Codificación base de datos
BASE1$tipo_tmo <- as.factor(BASE1$tipo_tmo)
BASE1$sexo <- factor(BASE1$sexo, levels = c(1,2), labels = c("Hombre", "Mujer"))
BASE1$rango_de_edad <- factor(BASE1$rango_de_edad, levels = c(1,2,3,4), labels = c("15-19", "20-39", "40-59", ">60"))
BASE1$eps <- factor(BASE1$eps, levels = c(1:9), labels = c("Compensar", "Nueva EPS", "Asmet Salud", "Aliansalud", "Medplus medicina prepagada", "Medicos asociados", "Otra", "8", "9"))
BASE1$regimen_de_afiliacion <- factor(BASE1$regimen_de_afiliacion, levels = c(1,2), labels = c("Subsidiado", "Contributivo"))
BASE1$diagnostico <- factor(BASE1$diagnostico, levels = c(1:12), labels = c("Leucemia Mieloide Aguda", "Leucemia Linfoblástica Aguda", "Leucemia Mieloide Crónica", "Síndrome Mielodisplásico", "Linfoma Hodgkin", "Aplasia medular", "Linfoma no Hodgkin", "Leucemia Aguda Bilinaje", "Mielofibrosis primaria", "Mieloma multiple", "Leucemia linfoblastica aguda PH positivo", "Neoplasia mieloproliferativa cronica"))
BASE1$ecog <- factor(BASE1$ecog, levels = c(0:4), labels = c("ECOG 0", "ECOG 1", "ECOG 2", "ECOG 3", "ECOG 4"))
BASE1$clasificacion_cd34 <- factor(BASE1$clasificacion_cd34, levels = c(1:4), labels = c("<2 millones", "2-4 millones", "4-10 millones", "> 10 millones"))
BASE1$crs_sindrome_de_liberacion_de_citoquinas <- factor(BASE1$crs_sindrome_de_liberacion_de_citoquinas, levels = c(0:7), labels = c("Ningun sintoma", "Fiebre", "Hipotension", "Edema pulmonar (requerimiento de O2 bajo flujo- IOT)", "Choque", "Fiebre + hipotension", "Fiebre + hipotension + Edema pulmonar", "Fiebre + hpotension + Edema pulmonar + Choque"))
BASE1$fuente_de_progenitor <- factor(BASE1$fuente_de_progenitor, levels = c(1,2), labels = c("Medula Osea", "Sangre Periferica"))
BASE1$relacion_d_r <- factor(BASE1$relacion_d_r, levels = c(1:5), labels = c("Hermano/a", "Padre", "Madre", "Hijo/a", "Otros"))
BASE1$sexo_donante <- factor(BASE1$sexo_donante, levels = c(1,2), labels = c("Hombre", "Mujer"))
BASE1$rango_de_edad_de_donante <- factor(BASE1$rango_de_edad_de_donante, levels = c(1,2), labels = c("<= 35", ">35"))
BASE1$bcr_abl_ph <- factor(BASE1$bcr_abl_ph, levels = c(1:4), labels = c("Positivo", "Negativo", "No recolectado /Sin dato", "No aplica"))
BASE1$si_bcr_abl_ph_positivo <- factor(BASE1$si_bcr_abl_ph_positivo, levels = c(0:3), labels = c("Sin dato", "P190", "P210", "P190 + P210"))
BASE1$flt3 <- factor(BASE1$flt3, levels = c(1:4), labels = c("Positivo", "Negativo", "No recolectado / Sin dato", "No aplica"))
BASE1$si_flt3_positivo <- factor(BASE1$si_flt3_positivo, levels = c(0:2), labels = c("Sin dato", "ITD", "TKD"))
BASE1$jak2 <- factor(BASE1$jak2, levels = c(1:4), labels = c("Positivo", "Negativo", "No recolectado / Sin dato", "No aplica"))
BASE1$quimioterapia_de_induccion <- factor(
BASE1$quimioterapia_de_induccion,
levels = c(1,2,3,4,5,6,8,9,10,11,12,13,14,15),
labels = c(
"Inducc. LLA: HyperCVAD, PETHEMA, GRAAL, BFM, ECOG, UKALL, FRALLE, GMALL, Mini HyperCVAD, INC 2012",
"Induccion LMA : 7+3/ HIDAC--5+2 Hidac",
"Induccion LMA o SMD: 5aza+ venetoclax (VIALE A)",
"Induccion LMA o SMD: 5 aza",
"Primera linea LH: ABVD",
"Primera linea LNH: RCHOP, Devic",
"Primera Linea: ATG+ Ciclosporina + eltrombopag, o ciclosporina + eltrombopag",
"Induccion Mieloma Multiple: VRD",
"Mielofibrosis primaria: Ruxolutinib",
"LMC: ITK (3 lineas)",
"LMC: ITK (4 o mas lineas)",
"Linfomas T periferico: CHOEP 14",
"Linfomas T periferico: CHOEP 21, ICE/IVAC",
"No recibió quimioterapia de induccion"
)
)
BASE1$qt_rescate <- factor(BASE1$qt_rescate, levels = c(1:4, 6:17), labels = c("FLAG IDA",
"MEC",
"Blinatumumab",
"Blinatumumab + Mini HyperCVAD",
"Inotuzumab + Mini HyperCVAD",
"Linfomas: Pembrolizumab",
"Linfomas: Nivolumab",
"Linfomas : RDHAP, ESHAP , ICE, Brentuximab, IGEV, Ibrutinib",
"Mieloma multiple: DKD, DCEP, DVD, Melfalan, DRD, DPD",
"Sin rescate (como aplasia medular)",
"Azacitidina",
"Azacitidina -Venetoclax",
"POMP",
"HyperCVAD",
"7 + 3",
"Linfomas: AspaMet dex(Linfoma T NK)"))
BASE1$trasplante_previo <- factor(BASE1$trasplante_previo, levels = c(1,2), labels = c("Si", "No"))
BASE1$qt_rescate_despues_de_trasplante_autologo <- factor(BASE1$qt_rescate_despues_de_trasplante_autologo, levels = c(6,7,9,10,11,14), labels = c("Inotuzumab + Mini HyperCVAD", "Linfomas:Pembrolizumab", "Linfomas : ESHAP , ICE, Brentuximab, R bendamustine, Ibrutinib", "Mieloma multiple: DKD, DCEP, DVD, Melfalan, DRD, DPD", "Sin rescate (como aplasia medular)", "14"))
BASE1$inmunoterapia_para_mrd_positivo <- factor(BASE1$inmunoterapia_para_mrd_positivo, levels = c(0:3), labels = c("No aplica/ No requiere", "Blinatumumab", "Inotuzumab", "Blinatumumab+ Inotuzumab"))
BASE1$itk <- factor(BASE1$itk, levels = c(0:5), labels = c("No aplica / No requiere", "Dasatinib", "Ponatinib", "Imatinib", "Bosutinib", "Nilotinib"))
BASE1$inhibidores_flt3 <- factor(BASE1$inhibidores_flt3, levels = c(0,1), labels = c("No aplica/ No requiere", "Midostaurina"))
BASE1$respuesta_pre_trasplante_medula_osea <- factor(BASE1$respuesta_pre_trasplante_medula_osea, levels = c(0:5), labels = c("No aplica/ No evaluada/ Sin Dato", "RC (Respuesta completa)", "RP (Respuesta parcial)", "MBRP (Muy buena respuesta parcial)", "Fase Cronica", "Fase acelerada"))
BASE1$enfermedad_minima_residual <- factor(BASE1$enfermedad_minima_residual, levels = c(0:2), labels = c("No aplica/ No evaluada/ Sin Dato", "Positiva > 0.01%", "Negativa < 0.01%"))
BASE1$mac_condicionamiento_mieloablativo <- factor(BASE1$mac_condicionamiento_mieloablativo, levels = c(0:4), labels = c("No recibio/ No aplica", "Bu4-Flu +/- TBI", "Bu3-Flu +/- TBI", "Secuencial FLAG IDA +/- TBI", "Bu 4 Cy +/- TBI"))
BASE1$ric_condicionamiento_de_intensidad_reducida <- factor(BASE1$ric_condicionamiento_de_intensidad_reducida, levels = c(0:5), labels = c("No recibio / No aplica", "Flu-Mel +/- TBI", "FluCy (BALTIMORE) +/- TBI", "RFC +/- TBI", "FluCy+ATG +/- TBI", "Bu2Flu +/- TBI"))
BASE1$neutropenia_febril <- factor(BASE1$neutropenia_febril, levels = c(1,2), labels = c("Si", "No"))
BASE1$antibiotico_utilizado_neutropenia_febril <- factor(BASE1$antibiotico_utilizado_neutropenia_febril, levels = c(0:2), labels = c("No requirio antibiotico/no presento neutropenia", "Primeras lineas: Pipe+tazo, Cefepime", "Segunda linea: Vancomicina, Meropenem, CAZ ,AVI ,aztreonam"))
BASE1$mucositis <- factor(BASE1$mucositis, levels = c(1,2), labels = c("Si", "No"))
BASE1$grado_de_mucositis <- factor(BASE1$grado_de_mucositis, levels = c(0:4), labels = c("No presenta/ No aplica", "Grado 1", "Grado 2", "Grado 3", "Grado 4"))
BASE1$foco <- factor(BASE1$foco, levels = c(0:10), labels = c("Sin aislamiento", "Bacteriemia", "Urinario", "Gastrointestinal", "Piel", "Pulmonar", "Bacteremia + Fungemia + Pulmonar + Gatrointestinal", "Dos focos: Bacteremia+Urinario", "Dos focos: Bacteremia + Gastrointestinal", "Tres focos incluyendo bacteremia", "Fungemia"))
BASE1$tipo_de_bacteria <- factor(BASE1$tipo_de_bacteria, levels = c(0:3), labels = c("Ninguno ( no se aislo ningun tipo de bacteria)", "Gram negativo", "Gram positivo", "Infeccion polimicrobiana"))
library(dplyr)
library(stringr)
BASE1 <- BASE1 %>%
mutate(
tipo_gram_negativo_chr = as.character(tipo_gram_negativo),
tipo_gram_negativo_chr = str_replace(tipo_gram_negativo_chr, "^1\\.4$", "1,4")
)
BASE1 <- BASE1 %>%
mutate(
gram_negativo_texto = case_when(
tipo_gram_negativo_chr == "1" ~ "E. coli",
tipo_gram_negativo_chr == "2" ~ "Klebsiella",
tipo_gram_negativo_chr == "3" ~ "Pseudomonas",
tipo_gram_negativo_chr == "4" ~ "Other Gram-negative bacteria",
tipo_gram_negativo_chr == "1, 2" ~ "E. coli + Klebsiella",
tipo_gram_negativo_chr == "1,4" ~ "E. coli + Other Gram-negative bacteria",
TRUE ~ NA_character_
)
)
BASE1 <- BASE1 %>%
mutate(
tipo_gram_positivo_chr = as.character(tipo_gram_positivo),
tipo_gram_positivo_chr = str_replace(tipo_gram_positivo_chr, "^2\\.1$", "2,1"),
tipo_gram_positivo_chr = str_replace(tipo_gram_positivo_chr, "^2\\.4$", "2,4"),
gram_pos_1 = str_detect(tipo_gram_positivo_chr, "1"),
gram_pos_2 = str_detect(tipo_gram_positivo_chr, "2"),
gram_pos_3 = str_detect(tipo_gram_positivo_chr, "3"),
gram_pos_4 = str_detect(tipo_gram_positivo_chr, "4")
)
BASE1 <- BASE1 %>%
mutate(
tipo_gram_positivo_texto = case_when(
tipo_gram_positivo_chr == "1" ~ "Streptococcus",
tipo_gram_positivo_chr == "2" ~ "Staphylococcus",
tipo_gram_positivo_chr == "3" ~ "Enterococcus",
tipo_gram_positivo_chr == "4" ~ "Other Gram-positive bacteria",
tipo_gram_positivo_chr == "2,1" ~ "Streptococcus + Staphylococcus",
tipo_gram_positivo_chr == "2,4" ~ "Staphylococcus + Other Gram-positive bacteria",
TRUE ~ NA_character_
)
)
BASE1$germen_aislado_mostro_resistencia <- factor(BASE1$germen_aislado_mostro_resistencia, levels = c(0:2), labels = c("No aplica", "Si", "No"))
BASE1$colitis_neutropenica <- factor(BASE1$colitis_neutropenica, levels = c(1,2), labels = c("Si", "No"))
BASE1$nutricion_parenteral <- factor(BASE1$nutricion_parenteral, levels = c(1,2), labels = c("Si", "No"))
BASE1$tto_profilactico_antifungico <- factor(BASE1$tto_profilactico_antifungico, levels = c(1:4), labels = c("Fluconazol", "Posaconazol", "Voriconazol", "Isovuconazol"))
BASE1$tto_profilactico_bacteriano_ciprofloxacina <- factor(BASE1$tto_profilactico_bacteriano_ciprofloxacina, levels = c(1,2), labels = c("Si", "No"))
BASE1$tto_profilactico_para_pneumocystis_tmp_smx <- factor(BASE1$tto_profilactico_para_pneumocystis_tmp_smx, levels = c(1,2), labels = c("Si", "No"))
BASE1$profilaxis_para_eich <- factor(BASE1$profilaxis_para_eich, levels = c(1:3), labels = c("Ciclosporina+ Metotrexate +/- ATG", "Cyclo Pos+ MMF (micofenolato)+ ICN (inhidor de calcineurina)", "Ciclosporina + Micofenolato"))
BASE1$reactivacion_de_citomegalovirus_cmv <- factor(BASE1$reactivacion_de_citomegalovirus_cmv, levels = c(1:4), labels = c("Si", "No", "No solicitado", "Sin dato"))
BASE1$tratamiento_cmv <- factor(BASE1$tratamiento_cmv, levels = c(0:3), labels = c("No requirio tratamiento", "1 linea trat: Ganciclovir o valganciclovir", "2 lineas trat: Ganciclovir o valganciclovir y foscarnet", "3 lineas tratamiento: Ganciclovir o valganciclovir, foscanet y leflunomida" ))
BASE1$disfuncion_injerto <- factor(BASE1$disfuncion_injerto, levels = c(1,2), labels = c("Funcion pobre injerto: (PGF Quimerismo >95%, pero Hb < 8mg/dl, PLT <20.000 ran <500", "Falla injerto: Quimerismo <5%, pero Hb < 8mg/dl, PLT <20.000 RAN <500"))
BASE1$si_tiene_disfuncion_injerto_causa <- factor(BASE1$si_tiene_disfuncion_injerto_causa, levels = c(1:3), labels = c("Funcion pobre de injerto: (PGF Quimerismo >95%, pero Hb < 8mg/dl, PLT <20.000 ran <500", "Falla de injerto: Quimerismo <5%, pero Hb < 8mg/dl, PLT <20.000 RAN <500", "Se desconoce causa/No datos de quimerismos"))
BASE1$eich_agudo <- factor(BASE1$eich_agudo, levels = c(1,2), labels = c("Si", "No"))
BASE1$eich_agudo_grado <- factor(BASE1$eich_agudo_grado, levels = c(1:6), labels = c("Stage 0: no rash, Bil< 2 mg/dL, Sin nauseas , vomito o anorexia, GI bajo < 500 mL/día o < 3 episodios día", "Stage 1: Rash maculopapular < 25%, Bil 2-3 mg/dL , nausea persistente, vomito o anorexia, GI bajo 500-999 mL/día, 4-6 episodios día", "Stage 2: Rash 25-50% BSA, Bil 3.1-6 mg/dL, GI bajo 1000-1500 mL/dia o 5-7 episodios dia ", "Stage 3 Rash> 50% BSA, Bil 6.1-15 mg/dL, GI bajo > 1500 mL/dia o > 7 episodios dia", "Stage 4 Eritrodermia generalizada + formación de ampollas y descamación > 5% BSA, Bil> 15 mg/dl, dolor abdominal severo +/- ileo o deposiciones sanguinolentas", "No aplica/ No presenta"))
BASE1$eich_cronico <- factor(BASE1$eich_cronico, levels = c(1,2), labels = c("Si", "No"))
BASE1$eich_agudo_grado <- factor(BASE1$eich_agudo_grado, levels = c(1:4), labels = c("Grado I-II", "Grado II-III", "Grado III-IV", "No Presento/No aplica" ))
BASE1$tratamiento_general_eich <- factor(BASE1$tratamiento_general_eich, levels = c(1:4), labels = c("Primera linea: Esteroide", "Segunda linea: Ruxolitib", "Tercera Linea: Otros", "No requiere Tratamiento"))
BASE1$respuesta_post_trasplante <- factor(BASE1$respuesta_post_trasplante, levels = c(0:4), labels = c("No evaluada/ Sin dato", "RC (Respuesta completa)", "RP (Respuesta parcial)", "MBRP (Muy buena respuesta parcial)", "Progresion de la enfemedad"))
BASE1$quimerismo_dia_30 <- factor(BASE1$quimerismo_dia_30, levels = c(1:4), labels = c("Completo > 95%", "Mixto 5-95%", "Minimo <5%", "No evaluada/Sin dato"))
BASE1$quimerismo_dia_100 <- factor(BASE1$quimerismo_dia_100, levels = c(1:4), labels = c("Completo > 95%", "Mixto 5-95%", "Minimo <5%", "No evaluada/Sin dato"))
BASE1$recaida_si_no <- factor(BASE1$recaida_si_no, levels = c(1,2), labels = c("Si", "No"))
BASE1$mortalidad_dia_100 <- factor(BASE1$mortalidad_dia_100, levels = c(1,2), labels = c("Fallece", "No Fallece"))
BASE1$causa_de_muerte <- factor(BASE1$causa_de_muerte, levels = c(1:4), labels = c("Mortalidad asociada a recaida", "Mortalidad no relacionada a recaida por otras causas", "No fallece", "Desconocido"))
BASE1 <- BASE1 %>%
mutate(
mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr = as.character(mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm),
mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr = str_replace(mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr, "^1\\.2$", "1,2")
)
BASE1 <- BASE1 %>%
mutate(
mortalidad_nrm_texto = case_when(
mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr == "1" ~ "Infección",
mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr == "2" ~ "EICH",
mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr == "3" ~ "Falla organica",
mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr == "4" ~ "Falla de injerto",
mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr == "5" ~ "No fallece",
mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr == "6" ~ "Desconocida",
mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr == "7" ~ "Sindrome veno-oclusivo",
mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr == "8" ~ "Otras causas",
mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr == "1,2" ~ "Infección + EICH",
mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr == "1, 3, 4" ~ "Infección + Falla organica + Falla de injerto",
TRUE ~ NA_character_
)
)
BASE1$estado_vital_ultima_visita <- factor(BASE1$estado_vital_ultima_visita, levels = c(1,2), labels = c("Vivo", "Muerto"))
library(summarytools)
library(dplyr)
print(
dfSummary(BASE1 %>% select(-c(numero_doc, nombre, tipo_gram_negativo, tipo_gram_positivo, tipo_gram_positivo_chr, tipo_gram_negativo_chr, mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm_chr,mortalidad_no_asociada_a_recaida_nrm))),
method = 'render'
)
## Error in if (grepl("^get\\(", deparse(call[[.p$var]]))) {: the condition has length > 1