Os Penguins de Palmer na Antártica

Autores

Afiliações

Orlando Hernández

BiMaLab

Café {eco}digo

PPG Ecologia - UFRGS

Orientadora

PPG Ecologia - UFRGS

library(PenguinR)  # for data
library(tidyverse)  # for data wrangling and visualization
library(knitr)      # for tables
#ibrary(broom)      # for model summary

penguins_df <- PenguinR::penguins_df
#penguins_df

Resumo

O conjunto de dados penguins_df contém medições morfológicas de 344 pinguins adultos pertencentes a 3 espécies, amostrados em três ilhas do arquipélago Palmer, na Antártica. Para cada indivíduo foram registradas variáveis como o comprimento e a profundidade do bico, o comprimento da nadadeira, a massa corporal, o sexo e o ano de observação. As species são Adelie, Gentoo, Chinstrap. Você pode conseguir esta informação e outras no summary do pacote PenguinsR.

Conhecendo os pinguins

Na Tabela 1 resumimos o comprimento da nadadeira e da massa corporal para cada sexo por especie.

peng_df %>%
  filter(!is.na(flipper_length), !is.na(body_mass)) %>%
  group_by(species, sex) %>%
  summarise(
    mean_flipper = mean(flipper_length, na.rm = TRUE),
    mean_mass = mean(body_mass, na.rm = TRUE),
    .groups = "drop") %>% 
  kable(digits = 2,
        align = "cccc")

Tabela 1: Principais atributos que discriminam as especies de pinguins de Palmer.

species	sex	mean_flipper	mean_mass
Adelie	f	187.79	3368.84
Adelie	m	192.41	4043.49
Chinstrap	f	191.74	3527.21
Chinstrap	m	199.91	3938.97
Gentoo	f	212.71	4679.74
Gentoo	m	221.54	5484.84

Tests ANOVA

Na biología gostamos de fazer comparações com algum suporte estatístico! Na Tabela 2 queremos saber se a media do comprimento da nadadeira e da biomassa são diferentes entre as espécies dos pinguins.

#Anova nadadeira
anova_flipper <- summary(
  aov(flipper_length_mm ~ species, data = penguins_df))[[1]]

# Transformar em data frames
anova_flipper <- data.frame(
  Variavel = "Comprimento da nadadeira",
  DF = anova_flipper$Df[1],
  SM = anova_flipper$`Sum Sq`[1],
  F = anova_flipper$`F value`[1],
  pvalue = anova_flipper$`Pr(>F)`[1])

#Anova massa corporal
anova_mass <- summary(
  aov(body_mass_g ~ species, data = penguins_df))[[1]]



anova_mass <- data.frame(
  Variavel = "Massa corporal",
  DF = anova_mass$Df[1],
  SM = anova_mass$`Sum Sq`[1],
  F = anova_mass$`F value`[1],
  pvalue = anova_mass$`Pr(>F)`[1])

# Unir resultados
anova_tab <- bind_rows(anova_flipper, anova_mass)

# Tabela
kable(anova_tab,
      digits = c(NA,2,2,5),
      align = "lcccccc")

Tabela 2: Diferenças do comprimento da nadadeira e da massa corporal entre as especies de pinguins.

Variavel	DF	SM	F	pvalue
Comprimento da nadadeira	2	52473.28	594.8016	NA
Massa corporal	2	146864214.16	343.6263	NA

Todos os pinguins são diferentes?

Entendimos que os comprimentos das nadadeiras e as massas corporais são diferentes entre os pinguins… Maas, são as três especies diferentes? há alguma especie que tenha um comprimento de nadadeira ou massa corporal semelhante com outra especie? Há dois caminhos, um deles é numérico e o outro visual. Na Figura 1 Usaremos o caminho visual para entender a distribuição da nadadeira e da massa corporal entre as três especies de pinguins.

ggplot(peng_df, aes(x = flipper_length, y = body_mass, color = species, shape = sex)) +
  geom_point(size = 2, alpha = 0.8) +
  geom_smooth(method = "lm", se = FALSE, linetype = "dashed", color = "black") +
  labs(
    title = "",
    subtitle = "",
    x = " ",
    y = "",
    color = "Species",
    shape = "Sex"
  ) +
  theme_minimal() +
  theme(
    plot.title = element_text(face = "bold"),
    axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)
  )

Figura 1: Distribuição do comprimento da nadadeira e da massa corporal entre as três especies de pinguins de Palmer.

Referências