R no nació como un producto comercial, sino en la academia. Fue creado en 1992 en la Universidad de Auckland, Nueva Zelanda, por Ross Ihaka y Robert Gentleman. Su diseño adoptó la sintaxis del lenguaje S, desarrollado previamente en Bell Laboratories.
Tras años de desarrollo comunitario, el software alcanzó su madurez liberando la versión 1.0.0 el 29 de febrero de 2000. Desde entonces, R ha evolucionado hasta ser un ambiente planificado y coherente para el cómputo estadístico y gráfico estándar en las ciencias.