Hướng dẫn sử dụng NetChop trong dự đoán epitope MHC I

Tài liệu được viết cho workflow thiết kế vaccine đa epitope (multi-epitope vaccine, MEV) trong bối cảnh ung thư tuyến giáp thể nhú (papillary thyroid carcinoma, PTC). Các tiêu chí là sàng lọc in silico, không thay thế xác thực in vitro/in vivo.

Mục lục

1. Mục tiêu sử dụng
2. Nguyên lý
3. Chuẩn bị input
4. Cách chạy
5. Phân tích output
6. Diễn giải trong báo cáo
7. Lỗi thường gặp
8. Tài liệu tham khảo

1. Mục tiêu sử dụng

NetChop 3.1 được dùng để dự đoán vị trí cắt proteasome, đặc biệt là cắt C-terminal liên quan hình thành CTL epitope. Công cụ này chỉ áp dụng cho nhánh MHC I, không dùng cho MHC II hoặc B-cell epitope.

Trong pipeline MHC I, NetChop giúp loại peptide có HLA binding tốt nhưng không có khả năng được tạo ra từ xử lý protein nội bào.

2. Nguyên lý

NetChop dùng neural network để dự đoán vị trí proteasome cắt trên chuỗi protein. Mô hình C-term 3.0 được huấn luyện từ ligand MHC class I và thường được khuyến nghị để dự đoán ranh giới CTL epitope.

Ký hiệu S trong output nghĩa là dự đoán có vị trí cắt sau amino acid đó. Vì MHC I epitope cần C-terminal phù hợp, peptide chỉ nên được giữ khi C-terminal của peptide trùng vị trí được dự đoán cắt.

3. Chuẩn bị input

• Input nên là protein FASTA đầy đủ, không phải chỉ peptide rời rạc nếu cần xác định vị trí cắt theo ngữ cảnh.
• Giữ ID protein/gene rõ ràng: BRAF_WT, BRAF_mutant, TP53_WT…
• Nếu phân tích peptide từ file MHC I, cần biết vị trí bắt đầu/kết thúc trên protein để đối chiếu với output NetChop.

4. Cách chạy

• Bước 1: mở NetChop 3.1 server hoặc dùng bản local nếu đã cài.
• Bước 2: nhập protein FASTA.
• Bước 3: chọn C-term 3.0 cho MHC class I.
• Bước 4: giữ threshold mặc định 0.5 ở lần chạy chuẩn.
• Bước 5: lưu long output để có residue number, amino acid, score và ký hiệu S/.

# Ví dụ logic khi dùng bản local (đường dẫn thay đổi theo máy)
netchop input.fasta > results/netchop_output.txt

5. Phân tích output

Output	Ý nghĩa	Diễn giải
S	Predicted cleavage site	Cắt sau residue này; nếu là residue cuối peptide thì peptide qua bước C-terminal cleavage
.	Không vượt threshold	Không ủng hộ peptide có C-terminal tại vị trí đó
Score	Xác suất/điểm cắt	Càng cao càng mạnh; >=0.7 có thể xem là cắt mạnh
Residue number	Vị trí trên protein	Dùng để merge với peptide MHC I

6. Diễn giải trong báo cáo

Cách viết chuẩn: peptide X có C-terminal tại vị trí Y của protein, NetChop 3.1 C-term 3.0 dự đoán vị trí Y là cleavage site với ký hiệu S, do đó peptide đạt tiêu chí xử lý proteasome.

Nếu peptide không có S tại C-terminal, nên loại khỏi danh sách MHC I cuối hoặc đưa vào nhóm phụ nếu có bằng chứng immunopeptidomics thực nghiệm.

7. Lỗi thường gặp

• Nhìn S ở vị trí bất kỳ trong peptide thay vì đúng C-terminal.
• Chạy peptide rời rạc làm mất ngữ cảnh protein.
• Dùng NetChop cho MHC II.
• Không lưu vị trí peptide nên không đối chiếu được output.

8. Tài liệu tham khảo

• Nielsen M et al. The role of the proteasome in generating cytotoxic T cell epitopes: insights obtained from improved predictions of proteasomal cleavage. Immunogenetics. 2005;57(1-2):33-41.
• Kesmir C et al. Prediction of proteasome cleavage motifs by neural networks. Protein Eng. 2002;15(4):287-296.
• DTU Health Tech. NetChop 3.1 server and instructions. Accessed 2026.