Tài liệu được viết cho workflow thiết kế vaccine đa epitope (multi-epitope vaccine, MEV) trong bối cảnh ung thư tuyến giáp thể nhú (papillary thyroid carcinoma, PTC). Các tiêu chí là sàng lọc in silico, không thay thế xác thực in vitro/in vivo.
DeepTAP được dùng để dự đoán khả năng peptide gắn/vận chuyển qua TAP, một bước quan trọng trong con đường trình diện MHC I. Công cụ này phù hợp cho CTL epitope và neoantigen, không dùng cho MHC II hoặc B-cell epitope.
Trong workflow PTC, DeepTAP nên chạy sau NetMHCpan và NetChop để giảm false positive ở danh sách MHC I.
TAP vận chuyển peptide từ bào tương vào lưới nội chất để peptide có thể gắn HLA class I. DeepTAP dùng mô hình RNN/BiGRU để học đặc trưng tuần tự của peptide TAP-binding, cải thiện khả năng lọc neoantigen so với các phương pháp cổ điển.
TAP thường ưu tiên peptide ngắn 8-11 aa và chịu ảnh hưởng bởi amino acid ở đầu N/C-terminal. Vì vậy cùng một peptide có MHC binding tốt nhưng TAP kém vẫn có thể không được trình diện hiệu quả.
Tùy bản cài đặt, DeepTAP có thể chạy qua web server hoặc repository local. Do tên script và tham số có thể khác giữa bản tải về, quy trình an toàn là kiểm tra hướng dẫn bằng lệnh trợ giúp trước khi chạy hàng loạt.
# Quy trình local an toàn
cd tools/deeptap/DeepTAP
python deeptap.py -h
# Sau khi xác định đúng tham số input/output từ -h, chạy trên file peptide đã chuẩn hóa| Output | Ý nghĩa | Quyết định |
|---|---|---|
| TAP-binding positive/high | Peptide có khả năng qua TAP | Giữ nếu MHC/NetChop/safety đạt |
| TAP-binding negative/low | Peptide kém vận chuyển | Loại khỏi danh sách MHC I cuối |
| Probability/score | Mức tin cậy của model | Dùng để xếp hạng trong nhóm cùng HLA |
| Lỗi input | Peptide sai định dạng hoặc length ngoài phạm vi | Sửa input và chạy lại |
Cách viết chuẩn: peptide X là strong binder với HLA-A*02:01, có C-terminal cleavage bởi NetChop và được DeepTAP dự đoán TAP-binding positive/high. Do đó peptide đạt chuỗi xử lý kháng nguyên MHC I trước khi đi tiếp đến safety và antigenicity.
Không nên dùng DeepTAP như tiêu chí đơn độc. DeepTAP bổ sung cho NetMHCpan và NetChop, không thay thế HLA binding.