LIEN DE PUBLICATION : https://rpubs.com/theophile_kabasele/1448369

PROCÉDURE POUR DÉTÉRMINER LES DETENTES DE CROISSANCE PAR LA MÉTHODE DU BOUNDARY LINE

Étape 1 : Définir les variables de l’équation

\(x\) (Prior Growth - PG) : C’est la croissance antérieure. Il s’agit de la moyenne des largeurs de cernes des années précédant l’année que l’on analyse (souvent la moyenne des 3 à 10 années précédentes).

\(Y\) (Boundary Line) : C’est la valeur théorique maximale du ratio de changement de croissance (ou de la croissance actuelle, selon la normalisation de l’article) que l’arbre pourrait atteindre pour une croissance antérieure \(x\) donnée. Le coefficient \(1523.7\) est un paramètre spécifique au sapin dans cette étude.

\(e\) : La constante mathématique (environ \(2.718\)).

Étape 2 : Calculer la croissance antérieure (\(x\)) et la croissance actuelle

Pour une année donnée \(t\) :

Calculez la croissance antérieure moyenne (\(x\)) : moyenne des largeurs de cernes des années \(t-1\) à \(t-3\) (ou \(t-10\), selon le protocole exact de l’article).

Calculez le changement de croissance réel observé pour l’année \(t\). Souvent, on calcule un ratio de croissance en pourcentage : \[ \text{Ratio}_{\text{réel}} = \frac{\text{Croissance antérieure moyenne } (x)}{\text{Croissance en année } t} \times 100 \]

Étape 3 : Calculer la ligne de frontière (\(Y\))

Intégrez votre valeur \(x\) dans l’équation de l’article : \[ Y = 1523.7 \cdot e^{-1.414 x} \]

Étape 4 : Déterminer s’il y a détente (Release) ou non

Pour savoir s’il y a une détente, on compare le ratio de croissance réel de l’arbre à un pourcentage de la ligne de frontière \(Y\). Dans la méthode de Black & Abrams, on distingue généralement deux types de détentes :

Si la croissance réelle de l’arbre dépasse \(50\%\) de la ligne de frontière (\(Y\)).

Condition : \[ \text{Ratio}_{\text{réel}} > 0.5 \times Y \]

Si la croissance réelle est supérieure à un seuil bas (souvent \(10\%\) ou \(20\%\) de \(Y\)) mais inférieure à \(50\%\).

Condition : \[ 0.2 \times Y \leq \text{Ratio}_{\text{réel}} < 0.5 \times Y \]

Si la croissance réelle est inférieure au seuil de détente mineure (ex : \(\text{Ratio}_{\text{réel}} < 0.2 \times Y\)).

CODAGE DANS R

Mes données

On Modifie les BD et on filtrer les especes

On calcule le GC pour chaque individus

On calcul le Ratio et BL (bounadary line) pour chaque individus et chaque année

Représentation graphique

Représentation all together

Commentaire : Cette méthode permet de bien determiner les type de detemtes de croissance.

Représentation graphique de tous les sites

Interpetation : Cette méthode permet de bien determiner les type de detentes de croissance grâce a une équation .

Contrairement aux seuils GC fixes, qui classent les événements de manière absolue (par exemple, un GC ≥ 100 % indiquant une libération majeure et un GC entre 50 % et 99 % une libération modérée, comme proposé par Baliva et al., 2024), la Boundary Method d’Ann Delwaide adopte une approche relative. Dans ce cadre, les événements sont standardisés par rapport au potentiel de réponse de croissance intrinsèque de la structure analysée : les variations atteignant entre 50 % et 100 % de la ligne de frontière sont considérées comme des libérations majeures, tandis que celles comprises entre 20 % et 49,9 % sont qualifiées de modérées. Cette méthode permet une détection plus fine des discontinuités fonctionnelles, évitant ainsi les biais liés à des seuils arbitraires. C’est cette capacité à s’adapter dynamiquement aux variations locales qui a motivé mon choix de privilégier la Boundary Method dans mes études, en alignement avec les travaux d’Ann Delwaide démontrant son efficacité pour cartographier des transitions génomiques complexes.

Représentation par site

Calcul GC & BL par Espèce par année

ON CLACUL POUR CHAQUE POINT, LA VALEUR DU SEIL POUR ETRE CONSIDÉRÉ COMME DETENTE

Graphique

CONCLUSION : La boundary line method fonctionne mais est moins précise pour identifier les épisodes de detentes à l’echelle du site en prenant la moyenne des croissance par espèce et par site. Nous allons donc en utiliser pour detecter les épisodes de detentes à l’éhelle de l’individus et