [1,2.48) [2.48,3.95) [3.95,5.43)  [5.43,6.9] 
##          50          11          61          28
## d2
##    [1,1.6) [1.6,4.35) [4.35,5.1)  [5.1,6.9] 
##         37         38         33         42
## d3
##    [1,2.79) [2.79,4.62) [4.62,5.62)  [5.62,6.9] 
##          50          40          41          19
## d4
## [0,2) [2,4) [4,5) [5,8] 
##    50    11    43    46

Сравнение по категориямдля распределений

par(mfrow = c(2, 2))
plot(d1, main = "interval"); plot(d2, main = "frequency")
plot(d3, main = "cluster");  plot(d4, main = "fixed")

Вывод: interval даёт равные по ширине, но неравные по наполнению категории (распределение скошено); frequency — равное число объектов в каждой категории, но разная ширина интервалов; cluster выделяет естественные сгущения данных; fixed позволяет задать предметные пороги вручную. Выбор метода зависит от задачи: для поиска ассоциативных правил лучше frequency, при наличии экспертных порогов — fixed.

Задание 4

library(Boruta)
data(Ozone, package = "mlbench")
Ozone <- na.omit(Ozone)        

set.seed(123)
bor <- Boruta(V4 ~ ., data = Ozone, doTrace = 0)
bor   #итог
## Boruta performed 18 iterations in 0.2284472 secs.
##  9 attributes confirmed important: V1, V10, V11, V12, V13 and 4 more;
##  3 attributes confirmed unimportant: V2, V3, V6;

гистограмма важностей признаков

plot(bor, xlab = "Признаки", las = 2)

#История важностей по шагам/по итерациям

plotImpHistory(bor)

Вывод: Boruta (обёртка над случайным лесом с «теневыми» признаками) выделяет подтверждённые (зелёные) признаки, важность которых значимо выше теневых: это прежде всего температура (V8, V9) и влажность, влияющие на концентрацию озона. Красные признаки (V2 и др.) не отличаются от шума и могут быть исключены из модели. Гистограмма же наглядно показывает разрыв между важностью подтверждённых и отклонённых признаков.